64份白辣椒种质资源的遗传多样性分析

白辣椒是浙江省最具区域特色的辣椒类型,了解其遗传多样性是推动白辣椒新品种选育的重要依据。该研究利用Hyper-seq简化基因组测序对国内外收集的64份白辣椒高代自交系进行简化基因组测序,并进行主成分分析、聚类分析及群体结构分析。研究结果发现,在辣椒12条染色体上,共获得3 511 122个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点和922 513个插入缺失标记(insertion-deletion, InDel),平均每条染色体的SNP和InDel变异数量分别为292 593.5和76 876.0。注释结果表明,SNP和InDel主要发生在基因间隔区,数量多达4 000 310,其次为内含子区域,数量为226 301。基于SNPs多样性的聚类分析和群体结构分析均揭示64份地方白辣椒材料可分为2个类群,一个类群包含36份鲜食型白辣椒和1份观赏型白辣椒,另一个类群包含27份观赏型白辣椒。主成分分析中,两个类群分别聚类于PC1和PC2两个不同区域。研究结果揭示了白辣椒种质资源的群体结构和遗传多样性,为今后的白辣椒种质开发和利用奠定基础。     

辣椒种质资源的遗传多样性分析

利用RAPD分子标记技术对90份辣椒种质资源遗传多样性进行分析,从200个RAPD引物中筛选出10个引物分别对供试材料的DNA进行扩增,共扩增出70个位点,其中多态性谱带38条,多态性程度为54.3％.平均每个引物产生7条多态性谱带,每个引物可扩增出4～9条,谱带大小为100～2000 bp.对RAPD结果进行聚类分析...     

275份辣椒种质资源表型性状的遗传多样性分析

为了挖掘能够应用于遗传改良的种质资源,并筛选出优良表现的核心种质资源,为辣椒品种改良创新提供理论依据,以275份辣椒为研究材料,对42个表型性状进行遗传多样性分析、相关性分析、主成分分析以及聚类分析。结果表明：15个数量性状的Shannon-Wiener多样性指数（H’）的变化范围为1.90～2.26,其中叶片长的H’值最高为2.26,其变异系数（coefficient of variation,CV）的变化范围为22.38%～146.09%。以辣椒素含量的变异系数最高为146.09%,变异幅度为48～290231SHU。27个质量性状的Shannon-Wiener多样性指数（H’）的变化范围为0.03～2.81,其中果形有13种分布类型,其频率分布范围为1.87%～31.84%,大多数为灯笼形与羊角形,其遗传多样性指数也是最高为2.81,表明275份辣椒种质的表型性状具有丰富的遗传多样性。相关性分析结果表明,各表型性状间的相关系数中达到显著或极显著的有189对性状,这表明许多表型性状间相互影响。主成分分析结果表明,前13个主成分累加贡献率为68.62%,代表了辣椒表型性状的主要信息量...     

线辣椒种质资源遗传多样性分析

中国线辣椒(C.annuumvar.annuum)是一种特有的辣椒类型,具有丰富的种质资源,但目前对其遗传多样性的研究甚少.本研究采用RAPD和SSR分子标记,对20份辣椒种质资源(其中线辣椒13份,其他辣椒资源7份)的遗传多样性进行鉴定分析,并比较分析了形态特征.结果表明:2种标记均能有效鉴定材料间遗传多样性,其中SSR标记优于RAPD标记.RAPD标记共扩增出218条DNA片段,每个引物平均可扩增出3~10条DNA片段,多态性比率(PPB)为77.1%;材料间遗传相似系数(GS)为0.615~0.905.SSR标记共扩增出153条DNA片段,每对引物平均扩增出2~8条DNA片段,多态性比率(PPB)为82.3%;材料间遗传相似系数(GS)为0.632~0.886.相关性分析表明,RAPD和SSR标记与形态标记的相关系数分别为0.743和0.710,2种标记与形态标记的相关系数为0.658,均达到了显著水平.聚类分析结果显示,大部分具有亲缘关系的资源及形态学、生物学特征相近的资源聚在一类,说明分子标记的聚类分析结果与形态学分类结果具有较好的相符性.     

81份烟草种质资源遗传多样性分析

从250对引物中筛选出64对SSR引物,分析了81份烟草种质资源的遗传多样性。结果表明:64对SSR引物在81份烟草种质材料中共扩增出269个基因位点,观测杂合度(Ho)平均值为0.3545,预期杂合度(He)的平均值为0.5425,Shannon’s信息指数(I=0.997)和Nei’s多样性指数(H=0.5391)较高,遗传分化系数(Fst=0.1454)较高,基因流(Nm=1.4699)较小,遗传相似系数较小(0.53⁰.90)。说明81份烟草种质的遗传多样性较高,居群间的遗传分化水平较高,大部分位点表现出偏离Hardy-Weinberg平衡,杂合度不足,居群间有较小的基因流。     

81份烟草种质资源遗传多样性分析

从250对引物中筛选出64对SSR引物,分析了81份烟草种质资源的遗传多样性。结果表明:64对SSR引物在81份烟草种质材料中共扩增出269个基因位点,观测杂合度(Ho)平均值为0.3545,预期杂合度(He)的平均值为0.5425,Shannon’s信息指数(I=0.997)和Nei’s多样性指数(H=0.5391)较高,遗传分化系数(Fst=0.1454)较高,基因流(Nm=1.4699)较小,遗传相似系数较小(0.53~0.90)。说明81份烟草种质的遗传多样性较高,居群间的遗传分化水平较高,大部分位点表现出偏离Hardy-Weinberg平衡,杂合度不足,居群间有较小的基因流。     

1000份辣椒种质形态学性状的遗传多样性分析

明确辣椒种质的遗传多样性,可为辣椒育种的亲本选配及种质资源评价提供理论依据。本研究对宁夏农林科学院园艺研究所收集的1 000份辣椒种质的19个形态学性状进行数量性状和质量性状的遗传多样性分析、主成分分析和聚类分析,并对开展果实形状、始花节位、辣椒机械采收理想株型等的育种工作进行了讨论。结果表明,1 000份辣椒种质具有丰富的遗传多样性,数量性状的变异系数范围为30.80%～6 199.29%,单果重的变异系数最大;质量性状的遗传多样性指数范围为0.203～2.274,果实形状的遗传多样性指数最大;171对性状形成了相关性,有131对性状的相关系数达到显著水平;前8个主成分的累计贡献率为72.75%,8个主成分主要与果实性状有关;聚类分析将1 000份种质聚为8类,每类的遗传多样性各不相同,可服务于不同的育种目的。本研究采用的辣椒种质份数多达1 000份,遗传多样性丰富,为辣椒品种选育提供了丰富的试材。     

200份陆地棉种质资源的遗传多样性分析

对200份陆地棉种质资源的农艺性状进行鉴定,并开展产量、纤维品质性状的相关性分析、主成分分析和聚类分析,以期为棉花遗传改良研究中的亲本选配提供理论依据.结果表明,在产量性状中,单株结铃数的变异系数最大,其次为籽指;在纤维品质性状中,断裂伸长率的变异系数最大,其次为马克隆值;纤维长度与断裂比强度存在正相关,马克隆值与纤维长度、断裂比强度存在显著负相关;所有材料可分为6个类群.     

辣椒种质资源遗传多样性分析及核心种质构建研究进展

辣椒种质资源是改良辣椒品种的物质条件,构建核心种质能够以最小数量最大限度保存种质资源遗传多样性,为挖掘辣椒优异基因奠定材料基础,对提高杂交种亲本的选配效率进而缩短育种进程具有重要意义。本文从辣椒种质资源收集、评价和遗传多样性分析等方面展开概述,总结了辣椒核心种质构建的研究进展,并提出辣椒核心种质构建存在的问题及展望,为辣椒种质资源的深入研究与高效利用提供理论依据及技术参考。     

219份甜瓜种质资源的遗传多样性分析

以来自国内外的219份甜瓜种质资源为材料,对其进行形态学标记及分子标记的研究。结果发现,果面覆纹形状、果皮底色、果面覆纹颜色等7个质量性状和果实质量、果实长度、果实宽度等14个数量性状遗传多样性指数均≥1,果肉厚度、果肉硬度、种子宽度等7个数量性状变异系数≥50%,表明本研究所用材料间具有广泛的多样性。利用22对核心SSR标记对甜瓜材料的指纹图谱分析显示,每个标记平均可以检测到5.91个基因位点,平均Shannon′s值为1.07,通过分子水平的聚类与群体结构分析,219份材料被明显划分为厚皮、薄皮和野生3种类型。     

90份鳄梨种质资源AFLP遗传多样性分析

【目的】本研究对采自中国云南德宏、保山、西双版纳、普洱、红河和缅甸克钦邦、掸邦地区共90份鳄梨种资资源进行遗传多样性分析,为其新品种选育和种质创新提供参考依据。【方法】采用CTAB法提取鳄梨叶片基因组DNA,利用扩增片段长度多态性分子标记技术,对90份种质资源的基因组DNA进行酶切、连接、预扩增、选择性扩增,电泳分离,银染显色。电泳结果得到"0,1"矩阵,使用POPGENE 32软件计算每对引物的多态性条带、多态性比率、有效等位基因数、遗传多样性指数等指标,同时使用NTSYSpc-2.11F计算种质间遗传相似系数,根据相似性系数进行UPGMA聚类分析和PCA主效应分析,对鳄梨种质资源进行分类。【结果】从24对AFLP引物组合中,筛选出8对扩增条带清晰、多态性高的引物组合,8对引物共扩增出1 165个条带,其中多态性条带有1 163个,多态位点百分率为99.83%;有效等位基因数(Ne)平均1.294 4个;Nei’s基因多样性指数(H)平均0.209 5;Shannon信息指数(I)平均0.353 0。根据遗传相似系数进行聚类分析,在遗传相似系数0.752处可划分为4个类群,第Ⅰ类群有1份保山种质70号;第Ⅱ类群有24份种质;第Ⅲ类群有1份西双版纳种质59号;第Ⅳ类群有64份种质。在遗传相似系数0.763处可将第Ⅳ类群划分为3个亚群(A、B和C)。用PCA法对90份鳄梨种质AFLP标记结果进行主效应分析,显示了不同种质的分类位置,主效应分析结果与分子聚类结果基本一致,呈一定的地域性分布规律。【结论】90份种质资源的遗传多样性较为丰富,59号和70号相对特殊,在种质创新中应给予重点关注。     

SSR分析50份桃种质资源遗传多样性

利用16对SSR引物对不同产地的50份桃种质资源遗传多样性进行分析,结果表明:各位点的多态信息含量(polymorphism information content,PIC)在0.04~0.37,平均值为0.24。依据非加权组平均法聚类分析,50份桃种质资源可主要划分为3个类群(中晚熟种质、中早熟种质、超短低温早熟种质)。在湿热地区综合性状优异的短低温种质可单独聚类。观赏桃与鲜食普通桃亲缘关系最远。遗传分析表明:部分福建地方种质属于南方水蜜桃,从分子水平支持了先前认为这些种质源于江南(江浙沪)水蜜桃品种群的看法。     

43份菊芋种质资源遗传多样性的ISSR分析

【目的】探明国内外菊芋(Helianthus tuberosus L.)资源间的亲缘关系远近及遗传多样性。【方法】以40份国外菊芋资源与3个国内栽培品种为材料,选用14条引物进行ISSR分子标记分析,分析他们的遗传多样性,利用POPGENE32软件计算多态位点比率(PPB)、有效等位基因数(Ne)、Nei’s基因多样性指数(H)、Shannon’s信息指数(I)。采用NTSYS 2.10软件计算品种间的相似系数,进行聚类分析,并对不同类群的形态学主要特点进行分析。【结果】采用14条引物对43份菊芋资源进行PCR扩增,共获得203个标记,其中多态性标记199个,多态性比率为98.0%。采用POPGENE32软件分析,供试的43份菊芋资源平均有效等位基因数为1.894 8,平均Nei’s基因多样性指数为0.467 7,平均Shannon’s信息指数为0.659 0。43份菊芋资源间的相似系数为0.443~0.955。聚类结果显示,供试的43个菊芋资源可聚为2个类群,能很好地将国外菊芋资源与国内品种区分开来。不同类群菊芋的块茎形态及颜色有明显差异。【结论】国内外菊芋资源间遗传关系较远,且国外资源间存在丰富的遗传多样性。     

82份春小麦种质资源遗传多样性的SSR分析

利用41对SSR引物对82份春小麦种质资源进行遗传多样性分析。供试引物的平均等位位点数为10.93个,引物多样性指数(Hi)变异为0.251 2～2.995 8,多态性信息量(PIC)为0.676 534～0.950 860;选用Xgwm、DP、Wmc和Xbarc 4个系列的SSR引物,不同类型SSR引物的多态信息含量、多样性指数、平均等位位点数间有较大差异。表明,选用合适的引物类型,对遗传多样性研究有重要的意义;在遗传距离0.39处,供试材料通过SSR标记聚类分析可被分成7个大类19个亚类。     

观赏辣椒种质资源农艺性状遗传多样性关联分析

为了解观赏辣椒种质资源的农艺和观赏性状,为观赏辣椒在家庭园艺中应用及新品种选育提供依据,对40份观赏辣椒种质资源的主要农艺性状进行了遗传多样性及相关性分析。结果表明,单株果数和单果质量的变异系数最大,最易发生变异,株幅的变异系数最小,遗传最稳定。22个性状的多样性指数范围为0~2.06。株高与株幅、主枝长、单株果数呈极显著正相关,与叶形呈极显著负相关;株幅与叶形和花梗着生位置呈极显著负相关;果实横径与单果质量呈极显著正相关,与单株果数呈极显著负相关;果实纵径与果顶形状呈极显著负相关;单果质量与单株果数、果形呈极显著负相关;老熟果色与花冠色、花柱颜色呈极显著正相关;叶形与叶缘和果形呈极显著正相关;叶缘与花梗着生位置呈极显著正相关,与花冠色呈显著负相关。上述主要农艺性状数据及其相关性,可以为后续筛选适合家庭园艺种植的观赏辣椒品种提供依据。     

利用ISSR分子标记分析辣椒种质资源遗传多样性

运用ISSR标记对8种辣椒进行了遗传多样性的研究。用30条ISSR引物进行筛选,有21条可扩增出清晰可辨条带,而这21条引物在8种材料中共扩增出382个条带,其中270个条带(70.6%)表现出多态性;根据Nei和Li等的遗传相似系数(GS)和遗传距离(GD)对8种材料进行分析,结合SPSS 16.0分析软件进行聚类,构建其遗传相关聚类图谱。     

18份大蒜种质资源遗传多样性的RAPD分析

应用RAPD标记对大蒜18个品种的遗传多样性和亲缘关系进行分析。从38个随机引物中筛选出6个多态性明显、反应稳定的引物,共扩增出36条谱带,其中多态性谱带27条。根据36个标记位点的信息,利用POPGENE32软件计算相关参数。结果表明,在物种水平上,多态性位点百分率P=75%,平均每个位点有效等位基因数Ne=1.4964,Nei s基因多样性指数H=0.2819,Shannon s多样性信息指数I=0.4158。根据Nei s遗传距离进行各类型间的UPGMA聚类分析,聚类结果将18个品种分为2大类群,成都二水早与其它地区大蒜种质资源有较大差别。     

98份甘蔗种质资源遗传多样性的AFLP分析

【目的】甘蔗蔗糖产量约占中国食糖总量的92%。具有遗传多样性的甘蔗种质资源是甘蔗杂交育种的基础,杂交亲本的选择和组合的选配是杂交育种成败的关键,研究98份种质的遗传多样性及亲缘关系,为甘蔗杂交组合选配和种质创新提供参考依据。【方法】采用CTAB法提取甘蔗幼叶基因组DNA,利用扩增片段长度多态性（amplified fragment length polymorphism,AFLP）分子标记技术,对来源于10个国家的98份种质资源的基因组DNA进行酶切、连接、预扩增、选择性扩增,选择性扩增产物在5%变性聚丙烯酰胺凝胶上电泳分离,银染显色。电泳结果得到“0,1”矩阵,使用POPGENE 32软件计算每对引物的多态性条带数、多态性比率、多态信息量、有效等位基因数、遗传多样性指数等指标,同时使用NTSYS pc-V. 2.1计算种质间遗传相似系数,根据相似性系数进行UPGMA（unweighted pair group method analysis）聚类分析和PCA（principal component analysis）主效应分析,对甘蔗种质资源进行分类。【结果】采用云南省甘蔗遗传改良重点实验室筛选出的10对引物组合共扩增出1 392条谱带,其中多态性条带为1 344条,多态性条带比率为96.55%,平均每对引物扩增出139.2个位点和134.4个多态性位点。98份种质的相似性系数在0.484-0.929,平均为0.734,多态信息量为0.2495,每个位点的有效等位基因数为1.4092,平均多样性指数为0.3890,遗传相似性系数最高的是KN90-418和KN90-455,达到0.929,最低的是云蔗94-375和IS76-126,为0.484。根据遗传相似性系数进行聚类分析,在遗传相似性系数0.64处切割时,可划分为4个类群,第I类群有5份澳大利亚种质,包括IK76-48、IS76-126、IK76-22、SES309和E.SARPET;第II类群有1份澳大利亚种质是IS76-199;第III类群有3份种质,包括KN93-06、90-110-9和BURMA;第IV类群有89份种质,在遗传相似性系数0.79处切割时,可将第Ⅳ类群划分为9个亚群（A、B、C、D、E、F、G、H和I）。基于Jaccard系数用PCA法对98份甘蔗种质AFLP标记结果进行主效应分析,主效应分析显示了不同种质的分类位置,分子主效应分析结果与分子聚类结果一致,集中在一个区域的种质亲缘关系较为紧密,澳大利亚种质位置较为分散,最分散材料为蔗茅属和细茎野生种。【结论】98份种质资源的遗传基础差异较小,亲缘关系较近,其中,澳大利亚种质遗传多样性相对较丰富。90-110-9、KN93-06和粤糖00-236较为特殊,在杂交组合选配中应给予重点关注。     

43份芦笋种质资源遗传多样性评价

从国内外收集43份芦笋种质,利用多重分析,研究了芦笋种质资源的遗传多样性。结果表明：15个农艺及品质性状变异系数为8.03%～53.90%,Simpson多样性指数D_s为0.279 1～0.850 2,该批芦笋种质资源具有较为丰富的遗传多样性。多重分析显示芦笋总产量与优质笋产量、商品笋产量极显著极强正相关,与株高极显著极强正相关,与茎粗、生育指数、第二主茎株高、第一分枝高度和优质笋率极显著中等正相关;上述性状的改良有利于快速提升芦笋品质。主成分分析显示,前4个主成分因子累计贡献率为79.121%,主成分综合评价将43份种质分为4个群集,聚类分析将其也分为4个群集,第Ⅰ群集综合性状一般种质;第Ⅱ群集低产、株型矮小、晚出笋种质;第Ⅲ群集高产、株型高大、早出笋种质;第Ⅳ群集高产、株型高大、出笋特早种质。2种评价方法比较发现,获得的优良种质结果基本一致。     

基于农艺性状的辣椒种质资源遗传多样性

为深入了解衢州市农业林业科学研究院收集的辣椒种质资源的遗传多样性,提高种质利用率,为辣椒遗传育种提供理论依据。对193份辣椒种质的18个农艺性状进行遗传多样性分析、相关性分析、主成分分析和聚类分析。结果发现,193份供试材料的果实表型具有丰富的遗传多样性,遗传多样性指数范围为4.95～5.25,成熟果色遗传多样性指数最大。9个数量性状(果长、果宽、单果重、心室数、主茎高度、首花节位、现蕾期、开花期、坐果期)的变异系数为23.25%～81.98%,其中单果重变异系数最大。各性状间关系复杂,主成分分析中累积贡献率为96%,18个性状可简化为6个主成分。聚类分析将供试材料划分为3个类群,其中大部分青熟果颜色为白色的种质资源集中在Ⅰ类群,该类群种质数量最多,有150份,Ⅱ类群种质大多数引自美国,Ⅲ类群中种质果形较大。鉴于类群间辣椒种质的遗传背景及其在果形、花期、主茎高等方面存在的差异,可进行类群间杂交,从而提高辣椒育种效率。