药浴对仿刺参幼参肠道菌群的影响

为探究抗生素药浴对仿刺参幼参肠道菌群的影响，在刺参工厂化保苗期倒池时设置普通组和药浴组(普通组幼参为倒池未药浴正常培养，药浴组幼参用质量浓度0.1 g/L的氟苯尼考药浴15 min),分别于倒池后24、48、72 h,取2组仿刺参肠道样品进行16S rDNA高通量测序分析。试验结果显示，普通组幼参与倒池前的幼参肠道菌群结构基本一致，药浴组幼参肠道菌群结构变化较大，细菌多样性在24 h最高，随后逐渐降低。普通幼参优势菌门变形菌门相对丰度达98%以上，药浴后24、48、72 h,幼参肠道变形菌门相对丰度分别为90.51%、92.99%、96.63%,放线菌门、浮霉菌门、拟杆菌门、酸杆菌门、绿弯菌门、疣微菌门、厚壁菌门相对丰度有所提高，并新出现达达菌门、德潘菌门和芽单胞菌门。普通组幼参肠道中优势菌属新草螺菌属占比达95%以上；药浴后24 h幼参肠道中新草螺菌属相对丰度降低至2.46%,叶杆菌属、Candidatus Competibacter、鞘氨醇单胞菌属等成为新的优势菌属，药浴后48、72 h幼参肠道中新草螺菌属相对丰度逐渐升至36.7%、69.9%,其他菌属相对丰度逐渐降低，肠道菌群结...     

健康和患病克氏原螯虾肠道微生物群落结构和多样性分析

为探索健康克氏原螯虾(Procambarus clarkii)与患病克氏原螯虾在肠道微生物菌群结构和多样性方面的差异,采集健康虾(对照组)和患病虾(患病组)样品,通过Illumina高通量测序技术测定样品虾的肠道微生物组成,并利用Simpson指数评估样品中微生物的多样性。结果显示:所有样品共检出400个种水平上的OTUs(operational taxonomic units),归属于25个门(phylum);对照组肠道微生物的优势菌为厚壁菌门(Firmicutes),而患病组的优势菌为变形菌门(Proteobacteria)。进一步分析表明,患病组变形菌门的占比显著高于对照组,Simpson指数提示,患病组的生物多样性较对照组显著下降(P<0.05)。结果表明,患病克氏原螯虾肠道微生物中变形菌门的占比显著上升,生物多样性显著下降(P<0.05)。     

不同养殖模式黄鳝胃肠道微生物群落结构分析

为探究不同养殖模式下黄鳝(Monopterus albus)胃肠道微生物的群落结构，本实验采用16S rRNA高通量测序技术研究虾塘散养、蟹塘散养、网箱投喂鱼浆和网箱投喂水蚯蚓4种养殖模式下黄鳝胃肠道微生物的组成和群落结构。Alpha多样性分析和Venn图结果显示，网箱投喂水蚯蚓组黄鳝胃肠道微生物多样性和丰度均较高，而蟹塘散养组最低。除蟹塘散养组黄鳝肠道的优势菌为变形菌门，其余3种养殖模式黄鳝胃肠道优势菌群均为厚壁菌门，推测黄鳝胃肠道微生物的核心菌群为厚壁菌门。在属水平上，网箱投喂水蚯蚓养殖模式中黄鳝胃的优势菌群为粪杆菌属(Faecalibacterium)与嗜黏蛋白阿克曼菌属(Akkermansia),其余3种养殖模式中黄鳝胃的优势菌群都为韦荣球菌属(Veillonella);而虾塘散养组黄鳝肠道的优势菌群为瘤胃球菌属(Ruminococcus),其余3种养殖模式的优势菌群中都有双歧杆菌属(Bifidobacterium)。结果表明：网箱投喂水蚯蚓组黄鳝胃肠道微生物多样性和丰度均较高，且益生菌群占比高，潜在致病菌较少，是比较健康的养殖模式。     

牙鲆(Paralichthys olivaceus)仔稚幼鱼肠道菌群结构比较分析

采用MiSeq 16S rRNA高通量测序技术和生物信息学分析方法,构建了牙鲆(Paralichthys olivaceus)工厂化人工育苗模式下仔稚幼鱼阶段6个不同发育时期18个样品的16SrRNA基因测序文库,共获得7462个OTU (Operational Taxonomic Unit),分类为42个菌门972个菌属.对肠道菌群的形成过程及结构多样性变化分析显示,牙鲆初孵仔鱼的菌群组成多样性丰富,体内的优势菌为变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes);在9日龄和21日龄摄食轮虫(Rotifer)和卤虫(Artemia sp.)幼体样品中,肠道的优势菌群结构较单一,变形菌门成为此时期肠道的优势菌群;45日龄摄食配合饲料后,肠道中变形菌门的相对丰度显著降低,厚壁菌门和拟杆菌门的相对丰度明显增大,成为肠道菌群的优势菌群.在属水平的菌群结构中发现,牙鲆仔稚幼鱼肠道优势菌群的种类和数量都发生了较大变化,在9日龄和21日龄时期肠道中弧菌属(Vibrio)相对丰度最高,到45日龄后相对丰度锐减到最低水平;拟杆菌属(Bacteroides)和普氏菌属(Prevotella)在80日龄后达到较高水平,成为肠道优势菌属;厚壁菌门的8个菌属在80-115日龄时期均发展成为优势菌属,定植于牙鲆的肠道.本研究揭示了工厂化人工育苗模式下牙鲆仔稚幼鱼肠道菌群结构及演替规律.     

稻田和池塘两种模式下金边鲤与建鲤肠道菌群 差异分析

利用MiSeq高通量测序技术测定16S rRNA基因序列,分析比较池塘金边鲤、稻田金边鲤、池塘建鲤和稻田建鲤4组鲤鱼肠道菌群的结构组成和丰度差异。试验结果显示,池塘金边鲤组、稻田金边鲤组、池塘建鲤组和稻田建鲤组分别获得了377、250、367和455个运算分类单元,其中运算分类单元聚类分析发现,稻田建鲤组与另外3组差异最大;菌群多样性分析发现,池塘金边鲤组的辛普森指数显著高于其他3组(P0.05),而稻田建鲤组及稻田金边鲤组的香农指数分别为1.56±0.22和2.53±0.82,均高于对应的池塘组,但差异不显著(P0.05);此外,池塘金边鲤组中变形菌门(89.56%)和气单胞菌属(82.68%)在其肠道菌群组成中占有绝对优势(P0.05),而另外3组在门分类水平和属分类水平的菌群结构和相对丰度较为相似,优势菌门均为变形菌门、梭杆菌门和厚壁菌门,主要优势菌属为鲸杆菌属、气单胞菌属和乳球菌属;京都基因和基因组百科全书(KEGG)功能预测比较分析发现,各组样品的肠道微生物富集到了多个相同的代谢途径以及部分信号传导、调节和修复机制相关信号通路。本研究结果发现,在稻田和池塘养殖模式下,金边鲤的肠道优势菌群种类、相对丰度以及参与的信号通路与建鲤无显著差异,提示金边鲤与其他鲤鱼一样可适应这两种养殖模式。     

牙鲆(Paralichthys olivaceus)仔稚幼鱼肠道菌群结构比较分析

采用MiSeq 16S rRNA高通量测序技术和生物信息学分析方法,构建了牙鲆(Paralichthys olivaceus)工厂化人工育苗模式下仔稚幼鱼阶段6个不同发育时期18个样品的16S rRNA基因测序文库,共获得7462个OTU(Operational Taxonomic Unit),分类为42个菌门972个菌属。对肠道菌群的形成过程及结构多样性变化分析显示,牙鲆初孵仔鱼的菌群组成多样性丰富,体内的优势菌为变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes);在9日龄和21日龄摄食轮虫(Rotifer)和卤虫(Artemia sp.)幼体样品中,肠道的优势菌群结构较单一,变形菌门成为此时期肠道的优势菌群;45日龄摄食配合饲料后,肠道中变形菌门的相对丰度显著降低,厚壁菌门和拟杆菌门的相对丰度明显增大,成为肠道菌群的优势菌群。在属水平的菌群结构中发现,牙鲆仔稚幼鱼肠道优势菌群的种类和数量都发生了较大变化,在9日龄和21日龄时期肠道中弧菌属(Vibrio)相对丰度最高,到45日龄后相对丰度锐减到最低水平;拟杆菌属(Bacteroides)和普氏菌属(Prevotella)在80日龄后达到较高水平,成为肠道优势菌属;厚壁菌门的8个菌属在80–115日龄时期均发展成为优势菌属,定植于牙鲆的肠道。本研究揭示了工厂化人工育苗模式下牙鲆仔稚幼鱼肠道菌群结构及演替规律。     

基于16S rRNA高通量测序的长江口日本鳗鲡幼体肠道微生物群落研究

为了解长江口日本鳗鲡(Anguilla japonica)幼体肠道微生物的结构特点和多样性组成,探索其潜在功能，采用MiSeq 16S rRNA高通量测序技术对2022年1―4月每月VA期和VB期2个发育时期的肠道样本进行微生物测序,分析了肠道微生物的OTU数量、菌群组成、丰度及Alpha多样性,并预测其功能。8个样本共测得1467个OTU,每个样本平均396个。共鉴定出51门、140纲、286目、414科、643属、959种,每个样本平均包含26门和229属,并表现出随月份递增而门数和属数明显减少的现象。在门水平上,以变形菌门(Proteobacteria)(81.33%)和拟杆菌门(Bacteroidota)(10.61%)为优势菌群。在属水平上,主要由嗜冷杆菌属(Psychrobacter)(35.10%)、假单胞菌属(Pseudomonas)(16.75%)、黄杆菌属(Flavobacterium)(7.99%)、无色杆菌属(Achromobacter)(4.82%)、希瓦氏菌属(Shewanella)(4.21%)等组成,显示了一组与其他鱼类不同的肠道微生物群落。1月组的肠道...     

凡纳滨对虾养殖环境及肠道微生物群落特征分析

为探究凡纳滨对虾养殖过程中其肠道和养殖环境微生物群落的结构及变化,本实验采用Illumina MiSeq测序平台,基于16S rRNA基因的测序结果,对46和86 d虾龄的凡纳滨对虾肠道以及养殖水样、底泥中的微生物群落进行分析。结果显示,86 d时微生物Shannon-Wiener多样性指数显著高于46 d,水样中的Shannon-Wiener指数显著低于底泥和凡纳滨对虾肠道;有35个门、70个纲、152个目、274个科以及420个属在水样、底泥和虾肠道中均能检测到,其中虾肠道和底泥间共有菌类较水样中更多。微生物群落随养殖时间增加发生变化,46与86 d的差异性门类为放线菌门、绿菌门、丝状杆菌门、浮霉状菌门和TM6,相对丰度随时间增加而增高。水样、底泥和虾肠道中有相对固定的优势菌群,在水样、底泥和虾肠道中主要的门类均为变形菌门、拟杆菌门和放线菌门,优势纲类为α变形菌纲、β变形菌纲以及放线菌纲,除此以外,虾肠道与底泥共有的优势纲为δ变形菌纲、γ变形菌纲以及芽单胞菌纲;从目、科、属的分类水平上看,水样、底泥和虾肠道中菌类相对丰度各异,鲜有明显重叠的优势菌类,在水样、底泥和虾肠道中均为一种未分类的属占优势地位,水样中优势属为hgcI_clade,底泥和虾肠道中优势属为Ambiguous_taxa。研究结果进一步解释了虾肠道和环境微生物群落结构之间的相关性以及随虾龄增长呈现的差异性。     

斑点叉尾肠道及其养殖环境菌群结构分析

为探究健康斑点叉尾(鱼回)肠道及其与养殖池塘水体中菌群结构的关系,采用16S rDNA高通量测序方法和生物信息学分析手段考察其肠道和养殖水体中微生物群落组成和多样性。多样性指数分析结果表明,斑点叉尾(鱼回)肠道菌群丰度和菌群多样性均较养殖水体低。斑点叉尾(鱼回)肠道中有69.57%的运算分类单元与水体中一致,水体中优势菌群主要为变形菌门、放线菌门和蓝藻门,而肠道中的优势菌群为拟杆菌门、梭杆菌门和厚壁菌门,说明肠道和养殖水体中的优势微生物种群的组成和丰度无明显的相关性,肠道中菌群组成有一定的独立性,其优势菌群结构几乎不受养殖环境菌群的影响。PICRUSt预测细菌表型发现,斑点叉尾(鱼回)肠道中以厌氧菌和革兰氏阳性菌为主;从生物膜形成和致病潜力表型可知,肠道和水环境中均存在大量条件致病菌。试验结果表明,池塘养殖健康斑点叉尾(鱼回)肠道微生物中的优势益生菌主要为鲸杆菌属和拟杆菌属,平均相对丰度高达36.60%和15.82%。本试验将为斑点叉尾(鱼回)的健康养殖和益生菌的筛选提供理论依据。     

哈尼梯田稻鲤共作模式下的微生物群落结构

为了探究哈尼梯田稻鲤共作模式(复合生态系统)微生物菌落结构特征,本实验拟采用高通量测序技术对稻鲤共作(RC)与稻田单作(CK)2种模式下水体、表层以及根系土壤及鲤肠道细菌(16S rDNA)多样性特征进行分析。高通量测序结果显示,复合生态系统中主要细菌门类为变形菌门、放线菌门、厚壁菌门、绿弯菌门、酸杆菌门、拟杆菌门及硝化螺旋菌门等。与CK相比,RC表层土壤中绿弯菌门和厚壁菌门相对丰度显著增加,主要显著增加的优势菌属为厌氧绳菌(Anaerolineaceae_norank)、Aminicenantes_p_norank、未定义的绿弯菌(Chloroflexi_P_unclassified)、梭菌(Clostridium_sensu_stricto_1)、梭菌(C._sensu_stricto_12)、互营菌(Syntrophaceae_f_norank)、芽单胞菌(Gemmatimonadaceae_f_norank);RC根系土壤中绿弯菌门含量显著高于CK组,主要是Anaerolineaceae_norank、Sideroxydans、Aminicenantes_p_norank、Chloroflexi_p_unclassified、Gemmatimonadaceae_f_norank优势菌属显著增加。RC模式中鲤肠道优势菌主要为厚壁菌门和变形菌门,其中厚壁菌门相对丰度为58.59%,超过一半的丰度。RC模式组相比CK组,土壤的有机质、总氮、总磷等理化指标都有所降低,其中pH、总磷和速效磷显著降低;稻田表层和根系土壤的细菌Sobs指数及PD指数也均增加,其中稻田表层土壤组显著增加。研究表明,增加鲤养殖后,稻田表层土壤的理化性质和细菌群落结构产生明显变化,同时也在一定程度上对水稻根系和养殖生物肠道的群落结构产生了影响。本研究初步揭示了RC复合生态系统优于CK系统的微生物生态基础。     

尼罗罗非鱼肠道及养殖环境中菌群结构与链球菌病的相关性

为研究尼罗罗非鱼肠道和池塘养殖环境中菌群结构变化与链球菌病暴发的相关性,实验采用16S r DNA高通量测序方法对比分析发病和健康池塘水体、底泥和尼罗罗非鱼肠道菌群的结构特征。结果显示,底泥中微生物多样性最高,水体和肠道中微生物多样性次之;肠道菌群与水体中菌群的相似性较高,而与底泥中菌群相似性较低;发病组的尼罗罗非鱼肠道和池塘底泥中微生物的多样性均低于健康组,而发病组池塘水体中微生物多样性高于健康组。OTU聚类分析发现,发病与健康尼罗罗非鱼肠道微生物差异极显著,大部分健康尼罗罗非鱼肠道微生物样品单独聚为一支。菌群结构组成分析结果表明,虽然发病组和健康组水体或底泥中优势菌群结构组成的差异较小,但在非优势菌群中存在一定差异,发病组水体中变形菌门和梭杆菌门的比例显著高于健康组水体,疣微菌门和浮霉菌门的丰度显著低于健康组水体;发病组池塘底泥中厌氧粘细菌属、甲烷丝菌属和枝芽孢菌属等具有降解有机质和生态修复功能,菌群的丰度显著低于健康组底泥,而具有致病能力的曼氏杆菌属丰度却显著高于健康组底泥。发病组尼罗罗非鱼肠道菌群中链球菌属、分枝杆菌属和曼氏杆菌属等致病菌群的丰度显著高于健康组尼罗罗非鱼肠道,而乳球菌属、鲸杆菌属和红球菌属等益生菌的丰度显著低于健康尼罗罗非鱼肠道。无乳链球菌普遍存在于发病和健康养殖环境,以及尼罗罗非鱼肠道中,无乳链球菌的丰度在发病和健康养殖环境之间无显著差异,但其在发病尼罗罗非鱼肠道中的丰度要显著高于健康组。研究表明,尼罗罗非鱼链球菌病发病池塘水体和底泥中有益菌丰度降低和致病菌丰度的升高反映其养殖环境出现恶化,尼罗罗非鱼链球菌病的暴发与肠道微生态平衡破坏后无乳链球菌丰度增加密切相关,但肠道中无乳链球菌丰度的剧增与养殖水体和底泥中该病原菌的丰度水平之间并无直接关联。     

凡纳滨对虾和罗氏沼虾肠道微生物及抗生素抗性基因多样性分析

探究凡纳滨对虾和罗氏沼虾肠道微生物及抗生素抗性基因(antibiotic resistance genes, ARGs)种类的差异。通过高通量测序和变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis, DGGE)技术分析2种虾肠道微生物群落结构差异和微生物多样性,并运用PCR方法检测了2种虾肠道细菌常见38种ARGs的携带情况。结果显示,获得凡纳滨对虾和罗氏沼虾肠道细菌有效序列分别为42 795和40 713条,物种注释单元(operational taxonomic unit, OTU)数目分别为124和82,分类地位明确的细菌种类分别隶属5个门、17个属和5个门、16个属。凡纳滨对虾肠道细菌的优势类群为变形菌门,所占比例为75.45%,优势菌属为副球菌属(25.83%)和不动杆菌属(25.24%);罗氏沼虾肠道细菌的优势类群是厚壁菌门(49.74%),优势菌属为乳球菌属(49.01%)和弧菌属(29.98%)。凡纳滨对虾肠道细菌(2.19)Shannon指数高于罗氏沼虾肠道细菌(1.78),表明前者肠道细菌多样性大于后者。DGGE图谱的分析结果与高通量测序一致,2种虾肠道细菌种类差异很大。PCR结果显示,凡纳滨对虾肠道细菌携带15种ARGs,罗氏沼虾肠道细菌携带14种ARGs。本实验表明凡纳滨对虾肠道细菌的群落种类多样性、OTU丰富度、物种总数和ARGs种类均高于罗氏沼虾肠道细菌,为后续肠道微生物资源的挖掘提供了理论依据。     

池塘和工厂化养殖牙鲆肠道菌群结构的比较分析

为研究池塘和工厂化养殖条件下牙鲆肠道菌群结构差异及其与饵料、水环境、底质等的关系,采用MiSeq高通量测序技术和生物信息学分析手段,构建了牙鲆(Paralichthys olivaceus)肠道、养殖水体、饵料和池塘底泥等7个样品的16s rRNA基因测序文库,分析了不同样品中菌群组成和生物多样性。结果表明：池塘养殖牙鲆肠道（B1）中以厚壁菌门（30.49%）、变形菌门（19.16%）和梭杆菌门（11.11%）为主,其中芽孢杆菌属（27.66%）占绝对优势,弧菌属（0.16%）丰度最小;工厂化养殖牙鲆肠道（B5）中以变形菌门（44.31%）、厚壁菌门（11.57%）和放线菌门（4.79%）为主,其中不动杆菌属（10.37%）丰度最大,弧菌属（4.05%）相对B1中丰度较高。牙鲆肠道优势菌群主要与营养代谢调节相关,同时有益微生物和有害微生物也是肠道菌群的重要组成部分。差异性和系统进化分析表明两种养殖条件下牙鲆肠道菌群结构与饵料中菌群关系密切,此外受养殖水环境中菌群影响较大。研究结果将为今后牙鲆养殖专用高效微生态制剂的研制和养殖环境微生态调控技术构建提供理论依据。     

生物净水栅对凡纳滨对虾肠道菌群组成的影响

利用Illumina Miseq高通量测序技术和生物信息学分析手段,采集传统养殖池塘和添加生物净水栅养殖池塘凡纳滨对虾肠道样品,比较分析两个池塘凡纳滨对虾肠道菌群组成及其多样性。试验结果表明,对照组和试验组凡纳滨对虾肠道测得的可操作分类单元分别为239和296。对照组和试验组对虾肠道样品菌群的物种丰度和优势菌种存在一定差异,试验组和对照组样品细菌Shannon指数分别为2.04、1.80,前者细菌Shannon指数高于后者13.33%(P0.05)。对照组和试验组对虾肠道样品所鉴定出的细菌门类组成基本相似,组成比例存在一定差异,前三大优势细菌门类均为变形菌门、拟杆菌门和软壁菌门,分别占试验组细菌总数和对照组细菌总数的97.56%和98.54%。在优势菌群方面,试验组对虾肠道的优势群为弧菌属、希瓦氏菌属、Cloacibacterium、黄质菌属、红杆菌属,分别占细菌总数的70.83%、18.29%、1.97%、1.38%和1.06%,对照组对虾肠道的优势群为弧菌属和希瓦氏菌属,分别占细菌总数的58.51%和37.67%。本研究分析了两种养殖池塘下对虾肠道菌群结构,试验组对虾菌群丰富度高于对照组,其多样性也高于对照组,这有助于生物净水栅更好地应用于池塘养殖。     

白洋淀水域夏季细菌群落结构及与环境因子的关系

为了解白洋淀水域细菌多样性,于夏季采集水样进行水质和微生物群落结构分析。水质分析显示,白洋淀平均酸碱值(pH)为7.95,溶解氧(DO)为16.67 mg/L,属于偏碱性湖泊且含氧量丰富。通过Illumina NovaSeq6000高通量测序分析微生物群落结构表明:白洋淀不同采样点Chao1指数、Ace指数均较高,Shannon指数为7.151~8.443,Simpson指数为0.986~0.992,反映出白洋淀各采样点微生物群落多样性丰富、稳定性好,且细菌丰富度和多样性均以光淀(GD)最高。变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、蓝细菌门(Cyanobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和放线菌门(Actinobacteria)是湖水的优势菌门,丰度之和能达到90%,且以变形菌门(Proteobacteria)为绝对优势菌门,丰度为44.15%~60.18%;在属水平上烧车淀(SCD)和枣林庄(ZLZ)以多核杆属(Polynucleobacter)为第一优势菌属,其余采样点优势菌属为unidentified_Cyanobacteria。CCA(canonial correspondence analysis)分析表明,pH和DO是影响白洋淀细菌群落结构的主要环境因子。     

基于16S rRNA高通量测序的江鳕肠道微生物群落结构研究

为探究江鳕(Lota lota)肠道菌群结构特征,采用MiSeq 16S rRNA高通量测序技术对3龄、4龄、5龄野生江鳕的雌、雄样本进行了微生物测序和分析。结果显示,3个年龄组江鳕的肠道菌群丰度及多样性差异不显著(P＞0.05),同一年龄雌、雄江鳕间的肠道菌群丰度及多样性差异不显著(P＞0.05)。江鳕肠道内容物的优势菌门为变形菌门和厚壁菌门,与鱼类肠道中最普遍和共存的细菌类群相同。Mycoplasma(支原体属)存在于所有样品中,且为优势菌群,其功能有待进一步研究。     

陈氏刺棘虫感染对洄游型刀鲚肠道微生物群落的影响

于2017年洄游汛期内采集刀鲚(Coilianasus)样本,解剖后选取6尾感染陈氏刺棘虫(Acanthosentischeni)的刀鲚样本作为感染组,同时选取6尾未感染刀鲚作为对照组,采用16S rDNA高通量测序技术研究陈氏刺棘虫感染对刀鲚肠道微生物群落结构的影响。结果共鉴定出23个细菌门,其中对照组包含22个门,感染组鉴定出18个门,其中疣微菌门(Verrucomicrobia)只在感染组刀鲚中检测到;两组刀鲚肠道中主要的微生物类群均为变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和软壁菌门(Tenericutes),且相对丰度总量均高于85%;感染组中厚壁菌门、梭杆菌门(Fusobacteria)和纤维杆菌门(Fibrobacteres)平均含量高于对照组,其余菌门相对丰度含量与对照组相比均呈下降趋势,但两组间微生物组成比例没有显著差异(P0.05)。此外,在已明确的130个科中,厚壁菌门中的梭菌科(Clostridiaceae)、消化链球菌科(Peptostreptococcaceae)、乳杆菌科(Lactobacillaceae)和变形菌门中的肠杆菌科(Enterobacteriaceae)含量高于对照组(P0.05),紫单胞菌科(Porphyromonadaceae)和毛螺菌科(Lachnospiraceae)中的Eisenbergiella丰富度在感染组刀鲚肠道中显著更高(P0.05);在群落多样性水平上,对照组和感染组间Shannon指数、Chao1指数和Simpson指数差异不显著(P0.05)。虽然陈氏刺棘虫感染对肠道微生物的群落结构和物种多样性影响不显著,但是在特定微生物物种的组成上存在显著差异。     

醉鱼糟制过程中酒糟液中的微生物群落

为探讨醉鱼糟制过程中酒糟液微生物群落多样性,本实验以大黄鱼为原料,用传统糟制工艺制作醉鱼,采用Illumina HiSeq2500高通量测序技术对醉鱼酒糟液菌群进行分析。结果显示,糟制过程中不同用盐量(2%、5%和10%)大黄鱼pH值在糟制前5 d或10 d稍有上升后逐渐降低,而TVB-N值在糟制期间逐渐下降,糟制30 d后的TVB-N值均低于30 mg/100 g,其中5%用盐量组最低;5%用盐量组在不同鱼糟比(1:1、1:1.5和1:2)下,大黄鱼pH和TVB-N值变化规律基本一致,说明糟制过程中醉鱼品质较稳定。5%用盐量组醉鱼酒糟液微生物高通量测序结果显示,鱼糟比为1:2的酒糟液Chao指数最大(167),表明物种丰度最高;鱼糟比为1:1的酒糟液Shannon指数最大(2.75),Simpson指数最小(0.109),表明细菌多样性最高;酒糟液涉及细菌17个门和1个未分类菌门,143个属,变形菌门、蓝细菌门和厚壁菌门是优势菌门,其中变形菌门占绝对优势;弧菌属、Chloroplast norank和肠杆菌属是优势菌属,发酵前期弧菌属占绝对优势。研究结果为醉鱼酒糟液微生物群落多样性研究提供理论依据,为控制糟制水产品卫生安全提供参考。     

三峡库区及上游沉积物细菌群落结构及其对重金属的响应

为探究不同生境条件下细菌群落结构特征及其对沉积物重金属污染的响应，在三峡库区及上游共4个江段，采集21个表层沉积物样品，利用高通量测序技术研究其细菌群落结构和多样性，并利用冗余分析和相关性分析等方法分析重金属与细菌群落结构和多样性之间的响应关系。结果显示：研究江段沉积物细菌群落共检出65门179纲446目784科和1 926属；优势菌门为变形菌门(Proteobacteria),优势菌纲为γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria),其相对丰度分别为42.35%～54.56%和12.65%～28.30%;细菌群落多样性表现为：库区江段>库区上游江段，但没有显著差异；重金属As、Pb、Cr和Cu含量与绿弯菌门(Chloroflexi)相对丰度呈显著正相关，与厚壁菌门(Firmicutes)相对丰度呈显著负相关。     

水解单宁对凡纳滨对虾生长性能和肠道微生物的影响

为分析水解单宁对凡纳滨对虾生长及其肠道微生物菌群结构的影响,以基础饲料为空白组,在基础饲料中分别添加0.1%、0.2%和0.3%的水解单宁作为实验组,进行为期60 d的养殖实验后,统计生长性能,并取其肠道内容物提取DNA,用Illumina MiSeq测序平台进行16S rDNA基因V3～V4区高通量测序,检测对虾肠道内菌群结构及变化情况。结果表明:(1) 3个水解单宁添加组的增重率、特定生长率和肥满度与对照组相比均显著升高(P0.05),肝体比均显著降低(P0.05)。(2)4组样品中共获得206192条优化序列,操作分类单元(OUT)总数达542个。对照组凡纳滨对虾肠道微生物以变形菌门和蓝细菌门为主,其次是放线菌门和拟杆菌门;试验组肠道主要菌群为变形菌门、软壁菌门。试验组与对照组相比,蓝细菌门、放线菌门和拟杆菌门的比例降低,变形菌门、软壁菌门和厚壁菌门比例增加。(3)Rank-Abundance曲线和多样性指数结果可见,实验组的物种丰度和均匀度大体上均高于对照组。PCoA分析发现, 0.1%和0.3%添加组的微生物群落较为接近,而与0.2%添加组差别较大,结合生长性能指标可知,饲料中水解单宁的最适添加量为0.1%。以上研究表明,饲料添加水解单宁可显著改变对虾肠道的微生物组成,提高对虾生长速度,影响凡纳滨对虾的生长性能。