猪劳森氏胞内菌TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立

为建立一种快速有效的检测猪劳森氏胞内菌(LI)的方法,本研究根据该菌的天冬氨酸氨裂解酶基因保守序列设计合成一对特异性引物和一条TaqMan探针,建立了定量检测LI的荧光定量PCR方法,并对其进行敏感性、特异性、稳定性试验以及与套氏PCR方法的比较试验.结果表明,标准曲线的循环阈值与模板浓度呈现良好的线性关系,相关系数为0.998507;该方法对其他病原体的检测无特异性荧光信号;而且该方法灵敏度高于套式PCR方法.本研究为猪LI的检测提供了一种特异、敏感、快速的定量检测方法.     

同时检测鸭疫里默氏菌和大肠杆菌的环介导间接PCR方法的建立

为建立同时检测鸭疫里默氏菌和大肠杆菌的环介导间接PCR方法,本研究根据鸭疫里默氏菌外膜蛋白A基因和大肠杆菌的gapA基因的保守序列设计两对特异性探针,分别标记于猪线粒体基因片段的两端形成两种不同的捕获探针,将捕获探针与待检测菌的基因组杂交、补平缺口、环化后,采用1对引物反向扩增捕获探针,建立检测鸭疫里默氏菌和大肠杆菌的环介导间接PCR方法,扩增片段分别为540 bp和328 bp,本研究建立的方法对金黄色葡萄球菌、禽多杀性巴氏杆菌、沙门氏菌的检测结果为阴性;能够检测出10 pg的鸭疫里默氏菌和大肠杆菌的基因组DNA,与常规PCR的符合率为100%。本研究建立的环介导间接PCR方法是一种特异性好、灵敏度高的快速病原学诊断方法,为同时检测鸭疫里默氏菌和大肠杆菌提供了一种可行的方法。     

基于胞内劳森菌16S rDNA基因的TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立与应用

参考GenBank发表的胞内劳森菌(Lawsonia intracellularis,L.intracellularis)基因组16SrDNA序列,设计1对特异性引物和1条TaqMan探针,以L.intracellularis疫苗核酸为模板,建立L.intracellularis TaqMan实时荧光定量PCR检测方法。对该检测法制作了标准曲线,并进行了特异性、敏感性和重复性试验,并将其应用于猪增生性肠炎诊断。结果表明,所建立的TaqMan实时荧光定量方法特异性强,仅对含有L.intracellularis扩增出S型荧光曲线,而对大肠杆菌、沙门菌、金黄色葡萄球菌、副猪嗜血杆菌等均无扩增;该方法在1.2×102¹.2×108 copies/μL有良好的线性关系,相关系数为0.972;最低检测浓度为10copies/μL,重复性良好。对79份临床样品检测表明,该方法灵敏度高于普通PCR方法,可用于猪增生性肠炎的临床诊断。     

饲粮纤维水平对金华猪生长性能、盲肠菌群结构和短链脂肪酸含量的影响

本试验旨在研究不同饲粮纤维水平对金华猪生长性能、盲肠菌群结构和短链脂肪酸(SCFA)含量的影响。试验选取45头平均体重为54.27 kg的健康金华猪,随机分为低纤维组(LF组)、中纤维组(MF组)和高纤维组(HF组),每组5个重复,每个重复3头猪。LF组饲喂基础饲粮,MF组和HF组分别在基础饲粮中添加7.5%和15.0%苜蓿粉;LF组、MF组和HF组饲粮中的纤维水平分别为3.86%、4.55%和5.92%。试验期60 d。试验结束后,每个重复选取1头接近平均体重的猪进行屠宰,取盲肠内容物用于提取微生物基因组DNA,采用实时荧光定量PCR对特定的微生物类群进行定量分析,同时采用高通量测序分析菌群结构,并测定SCFA含量。结果表明:1)金华猪体重随着饲粮纤维水平的升高呈现上升的趋势(P0.05),平均日增重显著升高(P0.05)。2)金华猪盲肠中的优势菌门是厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、软壁菌门(Tenericutes)和变形菌门(Proteobacteria),占90%以上,其中拟杆菌门相对丰度随饲粮纤维水平升高而显著升高(P0.05)。3)在属水平上,优势菌属分别是拟杆菌目S24-7菌属(Bacteroidales S24-7 group norank)、拟普雷沃氏菌属(Alloprevotella)、普雷沃氏菌科UCG-003菌属(Prevotellaceae UCG-003)、毛螺菌科XPB1014菌属(Lachnospiraceae XPB1014group)和瘤胃球菌科UCG-005菌属(Ruminococcaceae UCG-005)等。其中,拟杆菌目S24-7菌属和拟普雷沃氏菌属的相对丰度随着饲粮纤维水平的升高而升高(P0.05)。4)与LF组相比,HF组金华猪盲肠中乳酸杆菌、梭菌群Ⅰ以及丁酰辅酶A乙酸辅酶A转移酶基因丰度显著升高(P0.05),丁酸和总SCFA含量也显著升高(P0.05)。由此可见,适当提高饲粮纤维水平可提高金华猪盲肠中拟杆菌目S24-7菌属、拟普雷沃氏菌属相对丰度以及菌群发酵产丁酸关键酶丁酰辅酶A乙酸辅酶A转移酶基因丰度,从而提高盲肠中丁酸及总SCFA的含量,最终改善金华猪的平均日增重。     

实时荧光定量PCR检测布鲁菌方法的建立

旨在建立实时荧光定量PCR检测布鲁菌的方法。经选取高度保守的具布鲁菌属特异性的BSP31基因设计了一对引物及探针,并采用矩阵法优化反应体系,筛选出引物、探针、dNTP和Mg2+最优浓度配比,同时进行了特异性和灵敏性试验,建立了实时荧光定量PCR检测布鲁菌的方法。该方法可用于对布鲁菌病普查监测及进出境动物及其产品的检验检疫。     

三种食源性致病菌多重荧光PCR检测方法的建立

根据沙门氏菌、空肠弯曲杆菌和单核增生李斯特氏菌的保守基因序列,设计特异性引物和以不同荧光素标记的探针。通过对荧光PCR反应体系和反应条件的优化筛选,建立了检测沙门氏菌、空肠弯曲杆菌和单核增生李斯特氏菌的三重荧光PCR检测方法。为了评价所建立的实时PCR检测体系的特异性,试验中选取了阳性菌株及干扰菌株进行特异性验证。同时对梯度稀释的纯化DNA和不同浓度引物探针进行检测以确定方法的灵敏度。结果表明,该方法有效、特异、敏感、稳定,对于动物产品中沙门氏菌、空肠弯曲杆菌和单核增生李斯特氏菌的快速检测具有重要应用价值。     

实时荧光定量PCR检测伪狂犬病病毒方法的建立与初步应用

根据GenBank中猪伪狂犬病病毒(PRV)gE基因的序列(EF552427),利用Premier express设计并合成1对引物和相应的TaqMan探针,从猪伪狂犬病病毒(PRV)感染的细胞中提取DNA,进行PCR扩增.将鉴定正确的gE基因片段克隆入pGEM-T Easy载体中,转化大肠杆菌JM109,经PCR及测序鉴定后得到阳性重组质粒.以该阳性重组质粒为荧光定量PCR标准品模板建立标准曲线.对探针浓度、引物浓度、镁离子浓度和退火温度进行优化,建立了最佳的荧光定量PCR反应体系和扩增程序.经临床应用表明,该荧光定量PCR方法的建立为猪伪狂犬病病毒的早期诊断并定量分析猪伪狂犬病病毒感染程度奠定了基础.     

同时检测水禽3种常见病原菌的环介导间接PCR方法的建立

为建立同时检测大肠杆菌、禽源多杀性巴氏杆菌和鸭疫里默氏菌等水禽常见病原菌的环介导间接PCR方法,根据大肠杆菌的gapA基因、禽源多杀性巴氏杆菌的KMT1基因、鸭疫里默氏菌的OmpA基因序列,分别设计引物、标记于猪线粒体基因片段的两端,制备不同细菌的捕获探针;将捕获探针与待检测菌的基因组杂交、补平缺口、环化。采用1对引物反向扩增捕获探针,建立检测水禽3种常见病原菌的环介导间接PCR方法,扩增片段大小分别为328,422和504bp。沙门菌、金黄色葡萄球菌、小鹅瘟病毒的检测结果为阴性。该方法能检测出100pg的细菌基因组DNA,与常规PCR的符合性为100%。该方法可用于水禽3种常见病原菌的同时检测,是一种特异性好、灵敏度高的快速病原学诊断方法。     

鼠疫一体系双重荧光定量PCR检测方法的建立及评价

本研究根据鼠疫耶尔森氏菌caf1及YPO0392基因,设计特异性的引物和不同荧光标记的TaqMan荧光探针,构建一体系的检测体系,对其敏感性、特异性和稳定性进行评价,并对8份鼠疫阳性及24份阴性DNA样本进行应用评价。结果显示,一体系双重检测鼠疫DNA的敏感度为17.93×10-5 ng/μL;19份鼠疫菌DNA都有扩增,25份非鼠疫菌DNA都未扩增;对8份阳性现场DNA样本进行检测,一体系检测结果均为阳性;对24份阴性DNA样本进行检测,结果均为阴性。结果表明,本研究成功建立了可同时检测鼠疫耶尔森氏菌caf1和YPO0392基因的一体系双重荧光定量PCR方法,具有良好的敏感性与特异性,操作方便并节约成本,能够代替单基因检测方法。     

实时荧光定量PCR快速检测鸭病毒性肠炎标准方法的建立

根据GenBank(登录号:EF417996)中鸭病毒性肠炎病毒U31基因的序列,设计了1对特异性引物及TaqMan探针,扩增片段长度为76 bp.以鸭病毒性肠炎弱毒疫苗株DNA为阳性标准品模板,建立了实时荧光定量PCR检测鸭病毒性肠炎病毒的方法.该方法能在鸭病毒性肠炎病毒DNA样本中检出荧光信号,定量范围为:2.1×109～2.1×100个拷贝数,最小检出量为2.1×100个拷贝;用该方法对人工感染试验的4只鸭组织器官、粪便、血液等样品重复测定3次,病毒模板DNA的检出率为100%,对鸭正常组织、巴氏杆菌、大肠杆菌、沙门菌和鸭病毒性肝炎、鹅源禽流感H5毒株、新城疫、小鹅瘟病毒等DNA检测不出现特异性荧光信号.经过重复性和实际临床样本检验证实,该方法真实可靠,而且从核酸提取到报告检测结果耗时不超过4 h,不仅实现了对鸭病毒性肠炎的快速诊断,也实现了对该病毒DNA由定性到定量的检测.     

锦鲤疱疹病毒荧光定量PCR检测方法的建立

根据锦鲤疱疹病毒(KHV)胸苷激酶(TK)基因的保守序列设计一对引物和相应的TaqMan探针,建立荧光定量PCR方法,用于锦鲤疱疹病毒快速、灵敏、可定量的检测手段。构建并制备实时荧光定量PCR的标准品,对反应体系进行优化,并做特异性,敏感性和重复性试验。结果表明,成功构建荧光定量PCR标准品,建立荧光定量标准曲线,标准曲线的相关系数为0.992,所建立的荧光定量PCR方法特异性强、敏感性高,重复性好。     

Establishment and Application of TaqMan MGB Fluorescent-Quantitative PCR Assay for Detection of Canine Parvovirus

In order to establish a TaqMan MGB fluorescent-quantitative PCR (FQ-PCR) assay for detecting canine parvovirus (CPV) specifically, sensitively and rapidly, a highly sensitive and specific TaqMan MGB FQ-PCR assay was developed using the specific primers and TaqMan MGB probe designed basing on the conservative sequences of VP2 gene of CPV in GenBank. The sensitivity, specificity and repetition assay of FQ-PCR assay were tested, and 46 clinic suspicious CPV infected samples were detected by the FQ-PCR assay in contrast to the routine PCR method. The results indicated that the FQ-PCR was successfully established. The developed FQ-PCR assay was able to detect as little as 1×10¹copies/μL of recombinant pGEX-T/CPV plasmid DNA, and the sensitivity of which was 100 times more than that of the routine PCR. The specificity assay exhibited that positive signals could be obtained from recombinant pGEM-T/CPV plasmid, but not from the genomic DNA or total cDNA of the other 5 kinds of pathogenic microorganism acting as the controls. The repetition tests were carried out by detection repeated 3 times for 3 different concentrations of recombinant pGEX-T/CPV plasmid, and the results indicated that the FQ-PCR was reproducible. Twenty-three positive results from 46 clinic suspicious CPV infected samples were obtained, which showed the better sensitivity than that of the routine PCR, with 19 positive samples from the same 46 suspected samples. The study suggested that the CPV FQ-PCR method was successfully established, and suitable for clinic rapid diagnosing of CPV and early detection of latent infection.     

H3亚型猪流感病毒荧光定量PCR检测方法的建立

通过RT-PCR方法克隆了H3亚型猪流感病毒HA基因一段靶序列,构建重组质粒作为标准阳性模板.根据GenBank中的H3亚型猪流感病毒HA基因保守序列设计了用于FQ-PCR的1对引物和1条TaqMan探针.通过条件优化,以10倍系列稀释的质粒为标准品进行荧光定量PCR扩增,并制作标准曲线,建立了检测H3亚型猪流感的荧光定量PCR方法.结果表明,该方法检测灵敏度可达1.0×100拷贝/μL,线性范围为109～100,达10个数量级;对起始浓度为1.0×109、1.0×108、1.0×107拷贝/μL的标准品的最终实际测得值(Ct)分别为13.68,18.21和20.57;变异系数分别为0.31%、0.17%和0.12%,均小于5%,说明此方法具有良好的准确性和重现性.对阳性组织病料的检测表明,该方法的检测灵敏度高出常规PCR,与套式PCR具有相近的灵敏度.     

一株益生芽孢杆菌Pab02的16S rDNA测序鉴定

利用16S rDNA分析对Pab02芽孢杆菌型益生菌进行系统进化鉴定.首先提取菌株Pab02的基因组DNA,根据不同种属细茵的16S rDNA序列两端的保守性设计通用引物,对茵株Pab02的16S rDNA的进行PCR扩增,并对扩增到的目标片段进行测序.将测序结果与NCBI上已知茵种的16S rDNA序列进行BLAST对比,初步构建系统进化树进行分析,再结合传统的形态观察及生理生化特性综合鉴定.最终确定为枯草芽孢杆菌.     

淮南猪遗传特异性的RAPD分析

试验用150个10碱基随机引物对引入品种杜洛克猪、长白猪、大约克猪及河南地方品种淮南猪4个猪种基因组池DNA进行了RAPD分析。电泳检测结果发现,其中72个引物扩增出明显的多态性条带,共检测到911条扩增片段,其中多态性片段462条,占50.71%。统计分析结果表明,大约克猪与长白猪之间的遗传距离指数为0.0064,遗传关系最近;淮南猪与杜洛克猪、大约克猪遗传距离指数相近,分别为0.0068、0.0069,遗传关系较近;淮南猪与长白猪遗传距离指数为0.0072,遗传关系最远。结果显示,河南省地方品种淮南猪与其他引入品种之间有遗传的相似性,也存在差异,同时也证明了RAPD技术可以作为分子标记,很好地检测猪种群内的遗传变异及区分不同猪种的遗传检测方法。     

鉴别高、低致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒二重实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用

据GenBank登录的高、低致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒（highly and lowly pathogenic porcine reproductive and respiratory syndrome virus,HP/LP-PRRSV）的非结构蛋白2（Nsp2）基因序列设计特异性引物和TaqMan MGB荧光探针,经优化反应条件,建立鉴别HP/LP-PRRSV二重TaqMan MGB实时荧光定量RT-PCR（Real-time fluorescent quantitative RT-PCR）检测方法;对该二重实时荧光定量RT-PCR方法进行了敏感性、特异性和重复性试验;对疑似PRRSV感染临床样品进行了应用检测,同时与建立的HP/LP-PRRSV二重RT-PCR方法进行了对比试验。结果显示,成功建立了鉴别HP/LP-PRRSV的二重实时荧光定量RT-PCR检测方法,HP/LP-PRRSV标准曲线的循环阈值与模板浓度呈良好的线性关系,相关系数分别为0.998和0.997;该方法灵敏度可达10¹拷贝/μL;特异性高,对HP/LP-PRRSV阳性对照扩增呈阳性反应,而对5个对照病原均呈阴性反应;不同浓度的HP/LP-PRRSV重组质粒分别重复扩增3次,重复结果良好;对25份临床疑似PRRSV感染样品进行了应用检测,阳性检出率为92%,较普通二重RT-PCR方法阳性检出率高。     

Development and evaluation of a polymerase chain reaction assay using the 16S rRNA gene for detection of Eperythrozoon suis infection.

The 16S ribosomal RNA (rRNA) gene of Eperythrozoon suis was amplified using gene-specific primers developed from GenBank sequence accession U88565. The gene was subsequently cloned and sequenced. Based on these sequence data, 3 sets of E. suis-specific primers were designed. These primers selectively amplified 1394, 690, and 839 base-pair (bp) fragments of the 16S rRNA gene from DNA of E. suis extracted from the blood of an experimentally infected pig during a parasitemic episode. No polymerase chain reaction (PCR) products were amplified from purified DNA of Haemobartonella felis, Mycoplasma genitalium, or Bartonella bacilliformis using 2 of these primer sets. When the primer set amplifying the 690-bp fragment was used, faint bands were observed with H. felis as the target DNA. No PCR products were amplified from DNA that had been extracted from the blood of a noninfected pig or using PCR reagents without target DNA. The detection limits for E. suis by competitive quantitative PCR were estimated to range from 57 and 800 organisms/assay. This is the first report of the utility of PCR-facilitated diagnosis and quantitation of E. suis based on the 16S rRNA gene. The PCR method developed will be useful in monitoring the progression and significance of E. suis in the disease process in the pig.     

鉴别非洲猪瘟病毒和猪瘟病毒野毒株二重TaqMan MGB实时荧光定量PCR检测方法的建立及初步应用

旨在建立特异、敏感的实时荧光定量PCR（FQ-PCR）方法,用于非洲猪瘟病毒（ASFV）和猪瘟病毒（CSFV）野毒株的快速鉴别检测。针对ASFV的P72基因和CSFV野毒株的5'UTR非编码区序列的保守区域分别设计1对特异性引物和1条探针,经优化反应条件,建立一种基于TaqMan MGB探针技术的FQ-PCR方法,验证方法的敏感性、特异性和稳定性,对50份临床样品进行检测,并与猪瘟国标方法及OIE推荐的非洲猪瘟检测方法进行比较分析。结果显示：建立的鉴别ASFV和CSFV野毒株二重FQ-PCR检测方法在10⁰~10⁶拷贝·μL^-1模板范围内有良好的线性关系;对ASFV和CSFV基因出现阳性扩增信号,但对猪瘟病毒疫苗株、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪伪狂犬病病毒、猪圆环病毒2型、猪细小病毒、猪乙型脑炎病毒、副猪嗜血杆菌等病原对照未出现扩增;批内、批间试验变异系数在1.18%~2.08%,重复性良好;对ASFV和CSFV的最低检测模板浓度均为10拷贝·μL^-1;利用建立的二重FQ-PCR方法对50份临床样品进行检测,检测结果与猪瘟国标方法及OIE推荐的非洲猪瘟检测方法结果完全一致。本研究成功建立了鉴别ASFV和CSFV野毒株二重TaqMan MGB FQ-PCR方法,为ASFV和CSFV野毒株的鉴别诊断提供了快速、敏感、特异且能满足临床检测需求的检测方法。     

猪伪狂犬病病毒TaqMan-MGB荧光定量PCR检测方法的建立及应用

本研究针对猪伪狂犬病病毒的gE基因序列进行分析比较,设计了一条TaqMan-MGB探针,建立了区别野毒株及基因缺失疫苗株的荧光定量PCR检测方法。结果表明,该方法检测猪伪狂犬病病毒特异性强,能很好的区分猪伪狂犬病病毒与其它病毒。用该方法对83份疑似样本进行检测,与常规PCR检测法符合率达到100%,表明该方法用于检测猪伪狂犬病病毒具有良好的实用性。     

苜蓿细菌性萎蔫病菌16S rDNA片段的克隆及序列分析(简报)

利用细菌16S rDNA保守序列通用引物对16sF/16sR对苜蓿细菌性萎蔫病菌的标准菌株(IPQ0019)总DNA进行扩增,得到了大约1.5 kb的片段。将此片段插入到pGEM-T载体并转化进大肠杆菌DH5α菌株中,经PCR鉴定、限制性内切酶分析及核苷酸序列同源性分析均表明克隆成功。该研究为制备苜蓿细菌性萎蔫病菌的DNA分子探针奠定了基础。