牛及其他各物种SLC11A1基因的结构多态与疾病相关性的研究进展

SLC11A1基因与许多种胞内病原菌如沙门氏杆菌、结核分枝杆菌和利什曼原虫等病原菌的抗性和易感性有关,作为牛综合抗病的优良候选基因之一,它对于疾病的抵抗性是属于非病原特异性的。综述SLC11A1基因的结构特点、作用机制、表达调控,重点综述牛和其他不同物种SLC11A1基因结构多态与疾病的相关性,有望对牛的抗病育种提出理论依据。     

草鱼载脂蛋白A-I-1基因3'非编码区SNPs筛选及其与生长性状的关联分析

采用PCR产物直接测序法和PCR-RFLP法对草鱼EST文库中载脂蛋白A-I-1基因(Apoprotein A-I-1,apoA-I-1)3'非编码区进行SNPs筛选,在珠江水系草鱼Ctenopharyngodon idella养殖群体144个样本中发现2个SNPs位点。C792T位点的CC型占46.53%,CT型占50.69%,TT型占2.78%;G851A位点的GG型占77.08%,GA型占20.83%,AA型占2.08%。采用一般线性模型对2个SNPs位点与草鱼4个生长性状———体质量、体长、体高和头长进行关联分析,结果表明:C792T位点TT型个体的体质量、体长、体高和头长均值高于CT型和CC型个体的生长性状指标值,但未达到显著水平(P>0.05);G851A位点GG型个体的体质量、体长、体高和头长均值高于GA型和AA型个体的生长性状指标值,且GG型个体的体长和头长均值与GA型和AA型个体均存在显著差异(P<0.05)。将2个SNPs位点不同基因型组合成6种双倍型,关联分析结果表明,双倍型D3(TTC792T-GGG851A)个体的体质量均值最高,D6型(CCC792T-AAG851A)个体的体质量均值最低,且二者在体长、体高、头长均值间存在显著差异(P<0.05)。推测C792T位点TT型为有利基因型;G851A位点GG型为有利基因型,AA型为不利基因型。本研究结果为草鱼分子辅助育种提供了候选标记,为加快草鱼育种进程奠定了基础。     

草鱼载脂蛋白A-Ⅰ-1基因3'非编码区SNPs筛选及其与生长性状的关联分析

采用PCR产物直接测序法和PCR-RFLP法对草鱼EST文库中载脂蛋白A-Ⅰ-1基因(Apoprotein A-Ⅰ-1,apoA-Ⅰ-1)3’非编码区进行SNPs筛选,在珠江水系草鱼Ctenopharyngodon idella养殖群体144个样本中发现2个SNPs位点.C792T位点的CC型占46.53％,CT型占5...     

猪POU1F1基因启动子区多态分析及其与生长性状的关联

 【目的】获得猪POU1F1基因启动子区的多态信息,揭示其在不同品种中的分布特点,阐明其与生长性状的关联性。【方法】采用PCR克隆、DNA测序和PCR-RFLP技术进行POU1F1基因启动子区多态分析,利用一般线形模型分析其与生长性状的关联性。【结果】在POU1F1基因1.5 kb的启动子区域内发现5个多态位点;其中,5 bp短片段插入或缺失突变的A等位基因频率在引入品种猪中最高,在培育品种中中等,在中国地方品种最低。一般线形模型分析表明,该多态位点与猪的生长性状存在显著相关。多重比较分析发现,AA基因型个体的体高、体长、胸围和体重显著高于AB和BB基因型个体（P＜0.05）,而AB和BB基因型个体的体高、胸围和体重差异不显著（P＞0.05）,但AB基因型个体的体长显著高于BB基因型个体（P＜0.05）。【结论】5 bp短片段插入或缺失突变的A等位基因是生长性状的优势等位基因,是生长性状可能的分子标记。     

鸡PRLR基因多态位点检测及其与产蛋性状的关联分析

以催乳素受体基因(prolactin receptor,PRLR)作为影响鸡产蛋性能的候选基因,采用连接酶检测反应(ligase detection reaction,LDR)对378只四明香鸡B系的PRLR基因进行多态性检测,并利用最小二乘法分析了4个突变位点SNP1(C11390G),SNP2(A14952G),SNP3(A14969C)和SNP4(A14984G)与鸡134日龄体重、65周体重、65周产蛋数和300日龄产蛋数的相关性。单位点分析结果显示SNP2/SNP3/SNP4完全连锁,且其位点多态性对300日龄产蛋数影响显著(P0.05),G/A/G基因型300日龄产蛋数显著高于A/C/A基因型7枚(P0.05);SNP1位点多态性与鸡134日龄体重、65周体重、300日龄产蛋数和65周产蛋数均无显著关联(P0.05)。单倍型分析结果发现存在3种单倍型,即H1(CACA),H2(GACA)和H3(CGAG),不同单倍型对300日龄产蛋数差异显著(P0.05),表现出H3(CGAG)H2(GACA)H1(CACA)的趋势,且H3(CGAG)基因型的300日龄产蛋数比H1(CACA)基因型高7.33枚(P0.05)。结果表明,PRLR基因中H3(CGAG)为有利单倍型,可作为提高鸡群产蛋性能潜在的分子标记。     

中国荷斯坦牛SLC11A1基因多态性与乳腺炎的相关性研究

 【目的】通过研究中国荷斯坦牛SLC11A1基因多态性与乳腺炎性状间的相关性,为奶牛乳腺炎抗性选育提供参考。【方法】采用巢式PCR、降落PCR和DNA测序等技术,研究分析771头牛SLC11A1基因外显子10、内含子9和11的基因多态性,采用SHEsis和PHASE软件进行配对连锁不平衡和单倍型分析。【结果】发现4个不连锁的SNPs,分别为内含子9的6 067（A/G）、6 358（C/T）,外显子10的7 155（A/G）和内含子11的7 809（A/T）;其中,6 067（A/G）、6 358（C/T）和7 809（A/T）为新SNPs。不同基因型与乳腺炎相关性分析结果表明,SLC11A1基因的6 358（C/T）和7 155（A/G）对SCS和产奶量有显著影响（P＜0.05）,6 358（C/T）的CC基因型和7 155（A/G）的AA基因型是优良基因型;单倍型分析表明,群体中共发现16种单倍型组合,其中CAAA是优良的单倍型组合,其个体的SCS低、产奶量高。【结论】SLC11A1基因CAAA单倍型组合可能是奶牛SCS和产奶量的优良基因型和单倍型组合,可作为分子标记应用于奶牛乳腺炎抗性筛选。     

GARNL1基因多态位点与鸡冠高度的相关性分析

鸡冠高度是早熟性性状选育的重要间接指标,鉴定与鸡冠高度相关的候选基因对优质鸡生产具有重要的意义.采用PCR-RFLP方法对宁都三黄鸡母系1 301个个体进行基因型检测,分析家鸡繁殖性状侯选基因GARNL1多态位点与母鸡鸡冠高度的相关性,结果表明GARNL1基因上多个位点与鸡的冠高性状显著相关,是影响母鸡鸡冠高度选育的候选基因;位点rs14532831和rs15701119与鸡77日龄冠高显著(P0.05)或极显著(P0.01)相关;位点rs14532831, rs14532824和rs15701119与鸡84日龄冠高显著(P0.05)或极显著(P0.01)相关.基因上的4个位点rs14532831,rs14532779,rs14532824及rs15701119与鸡91日龄冠高显著(P0.05)或极显著(P0.01)相关.GARNL1基因的变异对鸡冠高度性状具有遗传效应.     

新疆3个不同品种牛SLC11A1基因启动子克隆及序列分析

[目的]溶质性载体蛋白家族成员1(SLC11A1)基因是一个主要的自然抗性候选基因,与多种胞内寄生病原菌的抵抗作用相关,研究克隆新疆褐牛、荷斯坦牛和西门塔尔牛SLC11 A1基因启动子序列,分析启动子序列差异,为奶牛抗病育种提供辅助选择的分子标记.[方法]分别采集新疆3个品种牛全血,提取基因组DNA,PCR扩增5'端启动子区,测序.利用生物信息学软件CpGplot、RepeatMasker、TFSEARCH、WWW SignalScan及双荧光素酶检测系统对获得序列进行分析.[结果]获得SLC11A1基因启动子片段1 463 bp,且具有启动子活性,未发现CpG岛的存在.新疆3个品种牛间SLC11A1基因启动子序列未出现差异,但与美国安格斯牛SLC11A1基因启动子序列存在4处差异.启动子区预测到SP1,NF1,RelA-p65,GKLF,CPBP等12个转录因子结合位点,并发现1个增强子区域(-734～-740),该序列存在两处短散的重复元件BOV-tA2、MIR3,以及重复DNA元件Charlie8.[结论]得到新疆地区3个品种牛SLC11A1基因启动子序列,并与安格斯牛SLC11A1基因启动子序列存在差异,为进一步研究SLC11A1基因多态性影响机体对胞内感染菌的抗性研究提供理论依据.     

大白猪IGFBP3基因G3695A位点多态性及其与生长性状的关联分析

采用PCR-RFLP方法对369头大白猪胰岛素样生长因子结合蛋白3(insulin-like growth factor binding protein-3,IGFBP3)基因G3695A位点的多态性进行检测,并分析了不同基因型与4个生长性状的关联。结果显示:大白猪IGFBP3基因G3695A位点的杂合度(H)和多态信息含量(PIC)分别为0.488 5和0.396 2,GA基因型和A等位基因的频率最高;GG基因型达30 kg,100 kg体重日龄显著短于AA和GA基因型(P0.01);30~100 kg日增重最大(P0.01);GA基因型100 kg体重背膘最薄,显著低于其他两种基因型(P0.01)。IGFBP3基因G3695A位点与大白猪的生长速度和背膘厚存在显著关联,具有一定的实际应用价值。     

牛SLC27A1基因SNPs筛选及其与中国荷斯坦奶牛产奶性状的关联分析

[目的]对牛SLC27A1基因进行SNPs筛选并与中国荷斯坦奶牛的产奶性状进行关联分析,以期发现对中国荷斯坦奶牛产奶性状有显著影响的SNP位点。[方法]根据性能测定记录选取48头中国荷斯坦奶牛,提取血样DNA,组成2个DNA池,用于SNPs筛选,采用PCR-SSCP和克隆测序方法对DNA池进行SLC27A1基因SNPs筛选。针对发现的SNP位点,采用PCR-RFLP方法对另外231头中国荷斯坦奶牛进行群体基因型检测,采用SAS（8.02）GLM过程对各基因型与产奶性状进行关联分析。[结果]在exon3发现T112C位点,在3‘UTR发现G64A位点,T112C为同义突变;经PCR-RFLP检测,发现在T112C位点存在TT、TC、CC3种基因型,G64A位点存在GG、GA、AA3种基因型。2个位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。T112C位点的CC型个体的产奶量极显著高于TC型个体（P〈0.01）,3种基因型对乳蛋白率和乳脂率影响均不显著（P〉0.05）,乳蛋白率呈现CC〉TC〉TT的趋势,乳脂率呈现TT〉TC〉CC的趋势;G64A位点3种基因型对产奶量、乳蛋白率、乳脂率的影响均不显著（P〉0.05）,但产奶量呈现GA〉GG〉AA的趋势,乳蛋白率和乳脂率呈现AA〉GG〉GA的趋势。[结论]该基因T112C位点与产奶量性状有一定的关联性,通过提高CC基因型频率有望提高中国荷斯坦奶牛的产奶量,SLC27A1基因可作为调控中国荷斯坦奶牛产奶量的候选基因,同时为该基因的标记辅助育种和进一步研究奠定了良好基础。     

牛SLC27A1基因SNPs筛选及其与中国荷斯坦奶牛产奶性状的关联分析

[目的]对牛SLC27A1基因进行SNPs筛选并与中国荷斯坦奶牛的产奶性状进行关联分析,以期发现对中国荷斯坦奶牛产奶性状有显著影响的SNP位点。[方法]根据性能测定记录选取48头中国荷斯坦奶牛,提取血样DNA,组成2个DNA池,用于SNPs筛选,采用PCR-SSCP和克隆测序方法对DNA池进行SLC27A1基因SNPs筛选。针对发现的SNP位点,采用PCR-RFLP方法对另外231头中国荷斯坦奶牛进行群体基因型检测,采用SAS（8.02）GLM过程对各基因型与产奶性状进行关联分析。[结果]在exon3发现T112C位点,在3‘UTR发现G64A位点,T112C为同义突变;经PCR-RFLP检测,发现在T112C位点存在TT、TC、CC3种基因型,G64A位点存在GG、GA、AA3种基因型。2个位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。T112C位点的CC型个体的产奶量极显著高于TC型个体（P〈0.01）,3种基因型对乳蛋白率和乳脂率影响均不显著（P〉0.05）,乳蛋白率呈现CC〉TC〉TT的趋势,乳脂率呈现TT〉TC〉CC的趋势;G64A位点3种基因型对产奶量、乳蛋白率、乳脂率的影响均不显著（P〉0.05）,但产奶量呈现GA〉GG〉AA的趋势,乳蛋白率和乳脂率呈现AA〉GG〉GA的趋势。[结论]该基因T112C位点与产奶量性状有一定的关联性,通过提高CC基因型频率有望提高中国荷斯坦奶牛的产奶量,SLC27A1基因可作为调控中国荷斯坦奶牛产奶量的候选基因,同时为该基因的标记辅助育种和进一步研究奠定了良好基础。     

鸡lmbr1基因内含子多态与趾型的关联

 【目的】多趾是丝羽乌骨鸡的品种特征之一，但其多趾发生的分子机制尚未知。Lmbr1基因是人和鼠轴前多趾的关键候选基因，其同源基因是否是鸡多趾表型的关键候选基因值得研究。【方法】本研究以多趾的丝羽乌骨鸡和四趾的白洛克肉鸡杂交建立的资源家系为研究素材，采用直接测序和PCR-SSCP相结合的方法进行了鸡lmbr1基因内含子13的克隆、多态分析及其在不同物种的序列保守性比较、单体型分析及单核苷酸多态与趾型的关联分析。【结果】从内含子13检测到4个SNPs，发现这些单核苷酸多态构成的单体型在丝羽乌骨鸡和白洛克肉鸡间的分布呈现明显的差异，PCR-SSCP基因型在资源家系亲代和F2代均呈现与趾型的显著关联。【结论】 鸡lmbr1基因内含子13变异与调控鸡多趾表型的特异性位点紧密连锁，鸡lmbr1基因应是鸡多趾表型的重要候选基因，今后应进一步加大鸡lmbr1基因全基因组水平和其临近区域基因的检测。     

中国西门塔尔太行类群牛肉质性状与SLC27A1基因多态性关联分析

为探索SLC27A1基因对牛肉质性状的影响,选取中国西门塔尔牛太行类群牛公牛、阉牛各20头为研究对象,采用PCR法分析SLC27A1的基因遗传多态性。检测到SNP位点为S5650:TC,该位点存在有3种基因型,其中CC基因型频率较高(62.5%),TT基因型频率最低(12.5%)。采用GLM对肉质相关性状与SLC27A1基因进行关联分析,结果表明,剪切力、肉色a、肉色b表型中,CC与TT及CT与TT差异均极显著(P0.01),其他性状间差异不显著(P0.05),阉牛与公牛间对肉质的弹性与咀嚼性差异显著(P0.05)。采用Real-time PCR分析,CC基因型在肌肉与脂肪中的表达量比基因型CT与TT差异显著(P0.05),阉牛与公牛之间的表达量在肌肉中差异极显著(P0.01)。SLC27A1基因S5650:TC位点突变对中国西门塔尔牛太行类群肉质性状存在一定的遗传效应。     

猪THRSP基因5'调控区多位点SNP联合效率的研究

旨在分析猪THRSP基因5’调控区多位点SNP联合调控THRSP基因表达的效率。实验从猪基因组获取包含多位点SNP的目的片段,利用荧光素酶报告基因pGL3-Basic构建表达载体,检测多位点SNP 的联合启动效率,并通过实时荧光定量PCR进行THRSP基因表达验证分析。结果表明,在5个SNP位点中,TCAGA 的启动效率最高,比CTGGA的启动效率高129％,而CCAGA、CTAGA和CTGAT的启动效率较CTGGA分别低99.0%、73.2％和42.6％。TCAGA的启动效率较CCAGA高75.6％,而CCAGA比CTAGA的启动效率高96.6％;报告基因所揭示的SNP启动效率与THRSP基因实时荧光定量PCR结果一致。     

团头鲂MHCⅡ α基因的SNP位点开发、鉴定及与抗病性状关联分析

用嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)感染团头鲂(Megalobrama amblycephala)区分抗病和易感组,通过PCR扩增及测序在MHCⅡα基因上筛选单核苷酸多态位点(single nucleotide polymorphisms,SNP),利用高分辨率熔解曲线法和限制性内切酶酶切法对SNP进行分型,分析其多态性及与抗病性状之间的关系。在MHCⅡa基因上共筛选出35个候选SNP位点,占MHCⅡa基因总碱基的1.45%,包含30个转换位点、5个颠换位点。其中外显子部分有16个,内含子部分7个,5′非编码区有1个,3′非编码区有11个。有13个SNP位点位于编码区,占总氨基酸位点的5.56%,位于839bp的T/A颠换和1 663bp的A/G转换是无义突变,其余11个SNP位点为有义突变。α1结构域的SNP位点分别占总碱基和总氨基酸位点的4.88%和10.98%,明显高于α2结构域的1.08%和3.22%。MHCⅡα基因的21个抗原结合位点(peptide binding region,PBR)中,有4个位点变异,变异率为19.05%;而non-PBR的变异率仅为8.20%(5/61)。用SPSS软件对分型成功的5个SNP位点在易感和抗病组各100尾中的基因型频率和等位基因频率进行了统计。通过卡方检验分析发现位于1 395bp(T/A)位点的基因型频率和等位基因频率在易感和抗病组中差异极显著,位于221bp(G/T)和1 859bp(G/T)位点的基因型频率和等位基因频率在易感组和抗病组中差异显著。本研究结果表明团头鲂MHCⅡα基因的多态性和抗细菌性败血症性状显著关联。     

鸡ApoB基因多态位点与生长和体组成性状的相关性研究

载脂蛋白B(Apolipoprotein B,ApoB)是血浆脂蛋白的主要成分,对脂类代谢具有重要的调控作用。本研究以东北农业大学高、低腹脂双向选择品系第9世代仔鸡为试验材料,对鸡ApoB基因进行SNP检测,分析ApoB基因多态性与生长和体组成性状的关系。根据鸡基因组测序结果提供的SNP,发现鸡ApoB基因5′调控区的-112A>G、3′调控区的9 bp插入缺失以及exon26上T>G的同义突变3个突变位点在研究群体中存在多态性。统计分析结果表明,5′调控区的-112A>G突变位点和3′调控区的插入缺失突变位点对7周龄体重和屠体重有显著影响(P<0.05),exon26上T>G对屠体重有显著影响(P<0.05),对7周龄体重有一定的影响(P<0.01)。本研究首次推测ApoB基因可能是影响鸡体重的主效基因或与影响该性状的主效基因紧密连锁。     

南江黄羊ARHGAP11A基因SNPs筛选及其与生长性状的关联分析

【目的】探讨ARHGAP11A基因与南江黄羊生长性状的关联。【方法】以南江黄羊(母羊,n=243)为试验材料,采用PCR产物直接测序筛选ARHGAP11A基因的SNP位点并分析其与性状之间的关联。【结果】在南江黄羊群体中共发现ARHGAP11A基因16个SNPs位点。g.3483AG和g.3621GA的纯合突变具有增加南江黄羊体重(2月龄、6月龄和12月龄)以及胸围(6月龄)指标的趋势(P0.05),而在g.3525AG位点AG型羊初生重、12月龄体重和12月龄胸围显著高于GG型个体(P0.05)。AAGT单倍型山羊体重体尺均高于AGGT和GGAT个体(P0.05)。【结论】南江黄羊母羊群体中ARHGAP11A基因突变与生长发育密切相关,进一步验证其功能后在选育中可考虑其作为辅助选择标记。     

对氧磷酶2基因(G148A)多态位点与脑梗死的关系

目的探讨中国粤西地区汉族人群对氧磷酶2基因（paraoxonase 2,PON2）G148A多态位点与脑梗死（cerebralinfarction,CI）的关系。方法选择128例动脉粥样硬化性脑梗死患者（病例组）和108例健康体检者（对照组）为对象,应用聚合酶链反应-限制性内切酶片段长度多态性分析方法（PCR-RFLP）检测PON2基因G148A多态性,同时测定两组的血脂、血糖水平。结果病例组AA、AG、GG 3种基因频率和等位基因频率与健康对照组相比差异无统计学意义（P〉0.05）;同时病例组各基因型间的血脂、血糖与对照组比较差异亦无统计学意义（P〉0.05）。结论 PON2基因G148A多态性与中国粤西地区汉族人群脑梗死无关。