基于网络药理学和分子对接探究莱菔子的抗菌作用机制

本研究旨在通过网络药理学方法来探讨莱菔子的抗菌作用机制。利用中药系统药理学数据库、分析平台TCMSP以及GeneCards数据库获得莱菔子发挥抗菌作用的有效成分以及潜在抗菌靶点；利用Cytoscape3.8.0软件构建药物-成分-靶点-疾病网络图，并使用STRING数据库以及Cytoscape3.8.0软件构建蛋白质相互作用网络图；利用DAVID数据库对靶点进行基因本体（GO）富集分析和KEGG通路富集分析；使用AutoDock软件对关键靶点与活性成分进行分子对接，选择最佳的结合靶点。结果显示：莱菔子14个活性成分作用于36个抗菌靶点。GO功能富集分析得到185个条目，KEGG通路富集分析得到48条信号通路。分子对接显示，芥子酸、邻苯二甲酸二丁酯、亚麻子油酸等成分与细胞肌动蛋白基因（ACTB）、一氧化氮合酶基因（NOS3）等关键靶点有较强亲和能力。本试验结果表明，莱菔子可能通过参与调节磷脂酰肌醇3激酶（Phosphatidylinositol 3-Kinase,PI3K）/蛋白激酶B(Akt)信号通路（PI3K-Akt）、钙离子信号通路等发挥其抗菌作用，体现了莱菔子多成分、多靶点、多通...     

基于网络药理学探讨治疗乳难中药共同代谢通路

基于网络药理学的方法探讨乳难中药共同代谢通路。遴选2020年版《中国药典》中具有下乳或通乳作用的中药材，应用中药系统药理学分析平台(TCMSP)和中国知网筛选中药材的全部活性成分，并使用TCMSP和Swiss Target Prediction分析平台查询相关靶点。借助UniPort数据库进行基因标准化查询。应用GeneCards数据库和OMIM数据库筛选乳难疾病的靶点；通过在线Venny获得药物疾病的共同靶点。将获得的结果导入Cytoscape软件中进行可视化分析，构建PPI网络，筛选核心靶点。采用Metascape数据库对核心靶点进行GO分析和KEGG相关通路富集。共获得有效活性成分58种，潜在靶点336个，疾病靶点2175个，得到共同靶点158个。GO分析得到生物过程947个，细胞组分29个，分子功能54个，KEGG得到IL-17信号通路、肿瘤坏死因子信号通路等119条通路。利用网络药理学分析平台可对治疗乳难中药的有效成分靶点、乳难疾病靶点以及相关信号通路进行预测，为进一步研究探讨乳难中药共同代谢通路提供了重要依据。     

基于网络药理学与分子对接探究青蒿增强鹅免疫功能的作用机制

研究旨在基于网络药理学研究日粮中添加青蒿提高鹅免疫功能的作用机制。通过Symmap数据库对青蒿的有效成分与作用靶点进行收集,通过Gene Card数据库搜寻免疫抑制的相关靶点,对两者交集靶点进行蛋白质互作分析(Protein-Protein Interaction Networks,PPI)、基因本体论(Gene Ontology,GO)、京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)途径富集分析;同时进行动物试验,对鹅生长性能及免疫相关指标进行检测。结果显示：通过数据库搜集获得179个青蒿提高鹅免疫功能的关键靶点,蛋白质互作分析显示CASP3、EGFR、IL-6、CCND1、JUN、ESR1、MAPK1、MDM2、VEGFA、GSK3B等核心靶点可能在青蒿提高鹅免疫功能的过程中起到关键作用;GO与KEGG富集分析结果显示,青蒿可能参与环加氧酶途径、DNA损伤诱导的蛋白磷酸化、肥大细胞趋化性的正向调节、一氧化氮的生物合成过程,通过p53信号通路、细胞凋亡、C型凝集素受体信号通路、VEGF信号通路、细胞衰老Toll样受...     

基于网络药理学探究芪翁黄柏散治疗仔猪腹泻的有效成分及作用机制

【目的】基于网络药理学预测芪翁黄柏散治疗仔猪腹泻的有效成分，并探究其作用机制。【方法】通过TCMSP数据库筛选芪翁黄柏散潜在的有效成分和靶标蛋白，利用Cytoscape 3.9.1软件构建药物成分-靶点网络；通过GeneCards和OMIM数据库检索腹泻靶点并去重，获得疾病与药物的共同靶点，导入STRING数据库并构建蛋白互作（PPI）网络，对共同靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析。【结果】共获得芪翁黄柏散37个有效成分和74个靶点，其中与疾病相交的共同靶点有68个；GO功能注释得到生物过程147个条目，细胞组分15个条目，分子功能32个条目；KEGG通路富集分析获得98个通路。槲皮素、山奈酚、豆甾醇、四氢小檗碱、小檗碱等为其有效成分，肿瘤坏死因子（TNF）、肿瘤蛋白P53（TP53）、血管内皮生长因子A （VEGFA）、白细胞介素6（IL6）、IL10、C-C基序趋化因子配体2（CCL2）、上皮生长因子（EGF）、核因子κB抑制剂α（NFKBIA）等为药物关键靶点，癌症、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B （PI3K-Akt）、丝裂原激活的蛋白激酶（MAPK）、IL17、炎症性肠病等信号通路为关键通路，还涉及到免疫应答、转录、细胞凋亡、细胞因子活性、细胞外等方面。【结论】本研究预测了芪翁黄柏散治疗仔猪腹泻的有效成分及作用机制，体现了中药多成分、多靶点、多通路的特点，并为后续研究提供方向和参考。     

基于网络药理学和分子对接探究芪芝口服液提高家禽免疫功能的作用机制

试验旨在探究芪芝口服液提高家禽免疫功能的作用机制。采用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）收集该复方中黄芪和灵芝2味药材的活性成分及其作用靶点,并与OMIM、TTD和GeneCards数据库收集免疫的靶点进行交集,获得芪芝口服液作用于家禽免疫的潜在靶点。运用Cytoscape 3.9.1软件构建中药-成分-靶点-通路-疾病网络图和蛋白质相互作用（PPI）网络,并对靶点进行GO富集和KEGG通路分析。使用分子对接技术进行活性成分和核心靶点的分子对接验证。结果显示,芪芝口服液30个成分对应66个靶点,家禽免疫329个靶点,其中交集靶点17个,PPI核心靶点包括核因子κB抑制因子α (NFKBIA)、白细胞介素-6 (IL-6)和干扰素-γ(IFNG)等。GO功能富集共有38条结果,包括33个生物过程条目、4个分子功能条目和1个细胞成分条目;KEGG通路分析显示交集基因主要富集于C型凝集素受体信号通路、FoxO信号通路和Toll样受体等信号通路。分子对接结果显示,关键成分与核心蛋白靶点有较好的结合活性,证明了网络药理学预测结果的可靠性。研究表明,芪芝口服液可通过多成分、多靶点、多通路...     

基于网络药理学和分子对接探究诃子鞣酸防治奶牛子宫内膜炎的作用机制

【目的】基于网络药理学结合分子对接技术探究诃子鞣酸防治奶牛子宫内膜炎的作用,并阐明其潜在机制。【方法】通过SwissTargetPrediction和PharmMapper数据库收集和预测诃子鞣酸的作用靶点,通过UniProt数据库标准化并去重。从OMIM和DRUGBANK数据库中获取奶牛子宫内膜炎相关基因并去重,绘制Venn图获取诃子鞣酸和奶牛子宫内膜炎交集靶点。使用STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,使用DAVID数据库进行GO功能和KEGG通路富集分析。利用分子对接技术对KEGG通路富集分析后得到的关键通路靶点进行分子对接,以验证网络药理学分析结果的准确性。【结果】通过多个数据库检索及筛选获得诃子鞣酸潜在靶点基因333个,奶牛子宫内膜炎相关靶点基因342个,共有18个交集靶点。PPI结果显示,诃子鞣酸可能作用于前列腺素-内过氧化物酶合酶1(prostaglandin G/H synthase 1,PTGS1)、PTGS2、花生四烯酸12-脂氧合酶(arachidonate 12-lipoxygenase, ALOX12)、ALOX15等18个关键靶点。GO功能...     

基于网络药理学预测青蒿缓解奶牛氧化应激的作用机制

运用网络药理学分析青蒿的药理成分及其作用网络，探讨其缓解奶牛氧化应激的作用机制。通过TCMSP数据库确定青蒿的化合物组成并筛选活性成分靶点，使用Uniprot找到对应靶点基因；OMIM、Gene Cards和CTD数据库查找与氧化应激(热应激)有关的病理靶点。用Venny 2.1对活性成分靶点与氧化应激疾病的靶点取交集后导入STRING数据库，建立蛋白质互作(PPI)网络并应用Cytoscape 3.9.1软件进行可视化处理及获取核心靶点。DAVID数据库对活性成分和氧化应激疾病的共同靶点基因进行GO功能注释和KEGG通路富集，应用Cytoscape软件构建成分-靶点-通路的网络图。结果表明，青蒿的化合物组成共筛选到19个活性成分及217个对应的靶点基因，氧化应激对应靶点基因共11 442个。成分与氧化应激交集靶点基因共有136个，Cytoscape筛选得到5种关键活性成分和33个关键靶点。PPI网络分析共得到11个核心靶点基因，GO功能注释细胞组分、生物学过程、分子功能各320、37、105个条目，KEGG通路富集分析得到170条通路。综上，青蒿可通过多成分、多靶点、多通路抗奶牛氧化...     

基于网络药理学分析银黄可溶性粉治疗猪喘气病的活性成分及作用机制

为了解银黄可溶性粉治疗猪喘气病的活性成分及作用机制，本试验采用网络药理学的方法进行探索，利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取银黄可溶性粉的活性成分及对应的靶点，将靶点导入Uniprot数据库，利用Cytoscape 3.5.0软件构建药物-活性成分-靶点网络图，在Genecards数据库和人类孟德尔遗传数据库(OMIM)获取猪喘气病的靶点，将靶点导入Uniprot数据库，通过STRING数据库构建蛋白相互作用(PPI)网络图，在生物学信息注释数据库(DAVID)进行基因本体(GO)富集分析和基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。结果显示，银黄可溶性粉筛选出48个活性成分，155个靶点；猪喘气病有关的靶点有3 154个；PPI网络有51个靶点，关键靶点有血管内皮生长因子A(VEGFA)和肿瘤坏死因子(TNF)等；GO功能注释得到98个条目(P<0.05);KEGG信号通路富集分析得到42条通路(P<0.05)。结果表明，银黄可溶性粉中槲皮素、木犀草素、山奈酚和汉黄芩素可能是治疗猪喘气病的活性成分，通过作用于VEGFA、TNF等靶点，调控结核通路和哮喘通路...     

基于网络药理学探究芪姜粉治疗猪脾胃虚寒型腹泻的效果和作用机制

为了基于网络药理学方法探究芪姜粉治疗猪脾胃虚寒型腹泻的效果和作用机制，本试验借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)对芪姜粉进行药效物质基础分析及作用靶点预测，通过GeneCards和OMIM数据库检索与腹泻相关的疾病靶点，并用Uniprot数据库进行校正；用Cytoscape 3.7.2软件构建“芪姜粉—活性成分—靶点网络图”“芪姜粉—活性成分—腹泻—靶点网络图”,利用String数据库构建蛋白相互作用(PPI)网络；在DAVID数据库中进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析，以预测其作用机制。结果显示，活性成分—靶点网络包含20个活性成分和相应靶点159个，关键靶点涉及PPARG、PTGS2、PTGS1、NOS2等；PPI核心网络包含101个蛋白，关键蛋白涉及TNF、TP53、IL-6、IL-8等；GO功能富集分析得到GO条目272个(P<0.05),其中生物过程(BP)条目198个，分子功能(CC)条目23个，细胞组成(MF)条目51个；KEGG通路富集筛选得到119条信号通路(P<0.05),相关度较高的疾病依次为癌症、乙...     

基于网络药理学探究赪桐潜在抗奶牛乳房炎的作用机制

为了探究赪桐潜在防治奶牛乳房炎的作用机制,试验基于网络药理学,利用TCMSP数据库收集赪桐潜在抗奶牛乳房炎致病菌活性成分,在GeneCards数据库中收集与奶牛乳房炎致病菌相关的作用靶点。利用Cytoscape 3.8.2软件绘制赪桐活性成分与致病菌靶点网络图,通过将筛选到的致病菌靶点导入STRING数据库构建致病菌靶点相互作用网络,最后利用DAVID、Metascape数据库对各靶点进行GO功能注释和KEGG富集分析。结果表明:共得到赪桐潜在抗奶牛乳房炎活性成分11个,对应致病菌靶点86个;共得到97个节点,174条相互作用关系;去除游离的病菌靶点后,最终得到31个关键作用靶点。GO功能注释得到312条基因数量较大的功能注释,主要涉及细胞膜、原子核、蛋白质结合、基于转录正向调控过程、信号转导过程等。KEGG富集分析主要涉及蛋白结合通路、酶结合通路、ATP结合通路等。说明基于网络药理学预测,赪桐可通过多种活性成分作用于不同靶点,并通过调控炎症反应、氧化还原反应等过程达到防治奶牛乳房炎的目的。