贵州从江香猪基因组中CNVR36的多态性与产仔数和体尺相关分析

为了研究拷贝数变异与香猪生长及产仔数之间的关系,采用荧光定量PCR方法,测定香猪高、低产群体基因组中CNVR36的拷贝数变化,并与柯乐猪、荣昌猪、大白猪和糯谷猪4个猪品种相比较,进而分析拷贝数变异与香猪生长及产仔数性状之间的关系。结果显示,从香猪基因组中检测到CNVR36的拷贝数存在多态性变化:高产群体中以拷贝数增加为主,低产群体中以拷贝数缺失为主,经卡方检验,两个群体间的拷贝数变异频率差异极显著(P0.01)。柯乐猪、荣昌猪、大白猪和糯谷猪4个猪品种的CNVR36拷贝数以增加为主,相关性分析结果表明,香猪CNVR36拷贝数与胸围之间存在弱的负相关关系,糯谷猪CNVR36的拷贝数与其体宽和胸围有一定的相关关系,荣昌猪的CNVR36拷贝数与体高有一定的负相关关系。推测香猪CNVR36的拷贝数变异可能与生长发育有一定的联系。     

荣昌猪杂交群体基因组拷贝数变异鉴定与分析

为找出可能的性状相关遗传标记,本研究利用猪SNP60芯片对150头荣昌猪杂交群体基因组拷贝数变异区域(CNV regions,CNVRs)进行检测。结果,发现5个CNVRs,其中缺失CNVRs 3个(CNVRs 2,4,5),重复CNVRs 2个(CNVRs 1,3),分别位于1、7、8、13、14号染色体上。其中CNVR1和CNVR5为新发现的CNVRs,CNVR2和CNVR3为已有报道但还未验证过的区域。采用qPCR方法对CNVRs进行拷贝数变异验证,发现CNVR2、CNVR3和CNVR5在多个猪种中都具有丰富多态性;而CNVR4为芯片假阳性结果。在qPCR验证的3个CNVRs中有46个蛋白编码基因,这些基因主要富集在嗅觉受体活性、乙醇代谢、神经系统发育以及脂肪酸代谢通路中。本研究结果为解析品种间表型变异的遗传基础提供了新的遗传变异素材。     

拷贝数变异全基因组关联分析及数量性状基因座定位联合鉴定猪体高性状候选基因

旨在利用全基因组拷贝数变异区域（copy number variation regions,CNVRs）关联分析以及全基因组数量性状基因座（quantitative trait locus,QTLs）定位联合筛选出影响猪体高性状的候选基因。本研究利用快速检测基因组拷贝数变异软件CNVcaller对本实验室构建的大白×民猪F2代资源群体的重测序数据进行拷贝数变异检测。利用混合线性模型（mixed-linear model,MLM）将性别和胎次作为固定效应对体高性状进行拷贝数变异全基因组关联分析（CNVR-GWAS）。采用软件R/qtl进行QTL分析,并使用置换检验（permutation test,PT）进行检验。将CNVR-GWAS与QTL结果进行联合注释,结合GO富集和KEGG通路分析,对影响猪体高的位点和基因进行挖掘。利用实时荧光定量PCR（qPCR）方法验证候选基因。结果表明,本群体在全基因组范围内共有3 099个CNVRs,其中有两个CNVRs与体高性状在全基因组范围内显著相关,分别位于7号染色体的25 358 001~26 696 400 bp处（CNVR1）和54 087 201~54 090 000 bp处（CNVR2）。在混合线性模型分析的结果中发现,CNVR1拷贝数增加（P<0.01）和CNVR2拷贝数缺失（P<0.01）对猪的体高性状具有显著影响。基因组显著水平可找到2个显著影响猪体高的QTLs,分别为BH-1和BH-2,其中BH-2对体高性状的影响较大。CNVR1和BH-2重叠区存在1个嗅觉受体基因OR12D3和18个未被注释的基因。qPCR验证OR12D3的拷贝数变异与利用混合线性模型统计推断出的结果一致。初步推测,OR12D3基因的拷贝数变异可能与猪体高性状相关。     

拷贝数变异全基因组关联分析及数量性状基因座定位联合鉴定猪体高性状候选基因

旨在利用全基因组拷贝数变异区域(copy number variation regions, CNVRs)关联分析以及全基因组数量性状基因座(quantitative trait locus, QTLs)定位联合筛选出影响猪体高性状的候选基因。本研究利用快速检测基因组拷贝数变异软件CNVcaller对本实验室构建的大白×民猪F2代资源群体的重测序数据进行拷贝数变异检测。利用混合线性模型(mixed-linear model, MLM)将性别和胎次作为固定效应对体高性状进行拷贝数变异全基因组关联分析(CNVR-GWAS)。采用软件R/qtl进行QTL分析,并使用置换检验(permutation test, PT)进行检验。将CNVR-GWAS与QTL结果进行联合注释,结合GO富集和KEGG通路分析,对影响猪体高的位点和基因进行挖掘。利用实时荧光定量PCR(qPCR)方法验证候选基因。结果表明,本群体在全基因组范围内共有3 099个CNVRs,其中有两个CNVRs与体高性状在全基因组范围内显著相关,分别位于7号染色体的25 358 001～26 696 400 bp处(CNVR1)和54 087 201～54 090 000 bp处(CNVR2)。在混合线性模型分析的结果中发现,CNVR1拷贝数增加(P0.01)和CNVR2拷贝数缺失(P0.01)对猪的体高性状具有显著影响。基因组显著水平可找到2个显著影响猪体高的QTLs,分别为BH-1和BH-2,其中BH-2对体高性状的影响较大。CNVR1和BH-2重叠区存在1个嗅觉受体基因OR12D3和18个未被注释的基因。qPCR验证OR12D3的拷贝数变异与利用混合线性模型统计推断出的结果一致。初步推测,OR12D3基因的拷贝数变异可能与猪体高性状相关。     

5个猪品种3个拷贝数变异区的多态性分析

为了探究拷贝数变异(copy number variation,CNV)在不同猪品种间的多态性,本试验根据猪SNP60芯片检测结果,以大白猪、香猪、柯乐猪、糯谷猪、荣昌猪为主要研究对象,采用实时荧光定量PCR方法,对5个猪品种基因组中3个CNV区域(CNVR91、CNVR92和CNVR143)的拷贝数进行测定。结果显示,香猪的CNVR91以拷贝数缺失为主,其他4个猪品种的拷贝数以正常为主;香猪、大白猪、柯乐猪、荣昌猪的CNVR92以拷贝数缺失为主,糯谷猪以拷贝数正常为主;香猪和糯谷猪的CNVR143以拷贝数增加为主,其他3个猪品种以拷贝数正常为主。表明3个拷贝数变异区在5个猪品种之间具有多态性,可能通过剂量效应影响香猪、糯谷猪和柯乐猪等相关基因的表达和生理功能。     

利用猪1.4M高密度SNP芯片检测巴马香猪全基因组拷贝数变异

旨在检测巴马香猪基因组上的拷贝数变异（CNV）,并探究标记密度对于CNV检测效率和准确率的影响。本研究利用319头巴马香猪（其中阉公猪160头和母猪159头）1.4M高密度SNP芯片的数据,采用PennCNV和R-Gada两种软件进行CNVs检测;然后通过重叠CNV融合法,构建拷贝数变异区域（CNVR）,并用全基因组关联分析（GWAS）对频率大于5%的CNVR进行验证;最后根据不同的标记密度,均匀抽取一定数目的SNPs来探究标记密度对CNV检测效率和准确性的影响。结果,PennCNV和R-Gada软件分别检测到6 327和3 489个CNVs,分别构成795和340个CNVRs,其中226个为共同CNVRs。在这226个共同CNVRs中,最短的为3.98 kb,最长的为1 297.78 kb,总长度为33.27 Mb,其中102个（45%）与前人报道的CNVRs重叠。在PennCNV检出的795个CNVRs中,有135个频率大于5%,其中20个得到GWAS验证,验证率为15%。随着SNP密度的逐渐增加,CNV的检测效率和检测准确性不断提高,尤其是小片段CNVs的检测效率。本研究利用1.4M SNP芯片的数据,通过PennCNV和R-Gada软件绘制巴马香猪CNVR的草图,为将来鉴别与重要经济性状相关的CNVRs奠定了基础。同时,揭示了标记密度对CNV检测效率和准确性有正面影响,为后续CNV研究选择合适的标记密度提供了一定的参考。     

从江香猪两个群体的血液基因组甲基化水平比较研究

收集32头雌性贵州从江香猪的生长繁殖指标,同时测定其血液基因组的甲基化水平,探讨贵州从江香猪基因组甲基化修饰对其生长繁殖的影响。结果表明:(1)从江香猪基因组的甲基化水平比柯乐猪和大白猪的相应甲基化水平低;(2)从江香猪基因组的总甲基化水平、全甲基化水平与香猪的最高产仔数和第三胎产仔数显著正相关(P0.05),结果提示在一定范围内从江香猪血液基因组的总甲基化和全甲基化水平越高,其产仔数越多;(3)将香猪高产群和低产群甲基化的PAGE分析图谱分析并扩大样本量验证,发现香猪低产群基因组中ATP10A基因第六内含子中甲基化位点的甲基化频率明显较高。根据研究结果,香猪基因组的甲基化水平与其繁殖性状存在相关性。     

皱皮香猪3个基因组拷贝数变异的多态性分布

为探究皱皮香猪个体产生皮肤变异的根本原因,本文基于重测序数据,采用生物信息学分析皱皮香猪基因组中的拷贝数变异(CNV),通过荧光定量 PCR 方法检测皱皮香猪中 3 个 CNVs 的拷贝数变异规律,并与香猪和大白猪进行比较。结果表明:3 个 CNVs 在猪群中的拷贝数变异呈现出多态性变化,皱皮香猪中CNV1以拷贝数缺失型为主,其中的 MPC1和 RSK3基因可能与脂肪沉积有关;皱皮香猪 CNV2和 CNV3以拷贝数增加型占优势,其中的 CCL17和 CX3CL1基因参与皮肤等组织的炎症反应,可能通过剂量效应引起香猪皮肤产生褶皱。     

利用中芯一号SNP芯片检测隆林猪全基因组拷贝数变异

【目的】检测隆林猪的全基因组拷贝数变异。【方法】采集33头隆林猪的耳组织样本,通过酚-氯仿法提取DNA后,使用猪中芯一号50K SNP芯片进行基因分型,得到的原始数据通过Genomestudio软件和Linux系统进行处理,使用CNVPartition和PennCNV软件分别检测拷贝数变异(copy number variation, CNV),并利用Bedtools软件将CNV合并为拷贝数变异区域(copy number variation region, CNVR),使用Biomart对CNVR进行基因定位,利用David网站对定位到的基因进行GO和KEGG富集分析,使用猪QTL数据库对共同CNVR进行QTL注释。【结果】CNVPartition软件共检测到260个CNVs,合并为47个CNVRs,其中缺失型40个、获得型5个、混合型2个,共定位到84个基因,显著富集到13条信号通路;PennCNV软件共检测到96个CNVs,合并为15个CNVRs,其中缺失型9个、获得型1个、混合型5个,共定位到8个基因,显著富集到8条信号通路;2个软件检测结果定位到的基因主要富集在嗅觉相关通路和...     

从江香猪抑制素α基因克隆及其卵巢表达研究

为了探索抑制素α基因(inhibin-α,INHA)与从江香猪繁殖性状之间的相关性,试验采用特异性聚合酶链式反应(PCR)技术克隆从江香猪INHA基因,测定其核苷酸序列,通过等位基因特异性PCR(allele-specific PCR,AS-PCR)方法检测从江香猪低产群与高产群之间INHA基因的多态性变化,以实时荧光定量PCR技术检测高产、低产从江香猪卵巢组织中INHA基因的表达量。结果表明,从从江香猪基因组中成功克隆了INHA基因,编码区完整,全长1095 bp,编码364个氨基酸;经比对发现, INHA基因外显子2序列中存在2个候选SNPs位点(G359A和A373G)。经大样本检测,从江香猪高产群与低产群之间2个候选SNPs位点的基因频率没有明显差异;相比之下,高产从江香猪卵巢中INHA基因的表达量较高。研究结果提示,从江香猪INHA基因结构保守,可能主要通过基因的表达量变化调节从江香猪卵巢的生长和卵泡的发育。     

中国圈养野生动物疫苗使用调查

2005年对中国动物园协会单位中的18家动物园饲养野生动物疫苗免疫情况进行调查。受调查动物园在野生动物疫苗使用和动物种类方面具有一定的代表性。调查结果显示动物园动物现共使用18类36种疫苗,预防31种疫病。其中哺乳动物使用14类24种疫苗,预防24种疫病;禽类使用4类12种疫苗,预防7种疫病。使用范围最广的有禽流感、犬瘟热疫苗等、新城疫疫苗、猫瘟热疫苗等。共有24目58科动物接种疫苗,其中食肉动物类1目8科,食草动物类3目9科,杂食动物类2目3科,禽类18目38科。研究结果提示应加强动物园之间疫病信息交流、防疫资源的利用、疫病监测和研究,加大对动物园动物疫病的研究投入,逐步建立动物园动物统一的防疫规程。     

Comparison of in vitro and in situ methods in evaluation of forage digestibility in ruminants

The objective of this study was to compare the application of different in vitro and in situ methods in empirical and mechanistic predictions of in vivo OM digestibility (OMD) and their associations to near-infrared reflectance spectroscopy spectra for a variety of forages. Apparent in vivo OMD of silages made from alfalfa (n = 2), corn (n = 9), corn stover (n = 2), grass (n = 11), whole crops of wheat and barley (n = 8) and red clover (n = 7), and fresh alfalfa (n = 1), grass hays (n = 5), and wheat straws (n = 5) had previously been determined in sheep. Concentrations of indigestible NDF (iNDF) in all forage samples were determined by a 288-h ruminal in situ incubation. Gas production of isolated forage NDF was measured by in vitro incubations for 72 h. In vitro pepsin-cellulase OM solubility (OMS) of the forages was determined by a 2-step gravimetric digestion method. Samples were also subjected to a 2-step determination of in vitro OMD based on buffered rumen fluid and pepsin. Further, rumen fluid digestible OM was determined from a single 96-h incubation at 38°C. Digestibility of OM from the in situ and the in vitro incubations was calculated according to published empirical equations, which were either forage specific or general (1 equation for all forages) within method. Indigestible NDF was also used in a mechanistic model to predict OMD. Predictions of OMD were evaluated by residual analysis using the GLM procedure in SAS. In vitro OMS in a general prediction equation of OMD did not display a significant forage-type effect on the residuals (observed - predicted OMD; P = 0.10). Predictions of OMD within forage types were consistent between iNDF and the 2-step in vitro method based on rumen fluid. Root mean square error of OMD was least (0.032) when the prediction was based on a general forage equation of OMS. However, regenerating a simple regression for iNDF by omitting alfalfa and wheat straw reduced the root mean square error of OMD to 0.025. Indigestible NDF in a general forage equation predicted OMD without any bias (P ≥ 0.16), and root mean square error of prediction was smallest among all methods when alfalfa and wheat straw samples were excluded. Our study suggests that compared with the in vitro laboratory methods, iNDF used in forage-specific equations will improve overall predictions of forage in vivo OMD. The in vitro and in situ methods performed equally well in calibrations of iNDF or OMD by near-infrared reflectance spectroscopy.     

中国野生动物驯养与繁殖法律制度的缺陷与完善

野生动物驯养繁殖在世界野生动物资源保护中具有重要作用，有关野生动物驯养繁殖的法律制度也成为各国野生动物资源保护立法的主要内容。本文针对目前中国野生动物驯养繁殖的立法现状与存在问题，提出完善中国野生动物驯养繁殖的国内法对策，以推进中国野生动物资源保护立法的发展。     

细胞因子在禽传染病防治中的应用

细胞因子是一类小分子多肽,通过自分泌和旁分泌传递细胞应答.细胞因子间复杂的相互作用控制着为保护机体免受病原体侵害而发生的炎症反应和特异性免疫应答,它是启动和维持机体防御功能的调节器,最终决定传递性应答反应类型和作用机制,作为效应分子暂时的、局部的来控制反应的发生范围和持续时间.文章介绍了细胞因子在禽传染病防治中的应用.     

精原干细胞体外培养研究进展

精原干细胞（SSCs）是指位于睾丸生精小管基膜上既能自我更新维持自身群体数量恒定,又能定向分化形成精母细胞,最终形成精子的一类原始干细胞。其体外培养以及近年来兴起的移植、基因转染的深入研究,为探讨精子的发生机制、重建不育个体的精子发生、生产转基因动物提供了新的途径。文章综述了精原干细胞体外培养的研究现状,并对其体外的纯化、鉴定,以及未来的应用进行了介绍,旨在为精原干细胞的研究提供借鉴。     

湖南山羊附红细胞体病的感染调查

对湖南省2个规模化山羊养殖场进行附红细胞体病的感染调查,结果表明:山羊附红细胞体总感染率为51.4%,其中A场感染率为53.4%,B场感染率为0。将镜检阳性山羊血液人工感染小白鼠,10d后小白鼠体内出现附红细胞体。     

昆明小鼠卵母细胞体外成熟培养条件优化

对不同的培养液（M199、mDPBS、TYH）和培养液添加物对小鼠C级卵母细胞体外发育和成熟的影响进行了研究。结果表明,mDPBS培养液的培养效果（GVBD：19．8％,PBI：12．3％）好于（P〈0．05）M199培养液（GVBD：13．3％,PBI：8．9％）和TYH培养液（GVBD：12．3％,PBI：7．4％）;mDPBS中添加丙酮酸钠和FCS（GVBD：100％,PBI：86．3％）明显优于（P〈0.01）单纯添加丙酮酸钠（GVBD：42．9％,PBI：23．8％）,也明显优于（P〈0．01）添加丙酮酸钠＋BSA（GVBD：63．2％,PBI：53．8％）;就A、B和C级3种卵母细胞相比,C级卵母细胞的成熟发育最佳,GVBD的发生率为100．0％,PBI的排出率为86．2％。     

PACS法在鸡基因差异表达中的应用

利用PACS(preferential amplification of cod ing sequence)法鉴别鸡中的差异表达基因。结果表明,该方法具有操作简单、假阳性率低、能选择性扩增mRNA编码区等优点,可作为禽类基因差异表达研究中的首选方法。     

大庆市羊东毕吸虫病流行病学调查

对大庆市羊东毕吸虫病的流行病学进行了调查研究。结果表明，大庆有3种东毕吸虫，即程氏东毕吸虫（O.cheni)、土耳其斯坦东毕吸虫（O.turkestanica)和土耳斯坦东毕吸虫结节变种（O.turkestanican var.thuberculata)；中间宿主螺类有1种，即卵萝卜螺；东毕吸虫病在大庆分布很广，所调查的4区2县均有发生，羊东毕吸虫平均感染率分别为50．33％，平均死亡率为21．12％，大庆羊急性病例发病时间为8月上旬至10月下旬，慢性病例为11月上旬至翌年2月中旬。     

Metabolism of carbohydrate in alimentary tract of reindeer in winter

The study was conducted on six reindeers in December. It was established that concentration of reducing sugars in the chyme of jejunum increases substantially (6 times in comparison with abomasum), whereas concentration cellulose, on the contrary, decreases (4.5 times). The maximal increase of monosaccharides in the small intestine testifies to formation of metabolic fund of sugars in this part of the alimentary tract due to high degree of polysaccharides hydrolysis of exogenous, as well as endogenous, microbial formation. Obtained data assume that the need of the reindeer for glucose is provided for not only by gluconeogenesis as it was considered before, but also by absorption of monosaccharides from the alimentary tract.