鸭源鸡杆菌pfs基因的扩增及原核表达

以鸭源鸡杆菌临床分离株G7的基因组为模板,采用PCR技术,扩增得到5′-甲硫腺苷/S-腺苷高半胱氨酸核苷酶基因(pfs)的全序列,对其核苷酸序列及其编码的氨基酸序列进行了同源性分析,构建了该基因的原核表达载体并诱导表达.G7的pfs基因全长693 bp,与其他3个参考鸭源鸡杆菌核苷酸序列的同源性均在93％以上.诱导表达...     

鸭源鸡杆菌外膜蛋白W基因扩增及序列分析

为了解不同鸭源鸡杆菌菌株外膜蛋白W基因(ompW)的差异性,对不同地域32株鸭源鸡杆菌ompW基因进行扩增、测序,并应用DNAstar/MegAlign和MEGA.5.05软件对其进行比对及遗传进化分析。结果表明:ompW基因存在于所有检测的鸭源鸡杆菌中。全长在630~711bp,编码209~236个氨基酸。与参考株UMN179的ompW核苷酸同源性为88.7%~100%,氨基酸同源性为86.7%~99.6%。不同来源的鸭源鸡杆菌的核苷酸同源率为84.1%~100%,氨基酸同源性为78.7%~99.6%。进化树分析表明,鸭源鸡杆菌ompW序列差异与分离地理位置,毒力无明显的相关性。     

鸭源鸡杆菌外膜蛋白A基因克隆及结构与功能分析

为筛选鸭源鸡杆菌(G.anatis)潜在的保护性抗原基因,参考Gen Bank中G.anatis UMN179的外膜蛋白A(OmpA)基因序列设计1对引物,对鸭源鸡杆菌PDS-RZ-1-SLG(RZ)株的OmpA基因进行克隆,并应用相关软件对其核苷酸及氨基酸序列进行生物信息学分析。结果显示,OmpA基因大小为1 083 bp,编码360个氨基酸;鸭源鸡杆菌RZ株的OmpA与UMN179、F149及12656/12的OmpA氨基酸相似性分别为93.2%、95.2%、92.7%;OmpA蛋白分子质量为38.4 ku,等电点为6.77,具有稳定性,N端有1个疏水性的α螺旋信号肽。     

河北省鸡群鸭源鸡杆菌血清流行病学调查

为了解鸭源鸡杆菌(Gallibacterium anatis)在河北省鸡群中的感染状况,采用乳胶凝集试验对河北省10个不同地市的677份鸡血清样品进行了鸭源鸡杆菌的血清流行病学调查,对鸭源鸡杆菌的感染率进行分析。结果表明:河北省不同地区鸡群均存在鸭源鸡杆菌感染,平均阳性率为48.60%,其中血清Ⅰ型抗体阳性率为29.54%,血清Ⅱ型抗体阳性率为29.69%,血清Ⅳ型抗体阳性率为22.16%。不同地市的鸡群血清阳性率存在一定差异,其中张家口和石家庄的鸭源鸡杆菌血清阳性率较高,分别为72.73%和80.95%。     

鸭源副粘病毒Y03株F基因的克隆及序列分析

从安徽某发病鸭场分离鉴定出1株副粘病毒Y03株,采用RT-PCR法扩增出包括裂解位点在内的部分F基因,对其进行序列测定,并与GenBank中的各基因型代表毒株进行比较。结果表明:所克隆片断长度为385 bp;Y03株F基因的裂解位点序列为112R-R-Q-K-R-F117,并且具有第101位的K(赖氨酸)和121位的V(缬氨酸),为基因Ⅶ型副粘病毒强毒株的特征序列;Y03株与NDV代表毒株间的同源性在80.3%至97.4%,与国内标准强毒F48E9的同源性只有83.6%,差异达到18.1%。     

鸡HOPX基因的克隆及表达分析

前期研究发现,HOPX基因在鸡脂肪组织高表达,为了解该基因在脂肪发育过程中的作用,采用RT-PCR方法,扩增和克隆鸡HOPX基因全长CDS区,并进行序列分析;采用real-time RT-PCR和半定量RT-PCR的方法,开展了HOPX基因的组织表达谱分析、HOPX基因在东北农业大学肉鸡高、低脂双向选择品系脂肪组织发育过程中的表达差异分析以及鸡脂肪细胞分化过程中的表达分析。研究结果显示,鸡HOPX基因的全长CDS区为222 bp,编码73个氨基酸。HOPX基因在鸡的多种组织中表达,其中,在脂肪组织中的表达量最高;在高、低脂系肉鸡的脂肪组织生长发育过程中,HOPX基因的表达均随年龄增长而上升,且高脂系鸡HOPX基因的表达量高于低脂系;在鸡脂肪细胞分化过程中,HOPX基因的表达呈上升趋势。HOPX基因的表达分析结果提示,该基因在鸡脂肪组织生长发育过程中发挥作用。     

枯草芽孢杆菌XF1菌株中XFsacA基因的克隆及功能验证

枯草芽孢杆菌Bacillus subtilis XF1是从土壤中分离的一株利用蔗糖快、能高效防治根肿病的专利菌株.为探明其高效的蔗糖代谢机制,用PCR从该菌中扩增到蔗糖代谢关键基因蔗糖-6-磷酸水解酶基因(XFsacA基因),其编码的蛋白质氨基酸序列与枯草芽孢杆菌B168菌株中的XFsacA基因有97%的相似性,且发生了12个氨基酸突变.将该基因中约1.4 kb的编码框序列连接到表达载体pQE30上,构建了重组表达质粒pQE30-XFsacA,该质粒转入到不能利用蔗糖的Escherichia coli BL21中,后者能在以蔗糖为唯一碳源的M9无机离子培养基中正常生长,并表达出了一条约54 000蛋白条带.结果预示XFsacA基因氨基酸序列的替代可能是XF1高效利用蔗糖的基础,同时XFsacA基因的克隆与其在E.coli中的表达研究,为利用蔗糖发酵的工程E.coli构建奠定了基础.     

鸡TRAF3基因的克隆表达及多克隆抗体的制备

为探究鸡源肿瘤坏死因子受体相关因子3 (TRAF3)的生物学功能,对鸡源TRAF3基因进行克隆表达并制备其多克隆抗体。将鸡TRAF3基因分别克隆入原核表达载体pGEX-6P-1和真核表达载体pcDNA3.1中构建出重组原核表达载体pGEX-6P-1-TRAF3和重组真核表达载体pcDNA3.1-TRAF3。构建的原核表达载体转化入大肠埃希菌BL21后经IPTG诱导,SDS-PAGE分析表明获得GST-TRAF3的融合表达蛋白,且融合蛋白主要表达于包涵体中。将纯化的GST-TRAF3蛋白免疫小鼠制备抗GST-TRAF3多克隆抗体。间接免疫荧光及Western blot试验表明,所制备的抗TRAF3多克隆抗体不仅能与转染pcDNA3.1-TRAF3的DF-1及LMH细胞中表达的外源性TRAF3反应,而且能有效识别LMH细胞内源性的鸡源TRAF3蛋白。该研究中鸡TRAF3基因的克隆、表达及其多克隆抗体制备为后续研究鸡TRAF3的功能奠定了基础。     

蜡质芽孢杆菌aiiA基因的克隆及融合表达

设计一对可扩增aiiA基因完整的开放阅读框的简并引物对aiiA1和aiiA2,通过PCR技术对3株蜡质芽孢杆菌(Bc)的aiiA基因进行检测.结果表明,它们均含有aiiA基因.利用pMD18-T克隆载体直接从GP7菌株的PCR产物中克隆了aiiA基因.测序结果表明,该基因(GenBank登录号:AY943831)由753个碱基组成,编码含有250个氨基酸残基的蛋白质.该蛋白质推测的分子质量为28 ku,等电点约4.235.核苷酸序列的BLAST分析结果表明,与之同源性较高的基因均为Bc组aiiA基因(87%-99%).在氨基酸序列多重比较的基础上,应用PHYLIP软件构建了A iiA蛋白的系统发育树.此外,利用原核融合表达载体pMXB10初步研究了A iiA、几丁质结合蛋白(CBD)及Inte in融合蛋白诱导表达的情况.     

苏云金杆菌杀虫晶体蛋白基因crylA的克隆及特征分析

苏云金芽孢杆菌猝倒亚种(Bacillus tburingiensis subsp sotto)对鳞翅目幼虫有高毒力。根据crylA类基因序列设计特异引物，应用PCR技术从该茁株中扩增得到一大小约为3．6kL的DNA片段。将获得的片段克隆至pGEM7zf中并转化大肠杆菌DH5α。在ABI PRISM377自动测序仪上对其5’及3’端进行部分测字，结果表明其核苷酸序列与crylA基因高度同源。     

发根农杆菌rolC基因的克隆及序列分析

以发根农杆菌30148为材料,设计了rolC基因的特异性引物,应用PCR技术,扩增出了正确序列的rolC基因585 bp片段,并利用pUCm-T载体对此片段进行了克隆,并进行了序列分析。所克隆rolC基因与已发表的序列相比较,核苷酸序列的同源性达到100%,但另一个克隆中部分碱基发生了改变,同源性达到99%。     

鸡pATGL基因的电子克隆及比较基因组分析

利用生物信息学和比较基因组学方法对鸡 pATGL(predicted adipose triglyceride lipase)基因的结构、表达和功能进行了分析,结果表明:(1)电子克隆获得的鸡pATGL基因cDNA全长1 788 bp,包括1 452 bp的编码区和5'UTR(70 bp)、3'UTR(266 bp),编码合成483个氨基酸的多肽;(2)鸡pATGL基因全长在30 kb以上,包含9个外显子和8个内含子,其中内含子1(约20 kb)远远长于其他区域;(3)鸡pATGL蛋白的相对分子质量为53 600,不含信号肽,具有GXSXG(氨基乙酸-X-丝氨酸-X-氨基乙酸)脂肪酶活性结构和Patatin结构域,可能存在5个 N 端朝内的跨膜螺旋结构;(4)基于cDNA及EST数据库的检索显示,鸡pATGL基因在腹脂、胸腺、黏液囊、脾、骨髓、垂体、下丘脑和松果腺、心脏、软骨组织、小脑、卵巢乃至胚胎等组织中表达;(5)鸡 pATGL 基因与CD151、RPLP2 位于5号染色体的紧密连锁群,这种连锁关系与人、小鼠以及狗紧密一致.     

泸宁鸡MyoD基因的克隆及生物信息学分析

为了研究MyoD基因在鸡生长发育与肉质形成中的作用,以泸宁鸡为研究对象,采用RT-PCR技术克隆MyoD基因序列,并利用生物信息学的方法,对其氨基酸同源性、理化性质等进行分析和预测。结果表明:泸宁鸡MyoD基因序列长度为988 bp,其编码的蛋白含299个氨基酸残基,具有碱性螺旋-环-螺旋结构(b HLH);根据MyoD基因比对,构建的进化树显示泸宁鸡与人等哺乳动物的同源性为63%~67%,与原鸡、绿头鸭、游隼的同源性为94%~99%。     

鸡Mx基因全长cDNA序列的克隆及分析

以Poly(I)-Poly(C)诱导鸡成纤维细胞Mx基因的表达,提取总RNA,RT-PCR扩增出全长Mx cDNA,扩增产物克隆入pMD19-T Simple载体中进行序列测定。结果表明:与GenBank公布的鸡Mx cDNA序列相比,其同源性达99.9%,为进一步研究鸡Mx基因的抗病毒活性和作用机理奠定了基础。     

郑州地区7株鸭源鸡杆菌的MALDI-TOFMS鉴定及其生物学特性分析

为了解郑州地区鸭源鸡杆菌的生物学特性和耐药情况,利用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)技术,从郑州地区某鸡场分离的细菌中鉴定出7株鸭源鸡杆菌。对分离菌株进行形态学观察、生化试验和药敏试验,结果显示,分离菌株在血平板上长成光滑、圆润、灰白色、半透明、边缘整齐且呈β-溶血的小菌落;L-阿拉伯醇、D-山梨醇、麦芽糖、海藻糖试验的鉴定结果表明,7株鸭源鸡杆菌可能属于不同的生物分型;整体上,分离菌株对头孢噻肟、头孢曲松、阿米卡星、庆大霉素等敏感,对氨苄西林、环丙沙星、妥布霉素、左氧氟沙星和氧氟沙星具有较强的耐药性,对克林霉素、四环素、氯霉素、复方新诺明具有严重的耐药性。     

鸡MOB基因的克隆与表达谱分析

摘要：MOB家族是一个庞大的高度保守的蛋白家族,MOB蛋白参与调控细胞周期和细胞形态形成,而且与肿瘤的发生发展可能有关。本研究利用RT-PCR技术克隆获得了鸡的MOB基因全长编码序列并测序验证;利用生物信息学方法对鸡MOB基因的遗传进化性和蛋白功能进行预测分析;并利用半定量RT-PCR技术对雏鸡的MOB基因进行组织表达谱分析。实验结果表明鸡MOB基因核酸和氨基酸序列与人和鼠的同源基因同源性在80%以上;生物信息学对MOB蛋白的功能预测,发现鸡MOB蛋白具有6个跨膜结构域和一个SAM结构域;组织表达谱分析表明鸡MOB基因在各个组织中均有表达,但在脑、肠、脾、肺、骨骼肌和肝脏中表达量较高。含SAM结构域的多种蛋白在胚胎发育、神经形成和白血病等过程中具有重要功能,相信本研究通过对鸡MOB基因的研究能够为人类同源基因的深入研究有所帮助,并希望为人类肿瘤发生机制的深人探讨提供有价值的参考。     

鸡Rab6基因的克隆和特征分析

Rab是真核生物细胞器进行物质交换和信息传递重要的小分子结合蛋白。研究采用RT-PCR方法从22周龄母鸡脂肪组织中克隆了Rab6基因的cDNA序列。序列长度为774bp,包含1个627bp完整的CDS,编码208个氨基酸。该序列(Genbank No:DQ470138)与鸭、人、小鼠、狗的Rab6有85.8%～93.1%的同源性,而相应蛋白的同源性达97.6%以上。蛋白预测的分子量和等电点分别为23490Da、5.42,与鸭、人、小鼠、狗的Rab6蛋白高度相似,在78～102氨基酸处有1个跨膜结构。分析结果表明Rab6基因及其蛋白质在动物进化中是高度保守的。     

鸡干扰素基因刺激因子cDNA克隆及生物信息学分析

试验旨在利用RT-PCR方法扩增鸡干扰素基因刺激因子CDs区,回收产物转化DH5α感受态细胞后提取质粒送测序,并根据测序结果对其进行生物信息学预测分析。结果显示鸡干扰素基因刺激因子基因CDs区为1140bp,编码379个氨基酸。同源性比对和系统进化分析显示,鸡干扰素基因刺激因子基因与环颈雉、火鸡、盔珠鸡等禽类同源性较高。生物信息学分析结果表明干扰素基因刺激因子蛋白理论分子量为42.6kD,平均亲水指数为-0.041,无信号肽,存在1个跨膜区;干扰素基因刺激因子蛋白主要定位于内质网。α-螺旋(54.62%)是主要的二级结构。该研究成功克隆了鸡干扰素基因刺激因子基因CDs区,并利用生物信息学软件对其进行了生物信息学分析预测,试验结果为进一步探讨鸡干扰素基因刺激因子在先天免疫中的生物学功能及抗病毒作用的分子机制提供了理论依据。     

褐飞虱Yellow基因的克隆及功能

【目的】克隆褐飞虱（Nilaparvata lugens）Yellow基因（NlYellow）,研究该基因在褐飞虱不同发育时期和不同组织中的表达谱,通过RNA干扰沉默NlYellow了解其功能。【方法】使用网络版primer3设计引物克隆NlYellow,将得到的cDNA序列翻译为氨基酸序列后,与GenBank数据库中其他物种的Yellow序列进行同源比对,并构建系统发育树。采用实时荧光定量PCR（qRT-PCR）技术,研究褐飞虱胚胎、1-5龄若虫以及成虫期NlYellow的相对表达量,并检测该基因在雌、雄成虫头、胸、腹、足、翅、卵巢和睾丸等组织中的相对表达量。向褐飞虱5龄若虫体内注射0.4 µg针对NlYellow的双链RNA,待羽化为成虫后观察表型。【结果】克隆得到NlYellowORF序列,通过序列比对发现它与豌豆蚜（Acyrthosiphon pisum）Yellow的氨基酸序列同源性最高(98%),但与黑腹果蝇（Drosophila melanogaster）、家蚕（Bombyx mori）等物种的氨基酸序列同源性较低。系统发育树分析显示它与豌豆蚜的亲缘关系最近。qRT-PCR显示NlYellow在胚胎期表达水平具有波动性,其中第1、3、4和5天中的表达量低于其他时段的表达量。此外,NlYellow在3龄和5龄若虫期表达量高于其他若虫期（P＜0.05）;该基因在雄虫头、胸、翅、足、中肠和睾丸中均有表达,但前4个组织中表达量相对较高（P＜0.05）;而在雌虫中,该基因只在头、胸、翅、足中表达。另外,该基因在短翅成虫中表达水平显著高于长翅成虫（P＜0.05）,并且在短翅成虫当中,雄虫中的表达量高于雌虫并达到显著水平（P＜0.05）。采用RNA干扰技术沉默NlYellow后,褐飞虱成虫整体体色变黄,胸、腹和足颜色变化尤其明显。【结论】初步推测NlYellow的功能是参与外表皮色素沉积,改变体色。     

家蚕hsp24.3基因的克隆及功能研究

 【目的】对家蚕 hsp24.3基因（Bmhsp24.3）的功能进行研究,为选育抗逆境家蚕品种提供基础材料和理论依据。【方法】在对家蚕基因组进行生物信息学分析的基础上,对家蚕低分子量热激蛋白基因 Bmhsp24.3进行克隆,然后利用家蚕的芯片数据对 Bmhsp24.3基因在5龄第3天幼虫不同组织中的表达模式进行分析,并利用半定量 RT-PCR技术,分别对 Bmhsp24.3基因在正常情况下和热刺激条件下家蚕5龄幼虫不同发育时期（1～6 d）后部丝腺中的表达状况以及10个不同家蚕品种5龄第3天幼虫丝腺中的表达情况进行了检测;最后将 Bmhsp24.3基因进行原核表达,获得重组蛋白 rBmHSP24.3,并进一步对该重组蛋白的功能进行了体外验证。【结果】Bmhsp24.3基因的编码区（CDS）长度为633 bp,编码210个氨基酸,为单外显子基因;RT-PCR检测发现该基因在家蚕的体壁、脂肪体以及丝腺组织中有较高水平表达,在其它组织中的表达不明显;同对照相比,不同家蚕品种以及不同发育时期的5龄幼虫在热刺激后,其后部丝腺中的Bmhsp24.3基因的表达显著升高。经 Native-PAGE和 SDS-PAGE分析表明,在高温条件下,表达获得的重组蛋白rBmHSP24.3能与硫氰酸酶形成稳定的复合物,使底物蛋白免受热刺激胁迫而变性,从而起着分子伴侣的作用。【结论】重组蛋白 rBmHSP24.3在体外具有分子伴侣的功能,推测该蛋白在家蚕体内同样具有分子伴侣的功能,在家蚕的抗逆境适应过程中起重要作用。