新疆沙尘暴源区塔克拉玛干空气真菌群落的T-RFLP分析

[目的]了解新疆塔克拉玛干沙漠周边地区空气真菌物种多样性及群落结构特征.[方法]应用末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)技术分析和比较塔克拉玛干沙漠空气真菌多样性.[结果]塔克拉玛干沙漠周边且末地区的空气真菌物种多样性最高,尉犁地区最少,9个地区空气样品间相似性介于8.3;～41.9;,其中若羌和莎车地区的相似性最高,达到41.9;;尉犁地区与且末、叶城的相似性最低,为8.3;,与聚类分析结果大体上相一致.典型性相关分析(CCA)表明非生物环境因子(海拔、温度、风速等)影响空气真菌群落的多样性.[结论]塔克拉玛干沙漠周边9个地区空气真菌多样性较丰富,且各地区的优势真菌种群和丰度不同;限制性内切酶的种类对空气真菌群落信息的描述有较大影响.     

乌鲁木齐10号泉水体细菌群落结构的动态变化及响应模式初析

[目的]了解乌鲁木齐10号泉水体细菌多样性及其对水文地球化学指标的响应.[方法]利用末端限制性片段长度多态性(Terminal Restriction Fragment length polymorphism,T- RFLP),对不同日期水体细菌多样性进行分析,所获信息与水文地球化学指标进行典型相关分析.[结果]通过各样品水体细菌类群的多样性指数计算和样品间相似性分析共同显示,乌鲁木齐10号泉不同日期水体细菌呈现随机性动态变化;典型相关分析(Canonical correspondence analysis,CCA)显示水体细菌群落结构与H2S、CH4、F-三项水文地球化学指标呈显著正相关,并且受多种水文地球化学指标的共同影响.[结论]乌鲁木齐10号泉水体细菌类群表现为随机性动态变化,且可对水文地球化学元素产生响应.     

新疆两冷泉菌藻席细菌组成及多样性分析

[目的]通过对含硫冷泉和非含硫冷泉菌席多样性的研究,为开展低温微生物资源的开发利用以及生物修复和活性物质生产提供参考.[方法]利用末端限制性片段长度多态性(Terminal Restriction Fragmentlength polymorphism,T-RFLP),对冷泉菌席多样性进行分析,所获信息与Mica数据库比对,获得各环境下菌席群落组成.[结果]两菌席共包含细菌6门10纲,其中γ-变形菌类群为两个菌席中最为优势类群,分别占乌鲁木齐4号泉和沙湾冷泉菌席的23.71;和40.48;;芽孢杆菌纲类群和梭菌纲类群为各自菌席中第二大类群,分别占22.73;和29.49;;梭菌属(Clostridium)为两菌席共有类群.[结论]菌席群落组成受环境类型影响而差异较大,乌鲁木齐4号泉(含硫冷泉)细菌物种多样性较高.     

新疆断裂带含硫冷泉泉水细菌群落结构的动态变化

[目的]了解新疆断裂带10号含硫冷泉泉水中细菌群落结构的动态变化.[方法]采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)的方法,反映和分析10号冷泉泉水中细菌种群的16S rRNA基因V3区多样性及其种群基因组成随时间的变化.[结果]细菌种群的丰度(Shannon-Wiener指数(H'))和优势度(Simpson指数(D))随时间的变化均出现显著不规律的变化,且当细菌种群丰度较大时,优势度反而较小;由样品Sorenson相似距离系数形成的二维图谱中,不存在位置完全重合的样品.[结论]新疆断裂带10号含硫冷泉泉水中细菌群落结构表现出显著随机的动态变化.     

霍甫水丝蚓（Limnodrilus hoffmeisteri）扰动对表层沉积物细菌群落结构和多样性的影响

为研究大型底栖动物霍甫水丝蚓(Limnodrilus hoffmeisteri)对表层沉积物中细菌群落结构和多样性的影响,设计了沉积物-水微宇宙的实验,模拟太湖梅梁湾霍甫水丝蚓(Limnodrilus hoffmeisteri)的自然分布特征,运用末端限制性片段长度多态性技术(T-RFLP)比较了有无霍甫水丝蚓(Limnodrilus hoffmeisteri)分布的沉积物样品中细菌群落的动态变化.结果表明,水丝蚓组和对照组沉积物细菌群落结构相似性无显著差异(P＞O.05),可见太湖梅梁湾目前的水丝蚓生物量引起的生物扰动对表层沉积物细菌群落结构影响不明显;实验中后期只在处理组中出现的206bp以及处理组含量高于对照组的370 bpT-RFs都可能是Nitrosomonas属的氨氧化细菌,提示大型底栖动物霍甫水丝蚓的存在可能为氨氧化细菌提供了适合的生态位.     

象山港网箱养殖对近海沉积物细菌群落的影响

微生物在有机物质分解、能量转移等生物地化循环中起着重要作用,研究养殖活动对沉积物中微生物多样性的影响对正确评价近海生态系统结构和功能具有重要意义.结合沉积物的理化分析(T、pH、Eh和SO2-),通过T-RFLP(末端限制性片段长度多态性)分析了象山港网箱养殖对近海不同深度沉积物中细菌群落结构和多样性的影响,构建了对照区0-5 cm沉积物样品的细菌16S rRNA基因克隆文库,并进行了系统发育分析.结果表明,近海网箱养殖活动不但使象山港沉积物Eh、pH值等理化性质有所改变,而且使细菌的群落结构也发生了变化,变形细菌纲细菌的相对丰度降低,细菌群落的多样性和均匀度也显著降低,致使近海沉积物细菌群落由多样性高的稳定结构向多样性降低的不稳定结构转变.     

不同品种桑树根际土壤细菌多样性的 高通量测序分析

[目的]探究不同品种桑树根际土壤细菌群落结构及其分布规律,为促进桑树的生长发育、提高其经济利用价值和培育更高品质的桑树品种提供参考.[方法]对3个品种桑树(粤椹大10、嘉陵30号和红果1号)根际土壤细菌的16S rDNA序列V3~V5高变区进行PCR扩增,并对PCR扩增产物进行高通量测序,分析土壤中细菌群落多样性及分布规律.[结果]3个土壤样品中共检测出细菌26门76纲88目149科370属.不同品种桑树根际土壤样品中的细菌群落组成和结构存在一定差异,丰富度方面表现为嘉陵30号>粤椹大10>红果1号;多样性方面表现为红果1号>嘉陵30号>粤椹大10.3个品种桑树的根际土壤细菌在门纲目科属水平上的优势菌群及所占比例分别为变形菌门(Proteobacteria,37.2%)、α-变形菌纲(Alphaproteobacteria,24.3%)、拟杆菌目(Bacteroidales,24.3%)、拟杆菌科(Bacteroidaceae,14.2%)、拟杆菌属(Bacteroides,14.2%);随着分类的细化,不同桑树品种对土壤细菌群落组成和分布的影响越大.[结论]变形菌门在3种桑树根际土壤中均是最优势细菌类群,嘉陵30号桑树品种根际土壤细菌种类最多,红果1号桑树品种土壤细菌分布最均匀.根际土壤细菌群落种类和均匀度可作为桑树差异规模化种植的指标.     

采用不同限制性内切核酸酶研究森林土壤真菌多样性和群落结构

以秦岭南坡火地塘林区5种主要森林类型(油松纯林、锐齿栎纯林、青扦纯林、华山松纯林和油松-锐齿栎混交林)土壤真菌为研究对象,通过T-RFLP技术探讨了不同限制性内切酶对土壤真菌多样性和群落结构产生的影响。用4种常用内切酶(AluI、HhaI、MspI和RsaI)分别对5种森林类型土壤真菌ITS序列PCR产物进行消化,获得了100个土壤真菌TRF图谱。综合比较不同森林类型土壤真菌多样性指数(Richness S、Shannon H、Simpson D和Evenness E)后发现,限制性内切核酸酶的选择可以明显影响到运用T-RFLP技术对土壤真菌多样性和群落结构的评价。相比MspI和RsaI,用AluI和HhaI消化5种森林类型土壤真菌ITS序列PCR产物能够普遍获得较高的TRF丰富度和多样性,尤以HhaI的各指数表现更为突出,展现了其更加优越的DNA消化能力和更高的酶切位点特异性。根据TRF的有无和数量对5种森林类型土壤真菌群落进行聚类分析和非度量多维尺度分析(NMDS)。结果表明,HhaI、MspI和RsaI所产生的TRF的数量和种类较为接近,进而获得了一致的土壤真菌群落相似性结果,而AluI的聚类分析和非度量多维尺度分析结果与其他3种内切核酸酶差异较大。综合多样性和群落结构的分析,具有较强消化能力的HhaI既能较好地揭示5种森林类型土壤真菌多样性,又有利于真菌群落结构的辨识,为适宜限制性内切酶。结果对限制性内切核酸酶选择的探讨可以为更好地运用T-RFLP来量化环境样品中的微生物多样性和群落提供指导。     

日偏食对乌鲁木齐空气细菌多样性的影响

[目的]了解日偏食对乌鲁木齐空气细菌多样性影响.[方法]利用末端限制性片段长度多态性技术(T - RFLP,Terminal- restriction fragment length polymorphism)分析比较日偏食前后乌鲁木齐空气细菌多样性变化.[结果]日偏食当天的各项多样性指数均高于其他几天;酶切图谱和多样性指数结果显示,利用Rsa I酶切样品所得细菌多样性高于利用Hha I酶切所得结果;聚类分析显示,日偏食前1d,后1d和当天空气细菌可聚为一类,其余聚为一类.[结论]乌鲁木齐空气细菌受日偏食的影响多样性有所增加.     

南方红壤坡地人工林生态系统土壤细菌群落结构与丰度季节变化特征

[目的]探讨南方红壤坡地人工林生态系统土壤细菌群落结构与丰度的季节变化特征,为我国南方酸性红壤丘陵区生态修复造林树种的选择提供理论依据和参考.[方法]以湿地松林和油茶林土壤为研究对象,在两年的时间里分季节采集土壤样品,利用荧光定量PCR(qPCR)分析土壤细菌的丰度,末端限制性酶切片段长度多态性(T-RFLP)分析土壤细菌的群落结构.[结果]油茶林的土壤水含量、铵态氮和可溶性有机碳(DOC)含量及土壤细菌丰度均显著高于湿地松林土壤(P<0.05,下同),且两种林地的土壤细菌群落结构也产生明显分异.土壤细菌丰度和土壤理化性状随季节变化产生波动,但年际间变化规律不一致.两种林地土壤四季共有物种占绝对优势,群落结构季节变化不明显.土壤硝态氮、铵态氮和DOC含量与土壤细菌群落结构呈极显著相关(P<0.01).除油茶林的土壤细菌丰度与土壤水含量呈显著正相关外,其他环境因子与细菌丰度间的相关性不显著(P>0.05).[结论]树种不同而诱导的土壤养分状况变化是调控土壤细菌群落结构的关键因子.在我国南方红壤丘陵区,油茶林是一种比湿地松林更有利于提升土壤肥力和维持林地土壤生态质量的造林树种.     

基于高通量测序技术的酿酒葡萄产区土壤微生物多样性

【目的】研究新疆4大酿酒葡萄产区土壤中的微生物群落结构及多样性,为构建新疆酿酒葡萄主产区的微生物菌库奠定基础。【方法】分别从新疆酿酒葡萄主产区采集土壤样品,提取总DNA,通过Illumina MiSeq高通量测序结合生物信息学分析,得到新疆酿酒葡萄主产区的土壤微生物群落结构及多样性。【结果】在12份土壤样品中,伊犁河谷土壤中细菌的群落多样性最高,天山北麓土壤中细菌群落多样性最低;吐哈盆地中真菌群落多样性最低,焉耆盆地中真菌的群落多样性最高。节杆菌属细菌和耐冷酵母属真菌是吐哈盆地和天山北麓葡萄园土壤中的优势菌属;芽单胞菌属细菌和刚毛四枝孢属真菌是伊犁河谷葡萄园土壤中的优势菌属;节杆菌属细菌和赤霉菌属真菌是焉耆盆地葡萄园土壤中的优势菌属。土壤pH值对细菌群落组成的影响最显著,Mn元素含量对真菌群落组成的影响最显著。【结论】揭示了新疆酿酒葡萄主产区土壤中细菌和真菌群落组成,新疆酿酒葡萄产区的微生物多样性存在差异。     

新疆褐牛、哈萨克牛产肉性能及肉品质对比分析

【目的】研究新疆褐牛与哈萨克牛肉用性能和肉品质。【方法】选取12月龄健康新疆褐牛、哈萨克牛阉牛各5头,在同样的饲养管理条件下,持续育肥18个月后屠宰,利用体尺测定、屠宰测定和检测分析的方法对新疆褐牛和哈萨克牛体尺发育、肉用性能和肉品质分析测定。【结果】体尺测定新疆褐牛体高、十字部高均显著高于哈萨克牛(P<0.05),通过屠宰测定,新疆褐牛后腿围,大腿肉厚,胴体重,眼肌面积均显著高于哈萨克牛(P<0.05),新疆褐牛剪切力显著低于哈萨克牛(P<0.05);肉色亮度值(L^*),红色度(a^*),黄色度值(b^*)新疆褐牛均显著高于哈萨克牛(P<0.05),脂肪和蛋白质含量显著高于哈萨克牛(P<0.05)。【结论】新疆褐牛与哈萨克牛相比在体尺发育和肉用性能方面表现出显著优势,且肉品质较为突出。     

长期施肥对红壤性水稻土细菌群落结构和数量的影响

 【目的】通过对土壤细菌数量和多样性的研究,揭示长期不同施肥制度对土壤微生物生态的影响规律,为中国稻田土壤科学施肥、维护健康土壤微生物生态系统及农业可持续发展等方面提供重要理论和实践依据。【方法】采用末端限制性片段长度多态性分析（T-RFLP）和实时定量（real-time）PCR方法,研究湖南省望城县施用化肥（NPK）和秸秆还田（NPKS）对水稻土细菌群落结构及其多样性和数量的影响。【结果】T-RFLP分析结果表明红壤性水稻土细菌的优势类群为变形菌（150 bp;相对丰度33%—37%）和放线菌（67 bp;相对丰度20%—25%）,施肥对土壤细菌群落结构及其多样性产生了显著影响。典范对应分析（CCA)表明不同处理间细菌群落结构差异显著,而土壤pH和有机碳是影响土壤细菌群落结构的主要因子。多样性指数分析（香农指数和均匀度指数）显示秸秆还田处理的土壤细菌多样性最高,施肥处理（氮磷钾配施和秸秆还田）的土壤细菌多样性均高于不施肥处理。通过实时PCR技术定量了3种施肥处理的土壤细菌数量（4.34×1010—10.94×1010 个拷贝16S rDNA每克土）,与不施肥相比,施肥后土壤细菌数量增加了50%—100%。【结论】长期施肥对红壤性水稻土细菌群落结构及其多样性和数量均产生了深刻的影响,长期化肥和秸秆还田,土壤质量和土壤肥力提高,土壤细菌种群多样性和数量显著增加。     

PCR-DGGE技术分析蛋鸡MHC基因对肠道细菌种群结构的影响

 【目的】研究蛋鸡MHC（Major Histocompatibility Complex,主要组织相容性复合物）基因对不同周龄和不同部位肠道细菌种群结构的影响。【方法】使用基于16S rDNA的PCR-DGGE技术,结合特异性和共性条带割胶回收DNA进行克隆和测序,对2,4,6和8周龄商品蛋鸡和15I5系蛋鸡嗉囊、十二指肠、空肠、回肠和盲肠内含物细菌群落的结构和多样性进行比较,鉴定8周龄蛋鸡部分特异性和共性群落成员。【结果】商品蛋鸡和15I5系蛋鸡盲肠细菌的多样性最高,其次是回肠和空肠,嗉囊和十二指肠的细菌多样性比较低,且随着蛋鸡周龄增加,各肠段细菌多样性呈上升趋势,MHC基因对细菌多样性无显著影响。DGGE图谱聚类分析表明,蛋鸡MHC基因对4、6周龄肠道细菌的影响最大,对2周龄影响最小;而且MHC基因对消化道前段细菌的影响小于对后段影响。序列分析发现,8周龄商品蛋鸡和15I5系蛋鸡均有大量的三得利乳杆菌（Lactobacillus suntoryeus）,是蛋鸡消化道前段的优势细菌;商品蛋鸡空肠、回肠和盲肠中的特异性条带主要是Ochrobactrum spp,索氏梭菌（Clostridium sordellii）,超巨巨单胞菌（Megamonas hypermegale）和大量不可培养的细菌;15I5系蛋鸡的特异性条带主要是不可培养的细菌。【结论】蛋鸡MHC基因可影响不同周龄、不同肠段细菌群落的结构。     

200份陆地棉种质资源农艺性状遗传多样性分析

【目的】 研究本地棉花种质基因库,筛选出适于作杂交亲本的种质资源。【方法】 以200份棉花种质资源为材料,研究其形态指标的变异情况和遗传多样性,并以形态指标对 200 份种质进行聚类分析。【结果】 21个形态指标遗传多样性指数(H′)变幅范围在0~1.02。所有材料可划分成6大类,其中第1大类30份材料,茎色紫红色,种子短绒颜色灰褐色材料为主,可以作为彩色棉花育种资源;以170177为主的20份材料种子短绒着生稀毛,种子短绒颜色绿褐色可以作为早熟、无酚、耐高温的育种材料;第6大类50份,所占比例较大。【结论】 200份种质资源的遗传多样性丰富,第6大类50份,可以作为目前新疆育种材料亲本,主要特征为株型塔型,无茎毛,叶色深绿色,叶片大小中,无叶基斑,有限果枝类型,黄色花冠,黄色花药,种子短绒着生情况多毛,种子短绒颜色灰绿色,有种仁色素腺体,吐絮颜色白色。     

新疆和西藏棕鳟群体的遗传多样性分析

【目的】了解新疆和西藏地区棕鳟养殖群体的遗传多样性状况,解析两地棕鳟的亲缘关系和遗传差异,为棕鳟的分子辅助育种打下数据和方法基础。【方法】采用第二代高通量测序技术对来自新疆达坂城和西藏亚东的2个棕鳟群体各12个个体进行基因组重测序,利用鉴定得到的多态性信息位点进行群体结构、群体遗传多样性和群体间的选择消除分析。【结果】...