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1.
以石蝉草根、茎、叶为材料,采用Illumina Mi Seq高通量测序技术研究石蝉草内生细菌多样性。结果表明,根、茎、叶样品共测得167个OTUs,归属于11个门,分别为变形菌门、Ignavibacteriae、芽单胞菌门、梭杆菌门、厚壁菌门、异常球菌-栖热菌门、绿弯菌门、拟杆菌门、放线菌门和酸杆菌门,各样品的菌群组成和多样性虽有差异,但以变形菌门为优势菌群,约占62.48%~93.24%。在各样品菌群丰度最高的10个OTUs中,叶部优势群落芽孢杆菌属、根部特有群落粘球菌目与石蝉草中具有抗炎、抗肿瘤活性的物质存在潜在相关性。  相似文献   

2.
为分析贮藏白牡丹细菌多样性,利用高通量测序对11个不同贮藏年份白牡丹细菌进行16 S rDNA检测。结果表明,贮藏茶样的优势菌门为变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)等,优势菌纲为α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)、γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)、鞘脂杆菌纲(Sphingobacteriia)等,优势菌属为鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)、甲基杆菌属(Methylobacterium)、土地杆菌属(Pedobacter)等。不同贮藏年份白牡丹细菌组成结构相似,丰度存在差异;贮藏年份对白牡丹表面细菌组成未有显著影响,而贮藏环境影响细菌多样性。  相似文献   

3.
为详细了解福州菌草基地巨菌草和绿洲一号2种菌草的根际土壤细菌群落组成与结构,本研究应用高通量测序技术,分析了巨菌草和绿洲一号根际土壤细菌群落结构及多样性。结果表明,菌草根际土检测到细菌类群主要的优势菌门为酸杆菌门(Acidobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、绿弯菌门(Chloroflexi)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)、硝化螺旋门(Nitrospirae)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、浮霉菌门(Planctomycetes);主要的优势菌纲为γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)、α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)、芽孢杆菌纲(Bacilli)、放线菌纲(Actinobacteria)、酸杆菌纲(Acidobacteria-6)、β-变形菌纲(Betaproteobacteria)、酸杆菌纲(Acidobacteriia)、纤线杆菌纲(Ktedonobacteria)、δ-变形菌纲(Deltaproteobacteria);主要的优势属为葡萄球菌属(Staphylococcus)、糖多孢菌属(Saccharopolyspora)、类芽孢杆菌属(Paenibacillus)、沙雷氏菌属(Serratia)、链球菌属(Streptococcus)、红游动菌属(Rhodoplanes)、不动细菌属(Acinetobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)。绿洲一号、巨菌草及其对照根际土壤细菌Shannon-Wiener指数分别为9.05、8.733、7.61;巨菌草、绿洲一号及其对照根际土壤细菌Simpson多样性指数分别为0.01、0.014、0.037;巨菌草、绿洲一号及其对照根际土壤细菌Chao1指数分别为3145.320、3647.482、2329.344。Alpha多样性指数分析得出,在3个土壤样品中,绿洲一号根际土Shannon指数最大,对照土壤Shannon指数最小,对照土壤Simpson指数最大,绿洲一号Simpson指数最小,说明菌草根际土壤细菌群落多样性高于非根际土土壤细菌群落多样性,绿洲一号根际土土壤细菌群落多样性略高于巨菌草根际土壤细菌群落多样性,这些结果为进一步研究土壤微生物提供了理论基础。  相似文献   

4.
解析甘蔗植株茎部内生细菌群落组成对不同缓释肥的响应,旨在筛选科学的甘蔗专用缓释肥配方与用量,为进一步推广应用缓释肥提供理论依据和技术支撑。采用高通量测序技术,分析常规施肥(CK)和不同配方缓释肥处理(A~F)甘蔗植株茎部内生细菌群落组成变化。与CK相比,添加长效剂(235 g/t)和增效剂(3 g/t和18 g/t)的缓释肥处理均显著提高甘蔗植株茎部内生细菌的多样性,且除添加长效剂的缓释肥C处理(235g/t)之外,施用其他配方缓释肥未能提升植株茎部内生细菌的丰富度;草螺菌属(Herbaspirillum)细菌是CK处理甘蔗植株茎部特有的优势内生细菌属;生孢噬纤维菌属(Sporocytophaga)和纤维弧菌属(Cellvibrio)是添加长效剂缓释肥A处理(125 g/t)甘蔗植株茎部特有的优势内生细菌属;添加长效剂的缓释肥B处理(150 g/t)甘蔗植株茎部未发现特有的优势内生细菌属;norank_f__SC-I-84、norank_f__Neisseriaceae、norank_f__JG30-KF-AS9和马赛菌属(Massilia)细菌是添加长效剂缓释肥C处理(235 g/t...  相似文献   

5.
基于高通量测序的大豆连作土壤细菌群落多样性分析   总被引:3,自引:0,他引:3  
研究应用基于Illumina公司的Miseq高通量测序平台,深度解析东北黑土大豆短期连作和长期连作土壤细菌群落结构多样性。通过对细菌16S rRNA序列V4区的高通量测序,短期(3年)和长期连作(20年)大豆田土壤分别得到180 980和221 424条有效序列,注释为1 254和1 432个细菌可操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU),且长期连作土壤细菌群落丰富度和多样性均高于短期连作土壤。在细菌门分类水平上,短期和长期连作土壤中细菌优势菌群构成为相同的8个细菌菌门(所占比例1%),依次包括变形菌门、酸杆菌门、疣微菌门、厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门、芽单胞菌门和硝化螺菌门,其所占总比例之和分别达到细菌菌门总数的85.5%和86.3%。在细菌属分类水平上,短期和长期连作土壤中细菌TOP10优势菌群构成相同,包括疣微菌门的Spartobacteria属、酸杆菌门的Gp1、Gp4、Gp3和Gp6属、芽单胞菌门的Gemmatimonas属、硝化螺菌门的Nitrospira属、变形菌门的Sphingomonas属和Bradyrhizobium属以及厚壁菌门的Bacillus属,且10个细菌菌属所占比例之和分别达到细菌菌门总数的71.3%和69.0%。结果表明:东北黑土区大豆经过长期连作后土壤细菌优势菌菌群结构变化较小,但群落丰富度和多样性较短期连作略有增加,且对大豆养分吸收和生长有促进作用的根瘤菌Bradyrhizobium属和硝化细菌Nitrospira属所占比例增加。研究结果对解释大豆长期连作根病抑制性土壤形成机制具有一定价值。  相似文献   

6.
为了解福州菌草基地巨菌草和绿洲一号2种菌草的根际土壤真菌群落多样性,采用Illumina Miseq高通量测序技术和生物信息学方法,对菌草根际土真菌的多样性及群落结构进行分析。结果表明:从3份土壤样本中获得525 292条ITS序列,在97%序列相似性基础上可划分为7267个可操作分类单元(OTU)。真菌群落的丰富度指数(ACE)以菌草非根际土最低,绿洲一号根际土略高于巨菌草根际土;而多样性指数(Shannon-Wiener和Simpson)菌草根际土高于非根际土,绿洲一号根际土略高于巨菌草根际土。3份样品的优势菌门为子囊菌门(Ascomycota)、担子菌门(Basidiomycota)、接合菌门(Zygomycota)、壶菌门(Chytridiomycota)、球囊菌门(Glomeromycota);优势菌纲为散囊菌纲(Eurotiomycetes)、粪壳菌纲( Sordariomycetes)、座囊菌纲(Dothideomycetes)、伞菌纲(Agaricomycetes)、锤舌菌纲(Leotiomycetes)、圆盘菌纲(Orbiliomycetes)、银耳纲(Tremellomycetes)、粘膜菌纲(Wallemiomycetes);优势菌属为篮状菌属(Talaromyces)、深黄伞形霉属(Umbelopsis)、枝孢菌属(Cladosporium)、暗双孢菌属(Cordana)、镰刀菌属(Fusarium)、隐球菌属(Cryptococcus)、淡紫紫霉属(Purpureocillium)、赤霉菌属 (Gibberella)、灵芝属(Ganoderma)。研究结果表明,菌草根际土真菌群落多样性高于非根际土,为进一步更好地利用菌草提供理论参考依据。  相似文献   

7.
本研究以广东茂名和东莞区域的经济植物白木香(Aquilaria sinensis)为对象,基于高通量测序方法,分析2个不同区域生境中4个品种白木香结香部位真菌群落结构多样性及分布规律,结合不同品种的结香特性,进一步挖掘与白木香结香显著相关的真菌类群,促进结香技术的提升。结果表明:相同生境条件下,同种白木香不同高度结香位点真菌组成结构非常相似,但不同真菌的丰度存在差异;不同区域生境下,相同品种结香部位真菌群落组成结构存在显著差异,生境差异可能是导致结香部位真菌群落结构差异的主要因素之一;同一区域生境下,不同品种白木香结香部位的真菌群落结构存在显著差异,品种差异可能是导致白木香结香部位真菌群落结构差异的主要因素之一,同时特有真菌类群的存在也可能是影响白木香结香特性的关键。Fusarium spp. 和Hypomontagnella spp. 等真菌在易结香品种分布广泛且丰度极高,可能与易结香品种的结香特性相关,具有重要的应用潜力。  相似文献   

8.
9.
为研究不同耕作方式下水稻根际土壤真菌群落多样性,本研究以旋耕、免耕和粉垄耕作处理的水稻根际土壤为研究对象,采用高通量测序技术分析了真菌群落结构和多样性,并结合土壤环境因子进行相关性分析。结果表明:3种耕作处理水稻根际土壤中优势菌门为子囊菌门、接合菌门、担子菌门和球囊菌门,优势菌属为镰刀菌属、被孢霉属、Pyrenochaetopsis、柄孢壳属、毛壳菌属、支顶孢属、隐球菌属、Westerdykella、顶囊壳属、绿僵菌属。接合菌门和被孢霉属、支顶孢属、隐球菌属、顶囊壳属真菌相对丰度在不同处理间差异显著。Alpha多样性指数分析显示,3种耕作处理间无显著差异。PCoA分析表明,不同耕作处理下的土壤真菌群落分布特征存在明显差异。冗余分析表明前两个排序轴共解释了3种耕作处理间土壤真菌群落变化的87.46%。相关性分析显示,土壤pH与接合菌门真菌丰度呈极显著正相关关系,土壤速效磷、碱解氮和有机质含量与接合菌门真菌丰度呈极显著负相关关系,土壤速效磷与担子菌门真菌丰度呈显著正相关关系。综上表明,短期不同耕作方式处理下水稻根际土壤真菌群落结构和多样性存在差异,不同处理下真菌群落分布受土壤pH值、有机质、碱解氮和速效磷影响。  相似文献   

10.
燕麦(Avena sativa L.)是内蒙古一种特色的粮饲兼用作物,多种植在养分贫瘠和盐碱化土壤上。为明确燕麦不同器官的内生微生物及其差异性,以巴彦淖尔五原县盐碱地健康燕麦植株为研究对象,基于Illumina MiSeq高通量测序技术对燕麦根、茎和叶的内生真菌进行了测序与生物信息分析。结果表明,高通量测序共获得950个OTUs,分属于4个门、12个纲、55个属。Alpha多样性指数表明,各器官的内生真菌多样性指数(Shannon_true_diveristy,Simpson_true_divesity)表现为叶>茎>根,且叶片和根之间的差异显著(P<0.05)。多样性分组分析表明,燕麦不同器官间内生真菌的群落结构、丰度存在一定差异。门水平上子囊菌门(Ascomycota)占99.7%;在纲分类水平,粪壳菌纲(Sordariomycetes)和座囊菌纲(Dothideomycetes)在根部富集明显,而锤舌菌纲(Leotiomycetes)在茎部富集;在属级水平,相对丰度较高的属Schizothecium在根部明显富集。燕麦植株不同器官均有丰富的内生真菌,其中叶片内生真菌的多样性最为丰富。  相似文献   

11.
分析菇渣、锯末不同比例配比下黄瓜植株根际细菌群落结构特征发现,菇渣和锯末复配基质可替代常规商品基质泥炭(CK)栽培黄瓜,为新型基质栽培模式的应用提供依据。与CK相比,用菇渣、锯末按照3种不同比例复配组成的基质栽培黄瓜,其产量、根际细菌多样性和丰富度指数间均显著提高,同时还影响根际细菌的代谢功能,其中菇渣与锯末比例为1∶1时(T2)表现最佳。在门分类水平上,菇渣、锯末复配基质栽培条件下黄瓜植株根际中变形菌门(Proteobacteria)细菌丰度占比均低于CK,但拟杆菌门(Bacteroidota)细菌丰度占比均高于CK,且拟杆菌门(Bacteroidota)是菇渣、锯末复配基质栽培共有的优势细菌门类。在属分类水平上,unclassified_c__Gammaproteobacteria、利姆诺杆菌属(Limnobacter)和朱氏杆菌属(Chujaibacter)是CK条件下黄瓜植株根系特有的优势细菌属;慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium)、短波单胞菌属(Brevundimonas)、Dokdonella属是菇渣与锯末比例为1∶3(T1  相似文献   

12.
对山东省济阳、茌平、曹县、郓城棉花叶、茎、铃的内生真菌群落结构和多样性进行分析。结果表明,棉叶的内生真菌定植率最高。4个地区共分离出79个菌株,归属于16个属。依据内生真菌相对分离率,济阳棉叶的优势属为链格孢属(37.50%)和毛球腔菌属(37.50%),棉茎的优势属为镰刀菌属(28.55%),棉铃的优势属为中国炭疽菌属(100.00%);茌平棉叶、棉茎、棉铃的优势属均为链格孢属(57.14%、33.34%、100.00%);曹县棉叶、棉茎、棉铃优势属均为链格孢属(66.67%、100.00%、100.00%);郓城棉叶、棉茎的优势属为链格孢属(80.00%、100.00%),棉铃的优势属为黑孢子菌属(44.44%)。4个地区叶、茎、铃的Shannon-Weaver指数(H)、Evenness指数(E)、Margalet丰富度指数(R)高低顺序不一致。各地棉花叶、茎、铃的内生真菌相似程度不同。  相似文献   

13.
玉米秸秆还田对盐碱地土壤细菌多样性的影响   总被引:1,自引:0,他引:1  
以通辽典型的盐碱地玉米田为研究对象,在玉米吐丝期利用高通量测序技术对盐碱地土壤细菌进行测序,结合相关生物信息学分析,研究未开垦盐碱地(ZH1)、非盐碱地连作玉米田(ZH2)和玉米秸秆还田盐碱地种植玉米田(ZH3)3个处理下耕层土壤细菌群落丰富度、多样性和群落结构的变化。结果表明,3个处理土壤细菌群落结构和丰度差异大,已知菌属中鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)和pontibacter是ZH1与ZH3的优势菌属;ZH2的优势菌属为链霉菌属(Streptomyces)、鞘氨醇单胞菌属和类诺卡氏属(Nocardioides)。玉米秸秆还田对盐碱地土壤细菌多样性的影响较大,细菌菌群Alpha及样品群落组成丰度分析可知,两年玉米秸秆还田盐碱地土壤细菌多样性和物种丰度与未开垦盐碱地比较均有所上升,并出现能降解有机物料和农药的功能菌属。  相似文献   

14.
细菌群落在土壤健康和植物的生长中起着重要作用,而作物的连作对其有着显著的影响。为探明百香果连作对土壤细菌群落结构和多样性的影响,本研究以种植‘台农1号’百香果1年(TF)、2年(TS)、3年(TT)、4年(TFo)及0年(撂荒地,TZ)的土壤为材料,利用Illumina高通量测序技术对不同种植年限土壤细菌群落结构及多样性开展分析研究。结果表明,所有土壤样本共检测出2418个OTUs,分属28门、70纲、170目、269科、465属、963种,其中变形菌门(Proteobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)和放线菌门(Actinobacteria)是主要的优势菌门,细菌群落的丰富度和多样性指数随连作年限的增加表现为先增加后降低。分析发现,百香果连作对土壤细菌群落结构有显著影响,其中绿弯菌门(Chloroflexi)、厚壁菌门(Firmicutes)和芽孢杆菌属(Bacillus)的相对丰度随连作年限的增加而显著升高,研究结果可为百香果连作障碍发生机制的进一步研究提供依据。  相似文献   

15.
16.
本研究采用BOX-PCR指纹图谱和16SrDNA全序列分析,对45株分离自田菁的根瘤菌及根瘤内生细菌进行了菌株多样性研究,BOX-PCR指纹图谱分析结果表明,在78%的相似性水平上,待测菌株分成了4个遗传群,其中群Ⅰ和群Ⅳ分别与根癌土壤杆菌(Agrobacterium tumefaciens)和大肠杆菌(Escherichia coli)聚在一起,其它群没有与参比菌株聚群。选取每群的代表菌株进行16SrDNA全序列测定。结果表明:待测菌株归于6个属,分别是贪铜菌属(Cupriavidus)、拜纳蒙纳斯属(Balneimonas)、土壤杆菌属(Agrobacterium)、克罗诺杆菌(Cronobacter)、肠杆菌属(Enterobacter)和泛菌属(Pantoea),菌株表现了丰富的遗传多样性;其中分离自田菁的根瘤菌隶属于贪铜菌属(Cupriavidus)和拜纳蒙纳斯属(Balneimonas)尚未见其它文章报道。  相似文献   

17.
为筛选防病促生的内生性细菌菌株,提高油菜的抗病性,对武汉地区甘蓝型冬油菜内生细菌进行了分离鉴定和多样性分析,同时对分离的内生细菌进行了拮抗菌株和促生菌株的筛选。结果表明:从采集到的油菜样本中共分离得到134株内生细菌,基于16S rDNA序列分析,发现这些菌株属于18个细菌属中的33个种,其中芽孢杆菌属、假单胞菌属和寡养单胞菌属占优势,分别占分离物总数的46.27%、15.67%和11.94%。油菜根、茎和叶内生细菌分离物的香农多样性指数分别为2.847、2.808和2.356,辛普森指数分别为0.956、0.939和0.907。经过平板筛选、离体叶片筛选以及活体油菜接种筛选,发现枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)菌株CanL-30对灰葡萄孢(Botrytis cinerea)、立枯丝核菌(Rhizoctonia solani)和油菜黑胫病菌(Leptosphaeeria biglobosa)有拮抗作用,还具有稳定的抑制核盘菌的效果。进一步试验表明,菌株CanL-30主要通过产生抗真菌物质抑制核盘菌生长。研究还发现CanL-30能促进拟南芥和油菜生长。上述结果说明冬油菜存在丰富的内生细菌资源,从中可以筛选得到防病促生的细菌菌株。  相似文献   

18.
解析甘蔗间作不同豆科作物对甘蔗植株内生细菌多样性的影响,旨在评价甘蔗间作不同豆科作物对甘蔗植株健康状况及抗性的作用效果。结果发现,与单作的甘蔗(CK)相比,甘蔗间作黄豆显著提高甘蔗内生细菌的多样性和丰富度;间作绿豆虽然有助于提升甘蔗植株内生细菌多样性与丰富度,但与CK之间无显著差异;间作花生导致甘蔗植株内生细菌多样性与丰富度显著降低。门分类水平,与CK相比,间作处理甘蔗植株中变形杆菌门(Proteobacteria)内生细菌丰度占比急剧下降,放线菌门(Actinobacteria)以及属于其他(others)分类的内生细菌丰度占比上升;属分类水平,与CK相比,间作处理甘蔗植株中泛菌属(Pantoea)和Burkholderia-Paraburkholderia属丰度占比下降,红球菌属(Rhodococcus)内生细菌丰度占比上升;另一方面,unclassified_f__MicrococcaceaePseudarthrobacter是间作甘蔗植株中特有的内生细菌优势属,但同时草螺菌属(Herbaspirillum)和Williamsia属内生细菌缺失。此外,Rubrobacternorank_f__MSB-1E8、类诺卡氏菌属(Nocardioides)、norank_c__Actinobacterianorank_f__EuzebyaceaeGaiellaDefluviicoccusnorank_f__Elev-16S-1332、norank_o__Acidimicrobialesnorank_f__Propionibacteriaceaenorank_o__Gaiellalesnorank_f__Gemmatimonadaceae是甘蔗/黄豆间作(A)处理中甘蔗植株特有的内生细菌优势属;链霉菌属(Streptomyces)、马赛菌属(Massilia)、分枝杆菌属(Mycobacterium)、甲基杆菌属(Methylobacterium)、Sinomonas、罗思河小杆菌属(Rhodanobacter)、金黄色杆菌属(Chryseobacterium)、根霉菌属(Rhizomicrobium)是甘蔗/绿豆间作(B)处理中甘蔗特有的内生细菌优势属。甘蔗/花生间作模式下,甘蔗植株根系中不存在特有的内生细菌优势属;而草螺菌属(Herbaspirillum)和Williamsia是甘蔗单作模式下甘蔗植株根系中特有的内生细菌优势属。甘蔗间作黄豆和绿豆不仅有助于提升甘蔗植株根系内生细菌的多样性与丰富度,而且改善了甘蔗植株根系内生细菌群落结构组成,尤其间作黄豆效果更佳;与之相反,甘蔗间作花生无助于提高甘蔗植株根系内生细菌的多样性与丰富度,亦不利于改善甘蔗植株根系内生细菌群落结构组成。  相似文献   

19.
以盆栽甜瓜为研究对象,基于传统与现代分析技术,探究木醋液对于甜瓜根系生长、根际土壤生物学性状和细菌群落结构的影响,旨在开发木醋液作为液态肥料及土壤改良剂的可行性。结果表明,稀释600倍木醋液处理不仅显著促进甜瓜根系生长、显著提高甜瓜根际土壤中可培养微生物数量以及微生物生物量碳、氮、磷和涉及土壤碳、氮、磷循环相关酶的活性,而且有效地提高了甜瓜根际土壤细菌丰富度Chao 1指数和多样性Shannon指数;另一方面,门或属分类水平上,无论施用何种浓度的木醋液,其优势菌门与对照之间无显著差异,均为变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、绿弯菌门(Chloroflexi);优势菌属均为Subgroup 6_no rank、Saccharibacteria、Gemmatimonadaceae(芽单胞菌属)、Sphingomonas(鞘脂单胞菌属)、Soil Crenarchaeotic Group、Bacillus(芽孢杆菌属)、Rhodospirillaceae(红螺菌属)、Roseiflexus(玫瑰弯菌属)、Lactococcus(乳球菌属)和Acidimicrobiales。施用木醋液没有改变甜瓜根际土壤中细菌优势菌门或菌属的组成,但稀释300倍或600倍木醋液更有利于甜瓜根际土壤形成细菌群落结构更为多样的微环境。综合甜瓜根系生长及指示根际土壤肥力指标的生物学性状,施用稀释600倍木醋液更有助于促进甜瓜生长、提高甜瓜根际微环境的土壤肥力和抵御土传病害的能力。  相似文献   

20.
为揭示东北黑土玉米田土壤真菌群落对旋耕、深松、深翻和秸秆还田方式的响应机制,在长期定位种植区采集旋耕(RT)、深松(SU)、深松秸秆覆盖(SS)和深翻秸秆还田(DP)土壤样品,研究土壤真菌群落结构及其与土壤环境因子的相关关系。结果表明,子囊菌门和担子菌门为土壤中优势菌门, SU、 SS处理下子囊菌门粪壳菌纲(Sordariomycetes)的相对丰度最高, DP处理下担子菌门银耳纲(Tremellomycetes)的相对丰度最高。土壤中腐生菌群、与玉米共生的内生菌和外生菌根菌在 SS中相对较高。4个处理真菌群落多样性指数依次为 SS>RT>SU>DP。多元分析结果表明,土壤纤维素酶活性、速效钾、有机质、速效磷、土壤碱解氮与土壤真菌群落结构显著相关。在黑龙江西部玉米种植地区以深松秸秆覆盖的耕作模式有利于提高土壤真菌群落多样性。  相似文献   

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