基于qPCR技术快速检测青枯劳尔氏菌5号生理小种的方法

由青枯劳尔氏菌(以下简称青枯菌)5号生理小种(Ralstonia solanacearum race 5)引起的桑青枯病是桑树的重大病害。采用荧光定量PCR(qPCR)技术对病原菌进行早期检测,为病害的预测预报及有效防控提供依据。从青枯菌差减基因文库筛选一对引物RS72F/RS312R,经PCR扩增试验及qPCR产物的熔解曲线分析验证其可特异性地扩增出青枯菌5号生理小种241 bp的基因片段。建立的qPCR标准曲线显示:以青枯菌5号生理小种基因组DNA为模板,在10-4~102 ng/μL范围内,DNA质量浓度的对数值与扩增Ct值呈现良好的线性关系,线性方程为y=-2.747x+21.834,R2=0.993;以青枯菌5号生理小种菌液为模板,在103~107 CFU/mL范围内,菌液浓度的对数值与扩增Ct值呈现良好的线性关系,线性方程为y=-3.418x+45.447,R2=0.998。应用建立的qPCR检测方法对经青枯菌5号生理小种菌液处理的土壤样品进行检测,结果显示可检测出自然环境中存在的低于致病浓度的病原青枯菌,且用菌液处理灭菌土壤和不灭菌土壤的样品间青枯菌检测的Ct值无显著差异。建立的检测方法具有特异性强、灵敏度高、可定量的特点,适用于由青枯菌5号生理小种引起的桑青枯病的早期检测诊断     

山羊伪结核棒状杆菌PMA-PCR检测方法的建立

本试验旨在建立伪结核棒状杆菌的活菌检测方法,为临床检测及疫病防控提供理论依据。利用PMA可选择性穿透死菌细胞膜,在强光作用下与死菌DNA共价交联,阻止以其DNA为模板的PCR扩增这一原理,将PMA与PCR鉴定相结合,并对PMA最佳曝光时间、最适工作浓度进行优化,建立伪结核棒状杆菌PMA-PCR活菌检测方法,并对其特异性进行分析。结果表明最佳曝光时间为15 min,PMA能够完全抑制死菌PCR扩增的最低浓度为20μmol/L,不抑制活菌PCR扩增的最大PMA浓度为30μmol/L。特异性试验结果显示,仅伪结核棒状杆菌可扩增出目的条带,而在链球菌、多杀性巴氏杆菌中未扩增出目的条带。对不同比例的死/活菌检测发现,该方法可以有效针对活菌进行检测,活菌的最低检测浓度为1×104 cfu/mL。本研究为伪结核棒状杆菌的活菌检测提供了一定的理论依据,也为由伪结核棒状杆菌诱发的山羊疫病防控奠定了基础。     

PMA结合定量PCR方法检测食品中活性志贺菌的研究

为了解决PCR技术不能有效鉴别食品中细菌的死活状态,试验采用叠氮溴化丙锭(PMA)结合定量PCR技术建立食品中志贺菌的活菌检测方法。结果表明:样品中添加浓度为10~20μg/mL的PMA,经过3~5 min强光照射处理,使PMA与细胞膜受损细菌中的DNA共价交联,同时水解游离的PMA,在活菌比例大于1%时实现活菌的定量检测,避免假阳性结果。     

浊度对PMA-qPCR法检测食品中沙门杆菌活菌的影响

为了研究食品浊度对叠氮溴化丙锭(PMA)-q PCR法检测食品中沙门杆菌活菌的影响,试验采用PMA-q PCR检测方法对不同浊度的食品进行分析。结果表明:当食品浊度小于23.4 FTU时,经PMA处理后,能够实现对食品中沙门杆菌活菌的定量检测;当食品浊度为23.4~2.5×104FTU时,会干扰PMA处理效果,但可对食品中沙门杆菌活菌进行定性检测;当食品浊度大于2.5×104FTU时,干扰严重,PMA-q PCR法检测结果不可靠。通过增加PMA光照面积以及采用吸附柱法提取样品核酸,可提高PMA-q PCR法检测结果的准确性。     

EMA-PCR检测金黄色葡萄球菌活菌的方法

根据金黄色葡萄球菌(SA)耐热核酸酶编码基因(nuc基因)设计特异性引物,对试验菌株进行PCR检测,结果显示,金黄色葡萄球菌扩增出大小为480 bp的特异性条带,而其他对照菌株未扩增出条带.由于传统PCR技术无法区分样品中的死细菌与活细菌,从而使检测结果往往出现很高的假阳性.本试验利用EMA能穿过死细菌的细胞膜并在光激活的作用下能与基因组DNA共价结合,从而能抑制死菌DNA进行PCR扩增的特性,建立了一种快速、有效的检测金黄色葡萄球菌活菌的EMA-PCR方法,较传统PCR大大提高了检测的准确性和可靠性,该方法检测灵敏度可达15 CFU/mL.     

桑树青枯病菌紫外分光度计菌方法的研究

采用紫外分光度法测定了广东省几个桑树青枯病主发地区的青枯病菌液浓度，建立了青枯病菌紫外分光度计菌法对平板记数法的标准曲线，通过分析结果表明青枯病菌液浓度在10^9-10^11cfu／mL之间时，标准曲线线性关系良好，此方法可用于桑树细菌性青枯病菌茵液的快速粗略计数。     

肠毒性大肠埃希菌肠毒素LTa基因特异性EMA-PCR检测方法的建立

由于传统PCR技术无法区分样品中的死细菌与活细菌,为避免因样品中含有死细菌而造成的假阳性检测结果,本研究根据肠毒性大肠埃希菌(ETEC)不耐热肠毒素LTa基因设计特异性引物,利用叠氮溴乙锭(EMA)处理菌液,沸水浴法制备细菌裂解液,优化PCR条件,建立一种检测肠毒性大肠埃希菌活菌肠毒素基因的EMA-PCR方法。肠毒性大肠埃希菌CVCC196、CVCC197、CVCC200均能扩增出大小为438bp的特异性条带,而其他对照菌株未扩增出条带。经EMA处理,除了完全死菌组外,含有10mL/L～1 000mL/L活菌的混合悬液均可扩增出目的片段。因此,成功建立了一种快速、有效的检测肠毒性大肠埃希菌活菌肠毒素基因的EMA-PCR方法,该方法较传统PCR大大提高了检测的准确性,灵敏度可达19cfu/mL。     

乳品中大肠杆菌PMA-qPCR活菌检测方法的建立

本试验旨在建立一种乳品中大肠杆菌PMA-qPCR活菌检测方法.优化qPCR检测方法,探究菌浓度为1×10⁸ CFU/mL的大肠杆菌活菌悬液、热致死菌悬液细胞数来确定不同的PMA剂量、暗孵育时间、曝光时间对死菌抑制效果的影响,确定最佳PMA处理方案.结果表明,qPCR检测可特异性扩增大肠杆菌,1×10⁸ CFU/mL的大肠杆菌经90 ℃水浴30 s全部致死后,采用10 μg/mL的 PMA暗孵育15 min后冰上曝光10 min为最佳处理方案,这种处理方案可最大程度抑制死细胞信号,而对活细胞几乎没有影响,样品中微生物初始浓度不低于1×10⁸ CFU/mL时较稳定,得到标准曲线回归方程y=-3.356x+47.413,R²=0.9989,最低检测限为10³ CFU/mL,加标样本检测结果与实际相符.该方法为利用PMA-qPCR检测食品中的活大肠杆菌杆菌奠定了基础.     

鸭疫里默菌环介导等温扩增检测方法的建立

采用对应于鸭疫里默菌16SrRNA基因442~461bp序列的5条特异引物,建立了环介导等温扩增(LAMP)反应体系,加入试剂盒提取的鸭疫里默菌DNA后,置63℃反应60min,通过监测反应液浊度判断结果。在此基础上,用煮沸10min的方法代替试剂盒提取DNA方法,并用显色方法代替浊度检测和琼脂糖凝胶电泳方法判断结果,通过敏感性、特异性、病原消长规律试验验证方法的准确性。另外,对临床采集的135只患病鸭的心血、脑组织、肝脏和心脏共540份样品提取DNA后,用LAMP和PCR进行检测,同时进行细菌分离和鉴定,比较各种方法检测结果的符合率。结果显示,菌液提取DNA后,LAMP和PCR方法最低分别可检测到2和10个CFU的鸭疫里默菌。菌液煮沸代替试剂盒提取DNA方法,使LAMP的敏感性降低5倍。显色法、浊度检测和琼脂糖凝胶电泳方法判断结果的敏感性和特异性相同。细菌分离法共获得201株鸭疫里默菌,且经LAMP与PCR法检测均呈阳性,LAMP与PCR法检出阳性样本总数分别为271和254份,LAMP方法阳性检出率高于PCR方法。建立的鸭疫里默菌LAMP检测方法具有较高的敏感性,进一步用菌液煮沸方法代替DNA提取法虽然使敏感性降低5倍,但节省了DNA提取步骤,再结合显色技术使反应结果直观可见,使其临床应用更加便捷。     

非洲猪瘟病毒多重PMA-qPCR检测方法的建立及应用

本研究利用叠氮溴化丙锭(PMA)与多重荧光定量PCR(qPCR)技术相结合，建立了一种可以实现非洲猪瘟病毒(African swine fever virus,ASFV)感染性与非感染性(活/死病毒)鉴别的检测方法。通过对ASFV p72、CD2v、MGF110-14L基因保守序列设计特异性引物及探针，建立p72、CD2v、MGF110-14L基因的多重qPCR检测方法。结果显示，本研究建立的多重qPCR检测方法具有较强特异性，与其他常见猪病毒性原无交叉反应；同时，该方法具有较高灵敏度，p72、CD2v、MGF110-14L基因的重组质粒标准品最低检出限均为10²copies/μL。为弥补qPCR技术不能有效区分样品中活/死病毒的缺陷，本研究将构建的多重qPCR与PMA技术相结合。当加入PMA终浓度为10μg/mL、暗孵育10 min、光照强度40 W、光照15 min时，PMA能够抑制灭活病毒基因的扩增且对活病毒基因的扩增无影响；对比普通qPCR与多重PMA-qPCR的灵敏度可知，两者的灵敏度均为10² copies/μL;将多重PMA-q...     

羊口疮病毒PMA-PCR检测方法的建立

【目的】 为快速有效评估宿主动物体内及周围环境中的羊口疮病毒(Orf virus,OrfV)是否失活,本研究应用核酸染料叠氮溴化丙锭(propidium monoazide,PMA)联合PCR扩增技术,以F1L基因为靶向检测对象,旨在建立一种针对具有感染活性OrfV的PMA-PCR检测方法。【方法】 将病毒悬液经不同温度相同时间的水浴处理,通过PCR确定病毒样本最佳的热灭活温度;分别设置PMA曝光时间梯度及浓度梯度,进一步对PMA的曝光时间和工作浓度等因素进行优化,确定有效区分具有感染活性OrfV和失活OrfV的PMA最佳处理条件;对所建立PMA-PCR方法进行特异性试验验证,并通过对不同数量比例的热灭活OrfV、活OrfV混合病毒悬液样本进行检测来验证该方法的敏感性。【结果】 OrfV样本经60 ℃热水浴处理10 min即可被完全灭活;PMA与失活OrfV的DNA共价结合且溶液中游离PMA光解的最佳曝光时间为15 min;热灭活OrfV基因组扩增被完全抑制的最小PMA浓度为20 μmol/L,活OrfV基因组扩增不受抑制的最大PMA浓度为35 μmol/L;特异性试验结果表明,该方法检测活OrfV时出现阳性条带,而口蹄疫病毒(FMDV)、绵羊痘病毒(SPPV)、山羊痘病毒(GTPV)的扩增结果均呈阴性;经PMA处理后,在不同数量比例的活、热灭活OrfV病毒悬液中检测到活OrfV的灵敏度为10^-1.68 TCID₅₀/0.1 mL。【结论】 本试验成功建立了针对活OrfV的PMA-PCR检测技术,该方法特异性强、敏感度高,可为相关工作领域评估OrfV致病性提供技术参考。     

PMA-PCR诊断技术研究进展

叠氮溴化丙锭（propidium monoazide,PMA）是一种光反应的DNA结合染料,具有极高的DNA亲和结合能力。PMA可进入死亡和外膜损伤严重的微生物内部,插入DNA结构中,经可见光刺激发生光裂解后,同DNA结合发生共价交联反应,共价交联产物可以抑制DNA的PCR扩增。基于PMA的这一特性,PMAPCR可用于鉴别活死细菌、真菌、病毒等微生物。在实际应用中,PMA-PCR检测结果受样本浊度、活死微生物比例、PMA浓度、暗处理条件（温度、暗处理时间）、曝光条件（光源、光处理时间）、样本处理方法以及目的基因扩增长度等多种因素影响。PMA-PCR已被应用于动植物疫病防控、食品安全、公共卫生等多个领域,具有广阔的应用前景。     

叠氮溴化丙锭结合荧光定量PCR测定布鲁氏菌活菌数方法的建立

为简便、快速测定宿主体内或细胞内布鲁氏菌的活菌数,本研究以布鲁氏菌单拷贝bcsp31基因为检测靶标,设计特异性引物,经优化反应条件及叠氮溴化丙锭(PMA)最佳使用浓度与曝光时间,建立了一种测定布鲁氏菌活菌数的叠氮溴化丙锭--荧光定量PCR方法(PMA-qPCR),并评估了该方法的特异性、敏感性、重复性。结果显示,建立的qPCR标准曲线Ct值与质粒标准品拷贝数对数值之间线性关系良好;特异性试验结果显示,该方法对布鲁氏菌S2株扩增结果为阳性,对大肠杆菌、沙门氏菌、小肠结肠炎耶氏菌、副溶血弧菌扩增结果均为阴性;其对布鲁氏菌S2的检测限为10~3cfu/mL,比常规PCR方法敏感性高100倍;重复性试验结果显示,批间及批内重复试验的变异系数均为0.63%～2.04%,重复性好。利用该方法对不同比例布鲁氏菌S2活菌/死菌混合样品定量测定,结果显示随活菌比例的增大,测得的活菌数与常规qPCR测定值越接近,表明经优化处理的PMA有效抑制了qPCR对死菌DNA的扩增,但对活菌的qPCR扩增无影响。将该方法与平板计数法共同测定TSB纯培养的布鲁氏菌S2活菌数,结果二者的测定值无统计学差异。随后利用这两种方法同时测定两种不同浓度的S2侵染巨噬细胞后的胞内活菌数,结果显示两种方法测定值虽然均差异显著(p0.05),但测得的活菌数均在一个数量级且变化趋势一致,并均与侵染的活菌数呈正相关。上述结果表明,本研究建立的PMA-qPCR检测方法可以对布鲁氏菌活菌实现快速定量检测,为布鲁氏菌活菌数测定相关研究提供可行技术。     

应用EMA-PCR检测沙门氏菌活菌的研究

根据沙门氏菌保守的侵袭蛋白A(invasion protein A,invA)基因序列设计特异性引物,对实验菌株进行PCR检测,结果只有沙门氏菌能扩增出大小为285bp的特异性条带,而其他对照菌株未扩增出条带。本研究利用EMA能穿过死细菌的细胞膜并在光激活的作用下能与基因组DNA共价结合,从而能抑制死菌DNA进行PCR扩增的特性,建立了一种快速、有效的检测沙门氏菌活菌的EMA-PCR方法,从而避免了因分析的样品中含有死细菌而造成的假阳性检测结果。该方法较传统PCR大大提高了检测的准确性和真实性,检测灵敏度可达11CFU/ml。     

发酵饲料中乳酸菌含量检测的EMA-qPCR方法

旨在快速检测发酵饲料中乳酸菌含量,将叠氮溴乙锭(EMA)与q-PCR技术相结合,通过对诸如EMA浓度、曝光时间等影响EMA的因素进行探索,确定EMA的作用条件。在试验条件下用EMA处理已知浓度的乳酸菌菌液,提取乳酸菌DNA,结合q-PCR建立Ct值与乳酸菌含量对数值之间的标准曲线。利用标准曲线,快速计算发酵饲料中的乳酸菌含量。结果表明EMA浓度在3～4μg·mL~(-1)曝光10 min可有效抑制死菌DNA的扩增,从而消除死菌DNA扩增对Ct值的影响。通过对8份发酵饲料进行检测,其结果与平板计数具有较高的符合度。EMA-qPCR方法可用于快速准确地检测发酵饲料中活的乳酸菌含量。     

基于实时荧光定量PCR技术检测桑丁香假单胞菌

由桑丁香假单胞菌(Pseudomonas syringae pv.mori,以下简称Psm)引起的桑疫病是一种毁灭性的桑树细菌性病害,建立对病原菌的早期检测技术,有利于及时制定病害的防控技术措施。依据致病性相关基因hrp Z的片段设计的一对引物能够在Psm中特异性地扩增出195 bp大小的条带,而用于对其他致病变种的丁香假单胞菌和其他种属病原菌的扩增则没有此条带。利用Psm14-7菌株基因组DNA为模板进行实时荧光定量PCR(q PCR)扩增,模板DNA质量浓度在6×10~(-5)~6 ng/μL范围内与扩增所得Ct值呈现良好的线性关系,线性方程为y=-3.224 69x+14.034 45(R~2=0.997 09),检测的最低限为(60±0.001 2)fg/μL;以Psm14-7菌液为模板进行q PCR,菌液浓度在1×10~2~1×10~8CFU/m L范围内与Ct值呈现良好的线性关系,线性方程为y=-4.562 15x+46.911 67(R~2=0.988 72),最低检测限为(10~2±0.008 3)CFU/m L。于桑树植株人工接种Psm后不同时间,对出现各种症状植株中的菌群数量进行q PCR检测,结果显示:接种后的第4~8天可能为病原菌诱导桑树的过敏性反应和系统获得性抗性关键时期,影响到了Psm的增殖速度;能引起健康桑树暴发桑疫病的致病菌最低浓度为(1.5×10~8±0.076 8)CFU/g。建立的q PCR检测方法,对由Psm引起的桑疫病的田间早期诊断和及时防控具有一定指导意义。     

桑青枯病描述及研究中的几个问题探讨

针对桑青枯病(mulberry bacterial with)的一些错误描述及研究中的误区,阐述了国内外桑青枯病发生情况、正确的学名及小种与生化类型。研究提出了桑青枯病致病性测定新方法——离体桑枝注射接种法;首次明确了桑青枯菌中除生化型5(小种5)外还存在较多的4型菌(小种1)。控制该病的危害需着重抗病育种和生物防治。     

EMA与PCR结合检测沙门氏菌方法的研究

为了建立一种快速区分样品中沙门氏菌的死细菌与活细菌的检测方法,将叠氮溴化乙锭（EMA）与PCR技术相结合。以沙门氏茵的invA为靶基因,以沙门氏菌的纯培养细胞做模板进行扩增,并进行灵敏度、特异性、曝光时间及EMA浓度试验。结果显示,灵敏度为14CFU／mL,最佳曝光时间为2min,当EMA的浓度小于18μg／mL时．EMA对活菌靶基因的扩增没有明显的抑制,而终浓度为1μg／mL的EMA,能有效抑制lxlosCFU／mL沙门氏菌死菌的扩增。EMA—PCR能有效降低沙门氏菌检测过程中的假阳性。     

浙江省蚕区桑树“凋萎”症状病因诊断

从浙江省临安、桐庐等地桑园中的"凋萎"桑树根、茎部获得151个细菌分离物样品。经离体水培接种试验表明,这些分离物均可引起桑树"凋萎"症状,其形态、大小、染色反应、培养性状与对照番茄青枯菌(Ralstonia so-lanacearum)相近;PCR鉴定其中125个分离物为雷尔氏菌(Ralstonia solanacearum)。结合田间发生症状,将桑树"凋萎"症状诊断为细菌性青枯病。从125个雷尔氏菌株中选择16个典型菌株进行研究,根据生理小种划分标准,这些菌株均为雷尔氏菌的生理小种1,其中75%为青枯菌的生化型Ⅴ、25%为青枯菌的生化型Ⅲ。     

用于青枯劳尔氏菌快速检测的靶标内切葡聚糖酶抗体制备与检测试验

桑青枯病是一种土传性细菌病害,其病原为青枯劳尔氏菌(Ralstonia solanacearum)。内切葡聚糖酶(EGL)是青枯劳尔氏菌在胞内合成后分泌、吸附于细胞壁周围的一个重要毒力因子,研究以其为靶标的桑青枯病快速检测诊断技术,可以为病害防控提供技术支持。从青枯劳尔氏菌G12-50菌株中克隆了egl基因,将青枯劳尔氏菌与土壤常见的4种细菌以及植物常见的4种病原细菌的内切葡聚糖酶进行氨基酸序列多重比对,其同源性较低。构建重组质粒p ET32a-EGL转化大肠杆菌BL21融合表达EGL蛋白,制备的抗EGL多克隆抗体经ELISA检测其效价达1∶20 000,Western blot分析亦呈现单一的特异性条带。用制备的抗体对培养的青枯劳尔氏菌G12-50菌液和感染桑青枯病的桑茎汁液进行Western blot检测,结果出现明显的特异性条带,而对照大肠杆菌则没有出现条带。研究结果表明,青枯劳尔氏菌的内切葡聚糖酶可以作为桑青枯病早期检测诊断的病原靶标,直接应用于对桑园土壤和桑树样品的快速检测。