莱芜猪GPx4基因在不同组织中的表达规律研究

为研究GPx4基因mRNA在莱芜猪不同组织中的差异表达规律,探讨该基因与地方猪种抗氧化性能的关系。本研究以5头莱芜猪为实验材料,提取10种组织的总RNA,应用实时荧光定量PCR技术,检测GPx4基因在莱芜猪不同组织的mRNA相对表达量。实时荧光定量PCR研究结果显示:GPx4基因在莱芜猪各组织中均有表达,组织之间的相对表达量存在显著差异(P<0.05);GPx4基因在莱芜猪脑、心、肝、脾等组织高丰度表达,并且极显著地高于其他组织中的表达量(P<0.01)。GPx4基因在不同组织中的表达水平由高到低依次为:肌肉>脊髓、大肠、背膘、小肠>肺,差异显著(P<0.05)。     

狮头鹅AR基因克隆和组织表达

本研究旨在克隆鹅雄激素受体基因（Androgen receptor，AR），并了解其在不同组织中的表达情况.以狮头鹅为试验材料，采集下丘脑和睾丸组织样品，提取RNA逆转录后进行AR基因克隆，并用RACE扩增其cDNA全长序列，其它同采用实时荧光定量PCR的方法检测AR基因在各个组织中的表达情况.结果克隆获得AR基因全长cDNA序列，共得到4个转录本.通过氨基酸序列同源进行分析，发现狮头鹅AR基因在禽类和哺乳类动物中同源性较高，说明该基因在禽类和哺乳类进化保守.荧光定量PCR结果显示AR基因在狮头鹅12个组织中均有表达量，其中在腿肌、胸肌和睾丸表达量较高，表明AR基因可能参与调控狮头鹅公鹅的肌肉生长与繁殖.     

用实时荧光定量RT-PCR方法定量绵羊PrP基因的表达

为快速、准确定量绵羊PrP基因的mRNA,建立了绵羊PrP基因实时荧光定量聚合酶链反应检测方法。根据已报道的绵羊PrP基因序列,设计合成引物;采用RT-PCR方法扩增目的片段;构建标准重组质粒制备标准曲线,用于样品检测。结果发现,中枢神经系统组织PrP基因的表达量(copies/ng总RNA,39420)比外周组织(为7845)的高;在中枢神经系统中,脑干的PrP基因的表达量最高(为67020);外周器官中,淋巴结PrP基因的表达量最高(为29086),肾脏的表达量最低(为125)。建立绵羊PrP基因实时荧光定量PCR方法,对PCR扩增反应中每一个循环的产物进行定量分析,为进一步研究绵羊组织器官的PrP表达在传染性海绵状脑病发生中的作用提供基础数据。     

CAPN1和CAST基因在牦牛不同组织中的表达差异研究

为检测钙蛋白酶基因(CAPN1)和钙蛋白酶抑制基因(CAST)在牦牛心、肝、脾、肺、肾、胃、眼肌、腹肌等不同组织中的表达水平,采用实时荧光定量PCR技术分析这2个基因的表达规律。结果显示,CAPN1和CAST基因在牦牛的8种组织中均有表达,但在不同组织的表达量存在差异。CAPN1基因在眼肌中的表达量最高,其次为腹肌,在肌肉中的表达量显著高于内脏组织,内脏组织中,在肝脏的表达量最高,其次为肾脏,胃中的表达量最低;CAST基因在胃中的表达量最高,其次为眼肌、腹肌,在肾脏中的表达量最低。     

草鱼JAK2基因片段序列的克隆及其组织表达分析

通过实时荧光定量PCR(RT-PCR)法从草鱼肝脏中首次克隆获得草鱼JAK2基因的片段序列。该片段序列长671 bp,编码223个氨基酸,氨基酸序列分析表明草鱼JAK2基因片段与其他物种的相似性在70%～91%之间;系统进化树显示,鱼类的JAK2独立聚成一支,草鱼与斑马鱼聚成一支,与鳜鱼和墨绿凹鼻鲀聚成的一支再聚成一支。实时荧光定量PCR分析表明,草鱼JAK2基因在肝脏、肌肉、脑、心脏、脾脏和肠系膜脂肪组织中均有表达,其中在肝脏组织中表达量最高,显著高于其他组织(P<0.05),其次是肌肉、脑、脾脏和肠系膜脂肪组织,在心脏组织中表达量最低,且显著低于其他组织(P<0.05)。本研究为进一步研究草鱼JAK2基因的结构和功能奠定了基础。研究亮点:JAK2基因在鱼类上的研究报道甚少。本研究首次克隆了草鱼JAK2基因片段序列;且发现JAK2基因在肝脏组织中表达量最高,心脏组织中表达量最低,为草鱼JAK2基因的结构及其信号转导等生理功能的深入研究奠定了基础。     

绵羊胚胎不同发育阶段及其组织中MicroRNA-483-5p表达分析

[目的]研究MicroRNA(miR)483-5p在中国美利奴羊胚胎不同发育阶段肾脏和脐带组织中的表达变化,以了解其在绵羊胚胎发育中的重要作用.[方法]选择中国美利奴羊胚胎不同发育时期(45、85、115和135 d 4个时期)肾脏和脐带组织为研究材料,采用半定量RT-PCR检测第45d绵羊胚胎不同组织中miR483-5p的表达;同时利用实时荧光定量PCR对miR-483-5p在绵羊胚胎不同发育阶段肾脏和脐带组织的表达变化进行实时检测.[结果]miR-483-5p在所检测的绵羊45 d胚胎各组织中广泛表达,其中以肌肉、心脏和肺脏组织表达丰度最高.实时荧光定量PCR结果显示,不同发育阶段绵羊胚胎肾脏和脐带组织miR -483-5p的表达具有明显的时空选择性.脐带组织miR-483-5p随着胚胎发育其表达量呈逐渐下降的趋势;肾脏组织miR-483-5p则是随着胚胎发育在第85 d其表达量下降到最低,其后在115和135 d其表达量又逐渐上升.不同发育阶段胚胎肾脏、脐带组织miR-483-5p的表达量呈显著性差异(P＜0.05).[结论]miR-483-5p在绵羊胚胎不同发育阶段肾脏或脐带组织中表达明显不同,表明其表达具有选择性;依据miR -483-5p表达的差异性及其涉及的生物学功能,推测miR-483-5p在绵羊脐带和肾脏组织中具有一定的调控作用.研究为进一步了解miR-483-5p在胚胎肾脏和脐带发育中的作用机制提供一定的理论依据.     

浙东白鹅GAPDH基因的扩增及其在荧光定量PCR中的应用

三磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH)是一种糖酵解酶,在脊椎动物的所有组织均有稳定的表达,经常作为看家基因来研究基因的表达,本研究分析了鸭GAPDH基因序列,设计了一对引物,利用PCR,RT-PCR技术扩增得到了浙东白鹅的GAPDH基因的DNA序列为235 bp,mRNA序列为209 bp,作为参比基因应用于荧光定量PCR来研究目标基因的表达,目标基因在mRNA水平上的表达量可通过参比基因校正cDNA加入量的不同来研究,荧光定量PCR显示了以cDNA为模板,此引物扩增时Ct具有单一的溶解曲线,说明其表达稳定,可以作为参比基因用于浙东白鹅基因的定量表达研究。     

广西三黄鸡PPARγ基因克隆及实时荧光定量PCR的建立

[目的]克隆广西三黄鸡过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARγ)基因,建立该基因的实时荧光定量PCR,为后续开展广西三黄鸡PPARγ基因组织表达谱及品种间表达差异研究奠定基础.[方法]根据GenBank已公布的鸡PPARγ基因序列保守区域,用Oligo 6.0软件设计合成1对引物,以广西三黄鸡脂肪总RNA为模板,用RT-PCR从广西三黄鸡克隆PPARγ基因.以携带PPAR γ基因片段的重组质粒为标准品,建立基于SYBR Green Ⅰ染料法的实时荧光定量PCR标准曲线.[结果]广西三黄鸡PPARγ基因的编码区序列(CDS)长1428 bp,编码475个氨基酸;与GenBank已公布的鸡PPARγ基因(AF163811)参考序列比对,其同源性为99.7%,存在4个位点碱基突变,但均为无义突变.广西三黄鸡PPARγ基因的实时荧光定量PCR标准曲线方程为:y=-3.568x+28.50,扩增效率为1.907,实时荧光定量PCR扩增产物的溶解曲线峰单一.[结论]鸡PPARγ基因在进化中比较保守;建立的广西三黄鸡PPARγ基因实时荧光定量PCR是可行的.     

‘黑羽番鸭’肌肉发育中A-FABP、CAPN1基因的mRNA表达规律

采用实时荧光定量PCR技术检测了A-FABP和CAPN1基因在‘黑羽番鸭’肌肉生长发育过程中mRNA表达规律.结果显示:在胸肌中,A-FABP基因在2周龄时表达最高;在腿肌中,A-FABP基因在8周龄时表达量最高.在胸肌、腿肌组织中A-FABP基因mRNA的表达量大致为2~4周龄下降,4~8周龄上升,8~13周龄再次出现下降,公母鸭的变化趋势一致.在胸肌、腿肌中,CAPN1基因在2周龄时表达量最高.在胸肌组织中,CAPN1基因mRNA的表达量在2~10周龄之间下降,10~13周龄上升.在腿肌组织中,CAPN1基因mRNA的表达量先下降,后上升,最后再次下降.     

奶牛GPR109A基因SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法的建立

[目的]建立奶牛G蛋白偶联受体109A基因(GPR 109A)的实时荧光定量PCR检测方法,为开展奶牛产后脂类代谢紊乱及酮病发生机理研究奠定基础.[方法]根据GenBank中奶牛GPR 109A基因和卢-actin基因(内参基因)的mRNA保守序列设计合成两对引物,以奶牛肝脏组织cDNA为模板,PCR扩增目的基因后与载体连接构建重组质粒,以SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR进行扩增,绘制标准曲线,并对其特异性、敏感性、重复性等进行检验.[结果]GPR109A基因和β-actin基因的实时荧光定量PCR标准曲线方程分别为y=-3.309x+10.92(R2=0.9985)和y=-3.289x+9.794(R2 2=0.9997),扩增效率分别为101.0％和100.0％.特异性试验结果显示,GPR 109A基因和β-actin基因的溶解曲线峰单一,无引物二聚体和非特异性扩增产物生成;敏感性试验结果显示,线性扩增范围广,可检测到1.8×102个拷贝的GPR109A基因;重复性试验结果显示,各扩增反应的变异系数(CV)小于或等于1.7％.[结论]基于GPR109A基因建立的SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR具有操作简便、敏感性高、特异性强和重复性好等特点,可用于牛源性GPR109A基因表达量的快速检测和定量分析.     

牙鲆kiss2基因的分子鉴定及表达分析

为克隆与牙鲆生殖相关的神经内分泌因子kiss2基因,并检测该基因在牙鲆成体不同组织及早期不同发育阶段的表达变化,本研究采用Trizol法提取牙鲆成鱼各组织及早期不同发育阶段样品总RNA;参照其他物种的kiss2 c DNA序列,设计并合成kiss2引物进行PCR扩增;运用实时荧光定量PCR检测kiss2基因在牙鲆成鱼各组织及早期不同发育阶段的表达情况。结果成功地获得长度为449 bp的牙鲆kiss2 c DNA序列,其中编码区序列为366 bp,编码121个氨基酸。在该序列中发现了高度保守的"FNYNPLTLRF"序列,此序列可以调节促性腺激素释放激素和黄体生成素的合成与释放。定量PCR结果显示,牙鲆kiss2基因在脑组织中的表达量最高,在卵巢和精巢中也均有表达;牙鲆kiss2基因在胚胎阶段表达量相对较低,而在孵化后第7 d其表达量显著增高,且在孵化后的第29 d达到高峰。说明牙鲆kiss2基因具有明显的时期和组织差异性表达,其在牙鲆脑中的丰富表达及在精巢和卵巢中的表达表明该基因可能在牙鲆神经系统与生殖中发挥重要作用。     

实时荧光定量PCR检测猪源Mx1方法的建立及应用

根据GenBank中的猪源抗病毒蛋白Mx1基因(poMx1)序列设计1对特异性引物,从Mx1基因全长片段中扩增和克隆了特异性的115 bp核苷酸片段。测序鉴定正确后将重组质粒进行定量并10倍倍比稀释作为扩增模板,通过SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法,建立Mx1的标准曲线及回归方程。结果显示:该标准曲线的回归方程为Y=-2.986 3 lg X+38.239 3(R2=0.998 5),灵敏度为1×102μL-1;应用该方法对猪瘟兔化弱毒苗接种猪肾细胞(PK-15)后产生的poMx1 mRNA进行定量分析,发现病毒感染细胞4 h后,poMx1的表达量最高(P<0.01),然后随着时间的增加而缓慢减少。结论:建立的SYBRGreenⅠ实时荧光定量PCR方法可以检测poMx1 mRNA的表达水平。     

水稻OsCKX2基因表达实时荧光定量PCR检测技术的建立

从水稻花序分生组织总RNA中逆转录扩增总cDNA,PCR扩增OsCKX2基因中设计的目的片段,将纯化的目的片段克隆到pMD19-TSimple载体中,PCR鉴定并测序分析,制备成荧光定量PCR梯度浓度质粒标准品。对重组质粒进行实时荧光定量PCR实验。标准曲线结果表明,建立的OsCKX2基因mRNA表达实时荧光定量PCR检测方法,特异性好,灵敏度高,可达102拷贝;线性范围广,可达1.0×102~1.0×107拷贝;扩增效率高(E=95.9%);稳定性、重复性好,可靠性高,批内和批间变异系数(CV)仅为:0.14%~0.29%和0.16%~0.35%;循环阈值与PCR体系中起始模板量的对数值之间有着良好的线性关系(r=1.000),可对OsCKX2基因表达进行准确实时定量。一个基于TaqMan实时荧光定量RT-PCR技术,定量分析控制水稻谷粒数关键基因之一OsCKX2转录水平的技术体系被成功建立。该技术体系重组质粒标准品的制备方法具有很强的实用性;对基因OsCKX2的表达实时定量准确、可靠、便捷。     

GnIH基因在小鼠各个组织中的表达

为了更深入地了解促性腺激素抑制激素(Gonadotropin-inhibitory hormone,GnIH)在动物体内的作用,本实验通过普通PCR和荧光定量PCR方法检验GnIH基因在成年雌性小鼠18个不同组织中的表达。普通PCR结果显示:GnIH基因在小鼠18个组织中均有表达,且在延髓和卵巢中表达量较高;荧光定量PCR结果表明:GnIH基因在卵巢中表达最高,其次是延髓、输卵管、脊髓、下丘脑和脑桥中表达量较高,在松果体、心、肝、脾、肺和肾等内脏中表达量相对较低,提示GnIH可能对小鼠生殖及内分泌活动有重要作用。     

奶牛GPR109A基因SYBR GreenI实时荧光定量PCR检测方法的建立

【目的】建立奶牛G蛋白偶联受体109A基因(GPR109A)的实时荧光定量PCR检测方法,为开展奶牛产后脂类代谢紊乱及酮病发生机理研究奠定基础。【方法】根据Gen Bank中奶牛GPR109A基因和β-actin基因(内参基因)的m RNA保守序列设计合成两对引物,以奶牛肝脏组织c DNA为模板,PCR扩增目的基因后与载体连接构建重组质粒,以SYBR Green I实时荧光定量PCR进行扩增,绘制标准曲线,并对其特异性、敏感性、重复性等进行检验。【结果】GPR109A基因和β-actin基因的实时荧光定量PCR标准曲线方程分别为y=-3.309x+10.92(R2=0.9985)和y=-3.289x+9.794(R2=0.9997),扩增效率分别为101.0%和100.0%。特异性试验结果显示,GPR109A基因和β-actin基因的溶解曲线峰单一,无引物二聚体和非特异性扩增产物生成;敏感性试验结果显示,线性扩增范围广,可检测到1.8×102个拷贝的GPR109A基因;重复性试验结果显示,各扩增反应的变异系数(CV)小于或等于1.7%。【结论】基于GPR109A基因建立的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR具有操作简便、敏感性高、特异性强和重复性好等特点,可用于牛源性GPR109A基因表达量的快速检测和定量分析。     

米蛾β-actin基因cDNA片段的克隆及表达量检测

为克隆米蛾[Corcyra cephalonica(Stainton)]β-actin基因cDNA片段,建立米蛾β-actin基因实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法,并评估其在实时荧光定量研究中作为内参基因的可靠性,利用反转录PCR(RT-PCR)技术克隆获得米蛾β-actin基因cDNA片段,采用SYBR GreenⅠ染料法建立qRT-PCR方法,检测在米蛾卵、幼虫、蛹和成虫4个虫态中β-actin基因的表达量。获得了长为822bp的米蛾β-actin基因片段(Gen Bank accession:KJ599569),编码273个氨基酸残基;荧光定量标准曲线的Ct值检测范围为13~28,扩增效率为90.1%,相关系数R~2=0.992,溶解曲线分析结果显示产物为特异的单峰,其Tm值为(84±0.5)℃,符合定量要求;实时荧光定量结果表明,β-actin基因在米蛾不同发育历期中的表达水平无显著性差异(p0.05)。成功建立了米蛾β-actin基因qRT-PCR方法 ,β-actin基因可以作为米蛾基因表达定量研究中的可靠内参基因。研究结果为β-actin作内参基因进行米蛾功能基因表达差异研究奠定了分子基础。     

番鸭硬酯酰辅酶A去饱和酶1基因克隆、序列分析及填饲对其表达的影响

研究旨在克隆番鸭硬酯酰辅酶A去饱和酶1(SCD1)基因,并探讨该基因组织特异性表达规律以及填饲对其表达的影响。试验以番鸭为材料,采用RT-PCR方法从番鸭肝脏中扩增出SCD1基因完整CDS区域,并采用相关分子生物学软件对所获得的基因片段进行分析,同时利用实时荧光定量PCR方法检测SCD1基因在番鸭12种组织以及填饲不同阶段肝脏和脂肪组织中mRNA表达丰度。结果表明,所扩增的SCD1基因编码完整的开放阅读框,ORF长度为1 083bp,共编码360个氨基酸;与GenBank中禽类的氨基酸同源性在91%~97%之间,与哺乳类动物同源性在80%~90%之间,与鱼类同源性在68%~75%之间。实时荧光定量PCR结果显示SCD1基因在肝脏和腹脂中表达最高,在其他组织中少量表达或未检测到表达。填饲使得番鸭肝脏组织中SCD1基因表达极显著升高,脂肪组织中SCD1基因表达量显著升高,揭示SCD1基因可能在番鸭肥肝形成中起到重要作用。     

中国明对虾卵黄蛋白原mRNA在卵巢和肝胰腺中表达量的实时荧光定量PCR检测

中国明对虾卵黄蛋白原mRNA基因在卵巢和肝胰腺中都有表达。采用实时荧光定量PCR方法测定在卵巢不同发育时期卵巢和肝胰腺这两种组织的卵黄蛋白原mRNA的表达水平,提取组织总RNA,设计特异性引物进行荧光定量PCR扩增,对卵巢发育的各个阶段,卵原细胞增殖期、卵黄发生前期、初级卵黄发生期、次级卵黄发生期和消退期的卵黄蛋白原mRNA表达进行相对定量分析。结果表明:在卵巢中,卵黄蛋白原mRNA在前3个阶段随着卵巢的发育,表达量不断增加,分别为0.04、0.23和1.03,次级卵黄发生期开始减少到0.16,消退期卵黄蛋白原mRNA表达量又增加到1.00。而在肝胰腺,前4个阶段随着卵巢发育,表达量逐步增加,分别为0.01、0.07、0.19、和1.29,至消退期,表达量减少到0.74。研究亮点:使用实时荧光定量的方法,分析了中国明对虾卵黄蛋白原mRNA基因在卵巢发育的不同时期,卵巢和肝胰腺组织中的相对表达水平。选择敏感性和特异性较好的实验方法,在前人定性研究的基础上开始相对定量的研究,清晰地阐述了卵巢和肝胰腺中卵黄蛋白原mRNA基因的表达差异。     

烟夜蛾气味受体OR18基因克隆及组织特异性表达

应用RT-PCR和实时荧光定量PCR技术,从烟夜蛾雄虫触角中克隆气味受体目的基因,分析鉴定了其在烟夜蛾不同组织的特异性表达情况.序列分析结果表明,目的基因为新的烟夜蛾气味受体基因,命名为HassOR18(GenBank登录号:HM750915).该基因阅读框架全长1 197 bp,编码398个氨基酸,推测编码蛋白质的相对分子质量为46.6 kD,等电点为5.82.氨基酸序列比对表明,烟夜蛾气味受体HassOR18与其他夜蛾科昆虫OR18的氨基酸序列一致性均达80％以上.实时荧光定量PCR结果显示,HassOR18仅在雌雄虫触角中和雌虫喙内表达,而且在雄虫触角内的表达量远高于在雌虫触角和喙内的表达量,推测该基因可能参与性信息素的识别.     

奶山羊miRNA-451表达谱分析及靶基因初步鉴定

基于实验室应用高通量测序得到的奶山羊泌乳峰期和干奶期乳腺组织中小RNA结果的基础上,利用实时荧光定量PCR、基因克隆、重组腺病毒以及细胞培养等技术并结合生物信息学的方法,对miRNA-451的表达谱及其靶基因进行了预测与验证分析。miRNA-451在不同组织和不同泌乳时期乳腺组织中的表达量结果显示:miRNA-451在肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、脂肪、卵巢组织表达量都很低,在4个泌乳时期(泌乳前期、泌乳峰期、泌乳末期和干奶期)的变化与泌乳曲线的变化有相似之处,同时在泌乳4个时期有逐渐降低趋势。本研究构建了携带奶山羊miRNA-451前体序列404bp的重组腺病毒载体。双荧光素酶报告检测系统检测结果表明,CAST基因为miRNA-451的靶基因。