泰国红色原鸡和中国红色原鸡mtDNA控镀区遗传多态性和分类关系研究

对泰国红色原鸡Gallus gallus gallus亚种和中国红色原鸡Gallus gallus spadiceus亚种各16个个体mtDNAD-loop序列进行系统分析,测定线粒体D—loop部分序列大小约为560bp,A、C、G、T这4种核苷酸的平均比例分别为13．6％、43．2％、4．3％和38．9％,A＋T含量高于G＋C含量。结果共发现27个变异位点,颠换和转换之比为0．13,没有观测到插入／缺失情况。测定的6种单倍型中,2个红色原鸡亚种没有共享单倍型,单倍型多样度分别为0．250和0．695,平均核苷酸差异数分别为3．750和10．833,核苷酸多样度分别为0．954％和2．757％。泰国红色原鸡中性检验的Tajima＇s D值为-1．800（P〈O．05）,不符合中性突变。2个红色原鸡亚种间核苷酸分歧度（Dxy）为2．847％,核苷酸净遗传距离（Da）为0．991％。序列群体间的方差组分（Va）占总变异的47．31％,Fst=0．473,差异极显著（P〈0．01）;群体间mtDNAD—loop Rf值也差异显著（P=0．035）。红色原鸡2个亚种具有不同的群体遗传结构,群体之间存在明显的遗传分化,本研究支持这2个亚种并非是同一个亚种的观点。     

中国家鸡和红色原鸡mtDNA控制区遗传多态性及系统进化分析

通过线粒体DNA控制区的结构和多态性来研究中国家鸡和红色原鸡的遗传多态性与系统进化。测定14个中国地方鸡种和红色原鸡2个亚种的256个个体线粒体DNA控制区部分序列约560bp,结果表明,A、C、G、T这4种核苷酸的平均比例分别为25．∞％、37．40％、4．40％和33．20％。共发现44个变异位点,约占分析位点总数的7．86％,没有观测到插入／缺失,颠换和转换之比为0．13;共具有32种单倍型,9种为共享单倍型;16个群体内单倍型多样度从0到0．964,单倍型变异度总体为0．909±0．014,整体的平均核苷酸差异数为7．276,核苷酸多样度为1．851％。群体间核苷酸分歧度（Dxy）在0．747％～3．125％之间变化,核苷酸净遗传距离（Da）为0．015％～2．633％。16个群体表现出较高水平的遗传多态性,群体间表现出显著的遗传分化。群体遗传多态性和亲缘关系分析表明,一些中国家鸡的群体（如固始鸡和仙居鸡）起源于泰国红色原鸡Gallus gallu sgallus亚种,一些中国家鸡的群体（如茶花鸡和藏鸡等）起源于中国红色原鸡Gallus gallus spadiceus亚种,在一些中国地方鸡种还同时具有这2种红色原鸡的遗传贡献;认为中国家鸡起源于泰国或单纯起源于中国的观点都是不全面的。     

mtDNA多态性分析在动物遗传育种中的应用

遗传标记的选择对于研究物种遗传多态现象具有十分重要的意义。早期的研究主要是从形态学标记检测动物群体的遗传特征。随着人类社会的进步,尤其是科学技术的发展,已逐步深入到认识白细胞抗原型、蛋白质多态性这样一些遗传标记。然而,所有上述的标记方法,对环境的变化非常敏感,均不能完全反映遗传物质——DNA水平上的差异。 有鉴于此,直接从DNA分子水平研究遗传标记是十分必要的。线粒体DNA     

静原鸡ELOVL2基因遗传多态性研究

为了探讨静原鸡极长链脂肪酸延伸酶蛋白2（elongation of very-long-chain fatty acids 2,ELOVL2）基因的遗传特性,确定核苷酸的变异位点,本研究采用PCR-SSCP及DNA测序技术对静原鸡ELOVL2基因进行多态性检测。结果显示,静原鸡ELOVL2基因外显子6无多态性,内含子2和6呈中度多态。在ELOVL2基因内含子2扩增片段上共检测到5种基因型：A₂A₂、B₂B₂、C₂C₂、D₂D₂和A₂C₂,4种等位基因：A₂、B₂、C₂和D₂,其中A₂为优势等位基因（0.62）,A₂A₂基因型为优势基因型（0.54）;3个SNPs位点：g.63372228+4918G > A的转换、g.63372228+5024T > C的转换和g.63372228+4928C > A的颠换。在E2e6I6扩增片段上共检测到3种基因型：A₁A₁、B₁B₁和A₁B₁,2种等位基因：A₁和B₁,其中A₁为优势等位基因（0.67）,A₁A₁基因型为优势基因型（0.54）,等位基因B₁存在g.63388000+748G > C的颠换。群体遗传学分析发现,静原鸡ELOVL2基因内含子2、6遗传纯合度均较高,且偏离了Hardy-Weinberg平衡（P < 0.05）。本研究结果表明,静原鸡ELOVL2基因内含子2和6序列突变较高,且呈中度多态,表现出纯合子优势,外显子6上无突变。     

雷琼牛mtDNA D-loop遗传多态性研究

对雷琼牛6个个体的mtDNA D-loop区910 bp进行分析,检测到2种单倍型,其核苷酸多态位点5个,约占所测核苷酸总长的0.55%,其中有2个转换,2个颠换,1个插入/缺失.雷琼牛mtDNA D-loop区核苷酸多样度（π值）为0.15%,单倍型多样度（H）为0.33,表明雷琼牛mtDNA遗传多样性贫乏.经比较分析,雷琼牛起源于瘤牛.     

四川7个地方山羊品种(类群)mtDNA遗传多样性研究

测定了四川7个地方山羊品种（类群）43个个体的mtDNA控制区全序列，结果表明：山羊mtDNA控制区全序列长度为1212bp或1213bp，A＋T含量（59．9％）明显高于G＋c含量（40．1％）。共检测到74个变异位点，序列均为中性突变，核苷酸多样度为1．686％，这些差异共定义了27种单倍型，单倍型多样度为0．966，遗传多样性较为丰富，品种（类群）间存在不同程度的遗传分化。7个地方山羊品种（类群）间的遗传距离变异范围为0．0017～0．0306。用MEGA软件的NJ法构建单倍型序列的系统发育无根树，结果表明四川地方山羊品种（类群）有两个母系来源，但是否就对应于角笋骨羊（Capra aegagrus）和捻角山羊（Capra falconeri）两个野生祖先，还有待于进一步研究。     

浙江6个地方猪种的mtDNA控制区多态性分析

本研究对淳安花猪等6个浙江地方猪种的116条mtDNA序列进行了多态性分析,参照猪群为长白猪和皖南花猪。结果显示,浙江地方猪种581 bp mtDNA控制区序列中共存在14个变异位点,群体的核苷酸多样度Pi值为0.00403±0.00036;单倍型多样度Hd值为0.835±0.018。地方猪的单倍型从Hap_5至Hap_19共15种,而长白猪为Hap_1至Hap_4。淳安花猪和皖南花猪的单倍型频率均以Hap_8为主(0.680和0.833);嘉兴黑猪以Hap_5(0.625)为主;嵊县花猪和碧湖猪均以Hap_6为主(0.500和0.375);岔路黑猪以Hap_5、Hap_8居多(0.429和0.429);金华猪有11种单倍型,频率最高的是Hap_5(0.241)。NJ系统发生树中,浙江地方猪种大致可分为5支(编号A~E),其中,淳安花猪主要出现在E支,个体数占淳安花猪样本数的68.0%(17/25);C支全为金华猪,个体数占金华猪样本数的29.3%(17/58);D支金华猪个体数占金华猪样本数的24.1%(14/58)。本研究结果表明,浙江地方猪种的mtDNA多态性较为丰富,且与长白猪在基因序列上存在明显差别。地方猪种的单倍型组成和频率与其地理分布及品种的形成特点有密切关系。     

4个引进山羊品种mtDNA控制区序列变异和系统发生关系研究

本研究测定了四川4个引进山羊品种24个个体的线粒体控制区全序列,并从GenBank获得山羊属2个野山羊种的2每控制区序列。利用MEGA2．0软件构建分子系统发育无根树。序列分析表明:山羊控制区线粒体控制全序列长度为1 212bp或1 213 bp,A+T含量占59．9％,其中64个核苷酸位点存在变异(约占5．28％),核苷酸多样度为 1．731％,这些差异共定义了16种单倍型,单倍型多样性为0．913±0．048。安哥拉山羊、波尔山羊都有自己独特的单倍型,与其他品种间都没有共享类型。使用NJ法构建了系统发育树,结果表明:2个野山羊种中,角(?)羊与家养山羊的关系相对较近,4个家养山羊品种有2个母系来源,在4个家养山羊品种内部,安哥拉山羊的分化要比其他3个品种早。     

大足黑山羊与周边黑山羊品种(群体)mtDNA D-loop序列多态性研究

本实验旨在研究大足黑山羊与川、渝、滇三地的其他4个黑山羊品种(群体)遗传多样性及聚类关系,采用直接测序法分析了这些山羊品种(群体)的mtDNA D-loop序列多态性。结果表明:5个黑山羊群体的碱基组成没有明显差别;5个黑山羊品种mtDNA D-loop序列多态性较丰富;聚类分析显示,大足黑山羊与渝东黑山羊的遗传距离最近,大足黑山羊与川北黑山羊和乐至黑山羊遗传距离次之,与圭山黑山羊遗传距离最远,这与此5个黑山羊品种地理分布相符。     

中国家驴mtDNA D-loop 遗传多样性与起源研究

对我国12个家驴品种126个个体（包括引用26个个体）的mtDNA D-loop区399 bp进行分析,共检测到36种单倍型37个多态位点,其单倍型多样度为0.466 7-0.977 8,核苷酸多样度为0.001 2-0.028 5,表明我国家驴的遗传多态性丰富。与3条努比亚野驴、3条索马里野驴和6条亚洲野驴的序列构建NJ系统发育树,首次证明我国家驴的母系起源为非洲野驴中的索马里驴和努比亚驴,亚洲野驴不是中国家驴的祖先。本文还讨论了我国家驴可能的迁徙路线。     

笼养原鸡3种饲料的择优试验

笼养条件下 ,分别用 16 1#、72 2 #全价配合颗粒饲料和某鹌鹑饲养场的自配粉状料对 4只成年笼养原鸡 (Gallusgallus)进行消化试验。结果表明 ,成年原鸡对 3种饲料干物质、粗蛋白及碳水化合物的表观消化率 ,自配料均低于 16 1#、72 2 #饲料 ,且与 16 1#、72 2 #饲料差异显著 (P <0 0 5 ) ,而 16 1#与 72 2 #之间无显著差异 (P >0 0 5 ) ;3种饲料间粗脂肪的表观消化率均无显著差异 (P >0 0 5 )。并结合饲料的适口性、料增重比等方面评价的结果得知 ,以颗粒状的 72 2 #家鸡饲料作为原鸡的基础日粮就于其它种类饲料 ,蛋白质含量高的饲料 ,原鸡对其的消化率也高 ,日粮中蛋白质的含量以 19%为最佳。     

基于线粒体控制区的鸡不同杂交组合遗传多样性研究

旨在探讨鸡不同杂交组合线粒体控制区（mtDNA D-loop区）的遗传多样性和单倍型特性。选取固始鸡和隐性白羽鸡及其正、反交F1代、藏鸡以及F2代等6个群体共387个个体的mtDNA D-loop区进行测序,分析其遗传规律和单倍型特性,并与不同红色原鸡亚种进行聚类,分析其母系起源。结果显示,6个群体D-loop区全序列大小为1 231 bp,共检测到28个多态位点和1个C碱基缺失,共构成19种单倍型,分为A、B、C和E 4个单倍型群,其中,固始鸡和反交F1代主要为A、C单倍型,固始鸡A、C单倍型比例分别为53.42%和46.58%,反交F1代A、C单倍型比例分别为50.75%和49.25%;隐性白羽鸡、正交F1代和F2代优势单倍型均为E单倍型,占比分别为48.89%、48.84%和50.00%。6个鸡群体单倍型多样度（Hd）在0.496~0.729之间,核苷酸多样度（Pi）在0.003 40~0.005 41之间,Hd值和Pi值最大的均为正交F1代,其次为隐性白羽鸡和F2代,固始鸡和反交F1代群体遗传多样性接近。聚类分析显示,A、B单倍型群与滇南亚种交叉聚为一枝;E单倍型群与印度亚种交叉聚为一枝;C单倍型群与印度亚种、指名亚种、印尼亚种以及滇南亚种聚为一枝。结果提示,mtDNA D-loop区遵循严格的母系遗传,后代的遗传多样性和单倍型比例与其母本基本一致;我国家鸡群体具有多个红色原鸡母系起源,且主要起源于原鸡滇南亚种。     

A Genetic Diversity Analysis of Mitochondrial DNA D-loop Region in Four High Quality Chicken Breeds

This study was conducted to elucidate the genetic diversity of mitochondrial DNA (mtDNA) D-loop region in Qingyuan partridge chicken group 1,Qingyuan partridge chicken group 2,Yangshan chicken and Qingyuan Yellow feather black-bone chicken.The specific primers were designed according to mtDNA D-loop region of Gullus gullus spadiceus (accession No.:NC_007235.1) in GenBank.The sequence was analyzed after PCR amplification and sequencing,and the haplotype number,polymorphism number,haplotype diversity,nucleotide diversity and nucleotide mean difference were counted.The evolution divergence among breeds was calculated by Mega 5.10 software,and the phylogenetic tree was constructed.The results showed that the length of mtDNA D-loop region in four high quality chicken breeds was 591 bp,and 549 bp were used for subsequent analysis.The content of A,T,C and G were 27.2% to 27.3%,30.1% to 30.4%,29.5% to 29.8% and 12.8% to 12.9%,respectively,and the average content of G+C was 42.5%.There were 92 polymorphic sites which contained 14 singleton variable sites and 78 parsimony informative sites,and the percentage of transitions and transversions were 89.13% (82/92) and 10.87% (10/92),respectively.The haplotype diversity ranged from 0.682 to 0.835,and the nucleotide diversity ranged from 0.00849 to 0.01167.There were 32 haplotypes in all sequences,which could be divided into clades A,B,C and E,however,most of the individuals belonged to clades B (51.2%) and E (37.6%).The phylogenetic tree results showed that four high quality chicken breeds could be classified as 4 branches which were consistent with the haplotypes classification results.The results indicated that the four high quality chicken populations from Qingyuan had relatively high haplotype and nucleotide diversity and likely shared two or more common maternal lineages.     

利用线粒体D-loop区分析家鸭品种遗传多态性与系统进化

通过线粒体DNA控制区的结构和多态性来研究我国家鸭的遗传多态性与系统进化。利用DNA测序技术测定了我国9个家鸭品种106个个体线粒体DNA控制区多变序列。序列分析结果显示:A、C、T、G碱基的平均含量分别为25.6%、33.3%、15.2%和25.9%。检测到34个变异位点,约占分析位点总数的5.1%,有转换、颠换、插入/缺失4种类型的变异。确定了31种单倍型,其中单倍型A7为家鸭的主体单倍型,品种之间有9种共享单倍型。9个家鸭品种单倍型多样度(Hd)平均为0.798,核苷酸多样度(Pi)平均为0.28%,单倍型多样度在荆江麻鸭中最高,其次是攸县麻鸭和恩施麻鸭,在文登黑鸭中最低。9个品种家鸭之间双参数距离范围为0.001 3~0.004 4。31个家鸭单倍型序列的系统发生分析表明,9个家鸭品种只有1个母系起源,没有发现东亚斑嘴鸭对9个家鸭品种起源有贡献的证据。     

乌骨鸡的遗传多样性研究现状

本文从形态、细胞、生化以及DNA水平对乌骨鸡的遗传多样性作了较系统的阐述 ,进一步提出了未来的发展方向。     

基于线粒体Cytb基因的贵州野猪(Sus scrofa)群体遗传多样性分析

【目的】评估贵州地区野猪(Sus scrofa)的遗传多样性和遗传结构,为进一步开展保护遗传学研究和种群生态管理提供理论依据,进而为研究野猪的保护生物学及其对环境的适应奠定基础。【方法】对野猪线粒体Cytb基因进行PCR扩增及测序,结合从GenBank中下载的国内其他9个地区的55条野猪线粒体Cytb基因序列,利用Mega 7.0软件进行碱基组成和遗传距离分析,并使用DnaSP 6.0软件进行遗传多样性分析。【结果】贵州野猪Cytb基因(1 140 bp)碱基组成与其他地区野猪种群相似,AT含量高于GC含量;贵州采集的11头野猪的Cytb基因共有6个变异位点,4种单倍型,单倍型多样性为0.600,核苷酸多样性为0.00118;单倍型多样性与核苷酸多样性仅高于江西和东北地区的野猪种群;种内遗传距离较小,亲缘关系较近;中性检验Tajima’s D值和Fu’s Fs值均为负值且差异不显著,错配分布分析呈单峰分布,表明贵州野猪种群在历史上较为稳定。使用Network构建单倍型网络图,结合Mega 7.0软件构建的单倍型系统发育树分析结果表明,贵州野猪单倍型与其他地区种群存在共享单倍型(Hap＿...     

基于线粒体DNA D-loop区全序列分析儋州鸡遗传多样性及其起源进化关系

为了研究儋州鸡的遗传多样性及其起源进化关系,本研究对36只儋州鸡样品的线粒体DNA(mtDNA) D-loop区全序列进行PCR扩增和测序,结合GenBank中公布的部分品种鸡的mtDNA D-loop区全序列,利用生物信息学方法进行数据处理,分析儋州鸡的遗传多样性及其起源进化关系。结果显示,儋州鸡mtDNA D-loop区扩增片段长度为1 210 bp,A+T含量为59.9%,C+G含量为40.1%,变异区在167～1 215 bp之间,高变区主要集中在167～367 bp之间,存在6种单倍型,共有20个变异位点,单倍型变异度(Hd)为0.571,平均核苷酸差异(k)为6.449,核苷酸多样度(Pi)为0.00537,中性检验的Tajima’s D值为1.61643,6种单倍型可分为A、B、C 3个世系,以B世系为主。研究结果表明,儋州鸡群体遗传多样性和单倍型多样性相对偏低,结合群体构建的系统进化树发现,儋州鸡的遗传组成来自3个母系祖先,缅甸红原鸡、爪哇红原鸡及红原鸡海南亚种均是其潜在的祖先,受外来鸡种影响较小,是一个较为封闭的原始鸡种。     

五指山猪线粒体控制区序列分析及遗传多样性研究

为了研究五指山猪遗传多样性和系统地位,本研究采用PCR产物直接测序法得到55条五指山猪线粒体控制区(mtDNA D-Loop)全序列,并结合GenBank中发表的1条五指山猪mtDNA D-Loop全序列进行结构分析、遗传多样性研究及系统发育分析。结果发现,56条序列中出现21次保守区变异,即"TTATAAAACAC"序列重复,共定义13个单倍型,发现14个变异位点,单倍型多样度(Hd)和核苷酸多样度(Pi)分别为0.838和0.00334,表明五指山猪遗传多样性较丰富。五指山猪线粒体控制区序列构建的系统发育树和Network网络分析呈现两大分支,推测有两个母系起源,且与GenBank中其他23个猪种的聚类结果表明,五指山猪与长江流域以南地区的猪种有着较近的亲缘关系。     

Complete Mitochondrial DNA D-Loop Sequence and Genetic Diversity of Wuzhishan Pig

In order to research the genetic diversity and phylogenies of Wuzhishan pig, 56 complete mtDNA D-Loop were analyzed.55 sequences were amplified by polymerase chain reaction (PCR) and 1 sequence was downloaded from GenBank.The results showed that repetitive sequence "TTATAAAACAC" appeared in the conservative regions of 21 mtDNA D-Loop sequences.13 haplotypes and 14 variable sites were observed in 56 sequences.Haplotype diversity and nucleotide diversity (Hd =0.838 and Pi=0.00334) indicated that Wuzhishan pig had high genetic diversity.Two branches in the phylogenetic tree and Network analysis diagram indicated that there were two maternal origins in Wuzhishan pig.The phylogenetic tree of Wuzhishan pig and other 23 species showed that Wuzhishan pig had close genetic relationship with the pig breeds in the south region of the Yangtze river.