四种■属鱼类线粒体Cyt b基因的序列变异及系统发育研究

测定和分析了4种■属(Sillago)鱼类:斑■(Sillago aeolus)、亚洲■(S.asiatica)、多鳞■(S.sihama)和少鳞■(S.japonica)线粒体细胞色素b基因序列片段,比较了不同■属鱼类种间的序列差异,探讨了彼此间系统发育关系和分类地位。结果显示,4种鱼类平均核苷酸组成为T 29.9%、C 29.2%、A 21.5%、G 19.3%,种间平均净遗传距离在0.157到0.280之间。最大似然法构建的系统树显示,少鳞■和亚洲■首先聚类、再与多鳞■和斑■相聚,斑■是最晚分化出的鱼类。基于Cyt b基因序列核苷酸分歧速率计算得出4种鱼类发生遗传分化时间在距今785—1400年前的第三纪中新世(Miocene)。     

红鲐属三种鱼类线粒体细胞色素b基因片段序列分析

本文测定了红珀属的翘嘴红约、青梢红铂和蒙古红铂细胞色素b基因片段序列（1091bp）,对其碱基组成变异情况及核苷酸序列差异进行了分析。并以红鳍珀为外类群,用NJ法和UPGMA法构建系统关系树。结果表明：（1）四种鱼（包括外类群）Cytb基因片段序列碱基平均差异为6．2％,变异位点184个,具有简约性信息位点141个,平均转换颠换比为7．4;（2）本文测定的红鲐属三种鱼形成一个单系群,其中翘嘴红珀与青梢红珀亲缘关系较近。     

5种壁虎科动物Cyt b基因的序列分析

以红斑大壁虎、黑斑大壁虎、蹼趾壁虎和中国石龙子为材料,采用改进的SDS/蛋白酶K裂解法提取DNA,用特异引物进行PCR扩增线粒体Cyt b基因部分序列,PCR产物经纯化后,进行序列测序。用邻接法和最大简约法构建了其系统发育关系,结果显示红斑大壁虎和黑斑大壁虎首先聚在一起,再先后与同为壁虎属的蹼趾壁虎和白脊壁虎相聚,然后与同为壁虎科的沙虎相聚,最后与石龙子科的中国石龙子相聚。     

鲂属鱼类细胞色素b片段序列分析

采用特异性引物PCR扩增获得了鲂属4种鱼类及长春鳊的Cyt b片段序列,并运用MEGA 3.1软件进行了序列分析,通过NJ法、UPGMA法构建了系统发育树。结果表明:鲂属4种鱼类与长春鳊分别聚类为2支,但鲂属4种鱼类的聚类在2个系统发育树中存在差异;三角鲂与厚颌鲂的聚类不明确。该研究结果可为深入探讨鲂属鱼类的系统分类与重新整理提供依据。     

[鱼骨]属三种鱼类细胞色素b基因片段序列分析

用酚／氯仿提取法提取了唇[鱼骨]、花[鱼骨]和长吻[鱼骨]鱼鳍组织的总DNA,利用特异引物进行PCR扩增,得到1140bpCyt b基因片段,纯化后进行测序。所得同源序列用Mega3．1软件分析,并结合鮈亚科其它种类Cytb基因序列用NJ法和UPGMA法构建系统树。结果表明：（1）三种鱼Cytb基因片段序列碱基平均差异百分比为13．7％,变异位点201个,转换颠换比为4．6;（2）[鱼骨]属三种鱼类成一单系群,唇[鱼骨]与花[鱼骨]亲缘关系较近。     

红鲌属3种鱼类线粒体细胞色素b基因片段序列分析

测定了红鲌属的翘嘴红鲌、青梢红鲌和蒙古红鲌细胞色素b基因片段序列(1 091 bp), 对其碱基组成变异情况及核苷酸序列差异进行了分析, 并以红鳍鲌为外类群, 用邻接(NJ)法和非加权算术平均对数(UPGMA)法构建系统关系树. 结果表明: ① 4种鱼(包括外类群)Cyt b基因片段序列碱基平均差异为6.2%, 变异位点184个, 具有简约性信息位点141个, 平均转换颠换比为7.4; ②测定的红鲌属3种鱼形成一个单系群, 其中翘嘴红鲌与青梢红鲌亲缘关系较近.     

红鲌属3种鱼类线粒体细胞色素b基因片段序列分析

测定了红鲌属的翘嘴红鲌、青梢红鲌和蒙古红鲌细胞色素b基因片段序列（1 091 bp）,对其碱基组成变异情况及核苷酸序列差异进行了分析,并以红鳍鲌为外类群,用邻接（NJ）法和非加权算术平均对数（UPGMA）法构建系统关系树.结果表明：①4种鱼（包括外类群）Cyt b基因片段序列碱基平均差异为6.2%,变异位点184个,具有简约性信息位点141个,平均转换颠换比为7.4;②测定的红鲌属3种鱼形成一个单系群,其中翘嘴红鲌与青梢红鲌亲缘关系较近.     

柞蚕线粒体Cyt b基因片段的序列多态性分析

以22个柞蚕品种（品系）为材料,采用PCR技术分别扩增其线粒体DNA（mtDNA）的细胞色素b基因（cytb）,测定5’端485bp的核苷酸序列,并采用Dnaman软件进行分析,结果表明：供试22个柞蚕品种可分成2组,2组之间只在294bp处有一个差异位点。从GenBank中调取柞蚕豫早1号品种Cyt b基因的5’端相应序列（AY242996）,与本试验测得的柞蚕青黄1号和青6号对应的核苷酸序列进行了同源性比较。结果表明：青黄1号和青6号的同源性达99．8％,青黄1号和豫早l号的同源性达98．6％,青6号和柞早1号的同源性达98．8％。可见,不同柞蚕品种的表型虽然不同,但在cytb基因水平上其核苷酸序列的组成却是高度一致。供试品种间的亲缘关系很近,同源性较高。     

基于mtDNA Cyt b序列变异探究柴达木黄牛的母系遗传多样性及遗传背景

为探究柴达木黄牛的母系遗传多样性及遗传背景,本研究随机选取柴达木黄牛5个主产区268个个体,通过PCR方法和直接测序技术得到其mtDNA Cyt b基因全序列,使用生物信息学软件分析其遗传多样性、分化及母系起源,进而在分子水平上揭示其母系遗传多样性水平、分化程度及母系遗传背景。结果表明：柴达木黄牛Cyt b基因核苷酸序列长度为1 140 bp,比对分析共检测到29个核苷酸多态位点,其中单一多态位点4个,简约信息位点25个;依据序列间核苷酸变异共确定了12种单倍型,其中优势单倍型为H2,品种单倍型多样度为0.588 2±0.030 0,核苷酸多样度为0.004 0±0.002 2,表明柴达木黄牛具有较丰富的母系遗传多样性。柴达木黄牛品种内5个群体间分化指数Fst值在-0.010 4～0.161 8,提示品种内群体间分化程度存在差异,其中格尔木群体与乌兰群体间分化程度最大(Fst=0.161 8),大柴旦群体和茫崖群体间的分化程度最小(Fst=-0.010 4)。基于UPGMA法的品种内群体间聚类关系表明,柴达木黄牛品种内5个群体可聚为2类,其中格尔木群体与都兰群体最先聚在一起,大柴旦群体...     

利用ITS序列探讨谷精草属5个种的系统发育

以谷精草属(Eriocaulon)的尼泊尔谷精草（Eriocaulon nepalense）、白药谷精草（E. cinereum）、高山谷精草（E. alperstre）、华南谷精草（E. sexangulare）、南亚谷精草（E. oryzetorum）等5个种为研究对象，通过PCR扩增技术获得了谷精草属5个种的内转录间隔区序列，并对ITS序列进行分析. 结果发现，供试谷精草属植物的ITS区长度并不完全一致，其ITS1的长度范围为171～306 bp，G+C含量为38.24%～55.04%；ITS2的长度范围为184～288 bp，G+C含量为 36.46%～57.02%. 在此基础上，采用Clustal W version 1.7对所得的ITS序列进行排序与分析，以灯心草属（Juncus）的一个种J. dregeanus为外类群，并使用PAUP 4.0 10 b软件采用最大简约法分析获得最简约的系统发育树. 结果表明，在检测的ITS序列的738个位点中稳定位点174个、变异位点564个 (包括276个信息位点). 另外，从发育树上平行分出两个大的总分支，其中E. nepalense、E. oryzetorum、E. alpestre和E. cinereum（云南宣威）为一支；E. sexangulare为一支. 上述二个分支与外类群聚在一起，bootstrap值为100％.      

两种鼠蛲虫线粒体cytb基因的种间及种内序列变异研究

首次研究了小鼠四翼无刺线虫和隐管状线虫在线粒体细胞色素b(cytb)基因部分序列的种间及种内变异.从甘肃兰州地区LY和LS两个实验动物中心的小鼠肠道内收集了41个蛲虫样品(LY1-20、LS1-21),PCR扩增其cytb基因部分序列,经测序和序列分析结果发现:四翼无刺线虫cytb有效序列为531bp,而隐管状线虫有效序列为567bp.用软件ClustalX1.83截取两种鼠蛲虫cytb基因长度共同的序列,比对后发现无种内差异,但种间差异高达31.51%.研究结果初步表明,cytb基因序列在鼠蛲虫种内较保守,但种间存在较高的变异率,可作为两种常见鼠蛲虫种间分子鉴定的遗传标记.     

关中奶山羊线粒体Cyt b基因遗传多样性研究

测定了关中奶山羊品种10个个体的细胞色素b基因全序列(1 140bp),比较分析了群体中细胞色素b基因的碱基组成和序列间碱基的变异情况,结果表明:在该品种(群体)中细胞色素b基因序列中10个变异位点上观察到17次T-C间的碱基转换,除了有1次T-C间碱基转换发生在密码子第1位点以外,其余的16次碱基转换都发生在密码子第3位点,均为同义突变;观察到5种单倍型,单倍型多样度为0.756。并以绵羊为外群构建系统发生树(NJ树),结果显示:关中奶山羊有2个母系起源,其中支系A占90%(9/10),支系B占10%(1/10)。     

利用Cyt b基因序列研究翘嘴红鲌的系统发生

线粒体细胞色素b基因序列分析可显示种间及种内遗传差异,广泛用于种类鉴定和系统发生研究。为了阐明翘嘴红鲌与其他鳊亚科鱼类的亲缘关系,扩增并测定了翘嘴红鲌的414bp细胞色素b基因片段序列。所获序列与4种鳊亚科鱼类细胞色素b基因的相应序列进行比较,发现共有61个多态性核苷酸位点（14．73％）,大多数位点出现在密码子的第3位且主要为碱基转换。翘嘴红鲌与鳊之间的序列同源性最高,为93．48％,与广东鲂、三角鲂和团头鲂的序列同源性则分别为90．58％,90．82％,91．30％。以鲤为外群,分别利用MP法和NJ法分析上述序列数据,获得相似的系统发生树。该结果显示,翘嘴红鲌和鳊聚为1个支系,广东鲂、三角鲂以及团头鲂则聚为另1个支系,说明翘嘴红鲌与鳊的亲缘关系较近,而与广东鲂、三角鲂及团头鲂的亲缘关系则较远。     

基于Cytb基因序列的拟硬刺高原鳅遗传多样性研究

[目的]探究拟硬刺高原鳅种群的遗传多样性和分化程度。[方法]采用聚合酶链式反应（PCR）和直接测序方法获得拟硬刺高原鳅线粒体DNA（mtDNA）细胞色素b（Cytb）基因的全序列。[结果]拟硬刺高原鳅3个种群共58个个体均获得Cytb基因的全长序列（1 140 bp）,共定义了20个单倍型,拟硬刺高原鳅宝库河种群遗传多样性低于黄河种群。[结论]拟硬刺高原鳅黄河种群和宝库河种群间存在显著的分化,建议在实践中将2种群分开管理和保护,以达到保护种群遗传多样性的目的。     

贵州麻羊mtDNA Cytb基因遗传多样性分析

对贵州麻羊13个个体线粒体DNA细胞色素b基因全序列进行直接测序比对。结果表明,山羊线粒体细胞色素b基因全长为1140bp,T、C、A和G碱基的平均含量分别为26．8％、28．2％、31．9％和13．1％,碱基组成的百分比中显示出G的相对缺乏,A＋T含量（58．7％）比G＋C（41．3％）含量高;总共发现6个变异位点,分别为174、576、594、721、852、1068;观察到3种单倍型;构建了16个山羊个体的N-J树,显示贵州黔北麻羊存在2个母系起源。     

江苏山羊品种细胞色素b基因(Cyt b)变异特点及其系统地位分析

测定了江苏山羊品种的细胞色素b基因全序列1 140 bp,并引用10个山羊品种(群体)细胞色素b基因全序列进行比较,分析碱基组成和变异情况以及核苷酸序列差异.以绵羊为外群,分别采用邻近法、最大简约法和最大似然法构建分子系统树,得到的拓扑结构一致,初步提示了江苏山羊品种的系统进化关系:长江三角洲白山羊和黄淮山羊的亲缘关系较近,可能来自同一个母系;它们与日本山羊可能在较早的世代具有共同的祖先.本研究结果也支持将东亚、南亚和东南亚固有山羊群体划分为"东亚"和"南亚"两大亲缘系统的观点.     

海子水牛Cyt b基因序列分析

测定了18头海子水牛细胞色素b(Cyt b)基因全序列(1 140 bp)并对其进行了分析。Cyt b基因1 140个位点中,共发现10个可变位点,均为转换,其中1个位点引起氨基酸更换替代,其余可变位点均为同义替换。序列分析表明,海子水牛Cyt b基因表现出明显的碱基组成偏倚和密码子使用偏倚。研究发现,海子水牛终止密码子包括AGA和AGG两种,其中AGG为牛亚科动物Cyt b基因的终止密码子之一是国内外首次报道。18条Cyt b基因序列共定义了4种单倍型,单倍型多样性(Hd)为0.527,核苷酸多样性(Pi)为0.004 63,表明海子水牛的遗传多样度较高,推测海子水牛可能存在两种甚至更多不同的母系起源。     

雷琼牛Cyt b基因序列分析及其分子系统发生探讨

通过对20头雷琼牛(Bos indicus)细胞色素b(Cyt b)基因序列(1 140 bp)的比对和分析,共发现7个变异位点,定义了6种单倍型。经与GenBank上6个牛种的Cyt b基因序列进行比较,分析其碱基组成和核苷酸序列变异,计算不同牛种间的kimura双参数遗传距离。以亚洲水牛(Bubalusbubalis)为外群,应用邻接法构建牛属动物分子系统发育树。结果表明:雷琼牛与印度瘤牛(Bos indicus)一样同属于典型的瘤牛,但两者有明显的区别,推测中国可能是世界瘤牛的发源地之一,不支持雷琼牛含有爪哇牛(Bos javanicus)血统的观点。