烟草花叶病毒南瓜分离物CP基因的克隆、序列分析及其原核表达

为从分子水平鉴定山东聊城的一表现明显花叶、黄化、蕨叶及果实畸形的南瓜病毒病的病原.采用RT-PCR的方法,用TMV外壳蛋白(CP)基因的特异引物,对该样品进行了检测,克隆到的基因序列进行分析,并使其在大肠杆菌中表达.结果表明,从该样品中扩增到了TMV的CP基因,说明该样品受到TMV的侵染,首次发现TMV自然侵染南瓜.对CP基因序列测定及分析表明,与GenBank上其他TMV分离物CP基因核苷酸序列的同源性为86.5%～99.0%,推导的氨基酸序列同源性为93.7%～99.4%.根据完整CP 基因核苷酸序列构建的系统进化树显示:32个TMV分离物可分为5个组,其中TMV-liaocheng与Nakron Pathom、Fujian、017等分离物属于Ⅳ组.TMV-liaocheng可能发生过重组.将TMV-liaocheng CP基因与原核表达载体pET-22b(+)连接,在大肠杆菌BL21(DE3)pLysS诱导表达出分子量约20 kDa的融合蛋白,并用Ni2+ -NTA His · Bind(R)树脂纯化,纯化后的蛋白可直接用于制备特异性的抗血清,为准确、快速地检测TMV奠定了基础.     

黄瓜花叶病毒番茄蕨叶分离物外壳蛋白基因的克隆和序列分析

在北京延庆的番茄上分离到1株黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)分离物CMV-YQ,该分离物在番茄上造成严重的蕨叶、矮化,在烟草上表现花叶、矮化和畸形,表现出很强的致病性。根据黄瓜花叶病毒外壳蛋白(coat protein,CP)基因的保守序列设计引物,利用RT-PCR技术对其CP基因片段进行了扩增并克隆,获得了含该基因全长657 bp的cDNA片段。序列测定与比较分析结果表明,北京地区造成番茄蕨叶的CMV分离物CP基因片段核酸序列与GenBank上CMV亚组Ⅰ其他分离物同源性高达90%～99%,属于CMV亚组Ⅰ。该分离物与分离于我国芭蕉的另一亚组Ⅰ分离物GB同源性为94.37%,两分离物之间存在寄主适应性变异。     

西瓜和黄瓜乙烯受体ETR1基因片段的克隆与序列比较分析

乙烯受体基因ETR1是乙烯信号转导过程中的关键调控基因.研究根据ETR1基因的保守序列设计引物,以西瓜(Citrullus lanatus (Thunb.) Matsum & Nadai var.lanatus)和黄瓜(Cucumis sativus L.)的基因组DNA为模板进行PCR扩增,获得序列长度分别为1 633 bp和1 491 bp的基因片段CLETR1和CSETR1.序列分析表明,CLETR1和CSETR1与Genebank中收录的多条ETR1基因的核苷酸序列同源性在80%～98%,氨基酸序列同源性在75%～98%.西瓜和黄瓜ETR1基因片段的编码序列存在明显的单核苷酸变异,共23个核苷酸位点存在SNPs(Single nucleotide polymorphisms),其中5个SNPs导致4个编码氨基酸的改变.     

南瓜CmNAC基因片段的克隆与序列分析

NAC转录因子是特异存在于植物中具有多种生物功能的新型转录因子,其家族成员N端含有保守氨基酸序列,C端为高度变异的转录激活区。本项研究以南瓜叶片为材料,根据甘蓝型油菜NAC1、番茄NAC、辣椒NAC保守结构域设计一对简并引物,采用RT-PCR方法扩增得出长度约为440 bp大小的DNA片段,将其克隆至pMDl9-T载体上,而后对重组克隆进行测序,用BLAST和DNAMAN软件对核酸及氨基酸序列进行分析,结果表明所获得的南瓜NAC基因片段由442个碱基组成,编码147个氨基酸,命名为CmNAC。该基因片段具有其他植物NAC基因中存在的保守区,并且属于NAC家族中ATAF1/2亚家族。     

高产优质西瓜对氮,磷,钾的吸收及分配规律

研究表明，西瓜苗期对氮、磷、钾的吸收很少。随着植株的生长逐渐增多，抽蔓到一棚瓜成熟期间对氮的吸收有明显的线性关系，回归方程为ｙ＝０．１４１９ｘ－５．３８７８，ｒ＝０．９９７１＊＊。座果后对磷的吸收逐渐增多；开花结果后对钾的吸收逐渐增多。西瓜植株对、氮、磷、钾的分配在结果前主要用于叶的发育和建成，其次是茎、根的生长；座果后，逐渐转向果实的发育     

黄瓜CsMYB108基因的克隆与序列分析

中国黄瓜品种繁多,目前黄瓜杂种优势是选育新品种的关键,杂种优势是一种植物共有的独特生物现象,然而黄瓜杂种优势的分子机理研究还尚未深入。为探究黄瓜杂种优势形成的机理,本研究中父本D0708-2田间表现为雌雄同株,早熟性佳,但是抗病抗逆性差,母本D1104-2-4田间表现为强雌性系,抗病抗逆性佳。以超亲优势的杂交种C15-114为试验材料,筛选出一个与父母本的差异基因Cs MYB108,并运用基因克隆技术克隆了该基因并对该蛋白进行生物信息学分析,挖掘该基因在黄瓜遭遇逆境胁迫过程中所参与的作用机制。结果表明:CsMYB108转录因子全长675 bp,编码225个氨基酸,该转录因子编码的蛋白质属于细胞核中的疏水性蛋白质,并无明显信号肽和无跨膜结构。与甜瓜构成同一进化分支,同源性较高。本研究结果为黄瓜的杂种优势提供理论依据,也为进一步试验研究提供基因材料。     

西瓜ζ-胡萝卜素脱氢酶基因ZDS的克隆和序列分析

西瓜果实因富含类胡萝卜素而具有一系列瓤色.为研究西瓜果实中类胡萝卜素合成过程,利用西瓜参考基因组数据,从红色西瓜材料LSW-177中克隆了一个 ζ-胡萝卜素脱氢酶基因(ZDS)的cDNA全长,命名为ClZDS,该基因编码区为1 731 bp,编码576个氨基酸.亚细胞定位预测显示,C1ZDS蛋白可能被定位在叶绿体中;保...     

西瓜抗枯萎病基因同源序列的克隆与分析

本研究根据已克隆的抗枯萎病基因的NBS保守结构域设计了22条上游简并引物和17条下游简并引物,以西瓜抗枯萎病种质PI296341-FR和感枯萎病品种97103为材料,获得了7条来自基因组DNA的RGA序列（GenBank登录号：DQ156558-DQ156564）,均含有NBS保守区的P-环、kinase-2或kinase-3等抗病基因的特征序列结构,所编码的氨基酸序列与已知抗枯萎病基因Fom-2、I2C-1、I2C-2和I2等编码的氨基酸序列表现出11%～72%的同源性,其中来自PI296341-FR的RGA序列175R1与甜瓜抗枯萎病基因Fom-2的同源性最高,为72%。来自PI296341-FR与97103的RGA序列之间同源性较高（73%～97%）,证明了抗病基因在进化上的保守性。     

黄瓜抗寒基因CsRAV2的克隆与序列分析

中国黄瓜品种繁多,很早就开始选育黄瓜品种,但黄瓜的抗逆性不强,容易产生病虫害和冷害.黄瓜幼苗早春定植在露地或冬春季节在保护地栽培,经常会出现低温冷害的情况,这对黄瓜的早熟和高产会有较大影响.因此,分析和验证冷胁迫相关的基因,探究黄瓜抗低温冷害形成的机理,可以为黄瓜耐低温品种的选育和抗性品种的培育奠定基础.本研究中以吉林...     

黄瓜绿斑驳花叶病毒低风险参照物质的研制

采用RT-PCR方法扩增黄瓜绿斑驳花叶病毒的外壳蛋白基因与3,非编码区,并将其构建到马铃薯X病毒(PVX)载体中.重组质粒经线性化及体外转录后接种烟草,获得含有病毒外壳蛋白基因的感病植株.感病组织可用于分子检测的质控,也可作为毒源来繁殖阳性参照物质.基于PVX载体制备的参照物质可降低检疫性病毒的生物安全风险,尤其对稳定性强、可造成严重经济损失的高风险病毒的检疫更具实用价值.     

裂褶菌蛋白粗提液抗植物病毒活性初探

摘要：以裂褶菌蛋为研究对象,用硫酸铵沉淀其蛋白,制成蛋白粗提液,研究其诱导烟草对烟草花叶病毒（TMV）的抗性,和体外钝化烟草花叶病毒（TMV）的防治效果;结果表明：当蛋白浓度达到100μg/mL时,诱导烟草抗TMV的效果较好,侵染枯斑抑制率可达74.11%±3.7%,对TMV的体外钝化作用的枯斑抑制率为70.05%±1.25%,表明裂褶菌蛋白粗提液通过诱导抗病性和对TMV的体外钝化作用达到了控制TMV的作用;裂褶菌蛋白粗提液对辣椒病病毒（CMV）具有很好控制作用,用100μg/mL的裂褶菌蛋白粗提液处理辣椒植株后,其对CMV的平均防效为66.46%。     

山东葫芦科蔬菜上病毒病种类检测及黄瓜花叶病毒分离物的亚组鉴定

为了检测和鉴定山东地区葫芦科蔬菜上病毒病种类,从山东诸地11个蔬菜种植区采集了867个葫芦科蔬菜疑似感病样品。利用黄瓜花叶病毒、黄瓜绿斑驳花叶病毒、西瓜花叶病毒、烟草花叶病毒、小西葫芦黄花叶病毒、南瓜花叶病毒、甜瓜黄斑病毒、瓜类褪绿黄化病毒、李属坏死环斑病毒及甜瓜坏死斑点病毒等特异性引物对疑似感病样品分别进行RT-PCR检测,各病毒检出率分别为34.8%,10.4%,20.0%,41.7%,27.0%,7.8%,2.6%,1.7%,0,0.9%。表明除PNRSV外,其他9种病毒在山东各地均有发生,且CMV和TMV发病率较高,2种或2种以上病毒复合侵染也很普遍。同时为明确山东地区CMV分离物的株系分化状况,选取11个地区有代表性的CMV阳性样品,测定其外壳蛋白(Coat protein,CP)和RNA3核苷酸序列并进行序列比对和进化分析,结果显示侵染山东地区葫芦科蔬菜的CMV分离物均属于IB亚组,与韩国分离物As(AF013291)相似性最高,未发现其他株系。     

西瓜ClMTB基因特征及其应答CGMMV侵染的表达分析

N6-甲基腺苷(N6-methyladenosine,m6A)修饰是真核生物体内最重要的甲基化修饰,由甲基转移酶、去甲基化酶和结合蛋白调控.m6A修饰在植物生长发育和逆境调控中发挥十分重要的作用,但是相关研究却主要集中在一些模式植物中.本研究通过生物信息学等手段从西瓜中鉴定得到了一条m6A甲基转移酶编码基因ClMTB,...     

Inheritance of resistance to the Moroccan watermelon mosaic virus in the cucumber line TMG-1 and cosegregation with zucchini yellow mosaic virus resistance

Inbred lines derived from the Chinese cucumber (Cucumis sativus L.) cultivar, ‘Taichung Mou Gua’ (TMG), have been shown to be resistant to several potyviruses including: zucchini yellow mosaic virus (ZYMV), zucchini yellow fleck virus (ZYFV), watermelon mosaic virus (WMV) and the watermelon strain of papaya ringspot virus (PRSV-W). Recently, an additional virus that infects cucurbits, the Moroccan watermelon mosaic virus (MWMV), has been determined to be a distinct member of the potyvirus group. This study demonstrates that TMG-1 possesses resistance to MWMV. Rub or aphid inoculated TMG-1 seedlings remain free of symptoms. Progeny analyses of the F₁, F₂ and backcross generations show that resistance to MWMV is conferred by a single recessive gene (proposed designation, mwm). Sequential inoculation of progeny possessing resistance to ZYMV followed by MWMV (or MWMV followed by ZYMV) and analysis of F₃ families derived from F₂ individuals selected for resistance to ZYMV indicate that both resistances are conferred by the same gene, or two tightly linked genes. This revised version was published online in July 2006 with corrections to the Cover Date.     

黄瓜果实CsEXP5基因片段的克隆与序列分析

以授粉后黄瓜幼果组织的总RNA为模板,利用简并引物,采用RT-PCR方法扩增出1条长度为480 bp的cD-NA片段。序列分析结果表明,该cDNA片段与来源于黄瓜根组织的CsEXP5片段序列(AF319471)同属一个基因,序列拼接后得到526 bp的cDNA序列。预测的CsEXP5蛋白具有一系列保守的Trp残基和HFD,KNFRV保守域。该蛋白属于α-扩张蛋白,与CsEXP10蛋白的同源性高达90%。该基因首次从黄瓜幼果中得以克隆,可能与黄瓜果实膨大生长有一定关系。     

Identification and characterization of a RAPD/SCAR marker linked to a resistance gene for soybean mosaic virus in soybean

Soybean line `ICGR95-5383' [Glycinemax (L.) Merr.] is a newly releasedgermplasm from China and is resistant (R)to soybean mosaic virus (SMV). ICGR95-5383was crossed to the susceptible (S)cultivars `HB1', `Tiefeng21', `Amsoy', and`Williams' to investigate the inheritanceof SMV resistance. The F<sub>1</sub> and F<sub>2</sub>plants were inoculated with SMV-3 (the mostvirulent) strain from Northeast China. Theresults showed that F<sub>1</sub> plants from thefour R × S crosses were necrotic (N) andall F<sub>2</sub> populations segregated in a3(R+N):1S ratio, indicating thatICGR95-5383 carries a single gene withincomplete dominance for resistance to SMV. In a bulked segregant analysis (BSA) of theF<sub>2</sub>population from ICGR95-5383 × HB1, a codominant RAPD marker,OPN11<sub>980/1070</sub>, was found to be linkedto the resistance gene in ICGR95-5383. The980-base pair (bp) fragment OPN11<sub>980</sub>was amplified in the R parent ICGR95-5383,R bulk, and resistant F<sub>2</sub> plants. Theother 1070-bp fragment OPN11<sub>1070</sub> wasamplified in the S parent HB1, S bulk, andsusceptible F<sub>2</sub>plants.OPN11<sub>980/1070</sub> was amplified in theF<sub>1</sub> plants and the necroticF<sub>2</sub> plants from the R×S cross.Segregation analysis of the RAPD marker inthe F<sub>2</sub> population revealed that themarker OPN11<sub>980/1070</sub> is closely linkedto the resistance gene with a map distanceof 3.03 cM. OPN11<sub>980/1070</sub> was clonedand sequenced, and specific PCR primerswere designed to convertOPN11<sub>980/1070</sub> into sequencecharacterized amplified region (SCAR) makerSCN11<sub>980/1070</sub>. SCAR analysis of theF<sub>2</sub> population confirmed thatOPN11<sub>980/1070</sub> and SCN11<sub>980/1070</sub> areat the same locus linked to the SMVresistance gene. The RAPD markerOPN11<sub>980</sub> was used as RFLP probefor southern hybridization to soybeangenomic DNA. Southern analysis showed thatsoybean genome contains low-copy sequenceof OPN11<sub>980</sub>. Using a recombinant inbredmapping population of `Kefeng No.1' (R) ×Nannong1138-2'(S), OPN11_980/1070 was mapped to thesoybean molecular linkage group (MLG) Fbetween the restriction fragment lengthpolymorphism (RFLP) markers B212 (0.7 cM) and K07 (6.7 cM) and 3.03 cM apart from theSMV resistance gene.     

马铃薯卷叶病毒外壳蛋白基因克隆转化 及其转基因后代的表达

根据GenBank中的马铃薯卷叶病外壳蛋白基因(PLRV-CP)全序列，设计一对特异性引物，以马铃薯卷叶病毒RNA为模板，克隆了马铃薯卷叶病外壳蛋白基因，在pBI121的基础上构建了植物表达载体。利用PLO(Poly-L-Ornithine)将PLRV-CP基因导入到马铃薯加工型品种大西洋的原生质体中，获得了转基因后代。在5株转化后代中扩增出长度为610bp的目标DNA片断，说明导入的外源PLRV-CP基因已经整合到马铃薯基因组中。Southern blot分析结果进一步证明了PCR结果的正确性。RT-PCR结果表明，在3株转化后代叶片中具有阳性表达。马铃薯卷叶病毒接种实验结果表明，转基因植株比对照有明显的马铃薯卷叶病抗性