尖孢镰刀菌致病性菌株遗传多样性的ISSR分析

致病性尖孢镰刀菌（Fusarium oxysporum）是一种世界性分布的作物土传病原真菌,为明确其不同寄主及专化型菌株遗传差异性和亲缘关系,利用ISSR分子标记技术对来源于不同寄主（专化型）及地理分布的43个菌株进行了遗传多样性分析。结果表明,供试的15条引物通过ISSR-PCR 扩增,共扩增出147条条带,其中多态性条带为144条,平均多态性条带达98.0％。43个菌株的聚类结果表明,各菌株间的遗传相似系数为0.67～0.97,且遗传多样性与其寄主和地理来源没有明显的相关性。进一步将供试菌株中葫芦科与茄科作物尖孢镰刀菌分别进行聚类分析,当遗传相似系数为0.84时,16个葫芦科的菌株可分为6个ISSR类群;当遗传相似系数为0.77时,16个茄科的菌株亦可分为6个ISSR类群;且均表现为相同寄主或专化型菌株因地理来源不同,被归属于不同的ISSR类群,说明寄主或专化型相同的菌株与地理来源存在一定的相关性。     

不同化性亚洲玉米螟遗传多样性的AFLP分析

从50对AFLP引物中筛选出9对多态性高、扩增稳定、重复性好的引物,对敦化一化型、洮南二化型和公主岭二化型3个地理种群共24个个体进行遗传多样性分析,研究不同化性亚洲玉米螟间的遗传关系。结果表明,9对引物共扩增出1 127条清晰可辨的DNA条带,其中多态性条带1 029条,平均多态性比例为91.30%;亚洲玉米螟不同种群个体间遗传相似性指数分布在0.430 7～0.667 5之间;同一种群内个体间的遗传相似性指数敦化一化型为0.439 9～0.524 0,洮南二化型为0.487 8～0.667 5,公主岭二化型为0.459 7～0.563 9,遗传相似性较低,表明亚洲玉米螟遗传多样性十分丰富。聚类分析结果表明,供试的24个亚洲玉米螟聚成两大类,敦化一化型聚为一类,洮南二化型和公主岭二化型聚为一类。     

广东地区野生狗牙根遗传多样性的ISSR分析

应用ISSR标记,对广东地区30份野生狗牙根进行遗传多样性研究。从50个ISSR引物中筛选出15个多态性明显、反应稳定的引物,共扩增出151条谱带,平均每个引物能扩增出10.07条带,其中多态性条带总数为142条,多态性条带比率达93.7%。材料间遗传相似系数GS=0.58278～0.92715。基于遗传相似系数,利用UPGMA聚类分析表明,供试材料可聚为4类。POPGENE分析软件结果表明,平均Shannon信息指数I=0.5689,平均Nei's基因多样性h=0.3813,每位点平均有效等位基因数ne=1.6196。     

贵州省白术白绢病菌遗传多样性评价

为研究贵州白绢病菌株间的亲缘关系,对采自贵州省贵阳、遵义等5个市(州)郊不同发病地的20株白术白绢病菌进行随机多态性扩增,根据引物扩增的DNA指纹图谱,运用UPGMA法分析其遗传多样性。116条引物中筛选出12条引物,获得了较为清晰的扩增谱带,共获得DNA指纹图带64条,其中多态性条带44条,多态性检测率为68.75%,菌株间相似性系数为0.56～0.98。以遗传相似系数0.79为阈值,供试菌株被划分为3个遗传聚类组(Ⅰ/Ⅱ/Ⅲ)。除部分相同地理来源(毕节)的菌株被划分为同一组外,其它不同菌株间的遗传相似性与地理来源直接相关性并不明显。     

海南龙血树种质遗传多样性的ISSR分析

应用ISSR标记,对96份海南龙血树种质的遗传多样性进行研究。从100个ISSR引物中筛选出10个多态性明显、反应稳定的引物,共扩增出134条谱带,平均每个引物能扩增出13.4条带,多态性条带比率达99.25%。材料间遗传相似系数为0.589 6～0.985 1,POPGENE结果分析表明,平均Shannon信息指数(I)为0.370 2,平均Nei’s基因多样性(H)为0.232 1,每位点平均有效等位基因(NE)为1.369 2。用UPGMA法将96份海南龙血树种质分为4大类。     

橡胶树尖孢炭疽菌分子检测及遗传多态性分析

根据GeneBank中Colletotrichum属的20个种的ITS序列,比较设计出1对引物CAF53/CAR356(CAF53 5’-GGG CAG GGG AAG CCT CTC G-3’;CAR356 5’-AGC GGT GCT TGA GGG TTG-3’);该引物可以扩增出1条303 bp的尖孢炭疽菌特异性DNA条带。并利用ISSR和RAPD分子标记技术对从海南、广东、广西和云南等垦区橡胶树上收集的21个尖孢炭疽菌株进行遗传多态性分析,以杧果上分离的尖孢作为参照菌株进行了聚类分析。结果表明,RAPD的平均遗传相似系数为0.8,ISSR的平均遗传相似系数为0.7,2种分子标记的平均遗传相似系数基本一致,均可揭示尖孢炭疽病菌的遗传多态性;2种分子标记产生的聚类分析结果存在一定差异;ISSR和RAPD类群与菌株的地理来源均不存在相关性。     

黑龙江省大豆种质资源遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR分子标记技术对黑龙江省25个大豆品种进行遗传多样性分析.结果表明:从28对随机引物中筛选出9对多态性明显、条带清晰、反应稳定的引物;9对引物共扩增出65条带,其中58条为多态性条带,多态性比率为89.23%;Shannon多样性指数平均为0.4604,每个位点的有效等位基因数为1.5139;25个品种间的遗...     

尖孢镰刀菌胡麻专化型(Fusarium oxysporum f . sp. lini) ISSR标记聚类分析

结合形态学特征和分子生物学方法对我国尖孢镰刀菌胡麻专化型菌株进行鉴定、聚类分析和遗传变异分析。结合传统分类方法和ITS序列分析,确定6省区96株菌株为尖孢镰刀菌。采用ISSR（简单重复序列区间）分子标记技术对这96株菌株进行分析,12条引物共扩增出800个条带,多态性条带数为797条,多态性为99.62%;在相似性系数为0.88处,96株供试菌株被分为5个类群。聚类结果表明,胡麻枯萎病菌种内存在明显的多态性,且ISSR类群与地理来源存在相关性。     

越南、缅甸茶树种质资源遗传多样性ISSR分析

]本研究通过ISSR分子标记技术对17份越南、缅甸茶树资源进行遗传多样性分析.5条ISSR引物共扩增出基因位点45个,多态性基因位点38个,多态性百分比88.44％;平均多态性的基因位点7.6个,其Nei's基因多样性(H)为0.28,Shannon信息指数(I)为0.44;平均遗传相似性为0.704,介于0.489～...     

基于ISSR与ITS-RFLP的花生白绢病菌遗传多样性分析

本研究利用简单重复序列区间（Inter Simple Sequence Repeat,ISSR）和ITS-RFLP技术,对采自我国12个省市的39个花生白绢病菌菌株进行遗传多样性分析。结果表明：从筛选出的17条ISSR引物共扩增出269条DNA谱带,其中多态性谱带266条,平均多态性百分率为98.9%,UPGMA聚类分析将这些菌株分为4个类群。限制性内切酶AluⅠ、RsaⅠ、HpaⅡ和MboⅠ作用内部转录间隔区（Internal Transcribed Spacer,ITS）PCR扩增产物产生的谱带,利用ITS-RFLP分析遗传多样性,将39个菌株划分为7个组群。ISSR和ITS-RFLP的结果均表明花生白绢病菌存在较高的遗传变异,但其遗传相似性与地理来源无明显相关。     

草菇菌株的ISSR遗传差异分析

为了借助分子标记手段对草菇菌株进行鉴别,利用筛选出的9个ISSR引物,对17个草菇菌株基因组DNA进行PCR扩增,对草菇菌株的ISSR遗传差异进行分析。结果显示,ISSR-PCR共扩增出81条清晰的DNA片段,其大小介于200～2 000 bp,其中多态性片段61条。DNA指纹图谱分析结果表明,所有供试草菇菌株间的DNA指纹均存在差异,各菌株间的遗传相似系数在0.63～0.95之间。聚类分析结果表明,17个草菇菌株在遗传相似系数为0.74处可分成5个组群,草菇V11、V23和V365与其它菌株的遗传距离最远。来自同一菌株的2个分离物V26-1和V26-2归在同一组内,且遗传相似系数达0.93。研究结果表明,ISSR分子标记技术可作为草菇菌株鉴别的有效辅助手段。     

新疆小麦白粉病菌群体遗传多样性分析

为了解新疆小麦白粉病菌群体多样性及其间关系,利用ISSR分子标记对2020年喀什、阿克苏、和田、昌吉、塔城共5个地区13个县市小麦白粉病菌群体进行遗传多样性研究。结果表明,喀什、阿克苏、和田、昌吉、塔城小麦白粉病菌群体的遗传距离为0.031 7~0.094 5,塔城与阿克苏群体的遗传距离最近,和田与喀什的遗传距离最远;总体Neis遗传多样性指数为0.257 1,群体Neis内遗传多样性指数为0.217 5,群体内的遗传变异占总体变异的84.60%,表明遗传变异主要来源于群体内。群体间基因流N_m值为2.749 0,表明新疆不同区域群体存在一定的基因交流。Normalized Mantel Statistic分析表明,小麦白粉病菌群体间遗传距离与地理距离相关性不大。     

基于ISSR分子标记的海南凤仙花种群遗传多样性

运用ISSR分子标记技术,分析海南岛石灰岩地区海南凤仙花自然种群的遗传结构,比较3个海拔梯度对种群遗传结构的影响。结果显示,13个ISSR引物的扩增结果显示其多态性位点百分率为97.7%。AMOVA分析表明:海南凤仙花自然种群的变异主要来自种群内(92%),而种群间变异较少(8%);中海拔种群的遗传多样性最为丰富;而高海拔种群的遗传多样性则较低;种群的遗传距离和地理距离表现出显著的高度相关性。说明海拔是影响种群基因流的重要因素,高海拔种群可以向中低海拔种群进行传播花粉和种子等基因流动,而中低海拔种群向高海拔种群进行类似的基因流动则较为困难,海南凤仙花数量较少的主要原因可能来自于其生境的限制。因此在以后的保护工作中要特别注重其生境的保护,避免人为因素的破坏。     

中国节节麦基于ISSR标记的遗传多样性分析

为揭示中国节节麦的遗传多样性并发掘可能具有独特变异的节节麦种质资源,采用ISSR标记对75份中国节节麦的遗传多样性进行分析。结果表明,筛选出的9条ISSR引物共检测得到155个位点,多态性位点(138个)百分率为89.31%。Nei’s多样性指数(He)、Shannon’s信息指数(I)、基因分化系数(Gst)和基因流(Nm)分别为0.273 4、0.415 2、0.138 5和3.11,表明中国节节麦有较高的遗传多样性,群体间有中等程度的遗传分化。基于简单相似系数的UPGMA聚类分析表明,除5份河南和陕西节节麦聚类形成独立的分支Group 2(T078、T102和SC1)和Group 3(SX38和T006)外,绝大多数节节麦均聚类形成较大的分支Group 1,且在Group 1中,除4份节节麦(T002、T023、XJ6和XJ49)外,绝大多数节节麦均依据地理分布分别形成了黄河流域节节麦亚组和新疆节节麦亚组,在遗传距离约0.77处,又可依次分为河南、陕西和新疆节节麦小分支。二维主成分分析、群体的遗传一致度和分子变异分析也表明了类似的结果,同属于黄河流域节节麦亚组的河南、陕西节节麦遗传一致度(S=0.971 8)较高,群体内个体差异是中国节节麦变异的主要原因,但两大亚组和三居群的遗传差异分别占总变异的18.57%和10.38%。可见,不同节节麦的地理分布和生境差异,是导致中国节节麦居群遗传分化的主要原因,而聚类分析中单独形成独立分支Group 2和Group 3的5份黄河流域节节麦,可能是具有独特遗传变异的种质资源。     

The correlation of genetic diversity and geographic distribution of Fusarium graminearum in North part of Iran

Fusarium Head Blight (FHB), caused mainly by Fusarium graminearum, is one of the most notorious diseases in North part of Iran. Due to lack of sufficient information regarding genetic diversity of FHB, the correlation between genetic diversity and geographic distribution of 52 isolates that collected from infected wheat kernels from four main grown region of North part of Iran were analyzed with 10 simple Sequence Repeat (SSR) primers and 15 Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) primers. The un-weighed pair group method using arithmetic means (UPGMA) was used and a dendrogram was constructed based on Jaccard's similarity coefficient. Principal Component Analysis (PCA) of SSR and RAPD markers revealed that the first two factors accounted for 51 and 41% of the total variance, respectively. SSR and RAPD data classified isolates into four and seven groups, respectively. SSR analysis showed that there was a correlation between genetic clusters of isolates and geographical origin in F. graminearum. However, results of cluster analysis using RAPD data didn't show any relation with geographical distribution but the results of this analysis confirmed a genetic variation among all isolates.     

44份香料烟品种ISSR遗传多样性分析

以44份香料烟品种资源为材料,利用ISSR分子标记技术进行了遗传多样性分析.结果表明:100个ISSR引物中可筛选出8个核心引物,在44份香料烟品种中扩增出223个片段,其中209个具多态性.供试香料烟品种的遗传相似系数在0.51～0.96之间,平均为0.79.当相似系数为0.636时,44份香料烟品种可分为两大类,表明44份香料烟品种间的遗传多样性低,急需通过引种及种质创新等手段来丰富香料烟品种的遗传多样性.     

Evaluation of genetic diversity in turmeric (Curcuma longa L.) using RAPD and ISSR markers

Turmeric (Curcuma longa L.) is an industrially important plant used for production of curcumin, oleoresin and essential oil. In the present study we examined the genetic diversity among turmeric accessions from 10 different agro-climatic regions comprising 5 cultivars and 55 accessions. Two DNA-based molecular marker techniques, viz., random amplified polymorphism DNA (RAPD) and inter simple sequence repeat (ISSR) were used to assess the genetic diversity in turmeric genotypes. A total of 17 polymorphic primers (11 RAPDs and 6 ISSRs) were used in this study. RAPD analysis of 60 genotypes yielded 94 fragments of which 75 were polymorphic with an average of 6.83 polymorphic fragments per primer. Number of amplified fragments with RAPD primers ranged from 3 to 13 with the size of amplicons ranging from 230 to 3000 bp in size. The polymorphism ranged from 45 to 100 with an average of 91.4%. The 6 ISSR primers produced 66 bands across 60 genotypes of which 52 were polymorphic with an average of 8.6 polymorphic fragments per primer. The number of amplified bands varied from 1 to 14 with size of amplicons ranging from 200 to 2000 bp. The percentage of polymorphism using ISSR primers ranged from 83 to 100 with an average of 95.4%. Nei's dendrogram for 60 samples using both RAPD and ISSR markers demonstrated an extent of 62% correlation between the genetic similarity and geographical location. The result of Nei's genetic diversity (H) generated from the POP gene analysis shows relatively low genetic diversity in turmeric accessions of South eastern ghat (P7), Western undulating zone (P8) with 0.181 and 0.199 value whereas highest genetic diversity (0.257) has been observed in Western central table land (P9). Knowledge on the genetic diversity of turmeric from different agro-climatic regions can be used to future breeding programs for increased curcumin, oleoresin and essential oil production to meet the ever-increasing demand of turmeric for industrial and pharmaceutical uses.     

云南古茶树(园)遗传多样性的ISSR分析

云南省保存有20多万亩古茶园,这些古茶树（阿萨姆变种Camellia sinensis var. assamica）种质资源可能含有各种优良基因,对未来茶树良种选育有重要意义。本研究采用ISSR分子标记技术对云南省十个有代表性的古茶园遗传多样性进行分析,十个居群的多态位点百分率（P）为56.5%~90.9%;Nei’氏遗传距离（He）居群平均是0.281,阿萨姆变种水平内是0.461;Shannon多样性指数(Ho)居群平均是0.418,阿萨姆变种水平内是0.653。而居群间遗传分化系数Gst=0.391,和Shannon多样性指数分析（36.0%）和AMOVA分析结果（39.7%）相一致,说明阿萨姆变种60.9%的遗传变异来自居群內的个体间,39.1%的遗传变异来自居群间。研究结果揭示阿萨姆变种居群遗传多样性高,居群间遗传变异存在中度的遗传分化,这可能是由于茶树种内高度异交的特性和生境片段化所致。基于观察到的居群遗传信息,建议采取就地保护和迁地保护的保护策略。     

福建中部3个野生蕉自然居群基于NTSYS和STRUCTURE软件的ISSR分析

为进一步完善福建野生蕉遗传背景研究,对采自福建省三明市和福州市的3个野生蕉自然居群共100份叶片样本进行ISSR分析,并结合NTSYS、STRUCTURE和POPGENE等软件,进行居群遗传结构和遗传多样性分析。结果表明:13条引物共扩增获得175个稳定、清晰的条带,平均扩增条带数为13.5个,扩增产物主要介于200~2 000 bp,其中总的多态性条带为158个,居群总多态性条带百分率为90.3%;通过NTSYS和STRUCTUR软件聚类分析发现,岩前、莘口和赤壁野生蕉共100份样本严格按照地理来源划分为3个大组,3个大组可进一步分别划分为3、3和4个亚组;采用POPGENE进行遗传多样性参数分析发现,野生蕉居群总的变异中,群体内变异大于群体间变异,野生蕉居群内存在丰富的基因交流,3个野生蕉居群总体多样性水平较高,从高到低依次为岩前、莘口和赤壁。说明福建野生蕉居群遗传结构具有相对独立的特点,水和人为因素在野生蕉群体演变过程中具有重要影响。