牛卵形巴贝斯虫不同靶基因PCR检测方法的比较

旨在筛选出检测牛卵形巴贝斯虫特异、敏感的PCR方法。本试验以牛卵形巴贝斯虫18S rRNA、AMA-1和CCTη基因为靶基因进行PCR检测,从敏感性、特异性和临床检出率方面进行比较。结果显示,以18S rRNA基因的PCR方法敏感性最高,最小检出率为16 fg/μL;以CCTη为靶基因的PCR方法敏感性最低,检测量为1.6 pg/μL;而以顶膜抗原(AMA-1)为靶基因的PCR方法的最低检测量为160 fg/μL。三种靶基因均扩增不出牛瑟氏泰勒虫、牛巴贝斯虫和双芽巴贝斯虫基因片段。通过60份临床血液样本的检测结果表明,以18S rRNA基因设计引物的检出率最高,为30%(18/60),明显高于以AMA-1基因25%(15/60)和CCTη基因21.67%(13/60)。本试验为卵形巴贝斯虫病的诊断提供了更为敏感、特异的检测技术。     

牛瑟氏泰勒虫不同靶基因PCR检测方法的比较

为筛选出检测牛瑟氏泰勒虫更为特异、敏感的PCR方法,本试验以牛瑟氏泰勒虫p23和p33基因、HSP70基因及18S rRNA基因为靶基因进行PCR检测,并从其敏感性、特异性和临床样本检出率等方面进行了比较。结果显示,4种靶基因引物对牛瑟氏泰勒虫的检测均有较高的特异性,当牛瑟氏泰勒虫基因组DNA浓度为127 ng/μL时,p23、p33、HSP70及18S rRNA4种基因的最小检测量分别为1×105、1×105、1×104和1×106copies/μL;检测临床样本阳性检出率分别为30.19%(16/53)、39.62%(21/53)、47.17%(25/53)和54.72%(29/53)。表明以18SrRNA基因为靶基因的PCR方法从敏感性和临床检出率上明显优于其他3种基因。     

山羊和绵羊嗜血支原体PCR检测方法的建立与应用

为建立羊嗜血支原体(M.ovis)病快速检测方法,本实验根据GenBank中登录的羊M.ovis 16S rRNA基因序列设计一对引物,以山羊和绵羊M.ovis基因组DNA为模板,建立M.ovis PCR检测方法,并进行特异性、敏感性及临床应用试验。结果显示,建立的M.ovis PCR检测方法扩增片段大小为508 bp,与GenBank中M.ovis参考株同源性达99%以上,该方法与猪嗜血支原体、牛嗜血支原体等病原体无交叉反应,最低检测40个拷贝的DNA;通过对延边地区60份山羊和绵羊血液样本的检测结果表明,建立的PCR检测方法具有特异、敏感、准确等优点,完全适用于M.ovis的检测。     

奶牛附红细胞体的分类鉴定及诊断方法的建立

为了从分子水平上确定奶牛附红细胞体（E．wenyoni）的分类学地位及建立奶牛附红细胞体感染诊断方法。本研究通过利用原核生物16S rRNA基因通用引物，对分离得到的奶牛附红细胞体（广西株，E．wenyoni-GX）进行16SrRNA基因的克隆及测序。并建立系统发育进化树；同时根据测序结果设计诊断引物，建立奶牛附红细胞体感染的PCR诊断方法。结果扩增出长约1．5kbp的奶牛附红细胞体的16SrRNA基因片段；特异性试验和敏感性试验表明。所建立的PCR方法与常见支原体、细菌及原虫元交叉反应，能检测奶牛附红细胞体最低DNA量为0．145fg。通过试验结果分析，建议将奶牛附红细胞体这类血营养菌划归入支原体科、支原体属；同时，所建立的PCR诊断方法是特异、敏感、快速的，可应用于临床检测。     

兔多杀性巴氏杆菌16S rRNA PCR检测方法的建立和应用

以兔多杀性巴氏杆菌的高度保守的16S rRNA为靶基因,参考已公布的多杀性巴氏杆菌的16SrRNA基因设计1对特异性引物,优化PCR反应条件,建立了兔多杀性巴氏杆菌PCR快速检测方法。该PCR方法的敏感性达到60cfu/mL,使用建立的PCR方法扩增兔多杀性巴氏杆菌标准株和分离株均能扩增出643bp的目的片段,扩增兔大肠杆菌、支气管败血波氏杆菌结果为阴性,证明本试验所建立的兔多杀性巴氏杆菌病原PCR检测方法敏感、特异、可靠。     

兔多杀性巴氏杆菌16S rRNA PCR检测方法的建立

为建立一种快速准确检测兔多杀性巴氏杆菌(P.multocida)的PCR方法,本研究以P.multocida的高度保守的16S rRNA为靶基因,参考已公布的P.multocida的16S rRNA基因设计1对特异性引物,优化PCR反应条件,建立了P.multocida PCR快速检测方法。该PCR方法的敏感性达到60 cfu/mL,采用该PCR方法扩增P.multocida标准株和分离株均能扩增出643 bp的目的片段,扩增兔大肠杆菌、支气管败血波氏杆菌结果为阴性,证明本实验所建立的P.multocida PCR检测方法快速、敏感、特异、可靠,可用于P.multocida的快速鉴定与诊断。同时用建立的PCR方法对临床疑似病兔的脏器分离菌进行扩增,可扩增出目的条带,与细菌的分离结果相一致。     

框镜鲤致病性维氏气单胞菌双重PCR检测方法的建立

为建立快速检测框镜鲤致病性维氏气单胞菌(A.veronii)双重PCR方法,本研究以A.veronii CY0806株和国际标准株DNA为模板,分别以16S rRNA和Aer基因特异性引物进行PCR扩增,分别获得大小约880 bp和430 bp的DNA片段。通过序列比对分析,16S rRNA基因片段、Aer片段序列与GenBank中登录的A.veronii ATCC35624株的的同源性均为99%。进一步试验显示该方法的敏感性较高,达到1.58×10-3ng/μL,特异性较强,只有A.veronii标准株及分离株结果呈阳性;人工模拟污染样本试验显示:该方法的检出率达到了86.7%,高于细菌分离培养的70%检出率。双重PCR检测方法的建立,为框镜鲤致病性A.veronii的检测提供新的方法。     

牛附红细胞体单管套式PCR检测方法的建立

为快速、准确地检测出牛附红细胞体,根据GenBank上发表的牛温氏附红细胞体(Mycoplasma wenyonii)l6S rRNA基因序列(登录号AF016546)设计合成内外2对引物,建立了牛附红细胞体单管套式PCR检测方法,并进行了特异性、敏感性及应用试验。结果:建立的牛附红细胞体单管套式PCR检测方法扩增的片段大小为361 bp,与GenBank中相应序列同源性为98%,该方法扩增不出牛瑟氏泰勒虫、新孢子虫、布氏杆菌及牛无乳链球菌等基因片段,检测出标准模板DNA的最小量为1.22 fgμ/L。通过对吉林省延边地区66份血液样本的临床检测显示,单管套式PCR检出率28.8%,高于常规PCR的21.2%和鲜血压片镜检的12.1%,具有准确、特异、敏感等优点,是检测牛附红细胞体的一种新型、可靠的诊断技术。     

猪附红细胞体巢式PCR诊断方法的建立及初步应用

为建立一种更加准确、敏感的猪附红细胞体检测方法,本试验根据猪附红细胞体特异的DNA序列(AJ504999)设计2对巢式PCR引物,建立了巢式PCR检测方法。筛选该检测方法的最佳反应条件,并进行了特异性、敏感性及临床样本检测试验。结果表明,建立的巢式PCR对猪附红细胞体基因组DNA能扩增出特异性片段,而对弓形虫、链球菌、牛瑟氏泰勒虫、牛附红细胞体基因组DNA扩增反应结果均为阴性;DNA最低检测量为0.124 fg/μL;通过对55份临床样本的检测,该巢式PCR较常规PCR的阳性检出率高23.7%。本试验为猪附红细胞体病的诊断提供了一种更为特异、敏感的检测技术。     

基于16S rRNA作为基因条形码对生鲜肉品物种检测方法的建立及应用

采用并合成了1对16S rRNA基因通用引物,通过PCR方法扩增了牛、羊、鸡、猪4种动物生鲜肌肉组织的16S rRNA基因,建立了PCR检测生鲜肌肉组织样品物种来源的检测方法。利用该方法,对采自青海西宁及海西州餐饮市场的30份所谓牛羊生鲜肉样品进行PCR检测,均扩增出约422 bp长度的DNA条带,纯化测序后进行序列分析,发现其中检测出11份鲜肉样品为赝品,实为斑嘴鸭(Anas Poecilorhyncha)肉。16S rRNA作为条形码基因对生鲜肉品物种的检测具有快速、特异、敏感、准确等优点,可以作为临床上检测生鲜肉品物种的方法进行市场检测。     

羊泰勒虫不同PCR检测方法的比较

为寻求快速、有效检测羊泰勒虫的PCR方法,本试验建立了检测羊泰勒虫18SrRNA基因和表面蛋白基因的两种常规PCR方法和一种检测18SrRNA基因的半套式PCR方法,并从其敏感性和临床样本检出率等方面进行了比较。结果显示:上述方法检测羊泰勒虫基因组DNA的最小检测量分别为1.6fg/μL、16fg/μL和0.016fg/μL;检测临床样本阳性检出率分别为31.37%(16/51)、17.64%(9/51)和45.10%(23/51)。3种方法中,检测18SrRNA基因的半套式PCR方法敏感性和临床样本检出率最高,其次为检测18SrRNA基因的常规PCR方法,最后为检测表面蛋白基因的常规PCR方法。结果说明,所建立的半套式PCR方法是一种较好的羊泰勒虫检测方法。     

猪附红细胞体50S核糖体基因PCR检测方法的建立及应用

根据GenBank上最新发布的猪附红细胞体基因组序列(NC-015155)设计一对引物,并以吉林省延边地区猪附红细胞体基因组DNA为模板,建立猪附红细胞体50 S核糖体基因PCR诊断方法,通过特异性、敏感性及临床应用试验验证,快速准确的检测出猪附红细胞体.试验结果显示,建立的猪附红细胞体PCR诊断方法扩增片段大小为10...     

牛附红细胞体LAMP检测方法的建立

为建立一种快捷、灵敏的牛附红细胞体检测方法,本研究根据GenBank上发表的16S rRNA基因(登录号:AF016546)序列设计合成2对LAMP特异引物,建立了检测牛附红细胞体环介导等温扩增(LAMP)方法,并优化了LAMP的各反应条件,进行了敏感性和特异性试验。LAMP扩增产物经电泳、显色鉴定。结果显示,LAMP方法扩增牛附红细胞体产物呈特征性梯状条带,显色反应呈现绿色荧光;敏感性检测最低浓度为25.6 fg/μL;特异性试验结果显示,牛附红细胞体检测管显色后呈阳性,而猪附红细胞体、牛新孢子虫、弓形虫及牛瑟氏泰勒虫等对照组均呈阴性,说明本研究建立的LAMP方法具有灵敏、特异、快速等优点,适合于牛附红细胞体的检测。     

猪附红细胞体16S rRNA基因的序列测定和系统进化分析

从确诊为猪附红细胞体感染的猪场，无菌采集血样，抽提猪附红细胞体基因组DNA，采用真细菌的通用引物进行16S rRNA基因扩增，对扩增产物进行克隆和测序。从3个地理位置不同的猪场均成功地扩增出长度为1469bp的核苷酸序列。系统进化分析表明，3个猪场样品所测序列一致性达99．52％以上，具有相同的基因型，但与国外报道的猪附红细胞体Illinois株同源性为95％，属于同一基因群，但基因型不同；所有种类的附红细胞体和血巴尔通氏体组成同一进化分支，这类血营养菌与支原体科，支原体属的病原最靠近(75％)，而与立克次氏体目的病原较远(70％)。上述研究证实，广东所流行的猪附红细胞体是一种新基因型的猪附红细胞体，建议命名为猪附红细胞体广东株型；为反映进化关系，猪附红细胞体和其它血营养菌应划归于支原体科的支原体属。     

红霉素与四环素耐药基因在猪链球菌临床分离株中的检测

为了解临床分离的48株猪链球菌对大环内酯类药物及四环素耐药基因的分布,用微量稀释法测定48株临床分离的猪链球菌对大环内酯类、四环素、β-内酰胺类及头孢类9种抗生素的药物敏感性,建立PCR方法对耐药菌株大环内酯类耐药基因ermA/B/C、mefA/E、msrD、mphB、23S rRNA,L4,L22和四环素耐药基因tetM、tetO、tetL、tetK及与Tn916转座子相关的int和xis基因进行检测。结果表明,31株2型猪链球菌中大环内酯类药物耐药率为3.23%,17株9型猪链球菌红霉素耐药率为88.24%,泰乐菌素、磷酸替米考星、阿奇霉素的耐药率均为70.59%。48株猪链球菌对四环素均耐药,但对青霉素、阿莫西林、头孢曲松钠、氨苄西林均敏感。大环内酯类耐药基因主要以ermB为主,占75%(12/16),mefA/E、msrD占25%(4/16),16株红霉素耐药菌株中,tetM、tetO、int、xis的检出率分别为25%(4/16)、62.5%(10/16)、31.25%(5/16)和31.25%(5/16),没有检测到ermA、ermC、mphB、tetL、tetK。所有红霉素耐药菌株均未检测到23S rRNA、L4和L22突变。     

桑黄化型萎缩病病原体16S rRNA基因的序列分析

用PCR法克隆了中国桑黄化型萎缩病病原植原体的 16SrRNA基因 ,并进行了序列分析。结果表明 :克隆的基因大小为 1372bp ,与日本桑萎缩病病原植原体 16SrRNA的同源性高达 99 85 % ,只存在个别碱基的突变。Blastj检索结果显示与中国桑黄化型萎缩病病原体 16SrRNA的基因同源性高达 99%的有来源于玉米、洋葱、土豆等5 0多种其它植物的植原体 16SrRNA基因 ,表明植物萎缩病病原体 16SrRNA基因具高度保守性。     

猪附红细胞体PCR检测方法的建立和初步应用

基于猪附红细胞体广东株16S rRNA基因的序列特点，设计合成种特异性引物，建立了猪附红细胞体PCR检测方法。该方法能特异性扩增523bp的猪附红细胞体16SrRNA基因片段，而对猪丹毒杆菌G4T10株、猪链球菌STl71株、多杀性巴氏杆菌E0630株、猪胸膜肺炎放线杆菌、猪肺炎支原体、鸡毒支原体和猫血巴尔通氏体CA株的基因组DNA没有扩增带出现。对猪附红细胞体基因组DNA的最小检测量为160pg。通过对38份临床样品的检测，8份为猪附红细胞体感染阳性，其余为阴性。结果表明，建立的PCR检测方法具有极高的敏感性和特异性，可用于急性猪附红细胞体病和临床健康带菌猪的诊断。     

猪附红细胞体单管巢式PCR诊断方法的建立及应用

根据GenBank上发表的猪附红细胞体16S rRNA基因序列(登录号U88565)设计合成2对引物,建立了猪附红细胞体单管巢式PCR诊断方法,经酶切分析、单管巢式PCR进一步鉴定后进行序列测定,并与血涂片染色镜检、常规PCR进行了比较。结果:扩增的猪附红细胞体基因序列与GenBank中发表的猪附红细胞体基因序列(U88565)同源性为96%;特异性试验表明,设计的引物不能扩增弓形虫、链球菌、大肠杆菌、葡萄球菌及羊附红细胞体等病原体;敏感性试验表明,单管巢式PCR诊断方法最低能够检测出0.116 fg的标准模板DNA。通过对75份血液样本的检测表明,建立的单管巢式PCR方法明显优于血涂片染色镜检法及常规PCR方法,具有较高的敏感性和实用性。本试验建立的单管巢式PCR诊断方法具有特异、敏感、实用等优点,为猪附红细胞体的检测提供了一种新型、可靠的诊断技术。