苦荞种质资源AFLP标记遗传多样性分析

 【目的】从分子水平研究苦荞种质资源的遗传多样性,为综合评价苦荞种质资源提供依据。【方法】用筛选出的20对AFLP引物,对14个不同地理来源的165份苦荞种质进行遗传多样性分析。【结果】共扩增出938条清晰的条带,其中314（33.48%）条呈多态性,平均每对引物组合的条带数和多态性带数分别为46.9个和15.7个。不同地理来源苦荞种质的Shannon-Weaver多样性指数为0.1093～0.2661,四川资源群最高,青海、云南和甘肃/宁夏等资源群次之,湖南资源群最低。利用Popgen Ver.1.32软件,依不同地理来源苦荞资源群间Nei′s遗传一致度可聚类成5个组,聚类结果与苦荞地理分布相关。基于Structure 2.2软件分析,165份苦荞资源分为5大组群,并与Popgen Ver.1.32聚类结果呼应得较好,其中云南和四川资源的群体结构最复杂,最为多样化,分别被聚到了5个组群中。【结论】苦荞类群的亲缘关系以及遗传多样性与其地理分布有一定相关性。     

AFLP在植物种质资源鉴定与遗传多样性分析中的应用

AFLP分子标记技术具有重复性好、稳定性强、灵敏度高、多态性好的特点,广泛用于遗传图谱构建、基因定位、辅助育种及种质资源鉴定和遗传多样性分析。本文阐述了AFLP在粮油作物、蔬菜、水果、花卉及濒危作物种质资源鉴定和遗传多样性分析中的应用,以期为育种及资源保护提供理论基础及技术支持。     

杭白芷种质资源遗传多样性的AFLP分析

通过对50份杭白芷种质资源的AFLP分析,探求各种质间的遗传多样性。采用扩增片段长度多态性 （AFLP）标记,在DNA水平上进行遗传多样性研究,筛选出12对选择性扩增引物,将扩增出的条带作为原始矩阵,用NTSYS PC软件计算并分析了杭白芷种质间的相似度,构建了遗传系统进化树。结果表明,50份杭白芷种质间,相似度均超过70%,总体上亲缘关系都比较接近,相对而言,ZYS002039和ZYS002045种质,与其他种质的遗传背景差异较大。     

新疆长绒棉种质资源遗传多样性SSR分析

[目的]利用SSR分子标记对新疆长绒棉种质资源材料进行基因组检测及遗传多样性分析.[方法]从39对SSR核心引物中筛选多态性好而且稳定的34对,对19个长绒棉材料基因组进行检测,用NTSYS-pc 2.11e软件遗传多样性分析.[结果]34对引物共扩增出108个多态性条带,平均每个引物为3.17个.共检测出160个等位基因,变异的多态信息含量(PIC)在0.1～0.89.材料间的遗传相似系数在0.635 ～0.933,平均相似度为0.784.遗传相似系数阀值在0.69时,可把19个材料分为5个类群.大部分新疆自育品种和部分中亚及埃及资源材料聚类在第2类群中.[结论]材料聚类与资源来源相吻合,材料遗传相似度较高,遗传差异不大,遗传基础狭窄.     

籽粒苋种质资源遗传多样性的SSR分析

为了解籽粒苋种质资源遗传多样性,本试验利用30对SSR引物对18份籽粒苋种质进行初步分析.结果表明:筛选出的21对S S R引物可扩增出清晰条带.试验共扩增出90个等位基因位点,其中81个为多态性位点,多态位点百分率(PPB)为90.00％.有效等位基因数(Ne)的变化范围在1.1892～1.9942之间;期望杂合度(...     

柚类种质资源AFLP与SSR遗传多样性分析

 结合SSR引物和AFLP分子标记对110份柚类基因型、12份野生近缘种进行遗传多样性研究。结果表明，SSR标记的335个位点中99.1%为多态性位点，每个位点可检测到9.85个等位基因，基因多样度 （GD）变幅为0.1939～0.9073，获得了46个特异性SSR标记；AFLP标记的343个位点中72%为多态性位点，3对引物平均期望杂合度变幅为0.21863～0.28445,平均每对引物组合能产生82个多态位点，获得了44个AFLP特异性标记。UPGMA聚类结果显示，122份基因型在相似系数0.61时，分成8个组群，其中柚类主要由沙田柚品种群、文旦品种群与庞大的杂种柚品种群组成。分类结果将有利于更好地利用这些丰富的育种资源。     

陕西豌豆种质资源形态性状遗传多样性分析

【目的】阐明陕西豌豆种质(含省内及来自省外的资源)的形态特点,揭示其遗传结构、遗传多样性的差异,为陕西豌豆资源的利用和育种提供理论依据。【方法】根据生育期、花色、粒色和粒形的不同选取100份种质,分析陕西豌豆及省外豌豆资源生育期、株高、单株荚数、单荚粒数、百粒质量、单株产量、花色、粒形、粒色9个形态性状的分布特点,计算各性状在不同群体中的遗传多样性、遗传距离,并对选取的100份材料进行聚类分析,在主成分分析的基础上绘制品种分布的三维散点图。【结果】陕西豌豆以紫花、麻粒和白粒、圆粒为主,从陕北到陕南皱粒比例增加,粒色类型更加丰富。省外豌豆以白花、白粒、圆粒为主,但皱粒豌豆的比例明显高于陕西豌豆。与陕西豌豆相比,省外资源生育期短,株高低,单株荚数、百粒质量、单株产量高。陕西以及陕南豌豆的平均遗传多样性高于省外群体,省内不同地区间的平均遗传多样性指数以陕南为高,其次是陕北、关中。省外群体的平均遗传距离大于省内群体。省内群体的平均遗传距离以陕南为最大,然后依次是关中、陕北;省内不同群体间的平均遗传距离,以陕南-关中为最大,然后依次是陕南-陕北、关中-陕北。聚类分析将供试100份种质分成2类,第Ⅰ类主要由陕南、省外品种组成,第Ⅱ类主要由关中、陕北组成。聚类和三维散点图结果显示,陕南品种分布最为广泛,其次分别是省外、关中、陕北的品种,不同地区的品种没有形成相对独立的区域,而是相互穿插,界限模糊。【结论】省外资源的农艺性状优于省内资源,是陕西豌豆资源的重要补充。陕西豌豆的遗传多样性以及遗传距离与品种的地理来源相关不明显。     

新疆早熟陆地棉种质资源遗传多样性分析

[目的]利用SSR分子标记对北疆早熟陆地棉部分种质资源材料进行基因组分子检测并进行遗传多样性研究,从分子水平上揭示遗传性关系.[方法]从39个SSR核心引物中筛选多态性好且稳定的24对引物在43份北疆早熟陆地棉种质材料进行分子检测,利用NTSYS-pc 2.11软件进行遗传相似性及聚类分析.[结果]共扩增出71个多态性条带,平均每个引物为2.84个条带,扩增98个等位基因.变异的多态信息含量(PIC)在0.12 ～0.80.43份资源材料成对遗传相似系数变化范围在0.458～0.944,其中63.75;的材料遗传相似系数在0.500 ～0.696,35.71;的材料遗传相似系数在0.700～0.944.根据UPGMA聚类分析,遗传相似系数在0.58时,可将43份材料聚类为2类群.[结论]43份资源材料中大部分材料成对间相似度较高,遗传性差异较小,遗传基础较狭窄.     

黄精种质资源遗传多样性研究进展

黄精是百合科黄精属的多年生草本植物,是我国传统的药食同源的中药材之一,具有补气养阴,健脾,润肺,益肾的功效,用于脾胃气虚,体倦乏力等症。黄精属内植物的形态上相似,种间鉴别较为困难,容易造成混乱现象,黄精遗传多样性的研究不仅可以鉴别黄精资源,而且是种质资源的创新及品种筛选改良的基础。近年来人们采用了多种方法来揭示黄精资源的遗传多样性,本文对黄精的形态学标记、细胞学标记、生物化学标记、分子标记的遗传多样性研究进展,进行分析和展望,为黄精种质资源的保护和利用提供理论依据。     

福建杉木王种质资源的遗传多样性

为研究福建省杉木王种质资源的遗传多样性,在全面调查的基础上收集了福建省44份杉木王种质,并采用简单序列重复区间扩增多态性( ISSR)分子标记的方法分析其群体遗传多样性。结果表明,福建省杉木王主要分布在闽西、闽南和闽北地区,闽东地区分布较少。29条ISSR引物共扩增出237条带,平均每条引物扩增8.17条带;共有212条带具有多态性,多态性条带比率89％。福建省杉木王群体Nei′s基因多样性指数为0.3428, Shannon信息指数为0.5026,显示出较高的遗传多样性。非加权类平均法聚类分析和遗传结构分析均显示,福建杉木王可划分为5个类群,其类群划分结果与样本间的地理位置分布较为一致。     

基于AFLP的垂乳银杏种质遗传多样性分析

采用AFLP分子标记技术对14份垂乳银杏种质资源进行遗传多样性和亲缘关系分析。结果表明,8对引物在14份垂乳银杏种质扩增后检测出935条谱带,有920条多态带,多态带比例为98.40％,表明所试垂乳银杏材料具有丰富的多样性;遗传相似系数为0.4404～0.7299,平均值为0.4752,说明各种质之间有一定的遗传分化;聚类分析和主坐标分析将垂乳银杏分成5类,来源相同的种质并没有严格的聚在一起,表明垂乳银杏的变异与地理来源无严格的相关性。     

基于SSR标记的49个大白菜自交系遗传多样性分析

利用扩增条带清晰且覆盖白菜10个连锁群的33个SSR标记分析了49个大白菜自交系的遗传多样性。结果表明,22对引物在供试材料间表现多态,11对引物表现单态扩增,多态引物频率达到66.7%,其中A1、A3、A8和A9连锁群上多态引物比例相对较高。多态引物共扩增出68个等位变异,每个位点2~8个,平均3.09个;不同引物的多态性信息含量0.05~0.88,平均0.48;品种间的遗传距离变异为0~0.93,所有成对遗传距离的平均值为0.51,UPGMA聚类结果与品种间亲缘关系及其农艺特征有较好的一致性。     

大白菜2个DH系群体遗传多样性分析

[目的]研究来源于小孢子培养的2个DH系(双单倍体)小群体(Y360、YF05)内的遗传多样性。[方法]利用SSR分子标记方法,对大白菜2个DH系群体内遗传多样性进行标记,从分子水平上分析DH系群体内的遗传关系。[结果]大白菜DH系Y360群体在遗传距离为0.43处分为9个类群,遗传距离在0~0.71;YF05群体遗传距离在0.70处分为2个类群,遗传距离在0.08~0.81,第一类群材料叶面都有茸毛,第二类群都是光叶材料;大部分材料分布在聚类图的中上部,只有少数材料零星地散布在上部和中下部。[结论]该研究不仅有助于丰富种质资源,而且可以为杂交亲本的选择和配组提供参考。     

基于SRAP标记的国兰种质资源遗传多样性分析及分子身份证构建

【目的】探究国兰种质资源遗传多样性水平,并构建分子指纹图谱及分子身份证,为在分子水平上鉴定国兰种质提供技术支撑,也为国兰种质资源开发、保存利用及种质创新奠定基础。【方法】以收集于华南及邻近地区的139份国兰栽培品种和野生种质为材料,采用改良的CTAB法提取基因组DNA,由13条正向引物和16条反向引物随机组成208对SRAP引物,每对引物用品种‘宋梅’和‘大勋’扩增产物进行筛选;PCR扩增产物应用6%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,电泳胶图进行人工读带,并计算多态性引物的总扩增条带数、多态性条带数和多态性条带比率。按照Botstein公式计算多态信息含量;用POPGENE32软件计算观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s基因多样性指数、Shannon’s信息指数,并进行遗传多样性分析。用NTSYS-pc2.10e软件UPGMA方法进行聚类分析,并计算遗传相似性系数。采用引物对组合的方法,构建139份国兰种质资源数字指纹图谱。【结果】从208对SRAP引物中共筛选出17对多态性好且重复性高的引物,对供试材料进行PCR扩增,共扩增出DNA条带489条,其中多态性谱带484条,多态性比率(PPB)为98.89%,观测等位基因数平均值为2.00,多态性信息含量平均值为0.94,每个位点的有效等位基因数平均值为1.49,Nei’s基因多样多样性指数平均值为0.30,Shannon信息指数平均值为0.45。UPGMA聚类分析表明,139份国兰种质资源的遗传相似系数变化范围为0.51-0.91。在相似系数为0.70时,可划分为6个类群。用SRAP多种引物组合方法可有效区分所有材料,并构建出139份国兰种质资源特异性分子身份证,置信概率达到99.99%。根据聚类结果可以将国兰种质分为４组：一为春兰组,由春兰种质单独构成;二为建墨兰组,主要由建兰和墨兰种质组成;三为寒蕙兰组,主要由寒兰、蕙兰和杂交系组成;四为剑莲兰组,由春剑和莲瓣兰种质组成。而四组之间剑莲兰组与寒蕙兰组亲缘关系最近,与建墨兰组次之,与春兰组亲缘关系较远。【结论】所试国兰种质具有较丰富的遗传多样性水平,基于17对SRAP引物组合所构建的139份国兰种质的分子身份识别体系具有唯一性和高效性,SRAP标记是在分子水平鉴定国兰种质的有效方法之一。     

98份甘蔗种质资源遗传多样性的AFLP分析

【目的】甘蔗蔗糖产量约占中国食糖总量的92%。具有遗传多样性的甘蔗种质资源是甘蔗杂交育种的基础,杂交亲本的选择和组合的选配是杂交育种成败的关键,研究98份种质的遗传多样性及亲缘关系,为甘蔗杂交组合选配和种质创新提供参考依据。【方法】采用CTAB法提取甘蔗幼叶基因组DNA,利用扩增片段长度多态性（amplified fragment length polymorphism,AFLP）分子标记技术,对来源于10个国家的98份种质资源的基因组DNA进行酶切、连接、预扩增、选择性扩增,选择性扩增产物在5%变性聚丙烯酰胺凝胶上电泳分离,银染显色。电泳结果得到“0,1”矩阵,使用POPGENE 32软件计算每对引物的多态性条带数、多态性比率、多态信息量、有效等位基因数、遗传多样性指数等指标,同时使用NTSYS pc-V. 2.1计算种质间遗传相似系数,根据相似性系数进行UPGMA（unweighted pair group method analysis）聚类分析和PCA（principal component analysis）主效应分析,对甘蔗种质资源进行分类。【结果】采用云南省甘蔗遗传改良重点实验室筛选出的10对引物组合共扩增出1 392条谱带,其中多态性条带为1 344条,多态性条带比率为96.55%,平均每对引物扩增出139.2个位点和134.4个多态性位点。98份种质的相似性系数在0.484-0.929,平均为0.734,多态信息量为0.2495,每个位点的有效等位基因数为1.4092,平均多样性指数为0.3890,遗传相似性系数最高的是KN90-418和KN90-455,达到0.929,最低的是云蔗94-375和IS76-126,为0.484。根据遗传相似性系数进行聚类分析,在遗传相似性系数0.64处切割时,可划分为4个类群,第I类群有5份澳大利亚种质,包括IK76-48、IS76-126、IK76-22、SES309和E.SARPET;第II类群有1份澳大利亚种质是IS76-199;第III类群有3份种质,包括KN93-06、90-110-9和BURMA;第IV类群有89份种质,在遗传相似性系数0.79处切割时,可将第Ⅳ类群划分为9个亚群（A、B、C、D、E、F、G、H和I）。基于Jaccard系数用PCA法对98份甘蔗种质AFLP标记结果进行主效应分析,主效应分析显示了不同种质的分类位置,分子主效应分析结果与分子聚类结果一致,集中在一个区域的种质亲缘关系较为紧密,澳大利亚种质位置较为分散,最分散材料为蔗茅属和细茎野生种。【结论】98份种质资源的遗传基础差异较小,亲缘关系较近,其中,澳大利亚种质遗传多样性相对较丰富。90-110-9、KN93-06和粤糖00-236较为特殊,在杂交组合选配中应给予重点关注。     

不同居群款冬种质资源SRAP遗传多样性分析

采用SRAP分子标记技术和UPGMA法对16个款冬居群进行遗传多样性和聚类分析,构建聚类树状图。结果表明,从99对SRAP引物中筛选出11对多态性稳定、清晰的引物,共扩增出121条条带,其中,79条呈现多态性,平均每对引物组合产生11个DNA位点和7.2个多态性位点;各居群间遗传相似系数变化范围为0.342~0.810。聚类分析结果显示,16份材料可以分为5个类群,遗传多样性丰富。     

文心兰种质遗传多样性的SRAP分析

利用SRAP标记分析文心兰部分种质资源的遗传多样性,采用30对引物组合对33份文心兰种质进行扩增,从中筛选出19个多态性较高的引物组合,共产生277条多态性条带,平均每个引物组合产生14．6个多态性条带,相似系数在0．280-0．927。通过聚类分析发现,在值为0．37时,可将33份文心兰种质划分为4大类群。第1类厚叶大花品种,第1I类为厚叶小花品种,第III、第Ⅳ类均为薄叶品种。结果表明,文心兰种质的聚类与其遗传背景有很大的关系。     

利用AFLP标记鉴定小豆栽培型种质遗传多样性

利用11对AFLP引物,对94份来自我国的小豆栽培型种质基因组DNA进行扩增,得到689条清晰的谱带,其中324(47.0%)条呈多态性,平均每对AFLP引物得到29.5条多态性带;平均遗传距离0.285,变异幅度为0.009～0.836。利用AFLP多态性数据进行NeiandLi遗传相似系数聚类分析,可将94份种质相互区分开,并划分为4个明显不同的组群,表明我国栽培型小豆种质存在较丰富的遗传多样性。4个组群的遗传多样性表现出明显的生育特性和生长习性趋同性,也表现出一定的地域相关性。     

中国冬小麦微核心种质遗传多样性分析

为了明确中国冬小麦的遗传多样性,为育种工作提供有益信息,以90份具有广泛代表性的中国冬小麦核心种质为材料,通过连续2年度的水、旱处理,分析了其形态、光合生理及苗期根部共21个性状的遗传变异及广义遗传力;同时利用269对均匀分布于小麦21条染色体的SSR标记对供试材料进行遗传多样性分析。结果表明:除穗长、小穗数、净光合速率、胞间CO2浓度和叶绿素含量5个性状外,其他16个性状均具有比较丰富的遗传变异;以形态性状为主的简单性状(穗叶距、穗下节长、株高、胚芽鞘长、根直径、千粒质量、穗长、叶绿素含量、穗粒数、小穗数、根长、旗叶长)具有较高的遗传力,适宜早代选择;产量性状(单株籽粒产量和单株生物学产量)遗传力中等,但考虑产量是育种改良的核心目标,也可作为早代选择指标;光合生理及复合性状(萌发期根表面积、根体积、胞间CO2浓度、气孔导度、蒸腾速率和净光合速率)遗传力最低,尤其是光合生理性状易受外界环境的影响且不容易准确测量,不适宜作为早代选择的指标。SSR多样性分析表明,中国冬小麦遗传多样性较差;不同基因组间差异显著,其中B基因组多样性最丰富,D基因组多样性最差。