栀子叶绿体基因组密码子偏好性分析

分析栀子叶绿体基因组密码子的偏好性并探讨其主要影响因素,为栀子叶绿体基因组研究及其遗传改良提供参考依据。利用Codon W1.4.2、CUSP和SPSS 20.0软件统计和计算密码子的碱基含量,分析密码子使用模式。结果表明：栀子叶绿体基因组密码子第3位GC含量(GC3)为28.44%,低于第1(GC1)、2位GC含量(GC2),GC1和GC2分别为47.33%、39.56%;有效密码子数(ENC)为36.78～56.95,平均值为47.42;ENC与GC1、GC2之间的相关性均不显著,与GC3之间呈极显著正相关,相关系数为0.356;GC1和GC2的平均值(GC12)与GC3之间的相关性不显著,相关系数为0.102;45.45%基因的ENC比值频数为0.0～0.1;结合高频及高表达密码子分析结果,最终确定UUU、UUA、UUG等19个密码子为栀子叶绿体基因组的最优密码子。综合分析显示,栀子叶绿体基因组密码子末位碱基偏好以A或U结尾,偏好性弱,其密码子偏好性主要受自然环境选择和突变因素的影响,是多因素共同作用的结果。     

古老月季叶绿体基因组密码子分析

我国古老月季月月粉具有连续开花、重瓣和标志性茶香等优良性状,是重要的育种材料。为明确月月粉叶绿体基因组密码子的特点,从NCBI网站获得了完整的叶绿体基因组信息,并对所有基因的密码子使用偏性进行计算分析。结果表明,月月粉叶绿体包含53个基因,1～3位密码子GC含量平均值分别为47.08%、39.54%、29.14%,绝大多数密码子前2位的GC含量较高。编码区有效密码子数平均值为46.86,表明其偏性较弱。相关性分析显示密码子第3位与前2位存在明显差异,可能对密码子使用偏性具有关键作用。29个RSCU>1的密码子中以A、U结尾的有28个。中性绘图分析表明,GC₁₂与GC₃间相关系数为0.088,相关性不显著,ENC-plot分析、PR2-plot分析结果表明自然选择在月月粉叶绿体基因组密码子使用模式中起决定性作用,并筛选到16个最优密码子。结果可为月季遗传转化过程中提高外源基因的表达提供有用信息。     

杜鹃叶绿体基因组特征及密码子偏好性分析

为了确定杜鹃(Rhododendron simsii)叶绿体基因组密码子的使用模式,为杜鹃花科叶绿体基因组学研究提供参考依据,绘制了杜鹃叶绿体基因组图谱,对三大功能基因进行分类,统计各蛋白编码基因密码子的3位碱基的GC含量、有效密码子数、同义密码子相对使用度,开展中性绘图分析和PR2-plot等分析,并系统分析影响杜鹃密码子偏好性的各种因素,从而筛选出了最优密码子。结果显示,杜鹃叶绿体基因组全长206 912 bp,大单拷贝区为110 234 bp,小单拷贝区为2 606 bp,反向重复区为47 036 bp。蛋白编码序列GC含量为36%,密码子第3位偏好使用A/U,ENC值范围为37.48～57.13,说明其密码子使用偏好性较弱;中性绘图分析显示GC₁₂和GC₃的相关系数为0.255,拟合的回归系数为0.345;PR2-plot分析显示G>C,T>A;有30个密码子的RSCU值大于1,以U或A结尾的有29个,影响其密码子使用偏好性的最主要为自然选择压力;最终鉴定出最优密码子8个,分别为GCA、GAU、UUG、CCA、CGU、UC...     

南欧大戟叶绿体基因组密码子偏好性分析

为了揭示南欧大戟叶绿体基因组密码子使用偏性及形成原因,以南欧大戟叶绿体基因组中长度大于300 bp的非重复蛋白质编码序列为研究对象,利用Codon W 1.4.1、CUSP在线程序等生物信息学分析工具对其密码子偏性及使用模式进行分析。结果表明,南欧大戟叶绿体基因组密码子中相对同义密码子使用度>1的有31个,其中以A/U结尾的占71%,表明其偏好使用以A/U结尾的密码子;有效密码子数均值为46.74,说明密码子使用的偏好性较弱;GC₁与GC₂呈极显著相关,GC₃与GC₂、GC₁无显著相关性,表明密码子第3位碱基与其他位置碱基的组成有差异;此外,ENC与GC₃呈极显著相关,说明密码子末尾碱基组成在一定程度上会影响密码子使用偏好性。ENC-plot绘图分析、中性绘图分析、PR2-plot偏倚分析结果表明,影响南欧大戟叶绿体基因组同义密码子使用偏性的主要因素是自然选择,但同时也受到突变压力等其他因素的影响;通过建库分析,筛选出GAU、AUA、UUG等14个最...     

7种睡莲属植物叶绿体基因组密码子偏好性分析

以7种睡莲属植物叶绿体基因组为研究对象,分析其叶绿体基因组的密码子使用偏好性,探讨影响其密码子偏好性形成的主要因素。结果表明,7种睡莲叶绿体密码子使用偏好性相似,基因组序列富含A/T碱基,密码子第3位碱基以A/T结尾为主;有效密码子数（ENc）分别为40.14~61.00、40.14~61.00、40.55~57.61、39.77~57.61、39.55~57.30、39.56~61.00和40.10~61.00,均明显大于35,表明其密码子使用偏好性较弱。ENc-plot、PR2-plot和中性绘图分析表明,它们的叶绿体密码子偏好性形成受自然选择、碱基突变等多种因素共同影响,其中自然选择起主导作用。通过同义密码子RSCU值分析,发现以A/T结尾的高频密码子27个,以G/C结尾的低频密码子26个,进一步依据密码子RSCU和△RSCU值,最终确定出4个最优密码子。此外,基于7种睡莲叶绿体基因组密码子使用偏好特征RSCU值、CDS序列及其全基因组序列分别构建系统进化树,分析发现3种方法构建的物种间进化关系相似,均划分为2大分支,其中Nymphaea alba var.rubra、Nymphaea alba、Nymphaea ampla、Nymphaea capensis、Nymphaea jamesoniana和Nymphaea lotus划归第1分支,Nymphaea mexicana单独形成第2分支。研究结果进一步支持了物种内遗传关系与密码子使用偏好性之间存在一定关系。     

金莲花叶绿体基因组密码子偏好性分析

对金莲花叶绿体基因组中筛选出的49条蛋白质编码序列(CDS)进行密码子使用偏好性(CUB)分析,为研究物种进化和外源基因表达提供依据。结果表明,金莲花叶绿体基因的有效密码子数(ENC)在40.21～55.54波动,密码子的偏好性较弱;ENC与U3s、A3s呈极显著负相关,与G3s、GC3s呈极显著正相关,同义密码子第3位上的碱基含量直接影响密码子使用偏好性和基因的表达水平。相对同义密码子使用度(RSCU)分析发现,每种氨基酸的较优表达密码子RSCU均大于1且都以A或U结尾,最后确定9个密码子为金莲花叶绿体的最优密码子。通过与其他物种密码子使用频率的比较发现,酵母真核表达系统和双子叶模式植物拟南芥分别更适合金莲花叶绿体基因作基因表达和转基因研究的异源受体。     

苦马豆叶绿体基因组密码子偏好性分析

为确定苦马豆叶绿体基因组密码子的使用模式,利用Codon W 1.4.2、CUSP、Chips等软件,对苦马豆叶绿体基因组中可编码蛋白质基因的密码子偏好性进行分析。结果表明,密码子第3位GC含量最低,为27.14％,29个RSCU＞1的密码子中28个以A、U结尾,苦马豆叶绿体基因组密码子偏好以A、U结尾。有效密码子数ENC平均值为47.110,密码子偏好性较弱。GC₁、GC₂与GC₃无相关性,ENC与GC₃相关性显著,GC₃对密码子的偏好性存在影响。中性绘图分析和PR2-plot图分析表明,密码子偏好性主要受到选择因素的影响,而ENC-plot绘图分析发现,密码子偏好性还受到突变因素的影响。最终通过构建高低基因表达库,得到GAA、CGA、UUG、GUU、AUU、UCA、CAU、CAA、CCA、ACU、GCU、UUA、UAU、AAA、GAU、GGU 16个最优密码子。研究结果对苦马豆资源的开发和利用具有重要意义。     

复羽叶栾树叶绿体基因组密码子偏好性分析

为明确复羽叶栾树叶绿体基因组密码子的使用模式,以筛选到的52条CDS蛋白质编码序列为研究对象, 利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP等获取复羽叶栾树密码子的GC、RSCU、ENC等参数,并进行中性绘图、PR2−plot和最优密码子分析。结果表明：复羽叶栾树密码子不同位置上的GC含量表现为GC₁（47.27%）>GC₂（39.49%）>GC₃（29.84%）,且有29个密码子RSCU>1,其中有28个以A/U结尾,表明密码子偏好以A/U结尾。有效密码子数ENC值在36～61之间,密码子使用偏性较弱。ENC与GC₃间具有极显著的相关关系,表明密码子第3 位上的碱基组成影响密码子使用偏好性。中性分析结果显示,GC₃与GC₁₂间无显著的相关关系（r = 0.198,P>0.05）,回归系数为0.2652,说明选择对密码子使用偏好性有重要影响。ENC−plot分析和奇偶偏好性分析表明,密码子偏性也受到其他因素影响。综合分析发现复羽叶栾树叶绿体基因组密码子偏好性较弱,选择为主要影响因素,同时受到其他因素的影响。最终确定CUU、GUU、AGU、GCA、CAA、CAU、AAA、GAU、CGU、CGA、GGU、GGA共12个为最优密码子。     

菠萝蜜叶绿体基因组密码子偏好性分析

从菠萝蜜叶绿体基因组中筛选出51条蛋白编码序列,并使用CodonW和CUSP在线程序对其密码子使用偏好性及其影响因素进行了探究。结果表明,菠萝蜜叶绿体基因组中的密码子各碱基的GC含量从首位到末位呈递减趋势,偏好以A/U结尾。有效密码子数在[35.64, 53.19]区间内,且68.63%的基因有效密码子数大于45,表明密码子偏好性较弱。相关性分析显示,密码子的偏好性与碱基第3位的组成和基因长度有关,而碱基第1位的GC含量则影响基因的表达水平。菠萝蜜叶绿体基因组密码子的中性绘图、奇偶偏好性以及有效密码子绘图分析结果显示,内部突变和自然选择都会影响密码子的使用模式。最优密码子分析结果显示,有16个密码子满足筛选条件,进一步验证了密码子偏好以A/U结尾。对各基因的有效密码子相对使用度进行聚类分析的结果显示,基因的偏好与基因功能之间的进化模式相互独立。     

香蕉基因组密码子使用偏好性分析

[目的]分析香蕉基因组的密码子组成及使用偏好性,探讨影响密码子偏好性形成的主要因素,为提高香蕉外源基因的表达水平及转基因抗病育种提供参考.[方法]以香蕉基因组的36242条高置信蛋白编码基因CDS序列为研究对象,运用CodonW 1.4.4统计分析香蕉基因组的密码子组成及使用参数,确定最优密码子,并分析密码子使用参数间相关性.[结果]从香蕉基因组数据中筛选获得36242个高置信蛋白编码基因CDS序列,平均长度为1035 bp,GC含量为3.0%~75.8%,其中低于20.0%的仅13个序列,全基因组中GC总含量为50.4%;同义密码子第3位出现G或C的频率为52.9%,比出现A或T的频率高.香蕉基因组的有效密码子数(ENC)介于20.0~61.0,平均为50.7;共有17个最优密码子,其中有15个密码子的第3位是G或C;基因编码区的长度和ENC存在正相关,随着基因编码区长度的增加,对以G或C结尾的密码子使用偏好性逐渐降低,且编码区长度为400~600 bp的基因具有较高的基因表达水平.[结论]香蕉基因组中多数基因的密码子使用偏好性较弱,但少部分基因具有强偏好性,偏好使用以G或C结尾的密码子,且偏好性受核苷酸组成、基因突变及自然选择等因素的影响.     

楸树扦插繁殖技术研究

对揪树进行一系列扦插试验，结果表明：硬杆扦插成活率８６．０％；嫩枝８２．９％；半硬枝７６．７％。通过正交试验，筛选出三套扦插因素与水平的较佳组合：１）硬枝扦插，１月１０日扦插采用ＮＡＡ（奈乙酸）１００×１０＾－６浸２４ｈ使用基部条；２）硬枝扦插，用１６℃的水浸１５ｄ，然后再用０．３％ＫＭｎＯ４浸３０ｍｉｎ；３）半硬枝扦插，ＮＡＡ１００×１０＾－６处理６０ｍｉｎ后插于细沙基质中。嫩枝扦插亦找到了适宜     

中国楸树(Catalpa bungei C.A.Mey)种质资源遗传多样性的ISSR分析

采用简单序列重复区间标记法(ISSR)分子标记技术,对中国楸树(Catalpa bungei C.A.Mey)10个类型156个单株进行了遗传多样性分析。从46个简单重复序列引物中筛选出的14个引物共扩增出190条稳定的谱带,其中多态性谱带186条,多态性条带百分率达97.89％。在物种水平上,Nei's基因多样性指数(H)为0.290 9,Shannon信息指数(Ⅰ)为0.446 3,基因多样度(Ht)为0.296 7,基因分化系数(Gst)为0.397 1,基因流(Nm)为0.759 2。分析结果表明,楸树各类型间变异占总变异的39.71％,类型内的变异占总变异的60.29％,约为类型间变异的L 5倍,说明中国楸树类型内的变异在其遗传变异中占主导地位。楸树类型间的遗传相似系数介于0.668 4和0.984 9之间,平均为0.863 7。基于遗传相似系数的UPGMA聚类分析,可将楸树10个类型分为4类。     

瓜螺线粒体全基因组密码子偏好性分析

【目的】探究瓜螺（Melo melo）线粒体全基因组密码子使用偏好性,明确影响密码子偏好性的因素,为提高基因表达效率及了解瓜螺线粒体基因组的特性和进化方向提供科学依据。【方法】以瓜螺线粒体全基因组序列为研究对象,从中筛选出11条长度大于300 bp且以ATG为起始密码子的非重复基因序列,利用CodonW 1.4.2、Excel 2017及SPSS 22.0等软件进行瓜螺线粒体全基因组密码子偏好性分析。【结果】不同基因序列密码子位置所对应的G+C含量不同,其中,GC₁（密码子第1位所代表的G+C含量）、GC₂（密码子第2位所代表的G+C含量）、GC₃（密码子第3位所代表的G+C含量）的变化范围分别为35.20%~51.90%、16.40%~40.60%和13.10%~34.90%,对应平均值为41.15%、32.29%和23.71%,GC₁和GC₂明显高于GC₃;密码子适应指数（CAI）在0.110~0.180,平均为0.137;密码子偏好性指数（CBI）在-0.272~-0.090,平均为-0.175;最优密码子使用频率（FOP）在0.216~0.339,平均为0.277;有效密码子数（ENC）在36.84~53.75,平均为45.59;总平均亲水性（GRAVY）在0.480~1.394,平均为0.968。有30个同义密码子的相对使用度（RSCU）大于1.00,且主要以A/U结尾。中性绘图分析发现,GC₁和GC₂平均值（GC₁₂）与GC₃的相关系数为-0.438,相关性不显著（P>0.05,下同）;ENC-plot绘图分析结果显示,各散点（基因）均位于标准曲线附近,其中,NAD4、COX2和NAD3基因位于标准曲线上方,COX1、ATP6、NAD1、NAD6、COB、NAD5、COX3及NAD2等8个基因位于标准曲线下方;在对应性分析中,第一、第二、第三、第四向量轴的贡献率分别23.12%、15.19%、13.17%和9.63%,前4轴累计差异为61.12%。综合高频密码子与高表达密码子,最终筛选出4个最优密码子（UUU、GUU、ACU和CAU）,且均以U结尾。【结论】瓜螺线粒体全基因组密码子偏好以A/U结尾的形式,筛选出的4个最优密码子（UUU、GUU、ACU和CAU）均以U结尾。除了自然选择在瓜螺线粒体全基因组密码子偏好性形成中占主导地位外,突变压力和碱基组成也影响其密码子偏好。因此,可通过瓜螺目的基因密码子优化,有效提高外源基因表达且优化性状决定基因,从而加速瓜螺优良亲本培育的进程。     

N胁迫对楸树幼苗生长的影响及其机理1）

为了研究低N胁迫对楸树生长的影响,并对其耐低N胁迫机理进行初步研究,以10个新选楸树杂种无性系为试材,设置了正常供N水平（对照）和低N胁迫两种N水平处理。结果表明,与正常供N水平相比,低N胁迫使无性系苗高、地径和叶片含N量均显著降低,无性系平均值分别为68．8 cm、9．62 mm和0．0128 g· g-1,但无性系间变异却明显增大。不同的生理性状对低N胁迫的响应不同,叶绿素含量、净光合速率、光能转化效率（ Fv/Fm ）在胁迫下显著降低,而与N素吸收和转化相关的叶片硝酸还原酶活力（ RN ）和根系活力却表现出升高或降低的相反变化趋势。对部分生理性状和与苗高进行相关性分析发现,RN 活力与苗高呈显著的负相关关系,可作为优良无性系早期选择的依据之一。     

三种块菌(松露)全基因组密码子使用偏性及其影响因素

块菌又称松露,为珍稀野生药食兼用的大型真菌,具有极高的营养保健价值。密码子使用偏性分析可为块菌的遗传进化与资源开发提供理论依据。基于黑孢块菌(Tuber melanosporum)、白块菌(T. magnatum)和波氏块菌(T. borchii)的基因组数据,利用CodonW 1.4.2、Mega X软件和EMBOSS在线网站,系统分析3种块菌基因组密码子使用特征及其影响因素。结果显示,3种块菌基因组密码子使用模式高度相似,密码子第3位偏好鸟嘌呤或胞嘧啶(G/C),有效密码子数值较高,其中,黑孢块菌与波氏块菌密码子使用性相似度最高,白块菌鸟嘌呤或胞嘧啶碱基相关参数均较高。3种块菌最优密码子中G/C结尾的分别占81.8%、78.9%和61.9%,三者共有的高频密码子24个,共有的最优密码子14个,均偏好鸟嘌呤或胞嘧啶或胸腺嘧啶结尾的密码子,但总体偏好性不强。奇偶偏性、ENC-GC3s关联、中性绘图和对应性分析显示,3种块菌密码子使用偏性形成受选择压力等多种因素影响,其中黑孢块菌主要受翻译选择压力影响,白块菌主要受翻译选择外的其他因素影响,波氏块菌受选择压力影响相对较弱。研究表明,3种块菌基因组密码子使用模式相似,偏性较弱,表达潜力较低,受多种因素影响,研究结果可为块菌的物种演化研究和遗传育种提供理论基础。     

楸树优良无性系──窄冠1号的选择

采用生长指标，形质指标及生理指标相结合的方法从薄山林场１万余株试验林林木中选出了楸树优良无性系──窄冠１号。该种冠窄，速生，丰产，美观。６年生树高６．８ｍ，年平均生长量１．１３ｍ，较全林平均值提高５０．４％；胸径９．７ｃｍ，年均１．６２ｃｍ，较全林提高５０．９５；冠幅１．９ｍ，较全林均值小２４．６％，较林中宽冠单株小４７．２％；冠长４．３ｍ，较全林均值大７９．９％，属林中树冠最窄长的无性系。与林中