狂犬病病毒野毒株DRV磷蛋白基因的克隆及序列分析

通过对狂犬病病毒鹿源(DRV)野毒株总RNA的提取,用RT-PCR方法扩增磷蛋白(NS)基因并与T载体连接、克隆,将其转化到大肠杆菌JM109细胞中,测定NS蛋白基因的序列,与其它已经发表的国际标准株、疫苗株等进行比较,分析其氨基酸的同源性,构建系统进化树,为狂犬病病毒野毒株全基因序列的测定奠定基础。     

蓝舌病病毒血清1型野毒株及疫苗株S10基因差异

蓝舌病病毒血清型 1型是主要致病血清型之一。为明确其流行规律的分子生物学基础 ,采用 RT- PCR扩增和序列测定技术分析了 15株野毒株及 1株弱毒疫苗株的 S10全基因片段 ,并对其核苷酸和氨基酸差异进行了比较。所有毒株 S10基因核苷酸长度均为 82 2 bp,含有 2个起始密码子 (核苷酸 2 0～ 2 2和 5 9～ 6 1)和 1个终止子 (核苷酸 70 7～70 9) ,预测编码 2种蛋白 (NS3和 NS3A)。不同毒株间 S10基因核苷酸差异为 0～ 138个 (同源性 10 0 %～ 82 %) ,NS3/NS3A蛋白氨基酸差异为 0～ 15个 (同源性 10 0 %～ 93%)。基于 S10基因序列分析 ,可将蓝舌病病毒野毒株及疫苗株分为 2个基因群 :12株野毒株及 1株疫苗株为基因 群 ,3株野毒株与澳大利亚 型毒株属于基因 群 ,两群间的核苷酸同源性为 79%。各基因群在地域分布及宿主来源上未发现有明显的特征性。基因群与毒株分离年代、对 BHK- 2 1细胞毒力等特征关系亦不明显。     

鸡传染性支气管炎病毒S1和N基因遗传变异的相关性

对国内1992—2005年分离的IBV毒株的纤突蛋白(S1)和核衣壳蛋白(N)基因分别进行克隆测序,结合在GenBank中发表的IBV S1和N基因的序列,对其不同毒株的S1或N基因片段和全长、S1和N基因全长分别进行遗传变异的研究,利用统计学软件SPSS11.5进行同源性相关分析。结果表明:不同IBV毒株N或S1基因片段与其全长之间遗传变异高度相关,核苷酸r≥0.892,氨基酸0.854≤r≤0.968;但S1与N基因全长之间核苷酸的遗传变异相关性相对较低一些,而且有些毒株间S1基因同源性很低(r=0.645),但N基因同源性仍很高,显示每个基因变异的独立性。国内IBV疫苗株之间S1和N基因核苷酸高度同源(S1≥97.3%;N≥90.7%),而野毒株与疫苗株相比S1和N基因同源性均较低(S1≤84.3%;N≤87.1%),这也可能与常规疫苗对IBV野毒株不能有效保护有关。     

重组伪狂犬病病毒介导的siRNA对高致病性PRRSV N蛋白基因表达的抑制作用

构建表达HP-PRRSV河南分离株HN1 N蛋白基因的siRNA重组伪狂犬病病毒3株,将其感染PK-15细胞,在细胞水平上评价重组伪狂犬病病毒介导的siRNA对N蛋白表达的抑制效果.PCR扩增带CMV-siRNA-poly(A)片段和新霉素基因,通过酶切将CMV-siRNA-poly(A)片段和新霉素基因分别插入伪狂犬病病毒转移载体pUSKBH中,构建重组伪狂犬病病毒通用转移载体pUsiRNA.分别用BamH Ⅰ和HindⅢ酶切pUsiRNA,回收后与HP-PRRSV河南分离株HN1 N蛋白基因的3个siRNA分子连接,构建表达N蛋白基因siRNA的重组伪狂犬病病毒表达载体.将鉴定正确的重组伪狂犬病病毒表达载体与伪狂犬病病毒DNA共转染PK-15细胞,经同源重组及噬斑纯化获得表达N蛋白基因siRNA的重组伪狂犬病病毒株,应用PCR及Southern blot鉴定重组病毒.将HN1株N蛋白基因的真核表达质粒pAcGFP1-N转染PK-15,经筛选获得稳定表达N蛋白基因的细胞.将鉴定正确的表达N蛋白基因siRNA的重组伪狂犬病病毒接种于稳定表达N蛋白基因的细胞,利用绿色荧光蛋白基因及半定量RT-PCR检测重组伪狂犬病病毒介导的N蛋白基因siRNA对N蛋白表达的抑制效果.结果显示,PCR扩增到的CMV-siR-NA-poly(A)片段约为0.7kb,新霉素基因约1.5kb.经酶切、PCR及测序鉴定,构建了表达siRNA的通用伪狂犬病病毒转移载体pUsiRNA.经PCR及Southern blot检测,获得了3株表达HP-PRRSV河南分离株HN1 N蛋白基因siRNA的重组伪狂犬病病毒gG-/siRNAN1、gG-/siRNAN2和gG-/siRNAN3;经荧光显微镜观察和半定量RT-PCR检测表明,重组伪狂犬病病毒介导的N蛋白基因siRNA能够显著抑制N蛋白在PK-15细胞中表达,其中gG-/siR-NAN2抑制效果最好.这为深入研究N蛋白基因siRNA抑制HP-PRRSV复制奠定基础,并为HP-PRRSV的防制提供新的思路.     

广西狂犬病野毒株N和G基因的克隆与序列分析

从广西南宁、隆安和巴马分离到三株狂犬病病毒野毒株,分别编号为GXN119、GXLA和GXBM。对三株的N基因和GXN119、GXBM株的G基因进行了RT-PCR扩增、克隆和测序。将测序所得结果和收集到的国内外已发表毒株相应基因进行了核苷酸和推定氨基酸的序列进行比较分析。三株野毒之间N基因的核苷酸同源性分别为:89.1%(GXN119/GXBM)、89.7%(GXN119/GXLA)和89.4%(GXLA/GXBM),G基因的核苷酸同源性为86.7%(GXN119/GXBM)。比较N基因推导氨基酸序列同源性,分别为:97.8%(GXN119/GXBM)、97.8%(GXN119/GXLA)和99.1%(GXLA/GXBM),表明N基因同义变异较多。将两株野毒株GXN119、GXBM与人用疫苗3aG株和兽用疫苗ERA株的G基因进行了核苷酸序列比较,同源性介于82.7%～84.0%之间,推定氨基酸同源性在88.0%～91.6%之间。N蛋白的第40位Ser和106位Asp显示了广西狂犬病流行病学的区域特异性。     

广西1985年～2008年IBV分离株S1基因高变区Ⅰ和N基因的序列和系统进化分析

为了解广西传染性支气管炎病毒(IBV)的纤突蛋白S1基因高变区Ⅰ(HVR Ⅰ)和核(N)蛋白基因变异情况及S1和N基因变异的相关性,本研究应用RT-PCR方法扩增了广西1985年～2008年的21株IBV的S1基因HVR Ⅰ和N基因,并进行了克隆、序列测定及分析.结果发现:广西存在着多种基因型IBV流行;广西IBV分离株S1基因存在广泛的点突变和插入现象;N基因序列存在氨基酸替代现象.21株IBV中12株在S1基因HVR Ⅰ和N基因遗传进化树中均归属相同群,其余毒株却归属不同的群.2005年分离的GX-NN5存在基因重组现象.以上结果表明了广西IBV毒株存在基因突变和基因重组现象,S1和N基因的变异不完全平行,有些毒株间的S1和N基因差异很大.     

一株狂犬病病毒街毒株的分离鉴定与组织培养

对来自河北省无极县某地区疑似狂犬病病犬脑组织进行FAT、电镜观察、RT-PCR扩增,以及MIT法等确诊为狂犬病,对分离到的这株狂犬病街毒命名为WJ07-1,分析N蛋白和G蛋白序列,主要抗原位点发生轻度变异,同源性分析发现N基因与ZhejiangWz(H)株同源性最高为99.0%,G基因与JSL27株同源性最高为99.4%。对分离到的狂犬病病毒进行组织培养发现这株狂犬病病毒街毒株对细胞的适应性和感染性很弱,需要进行多次传代培养,才可以适应N2a、BHK-21细胞。     

猪伪狂犬病病毒LN1301株分离鉴定及其gE和TK基因的变异分析

通过查明辽宁省猪伪狂犬病(pseudorabies,PR)的传染来源及其病原变异情况,为建立有针对性的诊断与防制方法提供基础依据。采集辽宁某猪场疑似伪狂犬病病死仔猪的脑组织病料,应用非洲绿猴肾(Vero)细胞分离培养,通过电子显微镜观察、病毒中和试验、聚合酶链反应、病毒TCID50测定和动物试验对所分离的病毒进行鉴定。结果确认从辽宁省成功分离到1株猪伪狂犬病病毒野毒株,暂命名为PRVLN/1301株。应用猪伪狂犬病毒(PRV)标准株设计引物对分离到的病毒进行gE和TK基因PCR扩增、T-A克隆、测序,成功扩增克隆出猪伪狂犬病病毒辽宁株PRVLN1301的主要毒力基因gE和TK基因序列。通过系统进化树分析表明该毒株与国内外参考毒株的同源性均在97%以上,核苷酸序列分析结果显示所分离的PRVgE基因存在第995位点由C-A的突变、第999位点由T-G的突变,氨基酸序列比对结果显示存在1个氨基酸L-Q位点的变化,即由亮氨酸变为谷氨酰胺,TK基因没有变异和缺失。说明该毒株与其他地区毒株为同一来源,但存在部分位点的变异。     

鹿源狂犬病野毒8202株基因型的研究

为了从基因水平确定鹿源狂犬病野毒8202株与其它狂犬病病毒的进化关系,应用RT-半嵌套式PCR技术,利用3条引物对病毒的核蛋白基因进行扩增、克隆及序列测定,并与已发表的狂犬病病毒株3aG、PV、CVS、HEP-Flury、RC-HL、Nishigahara、SADB19的核蛋白基因进行了比较分析。结果表明,8202株与其它7个病毒株均来源于同一个进化枝,属于基因Ⅰ型。     

伪狂犬病病毒gE／gI双基因缺失株的生物学特性

为了解gE和gI双基因缺失株伪狂犬病病毒gE-／gI—PRVSA738和野毒株PRV—SA的生物学特性,对该病毒进行了理化特性和体外增殖曲线的研究。结果显示：该缺失株对氯仿、酸、热及冻融次数敏感,从双基因缺失毒株与野毒株在BHK-21细胞上的增殖曲线来看,在病毒培养50h之前野毒株的毒价均高于缺失株,而在50h以后缺失株的毒价又高于野毒株,并且在36h时2株病毒的毒价均达到最高峰。     

三株广西狂犬病病毒NS基因和M基因的克隆与序列分析

本研究设计了一对特异性引物NSM1/NSM2,对三株广西狂犬病病毒NS和M基因同时进行了RT_PCR扩增、克隆和测序。同源性分析表明,三株广西野毒NS基因核苷酸同源性为87.2%~98.4%,M基因核苷酸同源性为90.1%~99.7%;与固定毒和狂犬病相关病毒比较,NS基因分别为79.9%~82.8%和69.7%~71.0%;M基因的分别为82.8%~87.8%和75.0%~77.8%。三株野毒NS基因氨基酸同源性为93.3%~98.7%,M基因氨基酸同源性分别为97.5%~100%。表明广西各地毒株之间亲缘关系不同,但最为相近;与狂犬病固定毒株亲缘关系较远;与狂犬病相关病毒亲缘关系最远。     

猫泛白细胞减少症病毒北京株NS1基因克隆与生物信息学分析

为分析猫泛白细胞减少症病毒（FPV）北京株（FPV-BJ 05株）NS1基因的分子特征及其编码蛋白的生物学功能,本研究对FPV-BJ 05株NS1基因进行PCR扩增、克隆及序列测定。应用生物信息学软件分析FPV-BJ 05株与GenBank上登录的11株FPV参考株NS1基因的同源性,并预测NS1蛋白理化性质、信号肽、跨膜结构、B细胞抗原表位、磷酸化位点、亚细胞定位及蛋白结构与功能、高级结构等。结果显示,NS1基因全长2 007 bp,编码668个氨基酸,且与其他FPV分离株NS1基因核苷酸序列同源性为98.8%~99.3%,氨基酸序列同源性为97.9%~98.8%。系统进化树分析结果显示,FPV-BJ 05株NS1蛋白与GenBank上登录的3株FPV参考株处于同一大分支,但由于氨基酸的突变导致其属于独立的一小分支。NS1蛋白既无信号肽也无跨膜结构域,属于非分泌型的疏水性蛋白。B细胞抗原表位预测结果显示,NS1蛋白柔韧性较好,抗原性及表面可及性较高,预测该蛋白含有13个优势抗原位点。修饰结构预测表明,NS1蛋白含有62个潜在磷酸化位点,27个O-糖基化位点和2个N-糖基化位点。亚细胞定位结果显示,NS1蛋白在细胞质和细胞核的概率较高,分别为69.6%和17.4%。NS1蛋白二级结构中α-螺旋、延伸链、无规则卷曲和β-转角分别占39.37%、15.42%、39.37%和5.84%。应用在线软件SWISS-Modle对NS1蛋白进行建模,预测其三级结构,结果发现NS1蛋白主要以α-螺旋为主。本试验结果将为北京地区FPV免疫诊断及核酸疫苗研究提供理论依据。     

禽呼肠孤病毒μNS非结构蛋白基因的克隆及序列分析

根据GenBank中禽呼肠孤病毒(ARV)M3基因序列,设计并合成了一对跨越μNS非结构蛋白基因完整开放阅读框(ORF)的特异性引物,对ARV的10个毒株进行RT-PCR扩增、克隆及序列测定。结果表明,10个毒株μNS蛋白基因ORF的核苷酸序列全长均为1908 bp,编码635个氨基酸。这10个毒株之间的核苷酸及推导的氨基酸同源性分别都在98%以上。将它们与哺乳动物呼肠孤病毒(MRV)、番鸭呼肠孤病毒(DRV)等进行核苷酸及推导的氨基酸序列比较,并进行遗传系统树分析,结果表明ARV与MRV有较大的差异,与DRV差异较小。     

猪细小病毒疫苗株NS1基因克隆及生物信息学分析

为进一步开展猪细小病毒（porcine parvovirus,PPV）NS1蛋白功能研究,根据GenBank登录的PPV参考株NADL-2（登录号：NC001718）的NS1基因序列设计1对特异性引物,采用PCR技术扩增PPV疫苗株NS1基因,将PCR扩增产物克隆入pTA2载体构建重组质粒pTA2-NS1,并进行测序鉴定。测序结果显示,构建的pTA2-NS1质粒含有一个开放阅读框（ORF）,全长1989 bp,共编码662个氨基酸,与GenBank登录的PPV参考株NADL-2、Kresse株的NS1基因的核苷酸同源性分别为99.85%和99.65%,氨基酸同源性分别为99.70%和99.70%。上述结果表明试验成功构建了含有PPV NS1基因的重组质粒pTA2-NS1。应用DNAStar软件及在线ProtScale、SignalP 4.1、TMHMM、Scansite、PSORTⅡ等生物信息学软件对NS1基因及其编码蛋白进行生物信息学分析,结果显示NS1蛋白分子质量为75.7 ku,等电点PI为6.82,是弱酸性蛋白;NS1蛋白不含信号肽序列,无跨膜区,为可溶性蛋白,主要定位于细胞核内,T199、Y309、T338、T512、S631、T635为其潜在磷酸化位点。以上研究为进行PPV NS1蛋白表达,进一步开展NS1蛋白功能研究奠定了基础。     

吉林地区1株小鹅瘟病毒NS1和VP1基因的克隆与序列分析

为了解吉林地区小鹅瘟病毒（Gosling plague virus,GPV）的基因特征,及其与黑龙江及中国其他省份和国外流行毒株的相关性,本研究采用PCR方法鉴定2018年吉林某养鹅场送检的病死雏鹅的肠组织,同时对GPV的非结构蛋白NS1基因及结构蛋白VP1基因进行了克隆和测序,并与国内外16株GPV参考毒株的相应序列进行分析。结果表明,病死雏鹅为GPV与减蛋综合征病毒（Egg drop syndrome virus,EDSV）混合感染;吉林地区GPV的NS1基因长为1 884 bp,编码627个氨基酸,与参考毒株核苷酸序列同源性为93.8%~99.8%,氨基酸序列同源性为97.1%~99.7%;VP1基因长为2 199 bp,编码732个氨基酸,与参考毒株核苷酸序列同源性为93.4%~99.9%,氨基酸序列同源性为96.4%~99.9%。NS1及VP1基因的系统进化树分析均表明,吉林地区GPV与哈尔滨分离株98E属于同一进化分支,亲缘关系最近,与国外分离株、中国台湾和安徽分离株亲缘关系均较远。吉林地区GPV与鹅源GPV具有较近的亲源关系,同源性明显高于其他水禽来源的GPV。该研究为明确中国东北地区GPV空间的流行规律提供基础数据,为东北地区GPV的诊断与治疗提供参考依据。     

H5N1亚型禽流感病毒A/goose/Guangdong/1/96的NS基因对鸡致病能力的影响

为了解H5N1亚型禽流感病毒经自然途径感染SPF鸡后，病毒的致病能力与NS基因的关系，本文主要从病理学角度比较了两株利用反向基因操作技术拯救的病毒RGSGD／1／96和RGSGD／1／2NS的致病能力。虽然只有NS基因不同，但是这两株病毒经鼻腔感染4周龄SPF鸡后表现出完全不同的致病能力，RGSGD／1／96对鸡的致死率为100％，感染鸡只的各组织脏器均可发现严重的病理损伤，该病毒在鸡体内复制能力很强，感染后3d、6d，各组织脏器均可发现大量的病毒抗原；GSGD／1／2NS对鸡的致死率为0，病毒在感染鸡体内只引起肺间质少量淋巴细胞浸润，免疫组织化学检查未发现病毒抗原信号。由于两株病毒只有NS基因不同，说明NS基因决定了H5N1亚型禽流感病毒A／goose／Guangdong／1／96对SPF鸡的致病能力。     

H5N1亚型禽流感病毒新疆株NS基因的克隆和序列分析

根据已发表的H5N1禽流感病毒NS基因全序列设计了1对引物，对4株禽流感病毒新疆株的NS基因进行了RT—PCR扩增，并将其克隆到pMD18-T载体上，分别获得了全长为817、851、854、854bp的全基因序列。序列分析结果表明，新疆毒株间的核苷酸同源性为97．8％～98．9%，氨基酸同源性为96．5％～98．7％，与广东、香港和东南亚等不同地区的11个毒株比较，同源性为90．0％～99．4％；与来自野禽、猪等不同种类的11个流感毒株比较，同源性为81．4％～99．3％。系统进化树分析表明，新疆株独立分支。     

猪细小病毒SY-99株非结构蛋白NS1基因的克隆及序列分析

猪细小病毒（Porcine parvovirus,PPV)SY-99株由本室分离，提取SY－99株的基因组DNA，利用PCR扩增出全长NS1基因，将该基因克隆到 核表达载体pET28a中并测序。结果表明，NS1基因全长1989bp，编码662个氨基酸，氨基酸序列中含有PP 制过程中发挥重要作用的保守基序GKRN，并有3个潜在的糖基化位点，分别位于356－359、446－449、513－516位氨基酸处，SY－99株NS1基因与其它PPV毒株NADL2－1、NADL2－2、Kresse株核苷酸同源性分别为98％、99％、99％，氨基酸同源性分别为97％、99％、995。SN1基因的克隆为研究NS1在PPV的复制中所发挥的功能及利用人工表达的NS1来制备诊断抗原提供了可能。     

阿留申病毒强致病性毒株非结构蛋白基因的克隆及序列分析

根据Genbank公布的全基因序列设计两对引物,利用PCR扩增技术,得到阿留申病毒非结构蛋白基因ADV-LN1、ADV-LN2,将其克隆至pMD18-T载体中进行序列测定,并与其它国内外毒株的非结构蛋白进行序列比较和分析。序列分析表明,同国外毒株相比核苷酸序列同源率NS1为87.8%～99.1%,NS2为87.7%～98.5%,NS3为85.4%～99.2%;氨基酸序列同源率NS1为82.5%～98.0%,NS2为81.6%～96.5%,NS3为78.2%～98.9%;与国内毒株相比核苷酸序列同源率NS1为91.5%～93.8%,NS2为93.0%～94.7%,NS3为93.5%～96.6%;氨基酸序列同源率NS1为87.4%～89.9%,NS2为87.7%～90.4%,NS3为88.5%～94.3%。系统进化树分析表明:国内流行毒株之间与欧美毒株之间,差异逐渐缩小,遗传变异趋势更加复杂。