大麦SSR标记遗传多样性及其与农艺性状关联分析

【目的】分析大麦亲本材料的遗传多样性,寻找与部分农艺性状相关联的分子标记,为大麦杂交组合的配置及分子标记辅助育种提供依据。【方法】利用86个SSR标记对113份大麦亲本材料进行多态性扫描,并进行遗传多样性分析。挑选57个标记进行群体遗传结构分析,在此基础上采用Tassel 2.1 GLM（general linear model）和MLM（mixed linear model）方法进行标记与农艺性状的关联分析。【结果】86个标记共检测出200个等位变异,变异范围为1—5个;基因频率的变异范围为0.0088—1.0000,Shannon指数变异范围为0.0000—1.2236;遗传相似系数（GS）变异范围在0.5504—0.9897,平均值为0.7477。通过群体遗传结构分析将供试材料分为4个亚群。以GLM分析,发现9个与株高、穗长、芒长、穗粒数和小穗着生密度相关联的标记,各标记对表型变异的解释率在0.0507—0.2766;以MLM分析,发现6个与株高、芒长和小穗着生密度相关的标记,各标记对表型变异的解释率在0.0238—0.1999。【结论】利用SSR标记分析了113份大麦亲本材料的遗传多样性及群体遗传结构,并通过2种关联分析模型,分别寻找到了9个与株高、穗长、芒长、穗粒数相关联,6个与株高、芒长和小穗着生密度相关联的标记,这些标记位于1H、2H、3H、4H和7H染色体。     

基于SSR分子标记的154份桃品种遗传多样性分析

利用简单重复序列(SSR)分子标记对桃种质资源的遗传多样性和群体结构进行分析,构建桃品种的分子数据库,为桃品种的鉴定提供技术依据。利用10个SSR标记对154份桃品种进行指纹采集,通过聚类分析和群体结构分析研究其遗传多样性。结果表明,10对SSR引物共检测出140个等位变异,变异范围为8～27;共获得304个基因型,变化范围为17～59;引物多态性信息含量(PIC)变化范围为0.510 9～0.824 2,申请品种保护和登记的品种遗传多样性较已知品种低。根据Nei’s遗传距离进行非加权组平均法(UPGMA)聚类分析,供试品种可划分为5个大类,各品种间的遗传距离在0.029 3～1.000 0之间,其中2对品种未区分开。对供试品种进行群体结构分析,发现可以划分为4个亚群,大部分材料的亲缘关系比较单一。方差分析结果表明,10%的遗传变异来自群体间,72%的遗传变异来自群体内部,群体内的变异大于群体间。154份桃品种的遗传多样性水平适中,群体间的遗传分化程度处于中等水平,同一育种单位的品种遗传距离较近。研究结果可为不同类型桃育种创新、分子指纹数据库的构建及品种鉴定提供参考依据。     

长江中下游流域13个克氏原螯虾群体遗传多样性和遗传结构分析

用8个SSR(simple sequence repeats)分子标记分别对我国长江中下游流域的13个克氏原螯虾野生群体的等位基因数(Na)、期望杂合度(He)、观测杂合度(Ho)、多态性信息含量(PIC)、Hardy-Weinberg平衡指数与遗传距离等进行研究。结果显示:各群体不同标记位点的等位基因数为3～5个,平均期望杂合度、平均观测杂合度与多态性信息含量分别分布在0.37～0.57、0.23～0.48与0.40～0.56,表明在这些群体中存在较丰富的遗传多样性。群体遗传距离聚类分析得出:13个克氏原螯虾群体初步分化为3个类群,分别为以太湖(TH)与鄱阳湖(PYH)为代表的类群,以重庆与巢湖为代表的类群和以洪湖、洞庭湖与洪泽湖等为代表的类群。以上结果表明我国具有遗传多样的克氏原螯虾种质资源。     

利用荧光SSR分析中国糜子的遗传多样性和群体遗传结构

【目的】利用荧光SSR研究中国糜子的遗传多样性与群体遗传结构,为糜子品种改良、种质创新和资源利用提供依据。【方法】用不同地理来源且表型差异较大的6份糜子材料对SSR引物进行筛选,通过变性聚丙烯酰胺凝胶电泳获得条带清晰、稳定性好、多态性高的糜子SSR引物,对筛选出的引物5′末端进行6-FAM、HEX、ROX和TAMRA荧光标记,利用基因分析仪检测不同等位变异的扩增片段大小,并以此来分析131份糜子材料的遗传多样性和群体结构。【结果】从202对SSR引物中共筛选出22对扩增稳定、多态性好的SSR引物,能同时适用于传统变性PAGE胶电泳和荧光SSR标记-全自动分析检测技术。22对SSR引物共检测出128个主要等位变异,平均每个位点5.82个;基因多样性指数变化范围为0.3572—0.8132,平均0.6284;多态性信息含量为0.2934—0.8150,平均0.5874;Shannon多样性指数为0.5427—1.7681,平均1.2062。不同生态区糜子种质间遗传距离的变化范围为0.0764—0.7251,平均0.3121,遗传一致度的变化范围为0.4843—0.9265,平均0.7465。其中,北方春糜子区和黄土高原春夏糜子区的遗传距离最小,遗传一致度最高,亲缘关系较近。UPGMA聚类分析显示,北方春糜子区和黄土高原春夏糜子区的材料聚为一类,个体间聚类,东北春糜子区的育成品种和农家种聚类结果一致,黄土高原春夏糜子区的育成品种在多个组群中都有出现。通过绘制K与△K的关系图,K=4时,△K最大,据此将131份糜子材料划分为4个类群,类群Ⅰ代表北方春糜子区;类群Ⅱ主要来自东北春糜子区;类群Ⅲ主要是北方春糜子区,群组Ⅳ主要是黄土高原春夏糜子区。各群体中大部分品种亲缘关系单一,少数品种含有其他组群的遗传成分。基于遗传距离的聚类分析与群体遗传结构分析结果基本一致,表明糜子的遗传差异与地理来源相关。【结论】北方春糜子区和黄土高原春夏糜子区的遗传多样性比较丰富,东北春糜子区的育成品种主要以农家种为遗传背景选育而来,黄土高原春夏糜子区在育种过程中引种资源广泛,与其他生态区存在基因交流。     

不同类型玉米种质群体的SSR遗传多样性分析

利用SSR标记对人工合成群体、地方种质群体和热带、亚热带群体等3种不同类型群体进行遗传多样性分析,26对SSR引物在供试群体内共扩增出184个等位位点.多态性位点数、多态位点比例、基因型数以及遗传距离等分析表明,三类群体均具有较丰富的遗传变异,且热带、亚热带群体内个体间的遗传距离大于地方种质群体和人工合成群体.这一结果说明热带、亚热带群体内的遗传变异较大,面人工合成群体与地方种质群体内的遗传变异则相对较小且基本相当.     

图们江下游地区野生大豆遗传多样性分析

利用9对多样性较高的SSR引物分析来自图们江下游地区的36份野生大豆材料的遗传多样性．结果表明,36份材料中,共检测到111个等位基因,每对引物检测出5（8att141）～16个（Satt157）,平均每个位点12．3个,平均多态性信息含量（PIC）为0．821,说明图们江下游沿岸的野生大豆具有比较丰富的遗传多样性．聚类分析结果表明,SSR分子标记的结果与品种的地理来源及特性有一定的联系．     

陇南地区小麦条锈菌群体遗传多样性SSR分析

 【目的】甘肃陇南地区是小麦条锈菌最主要和最大的越夏区,本研究的目的是分析该地区的小麦条锈菌自然群体的遗传结构,探索其分子遗传变异规律。【方法】采用TP-M13-SSR 荧光标记技术,对甘肃省陇南地区8个种群409个小麦条锈菌分离株基因组DNA进行SSR标记分析。【结果】陇南地区小麦条锈菌的观察等位基因数（Na）为1.95,有效等位基因数目（Ne）为1.43,Nei's (1973)基因多样性指数（H）为0.27,Shannon 信息指数(I)为0.41。武都、文县和秦城种群遗传多样性较高,徽县、成县和西和种群相对较低。AMOVA分析结果表明,小麦条锈菌群体间和群体内都存在着一定的遗传分化,群体间的遗传变异占总变异的12.5%,群体内遗传变异占87.5%。地区间的基因流Nm =1.83。【结论】陇南地区小麦条锈菌群体遗传多样性很丰富,但地区之间有一定的差异;群体遗传变异主要存在于群体内部,不同地区间存在基因的交流和病原菌的移动。     

新疆长绒棉种质资源遗传多样性SSR分析

[目的]利用SSR分子标记对新疆长绒棉种质资源材料进行基因组检测及遗传多样性分析.[方法]从39对SSR核心引物中筛选多态性好而且稳定的34对,对19个长绒棉材料基因组进行检测,用NTSYS-pc 2.11e软件遗传多样性分析.[结果]34对引物共扩增出108个多态性条带,平均每个引物为3.17个.共检测出160个等位基因,变异的多态信息含量(PIC)在0.1～0.89.材料间的遗传相似系数在0.635 ～0.933,平均相似度为0.784.遗传相似系数阀值在0.69时,可把19个材料分为5个类群.大部分新疆自育品种和部分中亚及埃及资源材料聚类在第2类群中.[结论]材料聚类与资源来源相吻合,材料遗传相似度较高,遗传差异不大,遗传基础狭窄.     

浙南地区小麦育种亲本材料遗传多样性的SSR分析

为了明确浙南地区小麦育种亲本资源的遗传多样性,利用分布于小麦21条染色体上的88对SSR引物对48份小麦品种资源基因组DNA进行扩增,结果显示:其中有27对引物在48份材料之间具有稳定的多态性,共检测出159个等位位点,每对引物等位位点数为2～9个,平均为5.89个.位点多态信息含量(PIC)变幅为0.117 ～0.850,平均为0.652.48份小麦品种(系)间遗传相似系数(GS)变幅为0.68～1.00,品种资源间的遗传多样性较低.采用非加权类平均法进行聚类分析,在相似系数0.75处,可将48份小麦品种(系)分为6大类群,在一定程度上反映了品种资源之间的亲缘关系.     

玉米种质资源遗传多样性分析

利用SSR标记技术对不同地区的383份玉米材料进行遗传多样性分析,通过非加权平均法(UPGMA)对材料进行聚类分析,将玉米材料进行优势类群的划分与归类。结果表明,通过26对扩增带型稳定的SSR引物,从材料中共检测出117条等位基因变异,每对引物检测的等位基因数为2～8个,平均4.5个,每对引物的多态性信息量为0.371～0.846,平均0.647。通过聚类图分析,可将供试玉米材料划分为6类。从而为今后育种实践有目的地选择亲本,拓宽遗传基础培育玉米新品种提供技术支撑。     

普通野生稻遗传多样性分析

为了扩大水稻杂交育种中亲本的选择、改变目前遗传基础狭窄的状况,试验选用分布于水稻基因组的12条染色体上的30对SSR引物,对国内外的20份普通野生稻进行遗传多样性研究。结果显示,试验选取的30对SSR引物均具有多态性,多态性位点百分率为100%;这些多态性引物在20份材料中共扩增出220条多态性带,平均每对SSR引物可检测到3～11个等位基因,平均每个位点7.3条。Nei遗传距离及系统聚类和带型分析结果表明,在Nei遗传距离为1.3处可将20份材料分为3个类群,即2个国外群体和1个国内群体;同一生态型的稻种基本聚为一类,个别不同生态型的稻种由于品种间的基因交流,具有相对较近的亲缘关系。说明SSR是一种进行遗传多样性研究切实有效的方法;育种亲本的选择不能仅仅依据生态型。     

新疆小麦地方品种遗传多样性的SSR分析

为了评价新疆小麦地方品种的遗传多样性,利用42对SSR引物对75份新疆小麦地方品种进行遗传多样性分析。结果表明：在75份地方品种中42个SSR位点共检测到317个等位变异,等位变异变化范围为2~15个,平均7.55个;多态性信息指数(PIC值)变化范围为0.169~0.905,平均0.696。基因组的平均等位变异是D＞B＞A,遗传多样性指数为B＞D＞A。聚类分析表明75份供试新疆小麦材料可划分为3大类8亚类,聚类结果与材料的生态型密切相关,冬小麦地方品种和春小麦地方品种分别归属不同的类或亚类,春小麦地方品种的遗传多样性高于冬小麦地方品种,同时也反映了一定的地域特性。总之,新疆小麦地方品种具有丰富的遗传多样性,可用以拓宽育成品种的遗传基础。     

新疆早熟陆地棉种质资源遗传多样性分析

[目的]利用SSR分子标记对北疆早熟陆地棉部分种质资源材料进行基因组分子检测并进行遗传多样性研究,从分子水平上揭示遗传性关系.[方法]从39个SSR核心引物中筛选多态性好且稳定的24对引物在43份北疆早熟陆地棉种质材料进行分子检测,利用NTSYS-pc 2.11软件进行遗传相似性及聚类分析.[结果]共扩增出71个多态性条带,平均每个引物为2.84个条带,扩增98个等位基因.变异的多态信息含量(PIC)在0.12 ～0.80.43份资源材料成对遗传相似系数变化范围在0.458～0.944,其中63.75;的材料遗传相似系数在0.500 ～0.696,35.71;的材料遗传相似系数在0.700～0.944.根据UPGMA聚类分析,遗传相似系数在0.58时,可将43份材料聚类为2类群.[结论]43份资源材料中大部分材料成对间相似度较高,遗传性差异较小,遗传基础较狭窄.     

云南水稻种质资源的遗传多样性及群体结构分析

利用SSR分子标记对覆盖云南16个州(市)的908份水稻种质资源进行遗传多样性及群体结构分析。结果表明,22对SSR标记共检测到193个等位基因,每对标记的等位基因数为4～18,平均8.78;主要等位基因的频率为0.204 8～0.794 1,平均0.380 3;基因多样性指数为0.347 7～0.887 6,平均0.730 7;多态信息含量为0.320 2～0.877 7,平均0.698 6。以地理来源进行分类并分析其遗传多样性,结果表明,云南水稻种质资源在不同州(市)间的遗传差异较大,其中普洱市水稻种质资源的多态性位点数、多态性位点百分率、观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s遗传多样性及Shannon’s指数最高,而迪庆州和楚雄州相对较低,说明普洱市水稻种质资源的遗传多样性最丰富,而迪庆州和楚雄州相对较低;遗传距离和遗传一致度分析表明,普洱市与西双版纳州水稻种质资源的遗传距离最小、遗传一致度较高,亲缘关系最近,而昆明市与楚雄州水稻种质资源的遗传距离最大、遗传一致度较低,亲缘关系最远。遗传分化分析显示,908份水稻种质资源的遗传变异主要来源于种质内个体间,且种质间的基因流为2.838 8,该值大于1,说明云南水稻种质资源间存在频繁的基因交流现象;NJ聚类分析、PCA主成分分析及Sturcture群体遗传结构分析均将供试材料分为2大类群,其中NJ聚类分析和PCA分析又在2大类群的基础上分为4个亚群,908份云南水稻种质资源并没有按照地理来源进行聚类,交错分布于各个类群中。表明云南水稻种质资源具有极其丰富的遗传多样性,且不同州(市)水稻种质资源的遗传差异较大,将为今后水稻新品种选育提供宝贵的资源材料。     

加工型马铃薯实生群体的SSR鉴定与遗传多样性分析

【目的】对四倍体马铃薯F1群体杂种的真伪性进行SSR分子标记鉴定,并对群体与其亲本的遗传多样性进行分析,为加工型马铃薯新品种的选育、种质创新和遗传改良提供理论依据。【方法】将淀粉加工型马铃薯品种天薯10号与炸条加工型品种克新17号进行杂交,获得227份F1群体基因型(KT-1~KT-227)。采用轮筛法从70对马铃薯SSR引物中筛选扩增条带清晰、差异性较强、具有双亲特异条带的引物,利用筛选出的引物分析227份马铃薯杂交后代单株的杂种真伪性和遗传多样性,利用NTSYS-pc 2.1软件分析群体和亲本的遗传关系。【结果】共筛选出7对特异性引物,分别为S180、STI049、STI019、STI005、STI024、STG0016和STI007。7对引物相互补充鉴定出227份株(系)均为真杂种,真杂种率为100.0%。在引物STI019、STG0016、STI005、STI007的扩增结果中,分别有70,58,20和18份单株出现了双亲都没有的新条带,7对引物扩增结果中均出现不同数量单株亲本位点的缺失。供试材料间的相似系数为0.54~1.00,表明供试材料间遗传差异较大,遗传多样性比较丰富。UPGMA聚类分析结果表明,在相似系数为0.62时,基因型KT-150单独聚为第Ⅰ大类,占F1群体的0.44%;其余228份材料聚为第Ⅱ大类;在相似系数为0.67时,第Ⅱ大类又分为2类:第1类偏向父本克新17号,共74份株(系),占F1群体的32.60%;第2类共152份株(系),占66.96%。在相似性系数为0.69时,第Ⅱ大类第2类又分为2个亚类,第1亚类偏向母本天薯10号,共142份,占62.56%,表明F1群体表现为偏母遗传;第2亚类只有10个单株,占F1群体的4.41%。在相似性系数为0.73时,第Ⅱ大类第2类第1亚类又分为2个亚亚类,第1亚亚类67份株(系),第2亚亚类75份株(系)。【结论】KT-150、KT-95、KT-223、KT-97、KT-214、KT-227、KT-234、KT-119、KT-121、KT-205和KT-207这11份基因型与亲本及其他基因型之间相似性较小,重组变异率较高,有望进一步筛选出综合性状优良的加工型马铃薯株(系)。     

SSR标记分析谷子遗传多样性

简单重复序列(SSR)是进行遗传多样性研究的一种有效分子标记。选用来自山西、西藏、黑龙江等省区的品种共96份,利用SSR分子标记技术,引用小麦的SSR引物进行扩增,采用聚类分析方法对供试材料进行了遗传多样性分析。从100多对引物中筛选到5对有多态性、扩增稳定、重复性好的引物,34个多态位点的平均PIC值为0.7324,96份材料被聚成5大类。     

黄淮夏大豆遗传多样性分析

 利用 4 9对SSR引物和 14个农艺性状对 96份黄淮夏大豆进行遗传多样性分析 ,以了解黄淮夏大豆产区的资源多样性状况 ,为种质资源的利用和开发提供帮助。结果表明 ,SSR的遗传多样性指数的分布范围为 1.0 70 0～2 .7310 ,Simpson指数分布范围为 0 .5 313～ 0 .92 0 3;14个农艺性状的遗传多样性指数平均值为 1.1912 ,Simpson指数的平均值为 0 .6 0 79,可见黄淮夏大豆具有丰富的遗传变异。 96份材料的农艺性状和分子数据聚类结果均呈现一定的地理分布规     

玉米自交系遗传多样性的SSR分析

对33个不同来源的玉米自交系的遗传多样性进行SSR分析,其结果为,自交系间遗传距离在0.1763-0.9490,平均为0.3228。除贞367遗传距离为大于0.90外,其他32个的遗传距离均小于0.51,表明玉米自交系间遗传基础狭窄。33个自交系的遗传距离按类平均法可聚为6类,其中Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ类又分为两个亚类。提高玉米的杂种优势利用水平,必须丰富亲本的遗传基础,扩大其遗传差异。     

板栗品种线粒体SSR遗传多样性分析

本试验通过对来自水稻和马铃薯的16对具有多态性的线粒体SSR引物进行筛选,得到2对适用于板栗的具有多态性条带的线粒体SSR引物。利用这2对多态性引物对76个板栗品种进行遗传多样性分析。结果表明2个多态性SSR位点检测到4个等位基因,平均每个位点产生2.0个等位基因。应用NTSYS2.10软件中的UPG-MA方法,对数据进行聚类分析,获得板栗资源线粒体SSR聚类图。结果表明:在相似系数0.15处可以将板栗种质资源按亲缘关系分成3组。