青海省门源白牦牛mtDNA D-loop区遗传多样性及母系起源

为从分子水平上探究青海省门源白牦牛的母系遗传多样性及遗传背景,本研究对31头门源白牦牛线粒体DNA(mtDNA)D-loop区序列进行测定和比对分析,确定其多态位点和单倍型数目,计算核苷酸多样度、单倍型多样度及平均核苷酸差异数大小,并构建系统发育树。结果表明,门源白牦牛mtDNA D-loop区序列长度为892～896bp,排除5处插入/缺失后共发现38处多态位点,包括24处单一变异位点和14处简约信息位点;依据序列间核苷酸变异共确定了13种单倍型,单倍型多样度为0.901±0.030,核苷酸多样度为0.006±0.004,平均核苷酸差异数为5.17,提示门源白牦牛具有较丰富的母系遗传多样性。以普通牛为外群,邻接法(NJ法)构建的系统发育树结果显示,13种单倍型分为明显的2个分支,表明门源白牦牛有2个母系起源。综上所述,本研究结果表明门源白牦牛具有较丰富的母系遗传多样性,由2个母系遗传分支组成,具有2个母系起源。     

青海省同德牦牛的母系遗传多样性及群体遗传结构分析

[目的]从分子水平上揭示青海省同德牦牛的母系遗传多样性、群体遗传结构和遗传背景.[方法]本研究采用PCR方法和扩增产物双向测序技术,对60头(32♂,28♀)同德牦牛mtDNA D-loop区序列进行了测定.经人工核实校对序列后,使用BioEdit、DnaSP、Ar-lequin和Network等生物信息学软件综合分析...     

唐古拉山牦牛群体的母系遗传多样性及遗传结构分析

[目的]从分子水平上探究青海省唐古拉山牦牛群体的母系遗传多样性、群体遗传结构及其遗传背景。[方法] 对52头唐古拉山牦牛个体mtDNA D-loop区序列进行测定后,使用生物信息学软件分析确定其核苷酸变异位点和单倍型数目,计算单倍型多样度和核苷酸多样度大小,并进行系统发育分析。[结果] 在619 bp唐古拉山牦牛D-loop区序列分析中,排除2处插入（缺失）后共检测到31处多态位点,包括单一多态位点5处和简约信息位点26处。根据序列间核苷酸变异共确定了13种单倍型,单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.821±0.043和0.007±0.004。与我国其他18个家牦牛品种和野牦牛相比,唐古拉山牦牛群体单倍型多样度和核苷酸多样度值均较低,表明该群体遗传变异较为贫乏,母系遗传多样性水平较低。以美洲野牛为外群,邻接法（即NJ法）构建的系统发育树结果显示：唐古拉山牦牛群体13种单倍型分布在A、B、C、D和E五种单倍型组中,且聚为2个大的母系分支（即I和II）,支系Ⅰ占比为77%,提示唐古拉山牦牛由2个母系支系组成,拥有2个母系起源且以支系Ⅰ为主。 [结论] 唐古拉山牦牛母系遗传多样性水平较低,由2个母系支系组成,以支系Ⅰ为主,推测其有2个母系起源。     

囊谦青牦牛母系遗传多样性及遗传背景探析

为从分子水平上揭示青海省囊谦青牦牛的母系遗传多样性、群体结构及遗传背景,对31头囊谦青牦牛mtDNA D-loop区序列进行PCR扩增、测序和序列比对分析,确定序列变异位点和单倍型数目,计算单倍型多样度和核苷酸多样度大小,并进行系统发育分析。结果表明,在囊谦青牦牛618 bp D-loop区序列分析中,共检测到34个多态位点,包括8个单一多态位点和26个简约信息位点。根据序列间核苷酸变异共确定了12种单倍型,单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.846±0.055和0.011±0.005。与野牦牛及我国其他18个家牦牛品种相比,囊谦青牦牛群体核苷酸多样度和单倍型多样度值均较低,表明囊谦青牦牛母系遗传多样性水平较低。以美洲野牛为外群构建的系统发育树结果显示,囊谦青牦牛群体的12种单倍型分布在3种单倍型组A、C、D中,且聚为2个大的分支,提示囊谦青牦牛由2个母系支系组成,拥有2个母系起源。综上,囊谦青牦牛群体母系遗传多样性较低,由2个母系支系组成,推测其有2个母系起源。     

青海省祁连牦牛的母系遗传多样性及群体遗传结构分析

为明确青海省祁连牦牛的母系遗传多样性水平、群体遗传结构组成及母系遗传背景,本研究对33头祁连牦牛的线粒体DNA(mtDNA)D-loop区序列进行测定,结合Genbank中已报道的22条祁连牦牛D-loop区序列,用BioEdit7.2.5、Arlequin3.11和Mega5等生物信息学软件对共计55条序列进行综合分...     

郏县红牛mtDNA D-loop区遗传多样性与母系起源研究

［目的］探究郏县红牛的mtDNA D-loop遗传多样性与母系起源。［方法］采用生物信息学方法。［结果］在46头郏县红牛mtDNA D-loop区全序列共检测到60个变异位点,定义20种mtDNA D-loop单倍型,平均单倍型多样度(Hd)为0.8530,平均核苷酸多样度(Pi)为0.0254,表明郏县红牛有丰富的母系遗传多样性。构建的IQ系统发育树表明郏县红牛具有瘤牛和普通牛两个母系支系。［结论］郏县红牛具有丰富的母系遗传多样性,有普通牛和瘤牛两个母系起源。     

淮南猪线粒体DNA D-loop遗传多样性及母系起源研究

为探究淮南猪的遗传多样性和母系起源,本实验对32头淮南猪线粒体DNA D-loop区序列进行PCR扩增和测序,并结合GenBank中国内外猪种及黄河流域古家猪D-loop序列,分析淮南猪线粒体多态性及其起源。结果显示:淮南猪1 170 bp的D-loop序列核苷酸多样性(Pi)及单倍型多样性(Hd)分别为0.004 25和0.968;32个测序结果共检测到27个多态位点,界定了20种单倍型;中性检验表明淮南猪在驯化进程中曾发生过种群扩张;邻接法(NJ)构建分子系统发育树明显将群体分为国内和国外2个类群,淮南猪20个单倍型都聚集在国内分支上;进一步Network分析显示,淮南猪单倍型在国内猪种中呈广泛分布,但与华中、华北型猪种基因交流较多,且与黄河流域古家猪遗传关系较近,表明淮南猪为多母系起源,主要来自于黄河流域古家猪。     

基于D-loop区序列分析的四川省三个地方鸡种遗传多样性及母系亲缘关系研究

为研究四川省少数民族地区泸宁鸡、米易鸡、草料鸡的遗传多样性及母系亲缘关系,通过PCR扩增、产物回收、测序的方法,获得各鸡种30个样本的mtDNA D-loop区的部分序列,利用DNAMAN、MEGA5、DnaSP、Network等生物信息学软件对测序结果进行分析.对90个个体mtDNA D-loop区589 bp的片段通过数据分析及聚类分析,构建了单倍型网络关系图及品种聚类图等.泸宁鸡、米易鸡、草科鸡具有较近的亲缘关系,推测3个地方鸡种起源于分布在印度支那半岛、泰国、苏门答腊的红原鸡Gallus gallus gallus亚种.     

西林水牛和富钟水牛mtDNA D-loop序列的遗传多样性研究

该研究旨在探究西林水牛和富钟水牛mtDNA的遗传多样性和母系起源.采用PCR扩增、测序及生物信息学方法,测定了 60头西林水牛和富钟水牛的mtDNA D-loop序列.结合GenBank数据库已公布的25条西林水牛和富钟水牛的mtDNA D-loop序列联合进行多态性分析,共检测到60个多态位点,定义了 38种mtDN...     

Analyses of Genetic Diversity and Phylogeny of mtDNA D-loop from Yak in Karakoram-Pamir Area

This experiment was conducted to clarify the genetic diversity,genetic differentiation and phylogenetic status of yak in Karakoram-Pamir area.The mtDNA D-loop region sequence was selected as a molecular marker,and the sequence and genetic diversity of the mtDNA D-loop region of yak in Karakoram-Pamir area were analyzed by PCR direct sequencing and bioinformatics methods.The yak sequence in GenBank was used.The maximum likelihood method was used to construct the phylogenetic tree and the intermediary network relationship.The results showed that the mtDNA D-loop sequence of yak in Karakoram-Pamir area was rich in A and T bases,with AT content of 61.2%,and there were 63 polymorphic loci,accounting for 7.04% of the total number of nucleotides.The results indicated that A and T bases were rich in the mtDNA D-loop sequences at 61.2%.There were 63 mutation sites,accounting for 7.04% of all nucleotides,The average haplotype diversity (Hd) was 0.806,the average nucleotide diversity (π) was 0.01528,and the average nucleotide difference (K) was 13.509,indicating that the yak was rich in genetic diversity in Karakoram-Pamir area;Through phylogenetic analysis,there were two branches in yak in China,forming two branches and six small clades.The yak in Karakoram-Pamir area involved in this study had two different maternal origins.Additionally,yak in the Karakoram-Pamir area was less shared with other breeds of yak haplotypes.In the branch C,the yak group in the Karakoram-Pamir area accounts for a large proportion and was shared with wild yak.The yak population in Karakoram-Pamir area had a unique genetic background,which might be the result of early domestication of wild yaks.It was suggested to increase the identification of yak breeds and the formulation of breed standards in this area,and strengthen the protection of yak genetic resources in this area.According to the current situation of the population,wild blood yaks were introduced for purification and rejuvenation to prevent breed degeneration and decrease of genetic diversity.The introduction of foreign yak breeds and disorderly hybridization were reduced to ensure the characteristics of this breed of high-quality yak breed resources.     

野牦牛及青海地方牦牛品种全线粒体基因组母系遗传多样性、分化及系统发育分析

旨在从分子水平上探究野牦牛及青海地方牦牛品种的母系遗传多样性、群体遗传结构、亲缘关系和遗传背景。本研究在测定青海省4个地方牦牛品种(即青海高原、环湖、雪多和玉树牦牛)22条全线粒体基因组(Mitogenome)序列的基础上,从GenBank下载了已公布的野牦牛及上述4个地方牦牛品种的142条相应序列,使用BioEdit 7.2.5、Arlequin 3.11和Network 10.1等软件对共计164条线粒体基因组序列进行综合分析。结果显示：1)根据序列间核苷酸变异共确定了115种单倍型,其中野牦牛和青海地方牦牛品种分别拥有22种和93种单倍型;在野牦牛和青海高原、环湖、雪多、玉树牦牛中分别检测到22、26、18、23、19种特有的单倍型。遗传多样性分析显示,野牦牛单倍型多样度最高(0.992 8±0.014 4),且高于4个青海地方牦牛品种的单倍型多样度(0.973 1±0.007 7);4个青海地方牦牛品种单倍型多样度大小依次为：雪多牦牛(0.988 5±0.012 6)、玉树牦牛(0.975 8±0.018 7)、青海高原牦牛(0.973 0±0.016 6)和环湖牦牛(0.939 3±0.027 8)。2)野牦牛与环湖牦牛之间的固定分化指数值(F_ST值)最大(0.041 2),分化程度最高,而与玉树牦牛间的F_ST值最小(-0.008 8),分化程度最低。青海4个地方牦牛品种中,雪多牦牛与青海高原牦牛之间F_ST值最大(0.035 8),分化程度最高,而雪多牦牛与环湖牦牛间F_ST值最小(0.011 2),分化程度最低。3)聚类分析显示,4个青海地方牦牛品种各自为1类,存在明显的母系遗传差异。相比而言,环湖牦牛和雪多牦牛聚类较近,青海高原牦牛和玉树牦牛聚类较近,而野牦牛与玉树牦牛聚类关系更近,各品种(群体)间的聚类结果与其分化程度、地理分布一致。4)系统发育分析表明,115种单倍型分布在3个大的母系遗传分支(即Mt-Ⅰ、Mt-Ⅱ和Mt-Ⅲ),其中Mt-Ⅰ支系所占比例为72.17%,由A、B、E和F 4种单倍型组构成;Mt-Ⅱ支系包括C、D和H 3种单倍型组,占26.09%;而Mt-Ⅲ支系只包含G单倍型组,由雪多牦牛和野牦牛所拥有,所占比例为1.74%,提示牦牛有3个母系起源。综上所述,野牦牛和青海4个地方牦牛品种均具有丰富的母系遗传多样性,其多样性水平由高到低依次为野牦牛、雪多牦牛、玉树牦牛、青海高原牦牛和环湖牦牛。青海4个地方牦牛品种间及与野牦牛间的遗传分化程度均较弱,但各自拥有特有的母系遗传信息,存在明显的母系遗传差异。野牦牛和青海家牦牛品种由3个母系支系组成,推测牦牛有3个母系起源。     

广西的尼里—拉菲水牛和摩拉水牛mtDNA D-loop区遗传多样性研究

[目的]探究引入广西南宁的尼里-拉菲水牛和摩拉水牛的mtDNA D-loop区遗传多样性与母系起源。[方法]采用PCR扩增、测序及生物信息学方法。[结果]对从广西南宁采集的52个江河型水牛（尼里-拉菲水牛25个,摩拉水牛27个）mtDNA D-loop序列与GenBank下载的20条尼里-拉菲水牛和23条摩拉水牛序列进行联合分析,共检测到112个变异位点,定义42个单倍型,发现摩拉水牛（Hd: 0.934±0.027）与尼里-拉菲水牛的遗传多样性（Hd: 0.929±0.017）都很丰富。NJ系统发育树显示尼里-拉菲水牛和摩拉水牛含有江河型和沼泽型水牛mtDNA支系,表明尼里-拉菲水牛和摩拉水牛引入中国后均与沼泽型水牛进行了杂交,在外貌上很难区分。[结论]引入广西南宁的尼里-拉菲水牛和摩拉水牛与沼泽型水牛存在广泛的血缘混杂现象。     

中国水牛mtDNA D-loop区遗传多样性与母系起源

[目的]检测中国水牛21个群体232条线粒体DNA D-loop 915 bp全序列的遗传多样性及系统进化关系.[方法]PCR扩增、测序和生物信息学方法.[结果]发现232条序列中共有87种单倍型,其核苷酸多态位点88个,其中有79个转换,6个颠换,3个颠换与转换共存.中国水牛mtDNA D-loop区核苷酸多样度(π值) 为0.01403±0.00178, 单倍型多样度(H)为0.8460±0.0240,表明中国水牛mtDNA 遗传多样性丰富.根据单倍型构建了中国水牛的NJ分子系统树,发现中国水牛变异类型主要为两个大支系A和B,表明中国水牛有两个主要母系起源.进一步分析发现支系B具有较大的差异,可以细分为两个亚支B1 和B2.[结论]中国水牛mtDNA 遗传多样性丰富,有2个母系起源.     

云南水牛mtDNA D-loop遗传多样性研究

[目的] 探究云南3个水牛品种(德宏水牛、滇东南水牛、盐津水牛)的mtDNA D-loop区的遗传多样性与母系起源。[方法]采用PCR扩增、测序及生物信息学方法。[结果] 本研究共分析了215条云南水牛mtDNA D-loop全序列,检测到107个多态位点,定义了86种单倍型。结果表明,云南3个水牛品种的mtDNA遗传多样性非常丰富,其中,滇东南水牛的遗传多样性最高(Hd: 0.946±0.017,Pi: 0.0162±0.0018),盐津水牛的遗传多样性最低(Hd: 0.805±0.063,Pi: 0.0141±0.0031)。系统发育分析结果表明,在3个云南水牛品种中检测到2个主要支系(A和B支系及其亚支系)及一个稀有支系C,其中A支系为主要支系(79.07%),且经历了强烈的群体扩张。[结论] 云南3个水牛品种具有丰富的mtDNA遗传多样性,主要有A与B两个母系起源。     

基于线粒体DNA D-loop区全序列分析儋州鸡遗传多样性及其起源进化关系

为了研究儋州鸡的遗传多样性及其起源进化关系,本研究对36只儋州鸡样品的线粒体DNA(mtDNA) D-loop区全序列进行PCR扩增和测序,结合GenBank中公布的部分品种鸡的mtDNA D-loop区全序列,利用生物信息学方法进行数据处理,分析儋州鸡的遗传多样性及其起源进化关系。结果显示,儋州鸡mtDNA D-loop区扩增片段长度为1 210 bp,A+T含量为59.9%,C+G含量为40.1%,变异区在167～1 215 bp之间,高变区主要集中在167～367 bp之间,存在6种单倍型,共有20个变异位点,单倍型变异度(Hd)为0.571,平均核苷酸差异(k)为6.449,核苷酸多样度(Pi)为0.00537,中性检验的Tajima’s D值为1.61643,6种单倍型可分为A、B、C 3个世系,以B世系为主。研究结果表明,儋州鸡群体遗传多样性和单倍型多样性相对偏低,结合群体构建的系统进化树发现,儋州鸡的遗传组成来自3个母系祖先,缅甸红原鸡、爪哇红原鸡及红原鸡海南亚种均是其潜在的祖先,受外来鸡种影响较小,是一个较为封闭的原始鸡种。