传染性法氏囊病病毒变异株主要免疫原基因cDNA的克隆及鉴定

采用反转录－聚合酶链反应（ＲＴ－ＰＣＲ），从１株传染性法氏囊病病毒（ＩＢＤＶ）本地分离株ＧＺ９０２中扩增到编码ＩＢＤＶ主要免疫蛋白ＶＰ２的ｃＤＮＡ片断，大小约为１３５０ｂｐ。将该ｃＤＮＡ片断插入ｐＢｓＫ质粒中，用重组质粒转化大肠杆菌ＸＬ１－Ｂｌｕｅ，成功获得重组质粒转化菌。对重组质粒ＤＮＡ进行酶切鉴定，证明插入的ＤＮＡ片断与ＰＣＲ扩增的ＤＮＡ片段大小相符。对ＧＺ９０２高可变区进行了序列分析。其核苷酸序列与３株ＩＢ－ＤＶ变异株Ａ、ＧＬＳ、Ｅ的同源性分别达到９８．９％，９６．２％和９５．５％。而与其他Ⅰ型毒株的同源性较低。比较从ＤＮＡ序列推导出的氨基酸序列，发现ＧＺ９０２高可变区的两个亲水区均发生了一个氨基酸的变化，而在２４９和２５４位上的氨基酸分别为Ｋ和Ｓ，与以上３个变异株相同，但与所有标准Ⅰ型毒株不同。这两个氨基酸可以作为ＩＢＤＶ变异株的标志。     

鸡传染性支气管炎病毒沈阳分离株生物学特性及其免疫原S1基因的克隆与序列分析

本研究对分离自沈阳地区的一株传染性支气管炎病毒（ＳＹ毒株）进行了生物学特性的研究,同时成功地对其免疫原Ｓ１基因进行了ＲＴ－ＰＣＲ扩增、克隆与序列分析。 通过电镜观察、动物回归试验、血凝特性研究等试验验证分离自沈阳地区的ＳＹ毒株确实为一株传染性支气管炎病毒。气管环组织培养交叉中和试验结果表明,分离株ＳＹ株不同于参考毒株澳大利亚Ｔ、Ｈ５２、Ｍ４１,且不同于国内其它流行株ＨＤ、ＨＢ、ＸＢ、ＤＢ等,是一个新的变异株。 利用ＩＢＶ Ｓ１基因特异性寡聚核苷酸引物,经ＲＴ－ＰＣＲ扩增ＳＹ毒株的Ｓ１基因,得到预期的约１．７Ｋｂ片段;并将扩增所得ｃＤＮＡ插入克隆质粒ｐＵＣ１９的ＥｃｏＲⅠ／ＢａｍＨⅠ位点,在大肠杆菌ＤＨ５ａ中实现目的基因的克隆。经限制性核酸内切酶分析及ＰＣＲ鉴定,证实为阳性重组质粒,利用末端双脱氧链终止法对其测序,得到Ｓ１基因全长１６４０ｂｐ,包括整个开放阅读框。通过序列分析软件ＤＮＡＳＩＳ、ＰＲＯＳＩＳ、ＭＥＧＡ等软件对Ｓ１基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列进行分析,结果表明：分离株ＳＹ与７株参考株和国内流行株ＨＤ株相比,无论是核苷酸序列同源百分率还是氨基酸序列同源百分离都较低,均未达到８０％,这就提示我们ＳＹ毒     

鸡新城疫病毒B95株融合蛋白基因的克隆与序列分析

以鸡新城疫病毒（ＮＤＶ）澳大利亚布里斯班分离株Ｒ９５的 ＲＮＡ为模板,运用的ＲＴ－ＰＣＲ技术扩增其融合蛋白（Ｆ０）基因的ｃＤＮＡ。将扩增的Ｆ基因克隆到质粒ＰＵＣ１９中,转化入大肠杆菌ＪＭ１０９中,经ＡＩＸ平板筛选,ＰＣＲ等方法鉴定出Ｆ基因的阳性重组质粒,同时测定了Ｆ基因５’端７０９个核苷酸及３’端７６８个核苷酸的序列,对相应的氨基酸序列的研究表明,Ｂ９５株属弱毒株,含有Ｆ０中保守的疏水功能区和可糖基化位点,Ｂ９５与强毒株Ｆ４８Ｅ８株、Ｍｉｙａｄｅｒａ株和中等毒力的Ｂｅａｕｄｅｔｔｅ Ｃ株的氨基酸序列的同源性在９０％左右。     

禽流感病毒分离株A/Goose/Guangdong/1/96(H5N1)全基因克隆及序列分析

本研究用无特定病原体（ＳＰＦ）鸡胚增殖禽流感病毒鹅体分离株Ａ／Ｇｏｏｓｅ／Ｇｕａｎｇｄｏｎｇ／１／９６（Ｈ５Ｎ１）（ＧＤ１／９６）,提取病毒基因组总ＲＮＡ,运用反转录－聚合酶链反应（ＲＴ－ＰＣＲ）技术分别扩增该病毒分离株的８个基因片段的ｃＤＮＡ,分别克隆后进行序列测定。序列分析结果表明,所扩增到的８个片段均包含相应的病毒基因的完整开放阅读框架。ＧＤ１／９６株与１９９７年香港禽流感事件中的４株香港流感病毒分离株（分别来自人、鸡、鸭和鹅）的ＨＡ基因的高度同源性说明它们可能起源于同一种系,但ＮＳ基因的差异说明它们分属于不同的基因群系。ＧＤ１／９６株与香港流感病毒分离株的核苷酸和推导的氨基酸序列的同源性较低（６３．９％￣９８．１％）,而香港流感病毒分离株之间的核苷酸和氨基酸序列的同源性很高（９６．５％￣１００％）,且香     

猪繁殖与呼吸综合征病毒北京分离株的ORF7克隆与序列分析

将北京地区猪系列与呼吸综合征病毒（ＰＲＲＳＶ）分离ＢＪ－２和ＢＪ０４的ＯＲＦ７及部分３端编码区（ＵＴＲ）的ＲＴ＿ＰＣＲ扩增产物克隆连接于ｐＧＥＭ－Ｔｅａｓｙ质粒载体上,重组质粒经ＥｃｏＲⅠ酶切鉴定后进行了双链测序。测定垢基因序列与欧已知序列比较发现,ＢＪ－２和ＢＪ－４株与美洲ＶＲ－２３３２株非常接近,在其长度为５５５ｂｐ的ｃＤＮＡ序列中,仅与ＶＲ－２３３２株分别相差１和２个核苷酸,其中ＯＲＦ７的核     

鸡减蛋综合征病毒DNA结合蛋白的基因结构及同源分析

从中国发病鸡群中分离的鸡减蛋综合征病毒（ＥＤＳＶ）ＡＡ－２株，经常规方法提取其病毒核酸后，构建了限制性内切酶ＰｓｔⅠ及ＨｉｎｄⅢ水解片段的基因文库。对其中ＨｉｎｄⅢ－Ｆ片段（５２．９～５８．９ｍｕ）的正反２条链的序列测定发现，其反链存在１个编码容量为３８７个氨基酸（ａａ）的开放读码框架（ｏｐｅｎｒｅａｄｉｎｇｆｒａｍｅ，ＯＲＦ），经Ｇｅｎｅｂａｎｋ／ＥＭＢＬ同源搜寻后证实其编码产物为ＥＤＳＶ的ＤＮＡ结合蛋白（ＤＢＰ）。与其他腺病毒ＤＢＰ的氨基酸序列进行同源比较，其Ｎ端同源性在１９．０％～４６．２％之间，Ｃ端同源性在２７．７％～６０．４％之间。腺病毒ＤＢＰ的３个保守序列ＣＲ１，ＣＲ２，ＣＲ３在ＥＤＳＶＤＢＰ中有较大变化，但ＥＤＳＶＤＢＰ的锌指框架（Ｚｎ２＋ｆｉｎｇｅｒｍｏｔｉｆ）却保留了对其功能必需的残基。     

禽流感病毒分离株A／Goose／Guangdong／3／96（H5N1）HA基因序 …

采用ＲＴ－ＰＣＲ技术,以Ａ/Ｇoose/Ｇuangdong/３/９６（Ｈ５Ｎ１）ＲＮＡ为模板,扩增了１．７３kd的ＨＡ全基因cＤＮＡ。将ＨＡcＤ－ＮＡ克隆后进行了序列测定,测序结果表明所扩增的１７２８个苷酸片段包含了完整的ＨＡ基因的开放阅读框架和上下游引物序列、蛋白质合成的起始密 码子和终止密码子。核苷酸序列比较分析结果表明：Ａ/Ｇoangdong/３/９６（Ｈ５Ｎ１）与Ａ/Ｇoose/Ｇuangdkng/１/９６（Ｈ５Ｎ１）有１１个核苷核苷     

狂犬病无毒疫苗株SRV_9G基因主要功能区的序列分析

通过反转录－聚合酶链反应（ＲＴ－ＰＣＲ）扩增出了狂犬病无毒疫苗株（ＳＲＶ９）糖蛋白（Ｇ）基因膜外主要功能区的两个片段，共约７４０个ｂｐ（４５０～１１４４），含有可以诱导中和抗体的两个抗原决定簇和决定毒力及与神经细胞受体结合部位的基因片段。通过平端连接将两片段克隆到ｐＵＣ１８的ＳｍａＩ位点。采用Ｓａｎｇｅｒ双脱氧终止法测定ｃＤＮＡ片段的核苷酸序列，并推导出其氨基酸序列。将这一序列与已发表的狂犬病病毒ＳＡＤＢ１９株的相应序列通过计算机进行比较分析。结果证明两者核苷酸序列的同源性为９８．６％，推导氨基酸序列的同源性为９５．９％，主要抗原区内的几个重要氨基酸（如３３３位精氨酸等）发生了变异，糖基化位点也改变。     

中国犬吉氏巴贝斯虫srRNA的序列测定及其在PCR诊断上的应用

用特异引物ＢＧ－１和ＢＧ－２从南京株吉氏巴贝斯虫ｃＤＮＡ文库中克隆出ｓｓｒＲＮＡ序列，测定了该序列的核苷酸组成。通过基因库同源性查询表明，该序列与美洲株吉氏巴贝斯虫ｓｓｒＲＮＡ具有８７％的同源性。本实验通过优化ＢＧ－１和ＢＧ－２引物对ｓｓｒＲＮＡ基因的扩增反应条件，建立了对吉氏巴贝斯虫的特异、敏感的诊断方法。该方法可广泛用于其他血液原虫的ＰＣＲ诊断     

中国犬吉氏巴贝斯虫ssrRNA的序列测定及其在PCR诊断上的应用

用特异引物ＢＧ－１和ＢＧ－２从南京株吉氏巴贝斯虫ｃＤＮＡ文库中克隆出ｓｓｒＲＮＡ序列，测定了该序列的核苷酸组成。通过基因库同源性查询表明，该序列与美洲株吉氏巴贝斯虫ｓｓｒＲＮＡ具有８７％的同源性。本实验通过优化ＢＧ－１和ＢＧ－２引物对ｓｓｒＲＮＡ基因的扩增反应条件，建立了对吉氏巴斯虫的特异、敏感的诊断方法。该方法可广泛用于其他血液原虫的ＰＣＲ诊断。     

牛流行热病毒结构糖蛋白（G）基因的克隆及鉴定

牛流行热是由病毒引起的牛和水牛的急性热性传染病。其G蛋白为81kDa的结构糖蛋白,它位于病毒表面并含有中和抗原位点,可使牛产生免疫保护。本研究利用RT-PCR法从牛流热病毒北京血毒JB76H总RNA中,扩增并克隆了其G蛋白基因（1.9Kb）。限制性内切酶酶切分析结果显示,与澳大利亚分离株BB7721差异较大。脱氧核糖核苷酸序列分析表明,该基因与澳大利亚分离株BB7721同源性高达91％。     

DNA sequence analysis of glycoprotein G gene of bovine ephemeral fever virus and development of a double oil emulsion vaccine against bovine ephemeral fever

The surface glycoprotein G is considered as the major neutralizing and protective antigen of bovine ephemeral fever virus (BEFV). Comparison of the deduced amino acid sequence of G protein of BEFV isolates during the period 1984-2004 outbreaks in Taiwan showed amino acid substitutions in the neutralizing epitopes. All the isolates differ markedly in the neutralizing epitope at the same amino acid positions compared to the currently available killed vaccine strain (Tn73). Tn88128 strain isolated in 1999 showed the maximum variability of 12 amino acids, 5 amino acid in the neutralization epitope and 7 apart from, respectively. Combinations of both Tn88128 (1999) and commercially available vaccine strain (Tn73) were developed and its safety was evaluated in mice, guinea pigs, calves, and pregnant cows. None of the animals showed any adverse effect or clinical signs. Calves were immunized with commercial vaccine (Tn73) and, combined vaccine (Tn73 and Tn88128), respectively, with adjuvants such as Al-gel and water-in-oil-in-water (w/o/w) oil and PBS alone and challenged with Tn88128 strains. Except PBS administered animals, all the vaccinated animals showed protective immune response. However, animals immunized with combined vaccine plus w/o/w adjuvant elicited stronger neutralization antibodies and long lasting immunity compared to other vaccines.     

Circulation of bovine ephemeral fever in the Middle East--strong evidence for transmission by winds and animal transport

Bovine ephemeral fever virus (BEFV) is an economically important arbovirus of cattle. The main routes of its transmission between countries and continents are not completely elucidated. This study aimed to explore BEFV transmission in the Middle-East. A phylogenetic analysis was performed on the gene encoding the G protein of BEFV isolates from Israel from 2000 and 2008 with isolates from Turkey (2008), Egypt (2005), Australia (1968-1998) and East Asia (1966-2004). Calf sera collected during the years 2006-2007 were tested by serum neutralization in order to explore for recent exposure to BEFV before 2008. These were followed by a meteorological analysis, aimed to reveal movement of air parcels into Israel in the two weeks preceding the first case of BEF in Israel in 2008. The 2008 Israeli and Turkish isolates showed 99% identity and formed a new cluster with the 2000 Israeli isolate. The serological survey showed no new exposure to BEFV during 2006 and 2007. These results coincided with the meteorological analysis, which revealed that air parcels originating in Southern Turkey had reached the location of outbreak onset in Israel nine days before the discovery of the index case. The Egyptian isolate clustered phylogenetically with the Taiwanese isolates, coinciding with data on importation of cattle from China to the Middle East in the year preceding the isolation of the Egyptian isolates. These results suggest that both winds and animal transport may have an important role in trans-boundary transmission of BEFV.     

表达牛流行热病毒G基因的牛传染性鼻气管炎病毒转移载体的构建

本试验将克隆到 p BLG中的牛流行热病毒 (BEFV)糖蛋白 G基因亚克隆到含有 CMV启动子和 Poly(A)信号尾的 p CR3- Uni载体上 ,获得 p CR3- G重组体 ,酶切后将含有 CMV、G基因和 Poly(A)的目的片段 (约 3.6 kb)插入通用转移载体 pd TK- CMB中 ,获得 pd TK- CMB- G重组体 ;再将含 SV4 0启动子的 L ac Z报告基因也亚克隆到该载体中获得表达 BEFV G基因的pd TK- L ac Z- G转移载体 ,为开发 BEFV/IBRV二联基因工程疫苗奠定了基础     

野鸭源新城疫病毒的分离及其F基因的克隆与序列分析

用RT-PCR方法扩增从野鸭体内分离到的3株新城疫病毒(newcastle disease virus,NDV)(JS-1/06/wd、JS-2/06/wd和JS-3/06/wd)F基因,并对其序列进行了测定和分析。结果表明该分离株的F基因长1 662 bp,编码553个氨基酸;F基因裂解位点的氨基酸序列为112R-R-Q-K/R-R-F117,符合NDV强毒株的特征。这些毒株间核苷酸同源性为99.8%~99.9%,与鹅源NDV QY971株和ZJ1株的核苷酸同源性也高达96.7%~97.5%;氨基酸同源性为96.8%~97.5%;而与我国标准强毒株F48E9及疫苗株LaSota的核苷酸同源性分别为86.9%和84.5%;氨基酸同源性分别为94.5%和87.0%。系统发育树分析结果表明,野鸭源NDV与鹅源NDV的遗传关系较近,同属于基因Ⅶ型。     

NDV 江苏分离株F基因的克隆与序列分析

为比较NDV江苏分离株的遗传变异特征,应用RT-PCR扩增出新城疫病毒（NDV）江苏徐州株（JSXZ）、江苏宿州株（JSSZ）、江苏连云港株（JSLYG）和江苏淮安株（JSHA）的融合蛋白F基因的全长核苷酸,将其分别克隆至pMD18-T载体中。将获得的阳性重组质粒进行序列测定后,推导出其氨基酸序列,进行分析和比较。结果表明,所获得的4个分离株F基因完整的开放阅读框长度为1662bp,共编码F蛋白的553个氨基酸;4个毒株与常用疫苗株之间核苷酸序列同源性只有69．3％～80．8％。JSXZ株和JSSZ株F基因的裂解位点为112-RRQK／RRF-117,符合强毒株裂解区氨基酸组成的特征。以lbp～374bp的核苷酸序列绘制系统发育树分析表明,JSXZ和JSSZ株NDV为基因Ⅷ型,JSLYG和JSHA株NDV为基因Ⅸ型。     

新城疫病毒分离株F基因的克隆与序列分析

应用RT-PCR分别扩增出新城疫病毒(NDV)青海株(QH3)、黑龙江株(HLJ)和甘肃株(A4)的融合蛋白(F)基因的全长核苷酸,再克隆到pMD18-T载体中.经酶切和质粒PCR鉴定,获得阳性重组质粒后,进行序列测定并推导出其氨基酸序列,同时进行分析和比较.序列分析结果表明,所获得的3个分离株F基因完整的开放阅读框长度为1 662 bp,共编码F蛋白的553个氨基酸;3个毒株之间的核苷酸序列同源性为88.0%～90.6%;与常用疫苗株之间核苷酸序列同源性只有85.3%～91.6%.三者F基因的裂解位点均为112R-R-Q-K/R-R-F117,符合强毒株裂解区氨基酸组成的特征.以1 bp～374 bp的核苷酸序列绘制系统发育树分析表明,QH3株NDV为基因Ⅷ型,A4株NDV为基因Ⅵ型,HLJ株NDV为基因Ⅸ型.     

Genetic and phylogenetic analysis of glycoprotein of rabies virus isolated from several species in Brazil

Genetic and phylogenetic analyses of the region containing the glycoprotein (G) gene, which is related to pathogenicity and antigenicity, and the G-L intergenic region were carried out in 14 Brazilian rabies virus isolates. The isolates were classified as dog-related rabies virus (DRRV) or vampire bat-related rabies virus (VRRV), by nucleoprotein (N) analysis. The nucleotide and amino acid (AA) homologies of the area containing the G protein gene and G-L intergenic region were generally lower than those of the ectodomain. In both regions, nucleotide and deduced AA homologies were lower among VRRVs than among DRRVs. There were AA differences between DRRV and VRRV at 3 antigenic sites and epitopes (IIa, WB+ and III), suggesting that DRRV and VRRV can be distinguished by differences of antigenicity. In a comparison of phylogenetic trees between the ectodomain and the area containing the G protein gene and G-L intergenic region, the branching patterns of the chiropteran and carnivoran rabies virus groups differed, whereas there were clear similarities in patterns within the DRRV and VRRV groups. Additionally, the VRRV isolates were more closely related to chiropteran strains isolated from Latin America than to Brazilian DRRV. These results indicate that Brazilian rabies virus isolates can be classified as DRRV or VRRV by analysis of the G gene and the G-L intergenic region, as well as by N gene analysis.     

新城疫病毒F48E9株HN基因核苷酸序列

本研究采用 Ｓａｎｇｅｒ＇ｓ 双脱氧末端终止法测定了新城疫病毒国内标准强毒株 Ｆ４８ Ｅ９ 血凝素神经氨酸酶基因 ｃ Ｄ Ｎ Ａ 的核苷酸序列,推导出其氨基酸序列。 Ｆ４８ Ｅ９ Ｈ Ｎ 基因编码区全长为 １７１３ｂｐ,单一的开放阅读框编码５７１ 个氨基酸的糖蛋白。含有６ 个潜在的与天门冬酰胺（ Ｎ）连接的复合寡聚糖和高甘露糖寡聚糖结合位点,其中有 ５ 个簇集在蛋白分子的 Ｃ末端一半内,有１３ 个半胱氨酸残基。发现６ 个 Ｆ４８ Ｅ９ 特有的氨基酸残基,３７ 位 Ｆ（ Ｌ）、３８ 位 Ｓ（ Ａ）、６０ 位 Ｌ（ Ｐ）、１０５ 位 Ｓ（ Ｎ）、４４３ 位 Ａ（ Ｔ）、５７１ 位 Ｉ（ Ｖ）,这些位点除了 ６０ 位的 Ｐ有两株为 Ｓ以外,其它的在 １３ 株已知序列中均为高度保守序列。