九节茶ISSR反应体系的建立及优化

以九节茶叶片提取的基因组DNA为材料,对影响ISSR-PCR扩增效果的一些因素,诸如dNTPs浓度、TaqDNA聚合酶用量、引物用量、模板DNA用量、退火温度以及循环次数等指标进行筛选和优化.结果表明:20μL ISSR反应体系含10×PCR Buffer、0.4 mmol.L-1dNTPs、2 UTaqDNA聚合酶、0.6μmol.μL-1引物、5 ng模板DNA;PCR扩增程序为:94℃预变性2 min,94℃变性30 s,44.8℃退火30 s,72℃延伸1 min,35个循环,最后于72℃延伸7 min,置4℃保存.应用该ISSR体系对10份九节茶种质进行了扩增,证实了该体系的适用性和稳定性.     

荷花ISSR-PCR反应体系的建立及优化

以荷花叶片提取的基因组DNA为材料,通过对影响ISSR-PCR扩增效果的一些因素,如dNTPs浓度、Mg2+浓度、TaqDNA聚合酶用量、引物用量、模板DNA用量以及退火温度等进行筛选和优化,确立了可用于荷花ISSR-PCR分析的最适宜的PCR反应体系:20μL PCR反应体积含0.4 mmol.L-1dNTPs、3.5 mmol.L-1Mg2+、1.5 UTaqDNA聚合酶、0.4μmol.μL-1引物、3 ng模板DNA。PCR扩增程序为:94℃预变性2 min,94℃变性30 s,54.5℃退火30 s,72℃延伸1 min,45个循环,最后72℃延伸7 min,置4℃保存。应用该ISSR体系对6份荷花种质进行了扩增,证实了该体系的适用性和稳定性。     

胡萝卜ISSR反应体系优化的研究

以改良CTAB法提取胡萝卜基因组DNA作为ISSR-PCR模板,通过单因素试验建立了一套适合胡萝卜ISSR-PCR的优化的反应体系,即25μL反应液中含10×buffer2.5μL,2.0mmol.L-1Mg2＋,200μmol·L-1dNTPs,Taq酶1.5U,引物0.5μmol·L-1,DNA模板20ng。PCR扩增程序为：94℃预变性4min,94℃变性40s,48～58℃退火45s,72℃延伸2min,进行35个循环,72℃延伸8min,在16℃保存。应用该优化反应体系筛选出了24条有效引物。     

巴东木莲DNA的提取及SRAP-PCR反应体系的正交优化

研究确定了提取巴东木莲基因组DNA的方法,采用正交试验设计法对影响SRAP-PCR反应的引物浓度、Taq DNA聚合酶的用量、Mg2 和dNTPs浓度及PCR扩增程序中的退火温度及循环次数进行了比较、优化.同时对DNA模板浓度进行了筛选.结果表明,Mg2 、dNTPs、Taq酶及引物的不同水平均对PCR反应结果有显著的影响.建立了巴东木莲20μL SRAP-PCR的反应体系为lxbuffer、Mg2 浓度为2.O mmol.L-1、dNTPs浓度为O.25 mmol·L-1、引物浓度为0.45μmol·L-1、Taq酶为0.5 U和模板DNA 40ng.适宜的扩增程序为94℃预变性1 min,94℃变性1 min,33℃复性1 min,72℃延伸1 min,10个循环;94℃变性1 min.55℃复性l min,72℃延伸1 rain,30个循环;最后72℃延伸5min.试验表明,该体系重复性好、稳定性强.     

龙眼ISSR反应体系的建立和优化

对影响龙眼ISSR-PCR扩增反应的各个参数进行优化,建立适合龙眼的ISSR反应体系:PCR反应体积为20μl,其中模板DNA 25ng,引物0.2μmol/L,dNTP 100μmol/L,Taq DNA聚合酶0.5U,MgCl2 2.5mmol/L,10×PCR缓冲液2.0μl;扩增程序为94℃预变性5min;94℃变性1min,退火温度1min,72℃延伸90s,40个循环;72℃延伸7min。     

应用均匀设计优化文冠果ISSR-PCR反应体系

采用均匀设计,对引物浓度、TaqDNA聚合酶浓度、Mg2+浓度和dNTP浓度4个因素分别设置5个水平,对文冠果ISSR-PCR反应体系进行优化,在此基础上对模板DNA浓度、PCR反应过程中的退火温度进行梯度检测,构建了文冠果ISSR-PCR优化反应体系,在20μL ISSR-PCR反应体系中,各因素的最佳浓度分别为:2×PCR buffer、0.2mmol·L-1 dNTP、0.3μmol·L-1引物、2.5mmol·L-1 Mg2+和0.4UTaqDNA聚合酶,进一步对扩增程序中的循环次数和退火温度,以及ISSR引物进行筛选,获得的扩增程序为:94℃预变性5min,接着进行40个循环:94℃变性35s,52~56℃退火35s,72℃延伸45s;循环结束后,72℃延伸10min。     

福建含笑ISSR-PCR反应体系的建立与优化

以福建含笑叶片提取的基因组DNA为材料,对影响ISSR-PCR扩增效果的一些因素,如dNTPs浓度、Mg2+浓度、TaqDNA聚合酶用量、引物用量、模板DNA用量以及退火温度等指标进行筛选和优化,确立了可用于福建含笑ISSR-PCR分析最适宜的PCR反应条件:20μL PCR反应体积中含0.4 mmol.L-1dNTPs,2.5 mmol.L-1Mg2+,1.5 UTaqDNA聚合酶,0.6μmol.μL-1引物,30 ng模板DNA。PCR扩增程序:94℃预变性2 min,94℃变性30 s,47.3℃退火30 s,72℃延伸1 min,45个循环,72℃延伸7 min,4℃保存。应用ISSR体系对5份福建含笑种质进行了扩增,证实了该体系的适用性和稳定性。     

菜心ISSR-PCR反应体系的优化

以菜心(Brassica campestris L. ssp. Chinensis Var. utilis Tssen. et Lee.)为材料, 对影响ISSR-PCR扩增结果的因素如Mg2 、 Taq DNA聚合酶、 dNTPs、 Primer、模版DNA的浓度及引物退火温度、延伸时间和循环次数进行了探讨, 确立了适合菜心ISSR-PCR分析的最佳反应体系和PCR扩增参数 在25 μL反应体系中含10×buffer 2.5μL, 2.0 mmol/L Mg2 , 0.5 U Taq DNA聚合酶, 0.2 mmol/L dNTPs, 0.5 μmol/L引物, 30 ng模板DNA. PCR扩增程序 94 ℃预变性3 min; 94 ℃变性1 min, 49.7～56 ℃退火(退火温度随引物不同而定)1 min, 72 ℃延伸45 s, 40个循环; 72 ℃延伸5 min.     

柳杉CAPS遗传标记反应体系的优化

建立柳杉Cryptomeria fortuneiCAPS反应优化体系是进行柳杉遗传多样性研究的前提。通过对影响柳杉CAPS遗传标记反应体系结果主要因子的研究,确定了最佳的柳杉CAPS扩增反应体系:含有2.0μL 10×Buffer,0.08 mmol.L-1dNTPs,200 mg.L-1铸型DNA,1.5 mmol.L-1MgCl2,0.1μmol.L-1引物和41.675 nkatTaqDNA聚合酶的20μL反应液。扩增程序是94℃预变性5 min,然后94℃变性40 s,58℃退火40 s,72℃延伸80 s,共35个循环,然后在72℃延伸5 min。PCR产物10.0μL,加入2.0μL 10×Buffer,83.350 nkat内切酶,7.5μL双蒸水构成20μL酶切反应体系。图5表1参8     

长白山杜鹃花基因组DNA提取及RAPD体系的建立

采用改良的CTAB法提取杜鹃花的基因组DNA,所得的DNA纯度高、质量好,可用于RAPD分析.筛选出的杜鹃花RAPD反应的最佳体系为25μL反应体系中包括模板DNA20～200ng.引物10pmol,dNTPs100μmol·L-1,TaqDNA聚合酶0.5U,Mg2 2.5 mmol·L-1,10xbuffer缓冲液2.5 mmol·-1,其余部分用无茵超纯水补充.PCR扩增程序为94℃预变性5 min;94℃变性1 min,37℃退火1min,72℃延伸2min,40次循环;72℃最终延伸7min.应用优化后的反应体系PCR扩增获得的RAPD指纹图谱带型清晰,重复性好,为长白山杜鹃花品种鉴定、分类的研究提供了一定基础.     

西洋杜鹃ISSR-PCR反应体系的建立及优化

以西洋杜鹃(Rhododendron hybridum)叶片提取的基因组DNA为材料,用引物UBC880(序列为GGA GAG GAG AGG AGA)研究了PCR反应体系的主要成分及退火温度对该种植物ISSR扩增结果的影响.确立了可用于西洋杜鹃ISSR-PCR 分析的最适宜的PCR反应体系:20μL PCR反应体积中...     

Establishment and Optimization of SRAP Amplification System in Lonicara caerulea L.

A single factor design was applied to optimize five factors influencing SRAP system, including Taq DNA polymerase, template DNA concentration, dNTPs, primer and Mg2＋, each at four levels. The optimal SRAP-PCR system for Lonicera caerulea L. was 20 ktL SRAP-PCR amplification reaction solution containing 2.0 μL 10×PCR buffer, 1.0 U Taq DNA polymerase, 30 ng template DNA, 0.2 mmol·L-1 dNTPs, 2.0 mmol·L-1 Mg2＋ and 0.2μmol·L-1 primer. The suitable amplification procedure consisted of an initial denaturation at 94℃ for 5 min; denaturation at 94℃ for 1 min, annealing at 35℃ for 1 rain, extension at 72℃ for 90 s and in total five cycles; denaturation at 94℃ for 1 min, annealing at 50℃ for 1 min, extension at 72℃ for 90 s and in total 35 cycles; extension at 72℃ for 8 rain; preservation at 4℃. The procedures and systems could meet the demand for SRAP amplification of Lonicera caerulea L. and would play an important role in Lonicera caerulea L. germplasm identification and genetic diversity analysis.     

牡丹ISSR-PCR反应体系正交优化设计

以“凤丹(”Paeonia ostii)基因组DNA为模板,采用正交试验设计方法,研究牡丹ISSR反应体系的影响因素,建立了适合牡丹的ISSR反应体系及程序。10 lμ反应体系为:1×反应缓冲液,2.5 mmo1/LMg2+,0.4 mmo1/LdNTPs,1.0 UTaq聚合酶,0.75μmol/L引物,10～20 ng模板DNA。反应程序为:94℃预变性3 min;94℃变性45 s,45～60(℃不同引物退火温度各异)复性45 s,72℃延伸90 s,35个循环;72℃延伸7 min;4℃保存。通过梯度退火试验,确定不同引物的退火温度。     

香榧ISSR-PCR扩增条件的优化和引物筛选

以香榧Torreya grandis ‘Merrillii’基因组DNA为材料,对影响简单序列重复区间扩增?鄄聚合酶链式反应（ISSR-PCR）的Taq酶用量、Mg²⁺浓度、模板DNA用量、磷酸碱基脱氧核苷酸（dNTPs）浓度和引物浓度等进行了优化试验。优化后的香榧ISSR-PCR扩增体系为：总容积20 μL,包括30 ng模板DNA,16.67 nkat Taq酶,0.350 μmol·L -1引物,1.625 mmol·L^-1 Mg²⁺,0.250 mmol·L^-1 dNTPs,10 × PCR buffer 2 μL。PCR扩增程序：94 ℃变性5.0 min;35个循环：94 ℃变性30 s,退火45 s,退火温度视引物而定,72 ℃延伸1.5 min;最后72 ℃延伸7.0 min,4 ℃保温。在此基础上,从77个ISSR引物中筛选出34个适合香榧ISSR分析的引物,且通过梯度PCR确定了各自最适的退火温度。研究结果为香榧遗传图谱构建打下了基础。图4表1参12     

濒危树种格氏栲ISSR-PCR反应体系的建立

以濒危珍稀树种格氏栲为材料,对ISSR反应体系中的各个主要影响因子进行优化筛选.首次建立可用于格氏栲ISSR-PCR分析的反应体系:20μL PCR反应体系中包括1ng·μL-1模板DNA,0.10 mmo1·L-1dNTP,2.0μL 10×PCR buffer (缓冲液),0.2μmol·L-1引物,0.037 5...     

银杏ISSR-PCR扩增反应体系的优化

为了对影响银杏戗ngkobiloba简单序列重复区间扩增-聚合酶链式反应（ISSR-PCR）扩增反应体系的因素进行优化,采用[SSR-PCR扩增技术和UVP凝胶电泳成像技术对模扳DNA浓度、Taq酶用量、引物用量、dNTP的用量以及退火温度等因素进行筛选和优化筛选优化后的反应条件：Taq酶0．3μg,2μL10×Buffer（含15mmol·L^-1 MgCl2）,模板DNA40ng,dNTP0．2mmol·L^-1,引物0．5μmol·L^-1,Mg^2＋,5nmol·L^-1。PCR扩增程序：94℃变性5min,然后进行38个循环：94℃变性30S,48～53℃（根据引物而定）退火30s,72℃延伸1min;最后72℃延伸10min,4℃终止反应。上述反应条件可广泛应用于银杏的遗传多样性分析、遗传育种和转基因等方面的研究。图6表1参19