急性镉胁迫下草鱼肝胰脏中几个内参基因表达稳定性的比较研究

为筛选重金属镉胁迫下稳定性较好的内参基因,选择在镉胁迫下草鱼肝胰腺中4个候选内参基因18S核糖体RNA(18SRibosomal RNA,18SrRNA),甘油醛-3-磷酸脱氢酶(glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase,GAPDH),β-肌动蛋白(beta actin,β-actin)和β微球蛋白(beta-2-microglobulin,β2m)进行分析。结果表明,geNorm软件分析得到18SrRNA和β2m的M值为0.716,稳定性最好;NormFinder软件分析得到GAPDH和18SrRNA稳定值分别为0.423和0.431,稳定性较好;BestKeeper软件分析得到18SrRNA标准差为0.28,稳定性最好。研究结果知,在研究重金属镉胁迫下草鱼肝胰脏基因表达情况时应选用18SrRNA为内参基因。     

羊草不同组织实时定量PCR内参基因的筛选

为筛选羊草(Leymus chinensis)不同组织实时定量PCR(qRT-PCR)试验体系中的最佳内参基因,以羊草叶、茎、根、穗为研究材料,利用qRT-PCR技术分析TUA、TUB、18SrRNA、EF-1α、APRT、CYP、Actin和CBP20共8个常用候选管家基因的表达情况,并使用geNorm和NormFinder软件进行综合评价,以期筛选出羊草不同组织中最稳定的内参基因。结果表明,8个候选内参基因在羊草不同组织表达稳定性不同,其中,叶片中稳定性较高的内参基因是Actin;茎中稳定性较高的内参基因是EF-1a;根中稳定性较高的内参基因是APRT和18SrRNA;穗中稳定性较高的内参基因是TUB。本研究结果将为开展羊草功能基因的表达分析提供重要参考。     

多孢木霉HZ-31菌株胁迫下野燕麦内参基因的选择

为构建多孢木霉（Trichoderma polysporum） HZ-31菌株胁迫下野燕麦（Avena fatua L.）基因表达的RT-qPCR技术体系,筛选稳定内参基因,本研究利用GeNorm,NormFinder,BestKeeper和RefFinder 4个程序,对接种多孢木霉HZ-31菌株的野燕麦样本中8种候选内参基因（18S,28S,TUA,UBC,ACT,GAPDH,TBP和EF-1α）进行基于SYBR Green的RT-qPCR分析。结果表明TBP,18S和UBC是木霉侵染时野燕麦中表达最稳定的内参基因,TBP和TUA,TBP和GAPDH,18S和TBP,UBC和18S为最适宜两内参基因组合,可作为多孢木霉HZ-31菌株与野燕麦互作过程中功能基因表达分析的内参基因。     

草地早熟禾荧光定量PCR分析中内参基因的筛选

为筛选出草地早熟禾实时荧光定量中的最适内参基因,利用实时荧光定量PCR技术,分析检测6个传统内参基因ACT、GAPDH、UBQ、EF-1α、18s rRNA和β-tublin在草地早熟禾不同组织器官、叶片不同发育期、非生物胁迫和不同激素诱导下mRNA的表达差异情况。利用geNorm、NormFinder和BestKeeper软件综合评价6个候选内参基因的表达稳定性。结果表明,在不同组织、叶片不同发育期、激素诱导和非生物胁迫下,候选内参基因的表达稳定性存在差异。GAPDH在草地早熟禾不同组织器官中表达最为稳定;EF-1α在非生物胁迫下表达最为稳定;不同激素下首选β-tublin;在叶片不同发育期ACT表达最为稳定。综上所述,通过筛选出不同条件下适宜的内参基因不仅有助于提高草地早熟禾基因表达分析的准确性,也为早熟禾属植物其他内参基因的开发提供了理论参考。     

LPS诱导的免疫应激对肉鸡组织内参基因稳定性的影响

脂多糖(LPS)诱导的免疫应激下,选择适于校正肉鸡肝脏、心脏和回肠组织中目的基因表达量的内参基因。将30只1日龄的肉鸡随机分为对照组与处理组,21日龄时,处理组注射1 mg/kg的LPS,对照组注射等量灭菌生理盐水,2 h后,每组各取7只肉鸡的肝脏、心脏和回肠组织。通过实时荧光定量PCR技术(RT-q PCR)对各组织中β-肌动蛋白(ACTB)、β2-微球蛋白(B2M)、18 S核糖体RNA(18 S r RNA)、28 S核糖体RNA(28 S r RNA)和3-磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH)共5个内参基因的表达定量,利用Ref Finder和Ge Norm软件分析内参基因的稳定性及配对差异。结果显示:LPS刺激下,5个内参基因的表达水平有不同程度的变化。18 S r RNA、ACTB和GAPDH适于肝脏中目的基因表达量的校正;B2M和GAPDH适于心脏中目的基因表达量的校正;18 S r RNA和ACTB适于回肠中目的基因表达量的校正。选择表达稳定性高的内参基因适于校正目的基因的表达量,RT-q PCR应根据不同的研究对象进行选择,建议选择2个或2个以上的内参基因。     

绵羊基因表达定量分析内参基因的筛选

内参基因在基因表达定量分析中常用于修正基因的表达量,但不同条件下内参基因的表达并不稳定。本实验旨在选出在绵羊不同组织稳定表达的内参基因。选取6月龄广灵大尾羊的皮肤、肾周脂肪、肝脏、背部最长肌组织为实验样本,用实时荧光定量PCR方法分别测定内参基因GAPDH、18S rRNA、B2M、ACTβ、RPLPO、YWHAZ在绵羊各组织内的mRNA丰度,经GeNorm、NormFinder及BestKeeper综合分析内参基因的稳定性。结果表明:在绵羊背部最长肌和肾周脂肪中,3个软件都得出GAPDH表达最稳定;在肝脏中,3个软件都得出RPLPO表达最稳定;在皮肤中,GeNorm和NormFinder均得出18S rRNA表达最稳定,而GeNorm和BestKeeper均得出GAPDH表达最稳定,所以选取18S rRNA或GAPDH作为内参基因;比较4个组织中表达最稳定的基因时,GeNorm和NormFinder软件均得出RPLPO表达最稳定,而BestKeeper分析表明B2M基因稳定性最好,所以选取RPLPO或B2M作为内参基因。     

基于实时荧光定量PCR筛选巨菌草内参基因

以巨菌草(Pennisetum giganteum)的叶片、茎、根为试验材料，通过分析8个基因18s rRNA、Actin、GAPDH、ACTB、EF-1α、UBQ、CYP、TUB在正常生长、干旱以及盐碱胁迫下荧光定量PCR中稳定性表达情况，筛选巨菌草的稳定内参基因。利用geNorm、NormFinder和BestKeeper软件计算内参基因的表达稳定值并进行排序，最终通过赋值法综合排序确定稳定内参基因。结果表明，内参基因的稳定性在不同处理下存在差异。其中，ACTB稳定性好，为本研究筛选出巨菌草的内参基因。本研究筛选出的内参基因，为后续巨菌草功能基因表达分析奠定了基础。     

乳腺癌细胞(MCF-7)内参基因的选择

将稳定转染了真核表达载体pcDNA V5 HisB-rib-esp的乳腺癌细胞(MCF-7)和正常传代细胞分别于10%和20%胎牛血清(FBS)的DMEM条件下培养,连续传代3次以上。运用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术检测上述4种细胞样品中5种常用看家基因3磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH)、肌动蛋白(β-actin)RNA聚合酶Ⅱ(RPⅡ)、β2微球蛋白(β2-M)、18S核糖体RNA(18SrRNA)的mRNA稳定表达情况,并使用geNorm程序对其稳定性进行评价确定需要的内参基因数目,以选择转染过程中表达最稳定的内参基因。结果表明,5种看家基因表达稳定度M值的排序为:RPⅡ=18SrRNA>β2-M>β-actin>GAPDH,需要2个内参基因(RPⅡ和18SrRNA)共同校正目的基因的表达。RPⅡ和β2-M分别是不同血清下和转染前后表达最稳定的内参。     

大针茅干旱胁迫下最佳内参基因组合的筛选及验证

经qRT-PCR,采用ΔCt值分析法、geNorm和NormFinder软件分析法综合比较Act2、TUB-α、TUB-β、18S rRNA、GAPDH、EF-1a、RNA POL II、APRT、TLF9个基因的稳定值,筛选大针茅干旱胁迫下基因表达分析最佳内参基因组合。结果表明,在根中最稳定的内参基因组合为18S rRNA和EF-1a,在叶中最稳定的内参基因组合为18S rRNA和TLF。在不同干旱胁迫下用大针茅根和叶中PIP2-1和PIP2-2基因表达差异验证最佳内参基因组合的稳定性表明,所筛选的内参基因稳定性较好,可以作为大针茅干旱胁迫基因表达的内参基因。     

鸭茅根组织实时定量PCR分析中候选内参基因的筛选

实时荧光定量PCR（qRT-PCR）技术已成为研究基因表达的重要技术之一。以鸭茅（Dactylis glomerata）根组织为材料,利用qRT-PCR技术检测ACTIN（肌动蛋白酶）、TCTP（翻译控制肿瘤蛋白酶）、UBC（泛素结合酶）、ZTL（ZTL蛋白酶）、GAPDH（甘油醛-3-磷酸-脱氢酶）和SAMDC（腺苷甲硫氨酸脱羧酶）6个候选内参基因在不同非生物胁迫环境下的表达情况,并运用Genorm3.5,Delta-Ctmethod,NormFinder0.953,Bestkeeper1.0和RefFinder软件分析各候选内参基因在鸭茅根组织中的表达稳定性。结果表明：6个候选内参基因综合表达稳定性从高到低排序为ACTIN,TCTP,GAPDH,UBC,ZTL,SAMDC;在干旱胁迫、盐胁迫、涝胁迫、热胁迫与ABA处理条件下,表达稳定性最高的基因是ACTIN;在涝胁迫条件下,表达稳定性最高的基因是TCTP;在不同的胁迫条件下,表达稳定性最低的基因是SAMDC。综合分析可知,基因ACTIN和TCTP最适合作为鸭茅非生物胁迫研究的候选内参基因,这可为鸭茅非生物胁迫下各种基因表达研究奠定基础。     

白羽王鸽不同组织RT-qPCR内参基因的筛选

内参基因的正确选择是获得精准、可靠RT-qPCR数据的重要前提。本研究随机选取3只28日龄的白羽王鸽,采集心、肝、脾、肺、肾、胸肌、腿肌、腹脂、卵巢9个组织作为实验材料,选取GAPDH、β-actin、18S rRNA和RPS24个常见的内参基因作为候选内参基因。利用RT-qPCR技术和geNorm、NormFinder、BestKeeper软件及Ct值分析法对候选基因在不同组织中的表达进行检测和稳定性分析。结果表明:geNorm、NormFinder软件分析与Ct值分析法的结果一致,即18S rRNA基因稳定性最佳,RPS2次之;BestKeeper软件的分析结果显示RPS2基因表达稳定性最好,18S rRNA基因次之。因此,推荐选择RPS2+18S rRNA的内参基因组合用于白羽王鸽不同组织基因表达的研究。     

Validation of candidate bovine reference genes for use with real-time PCR

Accurate quantification with real-time PCR requires the use of stable endogenous controls. Recently, there has been much debate concerning the stability of commonly used reference or housekeeping genes. To address this concern, a number of statistical approaches have been designed to analyse data and assist in determining the most appropriate reference genes for experimental comparisons. In this study, three programs, BestKeeper, Norm Finder, and geNorm were used to assess four candidate reference genes: 18S rRNA, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH), acidic ribosomal protein large (RPLP0) and beta-actin, for use in expression profiling of individuals from divergent cattle genotypes subject to parasitic challenge with the cattle tick Boophilus microplus. Results demonstrated beta-actin and GAPDH were the most suitable reference genes in blood and could be used either individually or combined as an index to normalise data. RPLP0 was identified as the least stable gene, while 18S rRNA was omitted as being too highly expressed. As the recommendations on the most suitable reference genes varied between the programs, it is recommended that more than one should be utilised, to ensure the most robust experimental tools are selected.     

模拟增温下短花针茅实时荧光定量内参基因的筛选及验证

本研究以荒漠草原植物短花针茅(Stipa breviflora)为材料,在模拟增温处理下,通过q RT-PCR试验分析9个候选内参基因的表达稳定性,运用Delta-CT法,ge Norm,norm Finder,Bestkeeper软件及Ref Finder在线工具进行候选内参基因的稳定性分析。经普通PCR剔除3个内参基因后,6个候选内参基因表达稳定性由高到低排序为:TLF,18 s r RNA,APRT,TUBα,EF-1α,Actin2。以TLF作为内参基因,在模拟增温下短花针茅转录组数据库中随机选择5个基因进行验证。q RT-PCR结果表明,5个验证基因在增温与对照之间的相对表达量存在倍率变化,且与转录组测序中的变化趋势一致,从而确定TLF为短花针茅增温处理下的最佳内参基因。     

角蛋白26基因在超细型和细型细毛羊皮肤组织中的表达差异

采用超细型和细型细毛羊皮肤组织为试验材料,以18S rRNA、β-actin、GAPDH等基因为内参,角蛋白26(keratin 26,KRT26)为目的基因,建立了基于SYBR Green Ⅰ染料技术的Real-time PCR检测体系,并分析KRT26基因在不同细度绵羊皮肤组织中的表达差异。结果表明,以cDNA为模板建立的标准曲线循环阈值(Ct)与标准cDNA模板在一定浓度范围内呈良好的线性关系,当以18S rRNA、β-actin、GAPDH作为内参基因时,KRT26基因在超细型细毛羊皮肤组织中的表达水平是细型细毛羊皮肤组织中的1.5倍。初步确定KRT26基因与毛细度具有相关性,这将为进一步研究分子育种和绵羊毛纤维细度性状的改良提供依据。     

H5N1禽流感病毒感染小鼠后内参基因的筛选

本研究旨在评定H5N1禽流感病毒(H5N1 avian influenza virus,H5N1 AIV)感染小鼠后,脾脏组织中6个候选内参基因酪氨酸3/色氨酸5-单加氧酶激活蛋白(tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein,Ywhaz)、次黄嘌呤磷酸核糖转移酶1(hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase 1,Hprt1)、琥珀酸脱氢酶A亚基(succinate dehydrogenase flavoprotein subunit,Sdha)、β-肌动蛋白(β-actin,Actb)、肽基脯氨酰异构酶A(peptidyl prolyl isomerase A,Ppia)和18S核糖体RNA(18S ribosomal RNA,18S rRNA)的稳定性。通过H5N1 AIV强毒株A/DK/GD/378/08感染小鼠,采用Real-time PCR方法分别于12、24、48、72、96、120和144 h检测感染组与对照组中6个候选内参基因的表达水平,然后用Genorm软件对内参的稳定性进行评价。结果表明,正常小鼠脾脏组织中6个内参基因稳定度由高到低分别为Ywhaz/Hprt、Sdha、Actb、Ppia、18S rRNA;H5N1 AIV感染的小鼠脾脏组织中6个内参基因稳定度由高到低分别为Ppia/Sdha、18S rRNA、Hprt、Ywhaz、Actb;综合评价正常和H5N1 AIV感染后小鼠脾脏组织中6个内参基因的表达稳定度由高到低分别为Sdha/Hprt1、Ywhaz、Ppia、Actb、18S rRNA。因此,小鼠脾脏组织中Ppia和Sdha是研究H5N1 AIV在机体中复制时最理想的2个内参基因;Sdha和Hprt1则是在研究H5N1 AIV与机体相互作用时最理想的2个内参基因。     

ORIGINAL ARTICLE: Putative reference genes for gene expression studies in propionate and β‐hydroxybutyrate treated bovine adipose tissue explants

Accurate gene expression normalization using a stable reference gene (RG) improves the reliability of quantitative real‐time PCR (qPCR) results. Therefore, a validation of RGs should be done before their use. Only few studies on RGs have been done in cattle, and none in bovine adipose tissue (AT) explants, therefore, we characterize the effects of an in vitro treatment with propionate and β‐hydroxybutyric acid (BHB) on the mRNA content of these RGs comparing the output data from the geNorm^TM and the Normfinder^© program. geNorm^TM and Normfinder^© estimated the most stable RGs in the following sequence for subcutaneous and for retroperitoneal AT explants treated with propionate: low density lipoprotein receptor‐related protein 10 (LRP10) > hippocalcin‐like 1 (HPCAL1) > glyceraldehyde‐phosphate‐dehydrogenase (GAPDH) > ribosomal protein S9 (RPS9) > RNA polymerase II (Pol II) > beta2 actin (ACTB) > 18S ribosomal RNA (18S rRNA). BHB treated AT explants yielded a different stability ranking for RGs using geNorm^TM: HPCAL1, GAPDH > Pol II > LRP10 > ACTB > RPS9 > 18S rRNA. Normfinder^© estimated a different stability ranking for the RGs as shown in the following sequence for subcutaneous and retroperitoneal AT explants treated with BHB: HPCAL1 > Pol II > GAPDH > ACTB > LRP10 > RPS9 > 18S rRNA. Subsequent pairwise analysis of variation of RGs using geNorm^TM suggested that LRP10, HPCAL1 and GAPDH should be used for accurate normalization of subcutaneous and retroperitoneal AT explants treated with propionate, while HPCAL1, GAPDH and Pol II should be used for BHB treatment.     

脂多糖染毒小鼠稳定内参基因的筛选

本研究旨在筛选脂多糖(lipopolysaccharides,LPS)染毒小鼠的理想内参基因。试验以健康小鼠肝脏和LPS染毒后3、6、12、18 h的小鼠肝脏为研究对象,荧光定量RT-PCR评价YWHAZ、HPRT1、PPIA、ACTB和18S rRNA 5个内参基因的表达情况,并用geNorm软件分析其表达的稳定性。结果表明,除18S rRNA在LPS染毒时不能稳定表达外,其余4个内参基因在健康小鼠肝脏和LPS染毒小鼠肝脏中均能稳定表达,其中PPIA和YWHAZ的表达最稳定。本试验结果为荧光定量RT-PCR研究LPS与小鼠相互作用时mRNA表达水平提供了依据。