猪传染性胃肠炎病毒SC-H株M基因的克隆与序列分析

参照Genbank已发表的TGEV的核酸序列设计一对扩增M基因的引物,经RT-PCR扩增了SC-H株的M基因cDNA片段,插入pMD18-T构建重组质粒pMD-M,对pMD-M进行了酶切鉴定及核苷酸测序,将M基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列与参考毒株进行了比较分析。结果表明SC-H株M基因扩增片段长度为852bp,包含789bp的M基因编码区,编码262个氨基酸;SC-H株与TS、96-1933、FS772/70、HN2002、TFI、Purdue及TO14株的M基因核苷酸序列同源性为97.8%、94.2%、97.2%、97.8%、99.7%、96.8%及98.2%,氨基酸同源性为96.6%、92.0%、95.4%、96.6%、99.2%、95.8%及97.7%,表明不同毒株的M基因高度保守,系统进化分析显示SC-H株与Prudue株有较近的亲缘关系。     

猪传染性胃肠炎病毒纤突糖蛋白N端基因的克隆

以RT -PCR方法扩增出TGEV纤突糖蛋白 (S)N端基因片段 ,它包含D、C两个抗原位点 ,长 1 2kb ,平端连接方法将其与质粒PUC18的ECORⅠ多克隆位点相连 ,电转化DH5α ,经筛选鉴定获得阳性基因克隆     

鸡传染性支气管炎病毒澳大利亚T株S1全基因的克隆与序列分析

【目的】研究鸡传染性支气管炎病毒(IBV)澳大利亚T株S1基因全序列。【方法】采用RT-PCR技术,对IBV T株S1基因进行扩增、克隆和测序。【结果】测序结果表明,IBV T株S1基因大小为1 739 bp。与Gen-Bank中的29株IBVS1基因进行比较发现,IBV T株与吉林疫苗株(JAAS)S1基因核苷酸同源性为99.8%,有4个核苷酸的差异,其中有3个碱基发生非同义突变,氨基酸同源性为99.4%;与其余28株IBVS1基因核苷酸同源性为73.8%~84.4%,氨基酸同源性为66.8%~85.9%。进化分析发现T株与JAAS株之间的亲缘关系很近,与其他IBV株的亲缘关系均较远。【结论】JAAS株是T株的变异病毒,IBV T株的变异病毒在我国存在。     

猪传染性胃肠炎病毒福建株M基因的克隆与生物信息学分析

对猪传染性胃肠炎病毒(porcine transmissible gastroenteritis virus,TGEV)福建分离株(TGEV-FJ 株)M基因进行克隆、测序,并利用生物信息学技术分析TGEV-FJ株M蛋白基因的同源性、信号肽、糖基化位点、磷酸化位点及其二级结构.结果显示,成功扩增出M基因完整目的片段(7...     

猪传染性胃肠炎病毒纤突蛋白全基因的克隆与序列分析

采用RT-PCR和重组PCR扩增猪传染性胃肠炎病毒(Transmissible gastroenteritis virus of swine,TGEV)TSX毒株纤突蛋白(spike protein,S)基因全长cDNA序列,分离纯化PCR产物,连接到pGEM-T载体,转化大肠杆菌DH5α,筛选阳性克隆pGEM-S,并对其进行酶切鉴定和测序,对测序结果及推导氨基酸序列进行同源性分析。结果表明,S基因全长为4 350 bp(GenBank登录号DQ001167),编码1 449个氨基酸,N端前16个氨基酸为推测的信号肽序列,其后1 433个氨基酸构成成熟蛋白;与GenBank中已发表的9个TGEV毒株S基因进行比较,核苷酸序列同源性为95%～98%,推导的氨基酸序列同源性为95%～98%。基于S基因及其推导氨基酸序列的聚类分析表明,TSX株与Miller、T014、TS和HN2002株亲缘关系较近。S基因变异是由于碱基突变造成10处氨基酸发生改变,但主要抗原部位未发生任何变异,为进一步研制猪传染性胃肠炎基因疫苗提供了良好的候选基因。     

猪传染性胃肠炎病毒S基因A抗原位点的克隆及原核表达载体的构建

 【研究目的】对猪传染性胃肠炎病毒S基因A抗原位点进行克隆和原核表达载体的构建。【方法】参考GenBank上公布的TGEV S基因A抗原位点序列,应用Primer6.0设计一对含酶切位点的引物,用于RT-PCR扩增A抗原位点目的片段,将扩增产物连接于paesy-T克隆载体上构建克隆载体,用EcoR I和Xhol I对表达载体PET-32a（+）和重组质粒进行酶切,将酶切产物亚克隆至PET-32a（+）多克隆位点上,连接、转化至BL21(DE3),构建A位点的原核表达载体,并对阳性重组质粒进行酶切、PCR和测序鉴定。【结果】所扩增的目的片段的大小为534bp,与原核表达载体连接后,经核苷酸及推导的氨基酸序列分析表明,该基因与其它猪传染性胃肠炎病毒相应基因具有很高的同源性,说明成功地构建了TGEV S 基因A抗原位点的原核表达载体。【结论】TGEV S 基因A抗原位点原核表达载体的成功构建,填补了中国国内单独针对此位点进行研究的空白,也为TGEV诊断方法的建立提供良好的技术基础。     

30株鸡传染性支气管炎病毒标准株与分离株SJ基因的克隆及序列分析

利用IBV S1基因特异性引物对30株IBV毒株进行RT-PCR扩增,产物经纯化后进行测序,并利用ONAstar MegAlign软件分析S1基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列。结果表明,广西分离株GXIB／02与Mass41、Conn、Ark、PA、Del、JMK、H52参考株的核苷酸序列同源性和氨基酸序列同源性均较低,与美国80年代分离的毒株MW34、hotle、call5、AustT株的序列同源性也很低。这一结果与血清学试验结果相吻合,说明广西分离株GXIB／02与当今流行的标准株以及过去流行的毒株都不相同,是一个新的变异株,由此推断广西已有不同血清型IBV毒株存在,可能导致新的变异株流行。     

猪传染性胃肠炎病毒HB-FP株的分离鉴定及其S基因序列分析

为了解目前河北地区流行的猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)的生物学特征及基因的遗传进化关系,从河北某地采集仔猪粪便或小肠内容物,病料处理后在PK-15细胞上进行盲传,通过RT-PCR、间接免疫荧光(IFA)验证,成功分离出1株猪传染性胃肠炎病毒,命名为HB-FP株。对HB-FP株S基因进行RT-PCR扩增,获得的分离株S全基因与国内外TGEV毒株进行序列比对和遗传进化分析:结果显示,HB-FP株S基因与其他参考毒株的核苷酸同源性为94.9%～98.8%,编码氨基酸同源性为65%～98%,与我国的TGEV JS2012(KT696544)株核苷酸同源性最高为98.8%,氨基酸同源性为98%。由进化树分析表明,HB-FP株除与英国TGEV株(AF104420)不在一个分支上外,与其他参考毒株都在同一分支上,中国的TGEV JS2012(KT696544)株、美国的TOY56-165(M94103)株、韩国的TGEV(AF298211)株与分离株HB-FP株亲缘关系最近。氨基酸变异情况分析表明,分离株与常用疫苗株相比在S蛋白的抗原表位区有7处点突变,这种抗原位点的突变对TGEV生物学特性的影响还有待进一步研究。本试验成功从河北省分离鉴定得到1株猪传染性胃肠炎病毒,为该地区TGEV防控及候选疫苗毒株的筛选提供了物质基础。     

传染性喉气管炎病毒河南株TK基因的克隆与序列分析

根据传染性喉气管炎病毒TK基因的核苷酸序列设计并合成一对引物,利用该对引物PCR扩增出鸡传染性喉气管炎病毒河南株ILTV-CGI、LTV-XY及以色列疫苗株TK全长片段,并进行克隆、测序。结果显示3株ILTV的TK基因全长均为1 183 bp,包含一个开放性阅读框(1 092 bp),编码363个氨基酸的多肽;3株ILTV TK基因核苷酸序列完全一致,并与GenBank收录的ILTV美国632强毒株、北京E2株TK基因完全一致,而与山东烟台株、英国Thorne强毒株和英国216株TK基因核苷酸同源性均为99.5%,与其他疱疹病毒TK基因核苷酸同源性在19.1%～27.2%之间。分子进化分析揭示了各毒株间的亲缘关系。     

30株鸡传染性支气管炎病毒标准株与分离株S1基因的克隆及序列分析

利用IBVS1基因特异性引物对30株IBV毒株进行RT-PCR扩增,产物经纯化后进行测序,并利用DNAstar MegAlign软件分析S1基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列。结果表明,广西分离株GXIB/02与Mass41、Conn、Ark、PA、Del、JMK、H52参考株的核苷酸序列同源性和氨基酸序列同源性均较低,与美国80年代分离的毒株MW34、hotle、cal15、AustT株的序列同源性也很低。这一结果与血清学试验结果相吻合,说明广西分离株GXIB/02与当今流行的标准株以及过去流行的毒株都不相同,是一个新的变异株,由此推断广西已有不同血清型IBV毒株存在,可能导致新的变异株流行。     

牛分支杆菌ESAT-6基因的克隆与序列分析

从患结核病鹿的肺组织中粗分离牛分支杆菌制备DNA模板,用PCR对牛分支杆菌ESAT-6基因进行了扩增,将扩增的产物连接于测序载体pGEM-TE上克隆,经测序确定无误;并使用分子生物学软件对ESAT-6基因进行了分析。结果显示:ESAT-6基因编码的蛋白有较好的抗原性;ESAT-6基因在结核分支杆菌和牛分支杆菌各基因型中具有高度保守性。本研究为下—步研制重组标记疫苗奠定了基础。     

堆型艾美耳球虫cSZ1基因的克隆与分析

[目的]分析堆型艾美尔球虫cSZ1基因序列,为研制球虫疫苗提供候选抗原。[方法]根据堆型艾美尔球虫基因序列,设计合成引物,RT-PCR扩增堆型艾美尔球虫长春株cSZ1基因并测序。[结果]与GenBank中发表的堆型艾美尔球虫cSZ1基因序列相比,堆型艾美尔球虫长春株cSZ1基因发生了5个核苷酸变异,两者的核苷酸序列同源性为99.47%,两者编码区的核苷酸序列同源性为99.61%。堆型艾美尔球虫长春株cSZ1基因ORF内有2个变异位点。其中,A185G变异导致了所编码氨基酸由缬氨酸变为异亮氨酸。[结论]cSZ1基因编码蛋白可以作为球虫疫苗的候选抗原。     

7株猪圆环病毒2型ORF2基因的克隆及序列分析

根据GenBank中猪圆环病毒2型的ORF2序列,设计l对引物,运用PCR方法,对中国动物卫生与流行病学中心监测室从福建、湖南和辽宁3省分离的7个毒株进行ORF2基因扩增.将其克隆到pGEM-T easy载体,筛选阳性重组质粒进行测序.应用DNAstar软件将测序结果与国内外参考毒株进行比对,并对Cap蛋白的细胞表位、糖基化位点等进行分析.结果表明,HUN、HUN-2和LN-19分离株ORF2基因大小为702 bp,编码233个氨基酸;FJ-3、FJ-4、HUN-11和LN-3的ORF2基因大小为705 bp,编码234个氨基酸.Cap蛋白5个表位区A(47～63)、B(65～87)、C(113～139)、D(165～200)和E(C端最后4个氨基酸)均发生一定变异.同源性分析表明,24株序列同源性为90.5%～99.9%,FJ-3与美国株同源性最低(90.5%),HUN和AF055393、DQl80392同源性最高(99.9%);FJ-3和FJ-4为94.5%,HUN-11和HUN-2为94.3%,HUN和HUN-2为99.3%,HUN和HUN-11为95%,LN-3和LN-19为94.7%,表明各地区ORF2基因比较稳定,但也存在一定差异.     

猪Ob-Rb基因的克隆与分析

[目的]采用RT-PCR法克隆与分析瘦素受体06-Rb cDNA序列。[方法]从160日龄初情期的苏姜猪的下丘脑中提取组织总RNA．根据GenBank中猪06．RbmRNA全序列设计引物,用反转录-聚合酶链式反应（RT—PCR）进行cDNA扩增,获得1条343bp的片段,将PCR产物克隆于pGEM—Teasy载体后进行测序分析。[结果]用紫外分光光度计检测所提取的RNA质量,0D260／OD280=1.9,证明所提RNA的质量较好,无降解和蛋白质污染;用1％的琼脂糖检测所提RNA,有3条清晰的条带,分别是28S、18S、5S,28S与18S浓度比约为2：1．说明所提的RNA的完整性较好。所获D6-RbcDNA序列用Blast程序与在GenBank中发表的猪06-Rb cDNA序列（AF092422）比较表明,其同源性为100％,说明所扩增的序列是正确的。[结论]该研究为进一步探索Ob-Rb基因组织表达和作用机理奠定了理论基础。     

核糖体失活蛋白(RIP)基因克隆及其表达载体的构建

以按玉米RIP基因(M83927)序列设计合成的特异性引物,用提取的玉米基因组DNA为模板,应用PCR技术扩增目的片段,测定并克隆玉米的RIP基因。序列分析表明,它们的核苷酸和氨基酸序列与GenBank中登录的CRIP(M83927)的同源性分别为99.90%和100%。RIP与植物表达载体pCAMBIA2301相连构建成为带有35S启动子和polyA终止子的植物表达载体p2301-RIP。     

Aspergillus niger 乳糖酶基因的克隆及序列分析

利用PCR及RT-PCR技术从黑曲霉(Aspergillus niger)菌株DL116中克隆到了乳糖酶基因组DNA,cDNA序列(GENBANK ACCESSION No.EF103141)。序列分析表明,乳糖酶基因组DNA序列长3368bp,其中含有8个内含子,cDNA编码区长2967bp,共编码988个氨基酸,氨基酸序列中共含有12个潜在的糖基化位点。并将此基因与不同来源的乳糖酶基因进行了同源性比较。     

鸡传染性支气管炎病毒S2蛋白基因的克隆与序列分析

参考genebank已发表的IBV纤突蛋白S2基因序列,设计了两对特异性引物,对鸡传染性支气管炎病毒黑龙江肾型分离株Mg/Mk和K进行RT-PCR扩增,将扩增后得到的PCR产物克隆入pMD18-T载体,并进行测序和分析。结果显示:S2基因的核苷酸全长为1884bp,编码一条由628个氨基酸组成的多肽,与网上报道的相一致。地方分离株Mg株、Mk株、K株分别和标准株T株比较,其同源性分别为92.3%、94.7%和94.2%。而Mg和Mk株的同源性为97.2%,Mg和K株的同源性为96.7%,Mk和K株的同源性为99.5%。说明地方分离株的亲缘关系较近,而和T株的亲缘关系较远。     

“冷俊”槭查尔酮异构酶基因(CHI)片段克隆及序列分析

以槭树品种"冷俊"为试材,利用RT-PCR技术,根据GenBank中登录的相关物种查尔酮异构酶基因(CHI)的保守序列设计简并引物,提取其秋季变色期叶片中的总RNA并扩增出CHI基因的cDNA片段。测序结果表明,该片段长553 bp,编码183个氨基酸。序列分析表明,该片段与龙眼、橄榄、山茶、沙梨等的同源性在81%～90%以上,证明已成功克隆到槭树变色期叶片CHI基因的cDNA片段,在GenBank中登录号为KC121346。     

牦牛心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因的克隆及序列分析

【目的】对牦牛H-FABP基因进行克隆和序列分析，以期为进一步开展牦牛该基因与其肉质性状的相关分析，进行分子标记辅助选择以及基因定位、表达等研究提供理论基础。【方法】用特定引物对牦牛H-FABP基因进行PCR扩增并进行T-A克隆和测序，在此基础上使用RepeatMasker、DNAMAN4.0、BioEdit4.8.10、Clustal W1.81等生物信息学软件进行序列分析。【结果】牦牛H-FABP基因(已在NCBI上登录，登录号为DQ026674)由4个外显子和3个内含子组成，CDS序列全长为402 bp，前体氨基酸数为133个。4个外显子大小分别为73 bp、173 bp、102 bp和54 bp；3个内含子大小分别为3 460 bp、1 892 bp和1 495 bp；外显子与内含子的连接区序列遵循通常的基因组成规律。外显子和内含子个数与普通牛、绵羊、山羊、猪、人、大鼠、小鼠、鸡、斑马鱼各物种相同。牦牛H-FABP基因序列中，重复序列所占比率为13.07%。内含子Ⅰ含有5个重复元件，包括1个SINE/Artiodactyls元件、1个SINE/MIR3元件、1个SINE/Bov-tA1元件和2个SINE/MIR元件；内含子Ⅱ无重复元件；内含子Ⅲ有3个重复元件，其中SINE/MIR元件、LINE/L2元件、SINE/Artiodactyls元件各1个。SINEs短重复序列所占比率为11.85%，哺乳动物分散性重复序列MIRs比率为6.44%。LINEs所占比率为1.22%，小于SINEs元件。其中，LINE1、BovB/Art2、L3/CR1重复元件以及LTR类反转录元件和DNA转座子元件在牦牛该基因区域中不存在。不同物种间在该基因编码区核苷酸序列和氨基酸序列上有较高的保守性。牦牛与普通牛、绵羊、山羊、猪、人、大鼠、小鼠、鸡、斑马鱼各物种在H-FABP基因编码区核苷酸序列上同源性大小分别为99.8%、97.8%、97.0%、92.8%、88.8%、83.3%、83.1%、76.4%、68.7%；相应的氨基酸序列间同源性大小为100%、96.9%、96.9%、92.4%、88.7%、85.7%、85.7%、77.4%、69.9%。【结论】牦牛H-FABP基因由4个外显子和3个内含子组成，其中外显子I、外显子Ⅱ、 外显子Ⅲ 和外显子Ⅳ大小分别为73 bp、173 bp、102 bp和54 bp，内含子I、内含子Ⅱ和内含子Ⅲ大小分别为3 460 bp、1 892 bp和1 495 bp。牦牛该基因区域含有较为丰富的重复序列元件且外显子与内含子的连接区序列遵循通常的基因组成规律。牦牛与普通牛、绵羊、山羊、猪、人、大鼠、小鼠、鸡、斑马鱼9个物种在H-FABP基因编码区核苷酸及氨基酸序列上具有较高的保守性。     

Cloning and Homology Comparison of S Gene for Isolate TH-98 of Porcine Transmissible Gastroenteritis Virus

TH-98 isolate of transmissible gastroenteritis virus (TGEV) was propagated and harvested onswine testicle (ST) monolayer ceil. Two pairs of primers were designed to amplify S gene by RT-PCR accord-ing to the published sequence of TGEV'S gene cDNA with Oligo version 4.1 and DNasis software. The productsof PCR were named Sa and Sb, of 2.3 kb and 2.1 kb respectively. Sa was inserted in EcoR I and Kpn I sitesafter Sb was cloned in Kpn I and Pst I multiple cloning sites of the same pUC18 plasmid. The recombinantpUC-S plasmid was identified and analyzed by corresponding restriction endonuclease and nested PCR on thebasis of the genetic sites of S gene and pUC18 plasmid, which was identified as S gene of TGEV. RecombinantpUC-S was sequenced and analyzed in comparison with the other strains. Gene sequence comparison indicatedthat TH-98 shared 99, 97, 98, 97 and 94% identities with Purdue-115(US), Miller(US), TO14(Japan),FS772(British), 96-1933(British), respectively, their deduced amino acid homology was 99, 97, 97, 96 and93% correspondingly. In addition, the analysis report verified that pUC-S owned a complete open readingframe (ORF) including initiation codon, signal sequences, remaining sequences and termination codon aswell. Therefore, the results affirmed that S gene of TGEV TH-98 was extremely conservative.