小麦SRAP-PCR反应程序的优化及引物筛选

为建立最佳的小麦SRAP-PCR反应体系,进一步对小麦品种进行遗传多样性分析,采用L9(34)正交试验设计,对小麦SRAP-PCR程序中的变性时间、复性时间、延伸时间以及后35个循环的复性温度进行了优化试验。结果表明:当小麦SRAP-PCR扩增程序以变性30 s、复性60 s、延伸60 s,后35个循环复性温度55℃时,扩增效果最好。应用该体系从65对SRAP引物组合中筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的23对引物组合,验证了该体系具有稳定性和可靠性,可进一步用于小麦的分子标记、辅助育种与遗传分析研究。     

SRAP分子标记及其在蔬菜作物上的应用

 SRAP(Sequence-Related Amplified Polymorphism)是一种基于PCR技术的新型分子标记,具有简便、产率中等、稳定、测序方便等优点。它利用独特的引物设计对ORFs（open reading frames）进行扩增,其上游引物长17bp,下游引物长18bp,分别对外显子和内含子进行扩增,因个体不同及内含子、启动子与间隔长度不等而产生多态性。该文在介绍SRAP标记技术和特点的同时,还对其在蔬菜作物遗传图谱构建、遗传多样性分析、比较基因组学、分子标记与基因定位等方面的应用进行了综述。     

大白菜SRAP反应体系的建立与优化

以大白菜基因组DNA为模板,通过正交试验设计,从Mgz^2＋、Taq酶、dNTPs、引物、模板5种因素4个水平对大白菜SRAP（Sequence-related amplified polymorphism,序列相关扩增多态性）反应体系进行优化,建立了适合于大白菜的SRAP-PCR优化反应体系,该体系为25 μL：Mg^2＋浓度为3.0 mmol/L,dNTPs为0.2 mmol/L,Taq酶1.5 U,引物为0.2 μmol/L,模板DNA73.2 ng.PCR反应程序为：94 ℃预变性5 min;94 ℃变性1 min,35 ℃复性1 min,72 ℃延伸1 min,5个循环;94 ℃变性1 min,50 ℃复性1 min,72 ℃延伸1 min,35个循环,72 ℃延伸10 min.     

相关序列扩增多态性(SRAP)一种新的分子标记技术

SRAP是一种新的DNA分子标记,具有简便、稳定、中等产率和容易得到选择条带序列的特点。SRAP是一种基于PCR技术的新的分子标记技术,其利用独特的引物设计对ORFs进行扩增,上游引物长17bp,对外显子进行特异扩增,下游引物长18bp,对内含子区域、启动子区域进行特异扩增,因个体不同以及物种的内含子、启动子与间隔长度不等而产生多态性。扩增产物用变性的聚丙烯酰胺凝胶分离,然后用放射自显影检测。本文在阐述SRAP的原理和流程后,详细论述了SRAP标记目前在植物遗传图谱构建、遗传多样性、基因定位、比较基因组学、杂种优势预测等方面的研究进展及应用前景。     

山葡萄SRAP技术体系的建立及其在品种鉴定中的应用

以6个不同的山葡萄品种为材料,对山葡萄SRAP分子标记技术体系进行优化,探讨SRAP标记在山葡萄品种鉴定中的可行性.结果表明:SRAP扩增程序为94℃预变性5min;前5个循环,94℃变性45s,35℃退火45s,72℃延伸90s;后35个循环,94℃变性45 s,50℃退火45s,72℃延伸90s;最后72℃延伸7min.反应体系:25μL总反应体系中含模板DNA 20 ng,dNTP 1.0 μL,上下游引物各1μL,rTaq酶0.2μL,10倍Buffer1.0μL,其余用灭菌的ddH2O补充.应用筛选出的16对引物对6个山葡萄品种进行扩增,共扩增出96条条带,其中多态性带占67.71％.每个品种都能找出其特有条带,最少用2对引物就可鉴别6个山葡萄品种.     

非洲菊SRAP标记的DNA模板制备及反应体系优化

为获得非洲菊清晰的SRAP标记图谱,对非洲菊DNA的提取方法及其SRAP-PCR反应体系的影响因子进行了初步探讨,建立了扩增多态性高、重复性好、带型清晰的DNA模板和SRAP-PCR反应体系.最佳SPAR-PCR反应体系:在50 μL的反应总体系中,Mg2 2.0 mmol/L,dNTPs 0.3 mmol/L,DNA模板100 ng,DNA聚合酶2.0 U,上游、下游引物各0.22 mmol/L.扩增程序:在94 ℃预变性4 min,反应前5个循环在94 ℃变性1 min,35 ℃复性1 min,72 ℃延伸1 min的条件下运行,随后的30个循环复性温度提高到55 ℃,最后72 ℃延伸5 min.     

玉米SRAP反应体系的建立与优化

SRAP标记(Sequence-related Amplified Polymorphism,序列相关扩增多态性)是一种新的分子标记技术,具有简便、稳定、中等产率、在基因组中分布均匀的特点,是开展遗传图谱构建、基因定位与克隆、比较基因组学c、DNA指纹图谱、生物多样性、预测杂种优势等研究的一个很实用的工具。对玉米SRAP反应体系的程序、模板、Mg2+等参数进行优化研究,结果表明玉米的PCR程序为:94℃预变性5 min,94℃变性1 min,35℃复性1 min,72℃延伸1 min,5个循环;94℃变性1 min,50℃复性1 min,72℃延伸1 min,35个循环,最后72℃延伸10min;25μl反应体系中,模板量为20 ng,Mg2+浓度为2.0 mmo1/L。该研究建立的玉米SRAP体系重复性好,稳定性强。     

甜瓜作图亲本相关序列扩增的多态性分析

以中国甜瓜地方品种自交系4G21(香瓜)和3A832(哈密瓜)为作图亲本,利用SRAP(Se-quence-relatedAmplifiedPolymorphism)分析了甜瓜作图亲本的多态性,结果表明:在184个SRAP引物组合中有176个扩增出多态性条带,不同引物组合扩增的多态性条带的变异幅度在1～15之间,共扩增出614个,平均每个引物组合扩增出3.34个,说明SRAP标记揭示甜瓜作图亲本多态性的效率很高。     

枇杷SRAP标记体系优化及对枇杷矮化杂交种的鉴定

通过单因素分析试验对枇杷SRAP扩增程序中退火温度和扩增体系中4个主要因子DNA、d NTPs、Taq酶及Primers含量进行优化,在此基础上对枇杷矮化杂交种861品系的真实性及其与8个白沙枇杷品种间亲缘远近关系进行了SRAP标记鉴定与分析。结果发现:(1)优化后的枇杷SRAP体系(15μL)为:1.5μL 10×PCR buffer(Mg2+plus),9.9μL dd H2O,36 ng DNA,1.2μL 2.5 mmd/L d NTPs,0.48μL 10μmd/L上下游Primer,0.24μL 2.5 U/μL Taq酶;SRAP后35个循环中退火温度优化为50℃(引物Tm48℃时)或45℃(引物Tm48℃时)复性1 min。(2)6对SRAP引物在矮化杂种861品系中均扩增出父本特异带,表明其为真实杂交种。(3)杂种861品系与8个白沙枇杷品种可被划分为3大类群(由近及远):5个江苏枇杷资源品种群(包含杂种861及其父本)、浙江栽培品种宁海白和实生冠玉类群(3个品种)。以上结果表明,优化后的SRAP体系能良好适用于枇杷杂种鉴定和亲缘关系分类等枇杷分子辅助育种工作。     

白及种质资源遗传多样性分析

【目的】采用简单重复序列间扩增(ISSR)和相关序列扩增多态性(SRAP)等2种标记技术分析不同种源白及Bletilla striata样本的遗传多样性水平和遗传关系,为白及种质的鉴定、分类、保护和开发提供理论依据。【方法】从100个ISSR引物和238对SRAP引物组合中筛选出多态性高、扩增条带清晰、重复性好的引物进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,用Popgene 32.0计算来自浙江、云南、贵州和四川等省32个不同种源白及的遗传多样性参数和遗传距离,用NTSYS-pc 2.10e进行聚类分析。【结果】从100个ISSR引物中筛选出11个多态性较好的引物,共扩增出188个条带,平均每个引物扩增出17.09个条带,其中多态性位点174个,占总扩增片段的92.20%;从238对SRAP引物组合中筛选出11对多态性较好的引物组合,共扩增出216个条带,平均每个引物扩增出19.64个条带,其中多态性位点202个,占总扩增片段的93.52%。综合ISSR和SRAP的标记结果发现：四川白及种源的遗传多样性水平最高,贵州最低;非加权组平均法(UPGMA聚类)和主坐标分析(PCoA分析)结果显示：聚...