猪流行伪狂犬病毒gE基因检测及生物信息学分析

为了解当前伪狂犬病毒(PrV)地方流行毒株gE基因的变异特点,根据Guizhou DY株设计引物序列扩增gE基因,并对扩增产物进行序列分析和蛋白特性预测。成功获得1 654bp目的片段,提交GenBank获得登录号KM079613。核酸序列分析在142~144和1 480~1 482位发现2处特征性CGA插入,并导致氨基酸序列在48和494位天冬氨酸插入。相对Ea株编码蛋白O-GlcNAc糖基化位点在563和571位出现偏移,抗原倾向性在420~460位区域明显下降。进化分析显示与2012年以来国内流行毒株WY、ZM、HuXT2012、HBBD、HBLF、XiangA和ZJNB2012同源性较高,达99.8%,而与欧洲、美洲毒株及2012年以前国内毒株同源性较低。表明所感染的伪狂犬病病毒已发生一定的变异,并且gE基因编码蛋白与国内早期分离的Ea株相比在O-GlcNAc糖基化位点和抗原倾向性上也发生了改变。     

规模猪场猪伪狂犬病的诊断实例

天津某规模猪场发生妊娠母猪流产、产死胎及部分仔猪发病的情况,为确诊病原,分别对流产胎儿的组织和母猪血清进行了实验室检测。流产胎儿的组织经PCR或RT-PCR检测,猪伪狂犬病毒(PRV)为阳性,猪圆环病毒(PCV)、猪瘟病毒(CSFV)和猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)为阴性。经猪伪狂犬病毒野毒株实时荧光PCR检测胎儿组织为阳性,检测母猪血清中猪伪狂犬gE抗体为阳性;用病毒的分离培养试验分离到了猪伪狂犬病毒,根据临床症状、抗原抗体检测及病毒的分离培养试验确诊该猪场存在猪伪狂犬病毒野毒感染。     

猪伪狂犬病gE基因的研究进展

猪的伪狂病是猪的重要疾病之一。近年来，随着分子生物学的研究深入，对伪狂犬病病毒的研究也取得了显著的进展，本文着重对毒力基因gE基因的特性，基因的结构特点，在基因工程疫苗中的重要性以及在根除计划中的作用作了较详细的综述。     

猪伪狂犬病毒原阳株gE全基因的克隆与序列分析

根据GenBank已经公布的猪伪狂犬病病毒(PRV)gE全基因序列,设计合成了1对引物,利用PCR技术对猪伪狂犬病河南原阳病毒株相关的毒力基因gE进行了扩增,将特异性DNA条带进行回收,回收的PCR产物克隆到pMD?18-T载体中,并转化到大肠杆菌DH5α感受态细胞。运用蓝白斑筛选,挑取阳性菌落,提取重组质粒进行PCR、酶切和测序鉴定。测序结果表明,该序列全长为1 862 bp,将该基因核苷酸序列与从GenBank下载读取的马来西亚株(FJ176390)、爱尔兰Nia-1株(FJ605136)、湖北Ea株、韩国株(AY249861)、美国Becker株(AY368490)、广东SH株(EF55242 7)、西班牙株(EU502923)、河南焦作株(EU561349)等的gE基因进行同源性分析比较,得出的核苷酸同源性分别为99.4%、97.9%、99.7%、99.6%、98.0%、99.7%、97.8%、99.0%。通过对其序列进行的测定,有利于进一步从分子水平研究PRV在某些地区的流行、变异规律,也为PRV的诊断和预防奠定了基础。     

区分猪伪狂犬病病毒gE基因缺失疫苗株和野毒株的gE—PCR方法的建立

根据编码猪伪狂犬病病毒gE基因保守序列,设计合成一对引物,通过优化PCR反应条件,成功地从猪伪狂犬病病毒感染的细胞中扩增出预期的178bp片段,而猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪细小病毒、猪瘟病毒、猪流感病毒和猪伪狂犬病病毒gE基因缺失株均未扩增出相应的片段,经PCR扩增产物测序鉴定,证实了该扩增片段为预期目的片段;敏感性试验表明,该体系可检测到10^2TCID50的猪伪狂犬病病毒。本方法的建立能够区分基因缺失疫苗免疫猪和野毒感染猪,使猪伪狂犬病病毒的检测更为快速、准确。     

猪伪狂犬病毒H株gE基因的克隆及序列分析

参照已发表的扩增伪狂犬病毒gI和gE部分基因的PCR方法,合成了一对引物,以PRV H株细胞毒为模板,扩增出一条约850 bp的片段,并进行克隆和测序。然后与GenBank上国内外其它毒株gE基因进行核苷酸和推导的氨基酸序列的同源性分析,构建了遗传进化关系图。结果表明,PRV H株与其他15株PRV核苷酸和氨基酸的同源性分别为97.0%~99.2%和93.2%~98.5%,其中与SH株最近,分别为99.2%和98.5%;进化树分析表明,该毒株与目前国内流行的毒株在同一进化分支内,与国外毒株分属不同分支,说明分离的H毒株与目前国内流行的毒株一致。     

猪伪狂犬病病毒gE基因的研究进展

猪伪狂犬病是猪的重要疾病之一。近年来 ,随着分子生物学研究的深入 ,对伪狂犬病病毒的研究也取得了显著的进展。本文着重对毒力基因gE基因的特性 ,基因的结构特点 ,在基因工程疫苗中的重要性以及在根除计划中的作用做了较详细的综述     

PCR技术检测猪伪狂犬病毒及其潜伏感染部位的研究

本研究合成了伪狂犬毒糖蛋白ｇｐ５０基因引笺，该引物能够扩增糖蛋白ｇｐ５０基因中４３４－６５１之间的２１７ｂｐＤＮＡ片段，该片段含 ＳａｌＩ酶切位点，应用引物对几种不同的伪狂犬病毒株多聚酶链式反应扩增结果全为阳性。     

伪狂犬病病毒Fa株gE基因的克隆与序列的比较分析

根据已发表的伪狂犬病病毒（ＰＲＶ）的基因序列,在ＰＲＶｇＥ基因阅读框外的上、下分别设计一对引物Ｐ１和Ｐ２,在引物的 ５’端分别加上 ＫｐｎＩ和 ＥｃｏＲＩ位点。以 ＰＲＶ Ｆａ株的 ＤＮＡ为模板成功地扩增得到一条长的 １．７ｋｂ的片段,经酶切鉴定,初步确定为ｇＥ基因。将此ＰＣＲ产物经ＫｐｎＩ、ＥｃｏＲＩ消化后与同样酶切的ＰＵＣ１８质粒连接、转化,得到了明显大于载体的重组质粒ＰＰｇＥ。重组质粒ＰＰｇＥ经酶切鉴定确定为含有ＰＲＶ 的 ｇＥ基因,测序ＰｐｇＥ得到完整的ｇＥ基因片段,并与４株不同来源的毒株进行了比较分析。在对 ＰＲＶ Ｆａ（来自福建）、Ｒｉｃｅ（来自俄国）、ＴＮＬ（来自台湾）、Ｅａ（来自武汉）、ＳＨ（来自上海）的ｇＥ同源性比较分析发现毒株间同源性最低也高达９７％,这一定程度上也体现ｇＥ基因组的保守性。分析还表明Ｆａ与ＴＮＬ同源。同时９９％的高同源性也显示 Ｆａ、Ｅａ、ＳＨ可能是同一毒株。本实验认为 ｇＥ序列在 １０４０－ １４１０碱基的高同源性区域作为ＰＣＲ检测或核酸探针是非常有用的。     

伪狂犬病病毒gE基因的原核表达及间接ELISA方法的建立

以质粒pBV222/gE为模板,经PCR扩增出750 bp的伪狂犬病病毒(PRV)gE基因片段,克隆入pET-41b质粒中并转化大肠埃希菌TG1。经PCR、酶切鉴定,筛选出阳性重组质粒pET41b/gE后,转化表达菌Balgold,IPTG诱导,目的蛋白经镍柱亲和层析纯化,SDS-PAGE凝胶电泳和Western blot分析检测。以纯化后的目的蛋白作包被原,建立间接gE-ELISA检测方法。结果表明,目的基因在30℃,0.025mmol/LIPTG诱导条件下,可在Balgold中高效表达,目的蛋白大部分以可溶性形式存在,并能被PRV阳性血清所识别,方阵滴定法确定了间接ELISA方法的抗血清最佳稀释度(800倍)和包被抗原的最佳工作浓度(1 mg/L)。     

区别伪狂犬病病毒野毒株和gE-疫苗株的gE-MGB-TaqMan PCR方法的建立

本实验通过设计针对伪狂犬病病毒gE基因的引物和MGB(Minor groove binder oligodeoxynucleotide conjugate,MGB-ODN)TaqMan探针,结合ABI PE7700荧光定量PCR仪器系统,建立了一种能区别伪狂犬病病毒野毒株和gE-疫苗株的快速检测方法gE-MGB-TaqMan PCR。实验表明,该方法可检测出最低43拷贝的gE基因和10~4倍稀释的伪狂犬病病毒Fa株DNA,与微量血清中和结合MTT比色法相比,灵敏度和特异性一致,检测时间仅为后者的1/10,操作比后者更为简单。特异性和重复性试验表明:gE-MGB-TaqMan PCR特异性和重复性好。该方法以闭管的模式操作,减少了各步骤污染的可能性,整个检测少于3 h。     

猪伪狂犬病病毒XIN-W株gD和gE基因的克隆及序列分析

根据已发表的PRVgD、gE基因序列 ,设计合成了两对引物 ,对猪伪狂犬病病毒XIN W株相关的毒力基因gD、gE序列进行测定和分析。经PCR扩增分别得到了全长为 12 0 9bp,1 743bp的gD、gE全基因序列 ,将它们克隆到pGEM T Easy载体中 ,并转化JM1 0 9,挑取阳性菌落的质粒进行PCR、酶切、测序鉴定 ,与其他参考毒株的gD、gE基因进行比较。结果表明 ,XIN W株与其它毒株相比 ,gD、gE基因核苷酸序列的同源性分别为 97.9%～99.3 % ,98.0 %～ 98.7% ;氨基酸序列的同源性分别为 97.0 %～ 99.3 % ,97.1 %～ 98.1 %。不同的PRV毒株间gD、gE基因在核苷酸水平和氨基酸水平高度保守。遗传进化树显示 ,XIN W株和国内其它毒株起源相同 ,属同一进化分支     

伪狂犬病病毒Fa株gE基因的克隆与序列的比较分析

根据已发表的伪狂犬病病毒（PRV）的基因序列,设计合成一对引物PCL1和PCL2,以PRV Fa株的DNA为模板成功地扩增得到预期的长约1.7kb的特异片段,经本科切鉴定,初步确定为gE基因。将扩增产物经Kpn Ⅰ、EcoRⅠ消化形成粘末端克隆到pUC18质粒,得到了明显大于载体的重组质粒PpgE。重组质粒PpgE经本科切鉴定为含有PRV的gE基因,测序PpgE得到完整的gE基因片段,并与4株不同来源的毒株进行了比较分析。5毒株的gE同源性比较分析发现毒株间同源性最低也高达97%,这体现了gE基因的保守性。分析还表明Fa与TNL同源。同时99%的高同源性也显示Fa、Ea、SH可能是同一毒株。gE序列在1040-1410碱基的高同源性区域作为PRV的PCR检测或作为PRV的PCR检测或作为核酸探针是非常重要的。     

猪伪狂病病毒粤A株gE基因的克隆与序列分析

参考GenBank中伪狂犬病病毒(PRV)gE基因的序列设计了1对引物,对PRV粤A株gE基因进行了PCR扩增,PCR产物克隆到PMD18-T载体.对重组质粒进行限制性内切酶分析和基因测序,证实了克隆片段的可靠性,并与2株不同来源的毒株进行了同源性分析和比较.     

检测伪狂犬病毒gB基因荧光定量PCR方法的建立

利用DNAMAN软件对GenBank登录的伪狂犬病病毒（PRV）各毒株gB基因序列进行比对分析,选择其保守区域设计合成特异性的引物和TaqMan探针,同时利用普通PCR技术扩增获得全长的伪狂犬病毒gB基因,并克隆到pMD20-T载体上作为阳性标准品。通过对荧光定量PCR反应条件的优化,建立了一种快速检测伪狂犬病病毒的荧光定量PCR技术。该检测技术具有较高的灵敏性、特异性和可靠性。对制备的pMD-gB阳性标准品的检测结果表明,所建立的伪狂犬病毒TaqMan荧光定量PCR最低检测极限可达1.50×102拷贝/反应;同时相比于普通PCR方法其灵敏度高100～1 000倍以上,并且重复性好。在对60份临床样品的检测中,荧光定量PCR不仅检出了普通PCR检测为阳性的样品,且检出了2份普通PCR未检出的样品,进一步证实了该方法快速、灵敏性好,可用于PRV感染的早期快速定量检测和肉类食品进出口检疫。     

猪伪狂犬病病毒gE抗体胶体金免疫层析检测方法的建立及应用

以纯化的抗人红细胞单链抗体(ScFv)-猪伪狂犬病病毒(PRV)gE蛋白双功能融合蛋白为诊断抗原和胶体金标记物,以羊抗猪IgG包被硝酸纤维膜作为质控带,制作检测猪伪狂犬病毒gE抗体的双抗原胶体金试纸条。利用方阵滴定试验筛选出金标抗原最佳工作浓度为17.6μg,检测线诊断抗原最佳标记量为1.76μg,血清最佳稀释度为1∶10,作用时间15 min,与猪瘟病毒(CSFV)、猪细小病毒(PPV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪乙型脑炎病毒(JEV)、猪布鲁菌(Brucella)阳性血清和PRVgE缺失疫苗接种的猪免疫血清检测线均不出现红色条带,与PRV标准阳性血清反应检测线出现红色条带。试纸条操作简单,肉眼于15 min内可判定结果;试纸条在室温保存6个月,其特异性和敏感性没有明显变化;与美国IDEXX和法国LSI gE-ELISA抗体检测诊断试剂盒检测结果比较,1 164份猪血清的符合率均为90.55%。制备的胶体金试纸条具有操作简便、敏感性和特异性较高的特点,可用于PRV野毒感染的快速筛查。     

猪伪狂犬病毒PCR检测方法的优化

猪伪狂犬病是由伪狂犬病毒(Pseudorabies virus,PRV)引起的一种疱疹病毒性疾病,在世界大部分地区都是地方性家畜流行病。而且猪伪狂犬病与其他猪传染病不易区分,因此,建立一个特异性强的检测方法对于其诊断具有重要意义。实验是在实验室已经建立伪狂犬病毒单项PCR检测方法的基础上,对扩增条件进行优化后对其特异性进行了验证。结果发现,优化后的方法特异性好,只有猪伪狂犬病毒扩增为阳性,其余DNA病毒:猪细小病毒、猪圆环病毒Ⅰ型(PCV1)、猪圆环病毒Ⅱ型(PCV2)均呈现阴性。因此,本研究方法可以为今后实验室检测猪伪狂犬病毒提供参考。     

PCR、SPA-ELISA、GDT3种方法检测猪伪狂犬病毒的效果比较

为了比较临床中常用的猪伪狂犬病诊断方法的检测效果,试验采用常规方法对猪伪狂犬病毒进行不同浓度梯度的稀释,分别通过聚合酶链式反应(PCR)、葡萄球菌A蛋白-酶联免疫吸附试验(SPA-ELISA)、琼脂扩散试验(GDT)3种方法对猪伪狂犬病毒进行检测,并对各种方法的敏感性、可重复性、经济性、简便性进行综合分析。结果表明:SPA-ELISA法和PCR法的灵敏度都远远高于GDT法,并且二者的敏感性相当;PCR法和SPA-ELISA法适用于实验室对PRV的确诊;GDT法所耗费的材料较少、经济、操作简便,适合于临床大规模的检测和初次检测猪伪狂犬病毒的存在。