DNA条形码技术及其在蚌类保护生物学中的研究

作者对DNA条形码的定义与特征、原理、操作步骤和应用范围等进行了介绍,概括了在物种鉴定中的研究现状,并阐述了该技术在蚌类保护生物学中的应用及前景。     

国际生命条形码计划—DNA Barcoding

中国拥有数目庞大、种类繁多的动植物,也有很多珍贵、濒危生物,这些更是异常宝贵的科学资源。DNA条形码技术的出现可以更好的帮助鉴别这些物种,了解其分支来源,甚至可以预知其进化方向。笔者简述了DNA条形码的技术原理与操作步骤及这项技术的产生与发展情况;简要列出了DNA条形码发展过程中的重要进步与研究相对集中的物种;概述了DNA条形码的应用途径及目前DNA条形码研究中存在的主要问题、矛盾、研究思路与发展方向,并对其发展前景做出展望。     

DNA条形码及其在动物遗传多样性中的应用

DNA条形码技术是现今生物分类学中重要的分子技术之一,其利用线粒体细胞色素C氧化酶亚单位Ⅰ(COⅠ)等基因可以快速准确地鉴定新种和隐存种。COⅠ基因存在于所有动物中,呈母系遗传、比较保守、无内含子、进化速率比较快(是核基因进化速率的2～10倍)、具有明显的碱基偏好性,而且其DNA序列很少存在插入和缺失。DNA条形码技术不仅是生物形态学研究的一个重要补充,而且为研究生物分类与进化开辟了新的途径。本文就DNA条形码技术的技术原理、操作步骤及其在动物分类学及遗传多样性中的应用作一概述,旨在通过对其技术原理了解的同时,掌握其在当代生物分类学中的独特作用、现实意义及局限性,为进一步开展生物分类及进化研究提供思路。     

DNA条形码技术在野生哺乳动物物种鉴定中的可行性

为新疆野生哺乳动物物种鉴定找出最好的方法并建立新疆哺乳动物DNA条形码数据库提供资料,本研究选取新疆野生哺乳动物的肌肉、血液、粪便作为研究材料,运用DNA条形码技术检测野生哺乳动物线粒体DNA COI基因序列。共检测片段长度为642～729 bp的52条COI基因序列,52条COI基因序列通过BLAST网站同源性比较,序列同源性达到98%～100%,相似度达到90%～99%。全部COI基因序列中A、T、C和G的平均含量为26. 3%、30. 3%、26. 0%和17. 4%,A+T的含量(56. 6%)高于C+G含量(43. 4%),有明显的碱基偏倚性。种内遗传距离为0%～2%,种间遗传距离为15%～42%,二者分离度高。邻接法和最小进化法构建的系统发育树,两种方法所得的系统进化树拓扑结构高度一致,分支明显,都分配在单个支上。说明DNA条形码技术可用于新疆野生哺乳动物物种鉴定并弥补其他物种鉴定方法的不足和缺点,在新疆濒危野生动物的管理与保护中有重要意义。     

蜜蜂属生物的物种分子诊断标签:动物DNA条形码

蜜蜂属生物构成了膜翅目昆虫一个代表属,蜜蜂属生物的物种分子诊断标签普遍选用动物DNA条形码;蜜蜂属生物的物种DNA条形码经过生物信息学数据分析,成为动物DNA条形码数据库一组不可或缺的生物样本分类学资源。本文从如下三个方面综述了蜜蜂属生物的物种DNA条形码研究进展,即蜜蜂属生物的物种DNA条形码含义,蜜蜂属生物的物种DNA条形码生物信息学数据分析方法,以及蜜蜂属生物的物种DNA条形码分类学地位。     

基于传统形态分类学和DNA条形码技术确定东方田鼠在贺兰山的新分布

运用传统形态分类学和现代分子系统学两种方法鉴定在内蒙古贺兰山国家级自然保护区内新发现的啮齿动物,通过传统形态分类学初步鉴定为东方田鼠,进一步利用分子系统学中的DNA条形码技术,通过细胞色素b基因(cytochrome b,cytb)序列,构建分析系统进化树。结果表明:所有比较的21种田鼠基因序列的cytb基因,大致可分为3组。本次试验个体与沼泽田鼠的亲缘关系最近,而沼泽田鼠即为东方田鼠的别称。且在NCBI中使用BLAST相似性检索进行物种序列比对,得到了可供最后比较分析的高质量序列各10条,最终发现与之同源性最高的鼠种为东方田鼠,从而确定本研究中物种为东方田鼠。     

DNA条码技术在医学媒介生物鉴定中的应用前景展望

综述了DNA条形码技术在医学媒介生物鉴定中的应用,与其他鉴定技术相比,利用该技术进行物种鉴定具有快速、简便的优点。该技术在今后医学媒介生物鉴定中将得到广泛应用。     

DNA条形码技术在中药领域的应用

DNA条形码技术可对物种进行快速自动鉴定,具有鉴定准确、结果稳定、操作简便、适用广泛等特点,目前在中药领域应用较多。从DNA条形码技术在中药材鉴定、种植、流通、市场监管、中成药鉴定和药用植物种质资源调查等中药领域的多个方面进行综述,并探讨DNA条形码技术在中药领域的优势和不足,以期为DNA条形码技术在中药领域的研究提供新的思路。     

利用DNA条形码对海南特种野猪的鉴定研究

试验旨在探讨以猪的细胞色素氧化酶Ⅰ（cytochrome C oxidase subunitⅠ,COXⅠ）基因的特定区段作为DNA条形码识别海南特种野猪与其他品种的可行性和有效性。以海南特种野猪、海南野猪、屯昌猪、五指山猪及长白猪为研究对象,测定其COXⅠ基因,同时在NCBI中下载已发表的具有地方代表性的13个猪品种的COXⅠ基因序列,分析海南特种野猪与其他品种的遗传多样性、遗传距离,并构建系统进化树。结果发现,猪COXⅠ基因序列长1 419 bp,5个猪品种45个个体COXⅠ基因共检测到67个变异位点,占分析位点的4.7%,其中简约信息位点22个;5个猪品种的种内遗传距离为0.001~0.019,其中海南特种野猪的种内遗传最大,为0.019;5个猪品种的种间遗传距离为0.009~0.123,其中海南特种野猪与长白猪的遗传距离最大,为0.123;海南特种野猪杂交情况比较明显,与海南本地品种五指山猪、屯昌猪和海南野猪都有聚类,与武夷黑猪、三都黑猪、陆川猪位于一个分支,另一部分与大花白猪位于一个分支,与长白猪没有聚类。本试验结果为海南特种野猪的进一步选育提供了参考依据。     

矩镰荚苜蓿与近缘种花苜蓿的DNA条形码筛选

为了筛选适于鉴定易混淆种矩镰荚苜蓿(Medicago archiducis-nicolai)和花苜蓿(M.ruthenica)的DNA条形码,本研究采集了两近缘种的113个样本,对6个候选条形码序列(通用序列rbcL,psbA-trnH,trnL-trnF,trnK-matK,ITS₂和新序列GA3ox1)进行PCR扩增、测序和序列比对,经过barcoding gap分析、wilcoxn检验以及构建NJ系统发育树评价各序列的鉴定能力。结果显示：6条候选序列的扩增和测序成功率在85%以上;rbcL序列在两近缘种间不存在变异位点,其余5条候选序列各有不同的种内变异和种间变异;5条候选序列的种间最小遗传距离均大于种内最大遗传距离,GA3ox1,ITS2和psbA-trnH序列在种内种间存在明显的“Barcoding Gap”区域;在候选序列构建的NJ系统进化树中,利用GA3ox1和psbA-trnH,矩镰荚苜蓿和花苜蓿均能各自形成单系,但trnL-trnF,trnK-matK和ITS2不能将两个近缘种区分开。通过分析,我们推荐使用核编码基因GA3ox1作为鉴定矩镰荚苜蓿...     

利用DNA条形编码探讨云南野柞蚕的分类学地位

2001年在云南曲靖发现的野生柞蚕(云南野柞蚕,A.pernyiwild)拥有一些与放养型柞蚕(A.pernyi)不同的特性。测定了云南野柞蚕线粒体细胞色素酶C亚基I基因5′端的部分片段(658 bp,GenBank:EU532613),并利用该DNA条形编码探讨其分类学地位。基于Kimura-2-Parameter计算的4个放养型柞蚕品种之间的平均遗传距离仅0.003,而云南野柞蚕与放养型柞蚕之间的遗传距离为0.016,小于已确定分类学地位的放养型柞蚕与印度野蚕(A.rolyii)之间的遗传距离(0.028),但与家蚕(B.mori)同其祖先中国野桑蚕(B.mandarinaChina)之间的遗传距离相近(0.015)。NJ树中云南野柞蚕与放养型柞蚕也最先聚在一起,从分子水平证实其仍属于柞蚕种。初步认为,云南野柞蚕可以考虑成为柞蚕种的一个亚种——野柞蚕亚种。     

虾青素的生物学功能及其应用

文章阐述了天然虾青素在抗氧化、着色、医疗保健等方面的重要生物学功能,及其在饲料、食品、医药、化妆品和保健品等领域的应用;所以加强研究与开发虾青素产品和虾青素的应用领域具有非常广阔的前景。     

乌鲁木齐市犬体表寄生蜱形态学及分子生物学鉴定

在乌鲁木齐市多家宠物医院、宠物店、犬舍、流浪犬基地、社区随机选取无明显临床症状的犬共1 054只,采集其体表蜱虫889只,通过形态学鉴定及蜱虫的线粒体16S rDNA基因扩增序列进行分子生物学鉴定.鉴定得到假头基呈六角形的蜱虫,所采集的蜱虫初步鉴定为血红扇头蜱和图兰扇头蜱.发现血红扇头蜱和图兰扇头蜱的16S rDNA基...     

多糖的生物活性及其在动物生产中的应用

多糖具有复杂的、多方面的生物活性和功能,笔者综述了多糖的免疫调节、抗菌、抗病毒、抗氧化等多种生物活性,并对其在家禽、家畜生产及水产养殖中的应用及在应用中存在的问题进行了探讨,旨在为多糖类饲料添加剂的开发利用提供理论参考。     

广州地区草坪线虫初步调查鉴定

为了解广州地区草坪线虫种类的分布情况,从广州市12个不同地点的运动型、观赏型、游憩型草坪和草圃采集草根样品,经贝曼漏斗法分离线虫,用TAF固定液杀死,依甘油慢法制作玻片,采用de Man公式测量计算,按T.Goodey和J.B.Goodey的分类系统进行鉴定,初步鉴定出线虫23种,其中6种为中国地理新记录。这些线虫种类中植物寄生线虫8种、植物病原线虫3种、食肉线虫5种、食菌线虫9种、食腐线虫6种,表明广州地区草坪线虫种类资源丰富,生物习性多样。     

DNA甲基化及其生物学功能

DNA甲基化是一种主要的表观遗传修饰,是调节基因表达的重要手段。作者在介绍了DNA甲基化机制、DNA甲基化的模式、DNA甲基化特点的基础上,重点论述了DNA甲基化发育分化、X染色体失活、基因组印记和杂种优势等方面的作用。     

异黄酮类化合物--大豆黄酮的生物学功能及其在动物生产中的应用

异黄酮类化合物是一种存在于豆科植物中的生物活性物质,具有较弱的雌激素样活性,而大豆黄酮是此类化合物中存在较广、近年来研究也较多的一种。大豆黄酮在畜禽日粮中的应用,能够较显著地促进动物生长、降低饲料成本、提高动物繁殖力和增强机体免疫力等,又因其广泛存在于豆类作物和牧草中,所以研究和开发这类化合物作为新型饲料添加剂将具有较大的潜力和广阔的发展前景。     

鹅的生物学特征及在饲养管理中的应用

本文从五个方面介绍了鹅的生物学特点以及在饲养管理中的应用，合理利用合群性，正确理解草食性，发挥亲水性优势、提高群体生产力，繁殖的季节性决定了市场供应的不均衡性，了解雏鹅敏感性、创造条件提高育成率。     

一株猪源链球菌的分离鉴定及生物学特性研究

从送检的一份疑似链球菌病病死猪病料中分离出1株细菌,通过对分离菌株进行细菌的培养特性、生化试验、玻片凝集试验及PCR分型鉴定,确定为2型猪链球菌,动物致病性试验表明,1×10⁸ CFU/mL的剂量可致死小白鼠,对该分离菌株的毒力因子进行PCR检测发现,溶菌酶释放蛋白(mrp)、胞外因子(ef)和溶血素(sly)均为阳性。此菌的分离鉴定为自家灭活菌苗的制备提供了候选菌株。