一株海洋细菌HZBN43的鉴定

[目的]鉴定1株分离自黄海海水的细菌菌株HZBN43。[方法]采用16S rRNA技术,对细菌样品株HZBN43进行鉴定,并对其进行系统分析。[结果]通过PCR扩增获得1 521 bp的16S rRNA序列,将其与NCBI已登陆的其他同源序列进行系统分析,确定了此株海洋细菌属于芽孢杆菌属(Bacillus)。虽然与已知种Bacillus selenatarsenatis的相似性为99.79%,但系统分析表明,置信度仅为46,可能受分析序列较短所限。要将其确定到种,尚需要其他研究佐证。     

一株海洋光合细菌D25的分离与鉴定

从威海近海采得的海洋沉积物中经过富集培养和分离筛选,得到一株紫色菌落的海洋光合细菌,编号为D25。利用梅里埃公司细菌鉴定系统对菌株的生理生化特征进行了检测,API 20E检测结果共有ADH、CIT等4项检测项目呈阳性,ONPG、LDC等16项检测项目呈阴性。经PCR反应得到16S rRNA基因序列,16S rRNA基因序列测定和分析结果显示该菌株为嗜硫小红卵菌(Rhodovulum sulfidophilum)。     

微拟球藻培养中共生关系的初步研究

[目的]为了获得对海洋产油藻的生长具有促进作用的共栖菌株,对实验室条件下微拟球藻与共栖细菌共生关系进行了初步研究。[方法]利用琼脂扩散法,16S rDNA系统发生学分析和互补共培养法,对海洋产油微藻微拟球藻的4株共栖细菌进行分离鉴定并对其与微藻的共生关系进行初步研究。[结果]16S rDNA系统发生学分析显示FG-2,FG-3,FG-4,FG-5这4株细菌分别与Paracoccussp.JAM-AL07,Planom icrobiumsp.EP-20,Stappia stellulatasp和Idiomarinasp.JAM-GA26的16S rDNA基因序列具有较高的相似性。通过藻菌间相互作用的相关试验表明,来自微拟球藻的胞外有机物能够促进FG-3,FG-4,FG-5的生长;FG-3能够促进微拟球藻的生长。另外,还首次报道了在固体平板上观察到共栖细菌与微拟球藻的共生现象。[结论]FG-3与微拟球藻间存在共生关系,并且FG-3对微拟球藻的生长具有一定的促进作用。     

牙鲆鱼肠道鼠李糖乳杆菌P15的分子鉴定与系统发育分析

[目的]对1株分离自健康牙鲆鱼肠道固有菌群的乳杆菌P15进行分子鉴定。[方法]利用PCR技术测定该菌株的16S rRNA基因序列,然后在GenBank中进行相关细菌相应序列的同源性比对,利用MEGA（4.0）软件进行系统发育学分析。[结果]获得了该菌株的16S rRNA基因序列（登录号为AY852248）。菌株P15与鼠李糖乳杆菌（Lactobacillus rhamnosus）的亲缘关系最近。[结论]菌株P15被鉴定为鼠李糖乳杆菌。     

嗜热蛋白酶生产菌DPE7的16 S rRNA基因克隆及系统发育

[目的]确定嗜热蛋白酶生产菌DPE7的系统发育地位。[方法]通过PCR方法扩增出嗜热蛋白酶生产菌DPE7的16 S rRNA基因片段,并对其进行了克隆和测序。[结果]对该序列在GenBank中的BLAST结果表明,相似性高于99%的序列中大部分是泥土芽胞杆菌的16 S rRNA基因序列,其中与Geobacillus toebii T1680的16 S rRNA基因序列相似性达99.60%。对菌株DPE7和其他13株泥土芽胞杆菌的16 S rRNA基因序列进行系统发育分析,菌株DPE7与其中的4株泥土芽胞杆菌聚类在一起。[结论]经16 S rRNA基因序列同源性比较和系统发育分析,确定菌株DPE7为泥土芽胞杆菌。     

副猪嗜血杆菌的分离与鉴定及其16S rRNA 生物信息学分析

从湖南省内送检的疑似患多发性浆膜炎与关节炎的猪病料中分离到12株细菌,细菌学试验证明12株细菌均符合副猪嗜血杆菌(Haemophilus parasuis,HPS)形态、培养和生化特性.根据HPS 16S rRNA序列设计引物对12株细菌进行PCR扩增,均得到预期目的条带,将扩增片段测序并运用DNAStar软件与GenBank中不同血清型HPS基因序列进行比对,表明其与Genbank中已公布的不同血清型HPS菌株16S rRNA序列的同源性为90.4%~99.9%,其中与血清5型同源性最高,对所测序列与参考序列进行遗传进化树分析,结果表明其中11株属于血清5型HPS.     

养殖大菱鲆肠炎病的流行病学和病原学研究

[目的]肠炎病是目前大菱鲆养殖行业中比较常见的疾病之一,该病感染率高,传播迅速。[方法]从山东半岛3个不同的养殖厂肠炎病发病大菱鲆体内分离致病菌,对其进行了常规生理生化特征测试和16S rRNA基因序列对比研究。[结果]从发病大麦鲆体内共分离到了株优势细菌。理化特征分析结果显示这3株菌中有2株分别与溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)和大菱鲆弧菌(Vibrio scophthalmi)表型特征非常相似,另1株细菌被证实为非弧菌属的细菌,具体定种尚需进一步研究。分析这2株弧菌属细菌的16S rRNA基因序列并构建了系统发育树,结果表明这些菌株与溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)和大菱鲆弧菌(Vibrio scophthalmi)的亲缘关系最近。[结论]从发病大菱鲆体内分离菌株的2株细菌被鉴定为溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)和大菱鲆弧菌(Vibrio scophthalmi)。     

BIOLOG碳源筛选与分离技术结合研究新疆哈密南湖嗜盐菌多样性

[目的]获得新疆哈密南湖的嗜盐菌,并分析其生物多样性,以期为分离培养基碳源设计引入一种快速可行的方法.[方法]利用BIOLOG筛选碳源并结合可培养方法分离哈密南湖中的嗜盐菌,通过16S rRNA基因序列系统发育分析法初步确定所分离菌株的分类地位,获得嗜盐菌的多样性信息.[结果]BIOLOG方法筛选出5种碳源,分别为海藻糖、蔗糖、柠檬酸、甘油和甘露醇.通过将筛选碳源添加至分离培养基的方法,共分离得到细菌和放线菌27株,分属于细菌域中3个门7个科14个属.多数菌株归属于厚壁菌门(Firmicutes),最优势菌株属于薄壁芽孢杆菌属(Gracilibacillus).其中6株菌株的16S rRNA基因序列与最近缘种的同源性在94.24;～96.86;,可能为潜在的新种或新属.[结论]新疆哈密南湖嗜盐细菌和放线菌都具有较为丰富的生物多样性,其嗜盐菌主要以薄壁芽孢杆菌和盐单胞菌为主,并且该地区可能含有丰富的嗜盐菌新物种,具有进一步开发研究价值.     

浒苔降解菌分离筛选与鉴定

[目的]分离筛选与鉴定浒苔降解菌。[方法]从连云港海域浒苔生长环境的海水、海泥及浒苔腐烂液中分离出11株细菌和5株真菌,利用分离所得菌株进行浒苔生物降解试验。[结果]菌株H1对浒苔降解效果最好,3 d降解率即可达68.10%。通过形态学和生理学特征及16S rRNA基因序列分子生物学分析,鉴定菌株H1为假交替单胞菌属海洋细菌。[结论]筛选出的H1菌株可快速有效降解浒苔,具有良好的应用前景。     

深圳湾水域微藻的分离及分子生物学鉴定

微藻应用广泛,微藻生物燃料是近年研究热点.深圳的地理和气候条件都非常适宜微藻的生长,具有丰富的微藻资源.从深圳湾水域3个不同位置分别采集了表层和深层(5 m)的水样,利用Soil extrat培养基和Kuhl培养基对水样中的微藻进行分离.将分离得到的菌株扩大培养后提取其基因组DNA,经聚合酶链式反应(PCR)放大18S rRNA,利用内切酶st Ⅰ和TaqⅠ对PCR产物进行双酶切反应以筛选不同的菌株.将不同菌株的PCR产物测序后通过与美国国家生物技术信息中心数据库比对,确定微藻品种.共得到微藻菌株71个,分属于16个不同的属,利用MEGA 5软件建立了系统发育树.同时,初步建立了深圳本地微藻种质资源库.     

漳州紫泥围垦区海水中弧菌类群研究

[目的]调查紫泥围垦区海水中弧菌类群组成,为相关病害的预防和控制提供有价值的资料。[方法]采用TCBS(Thiosulfate Citrate Bile Salts Sucrose)培养基从紫泥围垦区海水中分离得到48株细菌,应用16S rRNA基因-RFLP(限制性酶切图谱多样性分析)、16S rRNA基因序列及系统进化分析方法对48个菌株进行分子鉴定。[结果]紫泥围垦区海水弧菌包括4个类群,分别为group 1-Vibrio crassostreae,占14.6%;group 2-V.atlanticus,占58.3%;group 3-V.splendidus,占12.5%;group 4-V.lentus,占14.6%。4类弧菌皆属于V.splendidus进化分支,能引起虾类、贝类动物的疾病。[结论]该研究明确了特定时间段内紫泥围垦区弧菌为V.splendidus相关的类群,对于针对性地防控这些弧菌引起的养殖动物疾病具有一定的指导价值。     

高体革鯻线粒体DNA16S rRNA和COI基因片段的克隆和序列分析（摘要）

[目的]为高体革鯻的遗传资源、物种间的亲缘关系和系统进化等研究提供一定的生物学依据。[方法]采用PCR扩增和序列测定等技术,对高体革鯻线粒体DNA16S rRNA和COI基因片段进行初步研究。[结果]经PCR扩增和测序,分别得到16SrRNA和COI基因片段的碱基序列,其中16SrRNA基因片段的大小为791bp,碱基A、T、G、C的含量分别为31.6%、21.4%、20.4%和26.7%;COI基因片段的大小为631bp,碱基A、T、G、C含量分别为27.7%、23.6%、29.8%和18.9%。在这2个基因片段中,GC含量均低于AT含量,AT/GC分别为1.13和1.05。[结论]通过对高体革鯻16SrRNA和COI2个基因片段遗传特征的研究,发现其种内变异比较低,在3个样本中16SrRNA基因片段序列完全一样,COI基因片段也完全一样,说明高体革鯻的这2个基因都非常保守。     

高体革鯻线粒体DNA 16S rRNA和COI基因片段的克隆与序列分析

[目的]为高体革鯻的遗传资源、物种间的亲缘关系和系统进化等研究提供一定的生物学依据。[方法]采用PCR扩增和序列测定等技术,对高体革鯻线粒体DNA 16S rRNA和COI基因片段进行初步研究。[结果]经PCR扩增和测序,分别得到16S rRNA和COI基因片段的碱基序列,其中16SrRNA基因片段的大小为791 bp,碱基A、T、G、C的含量分别为31.6%、21.4%、20.4%和26.7%;COI基因片段的大小为631 bp,碱基A、T、G、C含量分别为27.7%、23.6%、29.8%和18.9%。在这2个基因片段中,GC含量均低于AT含量,AT/GC分别为1.13和1.05。[结论]通过对高体革鯻16S rRNA和COI2个基因片段遗传特征的研究,发现其种内变异比较低,在3个样本中16S rRNA基因片段序列完全一样,COI基因片段也完全一样,说明高体革鯻的这2个基因都非常保守。     

产蛋白酶海洋细菌的筛选及产酶工艺优化

[目的]筛选产蛋白酶的海洋细菌资源。[方法]分别采用2216E培养基和酪蛋白固体培养基,对采自宁波洋沙山和象山海域的海水进行微生物的分离与纯化,采用平板透明圈法初筛和酶活力测定法复筛,采用16S r DNA序列分析进行菌株鉴定,并进行产酶工艺优化研究。[结果]纯化出15株产蛋白酶海洋细菌,从中筛选出1株产蛋白酶活力最高的菌株PB02,经鉴定为交替假单胞菌(Pseudoalteromonas sp.)。该菌株最适培养温度为20℃,最适装液量为10%,最适接种量为0.5%,最适转速为100 r/min,最适培养基pH为7。酶促反应最适温度为40℃,最适pH为10。[结论]该研究为蛋白酶高产菌株的改造和定向进化奠定了资源基础。     

拜城盐山免培养放线菌多样性研究

[目的]研究新疆拜城盐山高盐环境中的放线菌多样性,为今后的开发和利用奠定基础.[方法]应用基于16SrRNA基因序列的免培养技术和系统发育分析方法对拜城盐山样品中的放线菌多样性进行研究.采用SDS- CTAB方法提取样品中的总DNA,利用特异性引物扩增样品DNA中的放线菌16S rRNA基因,并构建放线菌16S rRNA基因克隆文库;通过比较酶切图谱,挑选克隆文库中的代表克隆,进行序列测定和BLAST比对分析.[结果]构建的放线菌克隆文库共包含216个放线菌克隆.克隆序列经过BLAST比对分析,放线菌亚纲中的克隆有171个,占总克隆数的79.2;.酸微菌亚纲45个克隆,占总克隆数的20.8;,与GenBank中已知的微球菌16S rRNA基因序列最大相似度小于92;,是酸微菌亚纲中新的类群.优势放线菌为放线菌亚纲棒杆菌亚目诺卡氏菌科( Nocardiaceae)的红球菌属(Rhodococcus),占克隆总数的51.9;.有24.5;的序列与已有效发表菌株的序列相似性小于97;,部分序列形成了几个独立的进化分支,可能代表着放线菌新的类群.[结论]拜城盐山存在着较为丰富的放线菌种类,并且潜藏着新类型的放线菌资源.     

回头岸礁区4 种造礁珊瑚中可培养细菌的多样性

采用稀释涂布平板法,分离三亚鹿回头岸礁区4种造礁珊瑚及其周围海水中的细菌,并基于16S r RNA基因序列进行了系统发育分析,从而探讨造礁珊瑚中可培养细菌的物种多样性。从澄黄滨珊瑚(Porites lutea)、鹿角珊瑚(Acropora sp.)、盔形珊瑚(Galaxea sp.)、扁脑珊瑚(Platygyra sp.)样品中分别分离获得细菌60、61、54、20株,从珊瑚周边海水中分离获得细菌31株。16S r RNA基因序列分析表明,珊瑚来源的细菌分布于放线菌门(Actinobacteria)、α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)、γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)。在属级水平上对4种珊瑚及海水来源细菌群落组成分析,发现在4种珊瑚中均有分布的属有3个,为Brachybacterium、Microbacterium和Ruegeria,珊瑚来源细菌类群有一定差异。同时发现4种珊瑚来源细菌与海水来源细菌类群差异较大。在分离的菌株中,有7株菌与已有效描述的细菌物种典型菌株的全长16S r RNA基因相似性低于97%,代表着潜在新属或新种。试验结果表明,三亚鹿回头岸礁区珊瑚中存在较为丰富的细菌多样性,并潜藏较多的新物种资源。     

一株产抗霉菌活性物质的海洋细菌鉴定

[目的]为了研究柄海鞘体内的微生物能否产生具有抗菌功能的活性物质。[方法]从烟台海域的柄海鞘中筛选到一株细菌,命名为N2。采用透明圈法进行抑菌试验,同时进行菌落形态、常规生理生化研究和细菌鉴定系统测试。为了进一步确定菌株N2的分类学地位,测定其16S rRNA基因序列,与相关细菌种属相应序列的同源性进行比较,并构建系统发育树。[结果]菌株N2具有抑制霉菌生长的特性;菌株N2属于革兰氏阳性菌,杆状,具有鞭毛,菌落呈乳白色,菌株N2与Bacillus属细菌的特征相似;菌株N2与枯草芽孢杆菌的亲缘关系最近,相似性达99%。[结论]菌株N2可鉴定为枯草芽孢杆菌,可以将其作为潜在的海洋有益菌应用于抗肿瘤和植物病害的防治。     

广西北仑河口红树林底泥放线菌多样性及其抑制甘蔗鞭黑粉菌活性分析

[目的]分析广西北仑河口红树林底泥放线菌多样性及其次级代谢产物抑制甘蔗鞭黑粉菌活性,为挖掘放线菌新物种及其新型农用杀菌剂打下基础.[方法]选取6种分离培养基,采用稀释涂布法对广西北仑河口红树林底泥样品进行分离培养,ISP2培养基纯化菌株,基于16S rRNA序列分析样品中放线菌多样性,并以牛津杯法对分离得到的菌株进行抑制甘蔗鞭黑粉菌活性测定.[结果]经排重合并和16S rRNA序列比对分析,从广西北仑河口红树林底泥中共分离得到36株放线菌,隶属于6目9科12属,链霉菌属(Streptomyces)为优势菌属,共有5株菌株的16S rRNA序列与标准菌株的相似性低于98.00%,可能为潜在新物种.抑菌活性测定结果表明,36株放线菌中有22株菌对甘蔗鞭黑粉菌有抑制作用,占所分离放线菌总数的61.11%.[结论]广西北仑河口红树林底泥中蕴藏着丰富的海洋放线菌资源,具有开发成新型农用生防杀菌剂的潜力.     

鲤鱼嗜水气单胞菌的分离与鉴定

[目的]分离、鉴定鲤鱼嗜水气单胞菌。[方法]从具有典型细菌性败血症症状的病鱼或濒死鱼中分离到2株优势菌,经分离培养、人工感染试验、毒力因子和16S rRNA基因序列的测定,研究分离菌的形态、生理生化特征及致病性。[结果]分离到的2株优势菌的菌落形态特征基本一致,经鉴定,确认为嗜水气单胞菌。无菌滤液试验表明,鲤鱼细菌性败血症不是由病毒引起的。腹腔注射分离菌菌悬液的鱼在7 d内全部死亡,人工感染试验的症状与自然发病相似,且再次感染后又可分离到该菌株。分离提纯的致病菌株产生了β-溶血环,经蛋白酶试验为阳性。16S rRNA基因序列同源性分析发现同源性为98%。[结论]嗜水气单胞菌是鲤鱼细菌性败血症的致病菌。