小尾寒羊GnRH基因CDS区的生物信息学分析

为探讨小尾寒羊GnRH基因CDS区编码蛋白的性质和功能,采用生物信息学相关软件和工具对小尾寒羊GnRH基因编码蛋白的理化性质、结构功能及其同源进化关系进行了分析预测。结果显示:小尾寒羊GnRH基因CDS区编码328个氨基酸,产物为一种不溶于水的稳定性蛋白,蛋白质的二三级结构主要由α-螺旋和无规则卷曲构成;蛋白质功能预测结果显示,该蛋白在信号转导、免疫应答过程以及生长因子和荷尔蒙分泌中发挥作用的几率相对较高;同源性分析发现,小尾寒羊GnRH基因编码氨基酸序列与山羊的同源性较高。说明GnRH基因在羊的生殖调控和免疫应答中发挥着重要作用。     

藏羊MSTN基因克隆、生物信息学及组织表达分析

【目的】对藏羊肌肉生长抑制素(myostatin, MSTN)基因进行克隆和生物信息学分析,检测其在藏羊不同组织中的表达,为探究MSTN基因在藏羊中的生物学功能提供参考。【方法】以藏羊背最长肌组织cDNA为模板,克隆藏羊MSTN基因完整CDS区序列并测序,用SeqMan程序对测序结果进行拼接,并用BLAST在线程序对组装后的序列进行分析鉴定。用生物信息学软件进行相似性比对、系统进化树构建及生物信息学分析,用实时荧光定量PCR检测MSTN基因在藏羊不同组织中的表达量。【结果】藏羊MSTN基因CDS全长为1 128 bp,编码375个氨基酸。藏羊MSTN基因氨基酸序列与绵羊、牦牛、牛、猪、恒河猴、人、黑猩猩、犬、鸡及斑马的相似性依次为100.0%、93.4%、93.4%、95.2%、94.4%、94.2%、94.4%、93.1%、87.8%和87.5%;系统进化树分析结果表明,藏羊与绵羊的亲缘关系最近,与斑马和鸡的亲缘关系最远。藏羊MSTN蛋白属于亲水性分泌蛋白,且具有不稳定性,不含跨膜结构,含1个信号肽,存在31个潜在的磷酸化位点、2个N-糖基化修饰位点,主要分布在线粒体和细胞质中;MS...     

3个绵羊品种MSTN基因多态性的比较分析

对杜泊绵羊、小尾寒羊和晋中绵羊3个品种的MSTN基因编码序列进行克隆测序,并比较分析该基因编码区的SNPs。结果表明：在引物P1、P2、P3扩增的MSTN基因片段中存在10个SNPs,其中4个SNPs位于非编码区,6个SNPs位于编码区;编码区中有2个SNPs为无义突变,其他4个为错义突变。因此,绵羊MSTN基因在进化过程中保守性不强,可能存在较多的变异位点,为进一步群体遗传分析提供了基础。     

岷县黑裘皮羊MSTN基因第一外显子的生物信息学分析

采用PCR和测序技术以及生物信息学方法,预测和分析岷县黑裘皮羊MSTN基因第一外显子编码产物的理化特性、高级结构、信号肽、N-糖基化位点及其同源进化关系。结果表明:岷县黑裘皮羊MSTN基因第一外显子编码69个氨基酸,产物为一种不稳定的水溶性蛋白,二级结构为混合型,且以无规则卷曲(Cc)为主,并且不存在N-糖基化位点。从同源进化关系来看,绵羊的MSTN基因与牛的亲缘关系最近。该研究结果可为进一步全面分析和研究岷县黑裘皮羊MSTN基因及其应用研究奠定基础。     

绵羊MSTN基因多态性及其与肉质性状的关联分析

【目的】探讨绵羊肌肉生长抑制素(myostatin, MSTN)基因多态性及其对绵羊肉质性状的影响,以期为绵羊肉用性能的选育提供有效的遗传分子标记。【方法】利用液相捕获测序技术获取MSTN基因在杜泊羊(D)、滩羊(T)和小尾寒羊(XH)共91只绵羊中的变异位点,并筛选出品种间差异显著的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点。针对筛选出的位点,利用飞行质谱检测技术对滩羊、小尾寒羊、杜泊羊和杜滩寒三元杂交羊(DTH)共30只绵羊进行基因分型,并与肉质性状进行关联分析。【结果】试验筛选出的MSTN基因rs129059715位点在4个绵羊群体中共检测到3种基因型,分别为15个CC基因型、9个CA基因型及6个AA基因型,C为优势等位基因(除杜滩寒三元杂交羊外)。在杜泊羊、滩羊和杜滩寒三元杂交羊群体中均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),在小尾寒羊群体中处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P<0.05);在杜泊羊和小尾寒羊群体中均处于低度多态(PIC<0.25);在滩羊和杜滩寒三元杂交羊群体中均处...     

绵羊MSTN基因结构和功能的生物信息学分析

为了研究绵羊肌肉生长抑制素(MSTN)基因结构和功能,试验采用生物信息学方法对其编码蛋白的结构、理化性质、信号肽、跨膜结构、亚细胞定位、功能分类、二级结构、高级结构和功能结构域进行生物信息学分析并推测与其他物种的生物进化关系。结果表明:绵羊MSTN蛋白是一个疏水性不稳定蛋白,作为信号肽的可能性很大;含有9个α-螺旋、11个β-折叠、25个β-转角、1个跨膜结构区域,其功能域可能位于278～375位氨基酸处;绵羊MSTN基因在人、牛、黑猩猩、大鼠、狗、鸡等物种中与牛的亲缘关系最近。     

绵羊MSTN基因结构和功能的生物信息学分析

为了研究绵羊肌肉生长抑制素(MSTN)基因结构和功能,试验采用生物信息学方法对其编码蛋白的结构、理化性质、信号肽、跨膜结构、亚细胞定位、功能分类、二级结构、高级结构和功能结构域进行生物信息学分析并推测与其他物种的生物进化关系.结果表明:绵羊MSTN蛋白是一个疏水性不稳定蛋白,作为信号肽的可能性很大；含有9个α-螺旋、1...     

杜泊羊速激肽TAC1基因克隆及生物信息学分析

TAC1基因在哺乳动物神经系统中广泛表达,其编码蛋白参与季节性生殖活动的调节。该研究对杜泊羊速激肽(Tachykinin,TK)基因序列进行了克隆及生物信息学分析。结果表明:克隆出杜泊羊TAC1基因组序列,得到3个克隆片段。通过生物信息学分析,克隆片段一的长度为860 bp,经BLAST对比,与云南黑山羊第4号染色体相似度达93%,基因片段缺失4%;克隆片段二的长度为881 bp,经BLAST对比,与云南黑山羊第4号染色体相似度达100%,没有基因片段的缺失;克隆片段三的长度为846 bp,经BLAST对比,与云南黑山羊第4号染色体相似度达98%,没有基因片段的缺失,但有3个突变位点,分别为位于85 bp处的G/C突变、位于88 bp处和629 bp处的G/A突变、位于108 bp处和290 bp处的T/C突变。杜泊羊TAC1基因开放阅读框全长423 bp,共编码140个氨基酸。与Gen Bank已发表的其他动物TAC1基因参考序列进行比较,结果显示杜泊羊与绵羊、瘤牛、野猪、猕猴、人和大熊猫的TAC1基因同源性分别为98.9%、97.3%、88.1%、85.8%、85.0%、84.5%。通过蛋白质结构预测,发现杜泊羊TAC1基因编码蛋白没有跨膜结构域。     

奶牛DRB3基因生物信息学分析

利用生物基因组学数据库,对奶牛MHCⅡ区DRB3基因进行生物信息学分析,以预测DRB3基因编码产物的理化性质、结构与功能,同时构建DRB3同源基因的系统进化树。结果表明,DRB3编码产物为不稳定亲水性蛋白,具有明显的信号肽,其切割位点位于29～30位的氨基酸之间。二级结构主要以无规则卷曲和延伸链为主,主要在细胞质中发挥生物学作用。序列分析表明,DRB3编码产物可能具有免疫应答、受体、胁迫应答、信号转导等功能,可能在免疫应答和胁迫应答过程中发挥重要作用,可能对奶牛免疫力和抗病性起关键作用。DRB3编码产物氨基酸邻接系统树表明,奶牛DRB3与绵羊、羚羊、塔尔羊、麝牛、亚洲水牛等物种DRB3氨基酸距离较近,它们具有高度同源性。     

4个绵羊品种LHCGR基因单核苷酸多态性分析

为探究绵羊LHCGR基因在4个绵羊品种之间的多态性与基因功能，本研究以杜泊羊、滩羊、小尾寒羊、滩羊和小尾寒羊杂交羊4个绵羊品种为研究对象，利用Sequenom MassARRAYSNP技术对4个绵羊品种LHCGR基因g.75747421A>C、g.75748200T>A 2个位点进行检测，并利用相关生物信息学软件预测分析2个位点突变前后mRNA二级结构与其编码蛋白的理化性质、结构和蛋白互作等。结果表明，LHCGR基因g.75747421A>C位点在4个品种中存在3种基因型，分别是CC、CA和AA；g.75748200T>A位点在4个品种中存在AA、AT和TT 3种基因型；χ²适合性检验表明，g.75747421A>C、g.75748200T>A 2个位点在4个绵羊品种中均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）。生物信息学分析表明，该基因编码蛋白的相对分子质量为73 599.70，理论等电点为8.30，脂肪系数为98.90，总平均亲水性为0.191，推测该蛋白为疏水性蛋白；突变前后LHCGR基因的mRNA二级结构、编码蛋白二级结构及三级结构均发生了变化；蛋白互作的结果表明，与LHCGR蛋白相互作用的蛋白质主要包括骨形态发生蛋白15（BMP15）、嗜铬粒蛋白A （CGA）、甲羟戊酸激酶（MVK）、胆固醇侧链裂解酶（CYP11A1）、鸟嘌呤核苷酸结合蛋白α亚基（GNAS）等。本研究成功筛选出4个绵羊品种LHCGR基因多态位点，为绵羊繁殖力的标记辅助选择和育种提供一定的理论依据。     

新疆南部地方品种绵羊MSTN基因功能区的克隆及其蛋白二级结构和抗原表位的预测

为了确定新疆南部地方品种绵羊肌生成抑制素(MSTN)成熟蛋白的功能区及二级结构和B细胞抗原表位,根据GenBank中绵羊肌生成抑制素基因序列及其所编码蛋白质的序列,应用GenBank的Blast功能检索其蛋白的功能区,并设计引物克隆新疆南部地方品种绵羊MSTN功能区基因,进行序列测定.然后运用DNAStar软件和www...     

新疆阿勒泰羊MSTN基因序列的多样性分析

为进一步探究新疆阿勒泰羊的遗传分化状况,根据普通绵羊的MSTN基因设计引物,用PCR的方法扩增并对新疆阿勒泰羊MSTN基因编码区进行测序,并与绵羊以及GenBank上5个物种相应基因编码区核苷酸序列进行比对分析.结果表明:在阿勒泰羊群体内部亲缘性较高,同时测得阿勒泰羊MSTN基因和绵羊、山羊、普通牛、猪、家鼠、鸡的同源性大小分别是99.9%,99.5%,96.4%,94.6%,89.5%,82.3%,依据序列构建的分子进化树显示表明MSTN基因具有很高的保守性,适合研究物种的进化分析,为新疆阿勒泰羊的遗传资源保护,开发与利用提供分子遗传学方面的基础.     

金堂黑山羊IFN-γ基因克隆与组织表达分析

为了解γ干扰素(IFN-γ)基因在金堂黑山羊体内的表达情况,采用RT-PCR法克隆金堂黑山羊IFN-γ基因,用ExPASy网站对其蛋白质结构进行生物信息学分析,并构建系统发育进化树,最后采用荧光定量PCR法检测了IFN-γ基因在健康金堂黑山羊5个组织器官中的表达情况。结果表明:金堂黑山羊IFN-γ基因长580 bp,蛋白质编码区(CDS区)为519 bp,共编码172个氨基酸,氨基酸序列有13个磷酸化位点,在第39位和第106位有2个糖基化位点,三级结构以α-螺旋为主,中间均匀夹杂着无规则卷曲,金堂黑山羊IFN-γ是一种带正电荷的不稳定的亲水性蛋白质;金堂黑山羊与山羊、绵羊、野水牛IFN-γ基因的开放阅读框(ORF)序列同源性均为98%;实时荧光定量PCR检测到IFN-γ在健康金堂黑山羊各组织器官中表达量不同,在脾脏中的相对表达量最高,在心脏和肌肉中几乎没有表达。说明IFN-γ基因较为保守,可能参与山羊的免疫应答反应。     

甘肃西门塔尔牛高台类群MSTN基因多态性与生物信息学研究

为分析甘肃西门塔尔牛高台类群MSTN基因的遗传多态性、变异特征及MSTN基因的基础数据。采用PCR-SSCP方法检测了62头高台西门塔尔牛MSTN基因的多态性,对群体内各等位基因进行了克隆,得到西门塔尔牛MSTN基因的完整CDS区序列及部分5'端和3'端UTR区,并进行了相关生物信息学分析。高台西门塔尔牛MSTN基因第1和3外显子只发现一种纯合基因型,第2外显子发现一种杂合基因型。序列分析结果表明,高台西门塔尔牛MSTN基因第2外显子在41bp处发生了C→T的突变,第1和3外显子无突变。生物信息学分析表明,西门塔尔牛MSTN基因CDS区全长1128bp,编码375个氨基酸残基组成的蛋白质,分子量约为42.5kD,理论等电点为6.14;二级结构是以β-转角和无规卷曲为主。西门塔尔牛MSTN与牦牛、绵羊等物种之间存在较高的同源性。统计结果表明,甘肃西门塔尔牛高台类群MSTN基因未发现有多态,对MSTN生物信息学的分析表明,甘肃西门塔尔牛高台类群MSTN是一个由375个氨基酸残基构成的不稳定的可溶酸性蛋白质,二级结构预测为一个混合型蛋白。本研究结果为进一步研究甘肃西门塔尔牛高台类群MSTN基因的遗传特性和生理机制奠定了基础。     

绵羊TPT1基因CDS区遗传结构及组织表达研究

本研究旨在克隆绵羊TPT1基因序列,通过生物信息学分析探究其序列特征及编码蛋白的结构与功能,通过实时荧光定量PCR检测TPT1基因在绵羊不同组织中的空间表达规律。以小尾寒羊为研究对象,PCR扩增获得TPT1的完整编码区(CDS)区并进行测序,对所得序列进行生物信息学分析。结果显示:绵羊TPT1基因CDS为660 bp,编码219个氨基酸,核酸序列与山羊的同源性最高。TPT1蛋白为亲水性蛋白,主要分布在线粒体,存在16个磷酸化位点;二级结构主要包含α-螺旋和无规则卷曲,与预测的三级结构相似。定量PCR结果显示TPT1基因在肾中表达量最高,其次是肌肉、肝、脂肪和肺,在心和脾中表达量最低。结果表明,TPT1基因在生物进化中是保守的,但其表达的蛋白质结构不稳定,在绵羊不同组织中均有表达。     

三穗鸭肌肉生长抑制素基因的生物信息学分析

采用PCR产物直接测序的方法获得肌肉生长抑制素（myostatin,MSTN）基因的编码区序列,并运用生物信息学方法对该基因编码蛋白的理化性质、信号肽、跨膜结构、二级结构、三级结构和功能结构域进行分析。结果表明,三穗鸭MSTN蛋白是一个疏水性不稳定蛋白,作为信号肽的可能性很大;含有22个α螺旋、26个β折叠、26个T转角、20个无规则卷曲,有1个跨膜结构,具有TGF-β的主要结构。研究结果为MSTN基因的进一步研究提供参考。     

兰坪乌骨绵羊PDGFRL基因编码区序列扩增及其生物信息学分析

本研究根据Genbank载入的普通绵羊血小板衍生生长因子受体样蛋白(PDGFRL)基因序列设计特异性引物。利用PCR技术扩增乌骨绵羊PDGFRL基因编码区片段,经测序后对序列进行比对分析,并采用生物信息学软件对编码区序列和蛋白质结构进行预测。结果表明:兰坪乌骨绵羊PDGFRL基因编码区序列全长1128bp,编码375个氨基酸;同普通绵羊进行核苷酸序列同源性比对发现同源性为99.73%,发现3个碱基同义突变;生物信息学分析表明不同物种PDGFRL基因编码区核苷酸序列与氨基酸序列具有较高的保守性;蛋白结构预测显示,PDGFRL蛋白空间结构主要由α螺旋、β折叠和无规则卷曲构成。     

绵羊线粒体基因变异与产羔数性状的关联分析

本研究旨在分析mtDNA变异与产羔数性状的关系。以杜泊、陶赛特、萨福克绵羊为研究对象,通过线粒体基因组测序、基因型分析等技术发现,杜泊羊线粒体基因组编码区存在25个突变位点,包括rRNA突变位点2个,tRNA突变位点2个,多肽编码基因突变位点21个(包括错义突变9个和同义突变12个);陶赛特羊线粒体基因组编码区存在20个突变位点,包括rRNA突变位点5个,tRNA突变位点1个,多肽编码基因突变位点14个(包括错义突变3个和同义突变11个);萨福克羊线粒体基因组编码区存在77个突变位点,包括rRNA突变位点7个,tRNA突变位点3个,多肽编码基因突变位点67个(包括错义突变7个和同义突变60个)。杜泊、陶赛特绵羊mtDNA各突变位点均与产羔数关联不显著;萨福克绵羊中发现的14个变异位点与产羔数显著相关(P0.05),其中单个突变位点(T7759C)和单倍型(ATTCATTAAACTTT)最大效应均为0.22只·胎-1。结果表明,杜泊、陶赛特绵羊产羔数性状线粒体基因效应不显著;萨福克绵羊mtDNA变异与产羔数显著相关。     

伏牛白山羊TACR1基因扩增及生物信息学分析

本研究旨在克隆伏牛白山羊TACR1基因,并对其结构和编码蛋白进行生物信息学分析,为进一步研究TACR1基因的功能及其在生殖生理和免疫调节中的作用奠定基础。根据GenBank中已发表的山羊TACR1基因(登录号:NC_030818.1)序列设计引物,对伏牛白山羊TACR1基因进行分段PCR扩增并测序,拼接后得到包含TACR1基因完整编码区的序列片段。结果表明,伏牛白山羊TACR1基因开放阅读框(ORF)全长852bp,共编码283个氨基酸,碱基组成为:A(23.47%)、T(25.49%)、C(27.76%)和G(23.27%)。与绵羊相比,伏牛白山羊TACR1基因编码区发生了2个碱基突变,但没有引起氨基酸的改变。5′端非编码序列长为860bp,发生了9个碱基突变;3′端非编码序列长为271bp,发生了2个碱基突变。同源性分析结果显示,伏牛白山羊与卡普拉山羊、藏羚羊、绵羊、瘤牛、白尾鹿、白鳍豚、人、野猪、金钱豹、土拨鼠、野驴TACR1基因同源性分别为99.9%、99.3%、99.2%、97.5%、96.7%、92.9%、89.7%、88.6%、86.3%、86.2%和85.0%。SignalP 4.1在线软件预测结果显示,TACR1N末端存在信号肽且可能在21位氨基酸处存在裂解位点;蛋白质结构预测发现伏牛白山羊TACR1基因编码蛋白没有跨膜结构域。     

伏牛白山羊TACR1基因扩增及生物信息学分析

本研究旨在克隆伏牛白山羊TACR1基因,并对其结构和编码蛋白进行生物信息学分析,为进一步研究TACR1基因的功能及其在生殖生理和免疫调节中的作用奠定基础。根据GenBank中已发表的山羊TACR1基因（登录号：NC_030818.1）序列设计引物,对伏牛白山羊TACR1基因进行分段PCR扩增并测序,拼接后得到包含TACR1基因完整编码区的序列片段。结果表明,伏牛白山羊TACR1基因开放阅读框（ORF）全长852 bp,共编码283个氨基酸,碱基组成为：A（23.47%）、T（25.49%）、C（27.76%）和G（23.27%）。与绵羊相比,伏牛白山羊TACR1基因编码区发生了2个碱基突变,但没有引起氨基酸的改变。5'端非编码序列长为860 bp,发生了9个碱基突变;3'端非编码序列长为271 bp,发生了2个碱基突变。同源性分析结果显示,伏牛白山羊与卡普拉山羊、藏羚羊、绵羊、瘤牛、白尾鹿、白鳍豚、人、野猪、金钱豹、土拨鼠、野驴TACR1基因同源性分别为99.9%、99.3%、99.2%、97.5%、96.7%、92.9%、89.7%、88.6%、86.3%、86.2%和85.0%。SignalP 4.1在线软件预测结果显示,TACR1 N末端存在信号肽且可能在21位氨基酸处存在裂解位点;蛋白质结构预测发现伏牛白山羊TACR1基因编码蛋白没有跨膜结构域。