基于线粒体Cytb基因的口虾蛄种群遗传结构研究

为促进口虾蛄Oratosquilla oratoria资源的可持续利用及遗传多样性保护,采用线粒体DNA细胞色素b(Cytb)基因序列分析方法,对口虾蛄黄海群体(连云港群体LYG)、东海群体(南韭山群体NJS、南麂岛群体NJD、福州群体FZ)和南海群体(珠江口群体ZJK)进行了遗传变异分析,进而确立了其种群遗传结构。结果表明:所有群体总的单倍型多样性指数与核苷酸多样性指数分别为0.976±0.010、0.039 25±0.019 13,其中福州群体的单倍型多样性指数最高(0.987±0.035),南麂岛群体最低(0.931±0.046),珠江口群体的核苷酸多样性指数最高(0.064 84±0.033 02),连云港群体最低(0.003 59±0.002 17);分子方差分析结果显示,遗传变异主要来自组群间,且遗传分化极显著(变异系数为73.88%,P<0.01),连云港群体、东海群体及珠江口群体内遗传分化均不显著(P>0.05);两两群体间的遗传分化系数(F_(st))分析表明,连云港群体、珠江口群体与其他地理群体间遗传分化均显著(P<0.05);单倍型邻接系统树和最小跨度树均显示,存在明显的系统发育谱系结构,即谱系A、B、C存在于口虾蛄群体中,3个谱系单倍型类群间也存在显著的遗传分化(F_(st)=0.695～0.842,P<0.01);中性检验和核苷酸不配对分析结果显示,谱系C群体大约在11.0万年前经历扩张事件。研究表明,口虾蛄的种群遗传结构模式可能与其栖息地海洋环境条件及自身的生活史特征相关,系统发育地理格局模式可能与更新世冰期—间冰期气候变化有关,建议在渔业管理上将口虾蛄黄渤海群体、东海群体、南海群体看作3个独立的管理单元。     

基于线粒体Cytb基因的口虾蛄种群遗传结构研究

为促进口虾蛄Oratosquilla oratoria资源的可持续利用及遗传多样性保护,采用线粒体DNA细胞色素b(Cytb)基因序列分析方法,对口虾蛄黄海群体(连云港群体LYG)、东海群体(南韭山群体NJS、南麂岛群体NJD、福州群体FZ)和南海群体(珠江口群体ZJK)进行了遗传变异分析,进而确立了其种群遗传结构。结果表明:所有群体总的单倍型多样性指数与核苷酸多样性指数分别为0.976±0.010、0.039 25±0.019 13,其中福州群体的单倍型多样性指数最高(0.987±0.035),南麂岛群体最低(0.931±0.046),珠江口群体的核苷酸多样性指数最高(0.064 84±0.033 02),连云港群体最低(0.003 59±0.002 17);分子方差分析结果显示,遗传变异主要来自组群间,且遗传分化极显著(变异系数为73.88%,P<0.01),连云港群体、东海群体及珠江口群体内遗传分化均不显著(P>0.05);两两群体间的遗传分化系数(F_(st))分析表明,连云港群体、珠江口群体与其他地理群体间遗传分化均显著(P<0.05);单倍型邻接系统树和最小跨度树均显示,存在明显的系统发育谱系结构,即谱系A、B、C存在于口虾蛄群体中,3个谱系单倍型类群间也存在显著的遗传分化(F_(st)=0.695～0.842,P<0.01);中性检验和核苷酸不配对分析结果显示,谱系C群体大约在11.0万年前经历扩张事件。研究表明,口虾蛄的种群遗传结构模式可能与其栖息地海洋环境条件及自身的生活史特征相关,系统发育地理格局模式可能与更新世冰期—间冰期气候变化有关,建议在渔业管理上将口虾蛄黄渤海群体、东海群体、南海群体看作3个独立的管理单元。     

山东海域口虾蛄种群的遗传多样性研究

为探讨山东海域口虾蛄种群的遗传多样性,本研究对山东东营、烟台、长山岛、青岛、日照5个样地72个样本,通过线粒体COⅠ基因进行遗传多样性评价,共获得了72条580 bp的DNA序列,定义了30个单元型,31个变异位点,分析得出单元型多样性为0.870 0,核苷酸多样性为0.004 024;种群间遗传距离在0.000 9~0.003 8之间。种群内单元型间遗传距离分别为烟台(0.004 1)、青岛(0.004 2)、东营(0.002 7)和日照(0.002 9)。同时揭示烟台、青岛的遗传多样性较高,而东营、日照遗传多样性则相对较低。系统发生树体现了山东海域种群单元型交错分布特性。歧点分布和中性检验值揭示口虾蛄在历史上存在快速扩张的事实。     

基于Cytb基因的江苏省大银鱼种群遗传多样性和遗传结构分析

为了解江苏省湖泊大银鱼(Protosalanx hyalocranius)种群遗传多样性及遗传结构,基于PCR扩增与测序技术对太湖、高邮湖、洪泽湖和骆马湖等4个群体共160尾大银鱼的线粒体Cytb基因序列进行分析.结果显示,160条Cytb基因序列共发现25个变异位点,其中单一信息位点11个,简约信息位点14个.4个群...     

基于线粒体Cytb基因分析我国乌骨鸡遗传多样性

乌骨鸡(Gallus gallus domesticus)是我国优良的鸡遗传资源,通常被认为具有一定药用价值。为研究我国乌骨鸡品种的遗传多样性,对丝羽乌骨鸡、东乡绿壳蛋鸡、金湖乌凤鸡、余干乌骨鸡和竹丝鸡等5个乌骨鸡品种的197个个体线粒体DNA的Cytb基因全序列进行检测。结果表明：5个乌骨鸡品种的Cytb基因序列全长为1 143 bp,共检测到15个核苷酸多态位点,界定出9个单倍型。总体单倍型多样性、核苷酸多样性和平均核苷酸差异分别为0.715±0.018、0.001 23±0.000 54和1.404。中介网络图分析显示,5个乌骨鸡品种单倍型呈星状发散分布,不同群体包含的单倍型存在一定的差异,形态学和地理分布不明显。遗传距离分析表明,竹丝鸡和丝羽乌骨鸡遗传距离较远,母系可能来自其他品种。这一研究为我国乌骨鸡遗传资源的保护、选育和鉴定提供了遗传背景信息。     

基于线粒体Cytb基因序列的华南沿海黄鳍棘鲷种群遗传结构分析

[目的]了解我国华南沿海黄鳍棘鲷(Acanthopagrus latus)种群的遗传差异和分化情况,为促进华南沿海黄鳍棘鲷资源的可持续利用及遗传多样性保护提供参考依据.[方法]采用基于线粒体细胞色素b基因(Cytb)序列的分析方法,对福建厦门(XM)、广东汕尾(SW)、广东阳江(YJ)、海南海口(HK)、海南三亚(SY...     

基于线粒体控制区部分序列的大青鲨种群遗传结构研究

基于线粒体DNA(mtDNA)控制区部分序列对采集自太平洋、大西洋、印度洋的5个大青鲨Prionace glauca群体165尾成鱼样本进行遗传多样性与遗传结构分析。结果表明:165尾大青鲨的mtDNA控制区片段长为694 bp,共得到110个变异位点,定义了145个单倍型,碱基组成中A为33.46%,T为36.40%,C为18.61%,G为11.53%,G+C含量为30.14%;单倍型多样性指数(Hd)在各个采样点都较高,平均值为0.997 3±0.001 4,核苷酸多样性指数(π)为0.015 10±0.000 91,这表明大青鲨群体的遗传多样性水平很高,遗传资源丰富;分子方差分析表明,99.28%的遗传变异出现在种群内,0.72%的遗传变异来自于种群间;采用邻接法构建的系统发育树表明,5个群体间未形成显著的遗传结构,群体间的高基因交流值(Nm)和低遗传分化指数(Fst)揭示了三大洋的大青鲨群体间基因交流频繁,不存在显著的遗传分化。     

基于线粒体控制区部分序列的大青鲨种群遗传结构研究

基于线粒体DNA ( mtDNA)控制区部分序列对采集自太平洋、大西洋、印度洋的5个大青鲨Prion-ace glauca群体165尾成鱼样本进行遗传多样性与遗传结构分析。结果表明：165尾大青鲨的mtDNA控制区片段长为694 bp,共得到110个变异位点,定义了145个单倍型,碱基组成中A为33.46%, T为36.40%, C为18.61%, G为11.53%, G+C含量为30.14%;单倍型多样性指数( Hd )在各个采样点都较高,平均值为0.9973±0.0014,核苷酸多样性指数(π)为0.01510±0.00091,这表明大青鲨群体的遗传多样性水平很高,遗传资源丰富;分子方差分析表明,99.28%的遗传变异出现在种群内,0.72%的遗传变异来自于种群间;采用邻接法构建的系统发育树表明,5个群体间未形成显著的遗传结构,群体间的高基因交流值( Nm )和低遗传分化指数( Fst )揭示了三大洋的大青鲨群体间基因交流频繁,不存在显著的遗传分化。     

基于CO Ⅰ和Cytb基因的浙江不同抗性水平二化螟种群的遗传结构分析

本研究利用线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)和细胞色素b(Cytb)基因的遗传学方法分析了浙江省8个不同抗性水平二化螟地理种群的遗传多样性及种群遗传结构。种群遗传多样性分析表明：PCR扩增测序分别获得长度为627 bp的COⅠ基因片段和长度为455 bp的Cytb基因片段。355条同源COⅠ序列监测出了68个多态性位点,其中单突变位点22个,简约突变位点46个,共定义了85个单倍型,每个群体的平均单倍型为18.25个,其中瑞安(RA)种群中单倍型最多,为27个单倍型。326条Cytb同源序列监测出了45个多态性位点,其中单突变位点19个,简约突变位点26个,共定义了64个单倍型,每个群体的平均单倍型为14.375个,其中乐清(YQ)种群中单倍型最多,为25个单倍型。此外,各群体中最高的单倍型多样度h分别为0.896 3和0.934 4,反映出二化螟群体较低的遗传多样性水平。种群遗传结构分析表明：二化螟不同地理种群间遗传变异大多数来自于群体内个体间,占80.30%(COⅠ基因)和78.16%(Cytb基因)。较少部分的遗传差异来自于组间,仅占19.43%(COⅠ基因)和21.22%(C...     

基于线粒体COI基因的上海地区橘小实蝇种群遗传关系研究

利用线粒体DNA（mtDNA）序列分析技术,选用长为690bp的COI基因序列作为目的基因,通过对福建厦门、海南儋州、四川攀枝花、广东肇庆、云南思茅和上海宝山、嘉定、浦东、青浦、松江在内的共10个地理种群的122条橘小实蝇线粒体C0I基因序列和单倍型网络进化分析,揭示上海地区橘小实蝇的种群遗传结构和扩散规律。结果表明：橘小实蝇松江种群主要来自于云南思茅种群,另一部分来自于广东肇庆种群和上海嘉定种群,还有一部分来源于较云南思茅种群和海南儋州种群等更为原始的其他种群;青浦种群主要来源于云南思茅种群,另一部分来源于福建厦门种群和上海嘉定种群;宝山种群主要来源于云南思茅种群,另一部分可能来自于上海松江和广东肇庆;嘉定种群主要来源于云南恩茅种群,另一部分可能来自于上海宝山;浦东种群主要来自于云南思茅种群和上海嘉定种群。     

基于线粒体Cytb基因和D-loop区的野生与养殖小黄鱼群体遗传多样性

为研究野生与养殖小黄鱼群体的遗传多样性,基于mtDNA Cytb基因和D-loop控制区对舟山嵊泗海域(SS)和象山三门口海域(SMK)2个小黄鱼野生群体和1个养殖群体(YZ)的遗传结构与遗传分化等进行比较分析。序列分析结果显示,Cytb基因序列为841 bp,其A+T含量(50.2%)与C+G含量(49.8%)相似;D-loop区序列为629～635 bp, A+T含量(58.9%)远高于C+G含量(41.1%)。SS、SMK和YZ群体Cytb基因的单倍型数分别为26、27和12,SS和SMK群体共享2个单倍型(Hap1和Hap13),SMK和YZ群体共享1个单倍型(Hap41);SS、SMK和YZ群体D-loop区的单倍型数分别为27、30和10,SS和SMK群体共享1个单倍型(Hap4)。多样性分析结果显示,3个群体均属于高单倍型多样性(H_d>0.5),其中,SS和SMK群体单倍型多样性和核苷酸多样性高于YZ群体,表明野生群体多样性略高于养殖群体。遗传分化指数显示,2个小黄鱼野生群体间的分化程度极小,而养殖群体与野生群体间存在中度分化。遗传分化指数和A...     

基于线粒体Cytb基因和D-loop区序列的洪泽湖湖鲚遗传多样性分析

利用线粒体细胞色素b(cytochrome b,简称Cytb)基因和控制区(D-loop)序列作为分子标记,调查洪泽湖湖鲚的遗传多样性。结果表明,Cytb基因和D-loop区序列碱基A+T含量均高于G+C含量,显示碱基组成具有偏倚性。40条Cytb基因序列检出14个变异位点,定义13个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0. 762±0. 067、0. 0018 2±0. 000 28,平均碱基差异数为2. 073; 40条D-loop区序列检出54个变异位点,定义17个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0. 727±0. 078、0. 006 10±0. 001 00,平均碱基差异数为7. 378。13个Cytb基因单倍型之间的遗传距离在0. 001~0. 004之间,17个D-loop区单倍型之间的遗传距离在0. 001~0. 018之间,邻接法(neighbourjoining method,简称NJ)系统进化树显示单倍型聚为1支。Cytb基因和D-loop区序列中性检测Tajima's D和Fu's F_s结果产生的D和F_s值为负值,且Cytb基因的F_s值统计结果有极显著差异(P 0. 01)。同时,Cytb基因序列的岐点分布图呈现单峰型,均表明洪泽湖湖鲚近期经历了种群扩张。整体来看,洪泽湖湖鲚资源具有较高的遗传多样性,呈现出高单倍型多样性和低核苷酸多样性的特征。     

基于线粒体COⅠ基因的上海地区橘小实蝇种群遗传关系研究

利用线粒体DNA(mtDNA)序列分析技术,选用长为690bp的COⅠ基因序列作为目的基因,通过对福建厦门、海南儋州、四川攀枝花、广东肇庆、云南思茅和上海宝山、嘉定、浦东、青浦、松江在内的共10个地理种群的122条橘小实蝇线粒体COⅠ基因序列和单倍型网络进化分析,揭示上海地区橘小实蝇的种群遗传结构和扩散规律。结果表明:橘小实蝇松江种群主要来自于云南思茅种群,另一部分来自于广东肇庆种群和上海嘉定种群,还有一部分来源于较云南思茅种群和海南儋州种群等更为原始的其他种群;青浦种群主要来源于云南思茅种群,另一部分来源于福建厦门种群和上海嘉定种群;宝山种群主要来源于云南思茅种群,另一部分可能来自于上海松江和广东肇庆;嘉定种群主要来源于云南思茅种群,另一部分可能来自于上海宝山;浦东种群主要来自于云南思茅种群和上海嘉定种群。     

基于线粒体控制区的中部太平洋黄鳍金枪鱼种群遗传结构的研究

根据2010年9月-2012年1月,我国远洋捕捞船在太平洋中部(16°S~8°N;160°W~155°E)的7个采样点采集到的101个样本,利用线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)基因的585 bp序列,分析了它们的遗传多样性和遗传结构。结果显示,585 bp片段中发现23个变异位点,80个单倍型;序列多样性分析结果显示,7个采样群体单倍型多样性指数h=0.994±0.002和核苷酸多样性指数π=0.00892±0.00038。分子方差分析揭示98.18%的遗传变异来自种群内,群体间的Fst分析揭示黄鳍金枪鱼7个采样群体内部不存在显著的遗传分化。Fu’s Fs呈负值和核苷酸不配对呈单峰,显示了黄鳍金枪鱼大约在335~544万年前经历了种群扩张;基因交流与遗传分化分析表明,该7个采样点的黄鳍金枪鱼群体之间存在强烈的基因交流,种群遗传分化水平较低。黄鳍金枪鱼种群遗传多样性低,为单一种群,应采用合理的有效措施进行管理,确保黄鳍金枪鱼产业的可持续发展。     

基于线粒体CO Ⅰ基因的天津地区棕榈蓟马种群遗传分化分析

近年来,天津地区蔬菜作物蓟马发生危害愈发严重。为防止其种群扩大,减少经济损失,采集了天津地区11个蓟马种群,对其mtCO Ⅰ基因进行测序,共获得29条蓟马mtCO Ⅰ基因序列,其中发现37个变异位点,5种单倍型,H1单倍型出现次数最多。经Genbank序列比对,发现该11个蓟马种群全部为棕榈蓟马（Thrips palmi Karny）。进一步利用MEGA 10.0.0和Dna SP5.10软件对所得序列进行遗传分化、基因流、系统发育分析,发现所测棕榈蓟马总群体的遗传多样性较低,种群间遗传分化程度中等,种群间基因流较高,但是种群间遗传分化较小,错配分析曲线出现多峰,且天津地区棕榈蓟马种群在最近的历史时期种群相对较为稳定,没有出现较为明显的种群扩张现象。研究结果为当地棕榈蓟马制定科学合理的防治策略提供依据。     

口虾蛄胚胎发育的研究

在室内控温条件下对口虾蛄Oratosquilla oratoria的胚胎发育过程进行了观察.结果表明:口虾蛄从产卵到初孵假溞状幼体,需要经历受精卵、卵裂期、囊胚期、原肠期、膜内无节幼体期、膜内溞状幼体期6个主要时期;水温为(21±1)℃、盐度为29时,口虾蛄胚胎发育历时18 d;水温、洞穴、光周期、饵料等因素均能影响亲...     

基于线粒体控制区Dloop序列的长臀种群遗传结构分析

【目的】了解长臀Cranoglanis 3个种群的野生资源状况,并对3个种群的物种有效性进行分析。【方法】采用线粒体控制区Dloop基因序列测定技术,分析了珠江水系、海南水系和越南红河水系长臀种群的群体遗传结构及其变异。【结果】在检测的84个个体中共得到43个单倍型,呈现出较高的单倍型多样性与较为贫乏的核苷酸多样性,其中海南长臀C.multiradiatus群体的单倍型多样性(Hd=0.871)和核苷酸多样性(Pi=0.006 4)最低;Tajima’s D中性检验以及核苷酸不配对分析均表明,3个长臀群体趋于稳定,未经历过大规模的种群扩张。Fst分析发现,海南长臀同珠江长臀C.bouderius、红河长臀C.henrici产生了一定的遗传分化,而珠江和红河群体未发现明显遗传分化,从遗传距离来看,珠江和红河长臀净遗传距离为0.000。【结论】长臀野生资源较为贫乏,且海南群体最为严重;认为应将珠江长臀和红河长臀归为同一亚种长臀C.bouderius,而海南长臀作为长臀的另一个亚种。     

口虾蛄胚胎发育的研究

在室内控温条件下对口虾蛄Oratosquilla oratoria的胚胎发育过程进行了观察。结果表明：口虾蛄从产卵到初孵假溞状幼体,需要经历受精卵、卵裂期、囊胚期、原肠期、膜内无节幼体期、膜内溞状幼体期6个主要时期;水温为（21±1）℃、盐度为29时,口虾蛄胚胎发育历时18 d;水温、洞穴、光周期、饵料等因素均能影响亲虾蛄抱卵和幼体孵化。     

口虾蛄促雄腺的形态结构研究

[目的]对口虾蛄的形态结构进行观察。[方法]利用组织切片技术观察雄性口虾蛄(Oratosquilla oratoria)促雄腺的形态结构特征。[结果]口虾蛄促雄腺1对,乳白色,呈椭圆形,分别位于第三步足的交接肢基部内侧,包埋于肌肉、肝胰腺之间,通过组织膜附着在输精管表面。腺体发育分为3个时期:增殖期、合成期和分泌期。腺体的分泌方式为全浆式。[结论]该研究结果可为丰富口虾蛄繁殖生物学的研究提供基础资料。     

大连海域口虾蛄资源遗传多样性的分析

采用RAPD方法对大连沿海野生口虾蛄Oratosqilla oratoria资源的遗传多样性进行分析。结果表明：20条引物平均每条扩增出12．1条带,共检测到位点242个,其中多态位点占67．8％,个体间遗传距离为0．2367—0．5402,平均遗传距离为0．3583;根据扩增结果构建反映品种间亲缘关系的UPGMA聚类图,24个个体可划分为两大类。