适于转录组测序的枣不同器官总RNA提取方法筛选

为获得适用于转录组测序的枣花、结果枝和果实的总RNA提取方法,以中秋酥脆枣为材料,比较分析了Ambiogen和Autolab 2种总RNA提取试剂盒和基于Autolab试剂盒改良的CTAB法的总RNA的提取效果。结果表明:3种方法提取RNA的OD260/OD280差别不大,但用2种试剂盒提取的RNA有降解,其中Ambiogen试剂盒提取的花、结果枝和果实3个器官的RNA质量浓度分别为126、284和222 ng/μL;Autolab试剂盒提取的RNA质量浓度分别为307、402和266 ng/μL;基于Autolab试剂盒改良的CTAB法提取的RNA质量浓度分别为401、417和296 ng/μL。与2种试剂盒相比,基于Autolab试剂盒改良的CTAB法提取出来的RNA完整性好、纯度和浓度高,能够满足转录组测序的要求。     

山核桃胚和胚乳总RNA的提取与cDNA的合成

为了快速高效地提取山核桃胚/胚乳的总RNA,满足后续实验的要求,借鉴Jaakola等的总RNA提取方法,针对山核桃种仁富含油脂及次生代谢物质的特点,对山核桃胚/胚乳总RNA提取的方法进行了改良,这种改良的CTAB法与TRIzol试剂盒法相比,虽然消耗时间较长,但得到的总RNA完整性好,纯度高,所提取的总RNA在体外能成功进行反转录.     

樟叶越桔叶芽总RNA提取方法比较研究

本项实验采用改良CTAB、改良SDS、RNApure Plant Kit和Plant RNA Kit 4种方法提取樟叶越桔叶芽总RNA,以期获得适合于樟叶越桔叶芽高质量总RNA的最佳提取方法。总RNA纯度和完整性分别用紫外分光光度计法和琼脂糖凝胶电泳法检测。结果表明,采用改良CTAB和Plant RNA Kit法获得的RNA完整性好,纯度高,A260/A280值分别为2.07和2.08,28S和18S rRNA条带清晰,且前者的亮度约为后者的2倍,无弥散现象。将改良CTAB和Plant RNA Kit法获得的总RNA进行RT-PCR扩增,成功克隆获得了樟叶越桔花色苷5-芳香族酰基转移酶基因长316 bp的cDNA序列。证明改良CTAB和Plant RNA Kit法是樟叶越桔叶芽高质量总RNA的最适提取方法。     

枣花蕾总RNA提取方法的比较

为了探究枣花蕾总RNA提取的最优方法,以沾化冬枣的花蕾为材料,利用改良CTAB法、Trizol法和2种RNA提取试剂盒(PureLinkTMRNA小提试剂盒和北京奥莱博生物技术有限公司提供的植物RNA提取试剂盒)分别提取花蕾的总RNA,并对RNA浓度和电泳图谱进行比较分析,利用奥莱博生物技术有限公司提供的植物RNA提取试剂盒法可提取到纯度较高,完整性好的总RNA,并可用于Northern杂交、cDNA文库构建和半定量RT-PCR等分子生物学试验。     

樟树不同组织总RNA提取方法比较及RT-PCR检测

采用Invitrogen Total RNA Purification Kit直接提取法,Trizol试剂盒法和本实验室改良的CTAB法,分别提取樟树不同组织(根、茎、叶和花)的总RNA,并对提取效果进行了检测和比较分析。结果表明:(1)采用本实验室改良的CTAB法提取的RNA完整性好,无杂质污染且得率高,稳定性好,可满足半定量RT-PCR等试验需要;而Invitrogen Total RNA Purification Kit直接提取法和Trizol试剂盒法提取的樟树不同组织总RNA,结果均不理想,存在RNA 28S rRNA谱带模糊不清、有DNA污染、降解严重和得率低等问题,这两种方法均不适用于樟树不同组织RNA的提取。(2)樟树不同组织总RNA提取的得率不同,其中叶片的总RNA得率最高,达到782.34 mg/kg;茎的得率最低,为514.33 mg/kg。(3)以Actin作为内参基因,对樟树根、茎、叶和花中的Fad2基因片段进行半定量RT-PCR检测,结果表明,Fad2基因片段在樟树叶片中的表达量相对较高,而在花中的表达量较低。     

蚬壳花椒种子总RNA提取方法比较与优化

蚬壳花椒种子中富含油脂、多糖和多酚类等成分复杂的次生代谢物质,影响其总RNA的提取,一般的提取方法无法获得总RNA或者总RNA降解严重。本实验采用改良CTAB法、TRNzol法、试剂盒法、传统CTAB法提取总RNA,通过琼脂糖凝胶电泳,核酸蛋白检测仪检测以及RT-PCR验证等对提取结果进行比较与分析。结果表明:TRNzol法、试剂盒法、传统CTAB法未能从蚬壳花椒种子中提取到总RNA,改良CTAB法能提取完整性较好、纯度较高的RNA,28S及18S条带清晰整齐,D260/D280值为2.07,提取的总RNA适用于RT-PCR实验,可以为后续的分子生物学研究奠定了基础。     

福建山樱花总RNA提取方法比较分析

以福建山樱花嫩叶为试验材料,采用Trizol法、CTAB法、CTAB-Li Cl法、百泰克试剂盒法和天根试剂盒法5种方法提取福建山樱花叶片RNA,用琼脂糖凝胶电泳检测总RNA的完整性,以微量紫外分光系统检测总RNA的纯度和浓度。结果表明:Trizol法和天根试剂盒法不适于福建山樱花叶片RNA的提取;CTAB法和百泰克试剂盒法提取的RNA完整性好,纯度及浓度高,但百泰克试剂盒法提取的RNA有DNA污染;CTAB-Li Cl法提取的RNA浓度低,且含杂质。RT-PCR试验结果进一步表明CTAB法提取的RNA能够用于后续的分子生物学研究,是福建山樱花叶片RNA提取的最佳方法。     

白草种子基因组DNA五种提取方法的比较

用5种方法 (传统CTAB法、改良CTAB法、高盐低p H法、改良SDS法、试剂盒法)对白草种子基因组DNA进行提取,分别用紫外分光光度计法、琼脂糖凝胶电泳法、PCR扩增检测提取的DNA的质量。结果表明,传统CTAB法提取的DNA浓度低,含有较多杂质,抑制PCR反应;改良SDS法和改良CTAB法提取的DNA纯度低,不符合检测要求;高盐低pH法和试剂盒法提取的DNA纯度高、完整性好,但试剂盒法成本高、DNA得率低。所以高盐低pH法为5种方法中最经济、效果最好的白草种子DNA提取方法。     

天女木兰不同组织总RNA提取方法的筛选与优化

试验以天女木兰叶芽、幼叶、成熟叶、花芽、花瓣、种子为材料,分别采用Trizol法、改良Trizol法、CTAB-异丙醇法、CTAB-Na Ac和无水乙醇法、CTAB-Li Cl法、天根试剂盒法对其各器官进行总RNA的提取。总RNA的完整性、纯度和浓度等提取效果分别通过琼脂糖凝胶电泳和酶标仪进行检测。结果表明:叶芽的总RNA最适合用改良Trizol法进行提取,花瓣和花芽的总RNA最适合用改良的CTAB法提取,幼叶的总RNA可选择试剂盒法,Trizol可用于成龄叶片的提取,而天根试剂盒最适合天女木兰种子总RNA的提取。通过不同提取方法获得的高质量总RNA经RT-PCR检测表明:可以直接用于后续分子克隆和基因表达分析等分子生物学实验。     

八角基因组DNA的提取方法

采用4种植物基因组DNA提取方法(CTAB法、SDS法、高盐法、试剂盒法)对八角基因组DNA进行提取试验.结果表明,对传统CTAB法稍加改良可以得到较为理想的提取效果,改良的内容包括①在加入CTAB提取缓冲液之前,先用CTAB-free缓冲液抽提1～2次;②将CTAB提取缓冲液中CTAB的用量从2％提高到3％;③提取缓冲液的用量由样品干重的10倍增加到60倍.用改良CTAB法提取的DNA经RAPD-PCR扩增,条带清晰,其质量能够满足分子标记的要求.     

草珊瑚叶片总RNA提取方法及效果的比较研究

采用CTAB法、CTAB-Li Cl法、CTAB-Trizol法、Trizol法、天根RNA提取试剂盒及百泰克RNA提取试剂盒提取草珊瑚(Sarcandra glabra)叶片总RNA,并通过微量紫外分光光度计、电泳检测等对提取的结果进行了分析比较。结果表明:CTAB-LiCl法和天根RNA提取试剂盒比较适合提取草珊瑚叶片的总RNA。这两种方法提取的总RNA的完整性和纯度较高,无明显的蛋白质及其他杂质污染,OD_(260)/OD_(280)的值在1.9~2.1,OD260/OD230在2.0~2.4。获得质量高、完整性好、纯度高的总RNA,为后续构建cDNA文库以及相关基因的克隆提供了试验基础。     

不同化学类型樟树叶片总RNA提取方法比较

采用SDS/酸酚法、Trizol试剂法、常规CTAB法及改良的CTAB法,分别提取5种化学类型樟树叶片总RNA,并对提取效果进行了比较分析。结果表明:Trizol法难以提取樟树叶片总RNA,得率很低;SDS/酸酚法和常规CTAB法得到的RNA存在DNA污染,富含蛋白、多糖、多酚等杂质;这3种方法均不适于富含多糖多酚类物质的樟树叶片总RNA的提取。改良的CTAB法能够提取得到樟树5种化学类型叶片总RNA,且在操作过程中,异樟比油樟和脑樟更易提取。此法能有效去除多糖和蛋白,提取得到的RNA 28S和18S rRNA条带清晰,OD260/OD280值为2.0左右,平均产率分别为115.8μg/g FW。经RT-PCR检测,所得总RNA质量高、完整性好、成功率高,可以满足下一步实验的要求,可作为樟树叶片总RNA提取的首选方法。     

适合转录组测序的芒果不同组织RNA试剂盒提取方法研究

为了探寻能够满足芒果各组织转录组测序要求的高质量RNA提取方法,以‘桂热芒82号’的叶片、花和果实为材料,从RNA提取质量和产率、琼脂糖电泳和RT-PCR结果分析、RNA测序质量评价这3个方面,对常用的3种试剂盒的提取效果进行了实验研究和评价分析。结果表明:以来自于天根生化科技有限公司的DP 419试剂盒提取的芒果各组织的RNA质量均较好,提取的RNA产率远高于其余两种试剂盒的提取产率;除以美伯生物医药技术有限公司的RM 103试剂盒提取芒果各组织所得RNA,经琼脂糖电泳未见有5S条带出现外,以其余两种试剂盒提取的芒果各组织的RNA都存在28S、18S、5S条带且RT-PCR分析结果理想;对以3种试剂盒提取所得的RNA进行完全测序,结果表明,3种试剂盒提取的RNA完全测序都大于98.99%,能满足RNA-Seq分析的要求。文中综合上述评判因素分析认为,天根生化科技有限公司的DP 419试剂盒是适用于芒果叶片、花和果实RNA提取的最优试剂盒。     

槭树叶片总RNA提取技术优化

以槭树品种‘秋天火焰’和‘冷俊’秋季变色叶片为试材,采用传统CTAB、CTAB-LiCl、RNeasy Plant Mini Kit试剂盒3种方法提取槭树叶片总RNA,进行提取体系优化,建立了高效、高质量RNA提取技术体系,为下一步的基因克隆奠定了基础。     

金柑果肉组织总RNA提取方法比较

为给高通量测序等对RNA质量要求较高的后续试验提供基础,以‘桂金柑一号’等5个金柑品种的果实为材料,采用异硫酸胍提取法、CTAB提取法、SDS提取法、试剂盒提取法提取金柑果实总RNA,并对所提取的总RNA浓度、A260/A280、A260/A230、凝胶电泳结果、RT-PCR扩增产物等指标进行比较分析。结果表明:CTAB提取法、SDS提取法和试剂盒提取法能较好地去除金柑果实中的蛋白质、金柑甙、柠檬萜、DNA、多酚、多糖、单宁、色素等大分子物质以及盐类等小分子杂质。采用异硫酸胍提取法所提取的总RNA浓度最高,达到95.9μg/g,其A260/A280在1.69～1.73之间,A260/A230 2.14;其它RNA提取方法所提取的总RNA浓度最高达到76.9μg/g,其A260/A280分布在1.88～1.97之间,A260/A230分布在2.00～2.09之间,符合高质量RNA的要求范围。除了异硫酸胍提取法所提取的RNA琼脂糖电泳结果未见清晰的5S条带,其余方法所提取的RNA经琼脂糖电泳均可以观察到清晰的28S、18S、5S条带。但采用异硫酸胍提取法、CTAB提取法、SDS提取法和试剂盒提取法所提取的金柑果实总RNA进行反转录均可以得到清晰的扩增产物。在4种提取方法中,采用CTAB提取法所提取金柑果实总RNA浓度较高,纯度也较理想,琼脂糖电泳和RT-PCR效果好,是进行后续相关研究的较佳选择。     

槭属树种DNA提取方法比较研究

采用3种DNA提取方法对8种槭属树种基因组DNA进行质量、浓度和纯度对比研究,结果表明,3种方法提取的基因组DNA差异较大,浓度由高到低依次为改良CTAB法TIANGEN试剂盒法改良SDS法;提取的基因组DNA纯度为TIANGEN试剂盒法CTAB法SDS法。3种方法中TIANGEN试剂盒法提取的槭属树种基因组DNA含有的杂质最少,但成本较高;改良CTAB法提取的基因组DNA质量、浓度和纯度均优于改良SDS方法,适用于槭属树种的后续研究。     

柳树DNA提取改良方法研究

高质量的DNA是进行林木分子生物学研究的基础与关键。该研究利用改良的CTAB法提取垂柳基因组DNA,并与常规CTAB法、CTAB-硅珠裂解法、SDS法和试剂盒法进行了比较。琼脂糖凝胶电泳检测显示,改良CTAB法提取的DNA浓度和纯度较高,质量优于其他4种提取方法。同时利用改良CTAB法提取了柳树16个自然种及杂交种基因组DNA,并经SSR-PCR扩增反应验证,表明改良CTAB法可作为一种柳树基因组DNA提取的通用方法。     

适于AFLP分析的澳洲坚果DNA提取方法

利用SDS法和改良CTAB法对澳洲坚果两个品种的基因组DNA进行提取试验,结果表明:SDS法与改良CTAB法提取的基因组DNA完整性都比较好,但SDS法获得的DNA含有较多杂质,不能被限制性内切酶消化,改良CTAB法提取的基因组DNA可以完全酶切,DNA质量符合AFLP分析的要求。     

山核桃花芽总RNA提取方法研究

以山核桃的花芽为材料,利用改良CTAB法、异硫氰酸胍法和改良热酚法提取其总RNA,并对RNA产率、纯度、电泳图谱和RT-PCR进行分析,结果表明:改良CTAB法明显优于其它两种提取方法,用它提取的28S rRNA、18S rRNA条带清晰、稳定,无降解,OD260/OD280值保持在1.9～2.0,产率相对较高;经RT-PCR检测发现,改良CTAB提取的RNA能被成花基因特异引物扩增出清晰的条带,说明该法完全适合于山核桃花芽总RNA的提取,并可用于Northern杂交、cDNA文库构建等分子生物学操作.     

平邑甜茶基因组DNA提取方法的比较

为获得高质量的基因组DNA,以平邑甜茶及其与扎矮山定子杂交所得四倍性矮生后代33#、45#新鲜叶片为试材,分别采用常规CTAB法、改良的CTAB法和基因组试剂盒法提取平邑甜茶总DNA,进行琼脂糖凝胶电泳,使用核酸蛋白仪对DNA质量和纯度进行检测。结果表明:利用基因组试剂盒法、常规CTAB法和改良CTAB法均可获得DNA,但获得的DNA质量和纯度存在一定的差异。试剂盒法和CTAB法可以获得较高质量的DNA。但由于基因组试剂盒法成本相对较高,改良CTAB法较耗时,建议采用常规CTAB法提取平邑甜茶及其杂交后代33#、45#品种基因组DNA。