利用AFLP技术筛选与哲罗鱼Hucho taimen(Pallas)性别相关的分子标记

利用AFLP技术,分析比较雌雄哲罗鱼Hucho taimen(Pallas)之间的遗传差异。采用两个酶切组合,共45对引物组合对雌雄个体进行扩增。结果表明,电泳检测条带清晰丰富,两个酶切组合分别扩增出958和971个位点,多态性比例分别在4.76%～62.26%和6.98%～37.50%,15个位点在雌雄个体中的比例存在很大差异,聚类分析结果显示雌鱼聚在一起,雄鱼聚在一起,未发现雌雄特异位点。研究积累了大量AFLP分析数据,可为哲罗鱼性别的进一步研究奠定基础。     

白及种质资源遗传多样性分析

【目的】采用简单重复序列间扩增(ISSR)和相关序列扩增多态性(SRAP)等2种标记技术分析不同种源白及Bletilla striata样本的遗传多样性水平和遗传关系,为白及种质的鉴定、分类、保护和开发提供理论依据。【方法】从100个ISSR引物和238对SRAP引物组合中筛选出多态性高、扩增条带清晰、重复性好的引物进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,用Popgene 32.0计算来自浙江、云南、贵州和四川等省32个不同种源白及的遗传多样性参数和遗传距离,用NTSYS-pc 2.10e进行聚类分析。【结果】从100个ISSR引物中筛选出11个多态性较好的引物,共扩增出188个条带,平均每个引物扩增出17.09个条带,其中多态性位点174个,占总扩增片段的92.20%;从238对SRAP引物组合中筛选出11对多态性较好的引物组合,共扩增出216个条带,平均每个引物扩增出19.64个条带,其中多态性位点202个,占总扩增片段的93.52%。综合ISSR和SRAP的标记结果发现：四川白及种源的遗传多样性水平最高,贵州最低;非加权组平均法(UPGMA聚类)和主坐标分析(PCoA分析)结果显示：聚...     

利用AFLP方法筛选中华绒螯蟹性别相关标记

利用AFLP(amplified fragment length polymorphism)技术筛选中华绒螯蟹性别相关标记,共使用192对引物组合检测中华绒螯蟹雌、雄和雌雄混合3个基因组池的多态性,共扩增出5 376条多态性条带,平均每对引物组合扩增出28条多态性条带,获得88条雌雄差异条带。利用雌雄各10个个体再次进行AFLP验证,共62条差异条带具有性别差异,包括两种情况:(1)有49条条带在雌性的4～6个个体中存在,在雄性全部个体中缺失;(2)有13条条带在雄性4～6个个体中存在,在所有的雌性个体中缺失;其余的26条没有性别差异性。差异条带经回收、克隆、测序,结果发现有些条带包含多个序列,共得到77条DNA序列,其中31条序列与鸟类、两栖类和哺乳类等脊椎动物性染色体DNA部分片段具有同源性,相似区间在22～212 bp不等,其中6条DNA序列与命中序列之间具有生物学相关性。设计特异性的引物在基因组中检测,没有获得性别特异SCAR标记。     

中国水稻二化螟5个地理种群遗传差异的RAPD分析

以中国水稻二化螟5个地理种群的基因组DNA为材料,对其进行随机扩增多态性DNA(RAPD)分析.从50个引物中筛选出29个稳定性好、多态性高的引物,单个引物扩增出的DNA条带数从2～15条不等,其片段大小为200～3 000 bp,5个地理种群共扩增出条带220条,其中为多态片段的97条,平均每条引物扩增出条带7.59条.通过公式计算多态性位点、遗传相似性指数和遗传距离,结果表明:(1)5个地理种群遗传变异较高,其中以广西省全州市多态位点百分率最高(52.73%),吉林省柳河县多态位点百分率最低(34.55%);(2)5个二化螟地理种群间的遗传相似性指数的变异范围为0.551 88～0.849 00,遗传距离指数为0.121 42～0.448 12,平均遗传距离指数为0.312 28;安徽省庐江县与湖北省武汉市地理种群间的遗传距离最小,而吉林省柳河县与广西省全州市地理种群间的遗传距离最大.     

用RAPD及mtDNA D-loop区序列揭示长江下游长春鳊遗传多样性

应用RAPD和mtDNA D-loop区序列对长江下游长春鳊群体的遗传多样性进行分析.从40个随机引物中筛选出扩增条带清晰的28个引物,对24尾采自长江下游常熟江段长春鳊的基因组DNA进行扩增,共检测到178个位点,扩增片段大小在0.2～2 kb之间,其中多态位点有83个,占46.63%;个体间最大的遗传距离为0.132 6,最小的遗传距离为0.047 6,平均遗传距离为0.088 5;群体的Shannon多样性指值为0.098 6.RAPD结果表明该长春鳊群体的遗传多样性处于中等水平.对其中8尾长春鳊mtDNA D-loop区序列(938 bp)进行了分析,发现了8种单倍型,检测出17个多态性核苷酸变异位点,多态位点比例为1.81%,变异位点为15个转换,2个颠换;单倍型多态性(h)为1.000,核苷酸多态性(pi)为0.006 2,平均核苷酸差异数(K)为5.821,单倍型间平均遗传距离为0.006 3.结果说明长春鳊mtDNA D-loop区在个体间的遗传差异较小.     

用RAPD及mtDNA D-loop区序列揭示长江下游长春鳊遗传多样性

应用RAPD和mtDNA D-loop区序列对长江下游长春鳊群体的遗传多样性进行分析.从40个随机引物中筛选出扩增条带清晰的28个引物,对24尾采自长江下游常熟江段长春鳊的基因组DNA进行扩增,共检测到178个位点,扩增片段大小在0.2～2 kb之间,其中多态位点有83个,占46.63%;个体间最大的遗传距离为0.132 6,最小的遗传距离为0.047 6,平均遗传距离为0.088 5;群体的Shannon多样性指值为0.098 6.RAPD结果表明该长春鳊群体的遗传多样性处于中等水平.对其中8尾长春鳊mtDNA D-loop区序列(938 bp)进行了分析,发现了8种单倍型,检测出17个多态性核苷酸变异位点,多态位点比例为1.81%,变异位点为15个转换,2个颠换;单倍型多态性(h)为1.000,核苷酸多态性(pi)为0.006 2,平均核苷酸差异数(K)为5.821,单倍型间平均遗传距离为0.006 3.结果说明长春鳊mtDNA D-loop区在个体间的遗传差异较小.     

应用cDNA-SRAP标记比较苹果梨与延光梨果皮性状的表达差异

以苹果梨和延光梨果皮为试材,对盛花后7周的苹果梨和延光梨果皮cDNA进行SRAP-PCR检测,找出2个梨品种(系)在转录水平的差异,共扩增出444条可被应用的条带。2个品种间的相似性极高,仅检测到2个差异片段,多态性为0.45%。其中,ME7-EM5引物组合扩增出的差异条带是因为核苷酸序列包含内含子序列,为模板中存在的少量DNA扩增;ME4-EM3引物组合扩增出的差异条带经回收测序,于Blast上比对得知其为植物凝集素基因,经半定量RT-PCR验证多态性消失,判断差异条带可能是由于苹果梨与延光梨引物结合位点存在差异而致。     

三疣梭子蟹雌雄个体遗传差异的SRAP分析

应用三疣梭子蟹SRAP-PCR优化体系,从88个SRAP引物组合中筛选出17个组合对三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)雌、雄个体遗传差异进行分析,共获得146个位点,雌性个体获得139个位点,多态位点比例为69.78;雄性个体检测到129个位点,多态位点比例达79.07。雌性和雄性的Nei''s基因多样性分别为0.2315和0.2682,Shannon''s信息指数为0.3478和0.4026,雌雄个体间的相似系数为0.5959~0.8417,遗传距离为0.1583~0.4041。用TFPGA软件绘制了个体间的聚类图。另外在5个SRAP选择扩增组合中发现了6个位点在雌雄个体间扩增差异较大,其中4个位点显性条带个体为雄性的比例为12.5%~20%;2个位点显性条带个体为雌性的比例为100%。     

圆鼻巨蜥遗传多样性的RAPD分析

[目的]采用RAPD技术对圆鼻巨蜥（Varanus salvator）进行遗传多样性分析。[方法]用20个随机引物对圆鼻巨蜥36个个体的基因组DNA进行PCR扩增。[结果]有10对引物能扩出清晰稳定的条带,共扩增出2952条DNA片段,平均每个个体扩增出82个条带,其中47条具多态性,多态性位点比为57.32%,36个个体间遗传距离为0.035 9~0.335 9,平均遗传距离为0.135 92。Nei s基因多样性指数H=0.181 9,Shannon s多样性指数I=0.263 0,表明圆鼻巨蜥具有较高的遗传多样性。[结论]采用UPGMA法构建了36个个体相互关系的分子聚类图,发现没有形成明显的种群分化。     

WHBE兔遗传特异性的RAPD分析

应用随机扩增多态DNA技术(RAPD)对WHBE兔、日本大耳白兔和新西兰兔进行了遗传分析.用10个随机引物对其基因组DNA进行PCR扩增.根据电泳结果选用其中8个引物扩增的条带进行遗传分析,共检测到107条扩增片段,其中多态性片段32条,占29.91%,反映了家兔品系间的遗传变异.多态性统计分析表明,WHBE免和日本大耳白兔的遗传相似度最高,为0.7948.其中4个引物既可扩增出3个品系共同的DNA条带,也可扩增出不同品系的特征条带,表明WHBE兔与日本大耳白兔和新西兰兔之间有遗传的相似性,也存在遗传差异.这些结果表明应用RAPD技术可以很好地检测家兔不同品系间以及同一品系不同个体间的亲缘关系.     

德国镜鲤养殖群体中抗病与死亡个体遗传结构比较研究

利用AFLP技术对2007年、2008年所采集的我国北方网箱养殖中出现爆发性死亡的德国镜鲤的死亡个体和存活个体分子样品进行遗传结构分析,以期对德国镜鲤群体内二者遗传变异进行快速而准确的评价。研究结果表明,(1)8对引物组合共扩增出289个条带,其中多态位点比例为47.40%,每对引物多态位点比例为18.8%~56.3%。(2)死亡和存活个体在两年采集样品中的遗传相似性系数分别为0.981 8和0.986 2,遗传分化系数分别为0.037 4和0.037 9,表明死亡个体和成活个体遗传分化程度较低。(3)在两年采集样品中死亡个体平均多态位点比例均低于存活个体,平均杂合度在2007年采集的样品中死亡个体比存活个体低,在2008年采集的样品中二者相等,表明成活个体遗传变异相对较大,遗传多样性较高,而死亡个体遗传变异相对较小,遗传多样性较低。(4)个体聚类分析表明死亡个体和成活个体分别在不同程度上进行了聚类。本实验结果表明出现大规模死亡现象德国镜鲤的死亡和存活个体在遗传物质上存在一定的差异,而这种差异可能导致了二者抗病性能的不同。研究结果将对德国镜鲤抗病品种的选育提供重要参考。     

德国镜鲤养殖群体中抗病与死亡个体遗传结构比较研究

利用AFLP技术对2007年、2008年所采集的我国北方网箱养殖中出现爆发性死亡的德国镜鲤的死亡个体和存活个体分子样品进行遗传结构分析,以期对德国镜鲤群体内二者遗传变异进行快速而准确的评价。研究结果表明,(1)8对引物组合共扩增出289个条带,其中多态位点比例为47.40%,每对引物多态位点比例为18.8%~56.3%。(2)死亡和存活个体在两年采集样品中的遗传相似性系数分别为0.981 8和0.986 2,遗传分化系数分别为0.037 4和0.037 9,表明死亡个体和成活个体遗传分化程度较低。(3)在两年采集样品中死亡个体平均多态位点比例均低于存活个体,平均杂合度在2007年采集的样品中死亡个体比存活个体低,在2008年采集的样品中二者相等,表明成活个体遗传变异相对较大,遗传多样性较高,而死亡个体遗传变异相对较小,遗传多样性较低。(4)个体聚类分析表明死亡个体和成活个体分别在不同程度上进行了聚类。本实验结果表明出现大规模死亡现象德国镜鲤的死亡和存活个体在遗传物质上存在一定的差异,而这种差异可能导致了二者抗病性能的不同。研究结果将对德国镜鲤抗病品种的选育提供重要参考。     

不同猕猴桃品种雌雄植株的AFLP分析

以猕猴桃(Actinidiaspp.)幼叶为材料提取基因组DNA,从64个引物组合中选取12对引物进行雌、雄集群DNA样品的扩增片段长度多态性(Amplified fragment length polymorphism,AFLP)扩增,再从中选取4对引物进行6对雌、雄DNA样品的AFLP扩增.4对引物共扩增出74个AFLP标记,其中多态性标记为58,多态性标记百分比为78.4%.遗传相似性分析表明,同一品种雌雄样品之间的AFLP电泳图谱表现出一定的差异,但小于不同品种间的差异,而品种间的差异又小于不同种间的差异.同时AFLP多态性初步检测出猕猴桃不同性别在DNA水平上的差异.     

运用TRAP标记分析5个鲤群体的遗传多样性

运用TRAP标记技术,选取10个多态性较好的引物组合对荷包红鲤、黄河鲤、建鲤、兴国红鲤和黑龙江野鲤等5个鲤群体进行遗传多样性分析,其中固定引物是根据目标候选基因-GHR基因的序列设计。结果表明,共扩增出168个位点,其中多态性位点134个,平均多态位点比例为80.41%,平均多态性信息含量为0.29。分子变异方差分析(AMOVA)结果显示群体内的方差贡献率达96.97%,表明各个鲤群体内存在较大的遗传变异。种群再分效应固定指数(FST=0.030 26,P＜0.05)表明不同鲤群体间有显著的遗传分化。基于目标候选基因的TRAP标记对5个鲤群体进行聚类分析,结果表明建鲤和兴国红鲤首先聚成一类,然后黄河鲤和黑龙江野鲤聚为一类,再与荷包红鲤聚为一类。     

建鲤性别相关分子标记的初步研究

运用RAPD技术比较建鲤雌雄之间的遗传差异,以筛选性别相关的DNA分子标记.共筛选出67个RAPD随机引物,其中18个引物扩增出了群体水平的性别差异.用该18个引物对个体样本进行分析,发现某些条带在不同性别出现的频率存在显著差异,未发现个体水平性别特有条带.     

运用TRAP标记分析5个鲤群体的遗传多样性

运用TRAP标记技术,选取10个多态性较好的引物组合对荷包红鲤、黄河鲤、建鲤、兴国红鲤和黑龙江野鲤等5个鲤群体进行遗传多样性分析,其中固定引物是根据目标候选基因GHR基因的序列设计。结果表明,共扩增出168个位点,其中多态性位点134个,平均多态位点比例为80.41%,平均多态性信息含量为0.29。分子变异方差分析(AMOVA)结果显示群体内的方差贡献率达96.97%,表明各个鲤群体内存在较大的遗传变异。种群再分效应固定指数(FST=0.030 26,P<0.05)表明不同鲤群体间有显著的遗传分化。基于目标候选基因的TRAP标记对5个鲤群体进行聚类分析,结果表明建鲤和兴国红鲤首先聚成一类,然后黄河鲤和黑龙江野鲤聚为一类,再与荷包红鲤聚为一类。     

运用RAPD技术鉴别建鲤雌核发育后代的研究

用紫外线灭活红鲫Carassius auratusvar. red精子,诱导建鲤Cyprinus carpiovar. jian进行人工雌核发育,共获得241尾雌核发育子一代鱼。经形态特征初步分类后,取10尾进行RAPD分析,以鉴别雌核发育鱼。用筛选的10种随机引物,均可扩增出建鲤和红鲫的特征条带。扩增结果发现:部分子一代仅出现建鲤特征条带,未发现红鲫特征条带,为雌核发育鱼;部分子一代既有建鲤特征条带,也出现红鲫特征条带,为鲤、鲫杂交鱼。本试验结果表明,采用RAPD技术可高效、准确地鉴别出异源精子诱导的雌核发育鱼。     

兰属品种间遗传多样性的AFLP分析

为从分子水平上研究兰属植物的遗传多样性和建立适合的分子标记反应体系.本研究采用AFLP分子标记技术,对兰属植物的9个品种进行了遗传多样性分析.结果表明,筛选得到的8对引物共扩增出965条DNA片段,其中多态性条带为931条,平均1对引物扩增条带121条（多态性带116条）,多态性位点频率为95.87％,说明遗传多样性丰富.用NTSYS2＆#183;10进行UPGMA聚类分析,属于同种的品种聚在一起,与表型分类基本吻合.兰属植物间遗传相似系数变化范围为0.416-0.606.此分子标记技术体系可为兰属分类及种质遗传多样性分析提供技术依据.     

红肉桃种质资源的AFLP分析

利用AFLP技术对24份红肉桃和5份白内桃对照品种进行了DNA多态性分析,从64对E 2/M 3引物组合中筛选出6对引物用于扩增基因组DNA.共获得清晰可辨的174个标记.其中多态性标记为108个,多态性检出率为62.1%.UPGMA聚类分析结果显示.在遗传相似系数0.916处,红肉品种与白肉品种分别聚成了两大类(第6类和第7类),说明两类群间存在较明显的差异;红肉桃14、粘核红肉桃、黑桃1、黑桃2、红肉桃2与红肉桃4几个红肉桃品种独自成类.与其他绝大部分品种遗传距离较远.具有独特的基因型,故应作为重点种质保存.