草鱼肠道不动杆菌的分离鉴定及药敏试验

从草鱼肠道中分离获得1株细菌,编号为CAX1,进行细菌形态学观察、理化特征、16S r DNA序列分析及药敏试验等研究。结果表明CAX1菌株为革兰氏阴性短杆菌,进一步采用PCR方法扩增其16S r DNA,测序显示其大小为1 531 bp,序列比对表明CAX1分离株与厦门不动杆菌新种(Acinetobacter xiamenensis)16S r DNA同源性达97.1%,系统进化树分析显示CAX1菌株与不动杆菌亲缘关系最近,自然聚类为1支;药敏试验结果显示CAX1菌株对庆大霉素、阿莫西林、氨苄西林、头孢哌酮等药物敏感。     

红色素产生菌H1的分子生物学鉴定

从青岛近海海洋沉积物中分离得到1株红色素产生菌H1,利用PCR技术扩增该菌株的16S rDNA核苷酸序列,通过琼脂糖凝胶电泳得到1条约1 500 bp的16S rDNA片段.运用Blast程序与数据库中已存在的细菌16S rDNA核苷酸序列进行相似性比较,表明该菌株与Kocuria rosea的相似性最高,为99.54%,可以认为属于同1个种.选取10株同源性较高的典型菌株序列,进行多序列比对,构建了菌株H1的系统发育树.     

西北半干旱地区黄芪根瘤菌DNA同源性及16S rDNA全序列分析

 数值分类表明 ,分离自西北半干旱地区的 9株黄芪根瘤菌构成一个独立的表观群。在此基础上 ,进行了DNA同源性及 16 S r DNA全序列分析。 9株菌的 G +C mol%在 5 9.1～ 6 0 .3之间 ;群内 DNA同源性为 81.5 %～91.0 % ,大于 70 % ;中心菌株 SH2 90 B与各已知种模式菌株 DNA同源性在 10 .5 %～ 6 3.0 % ,小于 70 %。 SH2 90 B的16 S r DNA全序列与参比菌株的序列进行比较 ,得到系统发育树状图。其处在土壤杆菌 -山羊豆根瘤菌构成的分支中 ,与 R.galegae和 R.huatlense的 16 S r DNA全序列相似性分别为 96 .8%和 97.5 % ,大于 95 %以上 ,它们应归属于同一个属。因此 ,菌株 SH2 90 B代表一个新的根瘤菌种     

斑马鱼肠道细菌的16S rDNA分子鉴定及PCR-SSCP分析

为了解斑马鱼Danio rerio肠道细菌多样性,采用细菌分离纯化、16S r DNA基因分子鉴定技术,对斑马鱼肠道细菌进行PCR-SSCP分析。结果表明:从斑马鱼肠道分离纯化出12株细菌,分别命名为Zf1、Zf2、Zf3、Zf4、Zf5、Zf6、Zf7、Zf8、Zf9、Zf10、Zf11和Zf12,其中对7株分离菌构建p MD18-T/16S r DNA的阳性克隆测序显示,Zf1、Zf11菌株与Aeromonas veronii的16S rDNA序列一致性为99%,Zf4、Zf8菌株与Sphingomonas sp.的一致性为99%,Zf5菌株与Bacillus subtilis的一致性为99%,Zf7菌株与Aeromonas sp.M10的一致性为99%,Zf10菌株与uncultured bacterium clone GI3-M-5-G01的一致性为92%;16S r DNA分子鉴定表明,Zf1、Zf7和Zf11属于气单胞菌属Aeromonas,Zf4、Zf8属于鞘氨醇单胞菌属Sphingomonas,Zf5属于芽孢杆菌属Bacillus,Zf10为一种新菌株;采用PCR-SSCP技术对12株细菌16S r DNA基因V3区进行多态性分析,结果显示,斑马鱼肠道细菌16S r DNA基因V3区存在多态性,其中Zf1与Zf11菌株带型一致,Zf4与Zf8菌株带型一致。本研究结果可为揭示鱼类肠道菌群结构对其生命活动的影响提供科学参考。     

具有解钾活性假单胞菌的分离与鉴定

[目的]分离并鉴定具有解钾活性假单胞菌。[方法]以农田土壤为样本,在钾长石粉为唯一钾源的选择性培养基上分离并纯化解钾菌,并通过形态观察和16S r DNA序列分析对分离到的细菌进行鉴定。[结果]经梯度稀释涂布和平板划线分离,经初筛获得8株生长良好并具有解钾透明圈的细菌。将初筛后获得的细菌菌株进行发酵培养,利用原子吸收分光光度法测定发酵上清液中的速效钾含量,从中筛选出解钾能力较强的1株假单胞菌K3。通过形态观察发现,该菌株为革兰氏阴性杆菌。16S r DNA序列分析结果表明,该菌株与荧光假单胞菌F113亲缘关系最近,初步确定该菌株属假单胞菌属。[结论]该研究为微生物钾肥的开发提供了新的试材。     

陕西等地区豆科植物根瘤内生细菌遗传多样性和系统发育研究

采用16S r DNA PCR-RFLP、16S r DNA全序列分析、BOX-PCR等多相分类技术,对采集自陕西神木、甘肃天水、青海泽库地区的豆科植物根瘤内生细菌资源的多样性进行了研究。从采集的豆科植物根瘤中共分离到50株供试菌株,对这50株供试菌株和8株参比菌株进行了16S r DNA PCR-RFLP聚类分析。结果显示,全部供试菌株在81.5%的相似性水平上分成4个分支(在86%相似性水平上,分支I包括3个群,分支III包括3个群)。选取各群代表菌株进行16S r DNA测序,确定了50株供试菌株中,1株属于慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium),1株属于土壤杆菌属(Agrobacterium),6株属于中华根瘤菌属(Sinorhizobium),27株属于芽孢杆菌属(Bacillus),2株属于类芽孢杆菌属(Paenibacillus),其余13株则分别归属于寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)、假单胞菌属(Pseudomonas)和泛菌属(Pantoea)。表明16S r DNA PCR-RFLP和16S r DNA全序列分析结果具有较好的一致性。对部分16Sr DNA序列相似性达到100%的菌株进行BOXPCR来确定是否为同一克隆。研究结果表明,陕西神木等地区豆科植物根瘤内生菌具有很丰富的遗传多样性。     

德国鸢尾组培快繁过程中内生菌的分离、鉴定及控制药剂筛选

【目的】在德国鸢尾的组培过程中,内生菌引起的污染制约着其进行快速繁殖工厂化育苗,针对引起德国鸢尾组培苗污染的内生菌进行分离、鉴定,研究比较6种常用药剂对该菌株的抑制效果,筛选出最佳防治药剂,为德国鸢尾组培快繁过程中有效控制内生菌污染提供科学依据。【方法】采用NA培养基分离纯化菌株(115325),通过形态特征观察、生理生化试验及16S r DNA序列同源性分析,对其进行分类鉴定。采用纸碟抑菌圈法测定6种常用药剂对供试菌株的抑制效果。【结果】供试菌株115325的形态特征,及生理生化指标与表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)基本相同。16S r DNA序列分析表明,该菌株与解糖葡萄球菌S.saccharolyticus(L37602)进化关系最为密切,聚在同一个系统发育分支,与表皮葡萄球菌的同源性最高,为99.86%。室内药剂筛选结果表明,头孢菌素和庆大霉素对供试菌株的抑制作用最强。【结论】综合形态学特征、生理生化特性及16S r DNA序列分析结果,供试菌株115325被鉴定为表皮葡萄球菌。头孢菌素和庆大霉素可作为抑制德国鸢尾组培苗内生菌污染的首选药剂。     

云南香蕉细菌性软腐病病原鉴定

为了明确引起云南香蕉细菌性软腐病的病原菌,为该病害防控提供基础,在植蕉区采集香蕉细菌性软腐病病害标样,对病原菌进行分离、致病性测定、寄主范围测定、形态学观察、生理生化反应及16S r DNA序列分析。结果表明:分离获得的菌株均有致病性,病原菌形态特征、寄主范围、生理生化测定结果与Erwinia chrysanthemi相符。16S r DNA序列分析表明:代表性菌株的测序结果与E.chrysanthemi(序列登录号:GU811708)的同源性达到99%以上,系统发育树分析结果与之一致,表明引起云南香蕉细菌性软腐病的病原菌为菊欧氏杆菌(E.chrysanthemi),该病害是近年来发生在云南植蕉区的一种新病害。     

西藏自治区产碱性弹性蛋白酶枯草芽孢杆菌的分离及鉴定

从西藏自治区不同海拔地区的屠宰场土壤中分离得到180株菌株,经过初筛和复筛,获得1株产碱性弹性蛋白酶较高的菌株XZJ4,结合生理生化特征和16S r DNA序列分析,鉴定该菌株为枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)。     

γ-聚谷氨酸合成菌的鉴定及其对肥效的影响

从豆豉中分离到1株产γ-聚谷氨酸(γ-polyglutamic acid,γ-PGA)的菌株JG,通过菌株形态特征和16S r DNA序列对比分析,对该菌株进行了鉴定。同时对发酵产物进行了提纯,并添加不同比例聚谷氨酸到复合肥中,进行盆栽试验。结果表明,该菌株16S r DNA序列与Bacillus subtilis HQ 327126的同源性达到99%,确定该菌株为枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)。该菌株γ-PGA的发酵产量为40 g/L,对发酵产物进行提纯,获得含量为80%的γ-PGA。添加不同浓度γ-PGA的处理,芜青油菜叶绿素含量明显提高,添加0.02%~0.03%的γ-PGA,芜青油菜鲜重增加可达18.35%~19.57%,具有明显提高肥效的作用。     

巨龙竹组培苗污染优势内生菌的分离与鉴定

【目的】对引起巨龙竹组培苗污染的优势内生菌进行分离与鉴定,为后期巨龙竹组织培养基的优化及预防巨龙竹组织培养过程中内生菌污染提供科学依据。【方法】采用NA培养基分离纯化菌株, 然后通过菌体的形态结构观察、生理生化试验及16S rDNA序列同源性分析,对引起巨龙竹组培苗污染的优势内生菌进行鉴定。【结果】引起巨龙竹组培苗污染的优势内生菌为SWFU03菌株,其形态特征及生理生化试验结果与芽孢杆菌属（Bacillus）坚强芽孢杆菌（Bacillus firmus）的生理生化特征基本相同;16S rDNA序列分析结果表明,菌株SWFU03与坚强芽孢杆菌（GQ903389.1）在同一系统发育分支,其同源性为99.11%。【结论】引起巨龙竹组培苗污染的优势内生菌菌株SWFU03为坚强芽孢杆菌。     

巨龙竹组培苗污染优势内生菌的分离与鉴定

【目的】对引起巨龙竹组培苗污染的优势内生菌进行分离与鉴定,为后期巨龙竹组织培养基的优化及预防巨龙竹组织培养过程中内生菌污染提供科学依据。【方法】采用NA培养基分离纯化菌株, 然后通过菌体的形态结构观察、生理生化试验及16S　rDNA序列同源性分析,对引起巨龙竹组培苗污染的优势内生菌进行鉴定。【结果】引起巨龙竹组培苗污染的优势内生菌为SWFU03菌株,其形态特征及生理生化试验结果与芽孢杆菌属（Bacillus）坚强芽孢杆菌（Bacillus firmus）的生理生化特征基本相同;16S　rDNA序列分析结果表明,菌株SWFU03与坚强芽孢杆菌（GQ903389.1）在同一系统发育分支,其同源性为99.11%。【结论】引起巨龙竹组培苗污染的优势内生菌菌株SWFU03为坚强芽孢杆菌。     

牛蛙米尔伊丽莎白菌的分离、鉴定与特性分析

从广州番禺某养殖场患“歪头病”的牛蛙(Lithobates catesbeiana)体内脑组织中分离到1株致病菌MEYL-1. 对分离菌株采用细胞形态学、生化特性分析结合16S rDNA 和gyrB基因分子分析,判定所分离菌为米尔伊丽莎白菌（Elizabethkingia miricola）. 采用菌株MEYL-1人工回归感染,显示健康牛蛙注射1×10^8 CFU·mL-1的分离菌株可复制自然发病相似的“歪头”、“白内障”等症状,并且患病蛙中再分离到的致病菌与感染菌株相同. 综合理化特性分析、基因分子鉴定、回归感染实验可基本判定所患歪头病牛蛙病原为MEYL-1（米尔伊丽莎白菌）. 对19种常用药物敏感分析发现分离株MEYL-1对其中4种药物敏感,7种药物中度敏感,对另外8种药物耐受. 本研究通过对“歪头病”的牛蛙菌株的分离鉴定和药物敏感试验,明确了米尔伊丽莎白菌是引起其患病的病原,研究结果将为米尔伊丽莎白菌病的致病机制研究及牛蛙歪头病的防治提供参考依据.     

一株中度嗜盐菌新种LYG2#的分离与鉴定

[目的]对一株从连云港青口卤水中分离纯化出的细菌LYG2#进行分类学鉴定。[方法]通过16S rRNA基因序列比对、系统发育分析和一系列生理生化指标测定对该细菌LYG2#进行鉴定。[结果]该菌为革兰氏阴性菌,菌落形态为圆形,粉红色。电镜下观察菌体为螺旋状,长1.50~2.00μm,宽0.24μm。LYG2#最适生长盐浓度为9.6%,最适生长温度为32℃,最适pH为8.5。通过16S rRNA基因序列比对,发现其与Spiribacter salinus M19-40~T的相似度最高,为95.98%。菌株LYG2#在中国科学院的保藏号为CGMCC 1.12136,Gen Bank序列登录号为JQ087462。[结论]分离的菌株LYG2#为一株中度嗜盐菌,是Spiribacter属的一个新种资源。     

毒死蜱降解菌的筛选·鉴定·降解特性

[目的]筛选毒死蜱降解菌,了解其特性。[方法]从常年施用毒死蜱农药的水稻田土壤中筛选出1株能以毒死蜱为唯一碳源和能源的降解菌。[结果]降解菌DC1对浓度100 mg/L毒死蜱15 d的降解率可达到83.3%。通过16S r DNA序列同源性和系统发育分析,将该毒死蜱降解菌鉴定为枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)。系统发育表明,该菌和枯草芽孢杆菌的分支特基拉芽孢杆菌(Bacillus tequilensis)的亲缘关系最近。[结论]降解菌DC1来源于土壤,适应性强,对解决土壤中毒死蜱残留有一定的应用价值。     

猪源高产蛋白酶芽胞杆菌的分离与鉴定

利用酪蛋白培养基从猪粪便样品中分离产蛋白酶的芽胞杆菌,采用福林酚法测定其酶活力,对筛选到的高酶活菌株进行形态学、生理生化和分子鉴定。结果表明,从86株分离茵中筛选了一株酶活较大的菌株B．A464,革兰氏阳性菌,呈粗杆状,能形成卵圆形芽孢,16SrDNA序列长度是1463bp,与蜡样芽孢杆菌的同源性高达99％,鉴定为蜡样芽孢杆菌,所产蛋白酶活力为2．19×10^3U·mL^-1。     

产表面活性剂石油降解菌的筛选及发酵条件优化

从胜利油田受石油污染的土壤中筛选出能产生表面活性剂的石油降解菌,对其进行初步鉴定,并探讨了其降解原油的性能与生长条件。经过富集培养、平板筛选、血平板筛选、排油圈测定,成功分离筛选出1株产生表面活性剂的石油降解菌株X-1。经形态观察、生理生化试验和16S rDNA序列分析等鉴定其为芽孢杆菌属(Bacillus sp.),培养6 d时原油降解率为30.04%。通过硅胶板薄层层析初步判定表面活性剂粗品中含有脂肽、脂蛋白类物质。菌株生长的最适温度为32℃,最适pH为7.0,最适盐度为2 g.L-1 NaCl,最佳碳源为淀粉,最佳氮源为蛋白胨。     

甘露聚糖酶产生菌F1-5的鉴定

[目的]鉴定1株高产甘露聚糖酶菌株。[方法]以高产甘露聚糖酶的菌株为对象,采用形态观察、生理生化试验及16S rDNA系统发育分析手段对其进行鉴定。[结果]该菌株在牛肉膏蛋白培养基上培养24h后,菌落表面粗糙,不透明白色,革兰氏阳性,杆状,能形成芽孢,表明其属于芽孢杆菌属。对F1-5进行生理生化特征鉴定,结果表明,其为枯草芽孢杆菌或蜡样芽孢杆菌。PCR扩增获取该菌的16S rDNA基因。经BLAST同源序列比对,结果显示,菌株F1-516SrDNA与枯草芽孢杆菌的16S rDNA具有99％的同源性,表明F1-5为枯草芽孢杆菌。[结论]该研究为甘露聚糖酶工业化开发应用奠定了基础。     

一株高产脂肪酶产生菌16S rDNA的序列分析

[目的]对分离获得的高产脂肪酶菌株进行鉴定,为其改造和更好利用奠定基础.[方法]对从食堂下水道中分离获得的一株高效产脂肪酶细菌(JLΠ-4)进行培养,提取其基因组DNA.设计16S rDNA通用引物,扩增16S rDNA基因片段,并连接到pUC19-T载体上,转化大肠杆菌DH5X,经PCR鉴定的阳性克隆摇菌培养后测序.[结果]提取获得较高质量的基因组DNA,扩增获得新分离菌株16S rDNA基因片段,长度为1528 bp,BLAST相似性比对分析结果表明,其与伯克霍尔德氏菌16S rDNA序列相似性达97%,是一株与伯克霍尔德氏菌最近的革兰氏阴性菌.[结论]初步将高产脂肪酶细菌JTΠ-4鉴定为唐菖蒲伯克霍尔德菌.     

一株植物病原真菌拮抗细菌的分离与鉴定

从泰山土壤中分离获得一株对多种植物病原真菌具有拮抗作用的细菌。经过形态观察、生理生化特征分析及16S rDNA碱基序列测定和同源性分析,鉴定该菌株为蜡状芽孢杆菌(Bacillus cereus),该菌株的16S rDNA序列已在GenBank中注册,登录号为AY756511。