甘肃陇南地区小麦条锈菌群体遗传多样性分析

为了解甘肃陇南地区小麦条锈菌群体的遗传多样性,采用TP-M13-SSR荧光标记技术,对该地区8个种群202个小麦条锈菌分离株基因组DNA进行SSR标记分析。结果表明,甘肃陇南地区小麦条锈菌群体遗传多样性比较丰富。在物种水平上,观察等位基因数(Na)为1.88,有效等位基因数(Ne)为1.50,Nei’s基因多样性指数(H)为0.30,Shannon信息指数(I)为0.46,多态位点百分率(P)为87.5%;种群之间遗传多样性有显著差异。中梁种群、秦安种群的遗传多样性相对较高,武都种群、文县种群、齐寿种群和平南种群次之,礼县种群、西和种群遗传多样性相对较低。AMOVA分析结果表明,小麦条锈菌群体间和群体内都存在着一定的遗传分化,群体间的遗传变异占总变异的4.05%,群体内遗传变异占95.05%。     

吉林省龙井原位保护区野生大豆遗传多样性分析

利用GPS对吉林省龙井原位保护区野生大豆定点采种,种群L(取样距离设计为50 m)覆盖整个龙井原位保护区。按天然地理分布人为分成A、B、C 3个小种群;同时,在小种群B中取小种群B’(包括32份材料,取样距离设计为18m)。聚类结果表明,90份材料主要划分为两大类群,其它材料亲缘关系较远。龙井原位保护区的野生大豆呈斑块分布,而且小种群间的遗传多样性与地理位置有一定的相关性。25个SSR位点的Simpson指数分布范围是0.3072～0.8393,平均值为0.6788;Shannon-weaver指数分布范围是0.5856～1.9348,平均值为1.3663,表明龙井原位保护区的野生大豆具有较高的遗传多样性。3个小种群的Simpson和Shannon-weaver指数趋势一致,均为A相似文献   

SSR标记对野生大豆种群遗传结构的研究

使用40对SSR引物分析了8个省区天然野生大豆种群的遗传结构和遗传多样性.结果表明:15个种群共检测到633个等位基因,平均每对引物等位变异基因数平均值15.83个;种群平均Shannon指数(Ⅰ)0.7835,种群平均期望杂合度(He)0.4070,种群平均观察杂合度(Ho)0.0012,平均种群内遗传多样度(Hs)...     

木薯及其同源四倍体基因组与DNA甲基化差异分析

为研究染色体加倍对木薯基因组的影响,以及多倍化与2种不同倍性木薯之间DNA碱基序列的变化的联系。本研究以木薯品种"新选048"二倍体及其同源四倍体为研究材料,使用微卫星(simple sequence repeat,SSR)、目标起始密码子多态性(stand codon targeted polymorphism,SCo T)和甲基化敏感扩增多态性(methylation sensitive amplification polymorphism,MSAP)技术分别对木薯倍性间的遗传差异、DNA甲基化水平和模式进行分析。结果表明:利用SCo T和SSR均未检测出多态性条带产生,利用MSAP技术可检测出在DNA甲基化水平和模式均发生较大改变。二倍体和同源四倍体的总甲基化率分别为60.21%、59.52%,全甲基化率分别为39.92%、41.42%,半甲基化率分别为20.29%、18.10%。木薯多倍化后,其中有27.30%的位点发生了过甲基化,四倍体有25.00%的位点表现出去甲基化。本研究结果为探究木薯倍性间遗传差异和表观遗传变化规律进行了前期探索。      

基于SSR标记的四川大豆与引进大豆资源遗传多样性和群体结构分析

利用均匀分布于20条染色体的53对SSR标记(每条染色体上2~5对),对190份大豆资源进行遗传差异检测,随后根据标记试验结果进行遗传多样性分析、聚类分析、PCA分析和群体结构分析。53对SSR标记共检测到159个等位变异,每个位点等位基因范围为2~6个,平均每个位点的等位基因为3个,有效等位基因数Nei为1.474 4±0.237 5,多态性信息含量PIC为0.305 0±0.105 6;Shannon-Weaver指数值为0.476 2±0.124 9。这些参数显示了190份大豆资源异质程度不是很高,遗传多样性丰富程度一般,总体遗传多样性处于中等水平。UPGMA聚类分析结果显示190份大豆资源(群体1:P1)被分为3个大类,且四川审定大豆品种与野生大豆资源、国外引进资源亲缘关系较远,随后将四川审定大豆品种31份、国外资源13份和野生大豆资源8份共52份材料(群体2:P2)单独进行聚类分析,52份材料也被分成3个大类。群体1和群体2分别在K=3,K=2时得到合理群体结构。群体1的3个亚群分别是:亚群I由地域来源丰富的78份材料组成,不包含野生大豆资源;亚群II 59份材料中含7份野生大豆资源;亚群III 53份材料只包括1份野生大豆资源zy05292。群体2分成两个亚群:亚群Ⅰ26份材料中含24份四川审定大豆品种和2份国外资源;亚群II包含了6份审定大豆品种。供试的190份大豆资源蕴含了比较丰富的遗传变异,显示了较高水平的基因多样性。群体结构不能严格地按照地域、来源国家的划分而区分,这一现象显示了大豆资源存在着广泛的基因交流。从分析结果来看,四川大豆资源的种质创新可以充分地利用国外引进资源与直立型野生大豆资源,进而丰富四川大豆的基因多样性。     

黑麦基因组DNA甲基化修饰位点的MSAP分析

为了获得黑麦基因组DNA甲基化修饰水平、模式及位点等表观遗传信息,采用EcoR Ⅰ和Hpa Ⅱ / Msp Ⅰ双酶切建立适合于黑麦基因组的"甲基化敏感扩增多态性"(Methylation sensitive amplification polymorphism,MSAP)分析体系,在全基因组水平检测黑麦DNA甲基化修饰位点.以12对MSAP引物进行选择性扩增,共检测到甲基化修饰位点226个,"CCGG/GGCC"位点甲基化修饰比例为51.72%.对部分黑麦基因组甲基化修饰位点进行回收,最终分离了22条存在甲基化修饰的基因组DNA序列.BLAST比对分析结果表明,黑麦基因组中包括转座子序列、散在重复序列以及单拷贝蛋白质编码序列在内的多种类型DNA序列中均存在DNA甲基化修饰现象.同时发现,在甲基化检出序列中都存在明显的"CpG"二核苷酸成簇富集现象,这些区域分布与MSAP分析结果相一致.在此基础上,对应用MSAP技术分离黑麦基因组DNA甲基化修饰位点的有效性以及黑麦基因组序列中DNA甲基化修饰潜在位点分布特征和生物意义进行了讨论.     

东北野生大豆核心种质单核苷酸多样性分析

对196个东北野生大豆核心种质的NRT2、Asp AT2和CPK13三个基因片段进行单核苷酸扫描,共检测到94个SNPs位点及10个插入/缺失位点(Indel),碱基转换和颠换平均比例约2∶1。稀有SNPs位点(10%)39个,比率约为41.5%。196份核心种质平均多态性位点比例约为74%,Shannon's指数是0.366,多样性指数为0.241;不同纬度群体的平均多样性指数随纬度下降逐渐升高,在44°N时达到峰值,然后随纬度降低缓慢下降,多样性指数变化呈近似正态曲线模式。初步推测N 42°~N45°区域为东北野生大豆的多样性中心。     

云南疣粒野生稻34个居群遗传多样性的ISSR分析

应用13个ISSR引物对云南省分布的疣粒野生稻 (Oryza meyeriana Baill.) 34个居群的遗传多样性进行了分析。检测到135个多态性位点,多态性位点百分率(PPB)为80.36%。在居群水平上,基因多样性指数(H)和Shannon信息指数(I)分别为0.2666和0.4028。把云南疣粒野生稻34个居群分别按照行政区、经纬度、河流流域和海拔划分成不同类型,计算它们的 Na、Ne、H、I和 PPB各项数值,发现疣粒野生稻遗传多样性以思茅市最高,临沧、西双版纳次之,保山、德宏最低;太平洋水系澜沧江中下游海拔较高的疣粒野生稻居群多样性较丰富。可将云南疣粒野生稻分为两大群,一大群是思茅地区的材料,另一大群包含德宏、临沧、西双版纳地区的材料。最后讨论了疣粒野生稻种质资源保护的相关问题.     

中国吉林省和韩国野生大豆的遗传多样性及遗传关系分析

利用9对多样性较高的SSR引物分析了来自中国吉林省(36份)和韩国(40份)野生大豆材料的遗传多样性,结果表明:在全部76份材料中,共检测到172个等位基因,每对引物平均获得19.1个.其中,在韩国的野生大豆资源中,每对引物检测到等位基因数11-18个,平均13.7个.中国吉林省的野生大豆资源中,每对引物检测到等位基因数5～16个,平均12.3个.不论中国吉林省还是韩同的野生大豆都具有较高的多态性信息含世(PIC),分别为0.821和0.868,两者遗传多样性并没有明显差异,聚类分析结果表明可将中国吉林省与韩闻的野生大豆分为两大类群.     

山西省西伯利亚远志种质资源的ISSR分析

应用ISSR标记对山西省7个野生居群和1个人工栽培居群共60份西伯利亚远志种质进行遗传多样性分析。结果表明：从100对ISSR引物中共筛选出20条多态性好、条带稳定的引物,60份材料DNA共获得338个扩增位点,其中多态性位点334个,多态性比率为98.82%;有效等位基因数(Ne)、Nei's基因多样性指数(H)及Shannon多样性信息指数(I)分别为1.433 7、0.265 6和0.414 2,居群的遗传相似度在0.655 2～0.977 9,表明8个居群具有丰富的遗传多样性,这与其自身繁殖特点有     

河北东部沿海地区野生大豆SSR多样性分析

以采集于冀东沿海地区的370及黑龙江省的2份野生大豆为材料,利用27对SSR引物进行遗传多样性分析.27个SSR位点扩增出209个多态性带,平均每个位点等位基因数目为7.74个,SSR位点的遗传多样性指数分布范围, Simpson 指数为0.3998～0.8358, Shannon-weaver指数为0.7567～1.9879,冀东沿海地区野生大豆材料表现出丰富的遗传多样性.聚类分析结果中冀东靠近海岸线地区的材料与内陆材料之间存在着明显的遗传差异;同一居群的材料遗传距离很近,有些不同居群的材料由于生境相似遗传距离也较近;然而有些同一居群内的材料表现出了明显的遗传分化.     

施氮和黄顶菊混植对大喇叭口期玉米DNA甲基化变异的影响

试验设置4种玉米/黄顶菊混植比例,玉米单种(A1)、玉米/黄顶菊2∶1混种(A2)、玉米/黄顶菊4∶3混种(A3)、玉米/黄顶菊1∶1混种(A4),4种施氮梯度0(CK)、175(T1)、275(T2)、375 kg/hm^2(T3),采用甲基化敏感扩增多态性(Methylation Sensitive Amplification Polymorphism,MSAP)技术,研究不同处理下玉米叶片基因组DNA甲基化的变异特征。结果表明,筛选18对引物组合对各处理玉米叶片进行扩增,不同混植比例下各获得754条MSAP条带,在A1、A2、A3和A4混植比例下,对玉米表观遗传多样性贡献率最大的引物组合分别为EmHM21、EkHM17、EdHM21和EhHM17。A1混植比例下的未甲基化条带数、超甲基化条带数和总甲基化带数与其他3种混植比例条带数相比差异显著,4种混植比例下玉米叶片基因组DNA半甲基化和全甲基化条带数差异不显著,总甲基化条带数为79~93条,占比为10.84%~12.33%。与A1混植比例下相应施氮梯度相比,混植比例达到2∶1(A2)且施氮梯度达到175 kg/hm^2时,玉米叶片的半甲基化水平、全甲基化水平和总甲基化水平产生显著性差异。     

越南、缅甸茶树种质资源遗传多样性ISSR分析

本研究通过ISSR分子标记技术对17份越南、缅甸茶树资源进行遗传多样性分析。5条ISSR引物共扩增出基因位点45个,多态性基因位点38个,多态性百分比88.44%;平均多态性的基因位点7.6个,其Nei’s基因多样性（H）为0.28,Shannon信息指数（I）为0.44;平均遗传相似性为0.704,介于0.489～0.867之间。通过聚类分析,在遗传相似性为0.61处,越南大叶种Y12被单独划分出来,其他资源被聚为一类;在遗传相似性为0.68处,17份茶树资源分为3大类群。本研究认为,17份茶树资源的遗传多样性丰富,个体间变异较大,可以作为茶树育种研究中的优良材料。该研究将为这些种质资源的利用和保护提供理论依据。     

用表型性状研究寒地早粳品种(品系)的遗传多样性

为正确评估水稻品种(系)遗传多样性和亲本选配,以黑龙江省选育的品种(系)80份为材料,分析7个表型性状的变异系数、遗传指数。结果表明:株高、穗长、产量年际间、地区间变化大,易受环境的影响。结实率年际间、地区间变化小,受环境影响小。Nei’s遗传多样性(h)与Shannon多样性指数(I)呈正相关,Shannon多样性指数(I)在0.5753～1.0630之间,平均0.7335,且年际间、地区间有变化,与环境互作有关。聚类分析结果表明,所有供试材料在0.51遗传距离水平上,大致可分成3大类,绝大多数供试品种(系)都聚在同一类。     

基于SSR标记的山西野生大豆种质资源遗传多样性分析

分析山西野生大豆资源的遗传多样性和遗传结构有助于了解山西野生大豆起源与进化,为野生大豆优异种质挖掘及资源高效利用等提供理论基础。本研究采用52对SSR分子标记对来自于山西省9个地区32个县市的70份野生大豆资源进行了遗传多样性分析。结果表明:共扩增出450个等位基因,平均每对引物扩增出8.7个等位基因,变幅为3～19。等位基因频率为0.185 7～0.885 7,平均0.421 0;基因遗传多样性指数为0.210 2～0.871 8,平均0.710 0;多态性信息含量为0.201 9～0.858 4,平均0.679 7。将所有供试材料按地理来源分类,并进行遗传多样性分析。结果表明,中部野生大豆资源的平均等位基因数、平均基因多样性指数和平均多态信息含量最高,北部次之,南部最低。而各组的平均主要等位基因频率结果与之相反。基于遗传结构和基于遗传距离的聚类分析都可将试验材料分为3个类群,两种分类结果基本相同。第一类群主要包括山西中部部分资源,第二类群主要包括山西中部部分资源和山西北部资源,第三类群主要包括山西南部资源。聚类结果与地理来源较为一致。山西野生大豆资源遗传多样性较高。中部野生大豆资源的遗传多样性最高,北部资源次之,南部资源最低。推测山西中部和北部曾经发生过种质交流,导致中部资源遗传多样性最高,该区域可能为山西野生大豆的遗传多样性中心。     

120份小桐子种质的分子遗传多样性分析

应用32条ISSR引物对13个自然居群的小桐子(Jatropha curcas Linnaeus)共120个个体进行遗传多样性分析.结果表明:(1)小桐子的遗传多样性水平很高.在物种水平上,平均每个位点的多态位点百分率PPB=90.68%,有效等位基因数Ne=1.4005,Nei遗传多样性He=0.2430,Shannon多态信息指数Ho=0.3743;在居群水平上,PPB=69.64%,Ne=1.1138,He=0.1098,Ho=0.163 3.(2)居群间的遗传分化低于居群内的遗传分化.居群间遗传多样性分化系数Gst=0.4718,居群间遗传分化占总遗传变异的47.18%,居群内的遗传变异为52.82%,基因流Nm=0.5598.导致居群内高的遗传变异水平原因主要是有限的基因流和遗传漂变.根据Nei遗传多样性分析和主成分分析结果,居群间的地理距离与遗传一致度不存在相关性.     

部分常用水稻品种的指纹图谱构建和遗传多样性分析

以不同类型的90份常用水稻品种为材料,利用筛选的19对SSR多态性引物构建了其指纹图谱,并分析了其遗传多样性。结果表明,19对SSR引物在90份水稻材料中共扩增出71个多态性片段,每个SSR位点可检测到2~7个等位基因,平均为3.74个;多态信息含量(PIC)值在0.228 3~0.790 6之间,平均值为0.542 1;Shannon信息指数(I)在0.244 9~1.796 1之间,平均值为1.021。聚类分析表明,90份材料的遗传相似系数在0.59~1之间,以遗传相似系数值0.66为阈值,可以将供试材料分成5个群,聚类结果较好地体现了各品种之间的亲缘关系。     

云南大理茶资源遗传多样性的AFLP分析

采用AFLP标记对仅在云南南部及周边地区狭域分布的茶树近缘植物大理茶11个居群204个个体的遗传多样性进行了研究。分析结果表明:(1)大理茶遗传多样性水平低。在物种水平上,He=0.099,Ho=0.178;在居群水平上,He=0.083,Ho=0.137;(2)居群间的遗传分化较低。基于Nei’s遗传多样性分析得出的居群间遗传分化系数Gst=0.1606;Shannon’s居群分化系数为16.04%。AMOVA分析显示:大理茶的遗传变异主要存在于居群内,占总变异的80.97%,居群间的遗传变异占19.03%;(3)两两居群间的Nei’s遗传一致度(I)的范围为0.971～0.997。经Mantel检测,居群间的遗传距离和地理距离之间不存在显著的正相关关系(r=0.1127,P<0.001)。推测人类活动的干扰和生境的片断化是导致大理茶濒危现状的主要因素。基于观察到的居群遗传信息,建议采取就地保护和迁地保护的保护策略。     

中国不同纬度野生大豆和栽培大豆SSR分析

采用SSR分子标记技术对我国不同纬度的野生大豆（G.soja)和栽培大豆（G.max)各22份进行了多样性分析，通过对所合成的40对引物的筛选，12对引物扩增结果表明出良好的多态性，引物BARC-sat39在野生大豆和栽培大豆之间有特异谱带，表明这个SSR标记是与栽培大豆和野生大豆有关的一个等位基因位点，通过对实验结果量化后数据分析；野生大豆和栽培大豆的平均遗传距离分别为0.175和0.150，表明野生大豆的多态性比栽培大豆较为丰富，在遗传距离0.300处，野生大豆和栽培大豆被明显分为二类，与以往大豆属Soja亚属的形态学分类结果相一致，为野生大豆和栽培大豆分为二个种提供了分子水平上的证据。     

中俄大豆种质遗传多样性分析

种质资源的扩增、改良和创新是解决大豆遗传基础狭窄的主要途径.利用SSR分子标记技术对来自俄罗斯和黑龙江省的82份野生大豆和东北四省区的39份栽培大豆材料进行遗传多样性分析,为种质资源利用和创新提供分子依据.在所合成的45对SSR引物中,12对引物扩增结果表现出良好的多态性,多态性位点共检测到50个等位基因,每个位点2～7个,平均4.17个,平均多态性信息量为0.595.聚类分析结果表明,在遗传相似系数0.734处,野生大豆和栽培大豆被明显的分开,与以往大豆属Soja亚属的形态学分类结果相一致,为野生大豆和栽培大豆分为两个种提供了分子水平上的依据.野生大豆和栽培大豆的平均遗传距离分别为0.2595和0.1895,表明野生大豆的遗传多样性比栽培大豆丰富.因此,可以利用俄罗斯和东北地区的野生大豆特有等位变异来扩大东北栽培大豆遗传多样性,进而拓宽东北大豆遗传基础.