利用Illumina Miseq测序技术研究鲍内脏多肽对小鼠肠道微生物的影响

[目的]研究鲍内脏活性物质对小鼠肠道微生物的影响。[方法]从鲍内脏中制备多肽并灌胃小鼠,利用Illumina Miseq测序技术分析小鼠肠道微生物的群落结构及动态变化。[结果]门水平上,小鼠肠道微生物最优势菌群为拟杆菌门(Bacteroidetes),占总序列的69.10%;其次为厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria),分别占总序列的23.50%和5.00%,变形菌门又以δ-变形菌纲居多。属水平上,最优势类群为拟杆菌目(Bacteroidales)的一个未知分类属,占30.33%;其次为拟普雷沃菌属(Alloprevotella)和拟杆菌属(Bacteroides),分别占12.47%和9.80%。灌胃鲍内脏多肽后,小鼠肠道中丰度前30位的菌属中有4个属的丰度上调,其中副拟杆菌属(Parabacteroides)的丰度显著上调。丰度下调的属有7个,其中毛螺菌科(Lachnospiraceae)一个未分类属和厌氧支原体属(Anaeroplasma)丰度显著下调。[结论]灌胃鲍内脏多肽后小鼠肠道微生物多样性呈增加的趋势,且在小鼠肠道中检测到一些与宿主健康相关的差异细菌类群。     

松墨天牛幼虫肠道纤维素降解细菌的分离与鉴定

为揭示松墨天牛幼虫肠道木质纤维素降解细菌群落的结构和功能,采用羧甲基纤维素钠为唯一碳源,结合刚果红法筛选肠道纤维素降解细菌,共获得154株肠道纤维素降解细菌,分别隶属于变形菌门、厚壁菌门和拟杆菌门细菌的8个菌属、10个菌种.其中噬纤维细菌科细菌Siphonobacter aquaeclarae表现为最优势纤维素降解菌,占肠道纤维素降解细菌群落的31.8%,其次为沙雷氏菌Serratia marcescens,占20.1%,其它依次为芽孢杆菌(Bacillus),克雷伯氏杆菌(Klebsiella),鞘脂菌(Sphingobium),丛毛单孢菌(Comamonas)和黄色单胞菌(Lysobacter).     

日本龟蜡蚧肠道微生物多样性分析

采用高通量测序分析日本龟蜡蚧肠道微生物多样性和抗生素处理后肠道菌群的变化。结果表明,日本龟蜡蚧肠道优势菌门分别为拟杆菌门、变形菌门和厚壁菌门,共占到总菌门数的85%以上;优势菌属为拟杆菌属(Bacteroides)、韦荣氏球菌属(Veillonella)、乳杆菌属(Lactobacillus);用抗生素处理后,寄主为柿树的日本龟蜡蚧肠道微生物优势菌占总菌比例显著下降,其中,拟杆菌属由15.07%下降至10.08%,韦荣氏球菌属由10.32%下降至5.61%。     

基于高通量测序分析海带表面细菌群落结构

为研究大连登沙河湾和正明寺海带养殖区海带Saccharina japonica表面及其周围海域海水的细菌群落结构,分别于2015年1月、2月和4月,采用Illumina Miseq PE300高通量测序平台对样本基因组DNA的16S r RNA基因V3~V4区PCR扩增片段进行测序分析。结果表明:从两个海区健康海带和海水中获得优化序列分别为130 158条和124 658条,海带序列可归为8个门和99个属,海水序列可归为14个门和135个属;在门水平,海带首要优势门为厚壁菌门(69%),其次为变形菌门、蓝细菌门、放线菌门和拟杆菌门(1%),海水首要优势门为变形菌门(46%),其次为厚壁菌门、拟杆菌门、蓝细菌门和放线菌门(1%);在属水平,海带主要优势属为乳球菌属(40%)和芽孢杆菌属(10%),其次为Solibacillus、假单胞菌属和节杆菌属(3%),海水首要优势属为弧菌属(21.58%)和乳球菌属(28.29%),其次为科尔韦尔氏菌属、弓形杆菌属和亚硫酸杆菌属(2%)。研究表明,两个海区海带细菌群落组成相似,海带和海水细菌群落组成则明显不同。     

放牧与舍饲条件下夏洛莱牛肠道微生物多样性及差异分析

【目的】采用高通量测序技术研究放牧与舍饲条件下夏洛莱牛肠道微生物多样性及差异。【方法】选取新疆塔城地区健康的舍饲夏洛莱牛(CB组)和放牧夏洛莱牛(CG组)各5头,分别采集CB、CG组每头夏洛莱牛的直肠粪便,提取微生物总DNA,通过Illumina HiSeq 测序技术,分析10个粪便样品的菌落结构及多样性。【结果】所有样本共检测出1 089个OTUs(CB:1 044、CG:1 087),归属于12门24纲33目57科170属的细菌。在门水平,厚壁菌门和拟杆菌门在2组中均为优势菌门,其次为疣微菌门、放线菌、广古菌门和变形菌门,在科水平的优势菌依次为瘤胃球菌科、理研菌科、毛螺菌科、消化链球菌科、普雷沃氏菌科、克里斯滕森菌科、拟杆菌科等;其中CB组中拟杆菌门、拟杆菌纲、拟杆菌目、理研菌科、消化链球菌科丰度显著高于CG组(P<0.05),CG组中厚壁菌门、瘤胃球菌科的丰度显著高于CB组(P<0.05)。【结论】舍饲夏洛莱牛和放牧夏洛莱牛肠道微生物结构与组成存在显著性差异,放牧夏洛莱牛肠道微生物具有更强的纤维消化的能力。     

林麝粪便细菌多样性研究

为研究林麝粪便细菌的结构与组成,选取6只2~3岁的圈养条件相同且健康的公林麝,饲喂精粗比为2∶8的饲粮,收集其新鲜粪便,提取其总DNA,然后用16SrRNA细菌通用引物进行PCR扩增,并用Illumina Miseq250PE测序平台,对扩增子进行Miseq双端测序。结果显示:1)借助Illumina Miseq250PE测序平台对样品进行测序,共获得85 091条有效序列,5 133个有效OTU。2)所得OTU经物种注释被归类为23个门,其中厚壁菌门(Firmicutes)(51.1%±19.9%)、拟杆菌门(Bacteroidetes)(35.6%±15.5%)、变形菌门(Proteobacteria)(5.2%±5.6%)和未分类菌门(*Unassigned)(2.2%±1.0%)为优势菌门,其总和达到菌群相对含量的94.1%;将其进一步分为240个菌属,其中18个为共享菌属,拟杆菌目(*Bacteroidales)(16.5%±10.2%)、瘤胃菌科(*Ruminococcaceae)(14.7%±13.8%)和梭菌目(*Clostridiales)(13.7%±3.9%)含量相对较高。3)OTUs稀释曲线均未达到平台期,说明测序深度不足以覆盖所有的菌群。4)非加权聚类图(PUGMA)显示样品B和E、C和F的菌群多样性相似度较高,而样品A和其他样品的相似度相对较低。由此可见,在正常状态下,健康林麝粪便分布有23个门类细菌群落,以Firmicutes、Bacteroidetes和Proteobacteria为优势菌群,进一步将林麝粪便细菌群落细分为240个属且发现林麝个体间菌群差异性较小且与其他草食动物优势菌群结构相似。     

单一益生菌(屎肠球菌)介导的断奶仔猪肠道菌群变化规律

通过细菌16SrRNA基因的高通量测序,对断奶仔猪的肠道菌群结构和饲喂两株单一益生菌(屎肠球菌)后肠道菌群的变化情况和规律进行分析。结果显示,断奶仔猪肠道微生态中拟杆菌门Bacteroidetes和厚壁菌门Firmicutes的细菌所占比例分别为50.5%和42.2%,为绝对优势菌群。饲喂屎肠球菌后,肠道菌群的多样性和细菌丰度均增加;厚壁菌门Firmicutes,变形菌门Proteobacteria、无壁菌门Tenericutes、酸杆菌门Actidobacteria、芽单胞菌门Gemmatimonadetes、放线菌门Actinobacteria细菌的丰度明显上升,而拟杆菌门Bacteroidetes的细菌丰度则发生了明显下降。屎肠球菌所在的肠球菌属Enterococcus的比例虽由0.07%(对照组)上升至0.12%(SF1组)和0.14%(SF2组),但在肠道菌群中所占比例仍然很小,说明屎肠球菌对仔猪肠道微生态的作用主要是影响其他细菌的丰度和多样性进而改变菌群结构。与对照组相比,SF1组的上述菌群变化幅度高于SF2组,通过与3组仔猪生长性能数据的对比,上述菌群变化的幅度与仔猪生长性能提高的程度呈现正相关。     

日粮中添加蓝藻粉对崇仁麻鸡肠道菌群结构的影响

选取了34日龄的崇仁麻鸡为研究对象,以蓝藻粉替代基础日粮中不同比例（分别替代0(CB组)、10%(CL组)、20%(CM组)、50%(CH组)）的豆粕饲喂35 d后,无菌操作每组取10只鸡的盲肠内容物,充分混匀后,采用MiSeq测序技术对盲肠内容物中细菌群落结构组成进行了分析。结果显示,崇仁麻鸡肠道中微生物在门水平上主要以拟杆菌门、厚壁菌门和变形菌门为主;在属水平上,拟杆菌属丰度最大,其次是互养菌属、乳杆菌属。CL组中厚壁菌门细菌数量有所增加,拟杆菌门/厚壁菌门细菌比例下降,肠道内乳杆菌等有益微生物数量增加,脱硫弧菌等有害微生物数量降低,而CM组和CH组中脱硫弧菌等有害细菌数量却大幅度增加,且CH组中还出现了其特有的Akkermansia属细菌。结果表明,饲粮中添加蓝藻粉会改变崇仁麻鸡肠道菌群的物种多样性,适量（≤10%）的添加对盲肠菌群结构有所改善,可提高厚壁菌门细菌数量,降低拟杆菌门/厚壁菌门细菌比例,增加肠道内乳杆菌等有益微生物的数量,降低脱硫弧菌等有害微生物的数量;中高剂量的蓝藻粉则导致了某些机会致病菌的出现,增加了肠道菌群相关疾病的诱发机会。     

土池和高位铺膜池养殖杂交鳢肠道菌群结构的比较分析

为研究土池和高位铺膜池两种养殖模式下杂交鳢Channa maculata♀×Channa maculata argus♂肠道菌群结构的差异,采用高通量测序方法分别对土池养殖的健康杂交鳢(体质量为1140.67 g±45.88 g)和高位铺膜池养殖的健康杂交鳢(体质量为1130.00 g±96.27 g)肠道菌群结构进行了对比分析,其中,土池设置3个重复组,分别记为abce123、abce124和abce125,高位铺膜池设置3个重复组,分别记为abce126、abce127和abce128。结果表明:高位铺膜池的水温、pH与土池无显著性差异,但总氨氮、亚硝酸氮和总碱度等明显低于土池;不同养殖模式下杂交鳢肠道菌群结构存在明显差异,且土池养殖杂交鳢肠道中细菌多样性远高于高位铺膜池;在门水平上,土池杂交鳢肠道样品abce123中变形菌门所占比例明显高于其他门类,样品abce124、abce125中分别以变形菌门Proteobacteria和拟杆菌门Bacteroidetes所占比例最高,而高位铺膜池3个肠道样品中均以梭杆菌门Fusobacteria所占比例最高;在属水平上,土池abce123肠道样品中优势细菌属类均为未知细菌属类,abce124肠道样品中优势细菌属类按丰度依次为金黄杆菌属Chryseobacterium、支原体属Mycoplasma、食酸菌属Acidovorax、不动杆菌属Acinetobacter和鲸杆菌属Cetobacterium,abce125肠道样品中优势细菌属类按丰度依次为金黄杆菌属、不动杆菌属、食酸菌属、支原体属和鲸杆菌属,而高位铺膜池3个样品中均以鲸杆菌属为主,占95%以上。研究表明,土池和高位铺膜池两种不同养殖模式下杂交鳢肠道微生物组成及多样性差异较大,其结果可为今后杂交鳢的养殖模式选择和微生态学研究提供数据参考。     

白斑综合征病毒感染对克氏原螯虾肠道菌群的影响

为揭示白斑综合征病毒(white spot syndrome virus,WSSV)感染克氏原螯虾(Procambarus clarkii)后对其肠道菌群的影响,运用16SrDNA基因的高通量测序技术分析健康与人工感染WSSV的克氏原螯虾的肠道菌群的组成及多样性。结果显示,感染组与对照组在肠道丰度及多样性无显著差异,但其优势菌群组成发生变化。对照组优势菌门为变形菌门(Proteobacteria)和软壁菌门(Tenericute),分别占75.42%和19.17%;感染组肠道优势菌门为变形菌门和拟杆菌门(Bacteroidetes),分别占78.14%和17.38%。利用LEfSe分析差异菌属发现,感染组与对照组相比,Candidatus bacilloplasma丰度显著减少(P0.05),拟杆菌科(Bacteroidaceae)和黄杆菌科(Flavobacteria)的丰度显著上升(P0.05)。此外,部分潜在病原菌如黄杆菌属(Flavobacterium)、气单胞菌属(Aeromonas)的丰度在感染后显著升高(P0.05)。以上结果说明WSSV感染导致克氏原螯虾肠道菌群发生变化,提示WSSV或可通过干扰肠道稳态致病。     

温度对克氏原螯虾肠道菌群结构的影响

采用高通量测序技术,利用16S rRNA序列信息,研究了不同养殖温度条件下克氏原螯虾肠道菌群的多样性.测序结果显示:15℃、19℃、23℃、27℃、31℃养殖水温下,变形菌门、拟杆菌门和厚壁菌门为肠道主要菌门,丛毛单菌属和鞘脂单胞菌属为主要菌属.养殖水温不同,肠道优势菌群所占比例不同,丛毛单菌属在水温15℃处理组占比最...     

恩诺沙星曝露下企鹅珍珠贝肠道微生物多样性及优势菌变化规律

[目的]明确恩诺沙星曝露下企鹅珍珠贝肠道微生物群落结构尤其是优势菌的变化规律,为企鹅珍珠贝养殖过程中恩诺沙星的科学用药提供参考依据.[方法]针对3个恩诺沙星浓度(0、5和10 mg/L)共9个企鹅珍珠贝肠道样本中的细菌构建16S rRNA文库,再采用Illlumina高通量测序技术从门和属水平上比较分析各处理组间肠道微生物群落结构和多样性的差异.[结果]从9个企鹅珍珠贝肠道样本中共检测到10个菌门,其优势菌门分别是变形菌门(Pro-teobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、梭杆菌门(Fusobacteria)、螺旋体门(Spirochaetae)、蓝藻门(Cyanobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes);共检测到79个菌属,优势菌属主要包括弧菌属(Vibrio)、发光杆菌属(Photobacterium)、嗜冷菌属(Psychrilyobacter)、假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas)、疏螺旋体属(Borrelia)、交替单胞菌属(Alteromonas)、微拟球藻属(Nannochioropsis-oceanica)、弓形杆菌属(Arcobacter)、Thalassotalea、Amphritea、Tenacibaculum和微小杆菌属(Exiguobacterium)等.不同恩诺沙星浓度处理下,企鹅珍珠贝肠道的优势菌门与菌属种类丰度差异明显.经恩诺沙星处理后,企鹅珍珠贝肠道变形菌门相对丰度显著升高(P<0.05,下同)、拟杆菌门相对丰度显著降低;弧菌属相对丰度显著升高,微拟球藻属、Aquibacter、BD1-7_clade及希瓦氏菌属(Shewanella)相对丰度则显著降低;此外,弓形杆菌属相对丰度经10 mg/L恩诺沙星处理后显著升高,Psychrobium相对丰度经5 mg/L恩诺沙星处理后显著升高.[结论]经恩诺沙星处理后企鹅珍珠贝肠道微生物的多样性与丰度发生明显变化,且肠道微生物中一些具有特殊功能的优势菌群结构比例也发生变化,该变化规律可为企鹅珍珠贝养殖过程中科学使用恩诺沙星提供参考依据.     

养殖密度对墨吉明对虾肠道和生物絮团菌群的影响

运用Miseq高通量测序技术,分析高、中、低3种养殖密度(700、300、100尾/m3)下墨吉明对虾肠道和其养殖系统中生物絮团的菌群结构。结果显示：对虾肠道菌群中,高密度组的丰富度和多样性均最高,丰富度随放养密度的增大而增加,而在生物絮团菌群中,高密度组的丰富度最低;在门水平上,肠道和絮团样本菌群均以变形菌门(相对丰度49.25%~80.33%)、放线菌门、拟杆菌门、绿弯菌门为主,但丰度差异较大;在属水平上,优势菌属的组成和所占比例明显不同,梭菌属、Spongiibacter、Faecalibacterium、Rhodovulum、Blautia仅在肠道样本中存在,Coccinimonas仅在絮团样本中存在;肠道样本中,中密度组弧菌属的相对丰度最小,为5.23%,高密度组弧菌属的相对丰度最大,为23.39%,絮团样本中,低密度组弧菌属的相对丰度最大,为16.15%,中、高密度弧菌属的相对丰度均较小,分别为5.51%和4.20%;随养殖密度增大,肠道样本中拟杆菌属的相对丰度减小,分别为1.36%、0.41%、0.02%,而不同密度絮团样本拟杆菌属的相对丰度差异不明显。可见,生物絮团养殖模式下,养殖密度对墨吉明对虾的肠道和絮团菌群的影响较大。     

脾虚泄泻大鼠肠道菌群的组成和多样性

为考察脾虚泄泻大鼠肠道菌群的结构特征和多样性,将24只健康大鼠随机分为对照组和模型组,模型组采用饮食失节加苦寒泻下法进行人工复制脾虚泄泻模型,对照组正常饲喂;试验结束时,采集大鼠肠道内容物,提取微生物总DNA,采用通用引物对细菌16S rDNA基因的高可变V3–V4区进行PCR扩增,运用Hiseq2500平台进行高通量测序,并对测序序列进行生物信息学分析。结果表明：α多样性指数表明脾虚泄泻大鼠与正常大鼠之间肠道微生物的多样性存在差异,但差异均无统计学意义;在门水平上,2组的优势菌门均为厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和变形菌门,模型组较对照组厚壁菌门、放线菌门、变形菌门及螺旋体门的平均相对丰度均增加,而拟杆菌门的平均相对丰度显著降低(P＜0.05);在属水平上,2组的核心菌群均为产粪甾醇真细菌属,模型组较对照组产粪甾醇真细菌属、Jeotgalicoccus的平均相对丰度升高,其中Jeotgalicoccus的显著升高(P<0.05),而罗姆布茨菌属、拟杆菌属、Odoribacter的平均相对丰度降低,其中Odoribacter的显著降低(P<0.05);PICRUSt基因功能预测表明,大鼠肠道微生物以代谢功能为主,主要包括糖代谢、氨基酸代谢、能量代谢及辅酶和维生素代谢等,2组间各类代谢功能存在差异,但差异均无统计学意义。可见,脾虚泻泄能引起大鼠肠道内菌群的多样性变化,并显著降低肠道内拟杆菌门的平均相对丰度。     

内蒙古锡林郭勒冬季放牧蒙古牛肠道微生物多样性和功能预测分析

为探究内蒙古锡林郭勒冬季放牧蒙古母牛肠道微生物组成及其功能,采集同一地区冬季(11、12月和次年1月)放牧蒙古母牛(各20头)直肠粪便样品,利用16SrRNA测序技术对其肠道菌群多样性进行分析及PICRUSt(Phylogenetic investigation of communities by reconstruction of unobserved states,PICRUSt)功能预测。结果显示,60份样品平均每样品测得90 075条序列,通过聚类共获得3 975个操作分类单元(Operational taxonomic units,OTU),84.60%的OTU注释到门水平;29.56%的OTU注释到属水平;在门水平和属水平,冬季放牧蒙古牛肠道中优势物种分别为厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、拟杆菌属(Bacteroides)和艾克曼菌属(Akkermansia);随着天气逐渐变冷,食物短缺,蒙古牛肠道中厚壁菌门(Firmicutes)减少,而拟杆菌门(Bacteroidetes)增多;聚类分析发现,11月和12月蒙古牛肠道微生物群落较为相似,而与次年1月相比有明显差异;PICRUSt功能预测发现,随着天气逐渐变冷,免疫系统、环境适应性及细胞运动性相关通路丰度降低,氨基酸代谢通路丰度增加。综上,蒙古牛肠道菌群在适应食物短缺的冬季发挥着重要作用。     

基于MiSeq分析川中黑山羊瘤胃细菌的多样性及群落结构

采用MiSeq高通量测序技术分析川中黑山羊瘤胃细菌的多样性及菌群结构。选用3只140日龄健康公羊,其平均体质量为(15.53±0.21)kg,饲喂10 d后,于150日龄时采集瘤胃液(样品A),40 d后再次采集瘤胃液(样品F),提取瘤胃液细菌基因组DNA,对细菌16S rDNA序列V4区进行MiSeq测序。结果显示:1)从样品A与样品F中共获得高质量序列338 830条,聚类后得3 400个运算分类单位(OTU);2)样品A的α多样性指数高于样品F的,但其差异无统计学意义;3)门水平上,样品A最高相对丰度为拟杆菌门的(占总序列数的40.87%),其次为厚壁菌门的(27.19%),样品F最高相对丰度为拟杆菌门的(47.12%),其次为变形菌门的(19.99%),再次为厚壁菌门的(18.05%),样品A厚壁菌门的相对丰度极显著高于样品F的(P0.01);4)在属水平上,样品A与样品F的最高相对丰度均为普雷沃氏菌属的(样品A的为25.54%,样品F的为27.67%),样品A中月形单胞菌属、丁酸弧菌属、瘤胃球菌属、琥珀酸弧菌属、琥珀酸菌属等的相对丰度显著高于样品F的(P0.05)。试验结果表明,川中黑山羊瘤胃中相对丰度最高的菌门为拟杆菌门,相对丰度最高的菌属为普雷沃氏菌属,且两瘤胃样品中部分细菌相对丰度间的差异显著。     

轮状病毒患犬与健康犬肠黏膜通透性及肠道菌群的差异性分析

为研究轮状病毒感染对犬肠黏膜通透性及肠道菌群的影响,选取2018年10月1日至2018年12月30日期间,在江苏农牧科技职业学院教学宠物医院就诊的轮状病毒感染患犬17例,记为A组,并设10例健康体检犬为对照,记为B组。用ELISA试剂盒检测血清中二胺氧化酶(DAO)、D-乳酸及内毒素(ET)的表达,每组随机选取9例,分别采集粪便,通过Illumina Miseq PE300平台进行细菌16S rDNA测序。结果表明:①与B组相比, A组DAO、D-乳酸和ET水平分别升高28.11%、12.37%和17.71%(P0.01)。②A、B2组样品中共有OTU数226个, A组OTU数比B组低12.39%,主成分分析(PCA)显示A、B2组样本显著分开,肠道菌群相似度差异较大, A组肠道菌群ACE指数、Chao 1指数显著低于B组(P0.05)。③在门水平上, 2组样本中拟杆菌门、厚壁菌门、变形菌门和梭杆菌门为优势菌群,与B组相比,拟杆菌门和变形菌门比例升高,厚壁菌门比例减少(P0.05);在属水平上, A组拟杆菌属、肠杆菌属、埃希氏菌属、克雷伯氏菌属等菌属数量增加,而双歧杆菌属、瘤胃球菌属、梭菌属等菌属数量与B组相比显著减少(P0.05)。这一研究提示轮状病毒感染后可引起犬肠黏膜通透性升高,改变肠道菌群结构,加剧病情发展。     

洪泽湖湿地不同植物作用下沉积物细菌群落结构

为研究植物类型对水体沉积物细菌群落结构的影响,以洪泽湖湿地荷花、茭草和芦苇3种植物区沉积物样品为研究对象,采用高通量测序技术分析其细菌群落组成。结果显示:3种植物区的沉积物样品分别获得1494、1503、1600个Operational Taxonomic Unit(OTU)。门的水平上,主要有变形菌门(Proteobacteria),绿弯菌门(Chloroflexi),酸杆菌门(Acidobacteria),硝化螺旋菌门(Nitrospirae),拟杆菌门(Bacteroidetes),厚壁菌门(Firmicutes)。属的水平上,硝化螺旋菌属(Nitrospira),亚硝化单胞菌属(Nitrosomonadaceae)为优势菌属,它们具有硝化作用。芦苇区和茭草区沉积物细菌群落结构较为相似。荷花区沉积物总有机碳和总氮的含量明显低于芦苇区和茭草区,细菌群落组成也存在较大的差异,其中具有较强反硝化能力的嗜甲基菌(Methylotenera)、芽孢杆菌(Bacillus)、假单胞菌(Pseudomonas)、乳球菌(Lactococcus)相对丰度高出芦苇区和茭草区的10倍以上。研究表明,植物类型影响沉积物有机碳和氮的含量,继而影响沉积物细菌群落结构。与芦苇或茭草相比,荷花区沉积物具有更强的反硝化潜力,有利于降低水体富营养化风险。     

硝化型和异养型生物絮团养殖系统罗非鱼养殖效果和微生物群落结构比较

为了解硝化型和异养型生物絮团养殖系统的养鱼效果,在硝化组和异养组中试养吉富罗非鱼(GIFT Oreochromis niloticus)幼鱼51 d,比较研究罗非鱼的生长性能、非特异性免疫酶活以及消化酶活性、水体及肠道微生物的群落结构。结果显示,两组罗非鱼的成活率和增重率无显著性差异;异养组罗非鱼的非特异性免疫酶活性显著高于硝化组。硝化组罗非鱼肠道的淀粉酶和脂肪酶活性均显著高于异养组,异养组的蛋白酶显著高于硝化组。罗非鱼肠道微生物占比前5的优势门均为变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)、厚壁菌门(Firmicutes)和衣原体门(Chlamydiae),其中变形菌门是各组中最主要的菌群。硝化型水中占比前4的优势门为变形菌门,绿弯菌门,拟杆菌门(Bacteroidetes),浮霉菌门(Planctomycetes);异养型水中占比前4的优势门为变形菌门,绿弯菌门,拟杆菌门,放线菌门。分枝杆菌属(Mycobacterium)是水体和肠道中最主要的潜在致病菌,而Diplorickettsiaceae和邻单胞菌属...     

屎肠球菌对哺乳期仔猪结肠微生物群落 优势门属的影响

[目的]分析屎肠球菌(Enterococcus faecium)活菌对哺乳期仔猪结肠微生物群落优势门属的持续影响,为揭示益生菌调节仔猪肠道健康的作用机制及人为调控仔猪肠道微生物以促进其健康提供参考依据.[方法]给健康新生仔猪灌服无菌脱脂乳(对照组)或屎肠球菌制剂(益生菌组),持续灌服6 d,分别采集7和21日龄仔猪结肠内容物,提取总细菌DNA后进行PCR扩增,采用Illumina MiSeq高通量测序技术检测16S rRNA序列的V3~V4可变区,分析肠道微生物群落α多样性及其在门和属分类水平上的结构特点.[结果]给新生仔猪灌服屎肠球菌并不影响7和21日龄仔猪结肠微生物群落α多样性.与对照组相比,益生菌组7日龄仔猪结肠微生物群落优势门的相对丰度无显著变化(P>0.05,下同),21日龄仔猪拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)的相对丰度也无显著差异,但变形杆菌门(Proteobacteria)相对丰度呈显著增加趋势(P<0.05,下同);在属水平上,益生菌组7日龄仔猪结肠微生物群落中相对丰度变化明显的优势属均隶属于拟杆菌门,其中,普雷沃氏菌属(Prevotella)相对丰度显著增加,而拟杆菌属(Bacte-roides)相对丰度极显著减少(P<0.01,下同),丁酸单胞菌属(Butyricimonas)相对丰度显著减少;21日龄仔猪结肠微生物群落中66.67%优势属的相对丰度呈减少趋势,其中以厚壁菌门4个属的变化尤其明显,即巨型球菌属(Megasphaera)相对丰度极显著减少,乳杆菌属(Lactobacillus)、产琥珀酸菌属(Succiniclasticum)和粪杆菌属(Faecalibacterium)相对丰度显著减少.[结论]新生仔猪口服屎肠球菌能对其结肠微生物群落优势门或属组成产生持续影响,表现为促进有益于结肠健康菌属的生长,而抑制具有潜在致病性菌属的增殖,为今后定向研究调控仔猪肠道健康的肠道共生微生物提供明确范围.