用M13小卫星探针发现猪DNA指纹

用Ｍ１３ｍｐ１８含基因Ⅲ区的ＣｌａⅠ限制性酶切片段为探针，与猪基因组ＤＮＡ的ＨｉｎｆⅠ限制性酶切产物进行杂交，发现了ＤＮＡ指纹，平均图带数为１７．３１条。说明Ｍ１３ｍｐ１８小卫星序列可作为猪ＤＮＡ指纹图谱分析的探针。     

水稻基因组文库的构建及YR-DNA的筛选

为了克隆决定染色体形成的特异DNA片段YR-DNA,以λExCell为载体,克隆经限制性内切酶EcoRI消化后的水稻基因组DNA,λ噬菌体体外包装构建了滴度为1.2×106 pfu/ml,重组效率达86%的小型水稻基因组文库.随机选取了50个重组克隆,质粒释放后进行酶切鉴定,插入序列的大小为0.5～7 kb,平均为3 kb.以水稻基因组DNA为探针对基因组DNA文库进行筛选,从10 000个重组子中选出200个杂交信号较强的阳性克隆,质粒释放后点渍杂交进行第2轮筛选,从中选取40个杂交信号较强的重组子,再次进行斑点杂交,选取10个杂交信号最强的重组子.酶切并回收基因组插入片段,标记特异的重组片段,与不同酶切后的水稻基因组DNA进行Southern杂交,其中有两个探针杂交后基因组酶切带上杂交信号呈弥散状,表明重组片段为散在重复序列.     

鲫鱼基因组DNA的扩增及在SSR分析中的验证

目的优化鲫鱼全基因组DNA扩增方法。方法使用内切酶酶切初孵仔鱼的基因组DNA,酶切片段连接寡核苷酸接头,根据酶切位点序列与接头序列设计引物,采用PCR法扩增酶切片段,增加基因组DNA的数量。结果使用Taq I内切酶酶切鲫鱼基因组DNA,酶切片段连接寡核苷酸接头后PCR扩增,获得扩增产物集中于250~1 500 bp。以扩增的滇池高背鲫鱼基因组DNA为模板,PCR扩增滇池高背鲫鱼的微卫星分子标记（SSR）位点,获得预期的扩增片段,电泳图谱与对照组（未扩增的基因组DNA为PCR模板）无差异。结论本研究优化了鲫鱼基因组DNA的扩增方法,并可用于SSR分析中,为鱼类大规模遗传分析提供了技术支撑。     

部分鸢尾属植物的AFLP标记

利用AFLP技术,选择EcoRI/MesI酶切组合,从48对EcoRI,3/MesI+3引物组合中筛选出6对引物进行选择性扩增,检测了鸢尾属植物26个样品基因组的DNA多态性,共扩增出536个遗传位点,并通过Jaccard的方法将电泳谱带矩阵转化为遗传相似性系数矩阵,进行了UPGMA聚类分析.26个样品的遗传相似性系数...     

哲罗鱼AFLP技术体系建立的研究

以哲罗鱼为材料提取DNA,采用两组限制性内切酶组合酶切基因组,并对酶量、酶切时间、扩增时稀释倍数及镁离子的浓度进行优化,结果表明200 ngDNA用4 U的EcoRI和PstI在37℃酶切4 h后,再分别用4 U的Tru9I和TaqI在65℃酶切4 h后用3 U的T4连接酶连接3 h,进行预扩增,预扩增产物稀释100倍后选择扩增效果最佳,得到了清晰稳定的扩增图谱;并对两组酶切组合的扩增结果进行了比较,结果显示EcoRI、Tru9I酶切组合扩增的条带数要多于PstI、TaqI酶切组合扩增的条带数,但后者的多态性要高于前者。本研究为采用该技术对哲罗鱼基因组的研究提供了参考。     

唇(鱼骨)基因组AFLP反应体系的建立及优化

以唇(鱼骨)为实验材料,通过对扩增片段长度多态性(AFLP)的几个关键技术参数进行研究,建立适合于唇(鱼骨)的AFLP反应体系.结果显示-通过DNA的质量、酶的浓度、酶切时间及扩增时稀释倍数等条件的调整,EcoRI、Tru9I酶切组合和PstI、TaqI酶切组合均能够获得清晰可靠的图谱,二者的结果比较显示,EcoRI、Tru9I酶切组合扩增结果的多态性要稍差于PstI、TaqI酶切组合的扩增结果,为利用AFLP标记对唇(鱼骨)基因组进行深入研究打下基础.     

猪MHCⅠ类基因区基因组DNA的RFLP初步分析

用４种限制性内切酶ＥｃｏＲＩ，ＢａｍＨＩ，ＨｉｂｄⅢ和ＲｓｔＩ对纯种二花脸猪和梅山猪白细胞基因组ＤＮＡ进行内急酶消化和电泳，经Ｓｏｕｔｈｅｒｎ ｂｌｏｔ将ＤＮＡ转移到ＮＣ膜上，将来源于猪ＭＨＣ的Ⅰ类基因猪移植抗原基因片段克隆ＰＤ１－ＡＤＮＡ（４．３ｋｄ）用ｄｉｇｏｘｉｇｅｎｉｎ标记作为ＤＮＡ探针，进行分子杂交反应，比较了不同品系和个体间的限制性酶切片段长度多态性（ＲＦＬＰ），结果表明：（１）经各种     

茶树基因组DNA的高效提取方法

为了从富含多酚和多糖等多种次生代谢物质的茶树叶片中分离出高质量的基因组DNA，对4种植物DNA提取方法进行改良后，以茶树春梢为材料，对提取效果进行了比较，并首次采用CTAB区室法提取茶树基因组DNA。结果表明，用该4种方法提取的DNA，其OD260／OD280都在1．8以上，相对分子质量均大于21kb，能完全被EcoRI酶切消化，也能获得清晰的PCR扩增图谱。因此，只要操作合理，4种方法均能提取出高质量的DNA。     

杞柳AFLP反应体系的建立与引物筛选

以杞柳F1群体为试验材料,采用改良的CTAB法提取基因组DNA,经过酶切、连接、预扩增和选择性扩增,建立杞柳AFLP的反应体系,筛选EcoRI和MseI各16条选择性扩增引物组成256对引物组合。结果表明:320 ng基因组DNA采用5U EcoRI和MseI双酶切6 h,20℃连接12 h,连接产物稀释10倍进行预扩增,预扩增产物稀释15倍进行选择性扩增,选择性扩增产物采用ABI-3130检测,可获得条带清晰的指纹图;从256对引物组合中共筛选出98对多态性较高的引物组合。     

猪MHCⅠ类基因区基因组DNA的RFLP初步分析

用4种限制性内切酶EeoRI、BamHI、HindⅢ和PstI对纯种二花脸猪和梅山猪白细胞基因组DNA进行内切酶消化和电泳,经Southcrn blot将DNA转移到NC膜上。将来源于猪MHC的Ⅰ类基因猪移植抗原(SLA)基因片段克隆PD1-A DNA(4.3kb)用digoxigcnin标记作为DNA探针,进行分子杂交反应。比较了不同品系和个体间的限制性酶切片段长度多态性(RFLP),结果表明:(1)经各种单酶消化后分子杂交反应中。产生1～5条大小不等的片段。长度范围介于9.0～1.0kb之间;(2)在使用4种酶单独消化时。1头二花脸公猪不仅与2头梅山母猪显示不同的RFLP带型,而且与2头二花脸母猪也显示完全不同的带型;(3)在使用4种酶单独消化时,2头梅山母猪表现完全相同的RFLP带型;(4)在使用 EcoRI、BamHI、Pstl 3种酶单独消化时。2头二花脸母猪呈现完全相同的RFLP带型,但在用HindⅢ酶消化时,虽然都有一条共同带,但其中1头多一条带。(5)如果比较2头梅山母猪及2头二花脸母猪,它们的基因组DNA的EcoRI和BamHI消化的带型完全一致;但它们的HindⅢ和PstI消化的带型不同,显然有一条共同的带。用SLA基因克隆PDI-A作为探针,结果表明。不仅二花脸猪的RFLP表现与梅山猪有所区别,而且似乎二花脸猪更易表现个体间差异。     

降解2,4-二氯酚的假单胞菌GT241-1的特性及其3,5-二氯儿茶酚1,2-双加氧酶基因定位

从2,4-二氯酚生产厂排污口污泥中分离并筛选到一株降解2,4-二氯酚的细菌GT241-1，经鉴定属假单胞菌属。菌株GT241-1能在48h内将90mg/L的2,4-二氯酚降解91%。GC/MS分析表明，该菌株能将2,4-二氯酚彻底降解而不积累中间代谢产物。经38℃热处理，菌株GT241-1中有1.9%丧失了2,4-二氯酚降解能力。菌株GT241-1有两条大质粒带。Southern杂交表明，菌株GT241-1的3,5-二氯儿茶酚1，2-双加氧酶基因定位于约11kb的EcoRI/XbaI酶切片段。     

斜纹夜蛾核型多角体病毒多角体基因的克隆

在以５种限制性内切酶对ＳＩＮＰＶ基因组作酶解分析的基础上，以ＡｃＮＰＶ多角体基因的部分编码序列作探针，对其进行Ｓｏｕｔｈｅｒｎ杂交分析，发现ＸｂａⅠ酶切的２．９ｋｂ片段含有全部或部分ＳＩＮＰＶ多角体基因，并将该片段克隆至ｐｕｃ１８载体上。     

猪IFN-α在巴斯德毕赤酵母中的分泌表达

为了获得高效抗病毒活性的猪α-干扰素蛋白,采用PCR法扩增获得猪α-干扰素基因完整的开放阅读框(ORF),构建重组表达质粒pPICZαC-IFN,电击转化毕赤酵母感受态细胞X33.挑阳性菌落诱导表达,离心取上清,SDS-PAGE和Western-blotting分析,可见1条相对分子质量约19 400的清晰蛋白条带,与理论值相符,表明表达产物为猪α-干扰素.在Vero细胞上检测该干扰素抗VSV的活性为4.04×106IU/L.     

牛冠状病毒4H12/1D4单链基因片段在大肠杆菌中的表达

用ＥｃｏＲＩ酶切ＰＲ５Ｂ４质粒，采用“Ｖ”字形内槽电洗脱法回收约０．８０４Ｋｂ牛冠状病毒基因工程抗体４Ｈ１２／１Ｄ４单链基因片段，并将其插入载体质粒ＰＥＴ－１７ｂ的ＥｃｏＲＩ位点构成重组质粒ＰＥＴ－Ｄ４，将重组质粒转化ＤＨ５α感受态细胞，在ＩＰＴＧ的诱导下表达，细菌裂解物经ＳＤＳ－ＰＡＧＥ电泳筛选，发现含ＰＥＴ－Ｄ４细菌经诱导新增一条约２８ＫＤα蛋白带，该蛋白带与设计基因工程抗体的大小相符，经光密度扫描，表达量约占菌体总蛋白的１４％     

猪附红细胞体特异性PCR检测方法的建立

从猪血中分离附红细胞体,提取其基因组DNA,用EcoRI对基因组DNA进行酶切,将酶切片段进行琼脂糖电泳,得到一个1.8 kb的DNA片段,根据DNA序列分析与GenBank已知基因比较和PCR方法确定该片段具有特异性,以该片段为模板进行PCR,并将其扩增产物与其它猪的其他细菌DNA扩增产物相比较,建立一种检测猪外周血中附红细胞体的特异性PCR检测方法,并通过斑点杂交试验检测该产物特异性,通过临床应用检验该法的适用性。结果表明:扩增产物大小为782 bp,其序列与已知附红细胞体序列同源性为100%,斑点杂交试验证实该产物为附红细胞体特异性产物,将该方法应用于检测10头临床症状典型的感染猪和10头健康猪的血液,所有感染和隐性带菌猪的PCR检测结果为阳性,健康猪为阴性。猪外周血中附红细胞体的特异性PCR检测方法适用于检测无临床症状的隐性带菌动物。     

偏肿革裥菌Lg-mnp1基因克隆及表达研究

[目的]研究偏肿革裥菌Lg-mnp1基因的克隆及表达情况.[方法]根据白腐菌锰过氧化物酶（MnP）基因保守序列设计引物,采用PCR、RACE及染色体步移等方法,克隆偏肿革裥菌Lenzites gibbosa CB1的全长MnP1基因（GenBank登录号JQ327834）,进行蛋白序列分析,并通过双酶切的方法获得重组质粒,将该重组质粒电转化至巴斯德毕赤酵母中进行异源表达.[结果]获得偏肿革裥菌Lenzites gibbosa CB1的全长MnP1基因,命名为Lg-mnp1.蛋白序列分析表明Lg-MnP1含有4个二硫键属于短MnP,预测成熟蛋白分子量为35.94kD,pI为4.43.通过双酶切的方法将Lg-mnp1的开放阅读框（ORF）序列连接到pPICZB载体上,获得重组质粒pPICZB/%-mnp1,转化子经PCR验证后,在BMMY培养基中甲醇诱导培养,在未添加血红素的培养液中MnP胞外酶活在72 h达到最高为7 U/L,表明Lg-mnp1已被转化至毕赤酵母中并可诱导表达.[结论]该方法对偏肿革裥菌Lg-mnp1基因的克隆及表达情况进行研究,为偏肿革裥菌Lg-mnp1基因的进一步应用提供了依据.     

基于宏基因组学的转基因棉田土壤微生物功能多样性分析

[目的]研究转基因棉田土壤微生物的功能多样性。[方法]采用直接法提取转基因棉根际土壤微生物总DNA,用限制性内切酶BamHI进行部分酶切,回收2.0～4.0 kb大小的片段插入到pUC19/BamHI脱磷载体上,转化到DH5α高效感受态细胞,构建宏基因组文库。随机挑取10个克隆序列测序,并通过NCBI预测可能存在的开放式阅读框和进行序列比对分析。[结果]该文库的外源插入片段平均长度为2.4 kb,90%以上克隆都含有插入片段,10个序列中存在着多种功能的开放式阅读框,包括一些水解酶、脱氢酶、脂解酶、修饰酶、抗生素及与电子传递链相关的酶类。[结论]该研究可为研究转基因棉大面积野外种植以后的生态安全性提供参考。     

2种PCR方法扩增大豆rbcS启动子5'侧翼序列比较

比较了扩增已知序列5’侧翼序列的2种PCR方法.方法一是反向PCR (IPCR),以大豆基因组酶切后的DNA片段自身环化产物做模板,用2对特异引物反向扩增大豆rbcS启动子5'侧翼序列.方法二是热不对称交错PCR(rAIL- PCR),以大豆基因组DNA为模板,用3个巢武特异性引物分别和简并引物组合进行连续的PCR循环...