微卫星标记OarAE101和BM143在4个山羊品种中的研究

选择与Booroola羊高繁殖力主效基因Fec^B紧密连锁的2个微卫星标记OarAE101和BM143，分析其在湘东黑山羊、南江黄羊、贵州黑山羊、波尔山羊中的多态分布情况。结果表明微卫星标记OarAE101在4个山羊品种中的等位基因数分别为10、8、6和8，BM143在4个山羊品种中的等位基因数分别为10、8、6和8，OarAE101／BM143在湘东黑山羊、南江黄羊、贵州黑山羊、波尔山羊中的多态信息含量值分别为0．8742／0．8052，0．7969／0．8093，0．7564／0．7462和0．7964／0．7340。湘东黑山羊OarAE101基因型为107bp／111bp基因型所对应的产羔数最小二乘均值最高（4．0头／胎），纯合基因型109bp／109bp、107bp／107bp、119bp／119bp、111bp／111bp和125bp／125bp所对应的产羔数最小二乘平均值较高，分别为2．67、2．5、2．4、2．33和2．25只／胎，故等位基因107、109、111、119和125bp对湘东黑山羊产羔数具有正效应。湘东黑山羊BM143基因型为100bp／106bp和106bp／112bp所对应的产羔数最小二乘平均值达3只／胎，BM143等位基因104、106和110bp与湘东黑山羊产羔数有显著正效应。     

利用微卫星标记分析云南省10个山羊品种的遗传多样性

本研究应用微卫星标记技术,选取15个微卫星位点分析云南省10个地方山羊品种(弥勒红骨山羊、圭山山羊、马关无角山羊、师宗黑山羊、威信白山羊、龙陵黄山羊、罗平黄山羊、云岭山羊、宁蒗黑头山羊、昭通山羊)以及参照群波尔山羊的遗传多样性及遗传关系。结果表明:除MCM200外,其他14个微卫星位点均属于高度多态位点;11个群体观测杂合度值(0.573～0.692)、期望杂合度值(0.608～0.696)、平均多态信息含量(0.562～0.655)均大于0.5,表明群体遗传多样性丰富;群体间遗传变异系数为0.112,处于中等以下分化程度,群体近交系数均为正值(除马关无角山羊),表明云南省地方山羊品种内都存在不同程度的近交;群体间的基因流大于1,说明品种间存在着一定程度的基因交流;基于Nei氏遗传距离计算和UPGMA聚类分析,波尔山羊与10个云南地方山羊品种亲缘关系较远,单独为一支;10个云南地方山羊品种分为2个类群,弥勒红骨山羊、圭山山羊和马关无角山羊聚为一支,师宗黑山羊、威信白山羊、龙陵黄山羊、罗平黄山羊、云岭山羊、宁蒗黑头山羊、昭通山羊聚为一支。     

微卫星DNA标记在川渝山羊品种遗传多样性研究中的应用

微卫星,又称短串联重复序列（Short Tandem Repeat,STR）或简单重复序列（Simple Sequences Repeat,SSR）,是20世纪80年代末期发展起来的一种新型DNA标记。常用于检测个体基因型,统计群体中微卫星位点等位基因的数目和频率,并结合分子遗传学和数量分类学原理,计算各个品种的遗传变异程度、生存稳定性,初步评估品种的遗传多样性及品种间的亲缘关系与分化关系。论述了遗传多样性的研究进展及微卫星在遗传多样性研究中的应用,并以川渝山羊品种（类群）为重点进行了系统讨论,以期为今后的相关研究提供理论基础。     

利用微卫星标记对7个山羊品种的遗传多样性研究

为了研究小香羊与相邻产区山羊品种之间的亲缘关系,利用7个微卫星位点,以波尔山羊为对照,对中国6个山羊群体进行了遗传检测,计算了各品种群体的等位基因频率、平均杂合度(He)、平均多态信息含量(PIC)和平均有效等位基因数(Ne),同时分析了各品种群体内和群体间的遗传变异,并根据遗传距离进行了NJ聚类。结果表明,各群体的He、PIC、Ne分别为0.778~0.823、0.766~0.809、4.707~5.767;川东黑山羊和川东白山羊聚为一类,乌羊和南江黄羊聚为一类,其次是马头山羊、小香羊,最后是波尔山羊。微卫星标记分析结果与它们的地理分布及品种形成相一致。     

中国6个山羊群体微卫星标记的遗传多样性分析

利用30个微卫星座位，对中国6个群体山羊（阿尔巴斯、二狼山、乌珠穆沁、阿拉善、辽宁绒山羊和陕南白山羊），共计240个个体的遗传多样性进行了分析。计算了各群体的等位基因频率，并以其为基础获得了各群体的平均杂合度（He）、平均多态信息含量（PIC）和平均有效等位基因数（Ne），分别为0．367～0．467、0．533～0．639、2．571～4．915。分析了群体内和群体间的遗传变异，并根据遗传距离，进行了NJ聚类，结果将6个山羊群体分为两大类。为进一步对山羊品种的保存和利用提供科学的依据。     

山羊品种遗传多样性的分析

利用6个微卫星标记对中西部7个山羊品种(陕南白山羊、陕北白绒山羊、西农萨能羊、关中奶山羊、太行山羊、黄淮山羊、伏牛山羊)共计322个个体进行了遗传多样性检测,并根据Nei氏遗传距离进行了聚类分析。结果表明:6个微卫星标记在这7个品种中存在高度多态性;陕北白绒山羊的遗传变异程度最大,平均杂合度和平均多态信息含量分别为:0.8401和0.8244;而关中奶山羊的遗传变异程度相对较小,平均杂合度和平均多态信息含量分别为:0.7990和0.7784。UPGMA聚类分析表明,黄淮山羊和伏牛山羊聚为一类,陕南白山羊,太行山羊,陕北白绒山羊依次加入,西农萨能羊和关中奶山羊作为一类最后加入。     

2个山羊品种多胎性状的微卫星标记研究

根据比较基因组学原理,选择与绵羊高繁殖力紧密关联的4个微卫星标记OarAE101、OarHH55、BM1329、BMS2508,分析其在波尔山羊和西农莎能奶山羊中的多态性分布情况。结果表明,4个微卫星标记在波尔山羊中的多态信息含量（PIC）分别为0.834 0、0.722 2、0.802 1、0.685 5,有效等位基因数（Ne）分别为6.719、4.098、5.610、3.542;在莎能奶山羊中的PIC分别为0.765 5、0.738 7、0.670 1、0.682 0,Ne分别为4.849、4.360、3.520、3.609。4个微卫星基因座对波尔山羊和莎能奶山羊的产羔数效应分析表明,在波尔山羊群体中,OarAE101基因座126 bp等位基因对产羔数具有正效应,而134 bp则呈负效应;OarHH55基因座120和124 bp等位基因对产羔数具有正效应,而130 bp/140 bp基因型则呈负效应;BM1329基因座185 bp等位基因对产羔数具有正效应,而176 bp等位基因和215 bp/240 bp基因型均呈负效应;BMS2508基因座118 bp等位基因对产羔数具有正效应,而122 bp/141 bp基因型和148 bp等位基因均呈负效应。在西农莎能奶山羊群体中,OarAE101基因座108 bp等位基因和114 bp/126 bp基因型对产羔数均呈正效应,而124 bp等位基因则呈负效应;OarHH55基因座120 bp等位基因对产羔数呈正效应,而150 bp/165 bp基因型呈负效应;BM1329基因座185 bp等位基因对产羔数呈正效应,而176 bp等位基因和215 bp/240 bp基因型则均呈负效应;BMS2508基因座118 bp等位基因对产羔数呈正效应,而141 bp等位基因和153 bp/160 bp基因型均呈负效应。     

利用微卫星标记对波尔山羊遗传多样性的研究

利用5个微卫星位点对波尔山羊进行了遗传多样性研究，通过检测，除INRA0023外均呈现多态，基因杂合度在0.2062～0.7368之间，多态信息含量在0.3743～0.6770之间；并对不同微卫星与生产性状的关系进行了分析。     

川渝部分山羊品种(类群)遗传多样性微卫星标记研究

为分析川渝山羊品种(类群)的遗传多样性和系统发生关系,利用30个微卫星标记,对6个山羊品种(类群)进行分析。结果表明:金堂黑山羊遗传多样性最丰富,群体多态信息含量、平均杂合度和有效等位基因数分别为0.777、0.819和6.54;大足黑山羊各项指标最低,分别为0.736、0.787和5.57。对6个品种(类群)聚类分析表明,金堂黑山羊与南江黄羊的首先聚类在一起,然后依次与板角山羊、川东白山羊、大足黑山羊和波尔山羊聚类。各山羊品种(类群)的聚类关系与其来源、育成史及地理分布基本一致。     

微卫星DNA标记在三个山羊品种中的遗传多态性研究

利用四个微卫星标记对波尔山羊、太行山羊和河北奶山羊的等位基因频率、群体多态信息含量、有效等位基因数和杂合度进行了遗传检测。结果表明：四个微卫星位点在波尔山羊、太行山羊和河北奶山羊三个品种中存在多态性。可以用于山羊遗传多样性的评估；位点OarFCB11变异最大，位点MCM38变异最小，从不同品种来看，太行山羊的遗传变异程度最大，而波尔山羊的遗传变异程度相对较小。     

微卫星标记BMS2508在4个山羊品种中的遗传多样性研究

微卫星DNA又称简单序列重复、短串联重复序列和简单序列长度多态性,广泛存在于真核生物基因组中.微卫星多态性是由于减数分裂过程中不等交换造成变异而产生的,具有保守性,其核心序列为2～6 bp,重复约10～20次,属于等显性遗传.自1989年在人类基因组研究发现微卫星多态性后,目前在马、牛、猪、绵羊和鸡等动物基因组中也筛选出了大量的微卫星标记,但山羊等动物中则相对较少.     

利用微卫星标记对4个肉牛品种进行遗传多样性分析

本研究利用10个微卫星标记分析了鲁西黄牛、布莱凯特肉牛、渤海黑牛和日本和牛4个品种185个个体的品种内遗传变异情况及各品种间的亲缘关系,共检测到58个等位基因,每个位点平均观察等位基因数为5.8个,从4(BM1818)到8个(ETH225和TGLA53)不等;有效等位基因数为2.5417～3.5849个;观察杂合度、期望杂合度和多态信息含量变异范围分别为0.2270～0.5459、0.6082～0.7230和0.5482～0.6791,均属高度多态性位点。群体间遗传分化明显,有34.49%的遗传分化来自群体间的变异。以Nei氏遗传距离(D_A)构建UPGMA系统进化树,聚类结果表明,渤海黑牛与鲁西黄牛首先聚为一类,布莱凯特肉牛和日本和牛聚为一类。布莱凯特肉牛的3个微卫星座位10个克隆的PCR扩增片段测序获得的序列已提交GenBank,登录号分别为：GQ368896、GQ368897、GQ368898、GQ368899、GQ368900、GQ368901、GQ368902、GQ368903、GQ368904、GQ368905。10对微卫星座位可作为有效的遗传标记用于4个肉牛品种的遗传多样性和系统发生关系分析。     

5个黑山羊品种(群体)微卫星标记的遗传多样性研究

利用14个微卫星标记分析了攀枝花地方黑山羊、建昌黑山羊、云岭黑山羊、金堂黑山羊、乐至黑山羊5个品种(群体)的遗传多样性及亲缘关系。结果显示,14个微卫星座位多态信息含量(PIC)在0.5129~0.7646之间,均为高度多态位点;5个黑山羊品种(群体)的平均多态信息含量(PIC)为0.6405~0.6856,平均杂合度(H)在0.6985~0.7371之间,说明遗传多样性丰富;群体间平均遗传分化系数(Fst)为0.0296,说明群体间的变异仅为2.96%,群体间存在基因交流;攀枝花黑山羊和金堂黑山羊2个群体之间的Nei氏遗传距离最大(D=0.1286),金堂黑山羊和乐至黑山羊之间的遗传距离最小(D=0.0365);NJ聚类图中,攀枝花黑山羊、建昌黑山羊和云岭黑山羊聚为一类,金堂黑山羊和乐至黑山羊聚为一类,聚类结果与群体的地理分布较为一致。     

9个绵羊品种微卫星DNA遗传多样性分析

采用FAO-ISGA联合推荐的10对微卫星引物,结合荧光标记PCR技术,分析了中国9个地方绵品种的遗传多样性。结果表明,10个微卫星座位上共检测到153个等位基因,有效等位基因数在2.3064~13.7632之间,位点多态信息含量和观察杂合度为0.5395~0.8559和0.3972~0.8475,位点的遗传分化系数在0.042~0.149之间。Structure遗传结构关系、D_A/UPGMA聚类图、MVSP聚类分析图三者的结论基本相吻合,与绵羊的起源进化、亲缘关系、地理分布相一致。     

四个微卫星标记在苏钟猪中的多态性分析

微卫星标记是近年来发展起来的一种检测基因DNA多态性的新型DNA标记,因其数量多、分布广、多态性丰富及检测方便等优点而倍受推崇。本文利用四个微卫星标记分析其在苏钟猪中的遗传多样性。结果表明,四个微卫星座位在苏钟猪中均存在较高的遗传多样性,基因杂合度为0．5962～0．8823;多态信息含量为0．5146～0．8709;有效等位基因数为2．4768～8．4935。以上结果表明,本研究采用的四个微卫星标记可以作为苏钟猪的遗传多样性的标记辅助选择。     

微卫星标记BM1329在湘东黑山羊中的遗传多态性研究

利用经筛选的绵羊微卫星引物BM1329,采用聚丙烯酰胺凝胶垂直板电泳,对湘东黑山羊的BM1329微卫星基因座进行了多态性检测。结果表明:该基因座有8个等位基因,其片段大小在175bp-215bp之间,计算了该基因座各等位基因频率、基因型频率及其平均基因杂合度(0.8305)、多态信息含量(0.8090)和有效等位基因数(5.9001)。说明在湘东黑山羊中微卫星标记BM1329基因座具有丰富的遗传多态性,可用于山羊遗传多态性的评估,也为山羊的选育、保存和利用提供了一定的科学理论依据。