利用SSR荧光标记构建41份山东省苹果资源分子身份证

山东自古为中国苹果的栽培中心,苹果属植物资源较为丰富,种间杂交类型较多,资源分类难度大,相关研究较为滞后。本研究选取山东省果树研究所苹果资源圃保存的41份资源为试材,利用SSR荧光标记构建分子身份证,旨在探索建立应用分子技术进行资源分类鉴定的技术体系。从SSR富集文库中开发并设计59对引物,从中筛选出10对多态性良好的引物,利用SSR荧光标记毛细管电泳检测扩增条带分子量的方法对41份山东省原产的苹果属资源进行分析,获得相应的等位基因。采用个位数字和小写英文字母对不同等位基因进行编码,按照10对引物从小到大串联排序的方式构建供试样品的分子身份证。试验结果表明:10对SSR引物共检测到139个SSR等位位点,244种基因型,平均每对引物对品种扩增等位位点13.9个,基因型24.4种。利用PopGen32软件计算引物的多态性信息含量,10对引物的平均多态性信息含量为0.85。基于10对SSR引物的扩增结果,采用个位数字和小写英文字母对不同等位基因进行编码,成功构建了41份山东苹果种质资源的分子身份证,为山东省苹果资源的鉴定工作提供了重要依据。     

应用SSR荧光标记法构建山东地方桃种质资源分子身份证

为构建山东省地方桃种质资源分子身份证,本研究以60份山东省地方桃品种、名优特品种、选育品种为材料,从桃种质的SSR富集文库中开发并设计30对引物,选出10对具有良好多态性的引物进行PCR扩增,采用SSR荧光标记毛细管电泳技术检测扩增条带分子质量的方法进行带型分析,采用阿拉伯数字1～9和小写英文字母对不同带型进行编码,无...     

基于SSR标记构建中国芍药品种资源分子身份证

【目的】利用SSR标记区分中国芍药品种,为芍药资源的保护与合理利用奠定基础。【方法】对山东菏泽和河南洛阳2个主要芍药栽培地的品种进行调查,明确中国芍药品种资源数量,在此基础上,提取各品种叶片DNA,利用21对SSR荧光引物进行PCR扩增,用四重荧光毛细管电泳技术检测扩增片段长度。利用Microsatellite和Toolkit GenALEx 6.41软件,分析数据中的等位基因数、多态性信息含量(PIC)和遗传多样性参数。采用数字与大小写字母结合的方法,对不同长度的扩增片段进行赋值,构建中国芍药品种分子身份证。【结果】山东菏泽和河南洛阳目前共有芍药品种268个,用21对引物在这些品种中共扩增条带613条,多态信息含量0.508～0.846,平均为0.707;有效等位基因数(Ne)为4.324±0.315,观测杂合度(Ho)为0.593±0.047,期望杂合度(He)为0.741±0.020。采用21对SSR引物可将所有268个芍药品种区分开。【结论】采用21对引物通过SSR标记建立了山东菏泽和河南洛阳268个芍药品种的分子身份证,有助于芍药品种鉴别、新品种培育及防止资源流失。     

SSR标记在小麦遗传资源利用中的应用

介绍了SSR标记技术的原理和特点,概述了SSR标记在小麦遗传图谱和物理图谱的构建、核心种质的筛选、遗传多样性分析、分子标记辅助选择等方面的应用现状。     

利用ISSR和RAPD标记构建红麻种质资源分子身份证

【目的】对来源于不同国家和地区的51份红麻栽培种、野生种和近缘种进行遗传分析,构建红麻种质资源分子身份证。【方法】利用ISSR和RAPD标记对不同类型的51份红麻种质资源进行分析,计算其遗传相似系数,利用UPGMA法作聚类图,建立分子身份证。【结果】19个ISSR标记共产生113条条带,其中101条为多态性带,多态性比率(PPB)为89.38%;20个RAPD标记共产生118条条带,其中112条为多态性带,多态性比率(PPB)为94.92%。品种间多态性丰富,结合特征带、特异谱带类型和不同引物组合3种分析方法,可有效建立51份红麻种质资源的特异分子身份证。【结论】材料间遗传多样性较高,有较远的遗传距离和较宽的遗传基础,ISSR和RAPD标记技术可有效用于建立红麻种质资源分子身份证。     

利用SSR分子标记构建名山茶树基因身份证

【目的】揭可用于精准快速鉴别四川省名山茶树良种繁育场的茶树种质资源。【方法】利用微卫星标记技术对24份名山良种繁育场具有代表性的茶树品种进行指纹鉴定和种质识别研究。【结果】供试品种间的遗传距离为0.3～0.89,在0.89可将24份材料完全区分开,其中特色茶树品种紫嫣在0.3与其他23份品种分开,单为一类,反映出该品种与其他供试材料的亲缘关系较远。使用7对引物的PCR扩增基因型排列组合,赋予一定的阿拉伯数字,构建出的分子二维码,能被众多扫码机器识破进行快速解读。【结论】构建的二维码身份证可实现对24份茶树品种精确鉴定,为名山茶树良种场种质资源鉴定与保护提供了依据。     

用SSR标记揭示部分烤烟种质资源的遗传差异

【目的】利用SSR分子标记技术,分析59份烤烟种质的遗传差异。【方法】利用分布于烟草基因组21条连锁群上的56对SSR引物,揭示59份烤烟种质的遗传差异。【结果】共检测到241个多态性位点数,每对引物可检测到的多态性位点数为1~9个,平均为4.3个;引物的多态信息含量(PIC)为0.532~0.931,平均为0.793;中国烤烟种质间平均遗传距离最大为0.239;中国地方品种间的平均遗传距离最大为0.289。59份烤烟种质间的遗传距离变化范围为0.029~0.419,平均遗传距离为0.214。聚类分析表明,在L_1(GD=0.13)处可将59份烤烟种质划分为1个大类群、2个小类群和1个由单一烤烟种质形成的独立个类;在L_2(GD=0.09)处可将54份烤烟种质进一步划分为2个大类群、3个小类群和9个由单一烤烟种质形成的独立个类。【结果】59份烤烟种质资源间遗传差异相对较小,中国种质间的遗传差异均大于美国和津巴布韦种质间的遗传差异;地方品种间的遗传差异大于选育品种间的遗传差异。     

SSR 分子标记可在云南梨属植物资源研究中发挥作用

随着近年来分子生物学的发展，遗传标记的种类已越来越多，除了传统的形态标记外，分子标记尤其显示出独特的优越性，并被广泛应用于果树研究的各个领域[3]。分子标记(molecular marker)是以生物的某些大分子物质(主要是核酸)的多态性为基础的遗传标记。它能够反映植物在DNA水平……     

利用水稻功能基因SSR标记鉴定水稻种质资源

 利用 16对水稻功能基因的SSR引物研究了 2 3份世界 5个国家不同来源的水稻种质资源的遗传多样性 ,共检测出 78个等位基因变异 ,每对引物可检测 2～ 10个等位基因变异 ,平均为 5 .2个 ,品种间遗传相似系数在0 .13～ 0 .6 4之间。UPGMA聚类分析表明 ,在相似系数 0 .13处可以将材料分为 2大类 ,来自巴西、日本和中国的粳稻全部聚为第Ⅰ类 ,巴西陆稻和原产科特迪瓦的陆稻聚在第Ⅰ类的第三小群 ;第Ⅱ类全为籼稻 ,来源于巴基斯坦的籼稻和 1个来源于韩国的籼稻分布在第Ⅱ类 ,说明水稻功能基因在不同亚种、不同产地来源和不同生态类型的水稻之间存在差异 ,也进一步证实水稻功能基因的SSR标记是研究水稻种质资源分类、地理分布、生态类型和系谱分析的有效工具。     

利用SSR分子标记构建甜菜登记品种的分子身份证

通过构建111份甜菜登记品种的分子身份证,促进甜菜品种DUS测试标准体系的建立,实现甜菜品种的快速检索与比对,为甜菜品种指纹鉴定和溯源管理提供理论依据。利用22对简单重复序列(SSR)核心引物,基于最适的取样策略对来自国内外不同地区的111份甜菜登记品种进行遗传多样性分析以及分子身份证构建。结果显示,22对引物共检测到101个等位基因,每对引物检测出3～7个等位基因,平均为4.59个;Shannon多样性指数(I)为0.60～1.73,平均为0.95;Nei’s期望杂合度(H_e)为0.41～0.79,平均为0.56;PIC值范围为0.91～0.99,平均值为0.96,22对引物可用于区分甜菜品种。利用UPGMA聚类分析,22对引物将111份材料划为3个类群(G1～G3),聚类结果大致与其地理来源一致;通过获得的等位基因计算遗传距离,111份甜菜品种的遗传距离范围为0.059～0.564,平均值为0.325,甜菜品种间具有一定的遗传多样性。基于最少引物区分最多品种的原则,通过UPGMA聚类分析,仅用6个SSR引物组合可将全部材料区分。结果表明,基于6对SSR引物扩增...     

利用SNP标记构建漳州南部茶树种质资源的分子身份证

为了对漳州南部茶树种质资源进行有效地标识和保护,利用SNP分子标记技术对该地区茶树种质资源的指纹图谱和分子身份证进行构建。以福建省漳州市云霄县、诏安县的74份茶树种质为材料,利用SNP分子标记技术对茶树种质资源进行基因分型,再用筛选出的24个最佳位点进行茶树品种资源分子身份证的构建。本研究构建了74份茶树种质的DNA指纹图谱;以“4位数字的茶树基本信息+24个基因型”为身份证编码标准,构建茶树品种资源的分子身份证,进而生成相应的条形码和二维码信息,可以快速进行扫码识别。本研究构建了漳州南部茶树种质资源的分子身份证,使得每一个茶树种质具有唯一的分子身份证,对于地方特色茶树种质资源的鉴定、保护和推广具有重要意义。     

基于形态学与SSR标记的甘薯种质资源遗传多样性分析

通过对多个甘薯种质资源的17个表型性状进行调查和通过SSR分子标记,进行主成分分析和聚类分析,进而对甘薯种质资源遗传多样性进行了全面分析。主成分分析结果显示,有7个主成分的特征值大于1,累计贡献率达72.69%,主成分1和2直观反映了地上部性状,可以解释表型差异的32.84%;聚类分析显示,144份甘薯材料在遗传距离0.198 2处,划分为5个族群,遗传距离0.298 8处将第Ⅴ族群分为两个亚群（V-1、V-2）。其中,瓦尔图努2号和福建武平农家种两个材料表型独特,可以在今后的甘薯育种中作为亲本材料。聚类分析结果显示,144份甘薯材料均可以分为5个类群,两者结果一致,即来源地相近的品种遗传差异较小。     

利用荧光标记SSR绘制中国芍药品种分子身份证

为了开发芍药品种分子鉴定方法,本研究采用SSR标记技术,在目前芍药SSR引物开发较少的情况下,采用文献相关引物84对,并结合自行设计的27对引物,将6%非变性聚丙烯酰胺凝胶与四重荧光毛细管电泳技术相结合,从111对引物中筛选出29对扩增稳定、多态性高的核心引物;共检测到223个SSR等位位点,平均每对引物为7.69个,有效等位基因数(Ne)为3.658±0.328,Shannon多样性指数(I)为1.371±0.104,观测杂合度(Ho)为0.532±0.045,期望杂合度(He)为0.645±0.036,多态性信息含量PIC值介于0.20~0.84,平均0.60。基于最少引物鉴定最多种质的原则,按照PIC值由高到低顺序串联排序的方式,最终筛选出4对SSR引物(Pmg153、Knu73、Pmg209、J38)。结果表明:筛选出的4对SSR引物组合可以有效鉴定66个芍药品种;采用个位数字和大写英文字母结合对不同带型进行编码,成功绘制了66个中国传统芍药品种的分子身份证。本研究为芍药品种鉴定提供了一种快速、准确与高效的分子检测方法,也有助于中国传统芍药品种的遗传改良与芍药新品种保护。      

基于SSR标记的思茅松种质资源遗传多样性分析

【目的】揭示思茅松主要分布区内11个群体共338份种质资源遗传多样性水平和遗传结构状况,为思茅松育种群体构建及高轮次遗传改良提供理论依据。【方法】用筛选出的18对引物进行SSR-PCR扩增,产物经毛细管电泳后用PowerMarker v3.25、GenALEx v6.4.1及Structure 2.3.4等软件分析思茅松种质资源的遗传多样性。【结果】18对SSR引物共检测到120个等位基因,平均每个位点的等位基因数为6.667个;种质资源的平均期望杂合度(H_e)为0.524;平均Shannon信息指数(I)为1.016;平均多态信息指数(PIC)为0.468。思茅松种质资源的遗传变异主要来源于群体内的个体。种质资源的群体分化系数(F_ST)平均为0.091,即群体间的遗传变异只占总变异的9.1%,分子方差分析(AMOVA)得到了同样的结果。各位点的基因流(N_m)平均为4.627(N_m> 1),较大的基因流减小了群体间的分化。STRUCTURE分析将338份思茅松种质资源划分为2个类群,基于Nei...     

贵州21份玉米优质种质资源的SSR标记分析

为建立优质玉米种质资源的指纹图谱,给贵州玉米优良杂交组合的选配提供分子水平上的依据和基础,利用微卫星分子标记(SSR)技术对21份贵州玉米优质种质资源进行了遗传多样性分析.结果显示,共筛选出多态性丰富的20对SSR引物,在供试材料中检测出97位基因变异,每对引物检测到等位基因2～11个,平均4.85个.SSR引物的多态...     

应用SRAP分子标记构建红麻种质资源分子身份证

【目的】以来源于不同国家和地区的127份红麻栽培种、野生种和近缘种为材料,利用SRAP标记构建红麻种质资源分子身份证。【方法】利用SRAP标记对127份红麻种质进行遗传分析,计算其遗传相似系数。利用UPGMA法作聚类图,构建分子身份证。【结果】40对引物组合在127份红麻种质材料中共扩增出383条DNA片段,其中,375条为多态性片段,总的多态性条带比率（PPB）为97.9%。UPGMA聚类分析结果表明,相似系数为0.70时,127份红麻种质资源被划分为4个类群。用SRAP特征谱带和多种引物组合2种方法可有效区分所有材料,并构建出127份红麻种质资源特异性分子身份证,置信概率达到99.99%。【结论】基于15对SRAP核心引物组合的36条谱带构建了一套127份红麻种质资源唯一性的分子身份证。     

吉林省玉米种质资源SSR和SNP分子身份证的构建及应用

【目的】农作物种质资源具有重要的战略地位。吉林省玉米种质资源库主要存储具有北方春玉米区特色的种质资源。鉴于在传统农作物种质资源管理过程中难以获取真实身份信息的现状,利用分子标记技术构建种质资源分子身份证可以有效鉴定种质资源真实身份,强化种质资源的分类管理。通过深度发掘吉林省玉米种质资源库的优异资源,推动共享利用。【方法】以吉林省玉米种质资源库中的2 918份玉米种质资源为研究对象,采用玉米品种鉴定检测标准中推荐的40对SSR标记,以及61 214个SNP标记来构建其分子身份证。根据获得的分子身份证信息将种质资源划分为核心、同近源、异质和群体等类进行管理,并进一步针对核心种质进行遗传多样性分析。【结果】为2 918份种质资源构建了SSR分子身份证,为除异质性种质外的2 502份种质资源构建了SNP分子身份证。分别制定了玉米种质资源SSR和SNP分子身份证的建设规范。其中,SSR分子身份证由40个SSR位点指纹转化为三位数字和一位字母的编码组合构成,并以二维码形式存储;SNP分子身份证由61 214个SNP位点指纹转化为可视化的条形码。根据样品纯合度和指纹特异性等特征,将样品划分为1 56...     

贵州21份玉米优质种质资源的SSR标记分析

为建立优质玉米种质资源的指纹图谱,给贵州玉米优良杂交组合的选配提供分子水平上的依据和基础,利用微卫星分子标记（SSR）技术对21份贵州玉米优质种质资源进行了遗传多样性分析。结果显示,共筛选出多态性丰富的20对 SSR 引物,在供试材料中检测出97位基因变异,每对引物检测到等位基因2-11个,平均4.85个。 SSR引物的多态性信息量（PIC）介于0.19-0.78,平均为0.53。UPGMA聚类分析表明,供试材料间遗传距离变幅为0.22-0.63,平均为0.43。