水稻条纹病毒安徽分离物CP基因的克隆及序列分析

采集安徽庐江水稻条纹叶枯病感病稻株,提取病叶总RNA.设计特异性引物进行RT-PCR扩增,获得水稻条纹病毒安徽分离物(RSV-AH)的RNA3部分片段,克隆并测序.序列分析表明,该片段全长1051个核苷酸,其中包含的CP基因全长969个核苷酸,编码322个氨基酸.将RSV安徽分离物CP基因(AH-CP)与其它来源的RSV CP基因进行核甘酸序列相似性比较,结果表明,安徽庐江的RSV CP基因与江苏洪泽的RSV CP基因序列相似性最高,达99.3%.进一步构建RSV CP基因系统关系树,发现安徽庐江的RSV CP基因同样与江苏洪泽的RSV CP基因亲缘关系最近.     

菊花花瓣XTH基因cDNA序列的克隆与分析

[目的]研究非乙烯敏感型菊科植物的木葡聚糖内糖基转移酶/水解酶(xyloglucan endo-transglycosylase/hydrolase,XTH)基因的结构特征。[方法]采用Trizol方法从菊花花瓣中提取总RNA,利用RT-PCR技术和T/A载体克隆XTH基因的cDNA序列,并对目的序列进行琼脂糖凝胶电泳和测序分析。[结果]克隆的cDNA片段大小为911 bp,编码293个氨基酸残基,具有XTH蛋白家族的7个活性位点,命名该基因序列为CmXTH(基因登录号为HM752243);其推导的氨基酸序列与其他19种植物的XTH具有较高的同源性,其中与非洲菊、蕃茄的亲缘关系最近,而与猕猴桃、草莓、胡杨等的亲缘关系较远。[结论]该研究结果显示克隆片段确为XTH基因的cDNA序列,其可能与菊花花瓣的生长与衰老过程有关。该结果为进一步研究XTH基因的结构与生物学功能以及菊花花瓣的生长发育机制奠定了基础。     

马铃薯PLRV病毒宁夏分离物外壳蛋白基因CP的克隆与序列分析

利用双抗体夹心酶联免疫吸附法分离得到了PLRV宁夏分离物,并采用RT-PCR技术分离得到了宁夏分离物外壳蛋白基因CP的核苷酸序列,PLRV CP基因共624 bp,推测编码208个氨基酸残基,分子量大小为23234.2,等电点11.85.通过同源性分析,其与2013年内蒙古分离物(KC456052)最为接近,同源性达99.8％;进化树分析发现其有一定的地理区域性,为单独分支起源.     

草莓镶脉病毒(SVBV)CP基因的克隆及序列分析

用CTAB法从感染草莓镶脉病毒(SVBV)的草莓叶片中提取总DNA,设计3对特异性引物扩增SVBV CP基因的3个片段,分别克隆并测序.经序列拼接得到SVBV CP基因完整序列,全长1407 nts,编码468个aa.将它与美国报道的SVBV(NC001725)以及花椰菜花叶病毒属其它成员的CP基因相比较,结果表明,SVBV CP基因与SVBV(NC001725)CP基因序列相似性最高,达83.4%;而与花椰菜花叶病毒属其它成员的CP基因序列相似性均较低,仅为27.1%～33.2%.构建SVBV及其同属其它成员CP基因的系统关系树,结果显示中国SVBV与SVBV(NC001725)单独形成一个分支,而与其同属其它成员的亲缘关系均较远.     

陕北地区马铃薯X病毒CP基因的RT-PCR检测及其序列分析

【目的】分析陕北8个县(区)马铃薯X病毒外壳蛋白(CP)基因序列的一致性和变异性,明确病毒变异程度,为脱毒马铃薯的推广提供参考。【方法】以陕北8个县（区）种植2～3代疑似携带病毒的马铃薯叶片为材料,首先用Trizol法提取8个采样点马铃薯叶片总RNA,以已公布的马铃薯X病毒CP基因序列设计特异引物,通过RT-PCR扩增目的DNA片段,用琼脂糖凝胶电泳检测扩增产物;然后对CP基因进行克隆并测序,使用DNAstar软件分析陕北马铃薯X病毒CP基因序列的一致性,并与国内外其他地区12个马铃薯X病毒进行比较,采用邻接法构建系统进化树。【结果】从陕北8个县（区）马铃薯叶片中均扩增到与预期大小一致的长度为620 bp目的片段,可知这些马铃薯均感染了X病毒。不同CP基因序列之间存在微小变异,8个县(区)样品间CP基因的序列一致性在95.2%～99.4%,与国内外其他地区12个样品CP基因的序列一致性在92.9%～98.5%。系统进化树显示,将X病毒可分为4个类群,而陕北8县(区) 马铃薯X病毒归属于其中的2个类群。【结论】马铃薯X病毒在陕北地区普遍存在,RT-PCR方法可快速、准确地检测到马铃薯X病毒,X病毒CP基因存在一定程度的变异。     

乌鸡传染性法氏囊病毒VP2基因的克隆与序列分析

应用RT-PCR法,对分离于当地典型发病乌鸡群的IBDV(WJ株)进行了VP2基因的克隆与序列分析,并和相关毒株进行了比较。结果表明,WJ株与标准血清 型STC株的核苷酸和氨基酸的同源性只有91.39%和92.74%,而与超强毒株UK661和从当地鸡群中分离的超强毒株HN01株的核苷酸和氨基酸的同源性则较高,其中,与其核苷酸同源性分别为95.43%和95.87%,与其氨基酸同源性均为96.77%。且该毒株的VP2基因序列完全具备超强毒株的主要特征。由此说明,分离于当地发病乌鸡群的IBDV为超强毒株,并和当地流行的鸡IBD超强毒株有较高的同源性,但也有明显的差异。     

番茄褪绿病毒郑州分离物外壳蛋白基因的克隆与序列分析

近年来郑州番茄产区发现疑似番茄褪绿病毒(To CV)侵染引起的叶脉间褪绿症状,为了确定病原种类,采集典型症状的叶片,提取RNA,根据已知的To CV基因组序列设计特异性引物To CVCPF/To CVCPR,采用RT-PCR方法对样品进行检测,扩增得到约750 bp大小的目的条带,对获得的特异性片段回收、克隆、测序后进行序列同源性及系统进化分析。结果显示,郑州病样的病毒分离物外壳蛋白基因由774 bp组成,其核苷酸和氨基酸序列与To CV其他分离物同源性均在96%以上;进化分析表明,郑州分离物与河北、天津分离物亲缘关系最近。造成郑州番茄产区褪绿症状的病原为To CV。     

猪2型圆环病毒ORF2基因片段的克隆与序列分析

利用ArrayDesigner2.0软件设计PCV2引物直接从PDNS病料肺组织中PCR扩增获得PCVCQB7基因片段,用pMD18-T载体连接、克隆获得PCVCQB7重组质粒。序列测定和与标准毒株对位比对分析PCVCQB7核苷酸序列全长624bp,系PCV2ORF2基因片段,与PCV2分离株的核苷酸序列相似性在80%以上,与PCV1在66%以下,采用最大似然法构建的系统发生树分析发现PCVCQB7位于PCV2主枝上,并与国内和欧洲分离株Imp.1147、304、375、QD、GD-TS、SH、24657_NL毒株亲缘关系较近形成一小分枝,表明PCVCQB7为引起PDNS的PCV2扩增产物。     

猪细小病毒VP2基因的克隆与序列测定

本研究以PCR方法成功扩增并克隆到BM－1株PPV结构蛋白的VP2基因的上、下游片段。通过VP2基因的序列测定，发现我国BM－1 PPV VP2基因序列与国外发表的序列（NADL－2、Kresse)的有一定差异。     

犬细小病毒分离株VP2基因的克隆与序列分析

以犬细小病毒 (Canine parvovirus,CPV)扬州分离株病毒的 DNA为模板 ,根据基因库 CPV-d序列设计合成了VP2基因的 1对特异引物 ,进行聚合酶链式反应 ,扩增出约 1 .7kb的片段 ,按常规方法克隆进 p UC1 8载体 ,经 Eco R 和Sal 双酶切筛选到阳性质粒 ,进一步对该片段进行序列分析。结果表明 :所扩增基因片段长度为 1 740 bp,与美国参考株 CPV-d (type 2 )、CPV-1 5 (type 2 a)、CPV-3 9(type 2 b)相比较 ,核苷酸同源性分别高达 99.5 %、99.7%、99.7%。     

猪细小病毒NS1基因和VP2基因的克隆与序列分析

根据GeneBank 上发表的猪细小病毒(PPV)的基因组序列,分别设计扩增非结构蛋白NS1基因和结构蛋白VP2基因的特异性引物,采用PCR方法扩增PPV泰安株(PPV-TA)NS1基因和VP2基因.结果表明,PPV-TA NS1基因长1989 bp,编码662个氨基酸,与参考PPV NS1基因核苷酸同源性在98.3 %～99.9 %之间.PPV-TA NS1蛋白有3个糖基化位点分别是356NIS、446NFS、513NLT,除PPV Tomau/1/02在356位缺失了一个糖基化位点之外,PPV-TA与其他PPV参考毒株一致;这表明不同毒株NS1蛋白调节功能可能有差异.PPV-TA NS1蛋白的潜在磷酸化位点是Thr435和Ser473,与PPV参考毒株相同.NS1基因系统发生分析表明,PPV-TA与PPV china亲缘关系最近.PPV-TA VP2基因长1740 bp,编码579个氨基酸,与PPV参考毒株VP2基因核苷酸同源性在98.3 %～99.8 %之间.PPV-TA VP2蛋白的378D、383H、436S氨基酸残基决定了PPV的组织嗜性,与PPV-NADL-2和PPV-china相同,这表明这3个毒株的组织嗜性是一致的.但与其他PPV参考毒株有差异,这表明不同毒株在动物体内的组织分布是有差别的.PPV-TA VP2蛋白有9个线性抗原位点,与PPV NADL-2和PPV china的线性抗原位点是一致的,这表明具有相同的抗原特性.VP2基因系统发生分析表明,PPV-TA与PPV NADL-2亲缘关系较近.     

鸡传染性支气管炎病毒S2蛋白基因的克隆与序列分析

参考genebank已发表的IBV纤突蛋白S2基因序列,设计了两对特异性引物,对鸡传染性支气管炎病毒黑龙江肾型分离株Mg/Mk和K进行RT-PCR扩增,将扩增后得到的PCR产物克隆入pMD18-T载体,并进行测序和分析。结果显示:S2基因的核苷酸全长为1884bp,编码一条由628个氨基酸组成的多肽,与网上报道的相一致。地方分离株Mg株、Mk株、K株分别和标准株T株比较,其同源性分别为92.3%、94.7%和94.2%。而Mg和Mk株的同源性为97.2%,Mg和K株的同源性为96.7%,Mk和K株的同源性为99.5%。说明地方分离株的亲缘关系较近,而和T株的亲缘关系较远。     

猪圆环病毒1型ORF2基因的克隆与序列分析

参照Genbank上公开发表的PCV1全基因序列设计引物,以质粒pSK-PCV为模板扩增出PCV1-ORF2基因,插入pMD18-T载体,对筛选出的阳性质粒进行测序,将测序结果同Genbank上发表的PCV1基因序列相比较,同源性达97％,再与Genbank上发表的PCV2的ORF2基因序列相比较发现PCV1-ORF2和PCV2-ORF2的差异表现在两者在核苷酸序列的2个部位互相存在基因缺失现象。将推导出的PCV1-ORF2的氨基酸序列同PCV2-ORF2进行比较,发现二者在几个功能区相当保守,尤其是N-末端的核定位序列、N-糖基化位点以及酪氨酸磷酸化位点。     

猪圆环病毒1型ORF2基因的克隆与序列分析

【研究目的】提取沙门氏菌鞭毛蛋白并鉴定其抗原性;【方法】选用鸭沙门氏菌经半固体培养基诱导鞭毛,经肉汤培养后,用酸裂解、经差速离心、硫酸铵沉淀,分离出粗制鞭毛蛋白。将粗制的鞭毛蛋白用SDS-PAGE和磷钨酸负染投射电镜观察,并包板做ELISA检测其抗原性;【结果】SDS-PAGE显示提取的鞭毛蛋白相对分子质量约为58.0KD,且纯度较高,抗原性较好,每1000ml培养液可获得32.8mg鞭毛蛋白;【结论】酸裂解法可获得高质量的鞭毛蛋白,抗原性较好,为禽副伤寒沙门氏菌病诊断方法的建立奠定了基础。     

广东地区犬瘟热病毒血凝素基因的克隆与序列分析

【目的】对广州和东莞市宠物犬感染犬瘟热病毒(CDV)的情况进行病原鉴定和分析,为监测CDV的遗传变异情况和防治犬瘟热(CD)提供数据基础。【方法】从表现CD症状的犬只中鉴定了17份CDV阳性样本,采用RT-PCR的方法克隆得到这些野毒株的血凝素(H)基因序列,采用生物信息学方法进行序列比对分析。【结果】17株CDV的H基因核苷酸与氨基酸序列的相似性分别为97.4%～100.0%和97.5%～100.0%,与Onderstepoort、Lederle和Convac等疫苗株相比,其核苷酸与氨基酸序列相似性分别为90.3%～91.5%和89.4%～90.8%。进化树分析结果显示,17株CDV野毒株均属于AsiaⅠ型,与疫苗株的分支较远;本研究鉴定的野毒株已进化形成9个潜在的N-糖基化位点。【结论】AsiaⅠ型CDV仍为该地区的流行基因型,基因型较稳定,但与疫苗株相比形成了一定的进化距离和出现了大量的变异。因此,继续监控CDV在犬群中的进化,掌握其遗传变异状况具有重要意义。     

山羊痘病毒TK基因的克隆与序列分析

设计特异性引物并应用PCR方法扩增山羊痘病毒QL、LD、Y、B株TK基因序列片段,将其克隆至pMD 18-T载体,构建重组质粒pMD18-T-TK.再将该重组质粒转化DH5α感受态细胞进行培养,对通过PCR、酶切鉴定为阳性的重组质粒进行序列测定.TK基因核苷酸和氨基酸同源性分析表明,4株测序毒株TK基因与参考毒株的同源性均为96.6%～100%,说明羊痘病毒TK基因具有高度的保守性.     

家蚕SOCS-2基因的克隆与序列分析

SOCS基因是JAK/STAT信号通路的负调节基因.为了了解家蚕SOCS基因(BmSOCS)的遗传变异与进化,通过电子克隆获得了SOCS cDNA基因序列,结果显示家蚕基因组中至少存在4种BmSOCS基因,BmSOCS -2基因存在可变剪接.通过RT - PCR从家蚕中扩增得到1个BmSOCS -2基因(BmSOCS - 2A),测序结果表明,该792 bp片段含有完整的ORF,由4个外显子组成,编码263个氨基酸残基,分子量为28.8 ku.结构分析显示,BmSOCS - 2A有5个α螺旋结构,存在典型的SH2结构域和SOCS结构域.基因芯片数据分析显示,BmSOCS -2在家蚕雌雄性腺组织中表达量最高.进化分析表明,SOCS以不同种类聚类在一起,表明各种SOCS基因家族在各昆虫物种形成前就已产生.     

H9N2亚型禽流感病毒PA基因的克隆与序列分析

对甘肃H9N2亚型的A/Chicken/GanSu/2/99(A/CK/GS/2/99)株PA基因进行了克隆、测序及分子进化分析.结果表明:该病毒PA基因开放阅读框由2 151个碱基组成,编码716个氨基酸;其与A/Quail/HongKong/NT28/99(H9N2)株和A/Duck/HongKong/Y280/97(H9N2)株的核苷酸同源性分别为98.4%和98.5%,氨基酸同源性分别为98.7%和98.7%;与A/HongKong/156/97(H5N1)和A/Goose/GuangDong/1/96(H5N1)的核苷酸同源性分别为89.0%和87.8%,氨基酸同源性分别为为93.9%和94.3%.     

辽宁地区高致病性蓝耳病病毒N基因的克隆及序列分析

从辽宁的本溪、沈阳、抚顺、鞍山等地采集疑似高致病性蓝耳病病料,将采集的肺和淋巴结分别研磨,离心并制备成病毒悬液,用试剂提取RNA,将提取出的RNA反转录成cDNA,然后用特异性引物对目的片段进行克隆扩增,最后将所得目的片段测序并与国内其他分离株进行序列分析.结果获得480bp特异性高致病性蓝耳病病毒N基因片段,与国内其他地区高致病性蓝耳病病毒分离株的N基因相比较,核苷酸序列同源性在91.1%以上,氨基酸序列同源性在98.6%以上,表明高致病性蓝耳病病毒辽宁地区分离株与国内其它分离株亲源关系较近,属于同一分支.