我国部分地方鸭品种mtDNA D-loop区单倍型分析

为进一步研究鸭品种或遗传资源的遗传多样性,对22个地方鸭品种(遗传资源群体)、2个野鸭群体和2个番鸭群体,共计208个个体的mtDNA D-loop区部分DNA序列的多态性进行了检测,结果发现:单倍型多样度(Hd)为0.886±0.00033,平均核苷酸多样度(Pi)为0.02252,并且在所有群体中共发现了60种单倍型,表明我国地方鸭品种遗传多样性丰富,其中单倍型H8在2种野鸭中均有发现,为我国地方鸭品种起源判定提供了新的参考依据。     

阿坝藏族羌族自治州若尔盖地区藏猪mtDNA D-Loop的遗传多样性分析

旨在通过获得和对比若尔盖地区藏猪mtDNA D-Loop高变区的部分序列,为该地区藏猪遗传资源的保护与利用提供参考。本试验收集了若尔盖地区9个乡镇共80头藏猪耳组织,以甘南州藏猪mtDNA D-Loop基因序列为模板设计引物,采用PCR扩增测序技术获得了80条核苷酸序列,并采用生物信息学的数据处理方法进行分析。结果表明,若尔盖地区藏猪mtDNA D-Loop高变区(435 bp)的A+T含量(56.46%)明显高于G+C含量(43.54%),存在碱基偏倚性现象;在80条长度为435 bp的序列中,共检测到14个变异位点,鉴定了17个单倍型,单倍型多样度(Hd)、核苷酸多样度(Pi)和平均核苷酸差异数(k)分别为0.881、0.004 66和2.028,其中Hd、Pi和k在降扎乡藏猪群体中最高,Pi和k在占哇乡藏猪中最低;共享单倍型8个,特有单倍型9个,且若尔盖地区不同藏猪群体间特有单倍型数差异较大,其中,降扎乡藏猪的特有单倍型数量最多,占单倍型总数的17.65%(3/17);Hap_1和Hap_15单倍型是4个乡镇(降扎乡、益哇乡、热尔乡和冻列乡)群体的共享单倍型,表明这4个乡镇藏猪群体存在两个共同的母系祖先单倍型。若尔盖地区藏猪的平均遗传距离为0.004 66,其中降扎乡和冻列乡藏猪间的遗传距离最大为0.006 90,包座乡和益哇乡藏猪间的遗传距离最小为0.002 16;构建的NJ分子系统进化树将若尔盖地区藏猪分为2支,而加入中国地方家猪、野猪和引种猪后,若尔盖地区藏猪在进化树中比较分散,说明该地区藏猪母源血统遗传复杂,彼此之间基因交流多。本研究进一步证实了若尔盖地区藏猪比西藏林芝、山南、日喀则、甘孜州、阿坝州藏猪的遗传多样性程度高,受到人工选择强度低,应强化对若尔盖地区藏猪遗传资源的保护与利用。     

东北民猪线粒体DNA D-loop遗传多样性与母系起源研究

为了保护东北民猪的遗传资源,对东北地区民猪群体进行线粒体DNA D-loop遗传多样性进行了调查,本研究对30头东北民猪的线粒体D-loop区部分序列(697 bp)进行扩增和测序,共检测到7个变异位点,界定了8种单倍型,核苷酸多样度(Pi)及单倍型多样度(H)分别为:0.217和0.789。结合已收录的30个亚欧猪种的线粒体D-loop序列,采用最大似然法构建的分子进化树明显分为欧洲与亚洲2个主要类群,民猪的8个单倍型都聚在亚洲分支上,并与莱芜黑猪及沂蒙黑猪较为接近,表明民猪是多母系起源群体,主要来自山东地区的华北型黑猪种群。     

苏姜猪mtDNA D-loop序列的遗传多样性分析

【目的】通过对苏姜猪线粒体DNA(mtDNA) D-loop高变区Ⅰ的序列扩增测序,探究苏姜猪种群的种质资源特性和遗传多样性。【方法】采集苏姜猪核心群100头经产母猪耳组织,提取DNA后扩增苏姜猪核心群母猪mtDNA D-loop高变区Ⅰ的基因片段并测序,运用NCBI在线BLAST对测序序列与参考序列进行比对、校正并寻找同源序列,确定mtDNA D-loop高变区Ⅰ序列的长度和位置;使用DnaSP v.5.10.1软件统计获得群体中核苷酸多态位点和变异位点数量,分析单倍型多样度(Hd)、核苷酸多样性(Pi)、平均核苷酸差异度(K)等参数;使用Mega 7.0软件对不同单倍型进行基于Kimura’s 2-prarmetermodel的遗传距离计算,采用邻接法(Neighbor-Joining, NJ)对苏姜猪的4个单倍型、17个中国地方猪种、欧洲家猪(登录号：AF034253.1)的mtDNA D-loop高变区Ⅰ序列构建系统发育树。【结果】对100头苏姜猪的mtDNA D-loop序列高变区Ⅰ进行扩增测序,获得长度为429 bp的有效序列,获得的序列中,AT含量为63.1%,GC含量为...     

中国部分地方水牛品种mtDNA D-loop区遗传多样性与起源研究

对我国10个地方水牛品种110个个体的mtDNA D-loop区序列(930 bp左右)进行分析,共检测到50种单倍型,107个核苷酸多态位点,其单倍型多样度(Haplotype diversity,Hd)为0.895 2±0.024 0,核苷酸多样度(Nucleotide diversity,π)为0.020 0±0.005 6,平均核苷酸差异(Average number of nucleotide differences,k)为18.445 0,表明我国水牛的遗传多态性丰富。构建的NJ进化树显示这10个品种的水牛主要有两个母系起源。     

贵州3个地方猪种的mtDNA D-loop序列遗传多样性分析

为了研究3个贵州地方猪种(白洗猪、从江香猪和黔北黑猪)mt DNA D-loop区的遗传多样性,本试验采用PCR直接测序的方法测定了3个贵州地方猪种共57个个体的mt DNA D-loop区全序列。结果表明,3个贵州地方猪种mt DNA D-loop区序列长度为1254~1314bp,可分为高变区、串联重复区和保守区,串联重复片段有4种,可分为A型和B型;D-loop区的碱基含量特点为A+T明显高于G+C;在白洗猪、从江香猪和黔北黑猪的高变区分别检测到6、6、8个均为转换的突变位点,分别定义了4、4、6种单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.6386~0.8974,核苷酸多样度为0.0025~0.0035,3个贵州地方猪种均表现出较为丰富的遗传多样性。     

郏县红牛mtDNA D-loop区遗传多样性与母系起源研究

［目的］探究郏县红牛的mtDNA D-loop遗传多样性与母系起源。［方法］采用生物信息学方法。［结果］在46头郏县红牛mtDNA D-loop区全序列共检测到60个变异位点,定义20种mtDNA D-loop单倍型,平均单倍型多样度(Hd)为0.8530,平均核苷酸多样度(Pi)为0.0254,表明郏县红牛有丰富的母系遗传多样性。构建的IQ系统发育树表明郏县红牛具有瘤牛和普通牛两个母系支系。［结论］郏县红牛具有丰富的母系遗传多样性,有普通牛和瘤牛两个母系起源。     

西藏部分山羊群体线粒体DNA D-loop区遗传多样性及系统进化分析

为了探究西藏不同山羊群体的遗传多样性和亲缘关系,提取4个山羊群体DNA,扩增其mtDNA D-loop区,并测序。结果显示:西藏山羊群体mtDNA D-loop区长度在1 200～1 212 bp,各群体山羊D-loop区富含A、T碱基,共发现106个多态位点,分离出21个单倍型。西藏山羊群体单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.085 7～1.000 0,0.007 04～0.019 14,4个群体山羊碱基突变率高,表明西藏山羊的遗传多样性非常丰富。核苷酸歧义度、NJ系统进化树表明西藏山羊群体间有共同母系血源,部分支系母系起源于镰刀型角野山羊(Capra aegagrus)和捻角山羊(Capra falconeri),同时存在其他的母系起源,支持山羊品种内的多起源说。     

云南昭通黄牛mtDNA D-loop区遗传变异分析

为检测云南昭通黄牛的遗传多样性,测定并分析了云南昭通黄牛线粒体D-loop区段全序列.结果显示,D-loop序列四种碱基A、T、C、G的频率分别是:32.9%、28.6%、24.8%和13.6%;共检测到48个变异位点,平均核苷酸差异(k)为22.762,核苷酸多样度(π)为2.504%,存在6个单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.952±0.096,显示出极高的遗传多样性.检索了与昭通黄牛地理分布相近的8个黄牛品种的D-loop序列资料,统计分析发现,9个黄牛品种间的遗传距离在0.0000～0.0376之间,昭通与其他黄牛品种的遗传距离最远,提示云南黄牛有着特殊的起源地位.     

岭南牛mtDNA D-loop区遗传多样性研究

[目的]通过测定岭南牛线粒体D-loop全序列来了解岭南牛的母系起源及遗传多样性。[方法]采用PCR扩增、测序及生物信息学方法。[结果]通过对30头岭南牛mtDNA D-loop序列分析,共发现62个变异位点和19种单倍型,核苷酸多样度(Pi)为0.0260,单倍型多样度(Hd)为0.8920,表明岭南牛遗传多样性丰富。构建的NJ系统进化树表明岭南牛有普通牛和瘤牛2种母系起源。[结论]岭南牛属于南方牛类型,受瘤牛的影响较大,具有瘤牛和普通牛的种质特征。     

中国西南地区5个地方绵羊群体mtDNA遗传多样性及系统进化研究

采用PCR—SSCP技术及mtDNA D-loop序列分析相结合的方法，对我国云南昭通绵羊、腾冲绵羊、宁蒗绵羊及西藏的多玛绵羊、江孜绵羊5个地方绵羊群体共232个个体进行遗传多样性及系统进化分析。PCR-SSCP分析显示，在西藏的多玛绵羊和江孜绵羊中均检测到线粒体编码区的Cytb和ND2基因的3种单倍型A、B和C，且在西藏的多玛绵羊、江孜绵羊中C单倍型比例高于B型；而在云南的昭通绵羊、腾冲绵羊和宁蒗绵羊中只检测到单倍型A和B。根据不同的单倍型从5个群体中筛选出39个样品进行mtDNAD-loop区克隆测序，经过系统进化分析揭示西藏绵羊存在A、B、C3种mtDNA单倍型；而云南绵羊只存在A、B2种mtDNA单倍型。以上基于PCR-SSCP和D-loop区序列的分析结果一致提示西藏绵羊有3个母系来源，云南绵羊有2个母系来源。基于mtDNAD-loop序列的多态性分析结果显示西藏多玛绵羊和江孜绵羊的单倍型多样度（Hd）、核苷酸多样度（Pi）及平均核苷酸差异数（k）均高于云南3个地方绵羊品种，提示西藏绵羊遗传多样性较丰富，云南绵羊遗传多样性相对贫乏。     

新疆马鹿群体遗传多样性及起源进化研究

为了科学评价、保护和利用新疆马鹿遗传资源,检测新疆马鹿群体遗传多样性和确定新疆马鹿起源进化的系统地位。对新疆塔里木马鹿、阿尔泰马鹿、天山马鹿3个群体,及与其距离相近的阿拉善马鹿、甘肃马鹿2个群体共108个个体的D-loop全序列扩增、测序,分析其碱基组成及变异。结果:共检测到40个单倍型,单倍型多样度(Hd)0.998±0.006,核苷酸多样度(Pi)0.041±0.005,平均核苷酸差异数K=36.08。构建NJ和MP分子系统发育树发现,塔里木马鹿与其他马鹿遗传距离较远,分属于不同的类群;阿尔泰马鹿、天山马鹿及甘肃马鹿之间都存在基因交流情况,可能是群体间引种杂交所致。结论:新疆马鹿遗传多样性丰富,新疆塔里木马鹿可能起源于欧洲,其他马鹿起源于亚洲。部分群体间存在基因交流情况。     

基于线粒体DNA D-loop区全序列分析儋州鸡遗传多样性及其起源进化关系

为了研究儋州鸡的遗传多样性及其起源进化关系,本研究对36只儋州鸡样品的线粒体DNA(mtDNA) D-loop区全序列进行PCR扩增和测序,结合GenBank中公布的部分品种鸡的mtDNA D-loop区全序列,利用生物信息学方法进行数据处理,分析儋州鸡的遗传多样性及其起源进化关系。结果显示,儋州鸡mtDNA D-loop区扩增片段长度为1 210 bp,A+T含量为59.9%,C+G含量为40.1%,变异区在167～1 215 bp之间,高变区主要集中在167～367 bp之间,存在6种单倍型,共有20个变异位点,单倍型变异度(Hd)为0.571,平均核苷酸差异(k)为6.449,核苷酸多样度(Pi)为0.00537,中性检验的Tajima’s D值为1.61643,6种单倍型可分为A、B、C 3个世系,以B世系为主。研究结果表明,儋州鸡群体遗传多样性和单倍型多样性相对偏低,结合群体构建的系统进化树发现,儋州鸡的遗传组成来自3个母系祖先,缅甸红原鸡、爪哇红原鸡及红原鸡海南亚种均是其潜在的祖先,受外来鸡种影响较小,是一个较为封闭的原始鸡种。     

甘孜藏牛mtDNA 基因组遗传多样性分析

［目的］探究甘孜藏牛的mtDNA基因组遗传多样性与母系起源。［方法］采用mtDNA全基因组序列比对及生物信息学方法。［结果］结果显示：在28头甘孜藏牛mtDNA 基因组中,共检测到1232个变异位点,确定了22种单倍型,其单倍型多样度（Hd）为0.98820±0.00010,核苷酸多样度（Pi）为0.02420±0.00003,表明甘孜藏牛具有丰富的母系遗传多样性。系统发育树和网络分布图表明,28头甘孜藏牛mtDNA基因组包括4种母系支系,分别为普通牛的T2、T3与T4支系,还有牦牛支系,其中T2支系占7.14%,T3支系占64.29%,T4支系占3.57%,牦牛支系占25 %。［结论］甘孜藏牛具有较丰富的母系遗传多样性,为普通牛母系起源,但与牦牛有杂交。     

淮南猪线粒体DNA D-loop遗传多样性及母系起源研究

为探究淮南猪的遗传多样性和母系起源,本实验对32头淮南猪线粒体DNA D-loop区序列进行PCR扩增和测序,并结合GenBank中国内外猪种及黄河流域古家猪D-loop序列,分析淮南猪线粒体多态性及其起源。结果显示:淮南猪1 170 bp的D-loop序列核苷酸多样性(Pi)及单倍型多样性(Hd)分别为0.004 25和0.968;32个测序结果共检测到27个多态位点,界定了20种单倍型;中性检验表明淮南猪在驯化进程中曾发生过种群扩张;邻接法(NJ)构建分子系统发育树明显将群体分为国内和国外2个类群,淮南猪20个单倍型都聚集在国内分支上;进一步Network分析显示,淮南猪单倍型在国内猪种中呈广泛分布,但与华中、华北型猪种基因交流较多,且与黄河流域古家猪遗传关系较近,表明淮南猪为多母系起源,主要来自于黄河流域古家猪。     

崇仁麻鸡mtDNA D-loop区遗传结构与遗传多样性分析

为研究崇仁麻鸡线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)D-loop区遗传多样性和遗传结构，试验采用PCR产物直接测序的方法，测定崇仁麻mtDNA D-loop区的全序列，并与其他5个红色原鸡亚种进行系统进化关系分析。结果显示：30个样本的mtDNA D-loop区序列长度范围为1 231～1 232 bp，共发现27个多态位点，单倍型多样性（Hd）、核苷酸多样性（Pi）和平均核苷酸差异（K）数值分别为0.947、0.006 89和8.476。群体中16种单倍型划分为A、B、C和E单倍型类群。研究表明，崇仁麻鸡具有较高的线粒体遗传多样性，可能来源于不同的母系。     

河南省地方猪遗传资源保护状况评价及对策探讨

为了解河南省地方猪遗传资源保护状况,本研究对淮南猪、确山黑猪、南阳黑猪和豫西黑猪4个地方猪进行了遗传资源分布、数量调查,对其受威胁程度进行评价,分析其遗传多样性。结果表明:与2006年相比,2017年淮南猪、确山黑猪、南阳黑猪和豫西黑猪的分布范围无明显变化,但淮南猪与南阳黑猪的存栏数量减少,分别下降了56.7%、75.7%,确山黑猪存栏数量增加了207.7%;河南省地方猪的单倍型多样度(Hd)在0.7882~0.8545、核苷酸多样度(Pi)在0.0036~0.0046,与其他猪种相比处于中低水平;淮南猪受到严重威胁,南阳黑猪受威胁,确山黑猪存在潜在威胁,亟需采取有效的保种措施进行保护。     

陆川猪mtDNA D-loop序列遗传多样性分析

本研究测定了陆川猪17个个体mtDNA D-loop高变区序列,共检测到5个单倍型,单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.640和0.0074,表明陆川猪有较高的遗传多样性。结合已报道的中国地方猪种的mtDNA D-loop序列进行分析,结果发现,陆川猪和属于华中型的宁乡猪、大花白猪有很近的遗传关系,但与传统上同属华南型的香猪和滇南小耳猪的遗传关系较远,这与传统的分类方法不一致。     

基于Cytb基因多态性研究西藏地区8个藏山羊群体遗传结构及母系起源

旨在基于Cytb基因多态性探讨藏山羊群体间遗传结构及其母系起源。对西藏8个地区157只藏山羊的细胞色素b基因(Cytb)全序列进行扩增和测序,分析群体遗传多样性,计算群体间遗传分化指数,构建系统发育邻接树等。结果显示,藏山羊Cytb全序列为1 140bp,在8个群体中共检测到33个变异位点,定义了30种单倍型,单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样度(Pi)分别为0.736和0.001 8,表明西藏地区藏山羊群体具有较丰富的遗传多样性。78.6%的群体间发生了显著的遗传分化(P0.05),组内群体间的变异极显著(F_(SC)=0.321,P0.001);系统发育邻接树分为了4个单倍型组(Haplogroup A-D),提示藏山羊有4个母系起源;单倍型网络图显示,不同地理来源的藏山羊没有完全聚类在同一群簇。在历史驯养过程中,藏山羊发生过群体扩增事件。本研究表明,西藏地区藏山羊有4个母系起源,并呈现出较丰富的遗传多样性,虽然群体间有一定程度的遗传分化,但没有形成明显的地理分隔格局,遗传结构差异在缩小。本研究结果为藏山羊遗传资源的保护和利用提供了科学依据。     

青海省格尔木牦牛的母系遗传多样性及支系组成

[目的]从分子水平上探究青海省格尔木牦牛的母系遗传多样性、群体遗传结构及其遗传背景。[方法]对49头格尔木牦牛mtDNA D-loop区部分序列进行了测定,后使用DnaSP 5.10.01、Arlequin 3.11和MEGA 5.05等生物信息学软件确定其多态位点和单倍型数目,计算核苷酸多样度和单倍型多样度大小,并进行系统发育分析。[结果]在截取的618 bp格尔木牦牛D-loop区分析序列中,排除1处插入(缺失)后共检测到45处多态位点,包括10处单一多态位点和35处简约信息位点;根据序列间核苷酸变异共确定了18种单倍型,其中单倍型H4为优势单倍型,核苷酸多样度为0.015±0.008,单倍型多样度为0.911±0.022。与野牦牛及大通、天祝、金川等其他家牦牛品种相比,格尔木牦牛群体单倍型多样度和核苷酸多样度值均较高,表明该群体具有丰富的母系遗传多样性。以美洲野牛为外群,邻接法(即NJ法)构建的系统发育树结果显示：格尔木牦牛群体18种单倍型分布在A、B、C、D和G 5种单倍型组中,且聚为3个大的分支,提示格尔木牦牛由3个母系支系组成,拥有3个母系起源。[结论]格尔木牦牛群体具有丰...