SSR荧光标记毛细管电泳分析16个博落回种质资源的遗传多样性

为分析我国13个省份博落回种质资源的遗传多样性,明确其亲缘关系和遗传差异。利用SSR荧光标记毛细管电泳技术对16份博落回种质资源进行遗传多样性分析。结果表明：16个博落回种质资源多态信息含量(PIC)值的变化范围为0.375～0.687,遗传相似系数范围为0.071 4～0.714 2。聚类分析结果显示,在相似系数0.3处可将16份博落回种质资源分为3个大类群,第Ⅰ大类有7份种质资源,第Ⅱ大类有1份种质资源,第Ⅲ大类有8份种质资源。此外,构建了16份博落回种质资源的DNA指纹图谱数据库,开发了相对应的指纹图谱。研究结果可为博落回种质资源的分类鉴定、遗传多样性分析和品种选育提供可用的分子标记以及参考依据。     

咖啡种质资源遗传多样性的ISSR分析

[目的]对我国收集保存的咖啡种质资源进行遗传多样性分析,为咖啡种质资源的收集、保存、鉴定、创新及有效利用提供理论参考.[方法]从哥伦比亚大学(UBC Primer Set#9)公布的100个ISSR引物序列中筛选出多态性好、扩增条带清晰且重复性好的引物,利用其对72份咖啡种质材料进行扩增,对电泳图谱进行统计分析,并利用NT-SYSpc 2.1计算遗传相似系数和遗传距离.根据非加权算术平均法(UPGMA)进行聚类分析,并进行主坐标分析.[结果]筛选出的19条引物共扩增出153条条带,其中多态性条带数为128条,占总条带数的83.7%;72份咖啡种质材料间的遗传相似系数为0.4531~0.9609,平均为0.6567;遗传距离为0.0351~1.0951,平均为0.4081.其中,大粒种种内遗传相似系数最大(0.9297~0.9531),遗传距离最小(0.0445~0.0669);中粒种种内遗传相似系数最小(0.5781~0.8750),遗传距离最大(0.1210~0.5363).主坐标分析与聚类分析结果一致,均显示72份咖啡种质材料可分为三大类,其中3份大粒种、3份查理种及1份中粒种巴布亚新几内亚-2聚为Ⅰ类群;32份小粒种聚为聚为Ⅱ类群;除巴布亚新几内亚-2外的其他31份中粒种及1份中小粒杂交种Arabusta和1份福建咖啡共33份聚为Ⅲ类群.聚类分析结果与种质地理来源无明显相关性.[结论]咖啡种质资源各种间存在较大的遗传差异,以中粒种种内遗传多样性较丰富,以大粒种种内遗传多样性较低.利用ISSR分子标记可准确分析咖啡资源遗传多样性.     

烤烟种质资源形态学标记及SSR标记的多样性研究

田间调查了69份烤烟品种形态学性状,并进行各品种间的遗传距离分析;对69份烤烟种质资源进行SSR分析,估算遗传相似系数;结合这2种方法对69份烤烟资源进行遗传多样性研究.结果表明,69份烤烟种质材料间的遗传距离在0.32~7.83之间,平均为2.80,其遗传相似系数在0.30~0.96之间,平均为0.70.聚类分析结果为,供试品种大致分为国外优质种质及其衍生的后代、国内外地方品种、早花类型品种、晚花类型品种等几个类群.结合形态学标记和分子标记对烤烟种质资源进行遗传多样性评价,揭示了烤烟种间的遗传多样性与亲缘关系.     

小白菜种质遗传多样性与亲缘关系的SRAP 和SSR 分析

利用SRAP和SSR标记对小白菜进行遗传多样性分析,从666对SRAP、160对SSR引物中筛选出59对多态性明显、条带清晰、稳定可靠的引物,对41份小白菜材料进行扩增,共扩增出519条带,平均每对引物扩增出6.2条,扩增出多态性条带数171条,多态性比例为32.9%。利用聚类软件进行分析,41份小白菜种间遗传距离在0.58~0.87之间,在遗传相似系数0.58处可将41份小白菜材料分为两大类。研究表明,小白菜品种具有丰富的遗传多样性,大多数小白菜种质资源之间的亲缘关系与其地理来源有较大的相关性。SRAP标记适用于分析种质的遗传距离,从种质资源保存的角度分析,SSR标记能够较全面地保证种质资源遗传多样性。     

柿属植物种质资源遗传多样性的SSR分析

【目的】用SSR标记分析柿属植物种质资源的遗传多样性,为其有效利用提供依据。【方法】以7个柿种或变种的48份材料为研究对象,利用30对SSR标记对其进行遗传多样性分析。采用NTSYS-pc2.10e分析软件对SSR数据进行聚类分析。【结果】共检测到83个等位基因,每对SSR引物检测到3～6个等位基因变异,平均为4.9个。供试柿品种间的遗传相似系数介于0.397～1.000,平均为0.698,范围较大,说明柿资源种类较多、来源较广泛、遗传多样性较丰富。48份柿材料在相似系数为0.66水平上分为4大类,第Ⅰ类包括浙江柿和5个美洲柿及1个柿品种;第Ⅱ类只有2个资源,即油柿和野柿;第Ⅲ类为柿种下的大部分柿品种(27个);第Ⅳ类包括2个有核君迁子、3个无核君迁子、2个野柿、3个金枣柿及2个柿种下的品种;不同种类的柿种质资源基本分别聚在一起。同一种类下的不同类型也能区分开来。【结论】SSR标记是研究柿种质资源遗传多样性的有效手段。     

南瓜种质资源遗传多样性的SSR分析

以主要来源于浙江省的41份南瓜种质资源为材料,利用26对南瓜SSR标记对其进行遗传多样性及亲缘关系分析。结果表明,41份种质被分为4类,2类为白籽南瓜(各1份),1类中国南瓜(35份),1类印度南瓜(4份)。材料间的遗传相似系数介于0.45~0.96,平均为0.79。其中,中国南瓜类群种内平均相似系数为0.86,印度南瓜类群种内平均相似系数为0.67,这2个类群间的平均相似系数为0.54。所收集的浙江省种质资源除其中2份外,均被分类为中国南瓜,平均遗传相似系数为0.87。中国南瓜的亲缘关系较印度南瓜近,种内亲缘关系较种间近。研究结果对浙江省南瓜种质资源保护和开发利用具有重要意义。     

谷子种质资源遗传多样性研究

利用谷子基因组序列开发出SSR引物205对,其中171对可以稳定扩增出目的条带,149对有多态性。利用30个多态性SSR标记对41份谷子种质资源进行遗传多样性分析,共检测出291个等位变异,平均每个位点9.7个。谷子地方品种基因多样性指数平均为0.7907,育成品种基因多样性指数平均为0.7571。对41个谷子品种进行聚类,在遗传相似系数为0.164时聚为6组,与生态型基本一致。     

福建省春大豆地方品种遗传多样性分析

采用表型和SSR标记对23份福建省春大豆地方品种进行遗传多样性分析,结果表明:17个性状的平均变异系数为26.56％,平均多样性指数为1.29,聚类分析将23份种质资源聚为3大类;SSR分子标记分析,23份种质中共检测到163个等位变异,平均每个位点的等位变异系数为3.26,有效等位变异系数为2.286.PIC变幅为0.131 8～0.728 5,平均值为0.454 9.Shannon-Weaver指数平均值为0.899 5,成对相似系数范围为0.1944～0.725 2,平均相似系数为0.450 9,基于SSR分子标记结果的聚类也将23份材料聚为3大类,聚类结果与地理来源没有明显相关性.     

50 份黄瓜核心种质的 SSR 标记筛选与聚类分析

【目的】分析 50 份来自全国各地的黄瓜核心种质资源的遗传多样性,为黄瓜育种提供依据和参考。【方法】对 50 份黄瓜核心种质资源的重要外观农艺性状进行统计,并利用全基因组设计 66 对 SSR 引物对其进行分子标记筛选及遗传多样性聚类分析。【结果】供试 50 份黄瓜核心种质材料的瓜皮颜色、刺瘤、瓜皮斑纹具有多样性。66 对引物中有 32 对引物能够在不同黄瓜种质间扩增出清晰而稳定的多态性标记,这 32 对 SSR 引物共扩增出 280 个等位基因片段,其中多态性片段 216 个、占片段总数的 77.1%,表明本研究筛选出的 32 对 SSR 引物遗传多态性较高,适用于黄瓜种质材料的遗传多样性分析。聚类结果与所调查的种质资源性状表现结果较为一致。50 份黄瓜核心种质遗传相似系数最低为 0.62、最高达 1.00。在遗传相似系数 0.754 处,50 份黄瓜种质材料聚为 7 类,即 9 份华南型材料聚为 6 类：I 类、III 类、IV 类、V 类、VI 类、VII 类,其中 IV 类包含 1 份中间材料与 9 号华南型材料;40 份华北型黄瓜材料聚为 1 类：II 类。表明华北型黄瓜材料和华南型黄瓜材料间相似系数低、亲缘关系远;华北型黄瓜材料间相似系数高、亲缘关系近、遗传背景窄、遗传多样性差;而华南型黄瓜材料间相似系数较低、亲缘关系较远、遗传背景宽、遗传多样性丰富。【结论】筛选出 32 对 SSR 引物可有效对 50 份黄瓜核心种质材料进行聚类分析,遗传相似系数为 0.754 处 50 份黄瓜材料聚为 7 类,其结果与性状调查结果相吻合;华北型黄瓜遗传背景窄、遗传多样性差,华南型黄瓜遗传背景相对较宽,遗传多样性丰富。     

SRAP结合SSR标记分析油菜自交系的遗传多样性

为了掌握陕南地区油菜主要育种材料的遗传多样性,了解其遗传背景,明确各材料间的亲缘关系,为油菜育种提供理论依据。利用34对有多态性的SRAP标记和25对SSR标记,对56份陕南地区油菜自交系材料进行遗传多样性分析。结果表明,SRAP标记共检测到273个等位变异,平均每个标记检测到8个等位基因,每个SRAP位点的遗传多态性信息含量在0.32~0.93,平均值为0.64。供试材料的遗传相似系数集中在0.47~0.93,两两遗传相似系数的平均值为0.69,变幅为0.34~0.93,聚类分析表明。在相似系数0.47处,所有材料被聚为一类。SSR标记共检测到155个等位基因,平均每个标记检测到7个等位基因,每个SSR位点的遗传多态性信息含量在0.03~0.92,平均值为0.54。供试材料的遗传相似系数集中在0.49~0.92之间。两两遗传相似系数的平均值为0.57,变幅为0.30~0.92。在相似系数0.49处,所有材料被聚为一类。因此,SRAP标记的多态性比SSR丰富,56份陕南地区甘蓝型油菜自交系中多数材料亲缘关系较近,在育种中需要创新种质资源。     

甘蓝型油菜一个代表性核心种质的遴选

【目的】分析甘蓝型油菜的遗传多样性,遴选核心种质。【方法】将来自欧洲、亚洲、加拿大、澳大利亚和中国几个不同地区的甘蓝型油菜500余份,按照其品质特点、地理位置、生长习性分组并按比例取样,建立由87个品种组成的预选核心种质。采用EST-STS标记和SSR标记对其进行分析,剔除遗传冗余,选出代表该500余份资源的核心种质并进行分子标记多样性评价和表型特征分析。【结果】在相同的选择背景下,EST-STS和SSR 标记的多态性检出率相仿（39%～40%）,每对EST引物与SSR引物产生的多态性条带相近。聚类分析在遗传相似系数0.65处把87个品种分成中国和国外油菜两个类群,进一步在约0.70处类群Ⅰ和类群Ⅱ又分别产生中国“双低”、中国“双高”以及欧洲冬油菜和欧洲春油菜各两个亚组。根据遗传多样性分析,剔除遗传相似系数大于或等于0.85的遗传冗余,获得78个品种的核心种质。【结论】EST-STS是一种经济、有效具有功能信息的分子标记,功效与普通SSR标记相仿;遗传多样性和聚类分析结果为甘蓝型油菜4个组的划分提供了依据;78个品种组成的核心种质保留了预选核心种质的遗传多样性和结构,可作为本研究中500余份品种资源的核心种质加以利用和保存。     

线辣椒种质资源遗传多样性分析

中国线辣椒(C.annuumvar.annuum)是一种特有的辣椒类型,具有丰富的种质资源,但目前对其遗传多样性的研究甚少.本研究采用RAPD和SSR分子标记,对20份辣椒种质资源(其中线辣椒13份,其他辣椒资源7份)的遗传多样性进行鉴定分析,并比较分析了形态特征.结果表明:2种标记均能有效鉴定材料间遗传多样性,其中SSR标记优于RAPD标记.RAPD标记共扩增出218条DNA片段,每个引物平均可扩增出3~10条DNA片段,多态性比率(PPB)为77.1%;材料间遗传相似系数(GS)为0.615~0.905.SSR标记共扩增出153条DNA片段,每对引物平均扩增出2~8条DNA片段,多态性比率(PPB)为82.3%;材料间遗传相似系数(GS)为0.632~0.886.相关性分析表明,RAPD和SSR标记与形态标记的相关系数分别为0.743和0.710,2种标记与形态标记的相关系数为0.658,均达到了显著水平.聚类分析结果显示,大部分具有亲缘关系的资源及形态学、生物学特征相近的资源聚在一类,说明分子标记的聚类分析结果与形态学分类结果具有较好的相符性.     

广西原产和引种荔枝种质资源的遗传多样性 分析及核心种质构建

[目的]利用SSR分子标记对广西荔枝种质资源进行遗传多样性分析并构建核心种质,为广西荔枝种质资源的保存、遗传改良及创新利用提供理论依据.[方法]以广西原产和引种的88份荔枝种质资源为研究对象,利用40对SSR引物对其进行遗传多样性和聚类分析,在此基础上按原始群体50.00%、25.00%和12.50%的取样比例,采用逐步聚类法优先选择性状优良材料的原则构建广西荔枝核心种质.[结果]40对SSR引物从88份荔枝种质资源中共扩增出282条清晰的条带,每对引物扩增条带数2~13条,平均7.05条,其中,多态性条带182条,每对引物扩增的多态性条带数1~13条,平均4.55条,每对引物扩增条带的多态性比率为14.29%~100.00%,平均64.54%.88份荔枝种质资源的遗传相似系数为0.83~0.96,说明其遗传多样性较低;在遗传相似系数0.86处,88份荔枝种质资源可分为七大类群,第Ⅰ~Ⅶ类群分别包含3、12、6、6、1、2和58份种质,其中第Ⅰ类群均为龙荔种质资源,第Ⅱ类群主要为早熟种质,第Ⅳ类群主要为早熟实生种质,表明荔枝种质间的亲缘关系与熟期存在一定的相关性.88份荔枝种质资源在40个SSR位点的平均观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Shannon指数(I)和期望杂合度(He)分别为3.2750、2.1137、0.8092和0.5107.核心种质-1、核心种质-2和核心种质-3的种质资源数量分别为44、22和11份,其中,核心种质-2的Ne、I和He 3个遗传多样性参数均最高,分别为2.1774、0.8452和0.5271;仅核心种质-3的Na与原始群体存在极显著差异(P<0.01),3组核心种质的其余遗传多样性参数与原始群体无显著差异(P>0.05),表明核心种质-1和核心种质-2均能充分代表原始群体的遗传多样性,根据核心种质构建的原则,最终选择核心种质-2作为广西荔枝核心种质.[结论]SSR分子标记是一种适用于荔枝资源遗传多样性分析和核心种质构建的理想分子标记.广西荔枝种质资源遗传背景相对较窄,遗传多样性较低,今后应加强荔枝种质资源的引进与利用.     

70份毛葡萄种质资源遗传多样性的SSR分析

【目的】利用SSR标记进行毛葡萄遗传多样性的分析,阐明毛葡萄种质的亲缘关系,为有效利用野生毛葡萄种质及挖掘优良基因提供参考。【方法】利用筛选的多态性SSR引物对70份毛葡萄进行SSR扩增,评价不同种质遗传多样性,并分析亲缘关系。【结果】从40对SSR引物中筛选出16对多态性引物,共扩增出123 条带,每对引物可检测到等位位点数3-15个,多态率26.7%-100.0%。PopGene分析结果表明,毛葡萄种群Nei’s 基因多样性平均指数为0.4412,多样性信息平均指数为0.6308,具有较高的遗传多样性。Nei’s相似性系数分析结果表明,70份毛葡萄种质的遗传相似系数在0.60-0.89。UPGMA 聚类分析结果表明,在遗传相似系数0.61 处,70 份毛葡萄材料可分为3大类群：第一类包含两份毛葡萄材料,编号为70和91,均来自广西罗城县;第二类包含5份材料,编号为28、1、129、3和131,除131外,其余4份来自广西罗城县;其他63份归为第三类,其中50份为广西罗城县毛葡萄。【结论】广西罗城县毛葡萄具有丰富的遗传多样性,可为毛葡萄种质资源的利用和品种选育提供参考。     

结球甘蓝遗传多样性的SSR分析

利用62对SSR引物对36个结球甘蓝种质材料进行了遗传多样性分析。结果表明,有40对SSR引物在36个种质材料间表现为多态性。共检测到146个等位基因位点,每对引物的等位基因位点变幅为2～7个,平均为3.65个,有效等位基因数为127.88个,平均为3.20个。每个SSR位点的多态信息量(PIC)变化范围为0.182～0.832,平均为0.644。36个种质材料间遗传相似系数变幅为0.473～0.815,平均为0.720。UPGMA聚类分析结果显示,在相似系数为0.62的水平上可将36个甘蓝种质材料聚为三大类群,利用SSR分子标记可以从DNA水平上进行结球甘蓝遗传多样性分析。     

23份烟草种质遗传多样性的SSR和ISSR标记分析

利用SSR和ISSR标记分析23份烟草种质遗传多样性。结果表明:8个SSR引物和8个ISSR引物分别检测到66个和113个多态性位点。不同烟草种质之间的遗传相异系数在0.3259~0.8588(SSR)或0.1369~0.8161(ISSR)。以SSR、ISSR标记分别聚类以及两种标记混合聚类均在0.63处将23个材料分为4类:2个类群和2个独立个类Coker147、Val16或G140,一类群以红花大金元为基础聚类,另一类群以NC82为基础聚类。两种标记的结果相似,均可用来进行烟草种质资源的遗传多样性分析。     

贵州荞麦重要种质的遗传多样性分析及分子身份证构建

为精准鉴定贵州荞麦种质资源,采用SSR分子标记对60份荞麦种质进行遗传多样性分析,构建DNA分子身份证数据库。结果显示,从100对SSR引物中筛选出16对稳定性好、多态性丰富的引物,在60份供试种质中共扩增出174个多态性条带;Shannon’s信息指数、Nei’s多样性指数、多态信息指数均值分别为0.337、0.206、0.693,引物的多态性较好,能有效揭示60份荞麦种质的遗传多样性;在Dice遗传相似系数为0.374时,所有供试材料可聚为A、B、C 三组;当Dice遗传相似系数为0.484时,将苦荞组（A组）更细分为A1、A2两个小组。采用毛细管电泳及8%的聚丙烯酰胺凝胶（PAGE）电泳对SSR标记扩增产物进行双验证,2种方法的聚类结果一致。结果表明,本研究开发的高效性SSR分子标记能够有效地鉴定贵州荞麦重要种质的遗传多样性且用于构建分子身份证。     

山东省不同年代栽培大豆SSR标记遗传多样性分析

从分子水平探讨山东省大豆种质资源遗传多样性,为山东大豆今后的大豆育种和遗传改良奠定基础;对山东省36份不同年代材料进行SSR标记,计算遗传相似系数,并对供试品种进行UPGMA聚类分析;20对SSR引物共扩增出138个等位变异,平均每对引物扩增出6．9个等位变异。遗传相似系数的变化范围为0．66-0．97,总体平均值为0．78;相似系数大,品种间遗传差异较小。利用SSR标记的数据结果,对供试品种进行聚类分析,东解1号单独聚为一类,其他品种聚成2个类群,聚类结果表明其多样性与地理来源及系谱关系相关联,但从年代上并没有很好的划分。对山东大豆的多样性分析也有必要采取多种方法对其进行综合有效的鉴定。     

黄籽甘蓝型油菜核心种质的 SSR 标记分析

核心种质筛选是植物遗传资源研究和利用的便捷途径,利于种质资源杂种优势利用。遗传多样性分析有利于最优亲本组合的鉴定,以期能够产生遗传变异最大的后代群体和促进不同资源的有利基因渗透到栽培品种。该研究通过表型数据分析表明,初选核心种质能够有效地代表参试群体的遗传多样性,利用20对 SSR 标记对20份黄籽甘蓝型油菜的核心种质进行了遗传多样性分析,共检测出128个等位基因,每对引物在不同材料之间的等位基因数在4～11之间,平均位点为6?40个,多态信息量 PIC 值在0?81～0?92之间,通过 UPGMA 法,核心种质的遗传相似系数介于0?17～0?61之间,说明黄籽甘蓝型油菜核心种质具有较丰富的遗传多样性。该研究为甘蓝型黄籽油菜基因资源的挖掘和黄籽杂交育种的利用提供了理论基础。     

云南咖啡资源遗传多样性的RAPD分析

利用18对RAPD引物对87份咖啡种质资源进行遗传多样性分析。共扩增得到129条谱带,其中多态性谱带102条,多态性比率为79.1%,遗传相似系数在0.3824~1.0之间。运用UPGMA方法构建了聚类图,87份咖啡种质在相似系数约0.720水平下可分为4个类群,Ⅰ类群为大粒种资源,Ⅱ类群为中粒种资源,Ⅲ类群是一份杂交种,Ⅳ类群全部为小粒种资源。以上结果表明,咖啡种质的遗传关系种间容易划分,资源间的关系与原产地有一定的相关性。RAPD多态性分析从分子水平上反映出了咖啡种质资源的亲缘关系,为后续开展咖啡分子技术研究奠定了基础。