牛STAT1基因启动子区多态性研究

 为筛选STAT1基因启动子区SNP及研究其对启动子功能元件的影响。选择品种差异较大的贵州荷斯坦奶牛和务川黑牛构建不同DNA池,直接测序筛选SNP位点。结果表明：STAT1基因5&;apos;调控区及第1外显子存在3个SNPs位点,分别为：T-537G、T-508A、C+10T。生物信息学软件预测得到STAT1基因核心启动子区和转录因子结合位点,SNP位点导致1个转录因子结合位点消失,而产生10个新的转录因子结合位点。CpG岛范围未受到突变位点影响,但STAT1基因RNA二级结构在突变后显著改变。研究结果为进一步确定STAT1启动子功能奠定试验基础。     

牛αs2酪蛋白、k酪蛋白基因启动子区多态性研究

为研究牛CSN1S2、CSN3基因启动子多态性.选择品种差异较大的贵州荷斯坦奶牛和务川黑牛构建不同DNA池,设计特异性引物分别扩增2个牛种CSN1S2、CSN3基因5’调控区及第1外显子部分序列.结果表明:CSN1S2基因5’调控区存在3个SNPs位点:A-253T、A-317G、A-407G,CSN3基因5,调控区发现4个SNPs:T-79G、G-415G、T-421C、T-658G,2个牛品种在不同位点的多态性有显著差异.生物信息学软件预测CSN1S2、CSN3基因核心启动子区及转录因子结合位点,CSN1S2基因A-253T、A-317G位于预测核心启动子区.SNP位点造成CSN3基因7个转录因子结合位点消失,而产生10个新的转录因子结合位点.对于CSN1S2、CSN3基因,突变前后RNA二级结构有明显改变,目标序列均未发现CpG岛.研究结果为进一步确定其启动子功能奠定试验基础.     

务川黑牛TLR2基因的单核苷酸多态性(SNP)筛查及生物信息学分析

采用DNA混合池扩增后直接测序的方法,对务川黑牛TLR2基因的单核苷酸多态性(SNP)位点进行筛查,并利用生物信息学软件预测各SNP位点对TLR2基因mRNA和蛋白质结构的影响.结果 表明,务川黑牛TLR2基因共有18个SNP位点,其中有9个位点是错义突变,分别导致相应的氨基酸发生改变.生物信息学分析发现,T978A、...     

陕西地区荷斯坦牛Mx1基因外显子多态性分析

牛Mx1基因位于1号染色体上,含有14个外显子,编码648个氨基酸。研究以346头陕西地区荷斯坦牛为研究对象,根据GenBank所提供的牛Mx1基因序列,设计15对引物,采用混合DNA池扩增测序和PCR-RFLP的方法对牛Mx1基因的14个外显子进行多态性分析。结果表明,4个SNPs,分别位于外显子3（g.843330T〉C,g.843411A〉G）、外显子4（g.844048C〉T）和外显子7（g.851325T〉C）。其中,外显子4（g.844048C〉T）为同义突变;外显子3（g.843330T〉C,g.843411A〉G）两个位点的突变分别导致了异亮氨酸（Ile）向苏氨酸（Thr）、谷氨酸（Glu）向精氨酸（Arg）的突变;外显子7（g.851325T〉C）位点的突变导致亮氨酸（Leu）变为脯氨酸（Pro）。4个SNPs位点都存在三种基因型,但纯合子的突变频率较低。4个SNPs位点共构建了11种单倍型,其中以H6为最主要的单倍型。结果显示,陕西地区荷斯坦牛Mx1基因存在较丰富的多态性,这将为Mx1基因结构和功能的研究以及将来在育种实践中的应用提供基础资料。     

中国荷斯坦牛C4A基因5'侧翼区功能分析

利用在线预测软件对牛C4A基因的5'侧翼区序列进行生物信息学分析,成功构建了一系列表达载体,利用双荧光素酶报告基因检测系统分析牛C4A基因的5'侧翼区启动活性。分别通过定点突变技术构建突变质粒,研究调控C4基本表达和诱导表达的转录因子结合位点。利用EMSA技术验证转录因子在研究细胞系中存在与否。结果显示,C4A基因启动子序列转录起始位点上游169 bp为报告基因荧光值最高的片段,即为启动子核心区;其中SP1(-169~-158)、E-box(-122~-117)和AP-1(-80~-71)是调控C4基本表达的主要转录因子结合位点,且3个转录因子在Hep G2细胞系中真实存在。     

中国荷斯坦牛κ-酪蛋白基因外显子1的多态性研究

本试验以64头中国荷斯坦牛为研究对象,采用PCR-SSCP方法对κ-酪蛋白基因外显子1的多态性进行研究,结果显示外显子1在群体中存在多态性,此结果为荷斯坦牛标记辅助选择提供了理论依据。     

奶牛FcRn受体α链基因启动子区的SSCP多态性研究

以189头荷斯坦奶牛为研究对象,对FcRn受体α链基因(FCGRT)启动区采用PCR-SSCP方法进行多态性检测。结果表明,FCGRT基因启动区在P1、P2和P3引物扩增片段中存在PCR-SSCP多态性,位于引物P1扩增产物有AA、AB、BB3种基因型,其频率分别为25.40%、59.26%、15.34%;引物P2扩增产物有CC、CD、DD3种基因型,其频率分别为20.63%、56.61%、22.75%;引物P3扩增产物有EE、EF、FF3种基因型,其频率分别为1.59%、12.17%、86.24%。经克隆测序分析,在3个片段上分别发生了T→C、C→A、G→T的碱基序列突变。经χ2适合性检验,除SNP1外,荷斯坦奶牛在该基因位点上的SNP2和SNP3均处于Hardy-Weinberg平衡状态。     

牛MC1R基因——新的SNP

本实验克隆测序了中国荷斯坦牛、鲁西黄牛和渤海黑牛三个品种的MC1R基因。运用Blastn工具对本实验得到的序列及所有发表的牛MC1R基因序列进行比对分析，发现牛MC1R基因编码区725bp处存在一新的单核苷酸多态性（SNP）。基于此SNP我们对现发表的所有牛MC1R基因做了总结。     

中国南方荷斯坦牛HP基因多态性与产奶性状及血液生理生化指标的关联分析

试验旨在研究中国南方荷斯坦牛触珠蛋白(Haptoglobin,HP)基因的多态性及其对产奶性状、血液生理生化指标的影响。利用直接测序法及SNaPshot技术检测HP基因编码区(Coding sequence, CDS)的单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism, SNP)位点,并对这些多态性位点不同基因型和组合与785头中国南方荷斯坦牛的产奶性状及血液生理生化指标进行关联分析。结果显示,HP基因的CDS区域存在3个SNPs位点,即rs41871650、rs209034260和rs41871651,这3个位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。在试验群体中,rs41871650位点对305 d奶量、总奶量和高峰奶性状的效应达到显著水平(P<0.05);rs209034260位点对总奶量和高峰奶性状的效应达到显著水平(P<0.05)。rs41871650位点对天门冬氨酸转氨酶(AST)影响极显著(P<0.01),对淋巴细胞百分比(LYMPH%)、白蛋白(ALB)、丙氨酸转氨酶(ALT)及碱性磷酸酶(ALP)影响显著(P<0...     

中国荷斯坦牛BoLA-DRB3.2基因座的PCR-RFLP多态性分析

主要组织复合体(Major Histocompatibility Complex,MHC)基因在动物机体免疫系统中具有重要作用,并与多种疾病的抗性或易感性存在相关性.利用限制性内切酶HaeⅢ和RsaⅠ通过PCR-RFLP技术分析了112头中国荷斯坦牛BoLA-DRB3.2基因的多态性.结果表明:所检测牛群中BoLA-DRB3.2基因在两个酶切位点均存在多态性,HaeⅢ酶切位点存在4种等位基因,有4种基因型;RsaⅠ酶切位点存在3种等位基因,有4种基因型.经x2适合性检验,所检测牛群中BoLA-DRB3.2基因在两个酶切位点均未达到Hardy-weinberg平衡状态.     

布莱凯特黑牛心脏脂肪酸结合蛋白基因单核苷酸多态性的研究

利用PCR-SSCP方法测定96头布莱凯特黑牛H-FABP基因外显子2和内含子2的部分序列多态性,并对含有多态序列的片段进行了序列分析。结果表明,引物1、3的扩增序列不存在多态性,引物2、4的扩增序列存在多态性;引物2在内含子第323位点处存在G→A突变,在群体中产生了AA、AB、BB 3种基因型,基因型频率分别为0.448、0.146、0.406,多态信息含量(PIC)为0.375,属于中度多态(0.25χ²检验该位点基因型频率不处于Hardy-Weinberg平衡状态;引物4在内含子2第872位点处存在C→G的突变,产生了HH、Hh、hh3种基因型,基因型频率分别为0.104、0.417、0.479,多态信息含量(PIC)为0.337,为中度多态(0.25χ²检验该位点基因型频率达到Hardy-Weinberg平衡状态。     

猪肌分化因子1基因启动子区多态性及生物信息学研究

为揭示猪肌分化因子(myogenic differentiation 1,MyoD1)基因启动子区多态性,本试验分别以野猪×从江香猪二元杂交猪、杜×长×大外三元杂交猪及贵州宗地花猪为研究对象,采用DNA池和直接测序技术,筛选MyoD1基因5'UTR及部分第1外显子区SNP位点,利用生物信息学软件预测SNP位点对核心启动子区、CpG岛和转录因子结合位点的影响。结果表明,在MyoD1基因5'UTR及部分第1外显子区筛查到3个SNPs位点,分别为A-39G、T+150C和C+227G;生物信息学软件预测发现,A-39G位点附近出现重要转录因子结合位点消失和新位点生成;CpGIslandsearcher软件分析得到多态位点突变前后CpG岛大小及GC含量发生改变,据此推测猪MyoD1基因5'UTR区域的A-39G位点对调控启动子功能元件有重要影响。     

布莱凯特黑牛心脏型脂肪酸结合蛋白基因的研究进展

肉质性状与肌内脂肪含量紧密相关。心脏型脂肪酸结合蛋白(heart fatty acid-binding protein,H-FABP)基因作为影响肌内脂肪含量的候选基因之一,成为布莱凯特黑牛分子育种改善肉质性状的研究重点。作者就H-FABP对脂肪酸转运的调控机理、H-FABP基因定位和结构等方面进行阐述,并结合在不同畜禽上的研究进展进行比较分析,为利用现代分子生物技术培育布莱凯特黑牛新品种提供理论参考。     

MYLPF基因在肉牛肌肉生长过程中的功能研究

试验旨在探究快肌肌浆球蛋白可调节磷酸化轻链（myosin light chain,phosphorylatable,fast skeletal muscle,HUMMLC2B或MYLPF）基因在布莱凯特黑牛各组织中的表达情况,以及布莱凯特黑牛与鲁西黄牛背最长肌中MYLPF基因表达量的变化规律,为探讨其与肌肉生长发育关系奠定基础。以布莱凯特黑牛和鲁西黄牛为研究对象,利用实时荧光定量PCR检测其背最长肌、心脏、肺脏、肝脏、脾脏等10个组织中MYLPF基因的表达情况,并对布莱凯特黑牛和鲁西黄牛2、6、10和12月龄4个不同时期背最长肌中MYLPF基因的表达量变化进行研究。结果表明,MYLPF基因在背最长肌中高表达,在心脏中少量表达,在其他组织中几乎不表达。MYLPF基因在2、6、10和12月龄牛背最长肌中均高表达,但随着年龄的增加MYLPF基因的表达量逐渐降低,2月龄的表达量最高,极显著高于其他3个时期（P<0.01）,12月龄表达量最低。4个时期布莱凯特黑牛背最长肌中MYLPF基因的表达量均高于鲁西黄牛,其中10月龄差异极显著（P<0.01）,2和12月龄差异显著（P<0.05）,6月龄差异不显著（P>0.05）。综上结果表明,背最长肌中MYLPF基因可能对骨骼肌生长发育起调节作用,可为研究肉牛骨骼肌生长发育机理和阐明肌肉生长的分子机制提供参考。     

Study on the Function of MYLPF Gene of Muscle Growth in Cattle

This study was aimed to investigate the expression level of myosin light chain,phosphorylatable,fast skeletal muscle (MYLPF) gene in the tissues of Black cattle, and its expression level in the longissimus dorsi muscle of Black cattle and Luxi cattle, and to lay the foundation for the study of its relationship with muscle growth and development. The MYLPF gene expression level in 10 tissues of longissimus dorsi, heart, lung, liver and spleen and so on were detected by Real-time quantitative PCR, and then the changes of MYLPF gene expression level in longissimus dorsi of Black cattle and Luxi cattle at 2, 6, 10 and 12 months of age were studied. The results showed that MYLPF gene was highly expressed in the longissimus dorsi, lowly expressed in the heart, and the other tissues were almost not expressed. The MYLPF gene expression level in the longissimus dorsi was high in 2, 6, 10 and 12 months, with the increase of age,the MYLPF gene expression level decreased gradually, the expression level of 2 months of age was the highest, which was extremely significantly higher than that of the other three periods (P<0.01). The MYLPF gene expression level in the longissimus dorsi of Black cattle was higher than that of Luxi cattle in four period, which in 10 months of age were extremely significantly different (P<0.01), 2 and 12 months of age had significant difference (P<0.05), the difference in 6 months of age was not significant (P>0.05). The results suggested that MYLPF gene in the longissimus dorsi might play a regulatory role in the growth and development of skeletal muscle, which might provide a reference for studying the mechanism of growth and development of skeletal muscle and the molecular mechanism of muscle growth.     

生长抑素基因第1外显子多态性与湘西黄牛体尺性状的关联分析

为探讨湘西黄牛分子遗传特征和寻找生长性状相关的分子标记,本试验采用PCR-SSCP方法检测湘西黄牛生长抑素(somatostatin,SST)基因第1外显子126 bp处g.934G>A位点的多态性,并进行了多态性与生长性状的关联分析。结果表明,湘西黄牛在g.934G>A位点有G和A两个等位基因,G等位基因占优势,检测到GG、AG和AA 3种基因型,呈中度多态,达到Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。湘西黄牛GG基因型个体的体高和体长显著大于AA基因型个体(P<0.05);GG和AG基因型个体的胸围和体重极显著大于AA基因型个体(P<0.01)。G等位基因对湘西黄牛的体高、体长、胸围和体重4个性状均为正效应。本试验结果提示,SST基因g.934G>A位点可能为湘西黄牛生长性状的分子遗传标记位点。     

关岭牛解偶联蛋白3基因5’侧翼区克隆和生物信息学分析

本试验对贵州关岭牛解偶联蛋白3（uncoupling protein,UCP3）基因5'侧翼区进行克隆,并利用生物信息学软件对其1080 bp的克隆序列进行分析,以研究UCP3基因5'侧翼区特异性转录调控元件的调控机制。软件分析发现关岭牛UCP3基因5'侧翼区含有6个可能的转录起始点和33个潜在转录因子结合位点,与东北虎、家猫、印度水牛、藏羚羊、山羊、绵羊UCP3基因5'侧翼区（-196～+100 bp）序列相似性分别为82%、82%、98%、95%、96%和98%;该区域保守性较强,推测转录起始点上游-200～+1 bp可能是其核心启动子区域,该区域在调控基因转录和翻译方面具有共同的作用。试验成功克隆了UCP3基因5'侧翼区序列1080 bp,初步预测了该基因的核心启动子区。     

关岭牛肌球蛋白重链1基因5'侧翼启动子的克隆和生物信息学分析

本试验旨在进行关岭牛肌球蛋白重链1（myosin heavy chain 1,MYH1）5'侧翼启动子的克隆和生物信息学分析。采集关岭牛血液及组织样品（背最长肌、后腿肌、心脏、肝脏、小肠、脂肪组织）,利用PCR方法扩增关岭牛MYH1基因5'侧翼区,构建关岭牛pUCm-T-MYH1克隆载体,并对MYH1基因5'侧翼区进行生物信息学分析,最后利用实时荧光定量PCR法测定了MYH1基因在关岭牛不同组织中的表达。结果显示,本试验成功获得1 373 bp（-1 360~+12 bp）的MYH1基因5'侧翼启动子序列;利用生物信息软件对获得的克隆序列进行分析发现,MYH1基因5'侧翼启动子序列存在5处可能的转录起始点和多个潜在转录因子结合位点;关岭牛与金丝猴、野猪、家鼠、藏羚羊、野驴的MYH1基因5'侧翼区保守性较强的区域为转录起始点上游-400~+100 bp,推测转录起始点上游-400~+75 bp可能是其核心启动子区域。实时荧光定量PCR分析发现,MYH1基因在关岭牛背最长肌和后腿肌中高表达,在心脏、肝脏、小肠、脂肪组织中表达量很低,说明MYH1基因表达具有组织特异性。