四引物扩增受阻突变体系PCR在苦瓜抗白粉病分子标记开发中的应用

以苦瓜高抗、高感白粉病的父母本及其F2代为试材,根据双本测序比对获得的SNP突变位点来设计四引物ARMS PCR分子标记引物。采用正交设计L16(44)方法对模板DNA、dNTPs、Mg2+、Taq DNA聚合酶4个因素和内外引物的浓度比进行体系优化,并利用优化后的体系对引物进行筛选。研究了适用于苦瓜的四引物ARMS PCR分子标记开发及引物筛选体系,以期为苦瓜抗白粉病分子标记辅助选择提供参考依据。结果表明:对优化后的四引物ARMS PCR体系验证,能正确地在父母本及其F2代中分型,优化后的体系适用于苦瓜抗白粉病的四引物ARMS PCR分子标记的筛选。     

香蕉3种病毒的多重PCR检测体系

根据GenBank中已发表的香蕉束顶病毒（Banana bunchy top virus,BBTV）﹑黄瓜花叶病毒（Cucumber mosaic virus,CMV）和香蕉线条病毒（Banana streak virus,BSV）的基因序列,找出保守序列分别设计出特异引物,在建立各种病毒单项PCR技术的基础上,通过优化多重PCR反应条件,建立了能同时检测3种病毒的多重PCR检测体系。该体系可同时扩增BBTV的615 bp、CMV的480 bp和BSV的945 bp的特异片段。这些片段克隆测序结果表明,多重PCR扩增的不同病毒片段是特异和专化的,其核苷酸序列与相应的病毒基因片段的相似性都达91%以上。该体系的灵敏度测定结果表明,从相当于或大于10-2 mg感病植物组织中均能检测到这3种病毒。     

西藏光核桃SRAP-PCR反应体系的优化和引物筛选

以西藏12份光核桃种质为试材,采用正交设计,从dNTPs、Mg²⁺、引物、模板DNA和Taq DNA聚合酶5种因素5个水平来优化SRAP-PCR反应体系,并对引物进行了筛选。结果表明:光核桃25μL的SRAP反应体系的最佳组分包括2.5μL 10×buffer,0.35 mmol/L dNTPs,1.5 mmol/L Mg²⁺,0.4μmol/L引物,20 ng模板DNA和2.5 U Taq DNA聚合酶。各因素对扩增反应结果均有不同影响,其中以dNTPs浓度影响最大,模板DNA的影响最小。应用该体系从40个引物组合中共筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的SRAP引物组合23个。这一体系的建立及多态性引物组合的筛选为利用SRAP标记技术进行光核桃遗传多样性研究提供了依据。     

枇杷iPBS分子标记的PCR体系优化与引物筛选

以枇杷的DNA为模板进行iPBS-PCR扩增,采用预备试验中效果较好的iPBS分子标记引物2241,对枇杷iPBS-PCR反应体系中的dNTP、Mg2+、引物、模板用量进行优化。根据检测结果确定枇杷iPBS-PCR使用10×Taq buffer 2μL,25mM Mg2+1.6μL,2.5mM dNTP 1.6μL,10μmol/L Primer 1μL,5U/μL Taq酶0.2μL,模板DNA 5ng的20μL反应体系。反应程序中的退火温度可以参考iPBS引物理论Tm值。对33条iPBS引物扩增测试的结果显示在该反应体系下可以筛选到谱带清晰、多态性好的引物22条,可用于枇杷的分子标记分析。     

柑桔溃疡病菌的PCR检测方法研究

通过优化PCR反应条件,拟建立快速、特异、准确的检测柑桔溃疡病的方法。试验结果表明,25μL优化反应体系:10×PCR缓冲液2.5μL,10 mM/L dNTPs 0.5μL(终浓度为0.2 mM/L),2 U/μLTaq DNA聚合酶0.5μL(终浓度为0.04 U/μL),5 mM/L引物各0.5μL(终浓度为0.1 mM/L),DNA模板1μL(终浓度为6.0×10~6cfu/mL/mL),灭菌ddH_20 19.5μL;PCR扩增退火温度为59℃;柑桔溃疡病菌病茵浓度检测下限为6.0×10~3cfu/mL,可以获得柑桔溃疡病菌的特异性片段,能够满足生产中对柑桔溃疡病检测的要求。     

柑橘黄龙病菌双重实时荧光PCR检测方法的建立

建立基于双重荧光定量PCR检测柑橘黄龙病菌(Candidatus Liberibacter asiaticus,CLas)的方法,并对其准确性进行验证。通过受试者工作特征(ROC)曲线、净重分类改善指数(NRI)和综合判别改善指数(IDI)分析7对CLas实时荧光PCR引物及其联合检测的准确性,评价RNRf/RNRr联合CLas-4G/HLBr的双重实时荧光PCR对CLas的检测价值。ROC曲线分析结果显示,表现最好的引物是RNRf/RNRr,其曲线下面积(AUC)为0.971,高于其他6对引物;其次是CLas-4G/HLBr引物,AUC为0.966;在双引物联合检测中,RNRf/RNRr+CLas-4G/HLBr引物串联检测、CQULA04F/CQULA04R+RNRf/RNRr引物并联检测的相关性能指标较优,AUC分别为0.963和0.966,并且RNRf/RNRr+CLas-4G/HLBr引物串联检测同时具备较高的敏感性(85.19%)和特异性(99.25%)。NRI分析结果表明RNRf/RNRr+CLas-4G/HLBr串联检测的诊断能力相较于LJ900f/LJ900r的单一引...     

应用多重RT2PCR检测百合无症病毒和百合斑驳病毒

 根据病毒外壳蛋白基因序列, 设计了2对检测百合无症病毒(LSV) 、百合斑驳病毒(LMoV)的引物, 对扩增条件进行优化, 建立了同时检测LSV和LMoV的多重RT-PCR检测方法。此方法可特异地从带有LSV和LMoV的样品中扩增出2条带LSV (876 bp) 、LMoV (662 bp)。灵敏性测定结果表明, 该双重PCR可从稀释10⁴ 组织中检测出病毒, 具有与单一PCR相同的灵敏性。扩增产物测序表明, LSV扩增产物与其它分离物核苷酸同源性为87.8%～99.3%, LMoV扩增产物与其它分离物的同源性为90.1%～99.5%。     

葡萄GLRaV-3和GRSPaV病毒双重PCR方法建立及初步应用

针对我国西南地区葡萄园中卷叶相关病毒3(grapevine leafroll-associated virus 3,GLRaV-3)和茎痘相关病毒(grapevine rupestris stem pitting-associated virus,GRSPaV)发生普遍的情况,在单一PCR检测的基础上,分别从引物浓度和退火温度对双重PCR体系进行优化,建立了同时检测GLRaV-3和GRSPaV的双重PCR技术。建立的双重PCR反应体系最适退火温度为56.1℃,20μL PCR反应体系中10μmol/L浓度的混合引物最适用量为0.1μL;该方法能够检测出GLRaV-3和GRSPaV的cDNA最低浓度分别为0.99pg/μL和99.43ng/μL,且特异性良好。应用该双重PCR方法检测了来自贵州凯里和遵义地区"南玉""温克""摩尔多瓦"葡萄品种疑似病株样品,GLRaV-3检出率为100%,部分样品检出GRSPaV。通过核苷酸序列克隆测序和对比发现,贵州检测出的GLRaV-3与美国分离株(AJ748523)相似度最高,为99.82%;贵州检测出的GRSPaV与巴西分离株(KT008370)相似度最高,为99.08%。     

黄绿蜜环菌SSR-PCR反应体系的优化及引物筛选

以CTAB法提取的黄绿蜜环菌(Armillaria luteo-virens) DNA为模板,应用L16(45)正交实验设计,对Mg+、dNTPs、引物和Taq DNA聚合酶、模板浓度5种因素进行SSR-PCR反应体系优化,建立了适合黄绿蜜环菌SSR-PCR反应的最佳体系并对退火温度进行检测.结果表明:在15μL反应体系中包括:1×PCR Buffer,100 ng模板DNA,dNTPs 217ìmol/L,引物0.5 μmol/L,Taq DNA聚合酶0.75 U,Mg2+ 1.3 mmol/L.稳定性检测证明,该反应体系具有较高的稳定性和重复性,并从34对引物中共筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的SSR引物8对.该体系的建立为今后利用SSR标记对黄绿蜜环菌遗传多样性研究、亲缘关系分析及种质资源鉴定等研究提供了依据.     

简并引物的程序化设计与荔枝HMGR基因片段的克隆

主要介绍了利用NCBI、DDBJ、Blockmaker、CodeHop和Oligo6.0等数据库和生物软件进行简并引物设计的方法。利用设计的6对简并引物进行RT-PCR,从荔枝(LitchichinensisSonn.)果实中克隆到2个长度分别为510bp和582bp的cDNA片段。通过Blastx检索Genbank进行同源性比对后,发现2片段都与其它植物的HMGR基因具有较高的氨基酸序列同源性。研究表明,该程序化设计的简并引物可信性强,阳性率高,能迅速得到满意结果。     

甘蔗黄叶病毒P0基因的克隆与原核表达及抗血清制备

根据已发表ScYLV-P0基因系列设计特异性引物,应用RT-PCR技术从甘蔗病叶的mRNA扩增得到目的DNA片段.以pET32a（＋）为原核表达载体,构建重组表达质粒pET32a-P0.经过双酶切鉴定和DNA测序后,将重组表达质粒转入大肠杆菌BL21 （DE3）pLySs,在30℃培养条件下IPTG诱导表达.通过SDS-PAGE电泳检测融合蛋白表达情况.表达结果显示,在该表达系统中,融合表达蛋白P0是以包涵体形式的蛋白存在;P0融合蛋白大小约45kDa,与P0开放阅读框的理论推算值29.991 kDa加上载体自身蛋白约18 kDa相符,用Ni2＋-NTA琼脂糖亲和层析纯化融合蛋白,免疫家兔制备出抗血清,通过酶联法（ID-ELISA）测定本实验制备的ScYLY-P0抗血清工作浓度为1：25000.     

利用正交设计优化甘蔗SRAP-PCR反应体系

利用正交设计L16（45）对甘蔗SRAP-PCR反应体系的五大因素（Mg2＋、dNTPs、引物、模板DNA、Taq酶）在4个水平上进行优化,得到如下结论：各因素水平变化对PCR反应的影响从大到小依次是：Mg^2＋、dNTPs、引物、Taq酶和模板DNA;通过对各因素进行筛选,建立甘蔗SRAP-PCR反应的最佳体系（20μL）为：dNTPs 0.25 mmol/L、引物0.1μmol/L、Mg^2＋2.5 mmol/L、Taq酶0.25U和模板DNA 60 ng。     

甘蔗幼叶组织培养中培养基的优化

对不同激素浓度质量组合对甘蔗愈伤组织的诱导、不定芽的分化和生根的效果进行研究。结果表明:MS+2,4-D 2.0 mg/L培养基对诱导愈伤组织和继代增殖较适宜;MS+NAA0 mg/L+BA 1.0 mg/L培养基对愈伤组织分化不定芽的效果为佳;1/2MS+NAA 0.5 mg/L+IBA 1.0 mg/L培养基对生根较好。通过这3个培养基培养出的甘蔗组培苗长势良好,表现为叶面积适宜、干物质积累多等方面。     

50目防虫网全程覆盖防控番茄黄化曲叶病毒病试验初报

采用"50目防虫网覆盖+黄板预警+适时喷药"技术进行番茄育苗,番茄出苗整齐,幼苗生长正常。而且隔离烟粉虱效果好,平均百株幼苗烟粉虱成虫12头,而常规露地育苗平均百株幼苗烟粉虱成虫410头,苗期减少喷药次数4～5次。采用50目防虫网全程覆盖栽培番茄黄化曲叶病毒病病株率在0.9%～2.8%之间,防控效果达90%以上,每667m2可挽回经济损失6329.5元。2007～2009年在温州苍南、瑞安、瓯海等地番茄生产基地应用防虫网覆盖防控番茄黄化曲叶病毒病,推广面积逾330hm2。     

草莓镶脉病毒的PCR检测及特异片段的序列分析

用CTAB法从感病的草莓叶片中提取总DNA,以其为模板经PCR扩增获得与预期片段大小一致长约600bp的扩增产物,同时优化PCR反应程序,获得单一特异条带;通过总DNA浓度梯度稀释,进行PCR扩增,结果表明能检测到2.5μg叶组织中病毒的存在。回收PCR特异扩增产物,与pMD18-T载体连接,并进行转化、重组克隆的筛选、重组质粒的酶切鉴定和序列测定。扩增片段序列与已报道SVBVCP基因序列(序列号:Nc_001725)的核苷酸同源性为89.2%,氨基酸同源性为96.3%。该特异片段序列在GenBank中的登记号为AY862389。