菜薹转录组中SSR信息与可用性分析

利用菜薹转录组分析检测到48 975条unigene（38.17 Mb）序列数据,运用MIcroSAtellite（MISA）工具发现其中具有1 ~ 6个核苷酸重复类型的SSR位点11 879个,SSR位点发生频率为1/3.2 kb（312.5/Mb）。6种SSR位点类型中主要为1 ~ 3个核苷酸重复,占总SSR位点数的99.01%,其中单、二和三核苷酸类型分别为41.11%、28.23%和29.67%。发现重复序列的基序58个,重复次数在5 ~ 23之间,其中出现频率高的基序主要有A/T、AG/CT、AT/AT、AC/GT、AAG/CTT和AGG/CCT。重复序列长度在10 ~ 60 bp之间,大多小于20 bp,大于20 bp的仅有7.9%（938个SSR位点）。设计出676对具有潜在多态性的SSR引物组合,从中随机抽取30对引物进行PCR扩增验证其可用性,发现22对引物在4份菜薹种质中的扩增产物条带清晰稳定,其中12对引物具有多态性。     

韭菜全长转录组SSR信息分析及分子标记开发

利用MISA软件筛选韭菜（Allium tuberosum）全长转录组测序获得的49 876条（大于500 bp）转录本序列（89.44 Mb），共检测出13 111个SSR位点，分布在10 332条转录本中，SSR出现频率为26.29%，平均分布距离为6.82 kb。在搜索的6种SSR位点类型中，1 ~ 3个核苷酸重复类型占主要地位，占总SSR位点数的98.74%，其中单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复类型分别为66.55%、12.52%、19.67%。发现重复序列的基序有103个，其中二核苷酸和三核苷酸重复类型中出现频率高的基序有AC/GT（2.54%）、CA/TG（2.29%）、GAA/TTC（1.85%）和AAG/CTT（1.60%）。重复序列的长度在10 ~ 289 bp之间，其中小于20 bp的有11 128个（84.88%），大于20 bp的有1 983个（15.12%）。根据这些SSR位点，共设计出3 311对SSR引物，在随机选取的208对引物中有164对（78.85%）能进行有效扩增，其中39对引物在24份韭菜种质资源中表现出多态性。利用多态性引物SSR41，鉴定出‘马蔺韭’ב791’后代中的6株有性生殖后代。以上结果表明，基于韭菜全长转录组测序开发的SSR标记可以为韭菜的遗传多样性分析、种质资源鉴定和有性生殖后代筛选提供充足可靠的标记来源。     

香菇EST-SSR标记的开发及应用

从NCBI中下载了12 184条香菇(Lentinula edodes)表达序列标签(expressed sequence tag,EST)序列,处理后得到全长3 681 177 bp的4 684个Unigene.在其中共发掘出142个简单重复序列(simple sequence repeat, SSR),分布于120条EST中,分布频率为2.99% (平均分布距离:25.924 kb).其中,单、二、三核苷酸重复是主要的重复类型,A/T,AG/CT,ACG/CTG是单、二、三核苷酸的主要重复基序,分别占所有EST-SSR的23.23%、21.83%和10.56%.利用引物设计软件PrimerPremier5.0设计了40对引物,并利用6%变性聚丙烯酰胺凝胶在18个香菇品种中进行检测.其中,22对引物为多态性引物,多态率为55%.应用NTSYS软件的聚类方法分析表明,18份材料遗传相似系数范围为0.375～0.984,与前人研究结果相符.     

牡丹EST序列中的微卫星分析

NCBI的dbEST数据库中2 204条牡丹EST序列经过预处理获得2 048个高质量的序列,经拼接,获得318个Contigs和636个Singlets.其中142条拼接序列共检测出167个微卫星(简单序列重复,SSR),平均1.18个SSR/Contig或Singlet.这些微卫星从二至四核苷酸重复都有出现,二、三核苷酸重复类型占多数(97.61％),其中二核苷酸重复为46.71％,三核苷酸重复为50.90％.二核苷酸重复类型中出现最多的是AG/TC和GA/CT,分别占SSR总数的20.36％和16.77％,三核苷酸重复类型以AGA/TCT、GAT/ATC最多,分别占总SSR的5.40％.最后对含有微卫星的Contigs和Singlets进行基因注释、功能分类.     

冬凌草转录组SSR位点分析及多态性初步评价

以冬凌草转录组为研究对象,使用Microsatellite(MISA)软件进行SSR搜索,分析冬凌草中SSR位点信息,并利用Primer 3设计SSR引物,对其多态性进行初步评价。结果表明:研究共发现11 114个SSR,分布于8 873条独立基因(Unigenes)中,SSR位点出现频率为24.90%,共有55种重复基元,平均每3 517bp含1个SSR位点。SSR位点所包含的重复类型中,二核苷酸重复是主要类型,占总SSR的47.71%;其次是单碱基重复类型(35.46%)。SSR所包含的重复基元中,单核苷酸重复基元A/T和二核苷酸重复基元AG/CT是优势重复基元,分别占总SSR的34.95%、30.16%。多态性进行评价结果表明冬凌草转录组SSR类型丰富,多态性潜能高。     

黄皮转录组SSR挖掘及其可用性分析

利用MISA软件筛选黄皮（Clausena lansium）转录组测序获得的68 998条Unigene,共检测出单核苷酸至六核苷酸重复类型的SSR位点11 825个,分布于11 000条Unigene中,出现频率为17.14%,平均分布距离为4.41 kb。6种SSR位点类型中主要为单、二、三个核苷酸重复,分别占总SSR位点的41.48%、24.92%和27.53%。11 825个SSR位点中共发现207种重复基序,重复次数在4 ~ 24次之间,其中出现频率高的基序有A/T、AG/CT、AT/AT、AAG/CTT和AAT/ATT。位点序列长度分布在12 ~ 25 bp之间,其中12 ~ 15 bp最多,占50.95%（6 025个SSR位点）。通过Primer 3设计得到6 102对SSR引物,随机选择30对引物进行多态性验证分析,结果显示24对有效扩增引物中,13对引物在16份不同黄皮种质中表现出多态性。以上结果表明,黄皮转录组测序产生的Unigene信息可作为开发SSR标记的有效来源,开发的大批量SSR标记可为黄皮种质资源遗传多样性分析和遗传图谱构建提供更加丰富可靠的标记选择。     

茶树EST-SSRs信息分析

从NCBI公共数据库中公布的茶树表达序列标签中获得12378条茶树EST,通过CAP3软件进行拼接去冗余后再用Bathprimer3 vl.0(http://wheat.pw.usda.gov/demos/BatchPrimer3/)在线软件查找微卫星(Microsatellite,SSR)重复序列。结果表明:通过前处理得到全长为2 307.014kb的无冗余EST4779条,从中检索出27种重复基元类型共207个SSR,分布于156条EST中,出现频率是3.26%。其中包括二核苷酸重复72个(34.78%),三核苷酸重复88个(42.51%),四核苷酸重复31个(14.98%),五核苷酸重复16个(7.73%)。AG/CT和ACC/GGT分别是二、三核苷酸中的优势重复类型,分别占二、三核苷酸重复的86.11%和25.00%。     

利用黄秋葵转录组信息挖掘SSR标记及用于种质分析

通过对黄秋葵（Hibiscus esculentus L.）转录组信息分析,共获得74 600条unigene,全部序列有52 976 011 bp;有3 191条unigene包含SSR的序列,从中鉴定出3 448个SSR位点,其中有235条序列包含1个以上SSR,复合SSR有123个。优势重复基序为三核苷酸和二核苷酸,分别占总SSR的60.79%和21.43%。二核苷酸重复基元中以AG/CT为优势重复基元,占总位点的11.02%,三核苷酸重复基元以AGA/TCT为主,占总位点的19.61%。利用Primer 3.0共设计出8 088对SSR引物。从87对有效扩增引物中随机选择60对用于32份黄秋葵种质的多态性验证分析,其中36对（占60%）引物表现稳定可重复的多态性。利用UPGMA作图,将32份供试材料分为2类。利用黄秋葵转录组数据进行SSR标记开发,能获得较高频率的SSR位点,且类型丰富,为其遗传多样性分析和遗传图谱构建提供更丰富可靠的标记选择。     

甜菜EST-SSR引物的开发与应用

利用NCBI公共数据库现有的甜菜（Beta vulgaris L.）表达序列标签（expressed sequence tags,EST）数据信息,开发了甜菜EST-SSR标记。在所有的29830条甜菜EST序列中共确认得到20109条非冗余EST序列,总长为11287.6kb。在含有微卫星重复的6951条EST序列中按照SSR引物设计要求,最终获得了2845个EST-SSR,平均每3.96 kb含有1个SSR。EST-SSR的分布频率和特征分析表明,A/T单碱基重复最多,其次是AAG/CTT三核苷酸重复,AG/CT二核苷酸重复,ACCTCC/AGGTGG等六核苷酸重复最少。随机合成了100对SSR引物,并分别选用6个甜菜品种进行多态性检验,将其按遗传相似性分为两组,多态信息含量（polymorphism information content,PIC）平均值为0.47。本研究证实这种全新的开发甜菜SSR标记的方法具有高效、多态性较高的特点,在甜菜遗传多样性分析、功能基因定位、遗传图谱构建以及比较基因组等研究方面有广阔的利用前景。     

南方红豆杉转录组SSR挖掘及分子标记的研究

 利用Trinity软件对NCBI公共数据库中公布的南方红豆杉（Taxus chinensis var. mairei）根、茎和叶的转录数据进行转录组的重新拼接。通过对13 737 528条序列组装得到96 279条Unigenes（38 Mb）,通过SSR检测程序从96 279条Unigenes中得到2 160个SSR位点（2.24%）,其平均发生率为1/18.01 kb,基序长度为14 ~ 25 bp之间。优势重复基序为六核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR位点的38.56%和37.08%。2 160个SSR位点由703种重复基序构成,其中六核苷酸占60.96%,主要分布在3 ~ 4重复;二、三核苷酸占总SSR位点的44.81%,其中以（AG/CT）_n、（AT/AT）_n、（AAG/CTT）_n、（AGC/CTG）_n、（AGG/ CCT）_n 和（ATC/ATG）_n重复基序最为丰富,合占总SSR重复类型的34.73%,并出现少量的（CG/CG）_n和（CCG/CGG）_n重复。通过L₉（3⁴）正交试验得到最优的SSR-PCR体系,10 μL PCR体系中含DNA 20 ng,1× PCR缓冲液,MgCl₂ 20 mmol,dNTPs 0.35 mmol,引物0.25 μmol,Taq酶0.45 U。随机挑选62对SSR引物进行8个南方红豆杉株系的SSR扩增,有效扩增率为53.23%,多态性比率为38.71%。这些多态性转录组SSR引物的开发为红豆杉遗传多样性的分析、分子标记辅助育种、遗传图谱构建和功能基因的挖掘提供了更丰富的标记。     

侧耳属3种食用菌解剖学性状比较

以PDA培养基和棉籽壳为培养料,培养了姬菇、榆黄蘑和鲍鱼菇,并对其解剖结构进行了比较,结果表明,姬菇、榆黄蘑和鲍鱼菇菌丝均具有锁状联合,子实体菌柄都侧生,每个担子顶部产生4个担孢子,孢子内含油滴,孢子印皆为白色。姬菇和鲍鱼菇菌盖颜色为灰黑色,榆黄蘑为黄色,姬菇和榆黄蘑菌丝生长快,姬菇菌丝浓密,榆黄蘑和鲍鱼菇菌丝稀疏,鲍鱼菇菌丝能产生黑色分生孢子。姬菇和榆黄蘑子实体小而多,出菇早、产量高,鲍鱼菇子实体较大内部组织紧密,担子、担孢子梗粗壮,孢子饱满油滴大。     

玉米秸秆基质对无土栽培莴苣生长的影响

以美国大速生菜为试材,以腐熟与未腐熟玉米秸秆替代草炭作为莴苣无土栽培基质中的主要材料,研究其对莴苣产量、叶面积、干物质量、光合速率、根系活力、维生素C和硝酸盐含量的影响。结果表明:T3处理(腐熟玉米秸秆∶蛭石=3∶1)基质配方最有利莴苣的生长。     

真姬菇菌丝体对四种抗生素的敏感性研究

检测了真姬菇菌丝对卡那霉素、头胞霉素、氨卞霉素、潮霉素的敏感性。结果表明:卡那霉素、头孢霉素、氨苄青霉素对真姬菇菌丝生长基本没有影响,与对照比较3种抗生素不同浓度对菌丝生长的影响效应均没有显著性差异。真姬菇菌丝对潮霉素非常敏感,10mg/L的潮霉素能够完全抑制真姬菇的菌丝生长,研究结果为进一步建立真姬菇的农杆菌介导的遗传转化打下了基础。     

直立迷迭香不同木质化程度插条扦插效果研究

以直立迷迭香不同木质化程度插条为试材,进行扦插对比试验,旨在筛选出最适合北京地区直立迷迭香生产的插条类型。结果表明:在嫩梢、半木质化和完全木质化3种插条类型中,完全木质化插条生根早、根量大、分枝多,扦插效果最好,适合在生产中推广。     

鸡腿蘑菌丝体的同工酶研究

用8种不同培养基配方，培养鸡腿蘑菌丝体，其同工酶分析结果表明，鸡腿蘑菌丝体酯酶(EST)同工酶谱差异明显，过氧化物酶(POD)同工酶谱差异明显。     

不同类型蔬菜中矿质元素含量的比较研究

采用火焰原子分光光度法,测定了保定市市售的3种类型共16种蔬菜中的Ca、Cu、Zn、Fe、Mn 5种矿质元素,为指导人们日常饮食提供科学依据.结果表明:不同类型蔬菜中矿质元素含量不同,叶菜类蔬菜中的(Ca、Cu、Zn、Fe、Mn含量高于果菜类蔬菜、根茎类蔬菜;而不同品种的蔬菜其矿质元素的含量也存在很大差异,油菜中的Ca和Mn含量最高,分别为7.6 g/100g和8.98 mg/100g;Zn含量最高的为香麦16.72 mg/100g,其次为菠菜12.63 mg/100g,洋白菜的Zn含量最低仅为0.73 mg/100g;菠菜中Fe含量最高138.43 mg/100g,其次为香麦111.11 mg/100g.综合分析结果,香麦、菠菜、油菜的Ca、Cu、Zn、Fe、Mn含量要高于其它种类的蔬菜.     

蚁巢热水浸提物对鸡菌丝生长的影响

采用室内培养的方法 ,来研究白蚁蚁巢的热水浸提物对鸡菌丝生长的影响 ,探索鸡菌丝的营养特征。研究发现蚁巢热水浸提物对黄褐纹鸡菌丝的生长具有至关重要的、必不可少的作用 ,而蚁巢热水浸提物的量的多少对菌丝生长的影响不大。     

黑核桃种子层积处理试验

本文通过种子层积处理前进行的不同预处理方法和层积天数的试验，对影响美国东部黑核桃种子层积催芽因素进行了探讨。催芽前进行冷水浸种5d(天)，沙藏层积催芽150d(天)，发芽率最高，发芽最快，播种后60d(天)调查，出苗率达75％。     

香菇原生质体单核体杂交方法试验

本试验通过三种方法收集菌丝体 ,经原生质体制备与再生后得到其单核体 ,将不同菌株的单核体杂交配对后得到了不同于亲本的杂交后代     

香菇子实体形态分化过程

采用香菇菌株Cr-02为实验材料。简易开放式生料栽培为栽培方法，观察到了香菇子实体形态发育的全过程。初步将之分为纽结期、褐变期、成型期和成熟期四个时期，确定了子实体形态分化的关键时期是褐变期。