藏猪氟烷基因PCR-RFLP和序列多态性分析

本文应用PCR方法,体外扩增了94头藏猪的氟烷基因18149～18760位之间612bp的片段（包含完整的外显子17和cDNA C1843→T1843突变位点）,采用HhaⅠ内切酶对扩增产物进行了酶切多态性分析,发现94头藏猪个体都呈现氟烷阳性。并对4个藏猪个体的氟烷基因的612bp片段进行序列测定,测定结果与GenBank中Brening公布的序列和帅素容测定的6个中国地方猪种氟烷基因序列的相同区段进行比较分析,结果表明,本文所测藏猪序列共发现2个变异位点,都发生在内含子区段,皆为转换型突变;在内含子16内有1个位点存在转换型杂合子。在4个藏猪个体中未发现cDNA C1843→T1843突变位点。     

鸡胰岛素样生长因子-Ⅰ基因的多态性检测

胰岛素样生长因子-Ⅰ是胰岛素样生长因子家族中的一员，因氨基酸序列与胰岛素原高度同源(49％)而得名。鸡的生长发育受到生长轴的高度调控，垂体分泌的生长激素经过血液循环到达肝脏，与细胞表面的生长激素受体结合，启动细胞膜上的信息传递，调节鸡胰岛素样生长因子-Ⅰ(chicken insulin-like growth factorsⅠ，cIGF-Ⅰ)基因的表     

牛BoLA-DRB3基因第2外显子多态性及其序列分析

BoLA-DRB3基因是牛主要组织相容性复合物(major histocompatibility complex,MHC)基因家族中的Ⅱ类基因,它是该基因家族中最主要的功能基因,所编码的MHC抗原与免疫应答和抗病性密切相关。其第2外显子编码抗原的主要功能区。实验采用PCR-RFLP方法对鲁西牛、南阳牛和晋南牛3个群体的BoLA-DRB3基因第2外显子扩增产物进行多态性分析,检测到A、B和C3个等位基因,出现6种基因型。χ2适合性检验结果表明,鲁西牛和晋南牛在HaeⅢ酶切位点均达到了Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),而南阳牛未达到Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.01)。结合测序,结果显示在BoLA-DRB3基因第2外显子的第154、155、156和157位的碱基产生突变使得产生HaeⅢ酶切多态。序列比对后发现有13.70%的核苷酸发生突变,相对应有14.61%的氨基酸发生了替代。     

中外不同猪品种生长激素基因遗传多态性检测

成熟的猪生长激素(pGH)分子由190个氨基酸组成,分子量为22kD。1987年Vize等^[1]成功地获得了猪的GH基因,该基因全长为2231bp,由5个外显子和4个内含子构成。Thomoson等^[2]将pGH基因定位于12号染色体短臂1区1带。Yerle等^[3]用高分辨G带染色体原位杂交将pGH基因定位于     

藏绵羊DRB3基因第2外显子多态性分析

为了研究藏绵羊(Ovis aries)DRB3基因的多态性,确定其等位基因数、等位基因间的核苷酸多态位点、变异类型,以及分析各等位基因间的遗传关系和进化意义,研究采用PCR-SSCP方法检测了500只藏绵羊DRB3基因第2外显子的多态性,并克隆、测序群体内变异产生的各等位基因.结果表明藏绵羊DRB3基因第2外显子表现了37个等位基因,37个单倍型序列分析发现82个核苷酸多态位点;37个单倍型序列与GenBank下载序列对比分析,结果表明35个DRB3的等位基因是本研究旨次发现;37个DRB3基因外显子2的单倍型序列NJ系统发育树呈2支分化趋势.研究认为藏绵羊DRB3基因第2外显子具有丰富的遗传多态性;藏绵羊DRB3基因最初是由2个等位基因突变分化成两大类等位基因的.     

猪肌细胞生成素基因3''''端侧翼序列PCR-RFLP分析

通过PCR-RFLP方法，检测了外来品种大约克猪、长白猪和杜洛克猪和湖南地方品种宁乡猪、沙子岭猪、大围子猪和桃源黑猪共630头肌细胞生成素基因3’端353bp侧翼序列，Msp Ⅰ酶切后存在AA、AB和BB3种基因型，其中外来品种中BB占优势，B等位基因频率平均为0．74。而湖南地方品种中，AA占绝对优势，A等位基因频率平均为0．95，其中宁乡猪和沙子岭猪均为AA型。RFLP-Msp Ⅰ基因型分布X^2检验结果表明，外来猪种与4个地方品种相比均差异极显著；4个地方品种间只有桃源黑猪与其它3个品种间差异极显著；大围子猪与宁乡猪、沙子岭猪间差异最著；外来猪种间只有大约克和长白间差异显著。     

牛BoLA-DRB3基因多态性及其序列分析

BoLA-DRB3基因是主要组织相容性复合物(Major Histocompatibility Complex, MHC)基因家族中的Ⅱ类基因，它是该基因家族中最主要的功能基因，所编码的MHC抗原与免疫应答，与抗病性密切相关。其第2外显子是编码抗原的主要功能区。本试验采用PCR-RFLP方法对鲁西牛、南阳牛、晋南牛3个群体的DRB3基因第2外显子扩增产物进行多态性分析，检测到A、B和C 3个等位基因，出现6种基因型。χ2适合性检验结果表明鲁西牛和晋南牛在该酶切位点均达到了Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05），而南阳牛未达到Hardy-Weinberg平衡状态（P<0.01）。结合测序，结果显示在DRB3基因第2外显子的第154、155、156和157位的碱基产生突变使得产生HaeⅢ酶切多态。序列比对后发现有13.70％的核苷酸发生突变，相对应有14.61％的氨基酸发生了替代。     

草原红牛及其杂种后代A-FABP第4外显子遗传多态性分析

本研究选取没有亲缘关系、月龄相同、并在同一条件下饲养的草原红牛个体78头,草原红牛与利木赞第一代杂交后裔128头进行颈静脉采血提取基因组DNA,并利用PCR-SSCP技术对其肉质性状相关的A-FABP基因第4外显子进行遗传检测分析。研究结果表明,草原红牛A-FABP基因第4外显子区域表现AA、BB和AB共3种基因型,其基因型频率分别为0.59、0.04和0.37;基因频率分别为0.61、0.39;多态信息含量(PIC)为0.37,杂合度(He)为0.48,属于中度变异。草原红牛与利木赞牛杂交后代群体也检测到2个等位基因、3种基因型,基因型频率分别为0.23、0.58和0.19;等位基因频率为0.52、0.48;PIC为0.38,He为0.50。据本研究结果可知草原红牛及杂交后代群体遗传变异较大、具有一定选择潜力,能够较好利用分子遗传标记手段指导育种。     

荷斯坦牛BoLA-DRB3基因外显子2多态性及其与体细胞评分关系的研究*

采用PCR-RFLP技术用限制性内切酶BstYⅠ对河北省489头荷斯坦母牛和40头荷斯坦公牛BoLA-DRB3基因外显子2的284 bp扩增产物进行多态性分析。荷斯坦母牛经BstYⅠ酶切产生3种基因型AA、AB和BB,其频率分别为0.078、0.380和0.542;荷斯坦公牛经BstYⅠ酶切产生2种基因型AB和BB,其频率分别为0.250和0.750;荷斯坦母牛和公牛在该酶切位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态（母牛：χ2=0.45,P=0.799>0.05;公牛：χ2=0.82,P=0.665>0.05）;用最小二乘法分析BoLA-DRB3基因外显子2与荷斯坦母牛体细胞评分(somatic cell score,SCS)的关系,结果表明AA基因型SCS最小二乘均值极显著低于AB基因型所对应的值（P=0.0098<0.01）,极显著低于BB基因型所对应的值（P=0.00009<0.0001）;AB基因型SCS最小二乘均值极显著低于BB基因型所对应的值（P=0.0096<0.01）;对乳房炎抗性而言,AA是最有利基因型,BB是最不利基因型。本研究结果可为奶牛乳房炎抗性标记辅助选择提供科学依据。     

猪UCP3基因多态性及其与脂肪沉积、肉质性状的相关分析

在QTL定位的基础上选取猪解偶联蛋白3(UCP3)作为控制脂肪沉积性状和肉质性状的候选基因。对猪UCP3基因的部分编码区进行了测序，在395 bp处发现了1个cSNP位点。该cSNP位点发生G→A突变，并导致相应编码氨基酸由甘氨酸→精氨酸的改变。该位点可以被限制性内切酶SmaⅠ识别。利用PCR-RFLP方法，对186头大白×梅山F2资源家系进行UCP3片段SmaⅠ位点分析，发现AA、AB和BB三种基因型，其中A等位基因频率0.56，B 0.44。经统计分析发现，在该F2群体中，UCP3 SmaⅠ位点多态性与脂肪沉积性状中胸腰椎间膘厚、臀部膘厚显著相关；与肉质性状中的肌内脂肪、系水力和失水率显著相关。UCP3 SmaⅠ位点主要表现为加性效应，基因型AA降低膘厚，提高系水力和降低失水率，但同时也降低肌内脂肪含量。     

荷斯坦牛白细胞抗原基因-DRB3(BoLA-DRB3)外显子2多态性及其与体细胞评分的关系

采用PCR-RFLP技术,用限制性内切酶BstY I对河北省489头荷斯坦母牛和40头荷斯坦公牛白细胞抗原-DRB3基因(BoLA-DRB3)外显子2的284 bp扩增产物进行多态性分析.荷斯坦母牛经BsfY Ⅰ酶切产生3种基因型AA、AB和BB,其频率分别为0.078、0.380和0.542;荷斯坦公牛经BsfY Ⅰ酶切产生2种基因型AB和BB,其频率分别为0.250和0.750;荷斯坦母牛和公牛在该酶切位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(母牛:,P=0.799>0.05;公牛:,P=0.665>0.05);用最小二乘法分析BoLA-DRB3基因外显子2的多态性与荷斯坦母牛体细胞评分(somatic cell score,SCS)的关系,结果表明AA基因型SCS最小二乘均值极显著低于AB基因型所对应的值(P=0.0098<0.01),极显著低于BB基因型所对应的值(P=0.00009<0.0001);AB基因型SCS最小二乘均值极显著低于BB基因型所对应的值(P=0.0096<0.01);对乳房炎抗性,AA是最有利基因型,BB是最不利基因型.研究结果表明BoLA-DRB3基因外显子2的多态性是提高奶牛乳房炎抗性的一个潜在的DNA标记.     

山羊高繁殖力候选基因GDF9的RFLP分析

Hanrahan et al（2004）发现5号染色体上生长分化因子9（growth differentiation factor 9，GDF9）基因的编码区1184bp处的碱基突变C→T（称为G8突变）与高繁殖力绵羊品种Belclare和Cambridge杂合携带母羊的高排卵数和纯合子不育相关联。     

山羊高繁殖力骨形态发生蛋白受体IB候选基因的RFLP分析

Mulsant et al.(2001)、Wilson et al.(2001)和Souza et al.(2001)报道了绵羊6号染色体上骨形态发生蛋白受体IB(bone morphogenetic protein receptor IB,BMPR-IB)基因高度保守的胞内激酶信号区域存在1个A746G突变(所表达的249号氨基酸由谷氨酰胺变成了精氨酸),证明正是这个突变(Q249R)与Booroola母羊高繁殖力完全相关。据《中国羊品种志》(1989)记载,我国地方山羊品种中,济宁青山羊繁殖力最高,产羔率平均可达293.65%。目前还未见济宁青山羊高繁殖力候选基因的研究报道。本研究以高繁殖力山羊品种(济宁青山羊)、中等繁殖力山羊品种(…     

经猪激素敏感脂肪酶基因(hsl)外显子Ⅷ的SSCP分析

激素敏感脂肪酶(HSL)是动物体脂肪分本研究合成引物PCR扩增第8外显子部分片段,PCR产物经SSCP分析,结果有多态性.该DNA片段经过克隆测序分析,发现位于基因第2301处发生碱基序列的改变(G→T),使编码的氨基酸由谷氨酸变为天冬氨酸(Glu→Asp).本研究还分析了多个品种在该座位的等位基因频率.     

猪HUMMLC2B基因第一内含子单核苷酸多态与胴体、肉质性状的相关分析

快肌肌浆球蛋白轻链2(fast skeletal myosin light chain2,HUMMLC2B或MYLPF)是一种钙结合蛋白,参与多种生命活动.实验获得克隆猪HUMMLC2B基因(GenBank登录号:DQ533994),并采用PCR-RFLP技术,分析了HUMMLC2B基因第1内含子中的Msp Ⅰ酶切多态(T613C)在7个品种猪中的多态性分布;分析了多态性与36头长白猪、5个群体104头猪以及长白和5个群体之和的140头猪胴体性状和肉质性状间的相关,结果表明,在检测的猪群中除长白猪中A等位基因与B等位基因频率的比例为1:2外,其余的均为B等位基因占绝对优势,且A等位基因纯合个体只在长白猪中检测到.在不同组合的相关性分析中,基因型效应与瘦肉率、眼肌高度、眼肌面积肌内脂肪和肌内水分等差异极显著(P<0.01)或显著(P<0.05).HUMMLC2B基因在12个猪器官或组织中均表达,在心脏和骨骼肌中表达量最高.