金草鱼与中国4个草鱼群体的微卫星多态性比较分析

20世纪90年代,中国引进了一批体色呈金黄色的草鱼(Ctenopharyngodon idellus),生产上俗称金草鱼。为了解金草鱼群体的遗传结构和遗传多样性,利用15个微卫星DNA标记对金草鱼群体与中国草鱼群体(长江水系的沅江群体、宁乡群体、洪湖群体和珠江水系的西江群体)进行遗传结构和系统进化分析。结果表明15个微卫星位点均具有较高的多态性,多态信息含量(PIC)为0.763~0.939。金草鱼群体的遗传多样性水平[期望杂合度(HE)=0.662]低于中国草鱼群体[HE=0.852~0.885]。遗传分化指数(FST)分析显示,金草鱼群体与沅江群体之间的遗传分化属于高度分化(0.15FST0.25),与其他3个草鱼群体之间属于中度分化(0.05FST0.15)。遗传距离分析显示,金草鱼群体与西江群体遗传距离(DA)最小(0.476 3),与沅江群体最大(DA=0.810 7)。基于遗传距离构建的NJ系统进化树显示,4个中国草鱼群体聚为一支,金草鱼群体单独为另一支。研究结果显示金草鱼群体的遗传多样性低于中国的草鱼群体,亲缘关系也较远。     

基于26个微卫星标记的三江水系草鱼遗传多样性分析

选取26个微卫星标记对来自长江(监利、邗江)、黑龙江、珠江3个水系的4个野生草鱼(Ctenopharyngodon idellus)群体的遗传多样性进行了检测。结果表明,26个微卫星位点均为高度多态位点,草鱼4个地理群体的多态信息含量(PIC)平均值为0.581 3~0.638 6;共检测出141个等位基因,其中有102个为共有等位基因;每个位点有等位基因2~11个,平均等位基因5.46,平均有效等位基因3.455 6。4个地理群体野生草鱼的平均杂合度在0.711 4~0.804 5之间。群体间遗传固定指数(FST)及AMOVA分析表明,群体间遗传分化并不显著(FST=0.031 73)。基于DA遗传距离构建的UPGMA聚类树表明,监利群体与邗江群体这两个长江水系野生地理群体聚为一支,然后与珠江群体聚为一支,黑龙江群体单独聚为一支。长江群体是原始群体。综上所述,三江水系野生草鱼具有较高的遗传多样性,4个群体之间遗传分化并不明显。     

珠江流域3个野生大眼鳜群体的形态差异

采用传统形态学和框架分析法,对广西三江段的右江(ZY)、左江(YJ)及红水河(HSH)野生大眼鳜(Siniperca kneri)群体的110个个体形态比例性状进行比较研究。利用SPSS17.0软件对33项(11项传统形态与21项框架形态)形态学可量性状比例数据进行单因素方差分析、主成分分析(Principal Component Analysis,PCA)和聚类分析(Cluster Analysis,CA)。依据可量性状的LSD单因素比较分析结果,3个种群大眼鳜的显著差别主要体现在头部及尾部性状特征;其中,红水河群体分别与右江群体、左江群体在头部[HW/BL、ED/BL、U(10-11)]及尾部[CPL/BL、N(5-6)]存在显著差异,而右江群体与左江群体之间不存在显著差异。在比较大眼鳜群体形态差异上,框架结构性状C(1-11)、E(2-11)、F(2-10)、G(3-4)、I(3-9)、M(4-10)、K(4-9)、J(4-5)、T(9-10)、O(5-8)、N(5-6)、P(5-7)、R(7-8)、S(8-9),即大眼鳜的头部及躯干部框架性状可以作为解释其差异的主要成分,而传统形态外形大小则作为解释其差异的次要成分。LSD单因素方差分析结果和聚类分析结果均一致表明:左江群体与右江群体首先聚为一支,再与红水河群体聚为一支。以上结果显示:大眼鳜3个群体存在形态差异,且与其地理分布密切相关。本研究从形态特征上为珠江流域广西江段大眼鳜群体的划分提供科学数据,为大眼鳜优良品种的培育和种质资源保护提供理论依据。     

南方拟微卫星标记筛选及遗传多样性分析

南方拟■是一种分布于长江以南各水系的小型经济鱼类,目前仅有野生资源。为查明珠江流域其群体遗传结构现状,试验采用RAD-Seq技术筛选出36个多态性微卫星标记,其中29个为高度多态性(多态信息含量>0.50)位点,6个为中度多态性(0.25<多态信息含量<0.50)位点和1个为低度多态性(多态信息含量<0.25)位点。选取6个高度多态性位点研究珠江流域的北江、桂江、都柳江、融江、左江、右江、黔江及郁江8个江段南方拟■群体的遗传多样性和种群分化情况,结果显示,共检测到98.17个等位基因,平均等位基因数、有效等位基因数、观测杂合度、期望杂合度、香农指数和多态信息含量值分别12.2713、6.0575、0.5389、0.7679、1.8974和0.7379,表明珠江流域南方拟■的遗传多样性丰富。6个微卫星位点在8个群体中检测结果显示,平均群体间分化系数为0.1028,表明10.28%的遗传变异来自于群体间,89.72%的遗传变异来自于群体内,属于中等分化水平;平均群体内近交系数为0.2987,表明群体内杂合子缺失严重;基因流为1.0075~4.7308,说明群体间的基因流足以抵制遗传漂变。本研究的结果可为南方拟■种质资源保护和开发利用提供科学依据。     

基于微卫星评估草鱼放流亲本对野生群体遗传多样性的影响

利用筛选的13对草鱼多态性微卫星标记,开展了2011至2015年长江中游草鱼亲本增殖放流对野生群体遗传多样性的影响评估。通过对各位点的遗传多样性分析,13个微卫星位点的多态信息含量为0.8622(0.657~0.950),基因多样度为0.8555(0.675~0.936)。15个群体的有效等位基因数为7.4503~10.1536,等位基因丰度为11.483~15.204,说明15个草鱼群体的遗传多样性水平总体较高。遗传分化指数分析表明,群体间不存在显著遗传分化(FST5%)。通过贝叶斯聚类分析和主成分分析可将草鱼群体分为4个组群,根据分组结果以及来源划分分别对草鱼群体进行AMOVA分析,发现遗传变异大部分来自于群体内个体间,组间及组内群体间的分化水平较低(FCT5%,FSC5%),与FST分析结果一致。研究表明,当前草鱼亲本增殖放流模式对野生群体遗传结构影响不明显。     

Allozyme variation of hatchery and river populations of rohu (Labeo rohita, Hamilton) in Bangladesh

The genetic variations of rohu (Labeo rohita, Hamilton) sampled from five hatchery populations (Arabpur, Brahmaputra, Comilla, Kishorganj and Natore) and three major river populations (the Halda, the Jamuna and the Padma) were analysed by allozyme electrophoresis. Ten enzymes encoded by 11 loci were screened, and six were polymorphic. Alleles at three loci (Est‐1^*, Gpi‐1^* and Gpi‐2^*) proved variable for hatchery and river populations, and the Mdh‐2^* locus exhibited heterozygous genotypes for river populations only. Polymorphic loci per population (27.3±5.3%), heterozygous loci per individual (15.5±1.2%) and relative gene diversity (0.27±0.08) in river populations were higher than those for hatchery populations (25.5±1.8%, 10.7±1.6% and 0.25±0.01 respectively). Also, the observed heterozygosity (Ho) and expected heterozygosity (He) (0.09±0.03 and 0.14±0.04 respectively) in river populations were higher than those in hatchery populations (0.08±0.01 and 0.11±0.01 respectively). The lower levels of genetic variability in hatchery populations suggested the occurrence of inbreeding and/or genetic drift. The pairwise population differentiation (F_ST) values showed a lower level of genetic differentiation between hatchery and river population pairs. The unweighted pair‐group method with arithmetic mean dendrogram of Nei's genetic distances showed a relationship between the genetic distance and geographic distance. The populations were clustered into three groups: the Padma in one group, the Halda in second group and the Jamuna, including five hatcheries, in the third group. Highly diversified rohu individuals were observed in the Padma and Halda Rivers, whereas less genetically variable individuals were found in the Jamuna River and five hatcheries. These findings can be useful for rohu hatchery propagation to enhance the sustainable aquaculture production.     

鳙中国土著群体与移居群体遗传变异的AFLP分析

为全面了解鳙(Aristichthys nobilis)在世界范围的群体遗传状况,本研究采用AFLP技术分析了鳙中国土著群体(长江、珠江)与国内、外移居群体(中国黑龙江、欧洲多瑙河、北美密西西比河)的遗传变异特征,结果表明,鳙长江、珠江土著群体的Nei's基因多样性(H)分别为0.039 4±0.122 1和0.052 9±0.123 6,黑龙江、多瑙河、密西西比河移居群体分别为0.023 3±0.088 3,0.012 2±0.0619和0.0134±0.0614,说明国内、外移居群体的遗传多样性显著低于国内土著群体,这与移居群体的来源以及在异地适应、定居、建群过程中发生了明显的遗传瓶颈效应有关.AMOVA分析表明,群体间差异对群体总遗传变异的贡献率为31.48%,而群体内的贡献率为68.52%0鳙长江、珠江群体间的遗传分化指数Fst值为0.350 1(P<0.01),土著群体与国内、外移居群体间的总Fst值为0.155 0(P<0.01),鳙土著群体与国内、外移居群体间表现为显著分化,反映了移居新形成的自然群体在遗传背景、遗传漂变、经历的生态环境压力与自然选择等方面与土著群体间存在明显差异.本研究通过了解鳙自然群体的遗传现状,海内、外移居群体与中国土著群体的遗传差异,旨为进一步监测该物种海内、外移居群体的遗传变化趋势积累资料,为鳙遗传资源保护、引种移植管理提供依据.     

草鱼生长相关的微卫星标记在选育群体中的验证

生长性状是水产动物遗传育种中的重要经济性状,利用与性状相关的分子标记与育种相结合的手段,可以大大加速育种进程。在对草鱼生长性状的前期研究中,采用数量性状位点(QTL)定位的方法,在1号连锁群中发现了2个与生长相关的QTL。在此基础上,实验利用这2个QTL侧翼的2对微卫星标记(CID391_2、CID1512、CID973_1和CID254_1),对长江草鱼选育群体的480个个体进行分析,以期基于草鱼QTL定位结果,对草鱼生长相关的微卫星标记在选育群体中进行验证。结果显示:(1)4个微卫星标记在该群体中均具有高度多态性,其中各位点观测等位基因数(N_a)为12～23个,有效等位基因数(N_e)为4～12个,观测杂合度(H_o)为0.607～0.904,期望杂合度(H_e)为0.751～0.902;(2)利用方差分析及多重比较对4个多态性的微卫星标记与选育草鱼群体的生长性状(体质量和体长)进行关联分析,发现CID391_2在雌性个体中,各基因型与体质量和体长之间均无显著差异;而在雄性个体中,各基因型与体质量和体长之间差异显著。CID1512、CID973_1和CID254_1在雌性或雄性个体中,各基因型与体质量和体长之间均具有显著差异。研究表明,对草鱼生长相关的微卫星标记在选育群体中的验证结果,为进一步开展草鱼生长性状QTL定位研究和基于QTL结果的分子标记辅助育种(MAS)实践奠定理论基础。     

基于COI序列的长江中上游鲢6个地理群体遗传多样性分析

为了对长江中上游鲢(Hypophthalmichthys molitrix)种质资源现状进行监测和评价,本研究利用线粒体细胞色素C氧化酶I(cytochrome c oxidase subunit I)基因(COI)对长江中上游宜宾、忠县、万州、石首、监利、湘江6个鲢群体进行了遗传多样性分析。结果表明,在648 bp的COI序列中共检测到42个变异位点,其中单变异位点14个,简约信息位点28个。6个群体123个个体共定义了26个单倍型,单倍型多样性为0.0476~0.0945,核苷酸多样性为0.00196~0.00982。6个鲢群体总体遗传多样性丰富,万州群体单倍型多样性和核苷酸多样性均最高,忠县群体单倍型多样性最低,核苷酸多样性最低的为石首群体。遗传变异主要来自群体内个体间,单倍型网络图和系统进化树显示各群体的单倍型没有形成明显的地理格局。此外,上游宜宾群体和万州群体与中游的石首、监利和湘江群体具有明显的遗传分化,中游的监利群体与石首群体和湘江群体也有一定的遗传分化,上游群体和中游群体应该分属于长江水系两个不同的种群。     

样本容量对养殖群体内主要遗传结构分析参数的影响

用微卫星标记评估养殖群体的遗传结构,设置8个取样量梯度,5个标记量梯度,统计分析了各遗传参数的变化.结果:群体等位基因数(A)随样本量的增加而呈现上升趋势,但上升幅度由0.6667～0.9615(10相似文献   

长江、珠江、黑龙江水系野生鲢遗传多样性的微卫星分析

采用34个微卫星分子标记,对长江（湘江、监利、枞阳）、珠江、黑龙江（抚远）鲢共5个群体的观测杂合度(H_o)、期望杂合度(H_e )、多态信息含量(PIC)和有效等位基因数(N_e)等进行了遗传检测,根据基因频率计算遗传相似系数和Nei氏标准遗传距离,以卡方检验估计Hardy-Weinberg平衡,以近交系数(F_ST)和基因流(Nm)分析群体的遗传分化。同时,基于Nei氏标准遗传距离获得NJ聚类图。共检测出154个等位基因,其中有80个共有基因。位点等位基因1～9个不等,平均等位基因4.666 7,平均有效等位基因2.948 9。5群体平均观测杂合度为0.329 5～0.461 9,平均期望杂合度为0.500 2～0.552 9,平均多态信息含量为0.443 5～0.493 0。表明5群体为中度多态,遗传多样性较低,且长江不同地理群体的遗传多样性也有差异,但差异不显著。通过群体间遗传相似性和遗传距离比较显示：长江3个群体间遗传相似系数最大,遗传距离最小;黑龙江与长江鲢群体间相似系数较大（平均0.871 8）,遗传距离较小（平均0.137 4）表明二者遗传分化亦最小;珠江鲢与长江鲢间的相似系数最小（平均0.831 0）,遗传距离最大（平均0.185 2）,其遗传分化差异较大,结果未显现出群体间遗传差异的大小与其地理距离远近呈正相关。     

不同鳊鲂鱼类群体微卫星DNA指纹图谱的构建和遗传结构分析

为对不同鳊鲂鱼类进行群体鉴定和遗传多样性分析,从60对微卫星标记中筛选出18对多态性高的引物,构建了6个鳊鲂鱼类群体的微卫星DNA指纹图谱。结果显示,东江三角鲂、钱塘江三角鲂、厚颌鲂、广东鲂、团头鲂和长春鳊6群体的平均等位基因数(N a)分别为5.17、6.11、3.50、6.56、5.22、5.22,平均期望杂合度(H e)分别为0.634 2、0.720 4、0.546 2、0.681 2、0.675 2、0.559 7,平均多态信息含量(PIC)分别为0.575 6、0.666 9、0.472 0、0.630 6、0.606 4、0.517 0,表明钱塘江三角鲂的遗传多样性最高,厚颌鲂的遗传多样性最低;聚类分析表明,钱塘江三角鲂和团头鲂首先聚为一支,遗传距离较近,为0.560 6;厚颌鲂与长春鳊的遗传距离最远,为1.759 2。引物Mam03和EST37产生的特异条带可将鲂属和鳊属鱼类区分,鉴定出鳊属鱼类长春鳊;引物TTF3、EST37、TTF2/TTF10、EST66依次组合可区分出鲂属东江三角鲂、厚颌鲂和广东鲂这3个群体。研究结果为我国鳊鲂鱼类种质资源保存、种群鉴定和良种选育奠定了基础。     

珠江流域草鱼和鲢单位捕捞努力量渔获量时空分布特征及温度影响

文章采用随机等距抽样,调查了2016—2018年珠江流域9个采样点共计90艘船每天的渔获物产量及销售额.采用kruskal检验、广义加性模型和时间序列分析对草鱼(Ctenopharyngodon idellus)和鲢(Hypophthalmich-thys molitrix)的单位捕捞努力量渔获量(Catchperun...     

天鹅洲通江型长江故道“四大家鱼”种群遗传结构研究

利用淀粉胶电泳技术，对天鹅洲通江型故道青鱼（Ｍｙｌｏｐｈａｒｙｎｇｏｄｏｎｐｉｃｅｕｓ）（６０尾），草鱼（Ｃｔｅｎｏｐｈａｒｙｎｇｏｄｏｎｉｄｅｌｕｓ）（４０尾），鲢（Ｈｙｐｏｔｈａｌｍｉｃｈｔｈｙｓｍｏｌｉｔｒｅｉｘ）（４０尾），鳙（Ａｒｉｓｔｉｃｈｔｈｙｓｎｏｂｉｌｉｓ）（４０尾）的心、眼、脑、白肌、肝五种组织中ＬＤＨ、ＭＤＨ、Ｇ６ＰＤＨ及ＥＳＴ四种同工酶进行分析，并对这几种酶的一系列基因座位作了比较和定位，以此分别计算青、草、鲢、鳙的种群遗传变异率，为构建通江型长江故道“四大家鱼”种质资源生态库提供重要依据。     

我国6个鲤群体的mtDNA D-loop序列遗传变异分析

探讨当前中国鲤（Cyprinus carpio）野生群体和育成品种的遗传结构及变异情况,以期丰富鲤种质资源的研究数据,为后期鲤的种质挖掘和遗传育种提供更多参考。收集了鲤的４个野生群体（清水江鲤、太湖鲤、黄河鲤和黑龙江鲤）和２个育成品种（福瑞鲤和松浦鲤）共计185尾个体,进行mtDNA D-loop序列测序分析。全长927~930bp的D-loop序列有36个变异位点。所有个体呈27个单倍型,其中清水江鲤和太湖鲤的单倍型数量较多（分别为18和9个）,而福瑞鲤和松浦鲤各存在１个优势单倍型（占有率分别为93％和80％）。Fst值检验发现,松浦鲤与黑龙江鲤间遗传分化不显著（P>0.05）,其余群体间均呈极显著遗传分化（P<0.01）。基于群体间K2P遗传距离（0.005 ~ 0.013）的NJ树显示,福瑞鲤和黄河鲤首先聚类,然后依次与清水江鲤和太湖鲤聚类;最后与松浦鲤和黑龙江鲤所在的另一支聚类。分子方差分析显示,群体间遗传变异极显著（P<0.01）,占总变异的35.59％。研究表明,鲤的野生群体（清水江鲤和太湖鲤）存在较高的遗传多样性,具有进一步选育利用的潜力;而２个育成品种（福瑞鲤和松浦鲤）在选育过程中积累了较高的遗传纯度。     

长江、珠江、黑龙江三水系的鲢、镛、草鱼原种种群的生化遗传结构与变异

用LKB平板电泳仪聚丙烯酰胺凝胶电泳测定了长江、珠江及黑龙江的鲢、鳙及草鱼的原种8个种群16个酶位点的遗传变异。同种鱼不同水系种群之间存在着明显的生化遗传差异。长江、珠江、黑龙江鲢鱼种群的多态位点的比例分别是13.3％、26.7％、13.3％,平均杂合度分别是0.0493、0.0484、0.0511;长江、珠江鳙鱼种群的多态位点的比例都是31.3％,平均杂合度分别是0.1375,0.0977;长江、珠江、黑龙江草鱼种群的多态位点比例分别是30％,38％,23.1％,平均杂合度分别是0.1241,0.0961,0.0525。南方种群的多态位点比例有比北方的高的趋向。长江鲢—珠江鲢,长江鲢—黑龙江鲢,珠江鲢—黑龙江鲢的遗传相似度依次是0.9957,0.9955及0.9696;长江鳙—珠江鳙的遗传相似度是0.9955;长江草鱼—珠江草鱼,珠江草鱼—黑龙江草鱼,长江草鱼—黑龙江草鱼的遗传相似度依次是0.9679、0.9483及0.9324。长江种群与珠江种群这两个中央群体间的遗传差异较小,边缘群体黑龙江种群与中央群体长江、珠江种群间的遗传差异较大。黑龙江草鱼种群很小,其资源的保护工作应引起注意。     

草鱼MSTN-1基因多态性及与早期生长性状和肌肉成分关联分析

为研究草鱼MSTN-1基因多态性及与早期生长性状和肌肉成分的相关性,本研究扩增出全长为3824 bp的草鱼MSTN-1基因,用长江选育草鱼群体对MSTN-1基因多态性进行筛选和验证。结果共发现3个多态性位点(Locus 1:C1799T,野生型EE/突变型EF;Locus2:C1842T,野生型HH/突变型HI;Locus 3:TGAAGCGCTGGTTCT/2585-,野生型BB/缺失型BD)。利用一般线性模型分析3个位点及其组合型(剔除个体数少于3的组合)与生长性状和肌肉成分的相关性,发现2个位点对幼鱼生长性状表型差异有显著影响,但3个位点对肌肉成分差异均无显著影响。多重比较发现,单倍型HI突变组的体长和体质量显著高于HH野生组,BD突变组的体长和体质量显著性低于BB野生组;多倍型中存在HI突变组合的体长、体质量均显著高于其他组,存在BD突变的组合在体长性状方面显著低于其他组。表明草鱼MSTN-1基因3个SNPs中,HI突变是对草鱼生长性状的有利突变,BD突变是不利突变,而EF突变无显著影响,可将MSTN-1基因作为分子标记辅助草鱼选育的候选基因。     

Mouth size and predicted food size preferences of larvae of three cyprinid fish species

Mouth size was examined in larvae and juveniles of three cyprinid fish species: grass carp (Ctenopharyngodon idella Val.), silver carp (Hypophthalmichthys molitrix Rich.) and bighead carp (Aristichthys nobilis Rich.). A linear relationship was found between mouth size and the total length of fish, from the initial exogenous feeding stage up to 20–30 mm. Based on the mouth size, the size of the prey which could be consumed was calculated assuming 45° of mouth opening for optimum prey width and 90° for maximum prey width. Food particle size considered to be suitable for commencement of feeding amounted to 50–90 μm for silver carp larvae, 90–150 μm for grass carp larvae and 150–270 μm for bighead carp larvae. These criteria can be applied to moving rotifiers and nauplii as well as to the motionless particles of compound, dry diets.     

A new high in fish production in India with record yields by composite fish culture in freshwater ponds

Composite fish culture of the Indian major carp, Catla catla, Labeo rohita and Cirrhinus mrigala together with the Chinese silver carp Hypophthalmichthys molitrix and grass carp Ctenopharyngodon idella and the Indonesian strain of common carp (Cyprinus carpio communis) was carried out in experimental ponds in 1971–1972 and 1973–1974. The management techniques adopted aimed at high yields of marketable fish (around 1 kg) in 1 year.In the first year, production varied from 3 889 to 5 600 kg/ha/year and this rose to an average of 8 200 kg/ha/year with a maximum of 9 389 kg/ha/year in the second year. The important changes made to the management schedule in 1973 were increased stocking density, greater use of feed and fertilizers, and provision of more weeds for grass carp.The experimental studies demonstrate the practicability of raising large crops of healthy marketable fish in India.     

Observations on feeding of young grass carp on mosquito larvae

Grass carp (Ctenopharyngodon idella Val.) is well known for its efficacy as a biological weed control agent. The young of the species were observed to feed avidly on mosquito larvae in the present set of experiments. The fish 98–185 mm in length appeared to be comparatively more voracious in feeding than the larger ones (220 mm). The larger grass carp (252 mm), common carp (95–105 mm) and silver carp (97–115 mm) did not feed on the larvae at all. Thus, the small grass carp are expected to exercise some control over the population of mosquitoes in a water body. The propensity of the fish to feed on vegetation is likely to ensure better access to the shallow areas where mosquitoes generally breed. The grass carp can be listed among the larvivorous fishes along with other cyprinids.