Rapid and sensitive protein similarity searches

An algorithm was developed which facilitates the search for similarities between newly determined amino acid sequences and sequences already available in databases. Because of the algorithm's efficiency on many microcomputers, sensitive protein database searches may now become a routine procedure for molecular biologists. The method efficiently identifies regions of similar sequence and then scores the aligned identical and differing residues in those regions by means of an amino acid replacability matrix. This matrix increases sensitivity by giving high scores to those amino acid replacements which occur frequently in evolution. The algorithm has been implemented in a computer program designed to search protein databases very rapidly. For example, comparison of a 200-amino-acid sequence to the 500,000 residues in the National Biomedical Research Foundation library would take less than 2 minutes on a minicomputer, and less than 10 minutes on a microcomputer (IBM PC).     

光温敏核不育系的选育与技术创新探讨

水稻育种从矮化育种到杂交优势的研究利用,技术创新使水稻育种水平有了质和量的飞跃。针对当前消费者对稻米品质需求,品质育种成为水稻育种者必须考虑的问题。简要归纳了光温敏核不育系的选育方法及历程,并结合云南丰富的稻种资源和得天独厚的地理生态优势,运用光温互换 生态压力淘汰法选育优质软米核不育系的技术路线,对云南选育软米核不育系成效进行总结,并对有效选育优质软米核不育系的技术基础及软米杂种优势的利用进行论述。     

基于环式等温扩增的烟草青枯病病原菌快速检测方法

针对烟草青枯病的防控,开发快速、高效的病原菌检测方法是必要的。环式等温扩增(LAMP)是一种在等温条件下快速完成靶标基因扩增的新方法。将青枯病菌贵州分离株FQY4基因组序列(NCBI号:CP004013)与其他已发表菌株序列比对分析,确定编码鞭毛蛋白的fliC基因的保守区域可被选作检测靶标。根据LAMP原理以及靶标序列的特点,设计了一组由6条引物组成的环式等温扩增反应体系。结果表明:61℃条件下孵育45min,可完成对青枯病病原菌单菌落和带菌烟草叶片的检测,结果判定可以通过颜色变化被肉眼直接识别,也可以通过琼脂糖凝胶电泳检测。通过这种新方法,可以实现对青枯病菌菌落的快速鉴别,还可以用于对田间疑似带病烟草植株的快速检测。     

Polymorphism in benzene, naphthalene, and anthracene at high pressure

Optical observations, in which a microscope was used with the diamond-anvil pressure cell, were carried out on benzene, naphthalene, and anthracene up to temperatures of about 600 degrees C and pressures of approximately 40 kilobars. New high-pressure phases of benzene (benzene III) and anthracene (anthracene II) were observed, and the existence of the high-pressure polymorph, naphthalene II, was verified. All three materials decompose initially to a reddish-orange liquid, and ultimately to amorphous carbon. The decomposition temperatures decrease with increasing molecular size.     

优良木薯品种新选048离体快繁技术

[目的]探讨木薯新品种新选048的离体快速繁殖技术,为扩大种苗生产提供参考.[方法]以带腋芽的幼嫩茎段为外植体,研究不同季节取材、不同灭菌方法、不同用量植物生长调节剂以及不同培养方式对新选048离体快繁过程的影响.[结果]相对于冬季、夏季,春季采集的腋芽萌发快、生长势旺,污染率为22.1%,成活率为69.3%.在8~12 min内,随着0.1% HgC12、2.0% NaC1O灭菌时间的延长,外植体污染率降低,但褐化率随之升高;不同处理中,以0.1% HgCl2处理10 min对外植体的灭菌效果较好.在继代增殖培养基中,随着6-BA用量(0.02~1.00 mg/L)的升高,诱导的愈伤组织长度、鲜重和干重均不断增加,而不定芽的增殖系数、组培苗的鲜重和干重呈先升高后降低的变化趋势,但不定芽高度逐渐降低;以添加0.05 mg/L 6-BA的增殖效果最好,最高增殖系数为6.1倍,组培苗鲜重和干重综合表现较好.采用固体培养基培养的木薯不定芽增殖系数和组培苗干重最高,且诱导的不定芽长势均一、生长势旺;采用液体培养基培养的不定芽株高和组培苗鲜重最高,而间歇式浸没培养诱导的木薯不定芽增殖系数、株高、组培苗鲜重和干重均较低.在1/3MS+0.02 mg/L NAA+20.0 g/L蔗糖+6.0 g/L琼脂粉的生根培养基中不定芽生根率达100.0%,根多且长,呈乳白色.[结论]成功建立了木薯品种新选048以带腋芽的茎段为外植体的快速繁殖体系,可为其种苗生产提供新的途径.     

二重PCR快速检测牛伊氏锥虫和牛巴贝斯虫的研究

根据伊氏锥虫ITS序列（FJ416612）和GenBank报道的牛巴贝斯虫棒状结合蛋白1序列（FJ588013）,设计合成2对特异性诊断引物,建立了牛伊氏锥虫和牛巴贝斯虫的二重PCR诊断方法。结果表明,建立的二重PCR诊断方法可扩增出牛伊氏锥虫和牛巴贝斯虫的特异性条带,大小分别为213bp和360bp,最低检出量分别为4．00pg和0．38pg。但对牛双芽巴贝斯虫、分歧巴贝斯虫、环形泰勒虫、附红细胞体、巴氏杆菌不敏感。用该二重PCR方法对95份水牛样品和134份奶牛样品进行检测,结果发现,水牛伊氏锥虫的感染率为13．7％（13／95）、牛巴贝斯虫的感染率为7．4％（7／95）,无混合感染;奶牛伊氏锥虫的感染率为3．7％（5／134）、牛巴贝斯虫的感染率为0（0／134）。说明该二重PCR方法具有敏感、快速、特异的特点,适用于牛伊氏锥虫和牛巴贝斯虫的流行病学调查。     

阿维菌素降解菌的分离鉴定及降解特性研究

[目的]分离阿维菌素降解菌为土壤农药污染修复提供理论依据和物质基础。[方法]从长期受阿维菌素污染的某制药厂沉淀池底泥中分离出了3株能高效降解阿维菌素的菌株,利用16S r DNA序列分析法对其进行鉴定,并对其降解特性进行研究,最后进行了土壤模拟降解试验。[结果]经鉴定,3株细菌分别为枯草芽孢杆菌、黏质沙雷氏菌和蜡样芽孢杆菌。枯草芽孢杆菌降解阿维菌素的最适p H值和温度分别为6.0和35℃,在装样量80 m L、细菌接种量0.1%(体积分数)、底物含量100 mg·L-1条件下降解速率最佳,添加0.2%的蔗糖和酵母浸液可促进阿维菌素的降解;黏质沙雷氏菌降解阿维菌素的最适p H值和温度分别为6.0和40℃,在装样量60 m L、细菌接种量0.05%、底物含量150 mg·L-1条件下降解速率最佳,添加0.2%的蔗糖和牛肉膏可促进阿维菌素的降解;蜡样芽孢杆菌降解阿维菌素的最适p H值和温度分别为6.0和40℃,在装样量120 m L、细菌接种量0.1%、底物含量150 mg·L-1条件下降解速率最佳,添加0.2%的淀粉和酵母浸液可促进阿维菌素的降解。试验结果还表明:添加少量Fe3+、Cu2+可显著提高阿维菌素的降解速率,其中以Cu2+最为明显。土壤模拟降解试验结果表明土壤中添加高效降解菌会显著加快阿维菌素的降解。[结论]试验所得3株菌株在土壤修复方面具有很好的应用前景。     

木薯新品种新选048离体微扦插快速繁殖技术

以木薯新品种新选048腋芽为外植体,对木薯离体微扦插途径进行研究。结果表明,采用0．1％HgCl2液灭菌木薯外植体6-12min,对外植体的存活率影响不明显,外植体成活率为32．3％～37．9％。将在MS＋NAA0．1mg,L中诱导培养获得的腋芽剪成带芽茎段,扦插到含0-0.3mg／LNAA、0-1．5mg／L6-BA的Ms培养基中,其在MS＋0.3mg／LNAA培养基中的增殖和生长效果最好,增殖系数高、苗壮且整齐、根白色粗壮,愈伤组织白色、生长正常。与河沙相比,以木糠为木薯组培苗的假植基质较好,成活率达70％以上。     

青岛大花脱毒种苗快繁技术研究

【目的】探讨啤酒花品种青岛大花脱毒苗植株再生技术,以期获得青岛大花脱毒苗快速繁殖的便捷途径。【方法】以青岛大花脱毒苗的单芽茎段为外植体,分别以不同水质（自来水、凉开水、蒸馏水、当地井水）、不同前茬和简易营养液处理（带芽根茬、带芽根茬＋简易营养液、新鲜培养基）及不同激素组合进行芽诱导和植株再生。【结果】在芽诱导及植株再生培养过程中,以当地井水进行外植体培养的效果较好,虽然其诱导芽数、新增芽数、增殖倍数稍低于对照蒸馏水,但生根茎段数、生根率、平均根长、茎粗和株高均最高,其次为凉开水处理;自来水处理的生根茎段数、诱导芽数、新增芽数、增殖倍数、株高等均明显低于蒸馏水对照。在前茬培养基上添加10mL简易培养液对外植体培养20d,其诱导芽数、新增芽数、增殖倍数、株高均明显高于新鲜固体培养基处理,且叶色均浓绿。在不同激素组合中,随着6-BA、IAA浓度的增加,单芽茎段的诱导芽数、生根率、增殖倍数呈先降低后增加的趋势,其中以原继代培养的激素组合6一BA0．1mg／L＋IAA0．2mg／L的诱导芽数、生根率、增殖倍数最高,其次为激素组合6-BA0．01mg／L＋IAA0．02mg／L。【结论】在外植体诱导和植株再生培养中,可用当地井水、凉开水作为培养基介质取代蒸馏水;继续利用前代培养基并留茬、再适量添加简易培养液对外植体进行培养,可有效提高脱毒苗的增殖倍数,且再生苗质量不受影响;可使用含低浓度激素组合（6-BA0．01mg／L＋IAA0．02mg／L）进行脱毒试管苗芽诱导和植株再生培养,从而节省生产成本。     

2株邻苯二甲酸酯高效降解菌的筛选鉴定及其降解性能

为获得用于修复邻苯二甲酸酯(PAEs)污染的高效降解菌,通过富集培养的方法从土壤中筛选出2株PAEs降解菌(RXX-2、RXX-3),经形态观察、生化鉴定和16S r DNA序列分析对菌株进行了鉴定,并对其降解性能进行了分析。结果表明:菌株RXX-2和RXX-3初步鉴定为食异源物鞘氨醇菌(Sphingobium xenophagum)和鳗败血假单胞菌(Pseudomonas anguilliseptica)。菌株RXX-2降解PAEs的最佳条件为p H 8、温度30℃、转速175 r·min~(-1)、接种量1.5%;菌株RXX-3降解PAEs的最佳条件为p H 7、温度30℃、转速175 r·min~(-1)、接种量1.0%。在最佳降解条件下,经过5 d的培养,菌株RXX-2对邻苯二甲酸二丁酯(DBP)和邻苯二甲酸二(2-乙基己基)酯(DEHP)的降解率分别达到71.43%和52.85%,RXX-3对DBP和DEHP的降解率分别达到98.98%和62.96%,表明2株降解菌在PAEs污染环境的生物修复方面具有良好的应用前景。     

萘、菲、芘在土壤中的降解及其对植物生长的影响

【目的】分析多环芳烃(PAHs)萘、菲、芘在土壤中随时间的降解情况及其对小麦、小白菜生长的影响。【方法】采用盆栽试验,以小麦和小白菜为供试植物,研究PAHs不同起始含量(0(空白对照),50,100,200,500mg/kg)下土壤中萘、菲、芘残留量随时间的变化情况以及PAHs对植物发芽、生长的影响。设置小麦种植组、无植物对照组、无植物土壤灭菌对照组3个处理,研究种植小麦对土壤中PAHs萘、菲、芘含量的影响。【结果】小麦和小白菜种植90d时,土壤中萘、菲、芘的平均残留量分别为其起始含量的25.88%,29.84%和47.25%,萘、菲在土壤中的残留比率相差不大,而芘在土壤中的残留比率明显高于萘和菲。随着时间的推移,土壤中萘、菲、芘的残留量均逐渐降低,90d时残留量表现为芘菲萘。土壤中的萘、菲、芘对小白菜的发芽率和生长都有明显的抑制作用,并且土壤中PAHs起始含量越大,这种抑制作用越明显。PAHs对小麦发芽及生长情况的影响与小白菜有所差异,当土壤中PAHs的起始含量为0~100mg/kg时,PAHs对小麦的发芽具有一定的促进作用,而当PAHs起始含量超过100mg/kg时,其对小麦的发芽表现出抑制作用;与空白对照相比,不同含量PAHs对小麦生长的影响不明显。种植30d时,小麦种植组土壤中的萘、菲、芘残留量较起始含量(300mg/kg)分别减少了20.92%,21.75%和21.23%,较无植物对照组分别降低了9.75%,8.77%和9.96%,较无植物土壤灭菌对照组分别降低了8.88%,16.10%和16.14%。【结论】植物的存在能明显促进土壤中PAHs的降解,这是土壤微生物与植物共同作用的结果。     

Plaque reduction,a sensitive test for eastern encephalitis antibody

Serologic surveys of vertebrates to determine rates of eastern encephalitis infection were made to discover the most likely disseminators of virus in nature. Of the techniques available, neutralization is the most specific, and antibody is known to persist for many years. This communication reports a fivefold increase in sensitivity of neutralizing-antibody detection by the application of a plaquereducing technique.     

应用近红外光谱技术快速检测黑加仑浆果的主要营养成分

为了快速检测黑加仑浆果中的营养成分,用近红外光谱分析仪测量了黑加仑果浆样品近红外光谱(波长918～1 045 nm)吸收值,并用多元线性回归(MLR)、主成分回归分析(PCA)、偏最小二乘法(PLS)建立了同时测定黑加仑果浆中总酸、维生素C、总糖、花青素含量的数学模型,并对以上三种回归方法进行统计分析.结果表明,用多元...     

3株耐盐细菌对萘、菲、惹烯和苯并[α]芘的降解性能

为研究3株耐盐细菌(S1 Microbacterium sp.、G12 Zhihengliuella sp.和Y3 Pseudomon putida)对多环芳烃的利用性能,分别测定其在以萘、菲、惹烯和苯并[α]芘为唯一碳源并添加不同浓度葡萄糖(0、0.5、1.0、1.5 g/L)的无机盐培养基中的生长情况,采用气质联用(GC-MS)技术测定了3株菌在上述培养基中作用7 d后对4种多环芳烃(PAHs)的降解性能,同时测定出3株菌的生长量并计算出单位细胞的降解效率。结果表明:3株菌均能够利用4种PAHs作为碳源,且在无糖的萘-无机盐培养基的中生长量高于其他3种PAHs-无机盐培养基,在萘、菲、惹烯-无机盐培养基的生长量均与含糖量成正比,但0.5、1.0、1.5 g/L葡萄糖组间无显著性差异(P0.05);添加1.0 g/L葡萄糖时,3株菌对4种PAHs的降解率均可达到最高值,对萘的降解率分别提高了44.06%(S1)、70.56%(Y3)和50.98%(G12),对菲的降解率分别提高了49.66%(S1)、45.87%(Y3)和38.29%(G12),对惹烯的降解率分别提高了66.13%(S1)、61.31%(Y3)和56.20%(G12),对苯并[α]芘的降解率分别提高了69.42%(S1)、65.79%(Y3)和65.01%(G12)。研究表明,3株菌对4种PAHs单个细胞降解速率均随葡萄糖浓度的增加而大幅度降低,呈剂量反比关系。     

3株耐盐细菌对萘、菲、惹烯和苯并[α]芘的降解性能

为研究3株耐盐细菌(S1 Microbacterium sp.、G12 Zhihengliuella sp.和Y3 Pseudomon putida)对多环芳烃的利用性能,分别测定其在以萘、菲、惹烯和苯并[α]芘为唯一碳源并添加不同浓度葡萄糖(0、0.5、1.0、1.5 g/L)的无机盐培养基中的生长情况,采用气质联用(GC-MS)技术测定了3株菌在上述培养基中作用7 d后对4种多环芳烃(PAHs)的降解性能,同时测定出3株菌的生长量并计算出单位细胞的降解效率。结果表明:3株菌均能够利用4种PAHs作为碳源,且在无糖的萘-无机盐培养基的中生长量高于其他3种PAHs-无机盐培养基,在萘、菲、惹烯-无机盐培养基的生长量均与含糖量成正比,但0.5、1.0、1.5 g/L葡萄糖组间无显著性差异(P>0.05);添加1.0 g/L葡萄糖时,3株菌对4种PAHs的降解率均可达到最高值,对萘的降解率分别提高了44.06%(S1)、70.56%(Y3)和50.98%(G12),对菲的降解率分别提高了49.66%(S1)、45.87%(Y3)和38.29%(G12),对惹烯的降解率分别提高了66.13%(S1)、61.31%(Y3)和56.20%(G12),对苯并[α]芘的降解率分别提高了69.42%(S1)、65.79%(Y3)和65.01%(G12)。研究表明,3株菌对4种PAHs单个细胞降解速率均随葡萄糖浓度的增加而大幅度降低,呈剂量反比关系。     

简易快速高效制备T载体

[目的]制备成本廉价、使用方便、效率高的T载体。[方法]用PstI充分酶切纯化的质粒pUC19,再用T4DNA聚合酶消化15min,电泳得到T载体,进行质量检测,并与商品化的T载体pMD18-T进行对比。[结果]自制的T载体自连检测只发现2个菌落与PCR扩增片段连接。经转化大肠杆菌JM109,pMD18-T的平均白斑率为99.4%,转化菌落为3.55万个/μg,自制T载体的平均白斑率为99.7%,转化菌落为3.38万个/μg,完全可以与商品出售的T载体媲美。[结论]该研究自制的T载体自连率低,假阳性率低,克隆效率高,可替代商品化的T载体用于TA连接,而且制备时间短,成本低廉,技术简单,值得推广。     

基于SPR生物传感器的H5N1流感病毒快速检测方法

为利用表面等离子共振(Surface Plasmon Resonance,SPR)生物传感器建立一种快速检测H5N1流感病毒的新方法。该研究利用SPR生物传感器以及H5N1单克隆抗体,对H5N1流感病毒样品进行检测分析。结果表明:该方法特性如下:1)可实现针对H5N1流感病毒的直接、快速和实时检测,整个过程无需任何标记;2)检测限为104.44 TCID50/mL,低于ELISA方法的103.24 TCID50/mL;3)在抗体消耗量方面,SPR技术要优于ELISA技术近100倍。