山药组织总RNA提取方法的比较与分析

采用异硫氰酸胍一巯基乙醇联合变性法、Trizol法和CTAB—LiCl法等3种方法,分别对山药叶片和块茎进行总RNA提取效果进行了比较。结果表明,Trizol法难以提取RNA,异硫氰酸胍-巯基乙醇联合变性法提取RNA效果不理想,存在DNA污染,这2种方法不适合于富含多糖类物质的山药组织总RNA的提取;CTAB-LiCl法提取叶片和块茎组织总RNA质量高、完整性好、成功率高,可作为山药类植物总RNA提取的首选方法。     

四种类型竹种竹叶总RNA提取方法的比较研究

为探索适合不同类型竹种竹叶总RNA的提取方法,本研究选取合轴丛生型竹种勃氏甜龙竹、合轴散生型竹种云南箭竹、单轴散生型竹种毛竹、复轴混生型竹种巴山木竹为代表,提取其心叶的总RNA,通过琼脂糖凝胶电泳检测RNA的完整性,利用超微量紫外分光系统检测RNA的纯度和浓度,比较自配TRIzol试剂法、商品化TRIzon试剂法、RNA提取试剂盒法、改良十六烷基三甲基溴化铵（CTAB）法四种方法提取的竹叶总RNA的质量、纯度和提取成本的差异。结果表明,自配TRIzol试剂法可以提取出质量好、浓度高的竹叶总RNA,且提取成本较低;商品化TRIzon试剂法提取的总RNA质量及浓度仅次于自配TRIzol试剂法,提取成本稍高;而RNA提取试剂盒法和改良CTAB法无法提取出高浓度的竹叶总RNA。本研究结果为竹类植物更深入的分子生物学研究提供了一定的基础,并为其他竹类植物总RNA的提取提供了参考依据。     

一种简单有效的提取马铃薯块茎总RNA方法

对于块根、块茎和果实等富含淀粉、多糖的特殊材料,应用常规方法提取RNA,存在产量低、淀粉和多糖污染严重等问题（Logemann et al.,1987）.本研究采用马铃薯块茎为材料,通过改进变性液和抑制多酚氧化等环节,建立了一个改良的RNA抽提方法,有效的解决了在马铃薯块茎总RNA抽提过程中多糖污染和酚氧化等问题.……     

谷子种子高质量总RNA提取方法的优化

为得到高质量的谷子种子RNA,本研究以5个不同谷子品种为材料,对RNAiso Plus法、改良RNAiso Plus法、CTAB法提取的RNA进行质量和纯度的比较。结果表明,改良RNAiso Plus法提取的总RNA完整性、纯度、浓度均优于其他2种方法提取的总RNA,5个不同谷子品种和不同萌发时期的谷子均可用改良RNAiso Plus法提取出高质量、完整性好的RNA,所得RNA产物可用于构建cDNA文库和转录组测序等后续试验。本研究为禾谷类植物种子的总RNA提取提供了一定的参考,也为谷子种子后续的分子生物学试验奠定了基础。     

海产品中副溶血弧菌PCR检测方法的建立与评价

副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)是引起食源性疾病的一种重要致病菌,但是目前法定的副溶血弧菌检测方法仍采用传统培养方法,操作繁琐、耗时。本研究从Kim et al.(1999)报道的副溶血弧菌toxR基因中找出一段特异性高的序列设计PCR引物,期望建立一种特异性高、快速和灵敏的副     

土壤微生物总DNA提取方法的比较

采用4种土壤DNA提取方法提取了5种类型土壤的微生物总DNA，并对4种提取方法的DNA提取效果进行综合分析，进一步通过PCR—DGGE扩增提取DNA中的细菌16S rDNA片段，并对扩增产物进行DGGE电泳分析。结果表明，SDS-高盐缓冲液法抽提的DNA得率最高，SDS-酚氯仿抽提法的DNA得率最低。DNA的纯度，以BIO-101 DNA Extraction Kit试剂盒法最高，改进试剂盒法纯度最低。通过PCR-DGGE分析土壤微生物多样性结果表明，BIO-101 DNA Extraction Kit试剂盒法提取的DNA代表的微生物多样性最全，而SDS酚氯仿法抽提的DNA代表性最差。     

副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)极鞭毛蛋白FlaB基因的克隆与序列分析

鱼类已经具有特异性免疫系统,在抗原的刺激下能产生IgM类免疫球蛋白,因此利用疫苗对鱼类病害进行免疫防治是比较理想的途径.     

杏花柱组织总RNA的提取方法

本课题组长期从事于自交亲和杏的育种工作，到2005年为止，已经选育出山农凯新l号等多个自交亲和杏品种（Chert et al．，2005），为了进一步研究杏自交不亲和性基因的表达特性，本实验参考多种方法（Koonjuleta1．，1999；Suzukieta1．，2001；Xu et a1．，2004；Zhang et a1．，2004），比较摸索了一条经济、便捷、产率高的提取杏花柱RNA的方法，并已成功的用于RT-PCR及相关基因的克隆和定量表达研究。     

苹果属植物总RNA有效、快速提取方法*

苹果属植物含有大量的多糖及酚类物质,由于这些物质的干扰,使用常规的植物组织总RNA分离方法,在质和量上常常不能满足要求;而采用CTAB原法[1,2],由于在提取液中加入了螯合剂聚乙烯吡咯烷酮(PVP),则降低核酸的得率.     

甘蔗茎RNA提取方法的比较

以甘蔗茎为材料,分别用异硫氰酸胍法与Trizol提取法,比较从蔗汁、蔗渣和汁渣混合物匀浆中提取甘蔗茎总RNA的效果。结果表明,从蔗汁和汁渣混合物匀浆中提取到28S rRNA、18S rRNA和5S rRNA,而蔗渣中仅提取到5S RNA;蔗汁中提取的mRNA,其转录水平可代表甘蔗茎mRNA的转录水平;异硫氰酸胍法提取的蔗汁总RNA纯度和产量均优于Trizol提取法的。     

大青杨基因组DNA提取方法的比较

本研究采用改良SDS法、常规CTAB法和改良CTAB法(1.5×CTAB,2×CTAB,3×CTAB)提取大青杨基因组DNA,并用紫外光普分析、凝胶电泳、限制性内切酶消化和RAPD方法进行鉴定。结果表明:5种方法中,改良SDS法DNA提取率最高,但CTAB法比改良SDS法提取获得的DNA纯度高,OD260/OD280为1.73～1.81。与常规CTAB法比较,改良SDS法和改良CTAB法能有效去除蛋白、多糖、酚类及次生代谢物质。综合分析确定改良2×CTAB法为大青杨基因组DNA的最佳提取方法。     

利用环介导等温扩增技术快速检测水产品中的副溶血弧菌

副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)是一种重要的食源性致病菌。首次将环介导等温扩增技术（Loop-Mediated Isothermal Amplification, LAMP）应用于副溶血弧菌的快速检测。针对副溶血弧菌不耐热溶血毒素基因（tlh）设计四条特异性引物,建立了副溶血弧菌LAMP检测方法,1 h即可完成。对12种细菌共28株菌进行LAMP扩增,仅副溶血弧菌得到阳性结果,证明引物具有很高的特异性;副溶血弧菌基因组DNA和纯培养物的检测灵敏度分别为90 fg/LAMP反应体系和24 cfu/mL,对模拟食品样品进行直接检测,检测限为89 cfu/g;对40份水产样品进行检测,8份副溶血弧菌LAMP阳性,其中6份传统培养阳性。本研究表明,该方法检测副溶血弧菌特异性强、灵敏度高,并且操作简便、快捷、检测成本低,有望发展成为快速检测副溶血弧菌的有效手段。     

大白菜花蕾总RNA有效、快速提取的方法

植物细胞壁厚实且成分复杂,细胞内富含单宁、萜烯、色素、酚等次生代谢物以及蛋白质、多糖等生物大分子,这些物质不但影响提取RNA效率,而且干扰之后的逆转录、酶切实验操作(李宏和王新力,1999)。不同植物、不同组织或不同生理状态下的植物材料其细胞与组织的成分各不相同,因此,     

蔺草基因组DNA提取方法的比较研究

以16个蔺草品种实生苗和4个蔺草品种组培苗为材料,探讨了CTAB改良法与DNA试剂盒法对蔺草基因组DNA提取质量的影响。结果发现,对于同一品种而言,CTAB改良法提取获得的DNA A260nm和OD值远低于试剂盒提取法,前者的DNA浓度仅为0.65~4.90μg/ml,而后者则为5.10~32.80μg/ml,后者为前者的1.6~21.2倍。这表明试剂盒提取法更适合于蔺草基因组DNA的提取。试验还发现提取材料对基因组DNA的质量有显著影响,蔺草组培苗优于实生苗。     

一种简易快速鉴定动物组织总RNA质量的方法

通过一系列的对比实验发现,RNA电泳检测效果不仅与凝胶孔径大小和稀释与否相关,而且也与电泳时间长短和RNA上样量的多少有关。建立了一套可方便快捷地鉴定动物组织总RNA质量的方法,即在孔径宽度为7 mm的1.2% 琼脂糖凝胶上,仅需取3~5 μg 总RNA,加6×RNA上样缓冲液混合并用无RNase的灭菌双蒸水稀释到一定体积后上样,电泳15~30 min即可准确地鉴定RNA的质量。经实践证明,该方法实用性强,重复性好,具有良好的推广应用价值。     

脂肪组织RNA提取的三种方法比较与改进

脂肪组织单位体积细胞数少,且单位细胞富含脂类RNA含量相对较少（Mersmann,2002）,这增加了从脂肪组织提取RNA的难度.本研究以脂肪组织为材料,比较了几种商品化的总RNA提取试剂盒,优化和改进某些提取步骤,从而得到了符合实验要求的总RNA.     

十字花科黑腐病菌RNA提取与质量鉴定

十字花科黑腐病菌,学名野油菜黄单胞菌野油菜致病变种（Xanthomonas campestris pv.campestris,简称Xcc）,是一类γ-变形菌纲的革兰氏阴性细菌,能在世界范围内侵染十字花科植物,给农业生产造成重大损失。RNA是分子生物学的主要研究对象之一,提取高质量的RNA是研究十字花科黑腐病菌基因表达调控机理的基础。由于Xcc能产生大量胞外多糖及黄单胞色素,且细菌RNA半衰期较短,目前尚缺少一种大量提取Xcc高质量RNA的有效方法。该研究在参考多种RNA提取方法的基础上,建立了一种简单、有效的适合十字花科黑腐病菌RNA的提取方法。得到的RNA样品经过紫外分光光度法和甲醛变性凝胶电泳检测,证实为完整、均一的总RNA,达到了表达谱分析及cDNA文库构建的要求。     

大黄鱼肿瘤坏死因子受体基因(TNFR)的克隆及其在各组织和副溶血弧菌感染下的表达

肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)与肿瘤坏死因子受体(TNF receptor,TNFR)超家族在机体的先天免疫和获得性免疫方面都发挥重要作用。本研究从本实验室构建的大黄鱼(Larimichthys crocea)EST(expressed sequence tag)数据库中筛选出TNFR(LcTNFR)基因片段,利用SMART-RACE技术克隆出大黄鱼LcTNFR基因cDNA全序列,全长2 016 bp,其中5'非翻译区(untranslated region,UTR)64 bp,3'非翻译区602 bp,开放阅读框(open reading frame,ORF)1 350 bp。ORF编码449个氨基酸(GenBank登录号:KF432416)。预测的蛋白质等电点为5.47,分子量为49.7 kD。对LcTNFR蛋白三维结构进行分析发现,其含有6个α螺旋,不含β折叠。Blast比对分析显示,与斑马宫丽鱼(May landia zebra)的TNFR 10B-like氨基酸序列一致性最高,达74%;与斑马鱼(Danio rerio)卵巢型TNFR一致性较高,达51%;与鲫鱼(Carassius auratus)TNFRⅠ的一致性为47%。鱼类TNFR进化树分析进一步表明,LcTNFR与TNFR 10B-like、TNFRⅠ及卵巢型TNFR聚为一大支。荧光定量PCR结果显示,TNFR基因在大黄鱼各组织中均有表达,在卵巢的表达水平最高,显著高于精巢及其它组织;其次在免疫相关组织脾脏也有较高的表达。副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)感染后的第2天和第4天,LcTNFR基因在大黄鱼脾脏组织中的表达量达到最高,显著高于对照组(P0.05),到第8天逐渐回落到对照组水平。本结果可为大黄鱼免疫学研究及抗病相关分子标记的开发提供参考依据。     

梨花柱RNA提取方法

在一步法和酚-SDS法两种最基本方法的基础上进行了许多改进，成功地从多种植物的叶、根等组织中提取出高质量的RNA。然而，不同植物种类、同一植物不同组织、甚至不同基因型植物的同一组织RNA的提取方法都可能存在差异。我们应用这些方法也未能从自交不亲和性(self-incompatibility，SI)梨花柱中获得可用于进一步实验的RNA。本实验从富含RNase和酚类化合物的组织中提取RNA，探讨简便和有效的总RNA提取方法，为深入开展相关研究奠定基础。     

改良CTAB法从采后荔枝（Litchi chinensis Sonn.）果皮中提取总RNA

成熟荔枝果实的果皮中多酚、花色素苷、多糖、蛋白质等物质含量较高。内源RNAase活性也上升，使得从中提取高质量RNA较为困难。丁晓东0999）、张以顺等（2004）曾分别探索了从荔枝果实组织中提取总RNA的方法。但用这些方法都不能从荔枝果皮中得到高产率或高质量的总RNA。在综合比较多种方法的基础上。本实验对CTAB法（山蓝等，2002）作了改良．成功地从采后荔枝果皮中提取了可用于反转录的RNA。