黄河玛曲段似鲇高原鳅的种群遗传多样性

用线粒体控制区序列对黄河上游玛曲段似鲇高原鳅(Triplophysa siluroides)3个地理种群的遗传多样性和遗传结构进行了分析。扩增出560 bp的片断序列在39个个体中检测到28个多态位点,共界定了10个单倍型。碱基序列总的单倍型多样度较高,为0.861,核苷酸多样度为0.014 19。AMOVA分析显示,96.52%的分子差异位于群体内,遗传分化指数(Fst)值统计检验和系统发育树都表明,3个地理群体之间尚未有显著的遗传分化。建议将黄河上游玛曲段似鲇高原鳅群体作为一个整体进行保护。     

达里湖高原鳅不同地理群体遗传多样性与遗传分化研究

为了解达里湖高原鳅不同群体遗传变异现状,本研究选择线粒体Cyt b基因作为分子标记,分析了红碱淖、大黑河、辉腾河及漳河4个群体的遗传多样性、遗传分化及种群历史动态。结果表明,67尾个体中共检测到16个变异位点和12个单倍型;不同群体的单倍型多样性范围为0.233~0.744,核苷酸多样性范围为0.00020~0.00860。其中,查干诺尔湖流域的辉腾河群体遗传多样性水平最高;黄河流域的红碱淖与大黑河群体单倍型多样性水平较高,核苷酸多样性水平较低;海河流域的漳河群体单倍型多样性与核苷酸多样性均较低。单倍型系统发育树和进化网络图显示,12个单倍型未聚类形成明显的谱系结构,多数单倍型为单一群体独有;除漳河群体外,其群体的单倍型混杂连接,未遵循各自的地理分布格局。遗传分化分析结果显示,群体间遗传分化指数范围为0.233~0.904,多为高度分化;分子方差分析表明遗传变异主要来源于群体间（66.31%）。种群历史动态分析未检测到达里湖高原鳅各地理群体及总体在近期经历过种群扩张。鉴于达里湖高原鳅已成为雅鲁藏布江外来鱼类,建议将达里湖高原鳅自然分布区内的各群体划定为不同保护单元并跟踪监测栖息地质量,同时加强对物种交易和放生活动的管控。     

湘西盲高原鳅遗传多样性的微卫星分析

利用筛选的16对微卫星标记对来自于湖南湘西龙山县乌龙山3个不同洞穴的盲高原鳅群体进行遗传多样性及遗传分化分析.通过计算多态信息含量、平均杂合度、等位基因数、遗传距离、基因流、F-统计量等参数,评估各盲高原鳅群体遗传多样性和各群体间遗传分化.16个微卫星标记在3个群体中共检测出83个等位基因.每个座位检测到3～8个等位基因不等.3个群体各个多态位点的平均观测杂合度分别为0.362 5～0.946 5,平均期望杂合度为0.538 6～0.906 5.3个群体多态微卫星位点的PIC分别为0.263 2、0.231 3、0.303 5,选取的16个微卫星位点中2个为高度多态,2个为低度多态,其余为中度多态.分子变异方差分析(AMOVA)结果表明,遗传变异大部分(92.84％)来自群体内,仅有7.16％的变异来自于群体间,数据表明3个群体处于未分化状态,遗传一致性较大.     

长江上游中华金沙鳅和短身金沙鳅线粒体遗传多样性研究

为了解中华金沙鳅(Jinshaia sinensis)及短身金沙鳅(J.abbreviate)遗传多样性,本研究采用线粒体DNA控制区序列,对长江上游巴南、江津、合江、宜宾、犍为、巧家、宁南和攀枝花等8个群体的中华金沙鳅(Jinshaia sinensis)及巴南、合江和犍为3个群体的短身金沙鳅(J.abbreviate)的遗传多样性进行研究。结果显示:中华金沙鳅和短身金沙鳅的遗传结构存在差异,中华金沙鳅的遗传多样性较高,单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.999和0.0182;而短身金沙鳅的遗传多样性水平较低(Hd:0.411,Pi:0.0005)。分子变异方差分析(AMOVA)显示两种鱼均无显著地理遗传分化,但单倍型系统发育树和网络结构图揭示了中华金沙鳅存在群体内遗传分化,形成三个谱系,表明缺乏长期亚群体隔离和高水平基因流。中性检验和Bayesian skyline plot(BSP)结果表明,中华金沙鳅在历史上曾发生过群体扩张事件,扩张时间约在10万~17万年前。     

大宁河贝氏高原鳅的繁殖特性

以长江上游巫山段支流大宁河的贝氏高原鳅(Triplophysa bleekeri)为对象,研究其繁殖特性。结果表明:贝氏高原鳅第二性征明显,雌雄易于区分。繁殖群体雌雄性比为1.09∶1,最小性成熟年龄雌雄鱼均为2龄。精巢1对,成熟系数为0.05~1.30;卵巢1个,成熟系数为1.10~48.23,雌雄的成熟系数曲线均为双峰型。雌性绝对繁殖力为1 080~4 040粒,平均2 865粒。相对生殖力F/OW为198.49~941.68粒/g,平均690.97粒/g。相对生殖力F/L为14.21~53.16粒/mm,平均41.10粒/mm。卵径分布曲线亦为双峰型,卵径0.2~1.1 mm,平均卵径0.66 mm。贝氏高原鳅具有一年繁殖两次、精巢长期具有成熟精子的特点。     

安宁河西昌高原鳅胚胎发育初步研究

通过干法受精获得西昌高原鳅(Triplophysa xichangensis)受精卵,并观察了受精卵的胚胎发育过程。结果表明,西昌高原鳅受精卵遇水产生强粘性,胚胎发育共经历胚盘隆起、卵裂、囊胚、原肠胚、神经胚、器官形成、出膜前共7个阶段,在水温(22±0.5)℃情况下,受精卵经历78 h孵出首尾仔鱼出膜,初孵仔鱼全长(4.13±0.12)mm,受精后93 h,50%仔鱼出膜,刚出膜仔鱼多沉在水底,偶尔作间隙性冲游。西昌高原鳅胚胎发育过程与其它鳅科鱼类基本相似,但其发育历程也具有种的特点,胚胎发育历时较长,孵出时器官分化程度较高。     

基于线粒体Cyt b基因和D-loop区序列的长麦穗鱼遗传多样性研究

为研究长麦穗鱼(Pseudorasbora elongata)的遗传多样性现状,本研究利用线粒体Cyt b基因和D-loop区序列,分析了长江中下游安徽境内皖南山区的闪里(SL)、历口(LK)和石台(ST) 3个长麦穗鱼群体的遗传多样性及遗传结构。结果显示,基于Cyt b和D-loop序列定义的单倍型数分别为18和27,整体单倍型多样性指数(H_d)和核苷酸多样性指数(π)分别为0.792和0.01332、0.777和0.01140,2个标记均显示ST群体遗传多样性相对最低;群体间的遗传距离为0.00173～0.03615 (Cyt b)、0.00193～0.02639 (D-loop);遗传分化指数(F_st)和基因流(N_m)均表明ST群体和SL及LK群体间存在显著的遗传分化;分子方差分析(AMOVA)表明,长麦穗鱼群体间的遗传变异(94.60%、90.69%)远高于群体内(5.40%、9.31%),遗传变异主要来自群体间;单倍型系统进化树及网络结构图分析显示,SL和LK群体遗传关系较近,聚为一支,而ST群体单独聚为一支,...     

基于线粒体Cyt b基因序列的长江中上游草鱼野生和养殖群体遗传多样性比较研究

为了较全面了解长江中上游草鱼(Ctenopharyngodon idellus)的种质情况,本研究基于线粒体Cyt b基因序列特征,比较分析了长江中上游大范围内草鱼3个野生群体和19个养殖群体的遗传多样性水平。结果显示:677个样本共检测到35个单倍型,17个简约信息位点和42个多态位点;野生群体遗传多样性最高(H_d:0.769;P_i:0.001 43),原种场群体次之(H_d:0.766;P_i:0.001 13),苗种场群体最低(H_d:0.649;P_i:0.000 84)。野生群体中,万州群体遗传多样性最高(H_d:0.857;P_i:0.002 05),中性检验结果表明万州群体曾经历过种群扩张事件;遗传结构分析表明草鱼野生群体间不存在遗传分化,群体间基因交流广泛;对比历史数据,草鱼野生群体多样性水平近10年来未出现下降。苗种场群体中,遗传多样性最高(H_d:0.791;P_i:0.001 47)和最低(H_d:0.247;P_i:0.000 24)的分别是阳新和蔡甸1群体,部分养殖群体遗传多样性下降;遗传结构分析表明养殖群体间存在大范围的显著遗传分化,群体间缺乏交流。综上,草鱼养殖群体遗传多样性下降明显,在进行草鱼苗种繁育时要注意近交等带来的不利影响。     

长江上游特有鱼类红唇薄鳅线粒体控制区遗传多样性研究

红唇薄鳅(Leptobotia rubrilabris)是长江上游特有鱼类,近年来资源量不断下降。本研究利用线粒体控制区序列片段(896 bp)分析了长江上游红唇薄鳅的遗传多样性及遗传结构,为其资源保护提供科学依据。共采集了119尾样本,来自长江上游江津、四川南溪、岷江下游蕨溪等。结果显示,共检测到58个单倍型,平均单倍型多样性为0.967,平均核苷酸多样性0.006 7,表明红唇薄鳅种群具有较高的遗传多样性。单倍型NETWORK网络关系图和分析系统树结果显示红唇薄鳅单倍型不按地理分布聚类,但是明显分成了2个谱系,表明红唇薄鳅群体发生了同域遗传分化。AMOVA分析结果显示,采样点和采样时间的群体间没有发生遗传分化。中性检验、错配分析及BSP(Bayesian skyline plot)分析表明红唇薄鳅Lineage 1种群在距今0.007 5~0.055 Ma(百万年)期间发生过种群选择或扩张事件。     

秀丽高原鳅自然栖息地及人工驯养池水质评价研究

2015年全年对秀丽高原鳅(Triplophysa venusta)主要分布流域漾弓江上游鹤庆段开展水质调查,对洗马池、白龙潭、清水河、寺庄龙潭、美龙潭、西龙潭、人工驯养池及驯养池水源8个监测点的水温(T)、pH、溶解氧(DO)、氨氮(NH3-N)、总氮(TN)、总磷(TP)、高锰酸盐指数(CODMn)7个指标进行采样监测,采用模糊综合评价法和综合水质标识指数法对采样点水质现状进行评价;分析了人工驯养池和自然栖息地水质差异。结果显示:驯养池与自然栖息地部分水质指标差异显著;自然栖息地中,清水河夏季水质为Ⅲ类,主要污染物为TN,其余监测点各季节水质均满足水体环境功能区规划要求;驯养池夏季水质评价结果为Ⅳ类,主要污染物为TN。     

秀丽高原鳅生物学性状与肌肉氨基酸组成分析

2013-2014年分析了金沙江流域160尾秀丽高原鳅(Triplophysa venusta)的生长性状、繁殖力和肌肉氨基酸组成。结果显示,秀丽高原鳅由1~8龄个体组成,以2~5龄个体为主,占比为78.1%;雌雄个体比例为1∶1.29。雌雄个体的平均体长分别为67.8 mm与72.7 mm,平均体重分别为4.13 g与4.30 g,雌雄个体间的体长和体重均无显著差异。秀丽高原鳅的体长与体重呈显著的幂函数相关:W♀+♂=0.014 9L2.811,(R2=0.89,r=0.864 7)。雌雄个体的Fulton和Clark肥满度分别为1.13与1.02,1.15与0.84,但差异不显著。雌性个体的绝对繁殖力位于825~4 500粒/尾之间,平均1 815粒/尾。肌肉中共检测到18种氨基酸,包括8种必需氨基酸与10种非必需氨基酸,总氨基酸含量(占鲜重)为13.63%,鲜味氨基酸含量为4.22%;必需氨基酸的构成比例符合FAO/WHO标准。氨基酸评分中,色氨酸分值最小,为第一限制性氨基酸。     

中国高原鳅属多样性研究概述

中国幅员辽阔、地形复杂、气候多样,地跨古北界和东洋界两个生物地理区,孕育了丰富的生物资源,是世界上物种多样性最为丰富的国家之一。青藏高原位于中国的西部,平均海拔在4500 m以上,有"世界屋脊"之称。青藏高原高寒、低氧及强辐射     

长江上游中华沙鳅遗传多样性研究

测定了采自3个地理位置(宜宾、江津、思南)共45尾中华沙鳅(Botia superciliaris)的线粒体DNA控制区序列。结果显示:在所有个体913 bp序列中检测到22个变异位点,45尾个体中发现26种单倍型。中华沙鳅的平均核苷酸多样性指数π较低(0.00365),而平均单倍型多样性指数Hd较高(0.986)。中性检验Fu′sFs值为-9.49536(P<0.05)。3个群体内的Kimura 2-paramter遗传距离为0.00329～0.00417,群体间为0.00340～0.00379,群体间和群体内的遗传距离处于同一水平。分子变异分析(AMOVA)结果显示:Fst=0.0291(P<0.01),2.9%的变异来自群体间,97.1%的变异来自群体内;在NJ聚类树中,3个群体的个体并没有按相应的地理位置进行聚类。     

怒江细尾高原鳅生长特征与食性

对2008年从怒江采集到的172尾细尾高原鳅(Triplophysa stenura)进行了生长与食性的研究。并采用von Bertalanffy生长方程、Gompertz生长方程、Logistic生长方程以及三项式方程分别拟合了细尾高原鳅的生长。实验结果显示,耳石适合于细尾高原鳅的年龄鉴定。体长与体重关系式为W=0.9996×10-5L2.9762(R2=0.9680)。体长与耳石半径间关系式为L=0.0027R1.7230(R2=0.9542)。四种生长方程均能反映其生长规律,其中von Bertalan-ffy生长方程表达式为Lt=246.9430(1-e-0.05964(t-0.1689));Wt=132.0300(1-e-0.05964(t-0.1689))2.9762。体重、生长曲线的拐点为18.45龄。食性分析表明:细尾高原鳅为杂食性鱼类,食物组成主要是水生昆虫幼虫,着生藻类,原生动物及有机碎屑等。     

水温对前鳍高原鳅幼鱼生长和存活的影响

为了探究养殖水温对前鳍高原鳅幼鱼生长和存活的影响,实验以初始体长(8.72±0.55)mm,初始体重(0.081 4±0.002 7)g的30日龄前鳍高原鳅幼鱼作为研究对象,设计了8、13、18、23和28℃五个温度梯度,进行为期30天的培育。结果显示,8、13、18℃组之间的存活率差异不显著;当水温超过18℃后,存活率逐渐下降,采用二次方程回归拟合了温度和存活率之间的关系(y=-0.16x²+3.893x+75.786,R²=0.964 2),最适生存水温为12.17℃。在生长方面,幼鱼的生长随温度的增大呈现先增大后减小的趋势变化。温度在8～18℃时,随着温度的增加,前鳍高原鳅幼鱼终末体长、终末体重增长均在逐渐增大;温度在18～28℃时,随着温度的增加,前鳍高原鳅幼鱼终末体长、终末体重增长均在逐渐减小。对日增重、体长增长率、体重增长率和特定增长率与温度分别进行了二次方程回归拟合,得到的最快生长水温为(16.57±0.51)℃,与最高存活水温相差近4℃。初步判定,前鳍高原鳅幼鱼最适生长温度范围为12.17～16.57℃。     

长江上游长薄鳅Cytb基因的序列变异与遗传结构分析

采用线粒体DNA序列对长江上游长薄鳅(Leptobotia elongata Bleeker)长江干流、岷江、赤水河和嘉陵江的8个群体176尾样本的遗传结构进行了分析,长薄鳅cyt b基因序列分别检出了25个变异位点和25个单倍型,单倍型多样性(H d)和核苷酸多样性(π)分别为0.608 52和0.000 89。单倍型网络结构图和N J树均未显示与地理种群相关的信息。分子变异方差分析结果表明长薄鳅种群内的变异大于种群间的变异,变异主要来自种群内部,群体遗传分化不显著(F st<0.05),种群基因交流十分频繁(N m>1)。中性检验值(Tajima’s D=-2.279 09,P<0.01;Fu and Li’s D*=-4.670 47,P<0.02;Fu and Li’s F*=-4.470 16,P<0.02)和单倍型错配分布结果显示长薄鳅经历了最近的种群扩张事件。     

基于线粒体Cytb基因和D-loop区序列的高邮湖湖鲚(Coilia nasus)遗传多样性分析

本研究利用线粒体细胞色素b(Cytb)基因和控制区(D-loop)序列作为分子标记,调查了高邮湖湖鲚(Coilia nasus)种群遗传多样性。结果显示,Cytb基因和D-loop区序列碱基A+T含量均高于G+C含量,显示碱基组成具有偏倚性。38条Cytb基因序列检出26个变异位点,定义13个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.716±0.078和0.002 70±0.000 57;40条D-loop区序列检出53个变异位点,定义21个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.906±0.034和0.006 27±0.000 99。13个Cytb基因单倍型之间的遗传距离在0.001~0.014之间,NJ系统进化树显示单倍型聚为1支;21个D-loop区单倍型之间的遗传距离在0.001~0.019之间,NJ系统进化树显示单倍型聚为2支。中性检测结果和歧点分布图均表明高邮湖湖鲚种群稳定,近期没有发生种群扩张。整体来看,高邮湖湖鲚种质资源遗传多样性水平较高,具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性的特征。     

都柳江粗唇种群线粒体DNA Cyt b基因和D-loop序列组成及遗传多样性

以采自都柳江40尾粗唇(Leiocassis crassilabris)个体为样品,采用PCR和DNA测序技术对粗唇都柳江种群Cyt b基因和D-loop序列进行了分析。获得了长度分别为1 118 bp、776~778 bp的粗唇Cyt b基因、Dloop序列。2段序列的碱基组成均为A+T的含量高于G+C的含量,但Cyt b基因碱基变异率(0.27%)显著低于D-loop的碱基变异率(3.34%~3.35%)。对粗唇D-loop序列结构进行了分析,识别了其终止序列区、中央保守区和保守序列区等的特征序列。都柳江粗唇40个个体Cyt b基因、D-loop序列中分别有3、20个多态位点,分别定义了4、10种单倍型。都柳江粗唇种群Cyt b基因和D-loop序列的单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数和平均核苷酸差异数分别为0.146、0.000 13、0.150和0.404、0.003 17、2.444。都柳江粗唇种群遗传多样性较低,开展该种鱼类种群遗传多样性的研究和保护十分必要。     

塔里木河流域5个地理种群的叶尔羌高原鳅遗传多样性分析

为研究塔里木河流域叶尔羌高原鳅(Triplophysa yarkandensis)群体的遗传多样性,基于高通量测序平台,对叶尔羌高原鳅基因组进行测序,并筛选出符合条件的微卫星位点,设计100对用于PCR扩增的引物,最终筛选出39对具有多态性的引物,挑选多态性较高的15对在5个河段叶尔羌高原鳅种群中进行扩增,分析不同种群的遗传多样性和种群分化情况。结果显示,5个叶尔羌高原鳅群体的平均等位基因数(Na)和有效等位基因数(Ne)分别为48.467和15.181,平均观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为0.578和0.929,多态性信息含量(PIC)为0.893,种群间遗传分化系数(Fst)为0.102。其中,车尔臣河群体等位基因数最多(18.143),阿克苏河群体等位基因数最少(10.429);阿克苏河群体的观测杂合度最高(0.706),台特玛湖群体的观测杂合度最低(0.517);阿尔干群体的多态信息含量最高(0.877),阿克苏河群体的多态信息含量最低(0.760);阿克苏河与台南河群体的遗传距离最小(0.606),阿尔干与台南河群体遗传距离最大(1.901);阿尔干群体与台南河群体遗传相似度最低(0.149),阿克苏河与台南河群体的遗传相似度最高(0.545)。群体遗传结构显示,车尔臣河与台特玛湖、阿克苏河与台南河、阿尔干群体分别聚为独立分支。研究表明,塔里木河各个河段叶尔羌高原鳅之间虽然有一定的差异,但仍然有基因交流现象。     

长江中上游圆筒吻鮈群体线粒体Cyt b遗传多样性分析

为探明大坝建设及过度捕捞等可能会对圆筒吻鮈资源造成的影响,采用线粒体DNA Cyt b基因序列对长江中上游宜宾、泸州、合江、江津、巴南、涪陵和黄冈7个圆筒吻鮈(Rhinogobio cylindricus)群体进行研究,分析其遗传多样性及遗传结构。结果表明:在获得的998 bp序列长度中检测到14个变异位点,140尾样本定义15个单倍型,平均单倍型多样性(Hd)和平均核苷酸多样性(Pi)分别为0.625、0.000 77,说明圆筒吻鮈种群遗传多样性较贫乏。分子变异方差分析(AMOVA)表明圆筒吻鮈地理群体间未出现显著遗传分化。单倍型Network网络分析呈星型结构,邻接系统发育(NJ)树显示单倍型没有出现高支持率的分支,表明群体内部没有发生遗传分化。中性检验、错配分布及BSP分析均表明圆筒吻鮈发生历史种群扩张事件,种群扩张发生在0.06 Ma(百万年前)。综上表明,圆筒吻鮈的群体遗传多样性较低,群体间遗传分化不显著,建议将圆筒吻鮈群体作为一个整体就地保护,并在今后应加强长期监测。